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大豆根瘤菌Q7-3菌株分离鉴定及特性分析 被引量:1
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作者 朱加楠 毕宇 +4 位作者 潘钰 姜超 于冲 王玉霞 刘春燕 《生物技术》 CAS 2024年第6期722-727,共6页
[目的]分离筛选黑龙江省齐农7号大豆株系根瘤菌,探究其基本特性及对齐农7号大豆生长结瘤的影响。[方法]组织分离法分离筛选根瘤菌,进行系统发育分析,明确其种属关系。回接盆栽试验确定根瘤菌对寄主结瘤能力的影响。液体培养测定根瘤菌... [目的]分离筛选黑龙江省齐农7号大豆株系根瘤菌,探究其基本特性及对齐农7号大豆生长结瘤的影响。[方法]组织分离法分离筛选根瘤菌,进行系统发育分析,明确其种属关系。回接盆栽试验确定根瘤菌对寄主结瘤能力的影响。液体培养测定根瘤菌耐盐碱能力,分析其对唯一碳氮源的利用能力。[结果]从齐农7号大豆中分离出1株根瘤菌Q7-3,经系统发育分析鉴定为快生型贾氏根瘤菌(Rhizobium giardinii)。将根瘤菌Q7-3回接到齐农7号大豆后,与对照相比,其叶绿素含量为29.37±0.53(SPAD值),提高了29.21%;氮素含量为(12.87±0.53)mg/g,提高了30.93%;根瘤数、根瘤鲜重分别为(17±5.72)个、(0.13±0.01)g。基本特性分析发现根瘤菌Q7-3不耐盐胁迫。当培养环境pH值≤10.31时,根瘤菌Q7-3在碱性环境中生长繁殖能力较强,pH值≥10.92时根瘤菌Q7-3几乎不生长。碳氮源利用测定发现,根瘤菌Q7-3能以蔗糖作为唯一碳源。以硫酸铵、胰蛋白胨和尿素为唯一氮源时,根瘤菌Q7-3几乎不生长或繁殖能力较弱。[结论]根瘤菌Q7-3为快生型贾氏根瘤菌且可促进齐农7号大豆结瘤,有耐碱特性,能以蔗糖为唯一碳源生长繁殖。 展开更多
关键词 大豆 根瘤菌 共生 结瘤 耐盐性 耐碱性 碳源 氮源
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Thermotoga sp.RQ7内切纤维素酶TsCel12A蛋白的酶学性质和晶体学研究 被引量:1
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作者 李媛 张丽 +1 位作者 陈安琪 季朝能 《复旦学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期489-496,共8页
纤维素作为丰富的可再生资源,可以通过水解制取乙醇、低聚糖等多类产品,在能源与食品等领域有广泛应用,生物酶法降解因为高效环保而成为纤维素的工业应用的主要途径.内切纤维素酶可以通过水解β-1,4糖苷键将纤维素转变为短片段多糖,是... 纤维素作为丰富的可再生资源,可以通过水解制取乙醇、低聚糖等多类产品,在能源与食品等领域有广泛应用,生物酶法降解因为高效环保而成为纤维素的工业应用的主要途径.内切纤维素酶可以通过水解β-1,4糖苷键将纤维素转变为短片段多糖,是起始纤维素水解的关键酶,稳定高效的内切纤维素酶是纤维素生物酶解的关键.本文成功表达、纯化了来源于嗜热菌Thermotoga sp.RQ7的内切纤维素酶TsCel12A,酶学性质实验结果显示其最适反应温度为95℃、最适反应pH为9.0,K m为(0.3602±0.0343)mmol/L,Kcat为(4.58±0.1211)s^-1,且于5 mol/LNaCl盐溶液中不失活,说明该酶具备在高温、高盐及碱性环境下工业应用的潜力.通过结晶和优化筛选到高质量晶体,X-衍射数据分析获得了分辨率为2.36?,所属空间群P622,晶胞参数为a=184.974,b=184.974,c=49.873,α=90°,β=90°,γ=120°的晶体数据,为此酶三维结构的测定及其催化机制的阐明和酶性质的改造提供了结构基础. 展开更多
关键词 糖苷酶 内切纤维素酶 热稳定性 工业应用
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基于WGCNA挖掘调控猪肌内脂肪沉积的关键基因
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作者 赵为民 田紫金 +4 位作者 任守文 王学敏 涂枫 李辉 李碧侠 《中国畜牧兽医》 北大核心 2026年第3期1384-1397,共14页
【目的】挖掘影响猪肌内脂肪(intramuscular fat,IMF)沉积相关的候选基因,以期探索IMF沉积的调控机制。【方法】选取相同饲养条件下不同体重的16头苏山猪,测定其背最长肌IMF含量,并进行转录组测序。利用16个样本的IMF含量和转录组数据,... 【目的】挖掘影响猪肌内脂肪(intramuscular fat,IMF)沉积相关的候选基因,以期探索IMF沉积的调控机制。【方法】选取相同饲养条件下不同体重的16头苏山猪,测定其背最长肌IMF含量,并进行转录组测序。利用16个样本的IMF含量和转录组数据,采用加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)鉴定与IMF含量显著相关的基因模块。通过韦恩分析整合高、低IMF组猪背最长肌中差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)和关键基因模块,筛选关键候选基因集并结合基因富集和蛋白质互作(protein-protein interaction,PPI)分析,鉴定调控猪IMF沉积的关键候选基因,并随机选取6个关键基因进行实时荧光定量PCR验证。【结果】WGCNA分析发现,蓝色和绿色模块与IMF含量呈显著相关(P<0.05),分别包含1206(552个hub基因)和440(243个hub基因)个基因。