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Influence of Geological Factor on Indoor Radon Concentrations in Dwelling of Queretaro,Mexico
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作者 Rocio García Martínez Anatoliy Kotsarenko +3 位作者 Roman Pérez Enriquez Jose Antonio López Cruz Abeyro Svetlana Koshevaya Jesús Efrén Ospina Norena 《Open Journal of Geology》 2014年第12期627-635,共9页
In this study, radon-222 concentrations were measured within 34 houses distributed in the northern, southern, and central areas of the city of Querétaro in 2007. The objective of this study was to establish the s... In this study, radon-222 concentrations were measured within 34 houses distributed in the northern, southern, and central areas of the city of Querétaro in 2007. The objective of this study was to establish the spatial distribution of radon with respect to geological faults and its relation to certain environmental variables. For each sampling site, the radon-222 concentration was analyzed as a function of various climate variables, relative humidity, temperature, and atmospheric pressure, in addition to the ventilation of the house and distance of each site from any geological faults in the area. A multivariate statistical technique was used to analyze these variables based on two components. For component 1, the relative humidity and temperature had the greatest weight, 0.677 and 0.492, respectively, while for component 2, the greatest weights corresponded to radon and the temperature with 0.693 and 0.609, respectively. The average radon concentration across the entire sampling period was 38.92 Bq/m3, the minimum detected value was 6.01 Bq/m3?for site 91GAG0607, and the maximum detected value was 225.95 Bq/m3?for site 91CAM20907. This last value is outside the standards permitted by the Environmental Protection Agency of the United Stated, which is 148 Bq/m3?for indoor environments. With respect to geological faults and their relationship to radon-222, the concentrations for the sampling sites had no relationship to the closeness or distance to these faults. 展开更多
关键词 Indoor Radon GEOLOGY Building Characteristics and Seasonal Variations
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Rates of anaerobic oxidation of methane and metabolite production from a model landfill gas using an enriched fermentative microbial community
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作者 Cecilia Lizeth Alvarez-Guzmán Karla María Muñoz-Páez +2 位作者 Gloria Moreno-Rodríguez Iván Moreno-Andrade Idania Valdez-Vazquez 《Journal of Environmental Sciences》 2025年第11期291-302,共12页
Anaerobic oxidation of methane(AOM)can contribute to reducing methane emissions in landfills;however,the AOM rates vary depending on the inoculum source.This study addressed the capacity of AOM of a fermentative micro... Anaerobic oxidation of methane(AOM)can contribute to reducing methane emissions in landfills;however,the AOM rates vary depending on the inoculum source.This study addressed the capacity of AOM of a fermentative microbial community derived from a reactor treatingmunicipal solidwastes.First,the inoculum’s autotrophic capacitywas verified using a gasmixture of 75% CO_(2) and 