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盐池滩羊背最长肌中与肌肉发育和肉质形成相关lncRNA的筛选与功能分析 被引量:1
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作者 刘依兰 胡亚美 +2 位作者 李惠侠 卢佳伟 刘媛 《中国生物化学与分子生物学报》 北大核心 2025年第2期284-295,共12页
盐池滩羊是我国宁夏特产,凭借极佳肉质驰名中外,但目前仍不清楚其肌肉发育和肉质形成的详细机制。为初步探究滩羊肌肉发育中独有的分子机制,本研究以6月龄和12月龄雌性滩羊为研究对象,采集其背最长肌(longissimus dorsi muscle,LDM)样品... 盐池滩羊是我国宁夏特产,凭借极佳肉质驰名中外,但目前仍不清楚其肌肉发育和肉质形成的详细机制。为初步探究滩羊肌肉发育中独有的分子机制,本研究以6月龄和12月龄雌性滩羊为研究对象,采集其背最长肌(longissimus dorsi muscle,LDM)样品,通过转录物组测序(transcriptome sequencing,RNA-seq)筛选出可能在调控滩羊肌肉发育和肉质形成方面发挥重要作用的基因和长非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)。结果表明,两组LDM间共有504条mRNA和1483条lncRNA差异显著(P<0.05),还预测到了103个差异显著的潜在lncRNA-mRNA顺式调控关系对(P<0.05)。随后根据差异表达mRNA功能分析筛选出MSTN、CDKN1A、FHL 1等骨骼肌发育相关基因和LPL、SCD等骨骼肌代谢相关基因,根据差异表达lncRNA靶基因功能分析筛选出13个可能与肌肉发育相关(ADDIN CNKISM.UserStyleLNC.17926.1、LNC.981.1、LNC.16284.1等)和8个可能与骨骼肌代谢相关(LNC.15496.1、LNC.18149.1等)的lncRNA。随机选取2组均表达的5个lncRNA和4个mRNA进行qPCR验证,结果与RNA-seq一致,佐证了测序结果的可靠性。本研究为今后探究滩羊肌肉发育、肉质形成机制和开展分子育种打下了坚实基础,为改良国内其他绵羊品种的产肉性能提供了科学依据。 展开更多
关键词 滩羊 肌肉发育 肉质 长非编码RNA 转录物组测序
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史氏背尖贝(Nipponacmea schrenckii)响应镉胁迫的机制
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作者 薛浩 王成红 +5 位作者 王丽君 刘秀梅 邢志凯 王爽 王绪敏 曲江勇 《烟台大学学报(自然科学与工程版)》 2025年第1期17-29,共13页
使用转录组分析方法,模拟4个含镉海洋环境(0、0.01、1.0、10.0 mg/L),从基因表达水平探究史氏背尖贝(Nipponacmea schrenckii)响应镉胁迫的行为模式,比较不同镉浓度之间的基因表达量变化,筛选对镉离子浓度变化敏感的差异基因。结果表明... 使用转录组分析方法,模拟4个含镉海洋环境(0、0.01、1.0、10.0 mg/L),从基因表达水平探究史氏背尖贝(Nipponacmea schrenckii)响应镉胁迫的行为模式,比较不同镉浓度之间的基因表达量变化,筛选对镉离子浓度变化敏感的差异基因。结果表明:转录组数据共组装出261922个unigene,其中32.30%的unigene被注释到7个常用数据库中;基于NR注释发现史氏背尖贝与霸王莲花青螺(Lottia gigantea)在基因表达方面具有较高同源性;挖掘出2021个响应镉胁迫的差异基因,其中随着镉浓度的增加有238个基因表达水平持续上调。CTSL、GST、GSTO 1基因对镉浓度变化相对敏感,可以作为指示海洋镉污染的潜在生物标志物基因。 展开更多
关键词 史氏背尖贝 RNA-SEQ 海洋污染 镉污染
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基于可变剪接的肿瘤生物治疗现状与挑战
3
作者 崔萌萌 刘书逊 于益芝 《中国肿瘤生物治疗杂志》 北大核心 2025年第4期347-355,共9页