在高、低IMF组间共筛选出877个DEGs,其中358个基因在高IMF组中上调,519个基因下调。韦恩分析显示,蓝色与绿色模块的基因与DEGs重叠的有187个基因,为关键基因集。GO功能富集分析显示,关键基因集显著富集于DNA结合转录因子活性等8个分子功能,RNA聚合酶Ⅱ转录调节复合物等14个细胞组分,细胞内胆固醇转运等22个生物过程。KEGG通路富集分析发现,这些关键基因集参与FoxO信号通路、糖酵解/糖异生、AMPK信号通路、胆固醇代谢和PI3K-Akt信号等通路。PPI和Cytoscape分析发现,MYC、FOXO3、LDHA、IRS2、PGK1、KDR、NPC1、NPC2、BCL6、IL6R、EFNA5、THBS1、INSR、FBP2、GPI为前15个连接度最高的基因,被认为是影响IMF沉积的关键候选基因。实时荧光定量PCR结果显示,MYC、IRS2、FOXO3、LDHA、FBP2和GPI基因在高、低IMF组中的表达趋势与转录组测序结果一致。【结论】本研究基于转录组数据,通过WGCNA、KEGG富集及PPI网络分析,筛选出MYC、FOXO3等15个与苏山猪IMF沉积相关的关键基因,这些基因通过FoxO信号通路、糖酵解/糖异生、AMPK及PI3K-Akt等通路发挥作用,为解析猪IMF沉积的分子机制提供了重要依据。 展开更多
关键词 肌内脂肪 加权基因共表达网络分析 关键基因 转录组测序
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土壤细菌16S rRNA基因实时荧光定量PCR标准品的制备及稳定性探究
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作者 朱璧如 廖万金 徐冰 《生物学杂志》 北大核心 2026年第1期97-102,共6页
实时荧光定量PCR(qPCR)被越来越多地用于测量微生物的绝对数量,使用该方法的关键是制备合适的标准品并建立稳定的实验方案。本研究成功构建了一个含有土壤细菌16S rRNA基因全长的质粒标准品,该标准品可以被4对细菌16S rRNA基因的通用引... 实时荧光定量PCR(qPCR)被越来越多地用于测量微生物的绝对数量,使用该方法的关键是制备合适的标准品并建立稳定的实验方案。本研究成功构建了一个含有土壤细菌16S rRNA基因全长的质粒标准品,该标准品可以被4对细菌16S rRNA基因的通用引物扩增。使用其中2对引物进行绝对定量qPCR实验,熔解曲线均为单峰,标准曲线的扩增效率分别为87.4%和71.9%,拟合优度均大于0.99。1 d内使用同一套梯度稀释的标准品进行3次qPCR实验,使用TE或TE_(0.1)缓冲液进行稀释或4℃低温存放均能提高标准曲线扩增效率和拟合优度的稳定性。质粒标准品-20℃存放30 d后,标准曲线的扩增效率和拟合优度并未显著降低,但在不同时间测得的扩增效率有波动,使用TE或TE_(0.1)缓冲液进行标准品稀释可减小这种波动。保证标准品在存放和使用过程中的稳定性,有助于提高不同空间和时间进行绝对定量qPCR实验的准确性和复现性。 展开更多
关键词 绝对定量qPCR 质粒克隆 标准曲线 扩增效率 拟合优度
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不同性别来源人胚胎干细胞与羊膜间充质干细胞外泌体蛋白质组学与miRNA谱分析
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作者 黄蓓蓓 宁松 +2 位作者 吴慧敏 覃莲菊 刁飞扬 《南京医科大学学报(自然科学版)》 北大核心 2026年第2期188-201,共14页
目的:探讨不同性别来源人胚胎干细胞外泌体(human embryonic stem cell-derived exosome,hESC-exo)和人羊膜间充质干细胞外泌体(human amniotic mesenchymal stem cell-derived exosome,hAMSC-exo)在蛋白质组学和转录组学层面的差异。方... 目的:探讨不同性别来源人胚胎干细胞外泌体(human embryonic stem cell-derived exosome,hESC-exo)和人羊膜间充质干细胞外泌体(human amniotic mesenchymal stem cell-derived exosome,hAMSC-exo)在蛋白质组学和转录组学层面的差异。方法:构建符合外泌体研究的培养体系,通过超速离心分别从男女株人胚胎干细胞(human embryonic stem cell,hESC)和人羊膜间充质干细胞(human amniotic mesenchymal stem cell,h AMSC)中获得质量符合研究要求的外泌体(exosome,exo),采用液相色谱-串联质谱(liquid chromatography-tandem mass spectrometry,LC-MS/MS)分析来定义蛋白质组学表征,进行高通量测序以确定微小RNA(microRNA,miRNA)谱。通过生物信息学分析确定外泌体调控的主要生物学过程和通路。结果:在蛋白质组学和转录组学层面,hAMSC-exo男株与女株表征类似,而h ESC-exo男株与女株间存在较大差异。miRNA图谱和蛋白质组分析揭示了hESC-exo主要与发育、代谢相关,hAMSC-exo主要与免疫、代谢相关。结论:通过蛋白质组学和miRNA测序对不同性别来源的hAMSC-exo和hESC-exo进行了系统分析,预测它们的生物学功能,揭示其在不同领域的应用潜力,为临床前和临床试验中选择更优来源细胞提供新的视角。 展开更多
关键词 外泌体 人羊膜间充质干细胞 人胚胎干细胞 MIRNA 蛋白质组
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外泌体递送CRISPR/Cas系统在靶细胞内可实现基因编辑