25% H_(2).Results demonstrated that the fermentative microbial community reached amaximum CO_(2) consumption rate of 22.5±1.2 g CO_(2)/(m^(3)·h),obtaining acetate as the main product.Then,the inoculum was grown on a gas mixture of 50%CH_(4),35%CO_(2),and 15%N_(2),using iron(Fe^(3+))as the electron acceptor.The AOM rates increased over time and peaked at 3.1±0.9 g CH_(4)/(m^(3)·h)by 456 h with the simultaneous consumption of CO_(2).Acetate was the main product,with amaximum concentration of 180±9mg/L.By 408 h,a bacterial cluster of indicator species correlated with the AOM rates,including to Rhodobactereceae(r=0.80),Oceanicola(r=0.80),Propionicicella(r=0.77),Christensenellaceae(r=0.58),Oscillospiraceae(r=0.53),Mobilitalea(r=0.66),Hungateiclostridiaceae(r=0.46),and Izemoplasmatales(r=0.77).Methanosarcina,Methanobacterium,and Methanoculleus correlated with the AOM and CO_(2) consumption rates.A co-occurrence network analysis showed that Methanosarcina positively interacted with syntrophic bacteria like Christensenellaceae and Acinetobacter and diverse heterotrophic bacteria.This study demonstrated the feasibility of obtaining a CH_(4)-oxidizing microbial community in 16 days,exhibiting AOM rates higher than those reported for soils. 展开更多
关键词 Anaerobic oxidation of methane Anaerobic methanotrophic archaea C1 bioconversion Christensenellaceae Co-occurrence network LANDFILL
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Comparing carbon sequestration efficiency in chemically separated soil organic carbon fractions under long-term fertilization in three major Chinese croplands
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作者 Hu Xu Adnan Mustafa +5 位作者 Lu Zhang Shaomin Huang Hongjun Gao Mohammad Tahsin Karimi Nezhad Nan Sun Minggang Xu 《Journal of Integrative Agriculture》 2025年第7期2841-2856,共16页
The combined application of organic manure and chemical fertilizers is an effective way to enhance soil organic carbon(SOC)sequestration through its influences on organic carbon(OC)input and the stability of SOC fract... The combined application of organic manure and chemical fertilizers is an effective way to enhance soil organic carbon(SOC)sequestration through its influences on organic carbon(OC)input and the stability of SOC fractions.However,there is limited information on the carbon sequestration efficiency(CSE)of chemically separated SOC fractions and its response to OC input under long-term fertilization regimes,especially at different sites.This study used three long-term fertilization experiments in Gongzhuling,Zhengzhou and Qiyang spanning 20 years to compare the stocks and CSE in four different OC fractions(very labile OC,labile OC,less labile OC,and non-labile OC)and their relationships with annual OC input.Three treatments of no fertilization(CK),chemical nitrogen,phosphorous,and potassium fertilizers(NPK),and chemical NPK combined with manure(NPKM)were employed.The results showed that compared with CK,NPKM resulted in enhanced SOC stocks and sequestration rates as well as CSE levels of all fractions irrespective of experimental site.Specifically for the very labile and non-labile OC fractions,NPKM significantly increased the SOC stocks