可变剪接是转录后水平的基因表达调控机制,也是导致真核生物转录组和蛋白质组多样性的重要途径。然而,可变剪接的异常是驱动肿瘤进展的重要推手。在肿瘤微环境中,肿瘤细胞、免疫细胞及肿瘤中其他类型细胞中mRNA的异常剪接,不仅参与塑造... 可变剪接是转录后水平的基因表达调控机制,也是导致真核生物转录组和蛋白质组多样性的重要途径。然而,可变剪接的异常是驱动肿瘤进展的重要推手。在肿瘤微环境中,肿瘤细胞、免疫细胞及肿瘤中其他类型细胞中mRNA的异常剪接,不仅参与塑造肿瘤细胞的恶性生物学行为和免疫逃逸,还促进支持肿瘤进展的免疫抑制性微环境的形成。靶向肿瘤相关剪接体组分、剪接调控因子、可变剪接产生的蛋白异构体和mRNA变异体,以及异常可变剪接产生的肿瘤新抗原已成为肿瘤治疗的新策略,已有基于可变剪接的肿瘤生物治疗项目进入到Ⅰ期临床研究阶段。基于可变剪接的肿瘤治疗面临安全性、长读测序和算法优化、核酸类药物递送等许多尚待解决的科学和技术问题,这些挑战的解决将为精准筛选肿瘤相关靶点和高免疫原性新抗原,突破传统疗法耐药瓶颈,增强免疫检查点阻断和CAR-T细胞等疗效提供新策略,开辟新领域。 展开更多
关键词 可变剪接 肿瘤治疗 剪接体 剪接调控因子 肿瘤新抗原
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植物环状RNA的生物学功能及其研究进展
4
作者 李义婷 李艳 尹军良 《中国农业大学学报》 北大核心 2025年第3期60-70,共11页
为深入了解植物环状RNA(circular RNA,circRNA)在植物生长发育过程、胁迫响应中的生物学功能,以“环状RNA”“生物学功能”“biological function”“stress response”为关键词,在中国知网、Web of Science和SPIS Academic Resources O... 为深入了解植物环状RNA(circular RNA,circRNA)在植物生长发育过程、胁迫响应中的生物学功能,以“环状RNA”“生物学功能”“biological function”“stress response”为关键词,在中国知网、Web of Science和SPIS Academic Resources Online等数据库检索,获取92篇相关文献,归纳总结了植物circRNA的分类与形成方式、鉴定工具以及生物学功能等。结果表明:植物circRNA分为外显子circRNA、内含子circRNA和外显子-内含子circRNA;circRNA有套索驱动环化、外显子侧翼内含子反向互补配对环化、RNA结合蛋白(RNA-binding protein,RBP)促进外显子环化以及内含子依靠5′和3′端的基序反向拼接驱动环化4种形成方式;目前已发现circRNA具有多种生物功能,包括作为海绵体调控miRNA表达;参与调控植物生长发育、响应生物和非生物逆境胁迫;参与蛋白翻译以及与蛋白互作调控相关通路。 展开更多
关键词 植物circRNA 生物学功能 miRNA海绵 非编码RNA
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Livin异构体特异性siRNA表达载体的构建及其在SPC-A1细胞中的稳定表达 被引量:13
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作者 孙建国 廖荣霞 +5 位作者 陈正堂 王志新 张青 胡义德 王东林 粟永萍 《肿瘤》 CAS CSCD 北大核心 2006年第2期139-143,147,共6页
目的利用基因转染和RNA干涉(RNAinterference,RNAi)技术在肺腺癌SPC-A1细胞株中分别建立2种Livin异构体的基因沉默体系,旨在进一步体外观察两种异构体基因沉默诱导SPC-A1细胞凋亡效应。方法构建Livin两种异构体小干涉RNA(small interfer... 目的利用基因转染和RNA干涉(RNAinterference,RNAi)技术在肺腺癌SPC-A1细胞株中分别建立2种Livin异构体的基因沉默体系,旨在进一步体外观察两种异构体基因沉默诱导SPC-A1细胞凋亡效应。方法构建Livin两种异构体小干涉RNA(small interfering RNA,si RNA)表达载体;以电穿孔法转染SPC-A1细胞,经G418筛选获得稳定转染的细胞克隆;通过半定量RT-PCR和Western blot验证Livin异构体在SPC-A1细胞中的基因沉默效率,建立高效Livin异构体基因沉默体系。结果成功获得Livin异构体si RNA表达载体,经基因转染以及G418抗性筛选,成功建立Livin异构体特异基因沉默SPC-A1细胞克隆。结论RNAi能高效特异阻断两种Livin异构体表达,为进一步研究其不同的抗凋亡生物学功能,探讨其作为诱导肺癌细胞凋亡治疗分子靶点以及提高肺癌细胞放化疗敏感性打下基础。 展开更多
