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皱皮香猪NFKB1基因SNPs的鉴定及其对皮肤褶皱的影响
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作者 吴行雕 石道宏 +2 位作者 张熠 袁华平 付开斌 《云南畜牧兽医》 2026年第1期1-6,共6页
为了深入探索皱皮香猪(XPZ)体表皮肤皱褶特征是否与核因子κB1(NFKB1)发生突变有关,本研究以普通香猪(XP)为对照组,通过特异性聚合酶链式反应(PCR)、Sanger测序技术并结合生物信息学方法在XPZ的NFKB1基因编码区中首次鉴定出2个新的SNP位... 为了深入探索皱皮香猪(XPZ)体表皮肤皱褶特征是否与核因子κB1(NFKB1)发生突变有关,本研究以普通香猪(XP)为对照组,通过特异性聚合酶链式反应(PCR)、Sanger测序技术并结合生物信息学方法在XPZ的NFKB1基因编码区中首次鉴定出2个新的SNP位点,外显子9号的错义突变A71G(谷氨酰胺→精氨酸)及外显子21的同义突变A96G;群体遗传分析显示,XPZ群体中A71G位点G等位基因频率显著高于XP群体(P<0.05),而A96G位点无显著差异(P>0.05)。结果提示,NFKB1基因外显子9上的A71G突变可能通过改变氨基酸电荷特性(极性中性→正电荷碱性),干扰NF-κB亚基p50的构象稳定性间接通过调控NF-κB信号通路活性影响透明质酸代谢,进而参与XPZ皮肤褶皱表型的形成。 展开更多
关键词 从江香猪 NFKB1基因 snps位点 基因型 皮肤褶皱
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基于全基因组SNPs遗传信息的猪品种保护策略研究 被引量:2
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作者 郑美丽 王珏 +4 位作者 雒亚彪 刘成琨 王晓凤 陈少康 方美英 《中国畜牧杂志》 北大核心 2025年第1期123-129,共7页
我国拥有十分丰富的地方猪种遗传资源,近年来各地纷纷引入不同生产性能的外来猪种以满足商品市场的发展需求,导致中国地方猪种资源受到严重威胁,遗传多样性日益减少,如何有效保护地方猪种资源是亟待解决的问题。本研究采集254头中国地... 我国拥有十分丰富的地方猪种遗传资源,近年来各地纷纷引入不同生产性能的外来猪种以满足商品市场的发展需求,导致中国地方猪种资源受到严重威胁,遗传多样性日益减少,如何有效保护地方猪种资源是亟待解决的问题。本研究采集254头中国地方品种(藏猪、二花脸猪、金华猪、民猪、荣昌猪、五指山猪)以及杜洛克商品猪种,基于Illumina公司的猪60K SNP芯片数据进行各品种遗传多样性分析,并根据获得的遗传多样性数据进行猪品种保护的优先权分析。通过方法间比较,本研究认为分子共祖先法和等位基因丰富度法是计算群体遗传多样性最为有效的方法,可作为评估猪种质资源保护优先权的推荐分析方法。基于该方法获得的分析结果表明,在所研究的地方猪品种中,我国需要进行优先保护的前3个地方品种为民猪、藏猪、金华猪。本研究结果可为地方猪种资源保护工作提供参考。 展开更多
关键词 中国地方品种 遗传多样性 保护优先权 SNP芯片
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籽鹅和豁眼鹅品种特异性SNPs位点鉴定与应用
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作者 顾昊天 刘宏祥 +9 位作者 宋卫涛 王志成 章双杰 卢立志 耿明阳 徐文娟 陶志云 王逸飞 李慧芳 朱春红 《中国畜牧杂志》 北大核心 2025年第10期256-263,共8页
优良地方品种基因组中包含丰富的遗传信息,是生物多样性的重要体现。分析和挖掘优异地方家禽遗传资源信息,建立特异性品种鉴定方法,具有重要的种业意义。本研究通过筛选品种特异性单核苷酸多态性(SNPs)位点,为地方品种鹅——籽鹅和豁眼... 优良地方品种基因组中包含丰富的遗传信息,是生物多样性的重要体现。分析和挖掘优异地方家禽遗传资源信息,建立特异性品种鉴定方法,具有重要的种业意义。本研究通过筛选品种特异性单核苷酸多态性(SNPs)位点,为地方品种鹅——籽鹅和豁眼鹅品种鉴定提供一种新型可靠的方法。研究选择纯种籽鹅、豁眼鹅、长乐鹅、道州灰鹅、钢鹅、酃县白鹅、狮头鹅、乌鬃鹅、永康灰鹅和定安鹅各30只进行基因组DNA的提取和基因组重测序。研究比对不同鹅种的基因组序列,获得15个籽鹅特异性SNPs位点和15个豁眼鹅特异性SNPs位点,并基于位点的基因组序列信息共设计30对引物。对随机采集的纯种籽鹅、豁眼鹅、长乐鹅、道州灰鹅、定安鹅血样进行PCR扩增和测序验证,结果显示,上述30个特异性SNPs位点可以用于籽鹅和豁眼鹅的品种鉴定,鉴定准确率达100%。本研究鉴定了籽鹅和豁眼鹅的特异性SNP位点及其对应引物,验证了其在品种鉴定中的准确性和可靠性,为家禽品种鉴定及种质资源保护与利用提供了新方法。 展开更多
关键词 籽鹅 豁眼鹅 品种鉴定 snps 遗传资源保护
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利用群体特异性参考基因组鉴定中国瘤牛SNPs的优势
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作者 李艾欣 李紫阳 +4 位作者 陈文洁 田雨阳 雷初朝 李志钢 陈宁博 《畜牧兽医学报》 北大核心 2025年第10期4963-4972,共10页