by 43 and 83%,77 and 86%,and 73 and 82%in Gongzhuling,Qiyang,and Zhengzhou relative to CK,respectively.However,the greatest changes in SOC stock relative to the initial value were associated with non-labile OC fractions in Gongzhuling,Zhengzhou,and Qiyang,which reached 6.65,7.16,and 7.35 Mg ha^(-1) under NPKM.Similarly,the highest CSE was noted for non-labile OC fractions under NPKM followed sequentially by the very labile OC,labile OC,and less-labile OC fractions,however a CSE of 8.56%in the non-labile OC fraction for Gongzhuling was higher than the values of 6.10 and 4.61%in Zhengzhou and Qiyang,respectively.In addition,the CSE for the passive pool(very labile+labile OC fractions)was higher than the active pool(less-labile+non-labile OC fractions),with the highest value in Gongzhuling.The redundancy analysis revealed that the CSEs of fractions and pools were negatively influenced by annual OC input,mean annual precipitation and temperature,but positively influenced by the initial SOC and total nitrogen contents.This suggests that differential stability of sequestered OC is further governed by indigenous site characteristics and variable amounts of annual OC input. 展开更多
关键词 long-term field experiment fertilization carbon sequestration efficiency organic carbon stability organic carbon fractionation
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金花菜叶绿体基因组特征及密码子偏好性分析 被引量:5
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作者 尹明华 胡佳欣 +2 位作者 李瑶瑶 刘曼情 欧阳克蕙 《草业科学》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期884-898,共15页
本研究对金花菜(Medicago polymorpha,JHC,江苏)叶绿体基因组进行BGISEQ-500平台测序,对其基因进行Noveplastys组装和GeSeq注释,最后通过MISA、REPuter、Gview、VISTA tools、IRscope和DNADnaSP6.0等软件对其序列特征、基因种类、密码... 本研究对金花菜(Medicago polymorpha,JHC,江苏)叶绿体基因组进行BGISEQ-500平台测序,对其基因进行Noveplastys组装和GeSeq注释,最后通过MISA、REPuter、Gview、VISTA tools、IRscope和DNADnaSP6.0等软件对其序列特征、基因种类、密码子偏好性以及系统发育进行分析。结果表明,JHC叶绿体基因组大小为124163 bp,无四分体结构,基因组总GC含量为34.09%,共注释出111个基因(76个CDS基因、30个tRNA基因、4个rRNA基因、1个假基因)、91个SSR位点和148个长重复序列;JHC叶绿体基因组的第三位密码子偏好以A和U作为末尾碱基,UUA、GCU、UAA、ACU、CCU、GAA、GUA、AUU、UGU、GGU、UUU、CUU为JHC叶绿体基因组的最优密码子;JHC与MZ772862(云南)亲缘关系较近,与MW971560(美国)、NC_042848(美国)关系较远,表明中国金花菜与美国金花菜的起源存在差异。 展开更多
关键词 金花菜 叶绿体基因组 中性绘图分析 ENC-plot分析 PR2-plot分析 最优密码子 系统发育分析
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甜高粱叶绿体基因组特征及密码子偏好性分析 被引量:11
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作者 洪森荣 林顺来 +3 位作者 李盈萍 李芸芸 李和月 张庆宝 《草地学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第12期3636-3650,共15页
本研究采用高通量测序技术对甜高粱叶绿体基因组进行测序,对组装和注释后的叶绿体基因组进行结构、基因组成及密码子偏好性分析。结果表明,甜高粱(Sorghum bicolor)叶绿体基因组长度为140644 bp,编码86个CDS基因、38个tRNA基因和8个rRN... 本研究采用高通量测序技术对甜高粱叶绿体基因组进行测序,对组装和注释后的叶绿体基因组进行结构、基因组成及密码子偏好性分析。结果表明,甜高粱(Sorghum bicolor)叶绿体基因组长度为140644 bp,编码86个CDS基因、38个tRNA基因和8个rRNA基因,检测到31个SSR位点和42个Long repeat序列。甜高粱及其14个近缘种的叶绿体基因组变化不大,IR区边界未发生明显的收缩与扩张。甜高粱叶绿体基因组密码子偏好以A,U结尾,其密码子使用偏性很大程度上受自然选择的影响,而受突变压力的影响小。甜高粱叶绿体基因组的最优密码子14个(ACU,UAG,CCU,CUA,GCU,AGU,GAU,UUA,CGU,GAA,GUU,UCA,CAU,UGU)。甜高粱与高粱Sorghum bicolor MT333845(产地:韩国,栽培种Donganme)、MT333848(产地:韩国,栽培种Sodam Chal)、MT459453(产地:韩国,栽培种ATx623)亲缘关系较近。研究结果将为完善高粱属植物分子育种技术和探究高粱属植物系统发育提供参考。 展开更多
关键词 甜高粱 叶绿体基因组 序列特征 密码子偏好性 最优密码子 系统发育分析
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壳寡糖浸种对低温下江西铅山红芽芋脱毒试管芋萌发及生理代谢的影响 被引量:5
