目的建立三斑海马Hippocampus trimaculatus的COI、16 S rRNA和ATP6的条形码序列数据库,应用DNA条形码技术从分子水平快速准确鉴定三斑海马和其他正伪品海马,探讨海马属药材鉴定的新方法。方法提取三斑海马药材的基因组DNA,PCR扩增COI、...目的建立三斑海马Hippocampus trimaculatus的COI、16 S rRNA和ATP6的条形码序列数据库,应用DNA条形码技术从分子水平快速准确鉴定三斑海马和其他正伪品海马,探讨海马属药材鉴定的新方法。方法提取三斑海马药材的基因组DNA,PCR扩增COI、16 S rRNA和ATP6的序列并进行双向测序,所得序列采用软件Codon Code Aligner V4.2对测序峰图进行校对拼接,应用Clustal X软件进行序列比对,MAGA 5.0软件计算三斑海马的种内种间遗传距离(Kimura 2-Parameter,K2P),构建邻接树(Neighbor-joing tree,NJ Tree)聚类分析不同品种海马药材的鉴定结果。结果获得的三斑海马线粒体COI、16 S rRNA、ATP6序列长度分别649、572、603~605 bp,其中3个条形码序列的种内变异位点碱基数分别为8、4和15,种内的变异率较小,COI、16 S rRNA、ATP6序列的平均种内K2P遗传距离0.002、0.001和0.006,均远小于三斑海马的种间K2P距离;NJ树结果显示三斑海马与其他海马均可明显区分,具有良好的单系性。结论COI、16 S rRNA、ATP6序列作为条形码均可以鉴定三斑海马及其他混伪品海马药材,为动物类药材及其混伪品和近源物种的分子鉴定提供依据,为对保障海马临床用药安全提供了新的技术手段。展开更多
文摘目的建立三斑海马Hippocampus trimaculatus的COI、16 S rRNA和ATP6的条形码序列数据库,应用DNA条形码技术从分子水平快速准确鉴定三斑海马和其他正伪品海马,探讨海马属药材鉴定的新方法。方法提取三斑海马药材的基因组DNA,PCR扩增COI、16 S rRNA和ATP6的序列并进行双向测序,所得序列采用软件Codon Code Aligner V4.2对测序峰图进行校对拼接,应用Clustal X软件进行序列比对,MAGA 5.0软件计算三斑海马的种内种间遗传距离(Kimura 2-Parameter,K2P),构建邻接树(Neighbor-joing tree,NJ Tree)聚类分析不同品种海马药材的鉴定结果。结果获得的三斑海马线粒体COI、16 S rRNA、ATP6序列长度分别649、572、603~605 bp,其中3个条形码序列的种内变异位点碱基数分别为8、4和15,种内的变异率较小,COI、16 S rRNA、ATP6序列的平均种内K2P遗传距离0.002、0.001和0.006,均远小于三斑海马的种间K2P距离;NJ树结果显示三斑海马与其他海马均可明显区分,具有良好的单系性。结论COI、16 S rRNA、ATP6序列作为条形码均可以鉴定三斑海马及其他混伪品海马药材,为动物类药材及其混伪品和近源物种的分子鉴定提供依据,为对保障海马临床用药安全提供了新的技术手段。