本研究旨在以中国瘤牛群体特异性基因组为参考基因组,系统评估其在单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)鉴定中的优势。以60头中国瘤牛的全基因组重测序数据为研究对象,分别基于欧洲普通牛参考基因组(ARS-UCD1.2)和中... 本研究旨在以中国瘤牛群体特异性基因组为参考基因组,系统评估其在单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)鉴定中的优势。以60头中国瘤牛的全基因组重测序数据为研究对象,分别基于欧洲普通牛参考基因组(ARS-UCD1.2)和中国瘤牛群体特异性参考基因组(雷琼牛参考基因组:ASM3988116v1)进行SNPs的鉴定和比较。针对利用ARS-UCD1.2基因组检测到的多等位SNPs,构建基因组之间的坐标映射链式文件,将其转换为ASM3988116v1基因组坐标下的双等位SNPs,并开展深度注释分析。结果表明,在分析中国瘤牛群体遗传变异时,利用ASM3988116v1群体特异性参考基因组相较于ARS-UCD1.2基因组具有显著优势:1)可以更全面地鉴定内含子和非翻译区变异,提升低频和罕见变异的检测灵敏度;2)可以降低由于参考偏倚造成的变异鉴定过程中出现的假阳性;3)实现将部分由于基因组参考偏倚过滤掉的多等位SNPs转换为双等位SNPs,这些SNPs共注释到8352个基因,其中包含与瘤牛生长发育及环境适应性相关的重要基因,如肌肉发育(CTNNA1)、免疫(SIL1)、血液循环(VPS13A)、肌肉发育和光周期(EYA3)等。针对我国地方黄牛群体的特异性参考基因组能够提升变异检测灵敏度,降低基因组参考偏倚,并挖掘更多具有重要意义的功能位点,为群体遗传学研究和畜禽精准育种提供了高置信度的数据基础,具有重要的理论与实际意义。 展开更多
关键词 群体特异性参考基因组 单核苷酸多态性 参考偏倚 双等位/多等位基因snps 功能基因
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Genetic signatures of ERCC1 and ERCC2 expression,along with SNPs variants,unveil favorable prognosis in SCLC patients undergoing platinum-based chemotherapy
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作者 ENRICO CALIMAN SARA FANCELLI +10 位作者 FEDERICO SCOLARI ADRIANO PASQUI CLARA MANNESCHI DANIELE LAVACCHI FRANCESCA MAZZONI FRANCESCA GENSINI VALERIA PASINI CAMILLA EVA COMIN LUCA VOLTOLINI SERENA PILLOZZI LORENZO ANTONUZZO 《Oncology Research》 SCIE 2025年第1期45-55,共11页
Background:Platinum chemotherapy(CT)remains the backbone of systemic therapy for patients with smallcell lung cancer(SCLC).The nucleotide excision repair(NER)pathway plays a central role in the repair of the DNA damag... Background:Platinum chemotherapy(CT)remains the backbone of systemic therapy for patients with smallcell lung cancer(SCLC).The nucleotide excision repair(NER)pathway plays a central role in the repair of the DNA damage exerted by platinum agents.Alteration in this repair mechanism may affect patients’survival.Materials and Methods:We conducted a retrospective analysis of data from 38 patients with extensive disease(ED)-SCLC who underwent platinum-CT at the Clinical Oncology Unit,Careggi University Hospital,Florence(Italy),from 2015 to 2020.mRNA expression analysis and single nucleotide polymorphism(SNP)characterization of three NER pathway genes—namely ERCC1,ERCC2,and ERCC5—were performed on patient tumor samples.Results:Overall,elevated expression of ERCC genes was observed in SCLC patients compared to healthy controls.Patients with low ERCC1 and ERCC5 expression levels exhibited a better median progression-free survival(mPFS=7.1 vs.4.9 