目的为了揭示埃可病毒3型(Echovirus 3,E3)的分子进化特征与流行规律,完善其基因分型方法,阐明其在中国及全球的分子流行病学特征,为E3的防控策略制定提供科学依据。方法基于本实验室收集的2003-2023年30株E3毒株,对全长VP1区进行扩增...目的为了揭示埃可病毒3型(Echovirus 3,E3)的分子进化特征与流行规律,完善其基因分型方法,阐明其在中国及全球的分子流行病学特征,为E3的防控策略制定提供科学依据。方法基于本实验室收集的2003-2023年30株E3毒株,对全长VP1区进行扩增、测序,并结合GenBank中全球99条E3 VP1全长序列(45条中国序列和54条国外序列)进行系统发育分析。利用BEAST X软件估计进化速率、共同祖先时间(The most recent common ancestor,tMRCA)及有效种群大小,对代表性毒株进行全基因组测序与重组分析。结果75株中国E3分离株与原型株Morrisey的VP1区核苷酸相似度为79.7%–82.8%。系统进化分析将全球E3划分为A–E五个基因型,其中C和D基因型可进一步划分为C1–C6和D1–D4亚型。C基因型为全球当前优势基因型,中国优势基因型与全球一致。全球E3 VP1区平均进化速率为2.95×10^(-3)每个碱基每年,最近共同祖先追溯至1944年,中国E3分离株起源较晚(tMRCA为1981年)。全球E3经历了从A基因型到B、C、D基因型共同流行再到C基因型主要流行的更替,而中国流行的E3起源于1981年,由B基因型更替到C基因型。VP1区氨基酸突变位点分析发现不同基因型存在特异性突变位点,这为C基因型取代B基因型提供了线索。全基因组重组分析提示E3在非结构蛋白区(P2、P3)与EV-B组其他血清型存在重组。结论本研究完善了全球E3基于全长VP1的基因分型方法,揭示了E3在中国及全球的分子流行特征,明确了其进化历程和基因型更替规律,发现了不同基因型的特异性突变位点,证实了E3存在重组现象,为其防控策略制定提供了关键依据。展开更多
目的建立一种基于叠氮溴化丙锭(Propidium monoazide,PMA)的定量反转录聚合酶链式反应(RT-qPCR)的方法,以快速检测甲型肝炎病毒(Hepatitis A virus,HAV)的感染性。方法将热灭活的HAV样品经PMA处理和曝光,通过RT-qPCR检测体系进行检测,优...目的建立一种基于叠氮溴化丙锭(Propidium monoazide,PMA)的定量反转录聚合酶链式反应(RT-qPCR)的方法,以快速检测甲型肝炎病毒(Hepatitis A virus,HAV)的感染性。方法将热灭活的HAV样品经PMA处理和曝光,通过RT-qPCR检测体系进行检测,优化PMA预处理浓度、孵育时间以及光解时间,建立甲肝病毒PMART-qPCR检测方法。以建立的检测方法对感染性病毒与灭活病毒混合样品、不同浓度的灭活病毒以及感染性病毒进行检测,评估其检测病毒感染性的效果。结果PMA-RT-qPCR检测方法的PMA浓度确定为50μmol/L,4℃避光孵育30min,光解30min。对热灭活HAV的RT-qPCR检测结果显示,PMA处理组与未处理组Ct值差异(ΔCt)>3.78;而对活病毒(10~2CCID_(50)/mL~10~7CCID_(50)/mL)的ΔCt值<0.5。该方法可最低分辨9 CCID_(50)的活病毒,在感染性病毒与灭活病毒混合物中检出最低27 CCID_(50)的活病毒。结论本研究建立的PMA-RT-qPCR无细胞培养方法为判断HAV的感染性提供了快速、便捷的检测方法。展开更多
文摘目的为了揭示埃可病毒3型(Echovirus 3,E3)的分子进化特征与流行规律,完善其基因分型方法,阐明其在中国及全球的分子流行病学特征,为E3的防控策略制定提供科学依据。方法基于本实验室收集的2003-2023年30株E3毒株,对全长VP1区进行扩增、测序,并结合GenBank中全球99条E3 VP1全长序列(45条中国序列和54条国外序列)进行系统发育分析。利用BEAST X软件估计进化速率、共同祖先时间(The most recent common ancestor,tMRCA)及有效种群大小,对代表性毒株进行全基因组测序与重组分析。结果75株中国E3分离株与原型株Morrisey的VP1区核苷酸相似度为79.7%–82.8%。系统进化分析将全球E3划分为A–E五个基因型,其中C和D基因型可进一步划分为C1–C6和D1–D4亚型。C基因型为全球当前优势基因型,中国优势基因型与全球一致。全球E3 VP1区平均进化速率为2.95×10^(-3)每个碱基每年,最近共同祖先追溯至1944年,中国E3分离株起源较晚(tMRCA为1981年)。全球E3经历了从A基因型到B、C、D基因型共同流行再到C基因型主要流行的更替,而中国流行的E3起源于1981年,由B基因型更替到C基因型。VP1区氨基酸突变位点分析发现不同基因型存在特异性突变位点,这为C基因型取代B基因型提供了线索。全基因组重组分析提示E3在非结构蛋白区(P2、P3)与EV-B组其他血清型存在重组。结论本研究完善了全球E3基于全长VP1的基因分型方法,揭示了E3在中国及全球的分子流行特征,明确了其进化历程和基因型更替规律,发现了不同基因型的特异性突变位点,证实了E3存在重组现象,为其防控策略制定提供了关键依据。