关键词 肺肿瘤 腺癌 RNA干扰 细胞凋亡 基因 Livin SPC-A1细胞
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miR-221对小鼠乳腺上皮细胞增殖和泌乳功能的影响 被引量:17
6
作者 陆黎敏 李庆章 +2 位作者 王春梅 李晔 高学军 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第5期454-458,共5页
MicroRNA(miRNA)是一类大约22个核苷酸的非编码RNA.miR-221能通过调控受体表达,引发肿瘤形成、细胞增殖和组织器官发育.本文应用脂质体转染技术,改变miR-221在小鼠乳腺上皮细胞和组织中的表达量.采用HPLC、Western印迹、电镜技术等观察m... MicroRNA(miRNA)是一类大约22个核苷酸的非编码RNA.miR-221能通过调控受体表达,引发肿瘤形成、细胞增殖和组织器官发育.本文应用脂质体转染技术,改变miR-221在小鼠乳腺上皮细胞和组织中的表达量.采用HPLC、Western印迹、电镜技术等观察miR-221对小鼠乳腺上皮细胞和乳腺组织的影响.结果表明,miR-221沉寂后,细胞增殖能力增强(P<0.01),β酪蛋白表达增加(P>0.05),生长激素受体(GHR)表达增强(P<0.01),泌乳期乳腺组织中上皮细胞数量增加(P<0.05),小鼠泌乳量增加(P<0.05).结果提示,miR-221可能通过抑制靶蛋白GHR表达,进而抑制乳腺上皮细胞增殖和泌乳. 展开更多
关键词 微小RNA MIR-221 转染 生长激素受体 乳腺上皮细胞
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枸杞苯丙氨酸解氨酶基因的克隆与表达分析 被引量:13
7
作者 乔枫 耿贵工 +2 位作者 张丽 金兰 陈志 《中国农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第12期64-73,共10页
为研究枸杞苯丙氨酸解氨酶基因LcPAL在干旱和盐逆境中的作用,采用RT-PCR和RACE方法克隆了LcPAL基因(Genbank No.KX781247)。该基因cDNA长度为2 544bp,含有2 163bp的完整开放阅读框,编码720个氨基酸。蛋白序列分析表明,其包含典型的PAL... 为研究枸杞苯丙氨酸解氨酶基因LcPAL在干旱和盐逆境中的作用,采用RT-PCR和RACE方法克隆了LcPAL基因(Genbank No.KX781247)。该基因cDNA长度为2 544bp,含有2 163bp的完整开放阅读框,编码720个氨基酸。蛋白序列分析表明,其包含典型的PAL酶活性中心序列(GTITASGDLVPLSYIA),与其他植物的PAL蛋白有很高的同源性。系统进化树表明,枸杞LcPAL与茄科植物的PAL蛋白聚为一类,说明两者的亲缘关系较近。利用实时荧光定量PCR方法检测发现,LcPAL基因在枸杞的叶中表达量最高,果实中表达量最少。其在聚乙二醇(PEG)、氯化钠(NaCl)胁迫下诱导表达,但表达模式不同。研究结果推测从枸杞中克隆获得苯丙氨酸解氨酶(LcPAL),是典型的PAL家族成员,在枸杞各组织发育过程中具有重要功能,且在枸杞抗干旱和抗盐逆境过程也起一定作用。 展开更多
关键词 枸杞 苯丙氨酸解氨酶(PAL) 基因克隆 表达分析
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枸杞抗坏血酸过氧化物酶基因的克隆与表达分析 被引量:10
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作者 乔枫 耿贵工 +2 位作者 曾阳 金兰 谢惠春 《中国农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期64-72,共9页