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作者 尹明华 肖心怡 +3 位作者 方雅轩 万静 木也赛尔·吐鲁洪 陈悦 《农业工程学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2024年第1期320-330,共11页
江西铅山红芽芋脱毒试管芋一般在1月至2月上旬晴天播种,“倒春寒”等低温胁迫会导致早播的江西铅山红芽芋脱毒试管芋生长缓慢,出苗周期变长,严重时会造成烂种死亡,出苗率降低,影响其产量。为提高播种期江西铅山红芽芋脱毒试管芋抗寒性,... 江西铅山红芽芋脱毒试管芋一般在1月至2月上旬晴天播种,“倒春寒”等低温胁迫会导致早播的江西铅山红芽芋脱毒试管芋生长缓慢,出苗周期变长,严重时会造成烂种死亡,出苗率降低,影响其产量。为提高播种期江西铅山红芽芋脱毒试管芋抗寒性,该研究利用植物组织培养和植物生理学的方法测定了壳寡糖浸种后低温下江西铅山红芽芋脱毒试管芋的萌发及其相关生理指标。结果表明:200~250 mg/L壳寡糖浸种可显著促进低温下江西铅山红芽芋脱毒试管芋的萌发。与低温对照相比,当浸种浓度为200 mg/L时,在内源激素方面,有利于低温下江西铅山红芽芋脱毒试管芋萌发过程中赤霉素、玉米素核苷、多胺和茉莉酸的积累,而不利于生长素和脱落酸的积累;在抗氧化方面,提高了超氧化物歧化酶、过氧化物酶、过氧化氢酶的活性,降低了丙二醛和过氧化氢的含量;在渗透调节方面,有利于可溶性糖、可溶性蛋白、脯氨酸的积累;在代谢关键酶方面,可提高脂肪酶、蛋白酶和α-淀粉酶活性以及三磷酸腺苷含量。因此,200 mg/L壳寡糖可以调控低温下江西铅山红芽芋脱毒试管芋内源植物激素和渗透调节物质含量、抗氧化酶和代谢关键酶活性,促进其在低温下的萌发。 展开更多
关键词 浸种 低温 壳寡糖 江西铅山红芽芋 脱毒试管芋 萌发 生理代谢
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黄独胚性悬浮细胞的小滴玻璃化法超低温保存 被引量:2
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作者 尹明华 李诚欣 +4 位作者 李祥媛 刘凯盈 封昀 卢霞 柯维忠 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2021年第11期2332-2339,共8页
【目的】建立和优化黄独胚性悬浮细胞小滴玻璃化法超低温保存的技术体系。【方法】通过单因子试验探究各种条件对黄独胚性悬浮细胞小滴玻璃化法超低温保存效果的影响,并通过RAPD分子标记检测其冻后再生苗的遗传稳定性。【结果】黄独胚... 【目的】建立和优化黄独胚性悬浮细胞小滴玻璃化法超低温保存的技术体系。【方法】通过单因子试验探究各种条件对黄独胚性悬浮细胞小滴玻璃化法超低温保存效果的影响,并通过RAPD分子标记检测其冻后再生苗的遗传稳定性。【结果】黄独胚性悬浮细胞小滴玻璃化法超低温保存较佳的技术体系如下:黄独胚性悬浮细胞(25±1)℃下在MS+2 mg/L KT+0.5 mg/L NAA+0.5 mg/L 2,4-D+0.8 mol/L蔗糖的液体培养基中预培养4 d;(25±1)℃下在装载液(MS+2 mol/L甘油+0.4 mol/L蔗糖,pH 5.8)中装载70 min;0℃下在PVS2(300 g/L甘油+150 g/L乙二醇+150 g/L二甲基亚砜+0.4 mol/L蔗糖,pH 5.8)中脱水100 min;冻后铝箔条浸入37℃恒温预热过的培养液(MS+KT 2 mg/L+NAA 0.5 mg/L+2,4-D 0.5 mg/L+30 g/L蔗糖,pH 5.8)中化冻;(25±1)℃下用洗涤液(MS+KT 2 mg/L+NAA 0.5 mg/L+2,4-D 0.5 mg/L+1.2 mol/L蔗糖,pH 5.8)进行洗涤,洗涤3次,每次洗涤时间为10 min;洗涤后先黑暗培养5 d再置于光周期下培养。黄独胚性悬浮细胞冻后相对存活率为90.5%±4.4%。液氮保存时间对黄独胚性悬浮细胞冻后存活率无显著影响。RAPD检测结果表明黄独胚性悬浮细胞小滴玻璃化法超低温保存再生植株无变异,未发现遗传稳定性发生变化。【结论】本试验建立的黄独胚性悬浮细胞小滴玻璃化法超低温保存技术程序较为可靠,可为黄独胚性悬浮细胞的长期保存提供技术参考。 展开更多
关键词 黄独 胚性悬浮细胞 小滴玻璃化法 超低温保存
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‘怀玉山’高山马铃薯叶绿体基因组特征及密码子使用偏好性分析 被引量:6
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作者 洪森荣 张牧彤 +4 位作者 徐子林 张钦荣 罗雨欣 田文慧 王心雨 《浙江农林大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期92-103,共12页
【目的】分析‘怀玉山’高山马铃薯Solanum tuberosum var.cormosus‘Huaiyushan’叶绿体基因组特征及密码子使用偏好性,为开展‘怀玉山’高山马铃薯叶绿体基因组密码子优化、叶绿体基因组改造,探索物种进化和增加外源基因表达等研究提... 【目的】分析‘怀玉山’高山马铃薯Solanum tuberosum var.cormosus‘Huaiyushan’叶绿体基因组特征及密码子使用偏好性,为开展‘怀玉山’高山马铃薯叶绿体基因组密码子优化、叶绿体基因组改造,探索物种进化和增加外源基因表达等研究提供参考依据和理论基础。【方法】采用高通量测序技术对‘怀玉山’高山马铃薯叶绿体基因组进行测序,并利用生物信息学分析软件对组装和注释后的叶绿体基因组进行结构、基因组成及密码子偏好性分析。【结果】‘怀玉山’高山马铃薯叶绿体基因组大小为155296 bp,为经典的4段式结构。大单拷贝区(LSC)、小单拷贝区(SSC)和反向重复区(IR)长度分别为85737、18373、25593 bp,总鸟嘌呤和胞嘧啶所占的比例(GC比例)为37.88%,共注释出133个基因,包含87个编码区(CDS)基因、37个tRNA基因、8个rRNA基因和1个假基因。‘怀玉山’高山马铃薯叶绿体基因组中共检测到38个简单重复序列位点(SSR位点,36个单碱基重复和2个双碱基重复)和32个长重复序列(16个正向重复和16个回文重复)。‘怀玉山’高山马铃薯叶绿体基因组核苷酸多样性为0-0.13927,高变区主要分布在大单拷贝区和小单拷贝区,大单拷贝区trnL-UAA-trnF-GAA、cemA、rps12-exon1-clpP1、clpP1基因变异率最高,小单拷贝区rpl32-trnL-UAG、ycf1基因变异率最高。‘怀玉山’高山马铃薯叶绿体基因组87个CDS基因的平均有效密码子数(ENC)为47.29,ENC>45的基因有60个,密码子偏性较弱。‘怀玉山’高山马铃薯叶绿体基因组密码子偏好以A、U结尾,使用偏性很大程度上受自然选择的影响,而受突变压力的影响小。CGU、AAA、CUU、GUU、GGA、GUA、GGU、UCA、GCU、CCU为‘怀玉山’高山马铃薯叶绿体基因组的10个最优密码子。【结论】‘怀玉山’高山马铃薯与马铃薯栽培种S.tuberosum‘Desiree’亲缘关系较近。 展开更多
