【目的】对金定鸭与台湾褐色菜鸭进行选择信号分析,挖掘这2个蛋鸭品种在长期进化过程中受到强烈选择的重要经济性状相关候选基因,为揭示优异性状形成的遗传差异奠定基础。【方法】选取金定鸭和台湾褐色菜鸭各30只进行全基因组重测序,经...【目的】对金定鸭与台湾褐色菜鸭进行选择信号分析,挖掘这2个蛋鸭品种在长期进化过程中受到强烈选择的重要经济性状相关候选基因,为揭示优异性状形成的遗传差异奠定基础。【方法】选取金定鸭和台湾褐色菜鸭各30只进行全基因组重测序,经过滤获取高质量单核苷酸多态性位点(SNPs)后,对其进行主成分分析(PCA),确定其遗传分化情况;然后采用群体遗传分化指数(Fst)和群体核酸多样性比值(πratio)2种方法综合筛选金定鸭和台湾褐色菜鸭的受选择信号,分析其遗传差异。【结果】金定鸭和台湾褐色菜鸭重测序分别获得5.68和5.59 Gb高质量数据,分别检测到152238286和155009562个SNPs,其SNP位点分布相似。主成分分析结果显示,金定鸭和台湾褐色菜鸭显著分化;以100 kb为窗口、10 kb为步长分别计算Fst与πratio值,将Fst top 5%(Fst>0.482)与πratio top 5%&bottom 5%(0<πratio≤0.47&πratio≥3.00)作为信号重叠区域,共注释到208个候选基因。对这208个候选基因进行GO与KEGG富集分析,发现金定鸭在免疫、脂质代谢、肌肉生长发育等方面受到更强烈的选择,筛选到IL15、CCL3、CD180、AKT1、PPARGC1A、PRKAA1、FASN、PIK3R1等功能基因。【结论】金定鸭和台湾褐色菜鸭显著分化,金定鸭在免疫、脂质代谢、肌肉生长发育等方面受到强烈选择。展开更多
圆盘大MAGUK支架蛋白5(Discs Large MAGUK Scaffold Protein 5,DLG5)参与上皮细胞极性维持、肌肉发育和癌症发展等生理过程,但在禽类中的研究尚未深入。本研究旨在鉴定北京鸭DLG5基因的核心启动子区域并探究其多态性对于转录活性的影响...圆盘大MAGUK支架蛋白5(Discs Large MAGUK Scaffold Protein 5,DLG5)参与上皮细胞极性维持、肌肉发育和癌症发展等生理过程,但在禽类中的研究尚未深入。本研究旨在鉴定北京鸭DLG5基因的核心启动子区域并探究其多态性对于转录活性的影响,为探究该基因的功能和表达调控机制提供依据。构建含北京鸭DLG5基因启动子区缺失序列的双荧光素酶缺失载体,开展双荧光素酶报告试验,鉴定其核心启动子区域;获取北京鸭DLG5基因核心启动子区域的单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism,SNP)位点信息,构建双荧光素酶突变载体,开展双荧光素酶报告试验,探究其多态性对转录活性的影响;使用生物信息学方法分析北京鸭DLG5基因启动子区的序列特征和转录因子结合位点。结果表明,北京鸭DLG5基因的-1 298~-868 bp区域为负调控区域,-868~-431 bp和-431~-191 bp区域为正调控区域,-868~+124 bp区域是核心启动子区域。此外,-448 bp G>C突变可显著增强启动子活性(P<0.05),-365 bp C>G突变可显著降低启动子活性(P<0.05)。生物信息学分析表明,北京鸭DLG5基因的核心启动子区域内有多个转录因子结合位点,包括TEAD4、MyoD、MyoG、C/EBPalpha、C/EBPbeta、AP-1、NF-1、SP1、ZBTB42、KLF15、KLF5等。此外,-448 bp G>C突变可能导致C/EBPbeta转录因子结合位点丢失,并生成NF-1转录因子结合位点,-365 bp C>G突变可能导致MyoG转录因子结合位点丢失,并生成SP1和Msx-1转录因子结合位点。系统进化树分析表明,北京鸭DLG5基因与鸿雁DLG5基因亲缘关系最近。本研究鉴定了北京鸭DLG5基因的核心启动子区域,并探究了其多态性对转录活性的影响,为后续探究该基因的功能和表达调控机制提供了理论依据。展开更多