为探索青海枸杞抗坏血酸过氧化物酶(APX)基因信息,并对枸杞APX基因进行生物信息学分析以及基因表达研究,通过RT-PCR和RACE方法克隆枸杞APX基因,利用生物信息学软件预测基因结构,采用实时荧光定量PCR方法分析基因表达的变化。结果显示:枸... 为探索青海枸杞抗坏血酸过氧化物酶(APX)基因信息,并对枸杞APX基因进行生物信息学分析以及基因表达研究,通过RT-PCR和RACE方法克隆枸杞APX基因,利用生物信息学软件预测基因结构,采用实时荧光定量PCR方法分析基因表达的变化。结果显示:枸杞APX基因的全长cDNA序列为1 047bp(Genbank No.KX981601),命名为LcAPX基因。该基因含有1个753bp的完整开放阅读框(ORF),编码250个氨基酸,包含亚铁血红素结合位点、底物结合位点和K^+结合位点。枸杞LcAPX与茄科植物的APX蛋白聚为一类,说明两者的亲缘关系较近。LcAPX基因在枸杞的成熟叶中表达量最高,花中表达量最少。其在聚乙二醇(PEG)、氯化钠(NaCl)胁迫下诱导表达,显示LcAPX在枸杞抗干旱和抗盐逆境过程起一定作用。 展开更多
关键词 枸杞 抗坏血酸过氧化物酶基因(APX) 基因克隆 表达分析
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AFM观察小鼠心肌核DNA转录调控和蛋白质相互作用 被引量:6
9
作者 袁明秀 任重 +2 位作者 郑飞 邓爱平 李健伟 《高技术通讯》 EI CAS CSCD 2003年第4期34-38,共5页
用原子力显微镜(AFM)直接观察、体外转录、PAGE电泳等多种实验技术组合,发现小白鼠(Balb/c)心肌核DNA片段中非转录状态的活性基因仅两端的调控序列结合支架蛋白(不可解离蛋白),同时非共价键特异结合自己编码的蛋白质与特定辅助信息小分... 用原子力显微镜(AFM)直接观察、体外转录、PAGE电泳等多种实验技术组合,发现小白鼠(Balb/c)心肌核DNA片段中非转录状态的活性基因仅两端的调控序列结合支架蛋白(不可解离蛋白),同时非共价键特异结合自己编码的蛋白质与特定辅助信息小分子所形成的复合体(可解离蛋白)等多种转录调控蛋白质,中间的编码序列无结合蛋白质。转录状态的基因除两端的调控序列特异结合上述两类蛋白质外,中间的编码序列还以非共价键特异结合可完全解离的转录活性因子等多种蛋白质。本工作展示了未来运用AFM观察和体外转录等技术组合研究基因表达与调控机制的前景,并为阅读人类基因组图谱中确定某一特定基因的位置奠定了理论基础。 展开更多
关键词 AFM 小鼠 心肌核 DNA 转录调控因子 分子生物学 蛋白质 相互作用 辅助信息小分子 NAD^+ 调节控制 基因表达
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靶序列富集多重PCR技术的发展及其应用 被引量:8
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作者 邬旭龙 肖璐 +5 位作者 姜睿姣 王印 杨泽晓 姚学萍 张鹏飞 张博 《湖南农业大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2016年第2期172-176,共5页
靶序列富集多重PCR(target enriched multiplex PCR,Tem–PCR)作为一种新型的分子生物学高通量检测技术,通过靶序列富集、靶序列加标签以及超级引物扩增3个阶段实现对靶标序列的大量扩增。靶序列富集多重PCR具有独特的反应过程,克服了... 靶序列富集多重PCR(target enriched multiplex PCR,Tem–PCR)作为一种新型的分子生物学高通量检测技术,通过靶序列富集、靶序列加标签以及超级引物扩增3个阶段实现对靶标序列的大量扩增。靶序列富集多重PCR具有独特的反应过程,克服了常规多重PCR扩增条件不兼容、扩增具有偏爱性等缺点,实现了对同一反应体系多种病原的同步检测,为临床病原鉴别诊断、基因分型、耐药基因等领域的研究提供了新思路,具有较大的发展前景。笔者对Tem–PCR的研究背景、反应原理、技术应用及试剂盒开发等进行综述,旨在为Tem–PCR的研究和发展提供参考依据,为中国应对公共卫生危机提供新思路。 展开更多
关键词 靶序列富集多重PCR 高通量 生物技术 公共卫生
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山羊脂肪酸合酶基因(FASN)启动子结构与功能的初步分析 被引量:6
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作者 李君 葛婷 +5 位作者 罗军 孙雨婷 石恒波 朱江江 郝娟 赵旺生 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第2期204-210,共7页