months,p=0.39 for ERCC1 and mPFS=6.9 vs.4.8 months,p=0.093 for ERCC5)and overall survival(mOS=8.7 vs.6.0 months,p=0.4 for ERCC1 and mOS=7.2 vs.6.2 months,p=0.13 for ERCC5).Genotyping analysis of five SNPs of ERCC genes showed a longer survival in patients harboring the wild-type genotype or the heterozygous variant of the ERCC1 rs11615 SNP(p=0.24 for PFS and p=0.14 for OS)and of the rs13181 and rs1799793 ERCC2 SNPs(p=0.43 and p=0.26 for PFS and p=0.21 and p=0.16 for OS,respectively)compared to patients with homozygous mutant genotypes.Conclusions:The comprehensive analysis of ERCC gene expression and SNP variants appears to identify patients who derive greater survival benefits from platinum-CT. 展开更多
关键词 Small cell lung cancer(SCLC) Nucleotide excision repair(NER)pathway ERCC genes Single nucleotide polymorphisms(snps) Platinumchemotherapy(CT)
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绵羊基因SNPs与卵泡囊肿疾病的相关性分析
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作者 王昊天 赵瑞霞 张天闻 《家畜生态学报》 北大核心 2025年第9期81-87,共7页
为了研究敖汉细毛羊基因SNPs及其与卵泡囊肿疾病之间的关系,采用PCR-RFLP技术对240只患病敖汉细毛羊和432只健康敖汉细毛羊的GHR、GH、PROP1、FecB、GDF9基因SNPs进行检测并基因分型,并将基因分型结果与卵泡囊肿疾病进行关联性分析。结... 为了研究敖汉细毛羊基因SNPs及其与卵泡囊肿疾病之间的关系,采用PCR-RFLP技术对240只患病敖汉细毛羊和432只健康敖汉细毛羊的GHR、GH、PROP1、FecB、GDF9基因SNPs进行检测并基因分型,并将基因分型结果与卵泡囊肿疾病进行关联性分析。结果显示,在GHR、GH、PROP1、FecB、GDF9基因均发现1个酶切SNPs,即HpaII、PvuII、Hin6I、AvaII、Hpy166II SNPs。GHR-HpaII SNPs属于外显子突变,在患病敖汉细毛羊群体中多态信息含量(polymorphism information content,PIC)表现为中度多态,在健康敖汉细毛羊群体中表现为低度多态,与卵泡囊肿疾病显著相关(P<0.05)。GH-PvuII SNPs属于内含子突变,在患病和健康敖汉细毛羊群体中均表现为中度多态,与卵泡囊肿疾病不显著相关(P>0.05)。PROP1-Hin6I SNPs属于外显子突变,在患病和健康敖汉细毛羊群体中均表现为低度多态,与卵泡囊肿疾病不显著相关(P>0.05)。FecB-AvaII SNPs属于编码区突变,在患病和健康敖汉细毛羊群体中均表现为中度多态,与卵泡囊肿疾病不显著相关(P>0.05)。GDF9-Hpy166II SNPs属于启动子突变,在患病和健康敖汉细毛羊群体中均表现为低度多态,与卵泡囊肿疾病不显著相关(P>0.05)。研究结果表明,GHR-HpaII SNPs与敖汉细毛羊的卵泡囊肿疾病相关,可作为敖汉细毛羊繁殖生产和预防生殖疾病工作中的关键分子标记。 展开更多
关键词 敖汉细毛羊 snps 卵泡囊肿疾病 繁殖生产 生殖疾病预防
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全基因组SNPs揭示井冈黑掌鹅种质资源特性与遗传多样性特征
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作者 缪俊杰 张日泉 +9 位作者 吴厚义 游新明 黄奕雯 黄小英 郭震洋 刘建林 肖卫华 郭田华 陈浩 康冬柳 《畜牧兽医学报》 北大核心 2025年第7期3199-3209,共11页
旨在基于全基因组SNPs数据探讨井冈黑掌鹅(Jinggang black-palm goose,JGG)与中国不同地域地方鹅之间的系统发育关系,解析中国家鹅及JGG的遗传多样性和遗传结构,为中国家鹅资源的鉴定与保护提供理论基础。本研究基于81只井冈黑掌鹅和6... 旨在基于全基因组SNPs数据探讨井冈黑掌鹅(Jinggang black-palm goose,JGG)与中国不同地域地方鹅之间的系统发育关系,解析中国家鹅及JGG的遗传多样性和遗传结构,为中国家鹅资源的鉴定与保护提供理论基础。本研究基于81只井冈黑掌鹅和6个地方家鹅品种的120只个体的基因组重测序数据(12×),使用GATK和SnpEff软件对重测序基因组的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)进行检测与注释。