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基于PCR-DGGE技术分析浓香白酒窖泥梭菌多样性
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作者 吴玉轩 汪俊卿 +4 位作者 刘玉涛 张梦梦 任广花 王文洁 崔吉鹏 《酿酒科技》 2024年第2期46-52,58,共8页
窖泥是浓香型白酒酿制过程中最主要的微生物源,窖泥中微生物的类型、丰度、新陈代谢活动等均对浓香型白酒品质产生很大的影响。为探究窖泥中梭菌微生物的多样性,利用窖泥理化结合聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳技术对10个窖泥样品中... 窖泥是浓香型白酒酿制过程中最主要的微生物源,窖泥中微生物的类型、丰度、新陈代谢活动等均对浓香型白酒品质产生很大的影响。为探究窖泥中梭菌微生物的多样性,利用窖泥理化结合聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳技术对10个窖泥样品中的梭菌群落及变化规律进行研究。结果表明,所选10个窖泥的理化参数均符合优质窖泥指标要求;在微生物层面,窖泥中检测到的梭菌在属水平上有:嗜碱菌属、丁酸弧菌属、梭菌属、喜热菌属、瘤胃梭菌属、粪球菌属、沉淀杆菌属(Sedimentibacter)、钙原杆菌属(Caldicoprobacter)、温带菌(Tepidimicrobium)、梯氏菌(Tissierella)、孢子菌(Sporanaerobacter)、硫酸盐还原菌属、鲁替孢菌属和梭状芽胞杆菌(Clostridiisalibacter)等,这些菌是优质窖泥的重要指示菌,可知窖泥中含有极其丰富的酿酒功能菌。揭示了可能在白酒酿造中起关键作用的梭菌菌群,在分子水平上为研究浓香型白酒提供了理论依据。 展开更多
关键词 浓香型白酒 窖泥 聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(pcr-dgge) 梭菌群落 多样性
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凡纳滨对虾咸淡水养殖系统内细菌群落组成的PCR-DGGE分析 被引量:40
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作者 罗鹏 胡超群 +3 位作者 谢珍玉 张吕平 任春华 许尤厚 《热带海洋学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第2期49-53,共5页
采用PCR(polym erase chain reaction)-DGGE(denaturing grad ient gel electrophoresis)及传统的微生物培养方法对凡纳滨对虾Litopenaeus vannam ei咸淡水养殖系统内各种环境的细菌群落组成进行了比较研究。传统的微生物培养计数表明,... 采用PCR(polym erase chain reaction)-DGGE(denaturing grad ient gel electrophoresis)及传统的微生物培养方法对凡纳滨对虾Litopenaeus vannam ei咸淡水养殖系统内各种环境的细菌群落组成进行了比较研究。传统的微生物培养计数表明,从海湾水、养殖池水到对虾粪样,细菌和弧菌的数量表现出依次增加的趋势,粪样及肠壁中弧菌的数量高出外界水环境1—4个数量级。相对于外界水环境,粪样中有很高的芽孢杆菌孢子含量,但是肠壁定植细菌中不存在芽孢杆菌(孢子)。PCR-DGGE及聚类分析结果表明,从海湾沿岸、养殖池、对虾粪便到对虾肠壁,细菌群落的多样性由高到低,无论是在哪种环境,群落的优势种都十分明显,且只有2—4种。来自同一环境各样品间的细菌群落组成非常相似,来自不同环境的样品,其细菌群落组成差别较大。聚类图上各簇的排列顺序反映了样品在取样空间分布上的毗邻次序和它们的相似程度。 展开更多
关键词 pcr-dgge 凡纳滨对虾 LITOPENAEUS vannamei 咸淡水养殖系统 细菌群落
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重金属复合污染农田土壤DNA的快速提取及其PCR-DGGE分析 被引量:57
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作者 滕应 骆永明 +3 位作者 赵祥伟 李振高 宋静 吴龙华 《土壤学报》 CAS CSCD 北大核心 2004年第3期343-347,共5页