本研究旨在对山羊脂肪酸合酶基因(Fatty acid synthase,FASN)启动子进行结构与功能的初步分析,进而对其转录调控机制进行探讨。采用PCR技术从西农萨能羊基因组DNA中克隆FASN基因启动子,通过缺失分析,构建7个包含不同缺失片段的荧光素酶... 本研究旨在对山羊脂肪酸合酶基因(Fatty acid synthase,FASN)启动子进行结构与功能的初步分析,进而对其转录调控机制进行探讨。采用PCR技术从西农萨能羊基因组DNA中克隆FASN基因启动子,通过缺失分析,构建7个包含不同缺失片段的荧光素酶报告基因载体,转染山羊乳腺上皮细胞和MCF-7细胞,利用双荧光素酶系统检测不同片段的启动活性。结果表明,克隆得到FASN基因的启动调控序列2 589bp,生物信息学分析发现,该启动子序列含有典型的启动转录元件TATA-box和E-box,分别位于转录起始位点(+1)上游-41和-74bp处。报告基因分析表明,启动子核心区域定位在-293~-79bp,在线软件预测发现,该区域含有Sp1、NF-Y、USF和SREBP等转录因子结合位点。结果显示,FASN基因启动子前端存在负调控元件,Sp1、NF-Y、USF和SREBP等转录因子可能参与FASN基因的转录调控。 展开更多
关键词 山羊 脂肪酸合酶 启动子 山羊乳腺上皮细胞
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MicroRNA,lncRNA与神经退行性疾病 被引量:11
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作者 黄文涛 郭向前 +1 位作者 戴甲培 陈润生 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2010年第8期826-833,共8页
综述了microRNA和lncRNA在一些神经退行性疾病病理生理中的作用机制.随着社会生产的发展,人类文明的进步,人口日益老年化,神经退行性疾病正在全球范围内流行,严重地危害着人类的健康.尽管长期的研究使人们对神经退行性疾病有了比较全面... 综述了microRNA和lncRNA在一些神经退行性疾病病理生理中的作用机制.随着社会生产的发展,人类文明的进步,人口日益老年化,神经退行性疾病正在全球范围内流行,严重地危害着人类的健康.尽管长期的研究使人们对神经退行性疾病有了比较全面和深入的了解,但是其背后隐藏的发病机制仍然是个谜.人类基因组约98%的转录产物为非编码RNA(ncRNA),在生命活动中有着许多鲜为人知的广泛而多样性的生物功能.小分子RNA(microRNA)是研究得相对比较深入的一类小ncRNA,最近2~3年,长非编码RNA(lncRNA)受到人们的重视,已积累了一些相关研究成果。 展开更多
关键词 神经退行性疾病 MICRORNA 长非编码RNA
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miR396基因家族的进化及功能分析 被引量:15
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作者 翟俊淼 栾雨时 崔娟娟 《植物研究》 CAS CSCD 北大核心 2013年第4期421-428,共8页
MicroRNA(miRNA)是由约22个核苷酸组成的内源性非编码小分子RNA,广泛存在于真核细胞中,通过与靶基因的互补配对在转录后水平对基因表达进行调控,导致mRNA的降解或翻译抑制。本文通过对目前miR-Base中收录的miR396家族进行生物信息学分... MicroRNA(miRNA)是由约22个核苷酸组成的内源性非编码小分子RNA,广泛存在于真核细胞中,通过与靶基因的互补配对在转录后水平对基因表达进行调控,导致mRNA的降解或翻译抑制。本文通过对目前miR-Base中收录的miR396家族进行生物信息学分析发现,该家族在植物界中高度保守,它们可能起源于较为古老的物种,经历长期复杂的进化过程而保留了下来;靶基因预测结果显示生长调控因子GRF为其主要靶标;启动子分析表明,miR396编码基因的上游存在光、温度、激素、厌氧、干旱及病害等胁迫响应相关的顺式作用元件,它们可与转录因子结合,参与多种胁迫应答反应。本文可为全面深入研究miRNA的作用机制奠定基础。 展开更多
关键词 MIRNA 生物信息学 靶基因 启动子