基于常染色体SNP,构建系统进化树(neighbour-joining tree,NJ tree),进行主成分分析(principal component analysis,PCA)聚类和Admixture分析,评估中国家鹅的群体结构和遗传多样性。研究结果显示,JGG群体中检测到5955261个SNPs,变异主要富集在基因间区(46.39%)和内含子区(34.56%),外显子区(1.38%)变异较少。NJ tree、PCA和Admixture的结果显示,JGG种群单独聚类,其遗传分化受地理隔离、体型和羽色选育的驱动,显示出与兴国灰鹅、丰城灰鹅以及狮头鹅较近的亲缘关系。JGG的遗传多样性较低,常见SNP为3414168个,多肽位点比例(proportion of polypeptide sites,Pn)、期望杂合度(expected heterozygosity,He)、实际杂合度(observed heterozygosity,Ho)、近交系数(inbreeding coefficient,F)、种群内遗传距离(intra-population genetic distance,DST)以及纯合性片段长度(runs of homozygosity,ROH)分别为0.83、0.26、0.23、0.33±0.09、0.224±0.022和12.87±8.27。该研究结果系统解析了中国家鹅及井冈黑掌鹅的群体遗传结构和基因组特征,结果表明井冈黑掌鹅作为独立的地方品种鹅,其遗传分化主要受地理隔离和表型选育的影响,但其遗传多样较低,种群特征存在丧失的风险,亟需加强对该地方品种的保护与利用。 展开更多
关键词 井冈黑掌鹅 中国家鹅 全基因组snps 遗传多样性 种质资源
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基于多重PCR的SNP基因分型及其在辣椒种质遗传多样性及关联分析中的应用
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作者 黄月琴 陈学军 +5 位作者 方荣 周坤华 雷刚 李歌歌 方钰 袁欣捷 《植物遗传资源学报》 北大核心 2026年第1期132-151,I0047-I0054,共28页
利用简化基因组测序数据,开发了一套基于多重PCR的SNP基因分型panel,包含170个核心SNP标记。利用该SNP panel及30个表型性状对202份辣椒种质进行分析,解析其遗传多样性,发掘辣椒优良表型性状的关联位点。结果表明,170个核心SNP标记分布... 利用简化基因组测序数据,开发了一套基于多重PCR的SNP基因分型panel,包含170个核心SNP标记。利用该SNP panel及30个表型性状对202份辣椒种质进行分析,解析其遗传多样性,发掘辣椒优良表型性状的关联位点。结果表明,170个核心SNP标记分布于12条染色体上,香农指数平均为0.616,多态性信息含量平均为0.334,基因多样性平均值0.428,说明供试材料遗传多样性较好。基于SNP标记的聚类分析、群体结构分析和主成分分析结果较为一致,均将供试材料划分为5个类群,各类群与地理来源和果实形态有一定相关性。30个表型性状变异系数在7.00%~87.88%之间、平均为34.85%,ShannonWiener多样性指数在0.03~2.07之间、平均为1.19,其中单果重的变异系数最大,商品果纵径的Shannon-Wiener多样性指数最大,花冠颜色变异系数和Shannon-Wiener多样性指数均最小;表型性状间大部分存在显著或极显著相关性。进一步对表型性状、SNP标记进行关联分析,结果表明,GLM和MLM两种方法共检测到53个SNP关联位点,与12个表型性状显著关联;GLM和MLM分别可以解释4.83%~48.41%和10.86%~19.19%的表型变异,其中位于4号染色体的980-003标记对花冠颜色的表型变异解释率最高;53个关联位点里有4个位点被两种方法同时检测到。本研究所开发的SNP基因分型panel是一种通量高、准确性好且成本低的基因型鉴定方法,可应用于辣椒遗传结构分析、分子标记辅助育种、品种鉴定等研究。此外,本研究还构建了202份辣椒种质表型性状和基因型数据库,有效地建立了表型与基因型的对应关系,为辣椒优异基因发掘、种质创新和品种遗传改良提供理论指导和材料基础。 展开更多
关键词 辣椒 SNP基因分型 多重PCR 遗传多样性 关联分析
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基于SLAF-seq技术划分糯质玉米自交系杂种优势群
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作者 张垚 孔亮亮 +3 位作者 刘俊峰 宋俏姮 董绍伦 崔阳 《植物遗传资源学报》 北大核心 2026年第2期294-303,I0002-I0008,共17页
为明确糯玉米种质资源的杂种优势群划分,提升糯玉米育种效率,利用SLAF-seq技术对127份糯质玉米自交系进行进化树、主成分和群体遗传结构分析,并结合同来源姊妹系和审定品种进行深入的相互验证分析。结果表明,共获得SLAF标签1129131个和... 为明确糯玉米种质资源的杂种优势群划分,提升糯玉米育种效率,利用SLAF-seq技术对127份糯质玉米自交系进行进化树、主成分和群体遗传结构分析,并结合同来源姊妹系和审定品种进行深入的相互验证分析。结果表明,共获得SLAF标签1129131个和多态性SLAF标签761467个;鉴定出有效SNP标记60968个;最小等位基因频率平均值为0.18,变化范围在0.05~0.50;多态性信息含量平均值为0.26,变化范围在0.09~0.38;自交系间遗传相似系数平均值为0.7783,变化范围在0.7310~0.9638。结合进化树、群体遗传结构分析,将127份自交系划分为温、热两大杂种优势群,温群含4个亚群,热群含3个亚群;33对姊妹系中,30对姊妹系间遗传相似系数大于75%群体自交系间遗传相似系数;12个审定品种中,9个品种的双亲分别位于温、热优势群,3个品种的双亲分别位于热群中不同亚群。本研究中温、热群间具有较强杂种优势,热群亚群间具有一定的杂种优势。研究结果可为自交系间组配和高效育种提供理论依据。 展开更多