关键词 ‘怀玉山’高山马铃薯 叶绿体基因组 序列特征 密码子偏好性 最优密码子 系统发育分析
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江西铅山红芽芋叶绿体基因组特征及系统发育分析 被引量:3
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作者 尹明华 余锾媛 +1 位作者 肖心怡 王玉婷 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第6期233-247,共15页
为分析江西铅山红芽芋叶绿体基因组的结构组成情况,判定其在芋属中的进化位置及与同芋属叶绿体基因组的区别,为芋属物种鉴定、遗传多样性分析和资源保护提供相关依据。使用Illumina NovaSeq 6000测序平台对江西铅山红芽芋叶绿体基因组... 为分析江西铅山红芽芋叶绿体基因组的结构组成情况,判定其在芋属中的进化位置及与同芋属叶绿体基因组的区别,为芋属物种鉴定、遗传多样性分析和资源保护提供相关依据。使用Illumina NovaSeq 6000测序平台对江西铅山红芽芋叶绿体基因组进行测序,通过生物信息学分析方法进行序列组装、注释和特征分析,并利用Geneious、MISA、MAFF、FASTTREE、CUSP、Chips和Codon W等生物信息学软件对其基因组结构和数目、密码子偏好性、序列重复、SSR位点和系统发育进行分析。结果表明,江西铅山红芽芋叶绿体基因组大小为16 2544 bp,呈现四分体结构。共包含130个基因,其中84个编码蛋白质的基因,37个t RNA基因,8个核糖体rRNA基因,1个假基因。通过密码子偏好性分析,平均有效密码子数为45.60,ENC值小于45的基因39个,说明其密码子偏好性强。通过SSR分析,检测到101个SSR位点,其中单核苷酸重复最多(约占83.17%),且单核苷酸以A/T型为主。与近缘种比较,发现其叶绿体基因组序列高度保守,尤其蛋白质编码序列相似度极高。此外,系统发育分析发现江西铅山红芽芋与芋属、岩芋属聚为一支。本研究得到了江西铅山红芽芋的叶绿体基因组基本情况与系统发育位置,为江西铅山红芽芋的物种辨别、天然种群遗传多样性与功能基因组学提供前期研究铺垫。 展开更多
关键词 江西铅山红芽芋 叶绿体基因组特征 系统发育分析 SSR分析 IR边界分析 密码子偏好性 最优密码子
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马家柚叶绿体基因组特征及其密码子偏好性分析 被引量:8
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作者 尹明华 余璐 +3 位作者 周佳慧 刘李娜 徐文萱 孙美龄 《果树学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期824-846,共23页
【目的】为了明确马家柚叶绿体基因组结构特征及其与同属类群的系统发育关系,阐明马家柚在柑橘属中的分类地位,对马家柚叶绿体基因组的特征及其密码子的偏好性进行分析。【方法】采用DNBSEQ-T7测序平台对马家柚进行测序,采用Noveplastys... 【目的】为了明确马家柚叶绿体基因组结构特征及其与同属类群的系统发育关系,阐明马家柚在柑橘属中的分类地位,对马家柚叶绿体基因组的特征及其密码子的偏好性进行分析。【方法】采用DNBSEQ-T7测序平台对马家柚进行测序,采用Noveplastys、CAP3、GeSeq和tRNAscan-SE软件对马家柚叶绿体基因组进行组装、注释;采用CGViewServer、MISA、REPuter、CodonW、Gview、IRscope、NADnaSP6.0软件对马家柚叶绿体基因组特征进行分析;采用MAFFT 7.0和FastTree 2.1.10软件对马家柚及其85个同科种和山小橘属3个外群种叶绿体基因组进行序列比对和建树。【结果】马家柚叶绿体基因组全长160186 bp,包括1个大单拷贝(LSC)区、1个小单拷贝(SSC)区和2个反向重复(IR)区,为典型闭合环状双链结构。马家柚叶绿体基因组共注释到133个功能基因,包括88个编码蛋白(CDS)基因、8个核糖体RNA(rRNA)基因和37个转运RNA(tRNA)基因。马家柚叶绿体基因组共检测到79个简单序列重复(SSR)和34个长序列重复(Longrepeat)。马家柚叶绿体基因组非编码区的变异程度高于基因编码区,LSC区的变异性>SSC区>IR区,SC/IR边界较为保守。马家柚叶绿体基因组平均ENC值为48.02,密码子偏好性较弱。马家柚叶绿体基因组密码子使用偏好性主要受自然选择的影响,受内部突变的影响小。马家柚叶绿体基因有10个最优密码子(AAU、UGU、AAA、UUU、GCU、GGA、CCA、ACU、CGU、AGU),均以A、U结尾。马家柚与西双版纳东试早柚(KY055833,来源地:云南)、日本夏橙(ON193075,来源地:韩国)、福建六月早蜜柚(MT527726,来源地:福建)、福建琯溪蜜柚(MN782007,来源地:福建)有亲缘关系。【结论】马家柚是一个柑橘属中较为独特的品种,该研究结果为进一步研究马家柚的遗传资源、物种资源鉴定和系统发育分析提供了理论依据。 展开更多
关键词 马家柚 叶绿体基因组 序列特征 密码子偏好性 最优密码子 系统发育分析
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广丰千金薯烟草花叶病毒lncRNA测序鉴定、原核蛋白表达及其序列分析 被引量:2
11
作者 尹明华 张艳红 +2 位作者 李淑娟 段俊 蒋晓峰 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2023年第11期3666-3675,共10页
目的对广丰千金薯Dioscorea polystachya Turczaninow.cv.Guangfeng Qianjin烟草花叶病毒进行鉴定、原核蛋白表达和序列分析,为广丰千金薯脱毒苗的培育和鉴定提供理论依据。方法通过lnc RNA测序鉴定广丰千金薯烟草花叶病毒蛋白基因,利... 目的对广丰千金薯Dioscorea polystachya Turczaninow.cv.Guangfeng Qianjin烟草花叶病毒进行鉴定、原核蛋白表达和序列分析,为广丰千金薯脱毒苗的培育和鉴定提供理论依据。方法通过lnc RNA测序鉴定广丰千金薯烟草花叶病毒蛋白基因,利用大肠杆菌重组技术表达广丰千金薯烟草花叶病毒蛋白,并采用生物信息学方法进行序列分析。结果广丰千金薯烟草花叶病毒蛋白基因包括复制酶1(ORF1)、复制酶2(ORF2)、RNA聚合酶、运动蛋白(movement protein,MP)、带电蛋白和外壳蛋白(coat protein,CP);广丰千金薯烟草花叶病毒CP、MP、RNA聚合酶、带电蛋白、ORF1和ORF2基因c DNA总长度分别为480、807、1425、123、4851、3351 bp,其蛋白分别由159、268、474、40、1613和1114个氨基酸组成;广丰千金薯烟草花叶病毒蛋白除带电蛋白为疏水性蛋白质外,其余如ORF1、ORF2、RNA聚合酶、运动蛋白和外壳蛋白均为亲水性蛋白质;广丰千金薯烟草花叶病毒带电蛋白二级结构由β-片层和无规则卷曲构成,CP、MP、RNA聚合酶、ORF1和ORF2的二级结构均由α螺旋、β-片层、无规则卷曲构成;广丰千金薯烟草花叶病毒CP、MP、RNA聚合酶、带电蛋白、ORF1和ORF2三级结构均为单体;广丰千金薯烟草花叶病毒CP、MP、RNA聚合酶、带电蛋白、ORF1和ORF2的亚细胞定位分别为内质网、细胞核、细胞质、细胞核、线粒体、叶绿体;广丰千金薯烟草花叶病毒CP、MP、RNA聚合酶、带电蛋白、ORF1和ORF2与烟草花叶病毒的亲缘关系较近,同源性分别为99.79%、99.38%、99.23%、100%、99.38%、99.49%;广丰千金薯烟草花叶病毒复制酶、RNA聚合酶、MP和CP可实现大肠杆菌重组表达,表明广丰千金薯烟草花叶病毒的lnc RNA测序结果准确。结论广丰千金薯烟草花叶病毒与烟草花叶病毒同源性极高,氨基酸序列及核酸序列与烟草花叶病毒其他植物分离物相似度高,在进化上高度保守。 展开更多