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miR-171基因家族进化分析及靶基因预测 被引量:13
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作者 王艳芳 周瑞莲 赵彦宏 《生命科学研究》 CAS CSCD 2015年第6期479-483,共5页
运用生物信息学方法在miRBase中搜索植物miR-171基因家族的序列,分析miR-171序列的进化特征并预测其靶基因。结果表明,在38种植物中共搜索到219条miR-171序列,大部分miR-171基因都存在于基因间隔区。进化分析表明,miR-171基因家族的进... 运用生物信息学方法在miRBase中搜索植物miR-171基因家族的序列,分析miR-171序列的进化特征并预测其靶基因。结果表明,在38种植物中共搜索到219条miR-171序列,大部分miR-171基因都存在于基因间隔区。进化分析表明,miR-171基因家族的进化与物种进化关联不大。采用3个miRNA靶基因预测软件对大豆和玉米miR-171基因的靶基因进行预测,发现了miR-171可能参与生长因子、转录因子、蛋白酶等的调控,作用范围非常广泛。 展开更多
关键词 miR-171 基因家族 分子进化 靶基因预测
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芸苔属(Brassica)植物中MicroRNA的生物信息学预测与分析 被引量:10
15
作者 项安玲 黄思齐 杨志敏 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第3期244-256,共13页
MicroRNA(miRNA)是一类调控基因转录后表达的非编码的小分子RNA.它在生物的发育、细胞增殖、凋亡以及胁迫响应等生物过程中发挥着重要的调控作用.目前,分离和鉴定miRNA的方法主要包括实验方法(遗传筛选、直接克隆)和生物信息学方法.MiRN... MicroRNA(miRNA)是一类调控基因转录后表达的非编码的小分子RNA.它在生物的发育、细胞增殖、凋亡以及胁迫响应等生物过程中发挥着重要的调控作用.目前,分离和鉴定miRNA的方法主要包括实验方法(遗传筛选、直接克隆)和生物信息学方法.MiRNA存在表达丰度低,表达组织特异性,以及受特殊诱导等问题,用传统的实验法常难发现和鉴定miRNA.通过生物信息学方法在已有的各种基因库中寻找未知miRNA,大大提高了人们发现miRNA及其靶基因的效率.芸苔属(Brassica)的成员包括油菜、芜青、甘蓝等,是世界各国主要油料和食用作物.目前,油菜的miRNA的分离和鉴定工作已有文献报道,而其它的尚属空白.本文将拟南芥、水稻等植物已知的miRNA分别与芜青、甘蓝、野芥菜、黑芥菜、埃塞俄比亚芥的GSS和EST数据库进行比对搜索,采用一系列标准进行筛选,最后分别在芜青和甘蓝中预测到67个和95个miRNA.再把这些预测得到的miRNA分别与芜青和甘蓝的mRNA数据库进行比对搜索,分别找到120个和111个靶基因,除去未知功能及功能不详的,各有62个和48个靶基因.分析结果表明,上述大多数靶基因编码的产物为转录因子及重要代谢酶类,涉及植物的生长发育调控、信号转导及胁迫响应等方面. 展开更多
关键词 MICRORNA 生物信息学预测 芜青 甘蓝
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锯缘青蟹性腺发育与性别分化相关组织混合线性化cDNA文库构建及EST初步分析 被引量:3
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作者 邹志华 张子平 +4 位作者 王艺磊 陈锦民 贾锡伟 王淑红 林鹏 《热带海洋学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第6期88-94,共7页