关键词 SLAF-seq 糯玉米 自交系 SNP标记 类群划分 杂种优势群
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适于玉米品种鉴定的一套三等位变异SNP新型标记组合
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作者 田红丽 杨扬 +4 位作者 范亚明 易红梅 郭丹丹 王凤格 赵久然 《作物学报》 北大核心 2026年第4期993-1005,共13页
高通量测序、生物信息学以及基因型分型技术的快速发展,为农作物品种的精准鉴定开辟了新的方法路径。本文基于全基因组水平挖掘的78万个初始多等位变异SNP位点,利用生物信息、统计分析、靶向测序验证以及最优遗传算法等方法评估确定了... 高通量测序、生物信息学以及基因型分型技术的快速发展,为农作物品种的精准鉴定开辟了新的方法路径。本文基于全基因组水平挖掘的78万个初始多等位变异SNP位点,利用生物信息、统计分析、靶向测序验证以及最优遗传算法等方法评估确定了一套三等位变异SNP新型标记组合。该组合包含的40个位点均匀分布于玉米的10对染色体上,每对染色体为4个位点。利用200个杂交种和270个自交系的基因型数据对40个SNP位点进行多角度评估,结果显示:(1)对于杂交种和自交系,所有位点的PIC值均高于二等位变异SNP位点的最高值0.375,平均值为0.470和0.480,DP平均值为0.68和0.57。(2)利用40个三等位和96个二等位变异SNP标记的杂交种数据进行品种的两两成对比较,显示差异位点百分比分别集中在50%~85%和50%~70%;自交系数据分析显示,品种间差异分别集中在35%~75%和35%~60%;三等位与二等位变异SNP标记相比,品种间差异位点百分比平均值提高了10%。(3)对于杂交种和自交系,40个SNP位点的第一等位变异频率平均值分别为0.58和0.57,第二等位变异平均值均为0.31,第三等位变异平均值分别为0.11和0.12。(4)聚类结果显示,40个位点将270个自交系精准划分为10个杂种优势类群,与高密度芯片划分结果一致。综上所述,本研究报道了一套高质量、高鉴别力的三等位变异核心SNP标记位点组合,为玉米品种鉴定提供了一种新型标记类型;凭借其更高的变异解析能力,有望与现有标记类型形成互补,推动农作物分子鉴定技术的发展。 展开更多
关键词 玉米 品种鉴定 SNP位点 三等位变异 核心位点组合
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基于基因组的SNP和ROH的河套大耳猪群体遗传结构解析
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作者 田明 王文清 +8 位作者 程士哲 何鑫淼 王文涛 吴赛辉 王坤 李虎山 王玮婕 张龙超 刘娣 《畜牧兽医学报》 北大核心 2026年第2期659-667,共9页
旨在通过基因组学方法系统评估河套大耳猪的群体遗传特征,为其种质资源保护提供科学依据。本研究基于50K SNP芯片数据,采用plink(v1.90)、GCTA软件(v1.93)、MEGAX(v10.0)等软件进行分析获得PCA、遗传距离、亲缘关系、近交系数以及系统... 旨在通过基因组学方法系统评估河套大耳猪的群体遗传特征,为其种质资源保护提供科学依据。本研究基于50K SNP芯片数据,采用plink(v1.90)、GCTA软件(v1.93)、MEGAX(v10.0)等软件进行分析获得PCA、遗传距离、亲缘关系、近交系数以及系统发育树信息,利用多维度分析方法对78头河套大耳猪进行检测。群体结构分析表明,该群体可划分为4个亚群,平均遗传距离为0.793,6个公猪血统构成其家系基础。基因组纯合片段(ROH)分析共检测到2601个片段,个体平均携带21个ROH,平均长度7.77 Mb,群体近交系数(F_(ROH))为0.13。综合分析显示,该群体具有家系数量有限、公畜血统较少、中等亲缘关系、低近交水平等特点。这些基因组层面的研究结果为河套大耳猪的种群优化和遗传改良提供了重要参考。 展开更多
关键词 河套大耳猪 群体结构 基因组纯合片段(ROH) 单核苷酸多肽性(SNP) 遗传多样性
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基于KASP技术的西荷杂交牛与荷斯坦牛抗病性基因多态性研究
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作者 房文斌 董峰 +2 位作者 林为民 蔺文龙 窦立静 《中国奶牛》 2026年第1期30-34,共5页
为揭示西荷杂交牛与荷斯坦牛抗病性遗传差异,选取西荷杂交牛(F_(1))37头、荷斯坦牛59头,研究牛乳房炎抗性相关的TLR2、BLF、LF、NrampI、BoLA、IL8、CXCR1和TLR4等基因的18个SNPs位点,采用KASP技术进行基因分型。经检测,18个SNPs中,M00... 为揭示西荷杂交牛与荷斯坦牛抗病性遗传差异,选取西荷杂交牛(F_(1))37头、荷斯坦牛59头,研究牛乳房炎抗性相关的TLR2、BLF、LF、NrampI、BoLA、IL8、CXCR1和TLR4等基因的18个SNPs位点,采用KASP技术进行基因分型。经检测,18个SNPs中,M00129、M00133、M00134和M00137在所检测群体只有一个基因型,M00141有两个基因型,其他标记在群体中分型良好,都有三个分型。排除无多态性和检测结果高度一致标记,选择TLR2、NrampI、BLF、BoLA、CXCR1和TLR4六个基因的9个位点进行牛乳房炎抗性分析,荷斯坦牛的乳房炎抗性评分为1.30±0.38,西荷杂交牛乳房炎抗性评分为1.22±0.36,荷斯坦牛的乳房炎抗性评分稍高于西荷杂交牛,差异不显著。 展开更多