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作者 王白燕 杨树 +5 位作者 王弋鸣 吴梦晴 肖瑀 郭梓璇 张博艺 冯书营 《中国组织工程研究》 北大核心 2026年第7期1839-1849,共11页
背景:CRISPR/Cas基因编辑系统具有精准基因编辑、靶向设计简单、低成本以及高效率等特性,已被广泛应用于科学研究和相关临床治疗。然而,CRISPR/Cas系统如何更安全、更高效、更精准地递送到靶细胞内,仍是一个急需解决的难题。目的:从递送... 背景:CRISPR/Cas基因编辑系统具有精准基因编辑、靶向设计简单、低成本以及高效率等特性,已被广泛应用于科学研究和相关临床治疗。然而,CRISPR/Cas系统如何更安全、更高效、更精准地递送到靶细胞内,仍是一个急需解决的难题。目的:从递送CRISPR/Cas系统的外泌体来源及工程化策略、外泌体对CRISPR/Cas系统的装载方法、CRISPR/Cas系统的生物形式及其在细胞内的作用途径等方面进行全方面综述,为该领域的研究者提供更直观、更系统的视角。方法:以“exosome,drug delivery systems,delivery,CRISPR/Cas,gene editing,engineered exosomes,targeting”为英文检索词,以“外泌体,药物递送,CRISPR/Cas,工程化”为中文检索词,分别检索Pub Med数据库及中国知网,检索时限为2014-2024年。通过仔细阅读文献的标题和摘要进行初步筛选,排除研究内容相关性差及内容重复的文献,最终纳入了78篇文献进行归纳和探讨。结果与结论:(1)外泌体是一种直径30-150 nm的脂质囊泡,具有循环半衰期长、靶向组织的内在能力、良好的生物相容性以及较小的固有毒性等优势,显现出强大的靶向递送能力;(2)CRISPR/Cas系统虽是一种强大的基因编辑工具,然而现有的CRISPR/Cas系统递送载体各有利弊,无法完全满足需求;(3)递送CRISPR/Cas系统的外泌体主要来源于高产外泌体的细胞或组织,但研究者们依然需要根据研究所需进行选择或进一步工程化;(4)递送CRISPR/Cas系统的外泌体主要通过基因工程修饰、化学修饰、外泌体-脂质体杂交等策略实现工程化;(5)外泌体装载CRISPR/Cas系统的方法包括电穿孔、孵育、转染和主动装载途径等,选择合适的装载方法取决于CRISPR/Cas系统的理化性质;(6)外泌体递送CRISPR/Cas系统的生物形式包括质粒和核糖核蛋白复合体,两种形式各具特点,成功递送的CRISPR/Cas系统在靶细胞内实现基因编辑。 展开更多
关键词 外泌体 CRISPR/Cas系统 基因编辑 药物负载 靶向递送 工程化
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线粒体HIGD1A表达受抑加重多柔比星引起的H9c2心肌细胞焦亡
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作者 贺忠梅 杨靖宇 +3 位作者 钟祺 裴旭婷 高丽娟 曹济民 《中国病理生理杂志》 北大核心 2026年第1期80-87,共8页
目的:探讨缺氧诱导的基因结构域家族成员1A(hypoxia-induced gene domain family member 1A,HIGD1A)在多柔比星(doxorubicin,DOX)诱导的大鼠H9c2心肌细胞焦亡中的作用及机制。方法:以大鼠H9c2心肌细胞为研究对象,实验分为以下7组:对照组... 目的:探讨缺氧诱导的基因结构域家族成员1A(hypoxia-induced gene domain family member 1A,HIGD1A)在多柔比星(doxorubicin,DOX)诱导的大鼠H9c2心肌细胞焦亡中的作用及机制。方法:以大鼠H9c2心肌细胞为研究对象,实验分为以下7组:对照组、DOX组、沉默对照(siNC)组、沉默Higd1a(siHigd1a)组、siNC+DOX组、siHigd1a+DOX组和siHigd1a+DOX+MCC950[核苷酸结合寡聚化结构域样受体蛋白3(nucleotide-binding oligomerization domain-like receptor protein 3,NLRP3)抑制剂]组。DOX(5μmol/L)处理24 h构建大鼠H9c2心肌细胞损伤模型,利用siRNA沉默Higd1a基因。采用DHE染色检测各组细胞中活性氧(reactive oxygen species,ROS)含量;TMRE染色法评估线粒体功能;Western blot法检测各组细胞焦亡相关蛋白的表达量;利用乳酸脱氢酶试剂盒检测心肌细胞的损伤情况。结果:与对照组相比,DOX处理使H9c2心肌细胞活力显著下降(P<0.01),HIGD1A的mRNA和蛋白表达量均显著降低(P<0.05)。与siNC+DOX组相比,沉默Higd1a后加重DOX诱导的ROS生成与线粒体膜电位下降(P<0.01),并且增加NLRP3、焦孔蛋白D剪切片段(gasdermin D cleaved fragment,GSDMD CL)、cleaved caspase-1、白细胞介素18(interleukin-18,IL-18)表达量(P<0.01),促进心肌细胞损伤标志物乳酸脱氢酶(lactate dehydrogenase,LDH)释放(P<0.01)。进一步加入NLRP3抑制剂MCC950可部分逆转沉默Higd1a导致的心肌细胞焦亡增加(P<0.05)。结论:DOX处理可下调大鼠H9c2心肌细胞HIGD1A表达,沉默Higd1a基因通过促进线粒体功能障碍及心肌细胞焦亡参与DOX导致的心肌细胞损伤,其机制与抑制ROS/NLRP3信号途径介导的心肌细胞焦亡有关。 展开更多
