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凡纳对虾parkin共调基因和parkin在抗白斑综合征病毒中的表达分析和SNP开发
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作者 薛倩 李旭鹏 +5 位作者 李洋 栾生 罗坤 孔杰 邢群 孟宪红 《渔业科学进展》 北大核心 2025年第1期194-209,共16页
本实验室前期研究中基于全基因组关联分析(GWAS)方法筛选到抗白斑综合征病毒(WSSV)候选基因:parkin共调基因(PACRG)。PACRG与帕金森病相关基因parkin共用一个双向启动子,二者共同参与细胞自噬过程,从而在细胞保护方面发挥作用。本研究... 本实验室前期研究中基于全基因组关联分析(GWAS)方法筛选到抗白斑综合征病毒(WSSV)候选基因:parkin共调基因(PACRG)。PACRG与帕金森病相关基因parkin共用一个双向启动子,二者共同参与细胞自噬过程,从而在细胞保护方面发挥作用。本研究对凡纳对虾(Penaeus vannamei)PACRG和parkin在抗WSSV中的功能进行探讨,对其mRNA和氨基酸序列进行特征分析,利用real-timePCR技术检测对虾感染WSSV后不同时间、不同组织中PACRG和parkin的表达水平。通过荧光原位杂交技术(FISH)进行空间定位。利用PCR和Sanger测序技术获得单核苷酸多态性位点(SNP)并进行抗WSSV的关联分析。结果显示,PACRG开放阅读框(ORF)全长600bp,编码199个氨基酸,预测包含一个ParcG结构域。parkinORF序列全长1653bp,编码550个氨基酸,预测包含UBQ、IBR结构域和一个信号肽结构。与多物种进行同源序列比对发现,凡纳对虾PACRG氨基酸序列与日本对虾(Penaeus japonicus)的同源性高达89.70%;凡纳对虾parkin氨基酸序列与中国对虾(Penaeus chinensis)和斑节对虾(Penaeus monodon)的同源性高达93.45%。PACRG和parkin蛋白的保守性较高。感染WSSV后,PACRG和parkin在对虾肝胰腺、鳃、肌肉和眼柄中的表达水平发生显著变化,其中,眼柄中PACRG和parkin表现出极相似的组织表达模式。在肌肉中,PACRGmRNA和WSSV在空间位置上呈现高度重叠状态。结合上述结果,推测PACRG和parkin在凡纳对虾与WSSV的互作中发挥功能。在PACRG中筛选到2个SNP位点,在parkin中筛选到15个SNP位点,其中位于parkin非翻译区(UTR)的5个SNP位点与抗WSSV性状显著相关。本文为研究凡纳对虾抗WSSV的分子机制和抗病分子育种提供了理论依据和参考数据。 展开更多
关键词 凡纳对虾 白斑综合征病毒(WSSV) parkin共调基因(PACRG) PARKIN基因 SNP
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凡纳滨对虾低鱼粉低蛋白饲料利用效率相关性状的遗传评估
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作者 陈思宇 朱相燕 +10 位作者 隋娟 曹家旺 谭建 孔杰 孟宪红 傅强 罗坤 李旭鹏 邢群 栾生 代平 《水产学报》 北大核心 2025年第9期207-217,共11页
【目的】查清凡纳滨对虾低鱼粉低蛋白饲料利用效率性状是否具有足够的遗传变异。【方法】采用剩余采食量和饲料效率比作为饲料利用效率指标,选择45个家系共计900尾凡纳滨对虾在低鱼粉(5%)低蛋白(35%)饲料饲喂条件下进行42 d的单尾饲养实... 【目的】查清凡纳滨对虾低鱼粉低蛋白饲料利用效率性状是否具有足够的遗传变异。【方法】采用剩余采食量和饲料效率比作为饲料利用效率指标,选择45个家系共计900尾凡纳滨对虾在低鱼粉(5%)低蛋白(35%)饲料饲喂条件下进行42 d的单尾饲养实验,测定个体饲料利用效率相关性状,并对其进行遗传评估。【结果】低鱼粉低蛋白饲料下的对虾个体的剩余采食量范围在–0.09~0.03 g,饲料效率比范围在15.39%~78.17%,平均日增重范围在0.03~0.15 g/d。在未剖分出共同环境效应前提下,低鱼粉低蛋白饲料下剩余采食量和饲料效率比的遗传力为0.3~0.4,平均日增重和平均日摄食量的遗传力约为0.47,都属于高等遗传力。剩余采食量与饲料效率比和平均日增重的遗传相关分别为0.179±0.212和0.333±0.193,与0无显著性差异,饲料效率比与平均日增重间呈极强的正遗传相关(0.936±0.027)。【结论】考虑到因未剖分出共同环境效应,尽管凡纳滨对虾在低鱼粉低蛋白饲料下的剩余采食量、饲料效率比以及平均日增重的遗传力存在一定程度的高估,但仍表明在低鱼粉低蛋白饲料下开展饲料利用效率和生长选育是可行的。考虑到性状间的遗传相关,在选择生长性状的同时,可以通过直接选择剩余采食量来提高凡纳滨对虾的低鱼粉低蛋白饲料利用效率,此外,通过选择生长性状可以间接提高饲料效率比。本研究估计的饲料利用效率和生长性状的遗传参数为下一步开展适应低鱼粉低蛋白饲料的凡纳滨对虾选育提供了理论指导。 展开更多
关键词 凡纳滨对虾 剩余采食量 饲料效率比 遗传力 遗传相关