关键词 单核苷酸多态性(SNP) 竞争性等位基因特异性聚合酶链式反应(KNSP) 西荷杂交牛 荷斯坦牛 抗病基因
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罗非鱼MC4R基因克隆及与其生长相关的SNPs位点 被引量:27
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作者 刘福平 白俊杰 +3 位作者 叶星 李胜杰 李小慧 于凌云 《中国水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2009年第6期816-823,共8页
黑素皮质素受体-4(Melanocortin receptor-4,MC4R)是5种已发现的黑素皮质素受体家族成员之一,属于跨膜G-蛋白耦联受体超级家族,对于调节动物的采食量、体质量及能量稳态有着重要的作用。本研究采用基因组步移技术获得了尼罗罗非鱼(Oreoc... 黑素皮质素受体-4(Melanocortin receptor-4,MC4R)是5种已发现的黑素皮质素受体家族成员之一,属于跨膜G-蛋白耦联受体超级家族,对于调节动物的采食量、体质量及能量稳态有着重要的作用。本研究采用基因组步移技术获得了尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)MC4R基因组DNA序列。该基因全长2547bp,其中5′侧翼序列长为1481bp,3′侧翼序列长为82bp,编码区序列长为984bp,只有1个外显子。采用PCR产物直接测序法、PCR-RFLP和CRS-PCR技术对尼罗罗非鱼MC4R基因启动子和外显子区域进行了SNPs位点的检测和分型,结果共检测到5个SNPs位点(-G1000C、-T974A、C276T、C561T和C708T),其中外显子上的3个SNPs位点均为同义突变。利用一般线性模型分析5个SNPs位点与尼罗罗非鱼生长性状的关系,结果表明,5个SNPs位点不同基因型之间体质量均值差异最大值分别为9.5%、23.2%、14.4%、18.6%和13.5%,没有达到显著水平(P>0.05)。将5个SNPs位点不同基因型组合成7种双倍型(去掉频率小于3%的组合),关联分析表明,在体质量和体长这2个主要生长性状方面,双倍型D4与D1、D3、D6存在显著性差异(P<0.05),双倍型D2与D3、D6也存在显著性差异(P<0.05)。因而可以考虑将MC4R基因作为影响罗非鱼体质量等生长性状的候选基因,应用于罗非鱼分子标记辅助育种。 展开更多
关键词 尼罗罗非鱼 MC4R snps 双倍型 关联分析
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藏鸡IGF-I基因的SNPs检测及与生长性状的关联分析 被引量:20
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作者 李长春 李进 +7 位作者 李奎 强巴央宗 莫德林 纪素玲 朱志明 徐日福 钟强 刘榜 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第11期1111-1116,共6页
通过PCR-RFLP技术对藏鸡和隐性白羽鸡类胰岛素生长因子-I(IGF-I)基因的5′非翻译区(UTR)的2个位点进行了多态性检测。检测结果显示,该基因具有HinfI和PstI多态现象。测序结果表明,HinfI识别位点发生了A→C突变,PstI识别位点发生了C→T突... 通过PCR-RFLP技术对藏鸡和隐性白羽鸡类胰岛素生长因子-I(IGF-I)基因的5′非翻译区(UTR)的2个位点进行了多态性检测。检测结果显示,该基因具有HinfI和PstI多态现象。测序结果表明,HinfI识别位点发生了A→C突变,PstI识别位点发生了C→T突变,从而在2群体中分别产生了3种基因型,而出现了8种单倍型组合。单倍型组合的χ2检验结果表明,2个品种间存在极显著差异(P<0.01)。方差分析结果显示,品种对所分析的17个生长发育性状都有显著影响(P<0.05或P<0.01),性别对6个生长发育性状有显著影响(P<0.05或P<0.01),而基因型或单倍型组合对5个生长发育性状(初生重、2周龄体重和胫围、7周龄体斜长以及16周龄胫围)有显著影响(P<0.05或P<0.01)。同时,基因型或单倍型组合与品种之间的互作对鸡的部分生长发育性状也有一定的影响。另外,基因型CT在鸡初生重和7周龄体斜长上显著(P<0.05)或极显著地(P<0.01)高于基因型CC和TT,而单倍型组合A+T/C+T在鸡初生重、2周龄体重和胫围以及16周龄胫围上显著(P<0.05)或极显著地(P<0.01)高于其它6种单倍型组合。 展开更多
关键词 藏鸡 隐性白羽鸡 IGF-I基因 snps检测 生长发育性状 关联分析 RFLP
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荷斯坦奶牛STAT5A基因的SNPs检测及其与产奶性状的关联分析 被引量:16
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作者 何峰 孙东晓 +2 位作者 俞英 王雅春 张沅 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第4期326-331,共6页