关键词 缺氧诱导的基因结构域家族成员1A 多柔比星 心肌细胞 细胞焦亡
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肝细胞人抗原R蛋白通过胰岛素受体底物2调控胰岛素信号通路的机制
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作者 邵园祯 李秀 +1 位作者 刘词航 王文恭 《中国生物化学与分子生物学报》 北大核心 2026年第1期114-121,共8页
胰岛素抵抗(insulin resistance,IR)是2型糖尿病(type 2 diabetes mellitus,T2DM)、代谢综合征(metabolic syndrome)及代谢相关的脂肪肝疾病(metabolic-associated fatty liver disease,MAFLD;non-alcoholic fatty liver disease,NAFLD... 胰岛素抵抗(insulin resistance,IR)是2型糖尿病(type 2 diabetes mellitus,T2DM)、代谢综合征(metabolic syndrome)及代谢相关的脂肪肝疾病(metabolic-associated fatty liver disease,MAFLD;non-alcoholic fatty liver disease,NAFLD)等多种代谢疾病的共同病理改变。肝胰岛素信号通路失调是胰岛素抵抗的重要原因,但其调控机制尚待进一步解析。人抗原R蛋白(human antigen R,HuR)是一种重要的RNA结合蛋白质,其通过对相关基因的转录后调控维持细胞代谢稳态。本研究利用肝细胞HuR特异性敲除小鼠(HuR cKO)模型,探讨了肝细胞HuR缺失对胰岛素敏感性以及相关信号通路的影响。研究发现,HuR cKO小鼠在8周高脂喂养后表现出明显的胰岛素抵抗,表现为空腹血糖升高(P<0.05)和胰岛素敏感性下降(P<0.01)。进一步研究显示,HuR缺失显著下调胰岛素受体底物2(insulin receptor substrate protein-2,IRS2)的蛋白质水平(P<0.01),伴随下游苏氨酸激酶2(threonine kinase 2,AKT2)(P<0.05)及糖原合酶激酶3β(glycogen synthase kinase-3β,GSK3β)信号通路活性减弱(P<0.01)。就机制而言,HuR结合IRS2 mRNA的3′非翻译区(3′untranslated regions,3′UTR),促进其mRNA稳定性,进而促进了IRS2的蛋白质表达水平(P<0.01)。上述研究从HuR对IRS2的转录后调控角度解析了胰岛素抵抗的机制,为相关干预提供了实验依据。 展开更多
关键词 胰岛素抵抗 转录后调控 RNA结合蛋白质 人抗原R蛋白 胰岛素受体底物2
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基于P2X7R/NLRP3信号通路探讨牛膝提取物对大鼠膝骨性关节炎中软骨细胞焦亡和软骨损伤的效果及机制
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作者 姚志城 梁鼎天 +4 位作者 李桓宇 朱俊朗 蔡泽鹏 桂辉琼 曾意荣 《中国生物化学与分子生物学报》 北大核心 2026年第1期64-75,共12页
本文基于嘌呤能受体P2X配体门控离子通道7的受体(purinergic receptor P2X ligand-gated ion channel 7,P2X7R)/NOD样受体热蛋白结构域相关蛋白3(NOD-like receptor family pyrin domain containing 3,NLRP3)信号通路探讨牛膝提取物(ach... 本文基于嘌呤能受体P2X配体门控离子通道7的受体(purinergic receptor P2X ligand-gated ion channel 7,P2X7R)/NOD样受体热蛋白结构域相关蛋白3(NOD-like receptor family pyrin domain containing 3,NLRP3)信号通路探讨牛膝提取物(achyranthes bidentata extract,ABE)对大鼠膝骨性关节炎(knee osteoarthritis,KOA)的效果及机制。在动物实验中,采用“内侧副韧带横断(medial collateral ligament transection,MCLT)+部分半月板切除术(partial meniscectomy,PM)”建立大鼠KOA模型。苏木精-伊红(hematoxylin-eosin,H&E)染色和番红固绿染色评估膝关节软骨损伤情况,TUNEL染色评估软骨细胞凋亡情况。微型计算机断层扫描技术(micro-computed tomography,Micro-CT)评估骨损伤和KOA严重程度。在体外实验中,采用脂多糖(lipopolysaccharide,LPS)处理大鼠膝关节原代软骨细胞,四唑盐比色(methylthiazolyldiphenyl-tetrazolium bromide,MTT)法和乳酸脱氢酶(lactate dehydrogenase,LDH)试剂盒检测细胞活力和细胞毒性情况。酶联免疫吸附法(enzyme linked immunosorbent assay,ELISA)和免疫印迹法(Western blot,WB)检测各组炎性细胞因子和基质蛋白质水平。流式细胞术检测天冬氨酸特异性的胱天蛋白酶1(cysteine-requiring aspartate protease 1,Caspase-1)活性。免疫荧光法检测软骨细胞内NLRP3水平。