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基于深度学习算法的凡纳滨对虾生长表型测定系统研发及应用
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作者 张士薇 代平 +13 位作者 高广春 孟宪红 罗坤 隋娟 谭建 傅强 曹家旺 陈宝龙 李旭鹏 强光峰 邢群 戚云辉 孔杰 栾生 《水产学报》 北大核心 2025年第5期196-208,共13页
【目的】为解决凡纳滨对虾生长表型人工测量效率低、误差大等问题。【方法】本研究设计了对虾专用图像采集箱,获取标准化、高质量的对虾侧面图像。在此基础上,利用高分辨率网络(HRNet)模型识别凡纳滨对虾9个关键特征点,实现对体长等体... 【目的】为解决凡纳滨对虾生长表型人工测量效率低、误差大等问题。【方法】本研究设计了对虾专用图像采集箱,获取标准化、高质量的对虾侧面图像。在此基础上,利用高分辨率网络(HRNet)模型识别凡纳滨对虾9个关键特征点,实现对体长等体尺相关性状的测量;基于掩膜卷积神经网络(Mask R-CNN)进行凡纳滨对虾的轮廓分割,实现对虾体表面积的计算;最后复合体长以及体表面积构建回归模型预测对虾体重。通过开发配套的图像处理与数据管理软件,建立凡纳滨对虾生长表型精准测定系统。【结果】HRNet模型对9个特征点的识别率均超过98%,其中7个特征点的识别率超过99%。使用直尺人工测量和图像人工标注特征点测量两种方法测定体长和腹节长的真实值,计算体长和腹节长的预测准确性分别为0.91~0.97和0.91~0.93,平均相对误差分别为1.39%~4.63%和2.46%~4.59%。以人工分割虾体轮廓方式获取体表面积作为参考,评估Mask R-CNN模型对体表面积的预测准确性为0.98,平均相对误差为1.73%。以体长、体表面积、性别为变量,构建了4种回归模型来预测体重,所有模型的准确性均在0.94以上,其中以同时包含体长和体表面积的模型的预测准确性最高(0.97)。【结论】利用深度学习算法可以较为准确地获得凡纳滨对虾体长和体表面积等生长表型并预测体重。本研究结果可为凡纳滨对虾生长表型性状的准确、快速测量提供高效工具。 展开更多
关键词 凡纳滨对虾 生长表型 深度学习 计算机视觉 测定系统
原文传递
基于55K液相芯片的凡纳对虾生长和抗WSSV性状遗传参数估计
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作者 和怡婧 刘绵宇 +11 位作者 栾生 孔杰 李旭鹏 曹宝祥 罗坤 谭建 曹家旺 代平 强光峰 王照欣 隋娟 孟宪红 《渔业科学进展》 北大核心 2025年第3期66-76,共11页
本研究基于55K SNP液相芯片“黄海芯1号”分型信息估计了凡纳对虾(Penaeus vannamei)生长和白斑综合征病毒(WSSV)抗性的遗传参数,以期为育种芯片在凡纳对虾多性状复合新品种选育中的应用提供数据。对凡纳对虾59个家系,共计1770尾个体进... 本研究基于55K SNP液相芯片“黄海芯1号”分型信息估计了凡纳对虾(Penaeus vannamei)生长和白斑综合征病毒(WSSV)抗性的遗传参数,以期为育种芯片在凡纳对虾多性状复合新品种选育中的应用提供数据。对凡纳对虾59个家系,共计1770尾个体进行WSSV感染测试;根据家系内个体抗WSSV存活时间均匀选取590尾个体,利用55K SNP液相芯片进行分型,复合系谱和基因型信息构建H矩阵及个体动物模型和父母本模型,基于H矩阵估计凡纳对虾感染WSSV后体长、个体抗WSSV存活时间和家系WSSV半致死存活率的遗传力和遗传相关。结果显示,凡纳对虾体长和个体抗WSSV存活时间遗传力分别为0.21±0.06和0.22±0.06,为中等遗传力水平,家系WSSV半致死存活率为0.16±0.06,为低等遗传力水平。经五折交叉验证,基于H矩阵的体长遗传力预测准确性较A矩阵提高18.12%,预测偏差无明显差别;抗WSSV存活时间遗传力预测准确性较A矩阵无明显差别,预测偏差较大;家系半致死存活率遗传力预测准确性较A矩阵降低29.07%,预测偏差较大。基于两性状动物模型,估计凡纳对虾体长与个体抗WSSV存活时间、家系WSSV半致死存活率遗传相关分别为0.13±0.20和0.30±0.22,与0无显著差异(P>0.05);个体抗WSSV存活时间与家系WSSV半致死存活率的遗传相关为0.95±0.03,与1无显著差异(P>0.05)。研究显示,利用芯片开展凡纳对虾生长的遗传评估可有效提高评估的准确性;WSSV抗性性状的评估可能受分型个体选择等因素影响,预测准确性无明显提升;个体抗WSSV存活时间在准确性和预测偏差等方面均优于家系抗WSSV半致死存活率的评估结果。在抗WSSV存活时间和家系半致死存活率高度相关的情况下,可考虑将抗WSSV存活时间作为基因组选择的目标性状。 展开更多
关键词 凡纳对虾 遗传评估 ssGBLUP WSSV抗性 生长
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凡纳对虾感染副溶血弧菌后pVA1-like质粒的组织分布及增殖特点
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作者 苏兴琦 傅强 +7 位作者 李旭鹏 孔杰 田吉腾 曹宝祥 刘宁 栾生 罗坤 孟宪红 《渔业科学进展》 北大核心 2025年第3期77-89,共13页