关键词 广丰千金薯 烟草花叶病毒 lncRNA测序鉴定 原核蛋白表达 序列分析
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广丰千金薯叶绿体基因组序列特征及密码子使用偏好性分析 被引量:2
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作者 尹明华 范馨月 +1 位作者 付悦欣 胡慧玲 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2024年第21期7444-7461,共18页
目的 解析广丰千金薯Dioscorea opposite叶绿体基因组信息序列特征和确定其在薯蓣属的系统位置。方法 利用高通量测序技术对广丰千金薯叶片进行核基因组重测序,并利用生物信息学相关工具对组装得到的叶绿体基因组进行注释、序列特征和... 目的 解析广丰千金薯Dioscorea opposite叶绿体基因组信息序列特征和确定其在薯蓣属的系统位置。方法 利用高通量测序技术对广丰千金薯叶片进行核基因组重测序,并利用生物信息学相关工具对组装得到的叶绿体基因组进行注释、序列特征和系统发育分析。结果 广丰千金薯叶绿体基因组长度为153 293 bp,注释到84个CDS基因、31个tRNA基因和8个rRNA基因。广丰千金薯叶绿体基因组中共检测到45个SSR位点,多为单碱基(A/T)重复类型。广丰千金薯叶绿体基因组共鉴定到61个长重复序列,包括16个正向重复、21个回文重复、14个反向重复、10个互补重复。广丰千金薯叶绿体基因组高变区主要分布在LSC和SSC区域,基因间隔区matK-tnaQ-UUG、atpl-rps2、psbl-trnS、rpl32-ndhF、ndhD-ccsA、trn E-UUC-trn T-GGU、trn S-GCU-trnG-UCC、rps2-rpo C2以及基因ycf1变异率最高。广丰千金薯叶绿体基因组的密码子偏性较弱。广丰千金薯叶绿体基因组密码子偏好以A、U结尾。广丰千金薯叶绿体基因组密码子使用偏性很大程度上受自然选择的影响,而受突变压力的影响小。广丰千金薯叶绿体基因组的最优密码子共16个,即UUA、UCU、GAU、GGA、AAU、CAU、GUA、CAA、GAA、CCU、GUU、AUU、CGA、CUU、UUU、AGU。广丰千金薯与野脚板薯Dioscorea polystachya NC_037716聚为一小支。结论 广丰千金薯与野脚板薯NC_037716亲缘关系较近。首次采用生物信息学分析方法对广丰千金薯叶绿体基因组的序列特征及密码子使用偏好性进行了分析,结果可为薯蓣属植物的遗传多样性分析提供理论依据。 展开更多
关键词 广丰千金薯 叶绿体基因组 序列特征 系统发育分析 野脚板薯
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怀玉山高山马铃薯脱落酸和环境胁迫诱导蛋白基因的克隆和序列分析 被引量:2
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作者 尹明华 卢咏琪 +7 位作者 罗怿文 潘巧玲 邱梦婷 苏格 谭佳思 涂慧 蔡红 陈荣华 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2021年第6期1181-1187,共7页
【目的】对怀玉山高山马铃薯脱落酸和环境胁迫诱导蛋白基因进行克隆和序列分析,为揭示怀玉山马铃薯脱落酸和环境胁迫诱导蛋白的生物学功能提供理论依据。【方法】通过怀玉山高山马铃薯试管苗转录组数据库筛选到脱落酸与环境胁迫诱导蛋... 【目的】对怀玉山高山马铃薯脱落酸和环境胁迫诱导蛋白基因进行克隆和序列分析,为揭示怀玉山马铃薯脱落酸和环境胁迫诱导蛋白的生物学功能提供理论依据。【方法】通过怀玉山高山马铃薯试管苗转录组数据库筛选到脱落酸与环境胁迫诱导蛋白基因的核心片段,利用RT-PCR技术克隆怀玉山高山马铃薯脱落酸与环境胁迫诱导蛋白基因,并采用生物信息学方法进行序列分析。【结果】怀玉山高山马铃薯脱落酸与环境胁迫诱导蛋白基因cDNA总长度为423 bp, G+C含量为52.25%;怀玉山高山马铃薯脱落酸与环境胁迫诱导蛋白由140个氨基酸组成,分子量14 534.01Da,等电点7.07,为亲水性蛋白;二级结构由α-螺旋(21.43%)、β-片层(24.29%)、无规则卷曲(54.29%)构成;三级结构为单聚体,主要存在细胞核中。怀玉山高山马铃薯脱落酸与环境胁迫诱导蛋白在进化上与马铃薯(Solanum ltuberosum)和副溶血性弧菌(Vibrio parahaemolyticus)的亲缘关系较近,尤其是与马铃薯(S.ltuberosum)TAS14-like在进化上具有最高的亲缘关系。【结论】怀玉山高山马铃薯脱落酸与环境胁迫诱导蛋白基因具有典型脱落酸与环境胁迫诱导蛋白基因的结构特征,氨基酸序列及核酸序列与同源物种相似度高,在进化上高度保守,对进一步揭示该酶生物学功能具有重要意义。 展开更多
关键词 怀玉山高山马铃薯 试管苗 ABA和环境胁迫诱导蛋白基因 克隆 序列分析
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广丰千金薯和铁棍山药脱毒微型块茎的转录组分析 被引量:1
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作者 尹明华 白丽 +2 位作者 陈舒敏 程佳慧 冯丽文 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2022年第10期2209-2219,共11页
为探究广丰千金薯和铁棍山药在分子水平的差异,以广丰千金薯(QJS)和铁棍山药(TGSY)试管苗的微型块茎为试验材料进行转录组分析。结果表明:QJS组和TGSY组样本间相关系数为0.42。QJS组和TGSY组表达量FPKM的对数值在0~1.5,表达量密度在0~1.... 为探究广丰千金薯和铁棍山药在分子水平的差异,以广丰千金薯(QJS)和铁棍山药(TGSY)试管苗的微型块茎为试验材料进行转录组分析。结果表明:QJS组和TGSY组样本间相关系数为0.42。QJS组和TGSY组表达量FPKM的对数值在0~1.5,表达量密度在0~1.0。与TGSY组相比,QJS组有4765个基因下调,有5112个基因上调。QJS组和TGSY组表达的共有基因有25207个,QJS组单独表达的基因有5261个,TGSY组单独表达的基因有3571个。QJS组和TGSY组共发现611498个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点和12056个简单重复序列(simple sequence repeats,SSR)。与TGSY组相比,QJS组的淀粉合成酶3、α-淀粉酶3、β-淀粉酶、类黄酮3′-单加氧酶、类黄酮3′-羟化酶、花青素合酶等基因上调,而颗粒结合淀粉合酶2、蔗糖合酶1、扩展蛋白2和苯丙氨酸解氨酶等基因下调。这可能是广丰千金薯微型块茎肉质绵密粉嫩、软糯爽口、胁迫防御、食后易胀的内在原因。结果可以为广丰千金薯的品种鉴定和分子育种提供参考。 展开更多