体外研究结果表明,通过ELISA检测,ABE显著降低了大鼠原代软骨细胞中LDH的释放量(P<0.01),同时炎症因子白介素-18(interleukin-18,IL-18)(P<0.01)和白介素-1β(interleukin-1β,IL-1β)(P<0.01)水平也明显受到抑制;此外,Western印迹分析进一步揭示,ABE处理有效抑制了软骨降解酶基质金属蛋白酶1(matrix metalloproteinase 1,MMP-1)(P<0.01)和基质金属蛋白酶13(matrix metalloproteinase 13,MMP-13)(P<0.001)的蛋白质表达,同时显著提升关键基质蛋白Ⅱ型胶原(collagen typeⅡ,CollagenⅡ)(P<0.001)的水平,共同证实ABE通过调控炎症与基质代谢通路抑制软骨细胞焦亡和损伤的机制;体内实验进一步证实,ABE有效改善KOA大鼠软骨组织损伤(例如H&E染色显示结构破坏减轻,番红固绿染色表明基质流失减少),抑制骨赘形成及软骨细胞焦亡;分子机制上通过下调P2X7R(P<0.001)、NLRP3(P<0.001)等通路蛋白质表达延缓KOA进展。ABE通过抑制P2X7R/NLRP3信号通路抑制软骨细胞焦亡,改善软骨组织损伤,从而延缓大鼠KOA的病理进展,表明ABE可能是一种有前景的KOA治疗药物。 展开更多
关键词 牛膝提取物 膝骨性关节炎 中草药 软骨细胞焦亡 P2X7R/NLRP3信号通路
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组蛋白去乙酰化酶抑制剂调控缺血性脑卒中的分子机制
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作者 潘冯缘 徐怡薇 +1 位作者 邹歆妤 陈静 《生物化学与生物物理进展》 北大核心 2026年第1期66-76,共11页
缺血性脑卒中(ischemic stroke,IS)约占所有卒中病例的80%,是全球范围内导致死亡和长期残疾的主要神经系统疾病,其核心病理机制为脑血流中断导致的神经细胞坏死和脑组织缺血性损伤,涉及细胞凋亡、炎症反应及氧化应激等多重分子过程。组... 缺血性脑卒中(ischemic stroke,IS)约占所有卒中病例的80%,是全球范围内导致死亡和长期残疾的主要神经系统疾病,其核心病理机制为脑血流中断导致的神经细胞坏死和脑组织缺血性损伤,涉及细胞凋亡、炎症反应及氧化应激等多重分子过程。组蛋白去乙酰化酶(histone deacetylase,HDAC)通过去除组蛋白上的乙酰基团(acetyl group,Ac)调控染色质构象与基因表达,在神经细胞存活、炎症反应调控及血脑屏障稳态调节中发挥重要的作用。组蛋白去乙酰化酶抑制剂(HDAC inhibitor,HDACi)可抑制HDAC的活性,HDACi不仅作用于组蛋白,还可作用于热休克转录因子1(HSF1)、分子伴侣热休克蛋白90(HSP90)及细胞骨架蛋白α微管蛋白(α-tubulin)在内的多种非组蛋白,进而调控下游基因转录及相关信号通路,在IS模型中表现出显著神经保护作用。本文系统综述HDACs的分类、HDACi的作用机制,及其在IS后细胞凋亡抑制、神经炎症调控、血脑屏障修复及认知功能改善中的多重效应,同时探讨HDACi的靶向策略与临床应用前景,为HDACi治疗IS提供了新的理论依据与科学的研究方向。 展开更多
关键词 组蛋白去乙酰化酶 组蛋白去乙酰化酶抑制剂 缺血性脑卒中 神经保护
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人工智能在分子细胞生物学中的应用
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作者 何拓 孟姗姗 +4 位作者 周杰 张莉 高微波 刘建新 李晓会 《黑龙江科学》 2026年第2期80-84,共5页
综述了人工智能(AI)技术在分子细胞生物学领域的应用,旨在探索其在分子细胞生物学领域应用的巨大潜力与广阔的发展前景。随着深度学习、机器学习等AI技术的不断演进与完善,其在基因组学、蛋白质结构预测等多个关键领域的应用深度与广度... 综述了人工智能(AI)技术在分子细胞生物学领域的应用,旨在探索其在分子细胞生物学领域应用的巨大潜力与广阔的发展前景。随着深度学习、机器学习等AI技术的不断演进与完善,其在基因组学、蛋白质结构预测等多个关键领域的应用深度与广度将持续拓展,为科研人员提供了全新的视角和工具,进一步推动AI在生命科学中的深度融合与应用。 展开更多
关键词 人工智能 分子细胞生物学 基因组学 蛋白质结构预测
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猪生肌调节因子的生物信息学分析
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作者 罗文怡 张雨丹 +2 位作者 冯海仙 杨晓 陈伟 《贵州畜牧兽医》 2026年第1期13-18,共6页
为了探究猪生肌调节因子(MRFs)的特性,采用生物信息学方法对MRFs家族蛋白的理化性质、结构、互作关系进行分析。结果:猪MRFs的4个家族成员氨基酸数量介于224~319个,分子量范围为25032.13~34243.03 Da,等电点分布在5.42~5.90区间,该家族... 为了探究猪生肌调节因子(MRFs)的特性,采用生物信息学方法对MRFs家族蛋白的理化性质、结构、互作关系进行分析。结果:猪MRFs的4个家族成员氨基酸数量介于224~319个,分子量范围为25032.13~34243.03 Da,等电点分布在5.42~5.90区间,该家族所有成员均为亲水蛋白;MRFs蛋白的磷酸化位点以丝氨酸为主,无跨膜结构和信号肽序列;MRFs主要分布于细胞核(概率80.17%)、细胞质(概率38.51%)、线粒体(概率19.39%);其二级结构主要为无规则卷曲,其次是α-螺旋;三级结构高度相似,具有典型结构域——碱性螺旋-环-螺旋(bHLH);蛋白互作分析表明MRFs与pax3、pax7、MSYN、MEF2蛋白家族存在相互作用。结论:猪MRFs家族成员在理化性质上差异较小,主要存在于细胞核中,其二级结构和三级结构高度相似并以保守的bHLH结构域为核心,通过成员间有序的时空表达,并受到其他蛋白的调控互作。 展开更多
