转铁蛋白正选择位点的检测及分析 被引量：4

1

作者 樊棠怀 陶敏 +1 位作者 徐立中 胡成钰 《南昌大学学报（理科版）》 CAS 北大核心 2007年第3期298-301,306,共5页

利用密码子替换模型和最大似然法模型,检测位点间的正选择作用并分析了转铁蛋白分子适应性进化。结果显示:保守的转铁蛋白受到正选择作用。其中,正选择位点大多集中于转铁蛋白C臂的二级结构无规则区域,即非α螺旋也非β折叠区域,而少数... 利用密码子替换模型和最大似然法模型,检测位点间的正选择作用并分析了转铁蛋白分子适应性进化。结果显示:保守的转铁蛋白受到正选择作用。其中,正选择位点大多集中于转铁蛋白C臂的二级结构无规则区域,即非α螺旋也非β折叠区域,而少数位于N臂。有证据认为这些正选择位点可能与转铁蛋白N臂和C臂结合铁离子功能有关。 展开更多

关键词 转铁蛋白 正选择 密码子替换模型 最大似然法模型

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蛋白质编码区的Takagi-Sugeno模糊模型辨识 被引量：1

2

作者 郭烁 朱义胜 《计算机工程与应用》 CSCD 北大核心 2009年第26期216-219,共4页

DNA序列编码区的辨识是基因辨识的一个重要方面。由于基因序列数据量大,导致许多统计辨识算法泛化性差、运算速度慢。根据编码区域序列和非编码区域序列相比有不同的碱基组成,提出将Takagi-Sugeno模型用于DNA序列的编码区辨识。首先,用... DNA序列编码区的辨识是基因辨识的一个重要方面。由于基因序列数据量大,导致许多统计辨识算法泛化性差、运算速度慢。根据编码区域序列和非编码区域序列相比有不同的碱基组成,提出将Takagi-Sugeno模型用于DNA序列的编码区辨识。首先,用基于模糊似然函数的模糊聚类算法确定系统的模糊划分数目,进而根据聚类个数建立相应的Takagi-Sugeno局部线性化模型,最后用最小二乘法实现模型结论参数的辨识。该算法不仅可以确定编码区的位置,还可以辨识出密码子第一位碱基的位置,对蛋白质结构的研究是非常重要的。算法简单、高效。仿真结果表明,该算法非常适合编码区辨识和其他编码区辨识算法有可比性。 展开更多

关键词 DNA序列编码区 密码子 TAKAGI-SUGENO模糊模型 模糊聚类 最小二乘法

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利用ARIMA模型对木聚糖酶F/10和G/11的进化过程分析 被引量：1

3

作者 王伟 朱平 《生物技术》 CAS CSCD 北大核心 2011年第1期37-40,共4页

目的:利用ARIMA模型对木聚糖酶(Xylanase)F/10和G/11家族的进化过程进行分析,并分析两家族中同时含量较高的氨基酸在进化中的特征。方法:计算出每条序列中均含量较高的几种氨基酸,利用SAS时间序列中的ARIMA模型,选取木聚糖酶F/10和G/11... 目的:利用ARIMA模型对木聚糖酶(Xylanase)F/10和G/11家族的进化过程进行分析,并分析两家族中同时含量较高的氨基酸在进化中的特征。方法:计算出每条序列中均含量较高的几种氨基酸,利用SAS时间序列中的ARIMA模型,选取木聚糖酶F/10和G/11两个家族的各十条进化阶段不同的序列,设计一个时间序列实验进行分析。结果:F/10家族的进化是平稳的,甘氨酸含量逐渐降至7%左右,缬氨酸的含量稳定的保持在7%上下,而G/11家族的进化存在较大波动,甘氨酸含量升至14%左右,丙氨酸含量相对于F/10家族稳定。结论:F/10家族的进化比G/11家族稳定,甘氨酸在两家族进化存在明显差异,这对研究木聚糖酶分子的进化以及同义密码子的偏好性具有一定的指导意义。 展开更多

关键词 木聚糖酶 ARIMA模型 同义密码子

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基于数据密码子的异常入侵检测系统的研究 被引量：1

4

作者 郭晨 梁家荣 夏洁武 《计算机工程与应用》 CSCD 北大核心 2006年第24期105-107,共3页

文章以基因工程中的基因密码子的作用机理作为理论仿真基础,利用生物免疫学中的一种全新的免疫模式——危险模式,来建立起一个基于数据密码子的系统调用异常入侵检测系统。该系统克服了传统免疫算法的计算规模庞大、特征复杂、自适应进... 文章以基因工程中的基因密码子的作用机理作为理论仿真基础,利用生物免疫学中的一种全新的免疫模式——危险模式,来建立起一个基于数据密码子的系统调用异常入侵检测系统。该系统克服了传统免疫算法的计算规模庞大、特征复杂、自适应进化能力差等缺点。 展开更多