对虾急性肝胰腺坏死病(acute hepatopancreatic necrosis disease,AHPND)主要由副溶血弧菌(Vibrio parahaemolyticus)携带的pVA1-like质粒表达毒力蛋白PirABVp所致。本研究通过2次定量口饲的感染方式对凡纳对虾(Penaeus vannamei)成虾... 对虾急性肝胰腺坏死病(acute hepatopancreatic necrosis disease,AHPND)主要由副溶血弧菌(Vibrio parahaemolyticus)携带的pVA1-like质粒表达毒力蛋白PirABVp所致。本研究通过2次定量口饲的感染方式对凡纳对虾(Penaeus vannamei)成虾进行弧菌胁迫,研究相对低摄菌量实验组(L组,105 CFU/尾)与相对高摄菌量实验组(H组,107 CFU/尾)的个体5个不同时间点(感染后3、6、9、24和48 h)的9种不同组织(鳃、胃、肠道、眼柄、肌肉、肝胰腺、第5游泳足、腹部神经和第2触角鞭)中弧菌分布及变化情况。通过毒力蛋白PirA^(Vp)的基因表达量反映副溶血弧菌携带的pVA1-like质粒量,进而代表弧菌的分布及变化特点。结果显示,H组和L组的总体死亡率无差异,且均在3~6 h达到死亡高峰。2个实验组中病原质粒在各组织中的拷贝数不同,腹部神经与肠道组织平均质粒拷贝数均高于其他组织;同一组织内H组比L组的质粒拷贝数高1.9~4.9倍。质粒变化相关性分析显示,质粒拷贝数变化情况与对虾摄菌时间、死亡率无显著关系。同时2个实验组的质粒拷贝数变化特点也不同。L组中,有6个组织的质粒拷贝数随时间呈先上升后下降的趋势,而在胃、肠和肝胰腺中随时间呈波动变化;H组中,有7个组织的质粒拷贝数随时间呈现波动变化,但在胃和第5游泳足中随时间呈先上升后下降的趋势。第2触角鞭和第5游泳足在各取样时间段均可检测出PirA^(Vp),可作为保种成虾活体常态病原检测的候选组织。本研究探究了商品规格种虾感染不同浓度VpAHPND后在体内不同组织的分布及扩增动态变化的特点,可为AHPND精准抗性测试方案的制定和致病机理研究提供数据与理论依据,也为保种期成虾准确的病原监测的候选组织提供参考。 展开更多
关键词 凡纳对虾 副溶血弧菌 PirA^(Vp) 实时荧光定量PCR 组织分布
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凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)体重、存活性状的遗传参数和基因型与环境互作效应 被引量:25
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作者 栾生 罗坤 +5 位作者 阮晓红 曹宝祥 王浩 杜学芳 张凯 孔杰 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2013年第2期445-452,共8页
利用7个凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)引进群体,通过双列杂交和巢式交配设计构建家系,建立育种基础群体,估计体重、存活性状的遗传参数和基因型与环境互作效应(genotype by environment interactions,G×E)。结果表明,凡纳滨对... 利用7个凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)引进群体,通过双列杂交和巢式交配设计构建家系,建立育种基础群体,估计体重、存活性状的遗传参数和基因型与环境互作效应(genotype by environment interactions,G×E)。结果表明,凡纳滨对虾基础群体体重和存活性状的遗传力估计值范围分别在(0.19±0.09)—(0.43±0.09),(0.27±0.04)—(0.45±0.06),均属于中高遗传力水平,并且统计检验显著(P<0.05)。Z-score检验表明,体重和存活性状遗传力估计值在河北黄骅(HBHH)和青岛鳌山(QBAS)两个测试场间差异均不显著。体重和存活性状的表型和遗传相关系数分别为0.007和0.008,表现为低度线性负相关。对于体重和存活性状,HBHH和QBAS场间的遗传相关分别为0.83±0.04和0.40±0.11。体重性状的G×E效应不显著(K<0.5),但存活性状存在显著的G×E效应(K>0.5)。上述结果显示,凡纳滨对虾基础群体体重和存活性状的遗传变异丰富,多代选择可获得较大的遗传进展。 展开更多
关键词 凡纳滨对虾 体重 存活 遗传力 遗传相关 基因型与环境互作
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斑点叉尾基础群体生长和存活性状遗传参数估计 被引量:20
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作者 栾生 边文冀 +6 位作者 邓伟 胡红浪 孔杰 秦钦 陈校辉 钟立强 黄太寿 《水产学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第9期1313-1321,共9页