根据GenBank公布的牛STAT5A基因的2个SNPs(AJ237937和AF079568)的引物序列,采用PCR-SS-CP方法对758头中国荷斯坦奶牛进行了STAT5A基因多态性检测,并将其与5个产奶性状进行了关联分析。在SNP1的9501碱基处发现A→G突变;SNP2中发现2个连... 根据GenBank公布的牛STAT5A基因的2个SNPs(AJ237937和AF079568)的引物序列,采用PCR-SS-CP方法对758头中国荷斯坦奶牛进行了STAT5A基因多态性检测,并将其与5个产奶性状进行了关联分析。在SNP1的9501碱基处发现A→G突变;SNP2中发现2个连锁点突变,即12 440位T→C和12 550位的CCT插入/缺失;方差分析结果表明:SNP1对乳蛋白率有显著影响(P<0.05);SNP2对产奶量有极显著影响(P<0.01),对乳脂量、乳蛋白量有显著影响(P<0.05);单倍型组合对产奶量和乳蛋白量有极显著影响(P<0.01),对乳脂量有显著影响(P<0.05)。多重比较分析表明SNP2的AB基因型的产奶量、乳脂量和乳蛋白量的最小二乘均数极显著(P<0.01)或显著(P<0.05)高于基因型AA;而单倍型组合H1H2的产奶量、乳脂量和乳蛋白量的最小二乘均数显著(P<0.05)或极显著(P<0.01)高于其它4种单倍型组合;H3H4对产奶量和乳蛋白量的效应极显著高于其它4种单倍型组合(P<0.01)。结果提示:STAT5A基因可以作为奶牛产奶性状的候选分子遗传标记。 展开更多
关键词 荷斯坦奶牛 STAT5A基因 产奶性状 snps 单倍型PCR-SSCP
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中国西门塔尔牛CAPN1基因SNPs及其与经济性状关联分析 被引量:13
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作者 田璐 岳文斌 +4 位作者 李姣 袁峥嵘 高雪 李俊雅 许尚忠 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第6期785-789,共5页
本研究旨在分析CAPN1基因部分SNPs与中国西门塔尔牛经济性状的关联性。试验选取同龄、同场的135头中国西门塔尔牛为材料,利用PCR-RFLP方法检测CAPN1 316和CAPN1 4751 2个SNPs位点的多态性,并进行方差分析。结果发现,CAPN1 316SNP位点与... 本研究旨在分析CAPN1基因部分SNPs与中国西门塔尔牛经济性状的关联性。试验选取同龄、同场的135头中国西门塔尔牛为材料,利用PCR-RFLP方法检测CAPN1 316和CAPN1 4751 2个SNPs位点的多态性,并进行方差分析。结果发现,CAPN1 316SNP位点与大理石花纹显著相关(P<0.05),杂合子AB基因型个体的大理石纹评分显著高于AA和BB基因型个体(P<0.05);CAPN1 4751位点与大理石花纹和剪切力显著相关(P<0.05),大理石花纹性状中杂合子AB基因型个体评分显著高于AA基因型个体,剪切力性状中BB基因型个体显著高于AA基因型个体。结果表明,CAPN1 316和CAPN1 4751位点适合用于中国西门塔尔牛眼肌、肌肉大理石花纹的分子标记选择。 展开更多
关键词 中国西门塔尔牛 CAPN1基因 snps 经济性状 关联分析
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4个绵羊品种Leptin基因部分片段的SNPs多态性与生长发育性状的相关性分析 被引量:14
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作者 黄丹丽 陈仁金 +5 位作者 杨章平 毛永江 李云龙 田黛君 陈亮 赵晓勇 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第12期1640-1646,共7页
利用PCR-SSCP技术对萨福克、陶赛特、得克塞尔及滩羊4个绵羊品种358个个体Leptin基因等2、3外显子进行多态性分析,共检测到7个SNPs,其中新发现5个SNPs。测序结果表明,在外显子2上无突变。内含子2上存在A99G、G115A、C150T、C171T位点。... 利用PCR-SSCP技术对萨福克、陶赛特、得克塞尔及滩羊4个绵羊品种358个个体Leptin基因等2、3外显子进行多态性分析,共检测到7个SNPs,其中新发现5个SNPs。测序结果表明,在外显子2上无突变。内含子2上存在A99G、G115A、C150T、C171T位点。外显子3上,存在G271A;C316A;G387T位点。外显子3上的SNPs使编码的氨基酸发生变化。统计分析表明A99G、C150T和A99G+C150T位点与生长发育性状存在相关性。在A99G位点,Aa基因型初生质量、日增质量、体高、胸围和尻宽指标上均高于AA基因型,初生质量、日增质量和体高指标差异显著(P<0.05),胸围和尻宽指标差异极显著(P<0.01)。C150T和A99G+C150T位点结果一致,突变基因型日增重、体高、体长、胸围和尻宽指标均高于野生基因型,差异显著(P<0.05)。 展开更多
关键词 绵羊 LEPTIN基因 snps 生长发育性状
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检测线粒体DNA SNPs的快速测定法——引物延伸—飞行时间质谱法 被引量:9