关键词 生肌调节因子(MRFs) 生物信息
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金银花MYB蛋白质家族成员鉴定与功能分析
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作者 张净洁 潘兵兵 +3 位作者 朱攀攀 潘琪 张冕 肖巧巧 《中国生物化学与分子生物学报》 北大核心 2026年第1期97-113,共17页
MYB蛋白质家族是植物中最大的转录因子家族之一,广泛参与生长发育、逆境应答及次生代谢过程,但金银花MYB蛋白质家族成员尚未被鉴定。本研究采用生物信息学方法对其进行全基因组鉴定与分析,涵盖基本理化性质、系统进化树、基因结构、保... MYB蛋白质家族是植物中最大的转录因子家族之一,广泛参与生长发育、逆境应答及次生代谢过程,但金银花MYB蛋白质家族成员尚未被鉴定。本研究采用生物信息学方法对其进行全基因组鉴定与分析,涵盖基本理化性质、系统进化树、基因结构、保守基序、顺式作用元件等,并通过构建pCAMBIA1300-GFP融合载体、烟草叶片瞬时转染检测MYB6、MYB106d、MYB114蛋白质的亚细胞定位。结果显示,共鉴定到147个LjMYB基因,分属17个亚家族(S1~S17);其编码氨基酸长度52~1060 AA,等电点4.42~11.52 pI,外显子1~13个,分子量6086.3~119075.08 kD。MEME分析发现,不同MYB的基序数量及分布存在差异,同一亚家族结构特征相似;顺式作用元件分析表明,其启动子区域含光响应、激素应答及生物与非生物胁迫相关元件和结合位点。染色体分布显示,MYB基因存在显著基因组加倍(可能与染色体进化加倍相关);金银花与拟南芥MYB基因的共线性分析显示,121对同源基因分布于拟南芥所有染色体,体现进化保守性。表达谱分析表明,金银花MYB基因在生长发育中作用不同,且对不同光照强度敏感程度有差异;亚细胞定位显示,LjMYB6、LjMYB106d以及LjMYB114均定位于细胞核。综上,金银花MYB蛋白质家族具有多样生物学特性,可能参与生长发育、激素调控及生物/非生物胁迫响应过程。 展开更多
关键词 金银花 MYB蛋白质家族 鉴定 理化性质 功能分析
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硫酸盐还原菌在煤矿区生态修复中的研究进展与应用前景
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作者 吕莹 范荣洋 +7 位作者 杨亚 韦成龙 齐志雅 黄淞 赵颖豪 张婷婷 郭明凡 刘兴宇 《化工进展》 北大核心 2026年第1期465-480,共16页
煤矿区的开采活动导致了严重的环境污染问题,尤其是酸性矿山废水和重金属污染,对生态系统稳定性和可持续性构成了极大挑战。硫酸盐还原菌(SRB)作为一种重要的微生物修复工具,通过其独特的代谢活动实现硫酸盐还原并生成硫化氢,从而沉淀... 煤矿区的开采活动导致了严重的环境污染问题,尤其是酸性矿山废水和重金属污染,对生态系统稳定性和可持续性构成了极大挑战。硫酸盐还原菌(SRB)作为一种重要的微生物修复工具,通过其独特的代谢活动实现硫酸盐还原并生成硫化氢,从而沉淀重金属、降低生物毒性并中和酸性,对改善污染土壤和水体具有显著作用。本综述全面回顾了SRB的生理特性及其在煤矿区酸性矿山废水和重金属污染治理中的代谢机制和研究进展,分析了影响其修复效果的环境因素,包括pH、氧化还原电位、营养供给和温度等。在应用层面,尽管SRB技术已在煤矿生态修复中显示出显著效果,但仍受到环境适应性、微生物竞争、复合污染压力及经济成本等多方面的限制。为提高其修复效率,未来需从环境适应性调控、微生态系统优化、复合污染耐受性增强及经济可行性提升等方面进行系统优化。通过进一步探究SRB的代谢机制及污染物耐受特性,并构建经济高效的修复模式,SRB有望在煤矿区生态修复领域发挥更大的潜力,以期为实现煤矿区生态的可持续恢复提供重要的技术支持和理论依据。 展开更多
关键词 硫酸盐还原菌 煤矿区 重金属污染 微生物修复 生态修复
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东北林蛙DNAJC 5基因序列特征及在病原菌感染下的表达分析
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作者 孙玉刚 刘雨彤 +5 位作者 苏唱 刘雪枫 郭晶晶 刘玉芬 刘鹏 赵文阁 《中国生物化学与分子生物学报》 北大核心 2026年第1期85-96,共12页