国内首次运用FastPrep○R 核酸快速提取系统提取了重金属复合污染农田土壤的DNA ,并对其进行了聚合酶链反应—变性梯度凝胶电泳 (PCR DGGE)分析。结果表明 ,FastPrep○R核酸提取仪与相应的FastD NASPINKitforSoil试剂盒联用时 ,能有效... 国内首次运用FastPrep○R 核酸快速提取系统提取了重金属复合污染农田土壤的DNA ,并对其进行了聚合酶链反应—变性梯度凝胶电泳 (PCR DGGE)分析。结果表明 ,FastPrep○R核酸提取仪与相应的FastD NASPINKitforSoil试剂盒联用时 ,能有效地分离到纯度较高的重金属污染农田土壤的DNA。PCR DGGE电泳图谱表明 ,PCR产物经DGGE检测后得到的电泳条带清晰且分离效果好 ,可以明显反映出重金属复合污染导致了农田土壤微生物在基因上的损伤 ,影响到农田土壤生态系统的细菌丰富度 ,改变了土壤环境的优势菌群 ,从而使农田土壤微生物群落结构多样性发生变化。可见 ,FastPrep○R核酸提取系统同样适用于重金属污染农田土壤环境中微生物基因组DNA的快速分离和纯化 ,得到的DNA可直接用于PCR DGGE分析。 展开更多
关键词 重金属复合污染 土壤污染 提取技术 pcr-dgge 农田土壤DNA FastPrep核酸快速提取系统 土壤微生物
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基于PCR-DGGE技术分析生物絮团的细菌群落结构 被引量:36
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作者 夏耘 郁二蒙 +5 位作者 谢骏 余德光 王广军 李志斐 王海英 龚望宝 《水产学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第10期1563-1571,共9页
在草鱼养殖过程中添加碳源(葡萄糖)维持水体C∶N为20∶1以培养生物絮团,通过对生物絮团细菌群落构成进行种类鉴定来评价生物絮团中功能微生物的组成。采用PCR-DGGE(变性梯度凝胶电泳)技术分析生物絮团形成第5、10和15天的细菌群落结构。... 在草鱼养殖过程中添加碳源(葡萄糖)维持水体C∶N为20∶1以培养生物絮团,通过对生物絮团细菌群落构成进行种类鉴定来评价生物絮团中功能微生物的组成。采用PCR-DGGE(变性梯度凝胶电泳)技术分析生物絮团形成第5、10和15天的细菌群落结构。DGGE指纹图谱结果分析表明:第5天和第10天的相似性最高,达67.4%;第5天和第15天相似性系数最低仅为40.5%。第10天时微生物多样性最高,第15天时多样性最低。对DGGE指纹图谱特征条带进行回收、克隆测序,结果表明,生物絮团培养过程主要微生物类群隶属于以下6个纲:α-变形菌纲(Alphaproteobacteria)、γ-变形菌纲(Gammaproteobacteria)、β-变形菌纲(Betaproteobacteria)、放线菌纲(Actinobacteria)、芽孢杆菌纲(Bacilli)、拟杆菌纲(Bacteroidetes),其中α-、β-及γ-变形菌占据主要位置。α-proteobacteria为3个阶段的共有优势菌,第5天时特异菌包括食酸菌属(Acidovorax)、气单胞菌属(Aeromonas)、土壤杆菌属(Agrobacterium),第10天和15天分别为芽孢杆菌属(Bacillus)与红球菌属(Rhodococcus)。研究首次发现,生物絮团应用于淡水养殖系统时细菌的组成和多样性都极其丰富,通过结合分析这些微生物的功能特点,为生物絮团技术在实际养殖生产中的进一步应用奠定基础。 展开更多
关键词 生物絮团 细菌群落结构 α-变形菌属 pcr-dgge
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Biolog和PCR-DGGE技术解析椒江口沉积物微生物多样性 被引量:30
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作者 杜萍 刘晶晶 +5 位作者 沈李东 胡宝兰 曾江宁 陈全震 寿鹿 廖一波 《环境科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第6期1436-1444,共9页
采用Biolog和PCR-DGGE技术对椒江口6个站位表层沉积物群落水平的微生物代谢功能和以16S rRNA基因标记的细菌遗传多样性进行分析,并对其代谢功能和群落结构与沉积物污染物等参数进行冗余梯度分析(Redundancy gradient analysis,RDA)和典... 采用Biolog和PCR-DGGE技术对椒江口6个站位表层沉积物群落水平的微生物代谢功能和以16S rRNA基因标记的细菌遗传多样性进行分析,并对其代谢功能和群落结构与沉积物污染物等参数进行冗余梯度分析(Redundancy gradient analysis,RDA)和典范对应分析(Canonicalcorrespondence analysis,CCA).Biolog分析结果表明,微生物群落整体代谢活性由高到低的顺序为:潮间带(B1、B2)、入海口处(A3)>入海口内(A1、A2)>入海口外(A4);碳源代谢的Shannon-Wiener多样性指数范围为2.09~3.25,由高到低的顺序为:潮间带(B1、B2)、入海口处(A3)>河道内(A1)>近入海口处(A2)>入海口外(A4);潮间带、入海口处及河道内的微生物对各类碳源的相对利用率较平均,而近入海口处和入海口外的微生物群落对聚合物的相对利用率较高,对氨基酸类和胺类的相对利用率较低.DGGE图谱分析表明,细菌群落结构沿河口盐度梯度存在空间异质性,但两潮间带站位的相似度高(82.27%);遗传基因的Shannon-Wiener多样性指数范围为1.68~2.87,由高到低的顺序为:潮间带>入海口处>入海口外>近入海口处>河道内.