研究估计了斑点叉尾基础群体(G0)体质量、体长和存活性状的遗传参数,为制定育种目标、综合选择指数和选择方法提供基础参数。实验利用5个斑点叉尾引进群体,通过双列杂交和巢式交配设计,产生全同胞和半同胞家系。每个家系内的稚、幼... 研究估计了斑点叉尾基础群体(G0)体质量、体长和存活性状的遗传参数,为制定育种目标、综合选择指数和选择方法提供基础参数。实验利用5个斑点叉尾引进群体,通过双列杂交和巢式交配设计,产生全同胞和半同胞家系。每个家系内的稚、幼鱼经过中间暂养、个体标记等阶段后,混合放入一个池塘进行生长和存活测试。利用两性状动物模型和公母畜阈模型分别估计生长和存活性状的方差组分和遗传参数。通过最佳线性无偏预测法估计所有个体生长和存活性状的育种值。斑点叉尾基础群体收获体质量和体长遗传力分别为0.41±0.074和0.32±0.064,属于高遗传力水平,并且统计检验显著(P<0.05)。尽管在两性状动物模型中设置标记体质量和标记体长作为协变量进行校正,但是由于加性遗传效应和共同环境效应混淆在一起无法剖分,遗传力估计值偏高。收获体质量和收获体长的表型和遗传相关系数分别为0.93和0.97,表现为高度线性正相关。存活性状的遗传力为0.037±0.016,表现为低遗传力,但统计检验仍达到显著水平(P<0.05)。家系生长(收获体质量和收获体长)和存活性状育种值间的相关系数分别为0.065和0.100,表现为低度线性遗传正相关,并且统计检验不显著(P>0.05)。因此在制定育种方案时,生长和存活性状都可纳入育种目标,利用多性状选择指数方法同时选择。 展开更多
关键词 斑点叉尾鮰 基础群体 生长 存活 遗传参数
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基于表型值和育种值的中国对虾生长、抗逆性状相关分析 被引量:20
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作者 栾生 孔杰 +4 位作者 张天时 罗坤 杨翠华 田燚 王清印 《海洋水产研究》 CSCD 北大核心 2008年第3期14-20,共7页
利用单性状动物模型估计中国对虾170d的体重、抗WSSV存活时间和存活率3个性状的育种值,在家系水平上进行性状间表型值和育种值相关分析。估计的3个性状的遗传力分别为:0.22±0.16、0.14±0.12和0.03±0.021,并据此计算各性... 利用单性状动物模型估计中国对虾170d的体重、抗WSSV存活时间和存活率3个性状的育种值,在家系水平上进行性状间表型值和育种值相关分析。估计的3个性状的遗传力分别为:0.22±0.16、0.14±0.12和0.03±0.021,并据此计算各性状个体育种值。家系性状表型值的相关分析表明,家系170d体重和抗WSSV存活时间之间存在一定程度相关(r=0.35,P<0.05),其余性状间相关系数很小,且差异不显著。3个性状家系育种值间的相关系数均较小,170d体重与抗WSSV存活时间的相关系数最高(0.038),170d体重与存活率,抗WSSV存活时间与存活率之间为负相关(r=-0.24,r=-0.027),并且统计检验未达到显著性水平。研究结果表明,利用多性状复合育种技术,培育综合性状优良的中国对虾新品种是一个正确而必要的育种策略。 展开更多
关键词 中国对虾 体重 抗逆性状 育种值 相关
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刺参耳状幼体体长遗传力的估计 被引量:31
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作者 栾生 孙慧玲 孔杰 《中国水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2006年第3期378-383,共6页
基于全同胞组内相关法估计刺参(Apostichopus japonicus Selenka)耳状幼体初中期体长的遗传力.实验中的30个亲参来自人工养殖的成体刺参群体,亲本交配采用巢式不平衡设计,通过人工授精技术,构建了8个半同胞家系和22个全同胞家系.在耳... 基于全同胞组内相关法估计刺参(Apostichopus japonicus Selenka)耳状幼体初中期体长的遗传力.实验中的30个亲参来自人工养殖的成体刺参群体,亲本交配采用巢式不平衡设计,通过人工授精技术,构建了8个半同胞家系和22个全同胞家系.在耳状幼体初期和中期,每个全同胞家系分别测定40~70个后代个体体长.利用SAS软件的GLM过程,计算表型变量的原因方差组分,估算体长遗传力.分析结果显示,雌性遗传方差组分均显著大于雄性遗传方差组分(P<0.05),雌性遗传方差组分存在显著的母性效应(P<0.05).基于父系半同胞组内相关法计算的狭义遗传力是刺参耳状幼体初中期体长狭义遗传力的无偏估计值,估计值分别为0.74和0.75.结果表明,基于刺参耳状幼体体长的加性遗传方差较大,选择育种对于刺参幼体早期生长的改良具有较大的潜力.[中国水产科学,2006,13(3):378-383] 展开更多
关键词 刺参 遗传力 全同胞
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水产动物育种值估计方法及其应用的研究进展 被引量:31
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作者 栾生 孔杰 王清印 《海洋水产研究》 CSCD 北大核心 2008年第3期101-107,共7页
