【目的】本研究旨在扩增丽江猪清道夫受体B族成员2(scavenger receptor class B member 2,SCARB2)基因序列并进行生物信息学分析,检测其在丽江猪各组织中的表达情况,为后续探究该基因的功能提供理论依据。【方法】采集6月龄丽江猪脂肪组...【目的】本研究旨在扩增丽江猪清道夫受体B族成员2(scavenger receptor class B member 2,SCARB2)基因序列并进行生物信息学分析,检测其在丽江猪各组织中的表达情况,为后续探究该基因的功能提供理论依据。【方法】采集6月龄丽江猪脂肪组织,参考GenBank中野猪(Sus scrofa)的SCARB2基因mRNA序列(登录号:NM_001244155.1)设计引物扩增SCARB2基因CDS区序列并测序,利用生物信息学软件分析SCARB2基因的序列特征和密码子偏好性,分析多个物种与丽江猪、中外猪种与丽江猪SCARB2基因序列的相似性并构建系统进化树,预测SCARB2蛋白理化性质和蛋白结构。使用实时荧光定量PCR检测SCARB2基因在2、4、6月龄丽江猪和6月龄杜洛克猪背部脂肪、心脏、肝脏、肺脏、肾脏等组织中的表达情况。【结果】丽江猪SCARB2基因CDS区序列总长为1437 bp,编码478个氨基酸。丽江猪与山羊、绵羊、牛、马、大鼠、小鼠、人和原鸡的相似性分别为91.3%、91.2%、91.0%、89.8%、82.6%、82.5%、76.0%和66.0%;在6个地方猪种中,除巴马小型猪外,丽江猪与中国地方猪的相似性均为99.4%,与外种猪的相似性为99.1%~99.3%。系统进化树分析显示,丽江猪与野猪、牛、山羊、绵羊聚为一支,原鸡形成单独分支。丽江猪SCARB2蛋白属于亲水蛋白,有2个跨膜螺旋和1个信号肽切割位点,包含10个N-糖基化位点和39个磷酸化位点;其二级结构与三级结构均以无规则卷曲为主。SCARB2基因在6月龄丽江猪背部脂肪和肝脏组织中的表达量极显著高于其他组织(P<0.01);随着月龄增长,SCARB2基因在丽江猪腹部脂肪、背部脂肪和肩部脂肪组织中的表达量逐渐升高,且在2、6月龄间达显著或极显著水平(P<0.05;P<0.01);6月龄丽江猪背部脂肪组织中SCARB2基因表达量极显著高于杜洛克猪(P<0.01)。【结论】本研究成功扩增了丽江猪SCARB2基因序列并分析了其分子特征,其在皮下脂肪、肝脏和肺脏等多个组织中均有表达,且随月龄增长在皮下脂肪组织中的表达量呈显著增加。因此,SCARB2可作为研究丽江猪脂肪沉积性状的候选基因,研究结果可为进一步探究猪脂肪沉积的分子机制提供参考。展开更多
文摘【目的】本研究旨在扩增丽江猪清道夫受体B族成员2(scavenger receptor class B member 2,SCARB2)基因序列并进行生物信息学分析,检测其在丽江猪各组织中的表达情况,为后续探究该基因的功能提供理论依据。【方法】采集6月龄丽江猪脂肪组织,参考GenBank中野猪(Sus scrofa)的SCARB2基因mRNA序列(登录号:NM_001244155.1)设计引物扩增SCARB2基因CDS区序列并测序,利用生物信息学软件分析SCARB2基因的序列特征和密码子偏好性,分析多个物种与丽江猪、中外猪种与丽江猪SCARB2基因序列的相似性并构建系统进化树,预测SCARB2蛋白理化性质和蛋白结构。使用实时荧光定量PCR检测SCARB2基因在2、4、6月龄丽江猪和6月龄杜洛克猪背部脂肪、心脏、肝脏、肺脏、肾脏等组织中的表达情况。【结果】丽江猪SCARB2基因CDS区序列总长为1437 bp,编码478个氨基酸。丽江猪与山羊、绵羊、牛、马、大鼠、小鼠、人和原鸡的相似性分别为91.3%、91.2%、91.0%、89.8%、82.6%、82.5%、76.0%和66.0%;在6个地方猪种中,除巴马小型猪外,丽江猪与中国地方猪的相似性均为99.4%,与外种猪的相似性为99.1%~99.3%。系统进化树分析显示,丽江猪与野猪、牛、山羊、绵羊聚为一支,原鸡形成单独分支。丽江猪SCARB2蛋白属于亲水蛋白,有2个跨膜螺旋和1个信号肽切割位点,包含10个N-糖基化位点和39个磷酸化位点;其二级结构与三级结构均以无规则卷曲为主。SCARB2基因在6月龄丽江猪背部脂肪和肝脏组织中的表达量极显著高于其他组织(P<0.01);随着月龄增长,SCARB2基因在丽江猪腹部脂肪、背部脂肪和肩部脂肪组织中的表达量逐渐升高,且在2、6月龄间达显著或极显著水平(P<0.05;P<0.01);6月龄丽江猪背部脂肪组织中SCARB2基因表达量极显著高于杜洛克猪(P<0.01)。【结论】本研究成功扩增了丽江猪SCARB2基因序列并分析了其分子特征,其在皮下脂肪、肝脏和肺脏等多个组织中均有表达,且随月龄增长在皮下脂肪组织中的表达量呈显著增加。因此,SCARB2可作为研究丽江猪脂肪沉积性状的候选基因,研究结果可为进一步探究猪脂肪沉积的分子机制提供参考。