群落代谢功能与理化因子的RDA显示,有机质和硝基苯的分布能较好地解释微生物群落代谢功能的变化;群落遗传结构与理化因子的CCA显示,硝基苯和多环芳烃的分布能较好地解释细菌群落遗传结构的变化.综上结果认为,椒江口沉积物的微生物代谢及遗传多样性符合典型的河口特征,但入海口内微生物沉积环境已表现出对某些化工污染物的响应. 展开更多
关键词 BIOLOG pcr-dgge 椒江口沉积物 微生物代谢功能 细菌群落结构 多样性
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利用ERIC-PCR和PCR-DGGE技术分析喂服枯草芽孢杆菌肉鸡肠道菌群的多样性 被引量:31
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作者 潘康成 陈正礼 +3 位作者 崔恒敏 冯兴 盛琴 赵爽 《动物营养学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第4期985-991,共7页
本文旨在采用ERIC-PCR和PCR-DGGE方法研究肉鸡喂服枯草芽孢杆菌后肠道菌群的多样性。选用15羽28日龄肉鸡,按2mL/kgBW喂服枯草芽孢杆菌悬液(109CFU/mL),每天2次,连续3d,34日龄时,利用ERIC-PCR和PCR-DGGE方法分析肠道菌群的多样性,并对DGG... 本文旨在采用ERIC-PCR和PCR-DGGE方法研究肉鸡喂服枯草芽孢杆菌后肠道菌群的多样性。选用15羽28日龄肉鸡,按2mL/kgBW喂服枯草芽孢杆菌悬液(109CFU/mL),每天2次,连续3d,34日龄时,利用ERIC-PCR和PCR-DGGE方法分析肠道菌群的多样性,并对DGGE条带进行回收、测序。结果表明,肉鸡口服枯草芽孢杆菌后各肠段的条带数显著多于对照组(P<0.05或P<0.01),2种方法检测结果相似,2组之间肠道总菌群相似性为53.2%;电泳指纹图谱和统计条带数量分析,PCR-DGGE明显优于ERIC-PCR;回收条带以乳杆菌属细菌为主。结果提示,34日龄肉鸡肠道菌群具有一定的稳定性,以乳杆菌为主要菌群,饲喂芽孢杆菌后能提高肉鸡肠道菌群的丰度和种群密度;PCR-DGGE检测方法明显优于ERIC-PCR。 展开更多
关键词 枯草芽孢杆菌 肉鸡 肠道菌群 多样性 ERIC-PCR pcr-dgge
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刺参消化道内含物细菌群落组成的PCR-DGGE分析 被引量:26
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作者 高菲 孙慧玲 +3 位作者 许强 谭杰 燕敬平 王清印 《中国水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2010年第4期671-680,共10页
利用PCR-DGGE技术研究刺参(Apostichopus japonicus)前肠、中肠和后肠内含物的细菌群落组成。通过软件Bio-rad Quantity one分析DGGE指纹图谱,发现刺参后肠内含物的条带数目显著高于前肠和中肠(P=0.003,P=0.016),表明刺参后肠内含物的... 利用PCR-DGGE技术研究刺参(Apostichopus japonicus)前肠、中肠和后肠内含物的细菌群落组成。通过软件Bio-rad Quantity one分析DGGE指纹图谱,发现刺参后肠内含物的条带数目显著高于前肠和中肠(P=0.003,P=0.016),表明刺参后肠内含物的细菌多样性最高,其次是中肠;前肠内含物的细菌多样性最低。UPGMA聚类分析发现,不同刺参个体其后肠的细菌群落组成差异最小,前肠的细菌群落差异最大。经DGGE分离、条带切割和序列测定,共获得了13条序列,系统发育分析表明,刺参消化道内含物的细菌群落可主要归属于5大类群,即α-变形菌纲(α-proteobacteria)、γ-变形菌纲(γ-proteobacteria)、δ-变形菌纲(δ-proteobacteria)、拟杆菌纲(Bacteroidetes)和柔膜菌纲(Mollicutes)。刺参前肠、中肠和后肠内含物的优势菌群均为γ-proteobacteria。Blast分析显示,其中12条与之亲缘关系最近的序列来自从海洋环境中获得的细菌克隆,表明刺参消化道的细菌群落可能直接或间接来源于刺参的栖息地环境。 展开更多
关键词 刺参 pcr-dgge 消化道内含物 细菌群落