育种值是选种和配种计划制定的基础,育种值估计是水产动物选择育种的重要内容之一,育种值估计的准确性直接影响着育种项目的遗传进展和选择效果。本文综述了3种育种值估计方法,选择指数、最佳线性无偏预测BLUP法和标记辅助BLUP方法的原... 育种值是选种和配种计划制定的基础,育种值估计是水产动物选择育种的重要内容之一,育种值估计的准确性直接影响着育种项目的遗传进展和选择效果。本文综述了3种育种值估计方法,选择指数、最佳线性无偏预测BLUP法和标记辅助BLUP方法的原理、优缺点及其在水产动物育种中的应用进展。众多研究表明,基于系谱结构和表型信息的BLUP方法将成为水产动物育种中一种快速有效的育种值估计方法。 展开更多
关键词 水产动物 育种值估计 选择指数 BLUP MBLUP
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最佳遗传贡献理论及其在水产动物选择育种中的应用前景 被引量:7
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作者 栾生 隋娟 +3 位作者 孟宪红 罗坤 曹宝祥 孔杰 《渔业科学进展》 CSCD 北大核心 2014年第6期133-140,共8页
水产动物多性状复合育种技术已发展成为国内水产选择育种的重要技术体系。在限定的近交水平下,如何选种和配种实现遗传进展最大化是当前该体系亟待解决的一个突出问题。在动植物选择育种中,最佳遗传贡献理论(Optimum Contribution,OC)... 水产动物多性状复合育种技术已发展成为国内水产选择育种的重要技术体系。在限定的近交水平下,如何选种和配种实现遗传进展最大化是当前该体系亟待解决的一个突出问题。在动植物选择育种中,最佳遗传贡献理论(Optimum Contribution,OC)已成为平衡育种核心群长期遗传进展与近交水平的有效工具。本文论述了OC理论的提出背景和发展过程、不同优化算法的特点和该理论在动植物选择育种中的应用进展,并进一步综述了基于基因组信息的OC理论研究新进展。遗传贡献目标函数的优化算法主要包括拉格朗日乘数法、半正定规划法和差分进化算法等。基于拉格朗日乘数法,执行OC选择10代后获得的遗传进展要比最佳线性无偏预测法(Best Linear Unbiased Prediction,BLUP)育种值直接选择高21%-60%。针对水产动物等高繁殖力大群体,育种学家进一步改进了算法,利用候选亲本父母本群体的加性遗传相关矩阵来计算候选亲本群体的加性遗传相关矩阵和逆矩阵,降低了逆矩阵的维数,提高了最佳遗传贡献值的计算效率。但是拉格朗日乘数法并不能保证求解出的遗传贡献值为全局最大值,而半正定规划方法利用内点算法可以获得候选亲本的最佳遗传贡献值,与前者相比遗传进展可进一步提高1.5%-9%。差分进化算法可将遗传进展、遗传多样性、后代近交、场间遗传联系、多阶段选择、分子标记利用和成本等多种因素纳入目标函数进行优化,同时完成个体选择和交配方案制定两个关键任务。复合系谱和基因组信息,在限定的近交水平下,可以获得更为准确的遗传贡献值,遗传进展可进一步提高。OC选择已经应用在畜牧、林木育种研究中,育种群体的近交水平得到了有效控制,与BLUP直接选择相比,目标性状的遗传进展进一步提高(17%-30%)。针对水产动物多性状复合育种技术体系的特点,本文分析了OC理论应用的紧迫性和可行性,提出了亟待解决的关键技术问题和解决方案,为下一步在水产动物选择育种中应用OC理论提供借鉴和指导。 展开更多
关键词 最佳遗传贡献 优化算法 选择育种 水产动物
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中国对虾(Fenneropenaeus chinensis)多性状复合育种方案的遗传和经济评估 被引量:5
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作者 栾生 金武 +4 位作者 孔杰 罗坤 孟宪红 张天时 王清印 《海洋学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第2期133-142,共10页
设计中国对虾Fenneropenaeus chinensis多性状复合育种方案,模拟选择20个世代,预测和评估目标性状(收获体重(BW),存活率(SR)和饲料摄入量(FI))的遗传进展及经济效益。利用选择指数理论,估计目标性状的选择反应和遗传进展;通过三级金字... 设计中国对虾Fenneropenaeus chinensis多性状复合育种方案,模拟选择20个世代,预测和评估目标性状(收获体重(BW),存活率(SR)和饲料摄入量(FI))的遗传进展及经济效益。利用选择指数理论,估计目标性状的选择反应和遗传进展;通过三级金字塔传递系统(核心群、扩繁群和生产群)放大遗传进展并计算其经济效益;对影响利润(RP)和效益成本比率(BCR)的生物学参数(遗传力、育种目标是否包括FI),经济学参数(对虾价格、饲料价格、贴现率、初投资、年费用)和运行参数(首次回报年份、扩繁效率)进行敏感性分析。结果表明,在基础参数值下,BW、SR和FI每个世代的选择反应分别为0.81g、1.41%和1.30g;以1 000尾虾为单位计算,BW、SR和FI的经济加权值分别为32元,20元和-8元,育种目标的遗传进展为43.69元,育种方案执行20年产生的RP和BCR分别为8 660.99万元和14.34。敏感性分析显示,生物学参数中,目标性状遗传力变化对RP和BCR影响程度中等,遗传力值越高,RP和BCR越大;将FI经济加权值设为0,育种方案的RP和BCR明显高于基础参数。经济学参数中,对虾价格的变化对RP和BCR影响较大;饲料价格、贴现率和年费用的变化对RP和BCR影响较小,但初投资变化对BCR影响较大。运行参数中,首次回报年份越晚,RP和BCR越低。扩繁效率是影响RP和BCR的最重要因素。高扩繁效率下,生产群规模扩大1 736.15%,RP和BCR分别提高1 866.92%和1 736.75%。 展开更多