关键词 广丰千金薯 铁棍山药 脱毒 微型块茎 转录组分析
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三叶青烟草花叶病毒lncRNA测序鉴定、蛋白表达及其序列分析 被引量:1
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作者 洪森荣 徐燕萍 +1 位作者 郭依瑶 章成 《中草药》 CSCD 北大核心 2024年第20期7072-7084,共13页
目的 通过lncRNA测序鉴定三叶青Tetrastigma hemsleyanum烟草花叶病毒蛋白基因。方法 利用大肠杆菌重组技术表达三叶青烟草花叶病毒蛋白,并采用生物信息学方法进行序列分析。结果 三叶青烟草花叶病毒蛋白基因包括复制酶、RNA聚合酶、运... 目的 通过lncRNA测序鉴定三叶青Tetrastigma hemsleyanum烟草花叶病毒蛋白基因。方法 利用大肠杆菌重组技术表达三叶青烟草花叶病毒蛋白,并采用生物信息学方法进行序列分析。结果 三叶青烟草花叶病毒蛋白基因包括复制酶、RNA聚合酶、运动蛋白、带电蛋白和外壳蛋白等基因;三叶青烟草花叶病毒RNA聚合酶、运动蛋白(MP)、带电蛋白和外壳蛋白(CP)可实现大肠杆菌重组表达,表明三叶青烟草花叶病毒的lncRNA测序结果准确;三叶青烟草花叶病毒CP、MP、RNA聚合酶和带电蛋白基因cDNA总长度分别为480、807、1 425、123bp,三叶青烟草花叶病毒CP、MP、RNA聚合酶和带电蛋白分别由159、268、474、40个氨基酸组成;三叶青烟草花叶病毒CP、MP、RNA聚合酶为亲水性蛋白质,带电蛋白为疏水性蛋白质;三叶青烟草花叶病毒CP、MP、RNA聚合酶二级结构由α螺旋、β-片层、无规则卷曲构成,带电蛋白二级结构由β-片层和无规则卷曲构成,三级结构均为单体,分别定位于叶绿体、叶绿体、细胞质和线粒体中。三叶青烟草花叶病毒CP、MP、RNA聚合酶和带电蛋白与烟草花叶病毒亲缘关系较近,同源性达98%以上。结论 三叶青烟草花叶病毒具有烟草花叶病毒的结构特征,氨基酸序列及核酸序列与同源物种相似度高,在进化上高度保守。 展开更多
关键词 三叶青 烟草花叶病毒 lncRNA测序鉴定 蛋白表达 序列分析
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喷施石灰水对甘薯储藏后品质的影响
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作者 柴沙沙 汪治 +7 位作者 张登波 雷剑 王连军 靳晓杰 杨新笋 张越华 张岩 殷婷婷 《湖北农业科学》 2024年第12期5-7,23,共4页
选用淀粉型和食用型2个不同类型的甘薯(Ipomoea batatas L.)为试验材料,设置喷施石灰水后晾干入窖储藏处理(SL),同时以直接入窖储藏为对照(CK),考察石灰水对甘薯储藏效果的影响。结果显示,对于食用型甘薯,与对照相比,入窖前喷施石灰水... 选用淀粉型和食用型2个不同类型的甘薯(Ipomoea batatas L.)为试验材料,设置喷施石灰水后晾干入窖储藏处理(SL),同时以直接入窖储藏为对照(CK),考察石灰水对甘薯储藏效果的影响。结果显示,对于食用型甘薯,与对照相比,入窖前喷施石灰水处理的失重率、直链淀粉含量和支链淀粉含量降低,可溶性糖含量先上升后下降,干率和可溶性蛋白含量升高;对于淀粉型甘薯,与对照相比,入窖前喷施石灰水处理的失重率和还原糖含量先上升后下降,干率和可溶性蛋白质含量先降低后升高,直链淀粉含量和支链淀粉含量降低,可溶性糖含量升高。 展开更多
关键词 甘薯(Ipomoea batatas L.) 储藏 石灰水 品质
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Public Deliberation in an Age of Visibility: Political Communication Analysis in Mexico
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作者 Gabriel A. Corral Velazquez 《Journal of Literature and Art Studies》 2016年第8期937-950,共14页
This paper reviews the importance of visibility in public deliberation in the theoretical construction of political communication. Political communication is the area that study social and political interactions of ac... This paper reviews the importance of visibility in public deliberation in the theoretical construction of political communication. Political communication is the area that study social and political interactions of actors through discourses and practices within the public sphere. The social and political actors manage their public appearances in an exercise of visibility, allowing deliberation of public affairs. In recent years, Mexico has been a relevant case of study for understanding the opening of media into the public discussion of governmental affairs. As an example, this paper presents an analysis of public deliberation in the city of Quer6taro, Mexico. This study analyses political participation and openness of media, based on the concepts visibility, public sphere and citizenship. The analysis was built on the idea that the press