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三种室内饲养鱼类肠道微生物群落PCR-DGGE指纹分析 被引量:27
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作者 李学梅 余育和 +3 位作者 解绶启 颜庆云 陈宇航 董小林 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第3期423-429,共7页
以室内饲养的斑点叉尾(Ictalurus punctatus)、银鲫和异育银鲫(中科三号)(Carassius auratus gibelio)幼鱼为对象,通过PCR-DGGE指纹技术对其肠道微生物群落进行了探索研究。在三种鱼的肠道中检测到不同的PCR-DGGE指纹谱带,其中斑点叉... 以室内饲养的斑点叉尾(Ictalurus punctatus)、银鲫和异育银鲫(中科三号)(Carassius auratus gibelio)幼鱼为对象,通过PCR-DGGE指纹技术对其肠道微生物群落进行了探索研究。在三种鱼的肠道中检测到不同的PCR-DGGE指纹谱带,其中斑点叉尾的平均谱带数(7.5)相对于银鲫和异育银鲫的谱带数(分别为15和14)要少。基于PCR-DGGE指纹谱带及各谱带相对丰度的UPGMA聚类和MDS排序结果显示银鲫和异育银鲫肠道微生物相似性高,而与斑点叉尾的差异比较大;rank-abundance散点图及回归分析也显示斑点叉尾与银鲫、异育银鲫肠道微生物群落存在显著差异(P<0.05),而银鲫和异育银鲫之间无显著差异(P=0.383)。在斑点叉尾肠道中检测到的菌群主要是变形杆菌,包括γ-变形杆菌和α-变形杆菌;而银鲫和异育银鲫肠道中菌群主要包括梭杆菌属中的类群,还包括变形杆菌门中的气单胞菌属,以及一些未知的类群。以上结果均表明在所研究的三种鱼的幼鱼阶段,其肠道微生物组成在不同种类鱼中存在差异,且该差异受基因型的影响可能更大。 展开更多
关键词 斑点叉尾 银鲫 异育银鲫 pcr-dgge 肠道微生物群落
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生物炭对农田土壤细菌群落多样性影响的PCR-DGGE分析 被引量:34
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作者 何莉莉 杨慧敏 +4 位作者 钟哲科 公丕涛 刘玉学 吕豪豪 杨生茂 《生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第15期4288-4294,共7页
为评价生物炭对农田土壤细菌群落多样性的影响,对不同施肥方式农田土壤细菌总DNA进行提取和16S rDNA特异性扩增,运用变性梯度凝胶电泳DGGE的分子生物学技术,对施肥土壤细菌群落的多样性进行表征。DGGE电泳结果表明,不同处理均可得到20... 为评价生物炭对农田土壤细菌群落多样性的影响,对不同施肥方式农田土壤细菌总DNA进行提取和16S rDNA特异性扩增,运用变性梯度凝胶电泳DGGE的分子生物学技术,对施肥土壤细菌群落的多样性进行表征。DGGE电泳结果表明,不同处理均可得到20条以上的电泳条带,说明水稻土土壤细菌群落较丰富。从泳道条带数量及光密度值方面对细菌群落多样性指标比较发现,施加生物炭的土壤(T2、T3、T4)细菌丰富度最高,细菌种群较多,其次为秸秆还田处理土壤(T1),而空白对照处理土壤(CK1)细菌群落丰富度最低,各处理之间的细菌种群均匀度指数差异不显著;对细菌群落的条带信息与土壤理化性质进行相关性分析得到,细菌群落的结构变化与各土壤理化性质的相关性大小依次为速效钾>总有机碳>有效磷>全氮>pH。 展开更多
关键词 细菌菌落 多样性 变性梯度凝胶电泳(pcr-dgge) 生物炭 秸秆还田
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泸州老窖不同窖龄窖泥中乳酸菌多样性PCR-DGGE分析 被引量:19
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作者 熊亚 陈强 +3 位作者 唐玉明 吴英英 任道群 陈翠平 《应用与环境生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第6期1020-1024,共5页
乳酸菌是窖泥中的重要功能菌群,参与了浓香型白酒风味形成,因而探明窖泥中乳酸菌的种群特征,对于提高白酒品质具有重要意义.采用PCR-DGGE技术对泸州老窖不同窖龄窖泥乳酸菌种群进行了分析.结果显示,根据DGGE图谱条带情况,不同窖泥样品... 乳酸菌是窖泥中的重要功能菌群,参与了浓香型白酒风味形成,因而探明窖泥中乳酸菌的种群特征,对于提高白酒品质具有重要意义.采用PCR-DGGE技术对泸州老窖不同窖龄窖泥乳酸菌种群进行了分析.结果显示,根据DGGE图谱条带情况,不同窖泥样品中乳酸菌多样性差异明显;多样性指数分析结果表明,样品的Patrick丰富度指数R介于14-19,Shannon-Wiener指数H值介于2.634 5-2.888 9之间,Simpson指数C值介于0.055 7-0.071 9.根据图谱选取16条DGGE条带进行序列分析,它们分属于Lactobacillus(乳杆菌属)、Pediococcus(片球菌属)、Weissella(魏斯氏菌属)、Enterococcus(肠球菌属)、Exiguobacterium(微小杆菌属)、Bacillus(杆菌属)、Rummeliibacillus属以及Cohnella属,其中Lactobacillus(乳杆菌属)为优势菌属,L.acetotolerans(耐酸乳杆菌)为窖泥中乳酸菌的优势种群. 展开更多