关键词 多性状复合育种 选择反应 遗传进展 利润 效益成本比率
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水产动物育种分析与管理系统的开发和应用 被引量:11
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作者 栾生 孔杰 +4 位作者 王清印 张晓明 张兆明 胡红浪 孙喜模 《海洋水产研究》 CSCD 北大核心 2008年第3期92-100,共9页
针对国内水产动物多性状选择育种研究处于起步阶段的现状,以BLUP遗传评定为核心的水产动物多性状复合育种技术体系为依托,结合国内水产动物育种项目研究,开发了一套适合大多数水产动物育种分析与项目管理的软件系统。该系统是在WindowsX... 针对国内水产动物多性状选择育种研究处于起步阶段的现状,以BLUP遗传评定为核心的水产动物多性状复合育种技术体系为依托,结合国内水产动物育种项目研究,开发了一套适合大多数水产动物育种分析与项目管理的软件系统。该系统是在WindowsXP环境下利用MicrosoftSQLServer2000数据库和基于ObjectPascal语言的DelphiIDE工具开发完成的。主要包括6个功能模块:系统管理、基本信息、种质管理、性能管理、育种分析和销售管理等,覆盖整个育种项目周期,并对流程实行标准化,能够自动化完成种质和性能测定数据的管理、遗传参数估计、育种值计算和配种方案制定等主要工作。软件已经在中国对虾、大菱鲆和罗氏沼虾等育种项目中得到应用,其推广和应用能够有效提升行业的整体育种技术水平,推动我国水产动物育种工作的发展。 展开更多
关键词 水产动物育种 BLUP 软件 育种
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日本囊对虾(Marsupenaeus japonicus)基因组微卫星特征分析 被引量:13
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作者 栾生 孔杰 +3 位作者 王清印 高焕 王伟继 张庆文 《自然科学进展》 北大核心 2007年第6期731-740,共10页
通过建立随机基因组文库和序列测序,对日本囊对虾基因组进行了较大规模的微卫星分布特征分析.在1606711bp的随机基因组序列中,共找到1206个微卫星序列,其序列总长度约占测序序列总长度的5.9%.微卫星序列中,以两核苷酸重复的序列数目最多... 通过建立随机基因组文库和序列测序,对日本囊对虾基因组进行了较大规模的微卫星分布特征分析.在1606711bp的随机基因组序列中,共找到1206个微卫星序列,其序列总长度约占测序序列总长度的5.9%.微卫星序列中,以两核苷酸重复的序列数目最多,约占微卫星总数的69.82%,三核苷酸重复次之,约占12.35%.两核苷酸重复中以AT重复最为丰富,约占两核苷酸重复序列总数的29.44%.微卫星在低拷贝区间(≤42)数量相对较大,约占比例为72.31%.重复单位拷贝数的变异能力分析表明,变异系数最大的前3种重复类型,均为4—6核苷酸,较长重复单位类型有着较强的变异能力.微卫星重复单位长度与其拷贝数的相关分析表明,二者呈负相关(r=-0.428),即随着重复单位长度的增加,其拷贝数在减少.两核苷酸重复4种类型和三核苷酸重复10种类型基序AT含量与重复序列数目的相关分析表明,随着重复类型基序AT含量的增加,其相应的序列数目增多.同时,微卫星各重复类型基序GC含量在0—70%间时,两端侧翼序列GC含量与之存在着正相关关系.这可能意味着微卫星两端的侧翼序列的碱基组成对微卫星的产生和进化有一定的影响.以上结果为物种间微卫星分布频率和丰度的比较、微卫星标记开发以及微卫星进化和功能的研究等工作提供基础. 展开更多
关键词 微卫星 日本囊对虾 重复单位 重复类型 拷贝数
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凡纳滨对虾收获体质量大规模家系选择效果的计算机模拟分析 被引量:4
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作者 栾生 仲伟鹏 +3 位作者 谭建 罗坤 陈宝龙 孔杰 《水产学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第10期1582-1588,共7页
