为揭示南川梅花草叶绿体基因组密码子使用模式及主要影响因素,以南川梅花草叶绿体基因组全序列为研究对象,通过剔除重复基因等筛选步骤,最终得到44条基因编码序列(CDS),利用Codon W 1.4.2软件和CUSP程序等对其进行密码子碱基组成分析、...为揭示南川梅花草叶绿体基因组密码子使用模式及主要影响因素,以南川梅花草叶绿体基因组全序列为研究对象,通过剔除重复基因等筛选步骤,最终得到44条基因编码序列(CDS),利用Codon W 1.4.2软件和CUSP程序等对其进行密码子碱基组成分析、中性绘图分析、有效密码子数(ENC-plot)分析、奇偶偏好(PR2-plot)分析和最优密码子分析。结果表明:南川梅花草叶绿体基因组密码子3个位置上的GC含量呈现GC_(1)>GC_(2)>GC_(3)的趋势,说明密码子末尾碱基偏好以A/T(U)结尾;基因组有效密码子数(ENC)均值为48.05,表明南川梅花草叶绿体基因组密码子使用偏好性较弱。ENC和GC_(3)之间呈极显著正相关,说明密码子第3位碱基的组成对该物种密码子使用偏好性具有显著影响;偏好性受到48.15%的突变压力和51.85%的选择压力,结合ENC-plot和PR2-plot分析进一步说明,碱基突变与自然选择共同影响该种叶绿体基因组的密码子使用模式,但自然选择的影响更大。南川梅花草叶绿体基因组含UUA、AUU、GUA等19个最优密码子,大多以U结尾,其余以A结尾。展开更多
翻白叶树是中国南方的常绿树种,具有重要的经济和药用价值。通过Illumina HiSeq X ten高通量测序平台,对翻白叶树叶绿体基因组进行测序、组装和注释,分析翻白叶树的叶绿体基因组特征及系统发育关系。结果表明,翻白叶树叶绿体全基因组具...翻白叶树是中国南方的常绿树种,具有重要的经济和药用价值。通过Illumina HiSeq X ten高通量测序平台,对翻白叶树叶绿体基因组进行测序、组装和注释,分析翻白叶树的叶绿体基因组特征及系统发育关系。结果表明,翻白叶树叶绿体全基因组具有典型的四分体结构,全长为162843 bp,共注释126个基因,其中包括81个蛋白编码基因、37个tRNA和8个rRNA。密码子偏好性分析表明,翻白叶树的密码子使用模式偏向以A或U结尾,亮氨酸(Leu)密码子使用频率最高,半胱氨酸(Cys)使用率最低。重复序列分析共检测到284个SSR位点,其中单碱基重复的SSR位点最多,有171个,6碱基重复最少,仅有2个。翅子树属叶绿体基因组比较分析显示,反向重复区域的位置和边界区域的基因分布存在收缩与扩张的现象。系统发育分析表明,翻白叶树与景东翅子树、勐仑翅子树、截裂翅子树和蚬木亲缘关系较近。该研究为翻白叶树的分子标记开发、物种鉴定以及遗传多样性评估等研究提供重要的理论依据。展开更多
文摘为揭示南川梅花草叶绿体基因组密码子使用模式及主要影响因素,以南川梅花草叶绿体基因组全序列为研究对象,通过剔除重复基因等筛选步骤,最终得到44条基因编码序列(CDS),利用Codon W 1.4.2软件和CUSP程序等对其进行密码子碱基组成分析、中性绘图分析、有效密码子数(ENC-plot)分析、奇偶偏好(PR2-plot)分析和最优密码子分析。结果表明:南川梅花草叶绿体基因组密码子3个位置上的GC含量呈现GC_(1)>GC_(2)>GC_(3)的趋势,说明密码子末尾碱基偏好以A/T(U)结尾;基因组有效密码子数(ENC)均值为48.05,表明南川梅花草叶绿体基因组密码子使用偏好性较弱。ENC和GC_(3)之间呈极显著正相关,说明密码子第3位碱基的组成对该物种密码子使用偏好性具有显著影响;偏好性受到48.15%的突变压力和51.85%的选择压力,结合ENC-plot和PR2-plot分析进一步说明,碱基突变与自然选择共同影响该种叶绿体基因组的密码子使用模式,但自然选择的影响更大。南川梅花草叶绿体基因组含UUA、AUU、GUA等19个最优密码子,大多以U结尾,其余以A结尾。
文摘翻白叶树是中国南方的常绿树种,具有重要的经济和药用价值。通过Illumina HiSeq X ten高通量测序平台,对翻白叶树叶绿体基因组进行测序、组装和注释,分析翻白叶树的叶绿体基因组特征及系统发育关系。结果表明,翻白叶树叶绿体全基因组具有典型的四分体结构,全长为162843 bp,共注释126个基因,其中包括81个蛋白编码基因、37个tRNA和8个rRNA。密码子偏好性分析表明,翻白叶树的密码子使用模式偏向以A或U结尾,亮氨酸(Leu)密码子使用频率最高,半胱氨酸(Cys)使用率最低。重复序列分析共检测到284个SSR位点,其中单碱基重复的SSR位点最多,有171个,6碱基重复最少,仅有2个。翅子树属叶绿体基因组比较分析显示,反向重复区域的位置和边界区域的基因分布存在收缩与扩张的现象。系统发育分析表明,翻白叶树与景东翅子树、勐仑翅子树、截裂翅子树和蚬木亲缘关系较近。该研究为翻白叶树的分子标记开发、物种鉴定以及遗传多样性评估等研究提供重要的理论依据。
