为探究山羊肌内前体脂肪细胞分化过程中中胚层特异转录本(mesoderm specific transcript,MEST)基因的转录及其启动子区DNA甲基化水平的调节机制。本试验通过分离并培养山羊肌内前体脂肪细胞作为试验材料,采用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)...为探究山羊肌内前体脂肪细胞分化过程中中胚层特异转录本(mesoderm specific transcript,MEST)基因的转录及其启动子区DNA甲基化水平的调节机制。本试验通过分离并培养山羊肌内前体脂肪细胞作为试验材料,采用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)技术检测MEST基因在细胞分化过程中的表达量变化;运用生物信息学工具预测MEST基因启动子区的CpG岛,针对CpG岛应用亚硫酸氢盐测序PCR(BSP)方法分析其甲基化状态。结果显示,MEST基因在细胞分化前的mRNA表达水平显著高于分化后(P<0.01);在MEST基因的启动子区识别到两个CpG岛。对比分化第0天和第4天,发现MEST基因启动子区的目标片段甲基化率从79.2%显著上升至88%(P<0.05)。进一步分析显示,MEST基因mRNA表达水平与启动子区甲基化水平之间存在显著的负相关性(r=-0.997,P<0.0001)。在山羊肌内前体脂肪细胞分化前后,MEST基因的表达量及其启动子区的甲基化水平均发生显著变化,且MEST基因的表达受到启动子区甲基化的负向调控。展开更多
旨在深入了解武雪山羊的群体结构,探究种群内部的遗传变异与分化和种群间的遗传差异及地理分布特征,为该品种的种质资源利用与开发提供重要依据。本研究采集18只武雪山羊(WXG)、9只湘东黑山羊(XDB)、9只合川白山羊(HCW)、9只大足黑山羊(...旨在深入了解武雪山羊的群体结构,探究种群内部的遗传变异与分化和种群间的遗传差异及地理分布特征,为该品种的种质资源利用与开发提供重要依据。本研究采集18只武雪山羊(WXG)、9只湘东黑山羊(XDB)、9只合川白山羊(HCW)、9只大足黑山羊(DZB)、11只马关无角山羊(MGG)以及10只云岭山羊(YLG)的耳组织样本,用于全基因组重测序,平均测序深度约为10×。本研究基于全基因组数据分别利用GCTA、Plink、Admixture、Vcftools及PopLDdecay软件对6个群体进行了主成分分析、系统发育分析、群体遗传结构分析、杂合度分析、群体分化分析以及连锁不平衡分析。主成分分析的结果显示,武雪山羊与湘东黑山羊被聚为同一大类,表明这两个山羊品种遗传背景相似。系统进化分析的结果显示,武雪山羊与其他品种山羊群体单独聚为一支,在进化树上与湘东黑山羊的遗传距离较近。群体遗传结构分析的结果显示,当CV值最小时(K=3),武雪山羊与湘东黑山羊具有相同的遗传组分,说明两个群体间遗传分化指数程度较小,遗传背景相似。杂合度分析的结果显示,武雪山羊的核苷酸多态性(π)较低,观测杂合度(Ho)最低,且低于期望杂合度(He);ROH(runs of homozygosity)分析显示,武雪山羊的ROH数量和长度也明显高于其他品种,且基因组近交系数(F_(ROH))明显高于其他5个群体,这表明武雪山羊在基因组水平上存在明显的纯合片段积累和遗传多样性降低的现象。连锁不平衡分析的结果显示,武雪山羊表现出最高程度的连锁不平衡,进一步证实了该群体较低的遗传多样性。总之,这项研究系统解析了武雪山羊的遗传特性和群体结构,发现武雪山羊与湘东黑山羊遗传背景相似,其群体的遗传多样性较低,且存在一定的近交趋势,结果提示在后续的保种工作中需重点关注群体规模的扩大和近交系数的控制。这些发现不仅为深入了解其遗传背景提供了科学依据,同时为该品种的遗传资源保护与合理开发利用提供了重要理论参考。展开更多
文摘为探究山羊肌内前体脂肪细胞分化过程中中胚层特异转录本(mesoderm specific transcript,MEST)基因的转录及其启动子区DNA甲基化水平的调节机制。本试验通过分离并培养山羊肌内前体脂肪细胞作为试验材料,采用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)技术检测MEST基因在细胞分化过程中的表达量变化;运用生物信息学工具预测MEST基因启动子区的CpG岛,针对CpG岛应用亚硫酸氢盐测序PCR(BSP)方法分析其甲基化状态。结果显示,MEST基因在细胞分化前的mRNA表达水平显著高于分化后(P<0.01);在MEST基因的启动子区识别到两个CpG岛。对比分化第0天和第4天,发现MEST基因启动子区的目标片段甲基化率从79.2%显著上升至88%(P<0.05)。进一步分析显示,MEST基因mRNA表达水平与启动子区甲基化水平之间存在显著的负相关性(r=-0.997,P<0.0001)。在山羊肌内前体脂肪细胞分化前后,MEST基因的表达量及其启动子区的甲基化水平均发生显著变化,且MEST基因的表达受到启动子区甲基化的负向调控。
文摘旨在深入了解武雪山羊的群体结构,探究种群内部的遗传变异与分化和种群间的遗传差异及地理分布特征,为该品种的种质资源利用与开发提供重要依据。本研究采集18只武雪山羊(WXG)、9只湘东黑山羊(XDB)、9只合川白山羊(HCW)、9只大足黑山羊(DZB)、11只马关无角山羊(MGG)以及10只云岭山羊(YLG)的耳组织样本,用于全基因组重测序,平均测序深度约为10×。本研究基于全基因组数据分别利用GCTA、Plink、Admixture、Vcftools及PopLDdecay软件对6个群体进行了主成分分析、系统发育分析、群体遗传结构分析、杂合度分析、群体分化分析以及连锁不平衡分析。主成分分析的结果显示,武雪山羊与湘东黑山羊被聚为同一大类,表明这两个山羊品种遗传背景相似。系统进化分析的结果显示,武雪山羊与其他品种山羊群体单独聚为一支,在进化树上与湘东黑山羊的遗传距离较近。群体遗传结构分析的结果显示,当CV值最小时(K=3),武雪山羊与湘东黑山羊具有相同的遗传组分,说明两个群体间遗传分化指数程度较小,遗传背景相似。杂合度分析的结果显示,武雪山羊的核苷酸多态性(π)较低,观测杂合度(Ho)最低,且低于期望杂合度(He);ROH(runs of homozygosity)分析显示,武雪山羊的ROH数量和长度也明显高于其他品种,且基因组近交系数(F_(ROH))明显高于其他5个群体,这表明武雪山羊在基因组水平上存在明显的纯合片段积累和遗传多样性降低的现象。连锁不平衡分析的结果显示,武雪山羊表现出最高程度的连锁不平衡,进一步证实了该群体较低的遗传多样性。总之,这项研究系统解析了武雪山羊的遗传特性和群体结构,发现武雪山羊与湘东黑山羊遗传背景相似,其群体的遗传多样性较低,且存在一定的近交趋势,结果提示在后续的保种工作中需重点关注群体规模的扩大和近交系数的控制。这些发现不仅为深入了解其遗传背景提供了科学依据,同时为该品种的遗传资源保护与合理开发利用提供了重要理论参考。