为进一步补充凡纳滨对虾核心育种群收获体质量的遗传进展工作,设计了包括10个家系数量梯度(100~1 000)和11个家系内测试个体数梯度(100~5 000)的育种方案,利用计算机模拟技术,执行家系间(留种50%家系)和家系内选择(留种1雄、2雌),连续选... 为进一步补充凡纳滨对虾核心育种群收获体质量的遗传进展工作,设计了包括10个家系数量梯度(100~1 000)和11个家系内测试个体数梯度(100~5 000)的育种方案,利用计算机模拟技术,执行家系间(留种50%家系)和家系内选择(留种1雄、2雌),连续选择19次,比较核心育种群与扩繁群收获体质量育种值和群体近交系数的变化,为进一步优化大规模家系选育提供基础参数。结果显示,与对照方案(家系数量100个、家系内测试个体数100个、体质量遗传力0.35)相比,增加参与测试的家系内个体数,选择强度不断提高,核心育种群收获体质量育种值均值增加了48%(62.75~92.87 g),但增加幅度在不断降低(100~2 500:40.60%;2 500~5 000:7.40%);核心育种群收获体质量育种值标准差降低了2.90%(1.38~1.34 g)。受限于选择强度,随着家系数量的扩大,核心育种群收获体质量育种值仅增加了1.88%(62.75~63.93 g),育种值标准差增加了4.35%。扩繁群收获体质量育种值随家系规模变化的趋势同核心育种群,但在家系水平上的提高幅度更大(63.63~65.48 g,2.91%)。随着家系数量的增加,核心育种群的近交系数降低了90.32%(0.093~0.009),下降幅度不断减少(100~500:79.57%;500~1 000:10.75%);家系数量为200个的育种群体,连续选择19次后,每代平均近交率为0.25%。增加参与测试的家系内个体数,不影响核心育种群的近交水平。研究表明,扩大家系内测试个体数,可以进一步提高核心育种群与扩繁群收获体质量的遗传进展。 展开更多
关键词 凡纳滨对虾 家系内选择 家系间选择 育种值 近交系数
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盐酸氯苯胍对凡纳滨对虾生长性能以及体内酶活性的影响
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作者 刘元成 禹佳含 +5 位作者 栾生 张思晨 杨程 于飞 张建新 高焕 《江苏海洋大学学报(自然科学版)》 2025年第2期18-23,共6页
盐酸氯苯胍(robenidine hydrochloride,ROBH)是常用于内服驱杀鱼类寄生性原虫类的药物,为研究盐酸氯苯胍对凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)生长性能和生理生化指标的影响,将盐酸氯苯胍分别按20,30,40 mg/kg的给药量,添加到饲料中制成... 盐酸氯苯胍(robenidine hydrochloride,ROBH)是常用于内服驱杀鱼类寄生性原虫类的药物,为研究盐酸氯苯胍对凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)生长性能和生理生化指标的影响,将盐酸氯苯胍分别按20,30,40 mg/kg的给药量,添加到饲料中制成药饵,投喂凡纳滨对虾5 d后,测量其存活率和相关生理生化指标。各组继续使用常规饲料继续投喂16 d,测量生长性能。生长性能指标结果显示,投喂药饵5 d后,30和40 mg/kg组的存活率显著低于对照组(P<0.05);继续常规养殖16 d后,3个药物组的凡纳滨对虾终末体质量、增质量率、特定生长率、存活率均显著低于对照组(P<0.05)。进一步的生理生化指标结果显示,40 mg/kg组胃蛋白酶活性最低,并与20 mg/kg组和对照组呈显著差异(P<0.05)。20 mg/kg组和对照组α-淀粉酶活性显著低于30和40 mg/kg组(P<0.05)。对照组超氧化物歧化酶(SOD)活性最低,与3个药物组呈显著差异(P<0.05),40 mg/kg组最高,显著高于20和30 mg/kg组(P<0.05)。3个药物组碱性磷酸酶(AKP)活性与对照组之间差异不显著(P>0.05)。结果表明,饲料中添加盐酸氯苯胍对凡纳滨对虾的生长和成活率影响较大。在鱼虾混养池塘中,控制鱼类孢子虫病害时,不可随意加大用药剂量,使用20 mg/kg,即可对混养的对虾产生不利影响。研究可为鱼虾混养池塘科学合理使用盐酸氯苯胍提供指导。 展开更多
关键词 凡纳滨对虾 盐酸氯苯胍 生长性能 消化酶活性 免疫酶活性
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日本囊对虾基因组小卫星的特征分析 被引量:1
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作者 栾生 孔杰 +3 位作者 王清印 高焕 王伟继 张庆文 《水产学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第2期137-144,共8页