关键词 危险模式 入侵检测 数据密码子

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6种鸡形目和雁形目禽类Mx蛋白编码基因的适应性进化

5

作者 李慧芳 韩威 +3 位作者 朱云芬 束婧婷 陈宽维 张学余 《家畜生态学报》 2010年第3期10-14,共5页

为进一步了解禽类Mx基因(myxo-virus resistance gene)进化历程,结构与功能变异及筛选新的潜在抗性位点。根据GenBank中已报道的6种鸡形目(galliform)和雁形目(anseriform)禽类Mx基因编码序列,联配后进行最适核苷酸替代模型筛查,序列重... 为进一步了解禽类Mx基因(myxo-virus resistance gene)进化历程,结构与功能变异及筛选新的潜在抗性位点。根据GenBank中已报道的6种鸡形目(galliform)和雁形目(anseriform)禽类Mx基因编码序列,联配后进行最适核苷酸替代模型筛查,序列重组事件和核苷酸替换的饱和性检验;并采用最大似然法检测各位点承受的选择压力。AIC信息量准则检验结果表明6种鸡形目和雁形目禽类Mx基因的最优核苷酸替代模型为"GTR+G",核苷酸替换的饱和性检测结果表明序列的核苷酸替换并未饱和。单一断裂点(single break-point)和遗传算法扫描(GARD)在联配序列中发现两个断裂点,分别位于162bp和999bp处,将联配序列分为3个独立非重组部分。密码子置换模型的"位点特异模型"检测到禽类Mx基因编码序列承受了正选择作用,似然比检验(LRT)确定模型M2a和M8为正选择位点优先检测模型(P<0.05,P<0.01),分别在3部分非重组序列中检测到4个、1个和3个后验概率大于95%的正选择位点,正选择位点主要分布于禽类Mx蛋白特有的N-端结构域和Mx蛋白抗病毒作用所必须的三联GTP酶结合区,可能与Mx蛋白的抗病毒活性有关。 展开更多

关键词 禽类 抗粘液病毒基因 密码子置换模型 适用性进化

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基于SPA的蛋白质编码基因的比对

6

作者 胡刚 沈世镒 《南开大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2008年第2期108-112,共5页

给出了二重比对 SPA 算法的一个扩展,把 SPA 算法推广到蛋白质编码基因的比对中.首先利用经典的密码子进化模型,得到了密码子两两的得分矩阵,并用该矩阵对 SPA 算法进行了修改,使其更加合理有效地应用于蛋白质编码基因的比对.

关键词 SPA算法 密码子模型 蛋白质编码基因

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密码子的数学模型与四进制

7

作者 张德荣 《自然杂志》 北大核心 2004年第4期219-222,223,共5页

建立了密码子构成的数学模型 ,提出了碱基与密码子用四进制数字代码表达的方法和依据 .在此基础上 ,列出了一个含有若干数字信息的新遗传密码表 ,并对有关应用等问题进行了初步讨论 ;其中特别指出了四进制数字代码在开发四进制生物计算... 建立了密码子构成的数学模型 ,提出了碱基与密码子用四进制数字代码表达的方法和依据 .在此基础上 ,列出了一个含有若干数字信息的新遗传密码表 ,并对有关应用等问题进行了初步讨论 ;其中特别指出了四进制数字代码在开发四进制生物计算机时可能发挥的作用及意义 . 展开更多

关键词 密码子 遗传密码 碱基 生物计算机 表达 数字代码 数字信息 数学模型

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玉米黑粉菌CYP51稀有密码子和mRNA二级结构分析及与杀菌剂戊唑醇分子对接 被引量：3

8

作者 李书祥 韩睿 +5 位作者 袁利玲 熊丽 袁永泽 杨江科 闫云君 刘德立 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2011年第8期751-758,共8页

通过截短玉米黑粉菌CYP51(P450-14DM,UmCYP51)基因(去除编码跨膜区部分)和选取不同的表达载体,构建了9种重组表达质粒,在大肠杆菌中进行UmCYP51基因的表达,发现只有BL21(DE3)/pET32-Um-35重组表达工程菌获得了表达.对稀有密码子和mRNA... 通过截短玉米黑粉菌CYP51(P450-14DM,UmCYP51)基因(去除编码跨膜区部分)和选取不同的表达载体,构建了9种重组表达质粒,在大肠杆菌中进行UmCYP51基因的表达,发现只有BL21(DE3)/pET32-Um-35重组表达工程菌获得了表达.对稀有密码子和mRNA翻译起始区二级结构进行分析,结果表明稀有密码子和mRNA翻译起始区二级结构对UmCYP51蛋白的表达都有影响.适用于稀有密码子表达的菌株Rosetta(DE3)不利于UmCYP51蛋白的表达;同时只有翻译起始区二级结构自由能值最低的重组载体pET32-Um-35可以表达.为了设计以UmCYP51为靶标的新型抗真菌抑制剂,基于最新解析的真核生物人类的CYP51晶体结构,利用同源模建的方法构建了UmCYP51的三维结构并进行了分子动力学模拟优化.通过与商品化杀菌剂戊唑醇进行分子对接获得了此类抑制剂与UmCYP51的理论结合方式,阐述了戊唑醇分子的杀菌机理,为开发新型的抗真菌抑制剂奠定了基础. 展开更多