热激蛋白(heat shock protein,HSPs)是一类广泛存在于各种生物体中的应激蛋白质,当机体受到不良刺激时会迅速合成,发挥保护机体作用。DNAJC5是热激蛋白质HSP40家族的一员,本文旨在探究其在东北林蛙(Rana dybowskii)细菌性感染中的作用... 热激蛋白(heat shock protein,HSPs)是一类广泛存在于各种生物体中的应激蛋白质,当机体受到不良刺激时会迅速合成,发挥保护机体作用。DNAJC5是热激蛋白质HSP40家族的一员,本文旨在探究其在东北林蛙(Rana dybowskii)细菌性感染中的作用。本研究通过同源克隆方法获得东北林蛙DNAJC 5全长cDNA序列,并对其进行生物信息学分析;再采用嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila,Ah)注射东北林蛙,构建炎症模型;运用实时荧光定量PCR(real-time quantitative PCR,qRT-PCR)技术检测Ah胁迫下DNAJC 5在不同组织中的转录水平,利用免疫印迹(Western blot)技术,分析不同感染时间点DNAJC5蛋白的动态变化。结果显示,东北林蛙DNAJC 5基因CDS区全长600 bp(NCBI登录号为:OQ944896),编码199个氨基酸,序列中含有DNAJ保守结构域,属于典型HSP40家族成员。qRT-PCR结果显示,DNAJC 5在不同组织中均有表达,正常生理状态下,DNAJC 5基因在脾中表达量最高,肝次之;感染Ah后肝、脾、肺、肾、皮肤和胃DNAJC 5 mRNA均在12 h达到表达量峰值(P<0.01),心和肌肉组织在6 h达到峰值(P<0.01)。Western印迹分析显示,DNAJC5蛋白在肝和脾中分别增加了1.39和1.13倍(P>0.05),呈先升后降的动态表达趋势,转录和翻译水平二者具有一致性。综上所述,DNAJC 5基因可能参与对抗Ah侵染的免疫应答过程,本研究结果为进一步探讨两栖类的抗细菌感染机制提供理论依据。 展开更多
关键词 DNAJC5 东北林蛙 嗜水气单胞菌 表达分析
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双特异性抗体的结构设计与应用
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作者 张丁 郑悦亭 张维 《生物化学与生物物理进展》 北大核心 2026年第1期175-192,共18页
双特异性抗体通过工程设计可以同时结合两个抗原或同一抗原的两个表位,目前广泛应用于肿瘤治疗等各个领域。双特异性抗体根据不同的作用机制可以设计不同的结构类型,其中包括具有Fc的IgG样双特异性抗体,Fc可以产生相应的免疫效应以及影... 双特异性抗体通过工程设计可以同时结合两个抗原或同一抗原的两个表位,目前广泛应用于肿瘤治疗等各个领域。双特异性抗体根据不同的作用机制可以设计不同的结构类型,其中包括具有Fc的IgG样双特异性抗体,Fc可以产生相应的免疫效应以及影响体内药代动力学特征。对称IgG样双特异性抗体结构对称,对每个抗原结合都是二价的,不需要考虑重链配对问题,易于生产,由于两个抗体可变区连接在同一条链,设计需要考虑抗体同时结合抗原的空间位阻效应。不对称IgG样双特异性抗体两条Fc链不同,其携带的抗体识别不同的抗原或表位,因此结构设计灵活,设计需考虑重链配对和轻链配对问题。非IgG样双特异性抗体不带Fc,体积及分子质量小,具有较好的组织穿透能力,药代动力学清除快,结构设计灵活。目前已阐明的双特异性抗体作用机制包括T细胞重新靶向、阻断导致疾病的双信号通路、阻断免疫检查点、结合两种分子形成复合物等。双特异性抗体在癌症治疗领域有着广泛的应用,除此之外也应用于自身免疫疾病、传染病、血液疾病和其他疾病的治疗,不同结构设计的双特异性抗体在不同的治疗领域具有不同的优势。本文对不同类型双特异性抗体结构设计进行阐述,并进一步综述其作用机制以及在治疗领域的应用。 展开更多
关键词 抗体 IgG样双特异性抗体 非IgG样双特异性抗体 结构设计
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维氏气单胞菌噬菌体裂解酶在毕赤酵母中的表达及抑菌活性分析
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作者 张晓宇 王楠 +7 位作者 徐时长 夏锐 药园园 冉超 张震 丁倩雯 杨雅麟 周志刚 《中国农业科技导报(中英文)》 北大核心 2026年第2期145-152,共8页
维氏气单胞菌(Aeromonas veronii)是水产动物养殖中常见革兰氏阴性病原菌,由于其自身产生的细胞外膜具有一定的屏蔽作用,导致多种抗生素和抗菌制剂难以将其杀灭。经生物信息学分析,从噬菌体数据库中筛选到1条革兰氏阴性细菌噬菌体裂解... 维氏气单胞菌(Aeromonas veronii)是水产动物养殖中常见革兰氏阴性病原菌,由于其自身产生的细胞外膜具有一定的屏蔽作用,导致多种抗生素和抗菌制剂难以将其杀灭。经生物信息学分析,从噬菌体数据库中筛选到1条革兰氏阴性细菌噬菌体裂解酶的氨基酸序列,具有该酶所特有的N端催化结构域和C端两亲性α-螺旋结构基序。为鉴定该氨基酸序列是否具有抑菌活性,将其编码基因按照酵母密码子优化并进行人工合成,转化至毕赤酵母GS115中进行组成型分泌表达,获得了重组维氏气单胞菌噬菌体裂解酶(LYS2),分泌表达量为140 mg·L^(-1)。LYS2对维氏气单胞菌Hm091具有显著的抑菌活性,体外最小抑菌浓度为3μg·mL^(-1);体外最适抑菌条件为42℃、pH 4~10;在4~50℃和pH 4~7条件下可保持活性稳定;对鱼类消化道常见金属离子和蛋白酶表现出良好的耐受性。研究结果为水产动物养殖过程中维氏气单胞菌的预防与治疗提供了一种新的具有应用潜力的抗菌蛋白,为该抗菌蛋白的生产和应用奠定了理论基础和技术支撑。 展开更多
关键词 维氏气单胞菌 噬菌体裂解酶 毕赤酵母 重组表达 抑菌活性
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寒地粳稻种质资源香味基因Badh2变异分析及其KASP标记开发与应用
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作者 刘长林 辛威 +6 位作者 吴梦 王敬国 刘化龙 杨洛淼 徐善斌 邹德堂 郑洪亮 《华北农学报》 北大核心 2026年第1期14-21,共8页