为了分析日本囊对虾基因组中小微星序列的分布特征并开发小卫星标记,构建了日本囊对虾随机基因组文库,对其中片段长度为400-1 000bp的3 395个克隆测序,共获得总长度为1 606 711bp的DNA序列。在序列拼接后的2 815个克隆中,筛选到487个小... 为了分析日本囊对虾基因组中小微星序列的分布特征并开发小卫星标记,构建了日本囊对虾随机基因组文库,对其中片段长度为400-1 000bp的3 395个克隆测序,共获得总长度为1 606 711bp的DNA序列。在序列拼接后的2 815个克隆中,筛选到487个小卫星序列,其序列总长度占测序序列总长度的3.97%。小卫星序列中,以12bp重复单位的序列数量最多(8.62%),总体趋势表现为重复单位越长,相应的重复序列数目越少(R=-0.826,P<0.01)。小卫星重复单位拷贝数分布范围以8bp重复单位最广(3.1-47.6),其次是10bp(2.5-44),再次是12bp(2.2-28)。平均拷贝数最高的三种重复类型分别为8bp重复单位(13.45),32bp(9.32)和7bp(9.28)。小卫星序列重复单位的拷贝数分布范围2-48,集中分布在2-30,且表现为拷贝数目越大,其相应的重复序列数目越低的趋势。小卫星序列中,AT含量大于50%的序列占66%小卫星AT含量与相应的序列数目不相关(R=0.063,P<0.05)。小卫星侧翼序列分析表明,随着小卫星GC含量的升高,其两端侧翼序列GC含量表现为不断增大的趋势(R=0.731,P<0.01),小卫星序列的产生与其两端侧翼序列的碱基组成可能存在一定的关系。 展开更多
关键词 日本囊对虾 串联重复序列 小卫星 重复单位 拷贝数
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基于ASP技术的小麦种质资源信息系统的设计和实现 被引量:11
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作者 栾生 李斯深 《计算机与农业》 2003年第6期9-12,共4页
应用ASP技术,通过Web数据库来设计和实现小麦种质资源信息系统,提供种质资源的浏览、查询以及动态的对种质资源的管理,实现种质资源的共享。
关键词 小麦种质资源信息系统 设计 ASP 数据库 WEB 资源共享
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λDNA导入中国春后花粉母细胞减数分裂染色体行为及性状变异观察
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作者 栾生 于元杰 +1 位作者 张玉喜 丁斌 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2003年第1期54-58,共5页
将λDNA导入中国春后,在当代花粉母细胞(PMC)减数分裂过程中,观察到了单价体、染色体落后、染色体桥、微核、细胞多极分裂等异常现象,发生异常现象的PMC约占观察总PMC的25 54%。这些染色体异常可能是异源DNA整合到受体染色体,进行染色... 将λDNA导入中国春后,在当代花粉母细胞(PMC)减数分裂过程中,观察到了单价体、染色体落后、染色体桥、微核、细胞多极分裂等异常现象,发生异常现象的PMC约占观察总PMC的25 54%。这些染色体异常可能是异源DNA整合到受体染色体,进行染色体重排所引起的复杂细胞学反应。后代植株在茎秆硬度、株高,穗长、穗形、小穗数、穗粒数、麦芒有无、结实率、成熟期等形态性状方面发生了明显的变异。发生变异的可能机制是异源遗传物质进入细胞核以后,通过重排整合到了受体的染色体上,从而激活受体本身的一些沉默基因,或者抑制了一些基因的表达;导入的异源基因直接表达,改变了受体后代的表现型;异源DNA导入受体后引起了染色体结构变异。 展开更多
关键词 λDNA导入 中国春 花粉母细胞 减数分裂 染色体行为 性状变异
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大菱鲆生长和耐高温性状的遗传参数估计 被引量:45
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作者 刘宝锁 张天时 +3 位作者 孔杰 王清印 栾生 曹宝祥 《水产学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第11期1601-1606,共6页
对来自40个家系的753尾大菱鲆个体进行耐高温实验,测定其生长和耐高温性状。基于是否考虑全同胞家系效应,建立了两种动物模型,用于估算大菱鲆生长和耐高温性状的遗传参数。利用WOMBAT程序采用平均信息约束极大似然法估计各模型中性状的... 对来自40个家系的753尾大菱鲆个体进行耐高温实验,测定其生长和耐高温性状。基于是否考虑全同胞家系效应,建立了两种动物模型,用于估算大菱鲆生长和耐高温性状的遗传参数。利用WOMBAT程序采用平均信息约束极大似然法估计各模型中性状的方差组分,用似然比检验法进行不同模型的差异检验。方差组分分析结果显示,估计体质量遗传参数时,采用模型Ⅰ效果较好,相应遗传力为(0.22±0.09);估计肥满度时,两模型间差异不显著,其遗传力范围为(0.21±0.18)~(0.39±0.11);估计耐热性时,采用模型Ⅰ比较理想,遗传力为(0.026±0.034)。表型和遗传相关分析结果表明,体质量与肥满度、耐热性的表型相关系数分别为0.13和0.04,肥满度与耐热性的表型相关系数为0.13;体质量与肥满度、耐热性遗传相关系数分别为0.01和-1.00,肥满度与耐热性的遗传相关系数为0.05。研究结果表明,没有考虑全同胞家系效应的模型Ⅰ是估计大菱鲆生长和耐高温性状遗传参数的较好模型。 展开更多
关键词 大菱鲆 生长 耐高温 遗传参数 动物模型
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