分别提取锯缘青蟹Scylla serrata卵巢、精巢、眼柄、促雄腺的总RNA,等量混合后经oligotex试剂分离mRNA,利用SMART(Switch mechanisms at the 5′end of RNA transcript)技术及DSN(duplex-specific nuclease)的特性构建线性化cDNA质粒文... 分别提取锯缘青蟹Scylla serrata卵巢、精巢、眼柄、促雄腺的总RNA,等量混合后经oligotex试剂分离mRNA,利用SMART(Switch mechanisms at the 5′end of RNA transcript)技术及DSN(duplex-specific nuclease)的特性构建线性化cDNA质粒文库。经检测文库约含有5.3×107重组子,扩增后的文库含有1011以上重组子。文库的插入cDNA长度为0.5—2.5kb,重组率大于98%。从构建的文库中随机挑取5 202个克隆进行大规模EST测序,获得3 346条ESTs,其中长度大于100bp的高质量ESTs 2 697条。经拼接与软件分析,2 697 ESTs代表了2 522个Unigenes,包括2 355个Singlets和167个Contigs,冗余率6.49%。EST序列经生物信息学分析(BLASTX,e<10-6),发现了Sry-like protein C、Sox14 protein、Sox4b、sex-determining protein fem-1、vitellogenin、vitellogenin receptor、cyclin A、cathepsin C和cyclin-dependent kinase 2等与性别分化和性腺发育相关的基因,以及热休克蛋白家族、泛素系统、抗氧化防御体系和抗病相关的功能基因。该文库具有较高的质量和利用价值,可为更大规模EST分析及采用基因芯片技术开展锯缘青蟹性腺发育及性别分化相关功能基因的研究奠定基础。 展开更多
关键词 锯缘青蟹SCYLLA SERRATA 线性化cDNA文库 性腺发育 性别分化 EST
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miR-21与肿瘤 被引量:13
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作者 方国强 吴炳礼 +1 位作者 李恩民 许丽艳 《癌变·畸变·突变》 CAS CSCD 2010年第1期65-70,74,共7页
MicroRNA(miRNA)是一类具有调控功能的小分子非编码RNA,主要参与基因转录后水平的调控,对生物体的生长、发育、衰老和死亡等生命过程都有着重要的作用。近年来,大量研究结果表明,许多miRNA可作为原癌基因或者抑癌基因,在肿瘤的发生和发... MicroRNA(miRNA)是一类具有调控功能的小分子非编码RNA,主要参与基因转录后水平的调控,对生物体的生长、发育、衰老和死亡等生命过程都有着重要的作用。近年来,大量研究结果表明,许多miRNA可作为原癌基因或者抑癌基因,在肿瘤的发生和发展中扮演着重要的角色,其中miR_21最受人重视。大量实验证明在多种肿瘤细胞中,miR_21的表达均出现显著异常,揭示miR_21作为一个致癌miRNA,在多种肿瘤的发生和发展中起着重要的作用。本文综述了miR_21在肿瘤细胞中调控的靶基因及其功能,以及miR_21自身的表达调控机制研究进展,这将为miR_21在肿瘤的诊断、治疗和预后判断中的应用提供重要资料。 展开更多
关键词 MIR-21 肿瘤 基因调控
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人分化抑制因子3基因靶向微小分子RNA表达载体的构建及筛选 被引量:4
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作者 陈芳芳 李晓军 +3 位作者 庞小娟 赵晓琴 罗冰 虞伟 《医学研究生学报》 CAS 2010年第4期372-376,共5页
目的人分化抑制因子3(inhibitor of differentination 3,Id3)基因在A549细胞中的外源性表达能抑制细胞生长并诱导细胞凋亡。文中旨在构建靶向人Id3基因的微小分子RNA(miRNA)表达载体,观察miRNA对A549细胞中Id3表达的下调作用,为进一步探... 目的人分化抑制因子3(inhibitor of differentination 3,Id3)基因在A549细胞中的外源性表达能抑制细胞生长并诱导细胞凋亡。文中旨在构建靶向人Id3基因的微小分子RNA(miRNA)表达载体,观察miRNA对A549细胞中Id3表达的下调作用,为进一步探讨Id3基因在A549细胞生长调控中的作用机制提供一定实验依据。方法依据miRNA设计原则,针对人Id3基因的mRNA序列,设计并合成编码miRNA的2条寡核苷酸序列,经退火成互补双链,再克隆至pcDNATM6.2-GW/EmGFP-miR真核表达载体中,构建含靶向人Id3基因的miRNA表达质粒(pcDNA6.2-GW/EmGFP-miR-Id3),DNA测序验证后,采用Lipofectamine2000TM脂质体转染技术将该质粒导入A549细胞。