关键词 窖泥 pcr-dgge 泸型酒 乳酸菌 多样性
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用PCR-DGGE研究长期施用无机肥对种稻红壤微生物群落多样性的影响 被引量:23
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作者 钟文辉 蔡祖聪 +1 位作者 尹力初 张鹤 《生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第10期4011-4018,共8页
以中国科学院红壤生态试验站的发育于第四纪红粘土的种稻红壤为研究对象,采用PCR-DGGE方法研究了长期施用无机肥对土壤微生物群落多样性的影响。在种植双季稻、连续13a施用不同无机肥后,土壤中细菌、古菌、放线菌和真菌的群落结构发... 以中国科学院红壤生态试验站的发育于第四纪红粘土的种稻红壤为研究对象,采用PCR-DGGE方法研究了长期施用无机肥对土壤微生物群落多样性的影响。在种植双季稻、连续13a施用不同无机肥后,土壤中细菌、古菌、放线菌和真菌的群落结构发生了较大的变化。未种植水稻的土壤与种稻土壤间四类微生物SSUrDNADGGE带谱相似性只有33%~66%。施磷肥的处理NP、PK、NPK之间微生物群落结构相似性较高,4类微生物的SSUrDNADGGE带谱相似性高达75%~81%。施氮钾肥(NK)、不施肥(CK)处理与施磷肥处理间土壤微生物群落结构的差异较大,其四类微生物的SSUrDNADGGE带谱相似性分别为69%~77%、55%~77%。研究的目的是深入地了解土壤中微生物群落的多样性,为科学施肥、合理利用土壤、保护微生物多样性和实现农业生态系统的可持续发展提供科学依据。 展开更多
关键词 种稻红壤 微生物多样性 细菌 放线菌 真菌 古菌 pcr-dgge
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应用PCR-DGGE技术分析黄海冷水团海域的细菌群落组成 被引量:29
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作者 刘敏 朱开玲 +2 位作者 李洪波 张涛 肖天 《环境科学》 CAS CSCD 北大核心 2008年第4期1082-1091,共10页
利用PCR-DGGE技术对2个季节(2006-04和2006-10)的黄海冷水团海域的细菌群落组成和优势菌群进行了分析.通过软件Glyko Bandscan分析DGGE图谱,4月份所有站位的条带数相近(约17条),多样性丰富;10月份,在冷水团范围以内站位的条带约16条... 利用PCR-DGGE技术对2个季节(2006-04和2006-10)的黄海冷水团海域的细菌群落组成和优势菌群进行了分析.通过软件Glyko Bandscan分析DGGE图谱,4月份所有站位的条带数相近(约17条),多样性丰富;10月份,在冷水团范围以内站位的条带约16条,其多样性也较丰富;而在冷水团范围以外站位的条带少(约12条),其多样性较低.细菌16S rDNA V3区特征片段经DGGE分离、条带切割,共得到24条条带,克隆、测序后,进行系统进化分析,结果显示这24条带分别归属于2个细菌类群:变形细菌门(Proteobacteria)和拟杆菌门(Bacteroides).在24条序列中有16条分别与变形细菌亚群的γ-和δ-Proteobacteria相似,有5条与拟杆菌门相似.时空分析发现,4月份所有站位水体(海水温度为7-12℃)的细菌群落组成和10月份(冷水团存在期)冷水团内部水体(海水温度低于10℃)的细菌群落组成相同(都包括γ-Proteobacteria、δ-Proteobacteria和Bacteroides),与10月份冷水团外部水体(海水温度大于19℃)的(包括γ-Proteobacteria和Bacteroides)不同.优势菌群也存在同样的分布特点,4月份所有站位水体的优势菌群与10月份冷水团内部水体的优势菌群也相同(都是γ-Proteobacteria),而10月份冷水团外部水体不同的站位优势菌群不同.该海域细菌群落组成和优势菌群的分布特点,可能与冷水团的形成有一定的相关性. 展开更多
关键词 细菌群落组成 16SrDNA序列分析 pcr-dgge 黄海冷水团
