研究旨在通过全基因组选择信号分析,挖掘宁蒗高原鸡品种重要的种质特性基因。研究使用“神农一号”地方鸡液相基因芯片对3个地方鸡品种(30只宁蒗高原鸡,30只正阳三黄鸡及33只固始鸡)进行基因分型。试验首先通过构建系统发育树、主成分...研究旨在通过全基因组选择信号分析,挖掘宁蒗高原鸡品种重要的种质特性基因。研究使用“神农一号”地方鸡液相基因芯片对3个地方鸡品种(30只宁蒗高原鸡,30只正阳三黄鸡及33只固始鸡)进行基因分型。试验首先通过构建系统发育树、主成分分析、祖先成分分析等方法,探究品种的种群遗传结构;然后,结合群体遗传分化指数(Pattern of genetic differentiation,FST)和跨群体单倍型统计(Cross-population haplotype-based statistic,XP-nSL)等比较基因组方法鉴定宁蒗高原鸡全基组选择信号;最后,对宁蒗高原鸡进行连续性纯合片段(Run of homozygosity,ROH)分析,以进一步探究其受到的人工和自然选择足迹。结果显示:选择信号分析发现宁蒗高原鸡在高海拔适应、骨骼和肌肉发育、生长及体型大小等性状经历了更高强度选择;ROH分析共鉴定到7个ROH岛,对其进行基因注释发现,与生长、体型大小、骨骼发育及高海拔适应等相关的基因受到了选择。研究表明,3个品种间有明显的群体分化,两个河南地方鸡品种遗传距离较近,而宁蒗高原鸡与两者明显分离,该结果与现实中分群结果一致,结果为宁蒗高原鸡遗传资源保护、开发利用与评价工作提供参考。展开更多
文摘研究旨在通过全基因组选择信号分析,挖掘宁蒗高原鸡品种重要的种质特性基因。研究使用“神农一号”地方鸡液相基因芯片对3个地方鸡品种(30只宁蒗高原鸡,30只正阳三黄鸡及33只固始鸡)进行基因分型。试验首先通过构建系统发育树、主成分分析、祖先成分分析等方法,探究品种的种群遗传结构;然后,结合群体遗传分化指数(Pattern of genetic differentiation,FST)和跨群体单倍型统计(Cross-population haplotype-based statistic,XP-nSL)等比较基因组方法鉴定宁蒗高原鸡全基组选择信号;最后,对宁蒗高原鸡进行连续性纯合片段(Run of homozygosity,ROH)分析,以进一步探究其受到的人工和自然选择足迹。结果显示:选择信号分析发现宁蒗高原鸡在高海拔适应、骨骼和肌肉发育、生长及体型大小等性状经历了更高强度选择;ROH分析共鉴定到7个ROH岛,对其进行基因注释发现,与生长、体型大小、骨骼发育及高海拔适应等相关的基因受到了选择。研究表明,3个品种间有明显的群体分化,两个河南地方鸡品种遗传距离较近,而宁蒗高原鸡与两者明显分离,该结果与现实中分群结果一致,结果为宁蒗高原鸡遗传资源保护、开发利用与评价工作提供参考。