荧光倒置显微镜下观察miRNA干扰质粒转染A549细胞后EGFP的表达情况,应用RT-PCR和Western blot方法分别检测miRNA干扰后Id3mRNA及蛋白水平的表达。结果DNA测序表明重组质粒pcDNA6.2-GW/EmGFP-miR-Id3构建正确,将其成功导入A549细胞后,在Id3mRNA水平和蛋白表达水平均有不同程度的抑制作用。结论成功构建了针对人Id3基因的4组pcDNA6.2-GW/EmGFP-miR-Id3miRNA表达载体,其中,SRId3-1干扰组在mRNA水平和蛋白表达水平均能有效抑制A549细胞Id3的表达。 展开更多
关键词 微小分子RNA 人分化抑制因子3 肺腺癌 A549 RNA干扰
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miR-129-5p调节小鼠乳腺上皮细胞内Igf-1的表达 被引量:4
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作者 丁巍 李庆章 +3 位作者 王春梅 李晔 崔巍 冯丽 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第6期548-553,共6页
MicroRNAs(miRNAs)是一类大约22个核苷酸的非编码RNA.它能通过调控生长因子表达,引发肿瘤形成、细胞增殖和组织器官发育.本文通过构建miR-129-5p靶基因序列的双荧光素酶报告载体分析了miR-129-5p与靶基因之间的关系,应用脂质体转染技术... MicroRNAs(miRNAs)是一类大约22个核苷酸的非编码RNA.它能通过调控生长因子表达,引发肿瘤形成、细胞增殖和组织器官发育.本文通过构建miR-129-5p靶基因序列的双荧光素酶报告载体分析了miR-129-5p与靶基因之间的关系,应用脂质体转染技术和实时荧光定量技术观察了miR-129-5p在小鼠乳腺上皮细胞中的表达量及其变化,通过CASY细胞活力仪检测转染后的细胞增殖与活力变化,采用Western印迹方法检Igf-1的变化.结果表明:miR-129-5p在小鼠乳腺青春期表达最高,成功构建了Igf-1基因3'UTR荧光素酶报告载体,miR-129-5p抑制其荧光素酶活性(P<0.01),转染抑制子后miR-129-5p表达降低(P<0.01),胰岛素样生长因子(Igf-1)表达增强(P<0.05),细胞增殖和活力增强(P<0.01),结果提示:miR-129-5p可能通过抑制靶基因蛋白Igf-1的表达,进而抑制小鼠乳腺上皮细胞增殖和活力. 展开更多
关键词 miR-129-5p 荧光素酶报告载体 胰岛素样生长因子(Igf-10 乳腺上皮细胞
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植物环状RNA研究进展 被引量:4
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作者 高振 骆萌 +6 位作者 王磊 宋士任 赵丽萍 许文平 张才喜 王世平 马超 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期171-181,共11页
环状RNA(circularRNA,circRNA)是一类经反向剪接后、由3′末端和5′末端共价结合形成的单链非编码RNA分子,广泛存在于多种生物体中,具有结构稳定、细胞或组织特异性等特征。circRNA具有多种功能,可作为miRNA"海绵"调控miRNA表... 环状RNA(circularRNA,circRNA)是一类经反向剪接后、由3′末端和5′末端共价结合形成的单链非编码RNA分子,广泛存在于多种生物体中,具有结构稳定、细胞或组织特异性等特征。circRNA具有多种功能,可作为miRNA"海绵"调控miRNA表达;促进来源基因转录;通过与蛋白互作参与相关途径调控等。多种植物circRNA的研究结果暗示其在生物胁迫、非生物胁迫及生长发育中发挥重要作用。对植物circRNA分子特征和作用机制的研究现状进行综述,并结合动物中circRNA的研究进展,讨论植物circRNA的潜在作用机制,并提出植物中尚未解决的问题及其未来的应用前景。 展开更多
关键词 circRNA 非编码RNA 作用机制 生物学功能
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