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PCR-DGGE分析啤酒废水生物处理工艺的微生物区系 被引量:17
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作者 赵继红 何淑英 +2 位作者 李继香 刘永德 楼燕 《环境科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2008年第10期2950-2955,共6页
应用基于16S rDNA的PCR-DGGE(变性梯度凝胶电泳)技术对啤酒废水'水解酸化+SBR'工艺的微生物多样性进行研究.分别取水解酸化池与SBR池中不同深度以及不同处理时段的活性污泥,提取样品总DNA,通过PCR扩增、变性梯度凝胶电泳,将16Sr... 应用基于16S rDNA的PCR-DGGE(变性梯度凝胶电泳)技术对啤酒废水'水解酸化+SBR'工艺的微生物多样性进行研究.分别取水解酸化池与SBR池中不同深度以及不同处理时段的活性污泥,提取样品总DNA,通过PCR扩增、变性梯度凝胶电泳,将16SrDNA(V3区)的PCR扩增片段割胶克隆测序确定样品中的微生物群落,与筛选出的高效菌株进行对比分析.结果表明,水解酸化池中的微生物群落随深度的改变,在结构组成和种群数量上均有较大差异,2m深处微生物群落相对丰富,优势条带突出;SBR池不同深度微生物种群结构一致,沉淀期、进水期和曝气期不同处理时段的微生物种类一致,但优势菌群不同;所测序列y2、23、25、31、h5和15号分别与菌株uncultured Thermotogales sp.、Comamonas sp.WTOTU1、Agrobacterium tumefaciens、Bacillus subtilis、Bdellovibrio bacteriovorus、Comamonas testosteroni有高度同源性,活性污泥样品中的优势条带与高效菌株的序列不同,表明筛选出的高效菌并非为实际处理过程中的优势菌. 展开更多
关键词 啤酒废水 pcr-dgge 生物处理 微生物区系
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PCR-DGGE技术解析固体碳源表面生物膜的微生物群落结构 被引量:16
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作者 徐影 仇天雷 +2 位作者 韩梅琳 李军 王旭明 《环境科学》 CAS CSCD 北大核心 2013年第8期3257-3263,共7页
以聚乳酸/聚羟基丁酸戊酸共聚酯(PLA/PHBV)作为填充床反应器的碳源和生物膜载体,对受硝酸盐污染的水进行生物反硝化脱氮.采用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)技术分析了PLA/PHBV表面生物膜中微生物群落的结构和动态变化.结... 以聚乳酸/聚羟基丁酸戊酸共聚酯(PLA/PHBV)作为填充床反应器的碳源和生物膜载体,对受硝酸盐污染的水进行生物反硝化脱氮.采用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)技术分析了PLA/PHBV表面生物膜中微生物群落的结构和动态变化.结果表明,反应器运行初期,生物膜中微生物多样性下降.当反应器稳定运行时,DGGE图谱特征条带的香农威尔指数和辛普森指数均变化不大,微生物群落结构保持相对稳定.DGGE图谱特征条带的16S rDNA序列分析及扫描电镜分析的结果表明,生物膜中的主要微生物均为革兰氏阴性杆菌,包括Diaphorobacter、Acidovorax、Rubrivivax、Azospira、Thermomonas和Devosia,它们分别属于变形菌门(Proteobacteria)的α-,β-和γ-变形菌纲,其中Diaphorobacter为反应器稳定运行期生物膜中丰度最高的菌群. 展开更多
关键词 固体碳源 硝酸盐 微生物群落 pcr-dgge PLA PHBV
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PCR-DGGE指纹技术与分离技术结合筛选藏灵菇奶发酵过程的优势菌 被引量:47
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作者 周剑忠 董明盛 江汉湖 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2006年第8期1632-1638,共7页
目的获得藏灵菇发酵奶发酵过程的优势菌,并开发出纯培养发酵剂替代藏灵菇进行这类新型发酵奶的工业化生产。方法将PCR-DGGE指纹技术和传统培养方法结合,对藏灵菇发酵奶中微生物种群结构进行研究。结果DGGE指纹图谱显示混合菌群中细菌有... 目的获得藏灵菇发酵奶发酵过程的优势菌,并开发出纯培养发酵剂替代藏灵菇进行这类新型发酵奶的工业化生产。方法将PCR-DGGE指纹技术和传统培养方法结合,对藏灵菇发酵奶中微生物种群结构进行研究。结果DGGE指纹图谱显示混合菌群中细菌有4条条带无对应的纯菌株,而纯菌株中有2株在混合菌群的图谱上没有相应的条带。通过对150株分离菌的PCR-DGGE指纹图谱分析,获得了8组乳酸菌和5组酵母菌,进一步的序列分析和相似性比较,确立了藏灵菇发酵奶中的优势菌为肠膜明串珠菌、乳酸乳球菌、开菲尔乳杆菌、干酪乳杆菌和克鲁维酵母,单孢酵母、啤酒酵母、假丝酵母发酵后期成为优势菌。结论本研究建立了一种基于分子生态的微生物高效筛选技术,为藏灵菇纯培养发酵剂的开发提供了理论依据及丰富的菌种资源。 展开更多