关键词 UmCYP51 翻译起始区 稀有密码子 同源模建 分子对接

原文传递

密码子的数学模型与遗传信息的数字表达

9

作者 张德荣 《沈阳航空工业学院学报》 2004年第3期72-75,共4页

提出了生物学中的四种碱基 (脆嘧啶C、尿嘧啶U、腺嘌呤A和乌嘌呤G)与易经中的四种“象”(太阳、少阴、少阳和太阴 )之间一种新的对应方案。借助于该对应方案和引进的两个新算符 ,建立了遗传密码子的数学模型 ,并给出了碱基与密码子的一... 提出了生物学中的四种碱基 (脆嘧啶C、尿嘧啶U、腺嘌呤A和乌嘌呤G)与易经中的四种“象”(太阳、少阴、少阳和太阴 )之间一种新的对应方案。借助于该对应方案和引进的两个新算符 ,建立了遗传密码子的数学模型 ,并给出了碱基与密码子的一种数字表达方法。在此基础上 ,列出了一个带数字与异常译义的新遗传密码表。最后 ,就遗传信息载体的某些基本性质 (例如互补性、同义性和摆动性 )中可能存在的数字规则 。 展开更多

关键词 遗传密码 易经 数学模型 最大数定则 密码子

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基于密码子偏性的置换模型估计正向选择 被引量：1

10

作者 张丽丽 刘心声 《生物数学学报》 2014年第2期297-302,共6页

由于遗传密码子的简并性特征,大多氨基酸由多于一种密码子编码.在蛋白质编码过程中,同义密码子间的使用有着较显著的偏差,即同义密码于使用频率不等.应用CUSP软件对数据集H3N2和MHC进行同义密码子使用偏性的分析,然后基于同义密码子的... 由于遗传密码子的简并性特征,大多氨基酸由多于一种密码子编码.在蛋白质编码过程中,同义密码子间的使用有着较显著的偏差,即同义密码于使用频率不等.应用CUSP软件对数据集H3N2和MHC进行同义密码子使用偏性的分析,然后基于同义密码子的使用偏性建立新的密码子置换模型,并在此模型的基础上分析物种的正向选择性.分析结果表明新的密码子置换模型能更好地拟合数据,由此可得到更加可靠的参数估计值. 展开更多

关键词 极大似然估计 密码子置换模型 密码子使用偏性 正向选择

原文传递

基于残基相似性的密码子模型及应用

11

作者 刘慧 刘心声 《西安文理学院学报（自然科学版）》 2012年第2期1-5,共5页

考虑不同氨基酸间置换率的差异性,构建了两个基于氨基酸相似性的密码子模型.利用连续时间的马尔可夫过程和最大似然法,将新模型应用到三个真实的数据集.通过数值实验分析结果显示,新模型比现有模型对数据集有更好的适用性,且能给出更可... 考虑不同氨基酸间置换率的差异性,构建了两个基于氨基酸相似性的密码子模型.利用连续时间的马尔可夫过程和最大似然法,将新模型应用到三个真实的数据集.通过数值实验分析结果显示,新模型比现有模型对数据集有更好的适用性,且能给出更可靠的参数估计值. 展开更多

关键词 密码子模型 相似性得分矩阵 最大似然法 正选择

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枯草芽孢杆菌蛋白酶结构与表达载体分析 被引量：1

12

作者 张荣宗 江丁文 陈锦香 《农业技术与装备》 2021年第7期60-61,64,共3页

文章对枯草芽孢杆菌蛋白酶同源建模的三维结构进行分析,并对基因密码子和不同生物细胞载体基因密码子偏好性进行比较,确定枯草芽孢杆菌蛋白酶比较一致的表达载体。结果表明,枯草芽孢杆菌蛋白酶三维预测模型超过90%氨基酸残基落在最适区... 文章对枯草芽孢杆菌蛋白酶同源建模的三维结构进行分析,并对基因密码子和不同生物细胞载体基因密码子偏好性进行比较,确定枯草芽孢杆菌蛋白酶比较一致的表达载体。结果表明,枯草芽孢杆菌蛋白酶三维预测模型超过90%氨基酸残基落在最适区,属于高质量的预测模型,其主要结构是α-螺旋和不规则结构。对枯草芽孢杆菌蛋白酶基因与不同候选生物细胞载体基因组进行比较,发现巴斯德毕赤酵母是枯草芽孢杆菌蛋白酶最适合的表达载体。 展开更多

关键词 枯草芽孢杆菌蛋白酶 密码子 同源建模 结构 表达载体

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同义密码子非均匀使用频率的研究 被引量：1

13

作者 特木尔巴根 《内蒙古民族师院学报（自然科学版）》 2000年第2期152-156,共5页

〔1〕中所建立的相似实变模型推广应用到四个碱基 ,6 4个密码子情况 ,并用三个具体情形给出了密码子的稳定频率分布。

关键词 同义密码子 相似突变模型 稳定频率

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