目的:分析不同来源野生黑果枸杞遗传差异和亲缘关系,为黑果枸杞资源鉴定和有效利用提供科学依据。方法:采用SSR分子标记对西北四省区22份野生枸杞种质材料进行鉴定,利用POPGENE 1.32和NTSYS-pc 2.10生物信息学软件对数据进行处理,分析...目的:分析不同来源野生黑果枸杞遗传差异和亲缘关系,为黑果枸杞资源鉴定和有效利用提供科学依据。方法:采用SSR分子标记对西北四省区22份野生枸杞种质材料进行鉴定,利用POPGENE 1.32和NTSYS-pc 2.10生物信息学软件对数据进行处理,分析黑果枸杞种质遗传多样性,计算遗传相似系数,绘制聚类图。结果:筛选出多态性SSR引物37对,在22个样品中共检测到233个基因位点,其中多态性位点213个,多态性比率(Polymorphism ratio,P)达91.4%。材料间遗传相似系数(Genetic similarity,GS)在0.4831~0.9364之间,平均有效等位基因数(Effective number of alleles,Ne)为1.3314,多样性指数(Nei’s gene diversity,H)为0.2106,Shannon信息指数(Shannon’s information index,I)为0.3384。聚类分析(Unweighted pair group of arithmetic means,UPGMA)显示,在相似系数为0.61和0.77处,可将22个材料分为2大类和4个亚类,不同种类的枸杞种质材料可完全分类。结论:供试枸杞种质材料间遗传多样性较为丰富,不同种类枸杞对系统聚类结果影响较大,但种内材料地域分布规律性不明显。展开更多
文摘目的:分析不同来源野生黑果枸杞遗传差异和亲缘关系,为黑果枸杞资源鉴定和有效利用提供科学依据。方法:采用SSR分子标记对西北四省区22份野生枸杞种质材料进行鉴定,利用POPGENE 1.32和NTSYS-pc 2.10生物信息学软件对数据进行处理,分析黑果枸杞种质遗传多样性,计算遗传相似系数,绘制聚类图。结果:筛选出多态性SSR引物37对,在22个样品中共检测到233个基因位点,其中多态性位点213个,多态性比率(Polymorphism ratio,P)达91.4%。材料间遗传相似系数(Genetic similarity,GS)在0.4831~0.9364之间,平均有效等位基因数(Effective number of alleles,Ne)为1.3314,多样性指数(Nei’s gene diversity,H)为0.2106,Shannon信息指数(Shannon’s information index,I)为0.3384。聚类分析(Unweighted pair group of arithmetic means,UPGMA)显示,在相似系数为0.61和0.77处,可将22个材料分为2大类和4个亚类,不同种类的枸杞种质材料可完全分类。结论:供试枸杞种质材料间遗传多样性较为丰富,不同种类枸杞对系统聚类结果影响较大,但种内材料地域分布规律性不明显。
文摘利用转录组测序技术开发SSR标记,旨在为食用黄花菜种质资源鉴定、评价及遗传多样性分析提供技术支撑。测序共得到104177个Unigene,总长度为79106833 bp,平均长度为759 bp,利用MISA软件对Unigene进行搜索,共检测到15890个SSR,其中单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸重复占比较高,分别为18.57%、27.23%和44.26%。设计合成SSR引物114对,通过聚丙烯酰氨凝胶电泳最终筛选出20对核心引物,20对引物在43份黄花菜种质中共检测到88个等位变异,每个位点的等位变异数为3~8个,平均为4.4个,多态信息含量(polymorphism information content,PIC)值变幅为0.23~0.77,平均为0.4995。依据扩增产物的片段大小确定了每个SSR位点的等位变异以及对应的参照品种,建立了基于SSR的DNA指纹鉴定技术体系,并构建了43份黄花菜种质的DNA指纹数据。该研究开发的SSR标记具有丰富的多态性。