关键词 藏灵菇 pcr-dgge 微生物多样性 优势菌 筛选
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PCR-DGGE法研究Sludge bio-membrane(SB)系统中反硝化聚磷菌的变化 被引量:16
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作者 刘晖 孙彦富 +3 位作者 周康群 顾雪婷 刘洁萍 陈捷美 《中南大学学报(自然科学版)》 EI CAS CSCD 北大核心 2011年第4期1167-1174,共8页
采用SB同步脱氮除磷系统富集反硝化聚磷菌,利用平板分离法和PCR-DGGE技术,进行微生物种群的跟踪。研究结果表明:通过平板法分离到的微生物主要为棒状杆菌属、不动杆菌属、假单胞菌属、肠杆菌科、莫拉氏菌属、葡萄球菌属、副球菌属共7种... 采用SB同步脱氮除磷系统富集反硝化聚磷菌,利用平板分离法和PCR-DGGE技术,进行微生物种群的跟踪。研究结果表明:通过平板法分离到的微生物主要为棒状杆菌属、不动杆菌属、假单胞菌属、肠杆菌科、莫拉氏菌属、葡萄球菌属、副球菌属共7种,富集后细菌主要为不动杆菌属、假单胞菌属、肠杆菌科、副球菌属4种,富集后系统内细菌种类减少,与采用Sequencing Batch Reactor(SBR)池富集的反硝化聚磷菌不同。采用PCR-DGGE法发现富集前以黄杆菌属、产碱杆菌属、副球菌属、紫色杆菌属、赤细菌属为主,富集后以产碱杆菌属、副球菌属、紫色杆菌属为主,副球菌属是唯一通过2种办法获得确认的反硝化聚磷菌株。采用PCR-DGGE和16S rDNA克隆文库方法研究的同步反硝化聚磷菌都以变形门占优势。 展开更多
关键词 反硝化聚磷菌 细菌 pcr-dgge SB系统
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PCR-DGGE分析东北自然发酵酸菜中乳酸菌多样性 被引量:21
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作者 武俊瑞 岳喜庆 +1 位作者 石璞 乌日娜 《食品与生物技术学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第2期127-130,共4页
为了探明传统的自然发酵白菜中乳酸菌的多样性及其优势乳酸菌群,试验主要采用变性梯度凝胶电泳法(denaturing gradient gel electrophoresis,DGGE),对5份采自我国东北地区利用传统方法制作的自然发酵酸菜样品中的乳酸菌多样性进行分析... 为了探明传统的自然发酵白菜中乳酸菌的多样性及其优势乳酸菌群,试验主要采用变性梯度凝胶电泳法(denaturing gradient gel electrophoresis,DGGE),对5份采自我国东北地区利用传统方法制作的自然发酵酸菜样品中的乳酸菌多样性进行分析。结果表明,5份传统发酵酸菜样品共鉴定出了9个乳酸菌种,呈现出丰富的多样性。其中,植物乳杆菌、短乳杆菌、清酒乳杆菌和弯曲乳杆菌是酸菜样品的优势菌群,此外,还发现了片球菌、乳酸乳球菌、Hammesii乳杆菌和Odoratitofui乳杆菌,而Hammesii乳杆菌和Odoratitofui乳杆菌在此前文献报道中利用传统方法没有分离到。 展开更多
关键词 pcr-dgge 酸菜 乳酸菌 多样性
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PCR-DGGE法测定纳米山药多糖靶向制剂对大鼠肠道菌群失调的调整作用 被引量:19
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作者 于莲 徐新 +6 位作者 张磊 苏瑾 李守君 孙维彤 胡艳秋 平阳 马淑霞 《中国微生态学杂志》 CAS CSCD 2016年第11期1269-1272,共4页
