摘要
采用LA-PCR(long amplification polymerase chain reaction)扩增方法获得奥利亚罗非鱼(Oreochromis aureus)线粒体基因组全序列。分析表明,序列全长16 632 bp,包括13个蛋白质编码基因、22个tRNA基因、2个rRNA基因和1个长度为931 bp的主非编码区。A、T、G、C碱基的组成分别为27.89%、25.50%、15.62%、30.99%。基因排列与罗非鱼属的其他物种一致。13个蛋白质基因除COX1用TGT做起始密码子外,其他均以ATG为起始,终止密码子除COX2、Cyt b、ND4为不完整的T,其余基因均以典型的TAA做终止密码子。22个tRNA的二级结构都具有典型三叶草结构。系统发育分析显示,罗非鱼属与丽鱼科(Cichlidae)其他物种分开,聚为单系群,其中奥利亚罗非鱼与尼罗罗非鱼亲缘关系较近,莫桑比克罗非鱼和罗非鱼KM-2006亲缘关系较近。本研究旨在为进一步利用线粒体基因组分析罗非鱼群体遗传多样性、亲缘关系以及丽鱼科系统进化提供基础依据。
The complete mitochondrial genome of Oreochromis aureus was obtained using long amplification po-lymerase chain reaction（LA-PCR） and sequenced.The total length of the sequence was 16 632 bp,and includes 13 protein-coding genes,two ribosomal RNA genes,22 transfer RNA genes,and a 931 bp major non-coding re-gion.The nucleotide composition was 27.89%（A）,25.50%（T）,15.62%（C）,and 30.99%（G）.The arrangement of genes in Oreochromis aureus was identical to that of other Tilapiini.The COX1 gene uses TGT as an initiation codon,with the remaining 12 using ATG.Nine genes have complete stop codons（TAA）,and three（COX2,CYTB,and ND4） have an incomplete T stop codon.The 22 tRNAs all have typical cloverleaf structures.Phylogenetic analysis indicated that Oreochromis is divided from other species of cichlids and forms a monophyletic group,among which Oreochromis aureus is closely related to other Oreochromis species,and Oreochromis mossambicus is closely related to Oreochromis sp.KM-2006.
出处
《中国水产科学》
CAS
CSCD
北大核心
2011年第4期790-800,共11页
Journal of Fishery Sciences of China
基金
农业部公益性行业科研项目专项(Nyhyzx07-044-04)资助
广西科学基金资助项目(桂科自09910082Z)
现代农业产业技术体系(nycytx-48-2)
关键词
奥利亚罗非鱼
线粒体基因组
序列分析
系统进化
Oreochromis aureus
mitochondrial genome
sequence analysis
phylogenetic tree