香稻种质资源的筛选和香味基因的快速鉴定与利用对香稻遗传育种具有重要意义。为了明确黑龙江省香稻材料的香味类型,提高香稻品种的育种效率,通过对黑龙江省审定推广的180个香稻品种的Badh2基因进行了测序,测序结果共分为2种突变类型,... 香稻种质资源的筛选和香味基因的快速鉴定与利用对香稻遗传育种具有重要意义。为了明确黑龙江省香稻材料的香味类型,提高香稻品种的育种效率,通过对黑龙江省审定推广的180个香稻品种的Badh2基因进行了测序,测序结果共分为2种突变类型,第一种类型为第7外显子8 bp缺失和3处碱基替换(Badh2-E7型),包含177个品种;第二种类型为第2外显子7 bp缺失(Badh2-E2型),仅包含3个品种。针对这2个突变类型设计了2个特异性KASP分子标记,通过180份香稻品种鉴定,分型结果与测序结果一致,同时分别利用五优稻4号(Badh2-E7型香稻)/唯农101(普通粳稻)、松科粳134(Badh2-E2型香稻)/东富114(普通粳稻)杂交构建的2个F 2群体进行了香味基因筛选鉴定,鉴定结果吻合率为100%,验证了KASP分子标记的准确性。进一步利用KASP标记对实验室自行创制、收集的620份粳稻亲本进行了鉴定,共筛选出248份Badh2-E7型香稻材料,同时对现有的1220份以E7型香稻为亲本的F 7材料进行了分型检测,其中293份材料为香型、906份材料为非香型、21份材料为杂合型;随机抽取香和非香各5份材料进行测序验证,结果验证该KASP分子标记分型正确。为利用分子标记辅助选择方法培育寒地香稻新品种提供了新标记和新材料。 展开更多
关键词 水稻 香味基因 Badh2 KASP 分子标记辅助选择
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自然越冬过程不同种源天竺桂激素信号转导及转录组分析
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作者 崔罗敏 殷云龙 +3 位作者 於朝广 喻方圆 陶承友 芦治国 《植物资源与环境学报》 北大核心 2026年第1期25-35,47,共12页
以栽培于江苏南京的安徽、河南和浙江3个种源的天竺桂(Cinnamomum japonicum Siebold)为研究材料,对自然越冬过程其叶片中激素含量和转录组进行分析。结果表明:自然越冬过程河南种源的天竺桂叶片中吲哚乙酸含量显著高于(p<0.05)安徽... 以栽培于江苏南京的安徽、河南和浙江3个种源的天竺桂(Cinnamomum japonicum Siebold)为研究材料,对自然越冬过程其叶片中激素含量和转录组进行分析。结果表明:自然越冬过程河南种源的天竺桂叶片中吲哚乙酸含量显著高于(p<0.05)安徽和浙江种源,安徽种源的天竺桂叶片中脱落酸、水杨酸和赤霉素A1含量总体显著高于河南和浙江种源。转录组测序共获得192466个unigene,进行Nr、Nt、KO、Swiss-Prot、KOG、GO和PFAM 7大数据库的基因功能注释,注释率为54.4%。差异表达基因筛选、k-means聚类分析和加权基因共表达网络分析(WGCNA)结果表明:植物-病原体互作、淀粉和蔗糖代谢以及植物激素信号转导3个关键KEGG通路显著富集。脱落酸和水杨酸信号通路是天竺桂应对自然越冬的重要代谢通路,其中脱落酸受体基因(PYR/PYL)、蔗糖非发酵激酶基因(SnRK 2)、脱落酸应答元件结合因子基因(ABF)、病程相关基因非表达子1(NPR1)、TGACG结合模体(TGA)转录因子基因和病程相关基因(PR-1)具有重要作用。随机挑选6个差异表达基因的实时荧光定量PCR相对表达量与转录组表达量的变化趋势一致。综上所述,3个种源天竺桂通过特异的激素动态平衡与激素信号通路协同调控适应自然越冬,其中河南种源表现出更强的抗寒代谢调控能力。 展开更多
关键词 天竺桂 自然越冬 植物激素 抗寒性 转录组 加权基因共表达网络分析(WGCNA)
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4个养殖区域的草鱼群体遗传多样性评估
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作者 朱嫣然 常玉梅 +4 位作者 黄晶 鲁翠云 沈玉帮 宋红梅 户国 《水产科学》 北大核心 2026年第1期25-35,共11页
采用30个微卫星分子标记及线粒体细胞色素b(Cytb)基因综合评估了4个养殖区域(珠江、苏州、梅河口和肇东)及1个天然水体江段(抚远)随机打捞的草鱼群体的遗传多样性,旨在为草鱼的选育提供参考。试验结果显示,5个群体之间基于微卫星位点多... 采用30个微卫星分子标记及线粒体细胞色素b(Cytb)基因综合评估了4个养殖区域(珠江、苏州、梅河口和肇东)及1个天然水体江段(抚远)随机打捞的草鱼群体的遗传多样性,旨在为草鱼的选育提供参考。试验结果显示,5个群体之间基于微卫星位点多态性信息的遗传多样性指数——平均等位基因、有效等位基因、观测杂合度、期望杂合度和多态信息含量等参数均无显著性差异(P>0.05);遗传分化系数揭示,5个群体两两间均在统计学上具有显著性的遗传分化(P<0.05),抚远野生群体和其他4个养殖群体的两两间遗传分化系数均大于0.05,4个养殖群体间仅梅河口和肇东养殖群体间遗传分化系数大于0.05;哈迪-温伯格平衡检验显示,抚远野生群体偏离平衡位点最少,仅有6个,4个养殖群体偏离平衡位点为9~13个。Structure结果表明,这5个草鱼群体可分为3个主要种群来源,即苏州-珠江-肇东种群、梅河口种群和抚远种群。线粒体Cytb基因序列分析显示,4个养殖群体与抚远野生群体之间具有广泛的共享单倍型,表明5个草鱼群体间遗传背景可能存在交叉。试验结果表明,5个草鱼群体均呈现出良好的遗传多样性,可为草鱼群体选育提供丰富的遗传资源,但草鱼4个养殖群体间的遗传变异资源趋于相似,导致选育潜力可能受限。 展开更多
关键词 草鱼 线粒体细胞色素B 微卫星 遗传多样性
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