目的采用PCR-DGGE法探讨纳米山药多糖靶向制剂对肠道微生态失调模型大鼠的调节作用。方法以i.g盐酸林可霉素造成大鼠结肠炎模型,将大鼠随机分成常规治疗组,靶向制剂组和自然恢复组,分别给予相应药物治疗。灌胃10d后处死所有大鼠,采集盲... 目的采用PCR-DGGE法探讨纳米山药多糖靶向制剂对肠道微生态失调模型大鼠的调节作用。方法以i.g盐酸林可霉素造成大鼠结肠炎模型,将大鼠随机分成常规治疗组,靶向制剂组和自然恢复组,分别给予相应药物治疗。灌胃10d后处死所有大鼠,采集盲肠内容物,提取总DNA,PCR-DGGE方法检测样本菌群DNA。将所有数据收集得到DGGE凝胶,采用Quantity One软件进行相似性和多样性分析,观察纳米山药多糖靶向制剂对肠道微生态失调大鼠的治疗效果。结果样本提取总DNA浓度值(ng/μL)分别为:靶向制剂组(0.180±0.005)和常规治疗组(0.175±0.006)高于自然恢复组(0.072±0.001)(P<0.05),与正常水平(0.182±0.006)相近;DGGE的多样性指数分析结果为:靶向组(23.95±2.36)和常规治疗组(24.00±1.68)的条带丰富度大于自然恢复组(19.57±2.52),差异有统计学意义(P<0.05)且接近正常对照组(25.87±2.10)。结论纳米山药多糖靶向制剂组对肠道微生态失调大鼠具有显著的调整作用,是理想的中药微生态调节剂。 展开更多
关键词 纳米山药多糖 结肠靶向制剂 pcr-dgge
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基于PCR-DGGE的浓香型白酒窖泥细菌群落结构研究 被引量:13
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作者 黄治国 刘燕梅 +6 位作者 卫春会 罗惠波 邓杰 王艳丽 祝云飞 李觅 黄俊 《西南大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2014年第8期167-172,共6页
以30,100和200年窖龄窖泥为样品,采用PCR-DGGE技术探索不同窖龄窖泥细菌类群及群落演变规律.结果表明:不同窖泥样品DGGE图谱均出现14-23条较清晰的条带,其中共有优势条带为第4,11,19号,优势度均在2%以上.多样性指数在2.21-2.58之间,且... 以30,100和200年窖龄窖泥为样品,采用PCR-DGGE技术探索不同窖龄窖泥细菌类群及群落演变规律.结果表明:不同窖泥样品DGGE图谱均出现14-23条较清晰的条带,其中共有优势条带为第4,11,19号,优势度均在2%以上.多样性指数在2.21-2.58之间,且随窖龄的增加而呈现增加趋势;相似性指数在0.427-0.629之间.30年与200年窖泥细菌群落聚为一类,相似性指数最高,达0.629.30年与100年窖泥细菌群落相似性指数最低,为0.427.PCR-DGGE图谱优势条带割胶测序结果显示:它们属于煎盘梭菌、耐乳酸杆菌、梭菌目细菌、Uncultured bacterium、丁酸梭菌、瘤胃球菌属、酪丁酸梭菌、醋酸杆菌属. 展开更多
关键词 窖泥 细菌类群 pcr-dgge 16SRDNA序列
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用PCR-DGGE研究菌肥对西藏青稞土壤微生物群落多样性的影响 被引量:14
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作者 刘晓燕 张磊 +4 位作者 韦泽秀 朱丹 王晓锋 吴先勤 丁红利 《西南大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2014年第7期39-48,共10页
为探讨微生物菌肥对西藏青稞土壤根际微生态的影响,利用传统纯培养与PCR-DGGE(聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳)技术相结合的方法,研究了谷特微生物菌肥不同施用方式和施肥浓度对西藏青稞根区土壤微生物量和细菌群落结构的影响.结果表... 为探讨微生物菌肥对西藏青稞土壤根际微生态的影响,利用传统纯培养与PCR-DGGE(聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳)技术相结合的方法,研究了谷特微生物菌肥不同施用方式和施肥浓度对西藏青稞根区土壤微生物量和细菌群落结构的影响.结果表明,与对照相比,施肥处理显著降低了土壤真菌数量(p<0.05),土壤放线菌数量和微生物量氮含量显著上升(p<0.05).DGGE分析表明,菌肥处理土壤与未施菌肥土壤的细菌群落结构存在明显差异,土壤微生物区系结构发生了改变;DGGE所反映的土壤细菌多样性可以用来判断菌肥发挥作用的程度,合理指导菌肥的施用.本研究中,菌肥的施入促进了土著细菌Acidobacteria、Actinobacteria和Bacillus的生长,抑制了土壤中Blastomonas、Uncultured Rhizobium和Cyanobacterium的生长.两种施肥方式,根施对青稞根区土壤中细菌、真菌和放线菌数量的影响较叶面喷施大,根施对土壤微生物区系的改变较叶面喷施高,根施最佳菌肥施用量为20.0mL/hm2,叶面喷施最佳菌肥施用量为26.7mL/hm2.本研究为准确预测和评价微生物菌肥的施用效果提供了技术参考. 展开更多
关键词 青稞 微生物菌肥 细菌群落多样性 pcr-dgge
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