concentrates most of the issues of public interest and that it reflects actors and arguments given for deliberation. In a qualitative approximation, we analyzed the discourses published in four journals and developed an analytical framework that illustrates the levels of access and visibility of a variety of political and social actors. This exercise demonstrates the importance of the concept of visibility in public deliberation and the media as managers in the current configuration of political communication. 展开更多
关键词 political communication public sphere DEMOCRATIZATION Quer6taro
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正断层参数的幂律分布及由正断层引起的拉伸应变的估算:以墨西哥San Miguelito地区为例
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作者 许顺山 NIETO-SAM ANIEGO A F ALANIZz-áLVAREZ S A 《地质学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2005年第1期143-143,共1页
关键词 正断层 位移图 隆升 晚新生代 火山岩 山脉 断裂长度 多米诺 曲线图 取样方法
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怀玉山高山马铃薯抗TMV蛋白基因的克隆和序列分析
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作者 洪森荣 曾晓健 +8 位作者 魏杰 温倩文 谢微 杨玉琪 姚梦 易奥情 于小姣 蔡红 陈荣华 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2021年第3期487-494,共8页
【目的】对怀玉山高山马铃薯抗TMV蛋白基因进行克隆和序列分析,为揭示怀玉山马铃薯抗TMV蛋白的生物学功能提供理论依据。【方法】通过怀玉山高山马铃薯试管苗转录组数据库筛选到抗TMV蛋白基因的核心片段,利用RT-PCR技术克隆怀玉山高山... 【目的】对怀玉山高山马铃薯抗TMV蛋白基因进行克隆和序列分析,为揭示怀玉山马铃薯抗TMV蛋白的生物学功能提供理论依据。【方法】通过怀玉山高山马铃薯试管苗转录组数据库筛选到抗TMV蛋白基因的核心片段,利用RT-PCR技术克隆怀玉山高山马铃薯抗TMV蛋白基因,并采用生物信息学方法进行序列分析。【结果】怀玉山高山马铃薯抗TMV蛋白基因cDNA总长度为4335 bp,G+C含量为38.22%;怀玉山高山马铃薯抗TMV蛋白由1444个氨基酸组成,分子量165229.13 Da,等电点5.78,为亲水性蛋白;二级结构由α-螺旋(43.77%)、β-片层(12.47%)、无规则卷曲(43.77%)构成;高山马铃薯抗TMV蛋白主要存在细胞核中;怀玉山高山马铃薯抗TMV蛋白在进化上与马铃薯、番茄和野生种潘那利番茄的亲缘关系较近,尤其是与Solanum tuberosum(马铃薯)TMV resistance protein N-like isoform X1(类TMV抗性蛋白N亚型X1)和S.tuberosum(马铃薯)TMV resistance protein N-like isoform X2(类TMV抗性蛋白N亚型X2)在进化上具有最高的亲缘关系。【结论】怀玉山高山马铃薯抗TMV蛋白具有典型抗TMV蛋白的结构特征,氨基酸序列及核酸序列与同源物种相似度高,在进化上高度保守,对进一步揭示该蛋白生物学功能具有重要意义。 展开更多
关键词 怀玉山高山马铃薯 试管苗 抗TMV蛋白基因 克隆 序列分析
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怀玉山高山马铃薯蔗糖合酶基因的克隆和分析
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作者 洪森荣 邓雨晴 +5 位作者 吴洪婷 陈婷 郭淑贞 杨于萱 蔡红 陈荣华 《福建农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第2期148-156,共9页
【目的】蔗糖合酶是植物蔗糖代谢途径中的关键酶,在植物的生长发育过程中具有重要作用。分析蔗糖合酶的核酸序列信息,预测其蛋白结构与功能,以期揭示该酶生物学功能。【方法】通过怀玉山高山马铃薯(Solanum tuberosum L.cv.Huaiyushan,... 【目的】蔗糖合酶是植物蔗糖代谢途径中的关键酶,在植物的生长发育过程中具有重要作用。分析蔗糖合酶的核酸序列信息,预测其蛋白结构与功能,以期揭示该酶生物学功能。【方法】通过怀玉山高山马铃薯(Solanum tuberosum L.cv.Huaiyushan,缩写S.tuberosum L.cv.Huaiyushan)试管苗转录组数据库筛选到蔗糖合酶基因的核心片段(PGSC0003DMG400002895,SuSy 4),利用RT-PCR技术克隆怀玉山高山马铃薯蔗糖合酶基因,并采用生物信息学方法进行序列分析。【结果】怀玉山高山马铃薯蔗糖合酶基因cDNA总长度为2418 bp,G+C含量为45.08%;怀玉山高山马铃薯蔗糖合酶由805个氨基酸组成,分子量92471.33 Da,等电点5.87,为亲水性蛋白;怀玉山高山马铃薯蔗糖合酶的二级结构包括α-螺旋(45.84%)、β-片层(15.16%)、无规则卷曲(39.01%),C端和N端含β-片层和α-螺旋,而无规则卷曲、延伸链、β-片层和α-螺旋则散布于整个蛋白质中;怀玉山高山马铃薯蔗糖合酶的三级结构为四聚体;怀玉山高山马铃薯蔗糖合酶主要存在细胞质、线粒体和叶绿体中;怀玉山高山马铃薯与番茄(Solanum lycopersicum)、潘那利番茄(Solanum pennellii)、智利番茄(Solanum chilense)、马铃薯(Solanum tuberosum)、辣椒(Capsicum annuum)、风铃辣椒(Capsicum baccatum)等6种植物在一个大分支下,这说明怀玉山高山马铃薯蔗糖合酶基因在进化上与这6种植物的亲缘关系较近,尤其是与马铃薯的进化上具有最高的亲缘关系。【结论】怀玉山高山马铃薯蔗糖合酶基因具有典型蔗糖合酶的结构特征,氨基酸序列及核酸序列与同源物种相似度高,在进化上高度保守,对进一步揭示该酶生物学功能具有重要意义。 展开更多
关键词 怀玉山高山马铃薯 试管苗 蔗糖合酶 克隆 序列分析
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