目的:应用网络药理学及分子对接探讨桃红四物汤防治卒中后认知障碍(post-stroke cognitive impairment, PSCI)的作用机制。方法:利用中药系统药理学数据库与分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacy Database and Analy...目的:应用网络药理学及分子对接探讨桃红四物汤防治卒中后认知障碍(post-stroke cognitive impairment, PSCI)的作用机制。方法:利用中药系统药理学数据库与分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacy Database and Analysis Platform, TCMSP)获取桃红四物汤的有效成分及对应靶点,通过人类基因数据库(Genecards Human Gene Database, GeneCards)和在线孟德尔遗传数据库(Online Mendelian Inheritance in Man, OMIM)数据库获得PSCI相关靶点;运用Venny 2.1.0软件获得药物与疾病的共同靶点;通过蛋白质相互作用(Search Tool for the Retrieval of Interacting Genes/Proteins, STRING)数据库构建蛋白相互作用网络并筛选出潜在核心靶点。借助AutoDock以及PyMOL软件进行分子对接;使用R语言对核心靶点进行基因本体(gene ontology, GO)功能和京都基因与基因组数据库(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, KEGG)通路富集分析;采用Cytoscape 3.7.2软件构建桃红四物汤核心靶点-通路网络。结果:经筛选后,得到桃红四物汤有效成分47个及对应靶点237个;PSCI的潜在靶点基因513个;药物-疾病交集靶点50个,核心靶点涉及蛋白激酶B1(protein kinase B1,AKT1)、白细胞介素-6(interleukin-6,IL-6)、肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor, TNF)、白细胞介素-1β(interleukin-1β,IL-1β)、血管内皮生长因子A(vascular endothelial growth factor A,VEGFA)等。分子对接结果显示,槲皮素、β-谷甾醇、山柰酚均与AKT1、IL-6、TNF、IL-1β、VEGFA有较好的亲和力,其中槲皮素与TNF、β-谷甾醇与TNF、山柰酚与VEGFA的结合能最大,具有较强的结合活性。GO功能分析得出2 039个生物过程、44个细胞组分、73个分子功能,KEGG通路分析发现122条相关信号通路,包括糖基化终末产物(advanced glycation end products, AGE)/糖基化终末产物受体(receptor of advanced glycation end products, RAGE)信号通路、血流剪切应力与动脉粥样硬化信号通路、白细胞介素-17(interleukin-17,IL-17)信号通路等。结论:槲皮素、β-谷甾醇及山柰酚等是桃红四物汤防治PSCI的有效成分,其机制可能与AGE-RAGE信号通路、血流剪切应力与动脉粥样硬化信号通路、IL-17信号通路等有关。展开更多
文摘目的:应用网络药理学及分子对接探讨桃红四物汤防治卒中后认知障碍(post-stroke cognitive impairment, PSCI)的作用机制。方法:利用中药系统药理学数据库与分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacy Database and Analysis Platform, TCMSP)获取桃红四物汤的有效成分及对应靶点,通过人类基因数据库(Genecards Human Gene Database, GeneCards)和在线孟德尔遗传数据库(Online Mendelian Inheritance in Man, OMIM)数据库获得PSCI相关靶点;运用Venny 2.1.0软件获得药物与疾病的共同靶点;通过蛋白质相互作用(Search Tool for the Retrieval of Interacting Genes/Proteins, STRING)数据库构建蛋白相互作用网络并筛选出潜在核心靶点。借助AutoDock以及PyMOL软件进行分子对接;使用R语言对核心靶点进行基因本体(gene ontology, GO)功能和京都基因与基因组数据库(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, KEGG)通路富集分析;采用Cytoscape 3.7.2软件构建桃红四物汤核心靶点-通路网络。结果:经筛选后,得到桃红四物汤有效成分47个及对应靶点237个;PSCI的潜在靶点基因513个;药物-疾病交集靶点50个,核心靶点涉及蛋白激酶B1(protein kinase B1,AKT1)、白细胞介素-6(interleukin-6,IL-6)、肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor, TNF)、白细胞介素-1β(interleukin-1β,IL-1β)、血管内皮生长因子A(vascular endothelial growth factor A,VEGFA)等。分子对接结果显示,槲皮素、β-谷甾醇、山柰酚均与AKT1、IL-6、TNF、IL-1β、VEGFA有较好的亲和力,其中槲皮素与TNF、β-谷甾醇与TNF、山柰酚与VEGFA的结合能最大,具有较强的结合活性。GO功能分析得出2 039个生物过程、44个细胞组分、73个分子功能,KEGG通路分析发现122条相关信号通路,包括糖基化终末产物(advanced glycation end products, AGE)/糖基化终末产物受体(receptor of advanced glycation end products, RAGE)信号通路、血流剪切应力与动脉粥样硬化信号通路、白细胞介素-17(interleukin-17,IL-17)信号通路等。结论:槲皮素、β-谷甾醇及山柰酚等是桃红四物汤防治PSCI的有效成分,其机制可能与AGE-RAGE信号通路、血流剪切应力与动脉粥样硬化信号通路、IL-17信号通路等有关。