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作者 许传超 蔡贵庆 +4 位作者 伍新尧 邓慧敏 赵方 童大跃 李建金 《中山大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2003年第5期90-92,共3页
用PCR扩增出人类mtDNAHVⅠ区443bp片段作为模板,以nt16093位点特异的引物进行引物延伸反应。产物经纯化后利用MALDI_TOF质谱技术进行检测,从而建立起引物延伸-飞行时间质谱法快速检测SNPs的技术,并用该法对人类mtDNAHVⅠ区SNPs位点nt16... 用PCR扩增出人类mtDNAHVⅠ区443bp片段作为模板,以nt16093位点特异的引物进行引物延伸反应。产物经纯化后利用MALDI_TOF质谱技术进行检测,从而建立起引物延伸-飞行时间质谱法快速检测SNPs的技术,并用该法对人类mtDNAHVⅠ区SNPs位点nt16093的T C多态性进行频率调查。结果为广州地区汉族人群的mtDNAHVⅠ区多态位点nt16093T型的频率为89 6%,C型的频率为10 4%。并且发现3例异质性。 展开更多
关键词 飞行时间质谱 引物延伸 snps 异质性 线粒体DNA 广州地区 汉族人群
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优质鸡MEF2A基因的SNPs检测及其与屠体性状的相关研究 被引量:12
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作者 周艳 刘益平 +2 位作者 蒋小松 杜华锐 朱庆 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第8期1164-1170,共7页
为了解优质鸡MEF2A基因SNPs与屠体性状的相关性,以240只大恒优质肉鸡为材料,应用12对引物,采用PCR-SSCP技术对肌细胞特异性增强子因子2A(MEF2A)基因进行多态性检测。结果在该研究群体中检测到MEF2A基因的3个SNPs位点46 023 nt(C→T,SNP1... 为了解优质鸡MEF2A基因SNPs与屠体性状的相关性,以240只大恒优质肉鸡为材料,应用12对引物,采用PCR-SSCP技术对肌细胞特异性增强子因子2A(MEF2A)基因进行多态性检测。结果在该研究群体中检测到MEF2A基因的3个SNPs位点46 023 nt(C→T,SNP1)、72 626 nt(G→A,SNP2)和89 232 nt(G→T,SNP3)。关联分析结果表明,MEF2A基因3个SNPs位点及其双倍型对部分屠体性状有显著(P<0.05)或极显著(P<0.01)影响。最小二乘分析结果表明,SNP1中,基因型A2A2个体的活体质量、屠体质量、胸肌质量和腹脂质量最小二乘均值显著(P<0.05)或极显著(P<0.01)大于A1A1个体;SNP2中,基因型B1B1个体的活体质量、屠体质量、胸肌质量、腿肌质量和腹脂质量的最小二乘均值显著(P<0.05)或极显著(P<0.01)大于B2B2个体;SNP3中的基因型C1C1个体的半净膛率显著高于基因型C2C2个体(P<0.05)。双倍型H1H2组合的活体质量、屠体质量、胸肌质量和腿肌质量的最小二乘均值均高于其他双倍型组合。H5H5双倍型的活体质量、屠体质量和胸肌质量的最小二乘均值均为最低。初步推断MEF2A基因可以作为影响鸡屠体性状的分子标记。 展开更多
关键词 MEF2A基因 snps 单倍型 屠宰性状
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大口黑鲈转录组SNPs筛选及其与生长的关联分析 被引量:18
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作者 全迎春 马冬梅 +3 位作者 白俊杰 刘浩 李胜杰 刘海涌 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第6期1128-1134,共7页
为开发人工饲料代替冰鲜杂鱼养殖大口黑鲈的分子标记,以食用冰鲜鱼和配合饲料的同批大口黑鲈为研究材料,利用RNA-Seq(RNA sequencing)技术挖掘SNPs(Single nucleotide polymorphisms)标记,并以关联分析筛选可用于育种的候选标记。转录... 为开发人工饲料代替冰鲜杂鱼养殖大口黑鲈的分子标记,以食用冰鲜鱼和配合饲料的同批大口黑鲈为研究材料,利用RNA-Seq(RNA sequencing)技术挖掘SNPs(Single nucleotide polymorphisms)标记,并以关联分析筛选可用于育种的候选标记。转录组进行测序共获得174 M数据,8681个SNPs位点。挑选其中具有表达差异的50个SNPs位点进行SNa Pshot分型,结果39个分型成功,其中有4个为假阳性,通过转录组技术开发出SNPs标记35个,成功率为70.0%。为进一步检验这些标记是否可用于评估驯食饲料的大口黑鲈选育研究,研究以327尾摄食人工配合饲料的大口黑鲈为试验材料,SPSS软件进行一般线性模型分析SNPs的不同基因型与生长性状的相关性,结果显示有2个SNPs位点与体质量、全长和体高等生长性状存在显著相关性(P<0.05),可作为候选标记用于大口黑鲈的分子辅助育种。由于转录组数据直接反应基因的表达情况,从中挖掘与性状相关的优势基因型与分子标记的成功率高,效果较好。同时也为解决大口黑鲈选育研究中标记缺乏提供了有效途径,为选育提供遗传依据、加速育种进程。 展开更多
关键词 转录组测序(RNA-Seq) 大口黑鲈 单核苷酸多态(snps) 生长性状
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