文摘【目的】对金定鸭与台湾褐色菜鸭进行选择信号分析,挖掘这2个蛋鸭品种在长期进化过程中受到强烈选择的重要经济性状相关候选基因,为揭示优异性状形成的遗传差异奠定基础。【方法】选取金定鸭和台湾褐色菜鸭各30只进行全基因组重测序,经过滤获取高质量单核苷酸多态性位点(SNPs)后,对其进行主成分分析(PCA),确定其遗传分化情况;然后采用群体遗传分化指数(Fst)和群体核酸多样性比值(πratio)2种方法综合筛选金定鸭和台湾褐色菜鸭的受选择信号,分析其遗传差异。【结果】金定鸭和台湾褐色菜鸭重测序分别获得5.68和5.59 Gb高质量数据,分别检测到152238286和155009562个SNPs,其SNP位点分布相似。主成分分析结果显示,金定鸭和台湾褐色菜鸭显著分化;以100 kb为窗口、10 kb为步长分别计算Fst与πratio值,将Fst top 5%(Fst>0.482)与πratio top 5%&bottom 5%(0<πratio≤0.47&πratio≥3.00)作为信号重叠区域,共注释到208个候选基因。对这208个候选基因进行GO与KEGG富集分析,发现金定鸭在免疫、脂质代谢、肌肉生长发育等方面受到更强烈的选择,筛选到IL15、CCL3、CD180、AKT1、PPARGC1A、PRKAA1、FASN、PIK3R1等功能基因。【结论】金定鸭和台湾褐色菜鸭显著分化,金定鸭在免疫、脂质代谢、肌肉生长发育等方面受到强烈选择。
文摘圆盘大MAGUK支架蛋白5(Discs Large MAGUK Scaffold Protein 5,DLG5)参与上皮细胞极性维持、肌肉发育和癌症发展等生理过程,但在禽类中的研究尚未深入。本研究旨在鉴定北京鸭DLG5基因的核心启动子区域并探究其多态性对于转录活性的影响,为探究该基因的功能和表达调控机制提供依据。构建含北京鸭DLG5基因启动子区缺失序列的双荧光素酶缺失载体,开展双荧光素酶报告试验,鉴定其核心启动子区域;获取北京鸭DLG5基因核心启动子区域的单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism,SNP)位点信息,构建双荧光素酶突变载体,开展双荧光素酶报告试验,探究其多态性对转录活性的影响;使用生物信息学方法分析北京鸭DLG5基因启动子区的序列特征和转录因子结合位点。结果表明,北京鸭DLG5基因的-1 298~-868 bp区域为负调控区域,-868~-431 bp和-431~-191 bp区域为正调控区域,-868~+124 bp区域是核心启动子区域。此外,-448 bp G>C突变可显著增强启动子活性(P<0.05),-365 bp C>G突变可显著降低启动子活性(P<0.05)。生物信息学分析表明,北京鸭DLG5基因的核心启动子区域内有多个转录因子结合位点,包括TEAD4、MyoD、MyoG、C/EBPalpha、C/EBPbeta、AP-1、NF-1、SP1、ZBTB42、KLF15、KLF5等。此外,-448 bp G>C突变可能导致C/EBPbeta转录因子结合位点丢失,并生成NF-1转录因子结合位点,-365 bp C>G突变可能导致MyoG转录因子结合位点丢失,并生成SP1和Msx-1转录因子结合位点。系统进化树分析表明,北京鸭DLG5基因与鸿雁DLG5基因亲缘关系最近。本研究鉴定了北京鸭DLG5基因的核心启动子区域,并探究了其多态性对转录活性的影响,为后续探究该基因的功能和表达调控机制提供了理论依据。
