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Overlapping community detection on attributed graphs via neutrosophic C-means
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作者 Yuhan Jia Leyan Ouyang +1 位作者 Qiqi Wang Huijia Li 《Chinese Physics B》 2025年第12期569-580,共12页
Detecting overlapping communities in attributed networks remains a significant challenge due to the complexity of jointly modeling topological structure and node attributes,the unknown number of communities,and the ne... Detecting overlapping communities in attributed networks remains a significant challenge due to the complexity of jointly modeling topological structure and node attributes,the unknown number of communities,and the need to capture nodes with multiple memberships.To address these issues,we propose a novel framework named density peaks clustering with neutrosophic C-means.First,we construct a consensus embedding by aligning structure-based and attribute-based representations using spectral decomposition and canonical correlation analysis.Then,an improved density peaks algorithm automatically estimates the number of communities and selects initial cluster centers based on a newly designed cluster strength metric.Finally,a neutrosophic C-means algorithm refines the community assignments,modeling uncertainty and overlap explicitly.Experimental results on synthetic and real-world networks demonstrate that the proposed method achieves superior performance in terms of detection accuracy,stability,and its ability to identify overlapping structures. 展开更多
关键词 attributed graphs overlapping communities neutrosophic C-means density peaks
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Extracting fuzzy clusters from massive attributed graphs using Markov lumpability optimization
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作者 Kai-Yue Jiang Li-Heng Xu +3 位作者 Shi-Pei Lin Li-Yang Zhou Hui-Jia Li Ge Gao 《Chinese Physics B》 2025年第10期609-617,共9页
Attributed graph clustering plays a vital role in uncovering hidden network structures,but it presents significant challenges.In recent years,various models have been proposed to identify meaningful clusters by integr... Attributed graph clustering plays a vital role in uncovering hidden network structures,but it presents significant challenges.In recent years,various models have been proposed to identify meaningful clusters by integrating both structural and attribute-based information.However,these models often emphasize node proximities without adequately balancing the efficiency of clustering based on both structural and attribute data.Furthermore,they tend to neglect the critical fuzzy information inherent in attributed graph clusters.To address these issues,we introduce a new framework,Markov lumpability optimization,for efficient clustering of large-scale attributed graphs.Specifically,we define a lumped Markov chain on an attribute-augmented graph and introduce a new metric,Markov lumpability,to quantify the differences between the original and lumped Markov transition probability matrices.To minimize this measure,we propose a conjugate gradient projectionbased approach that ensures the partitioning closely aligns with the intrinsic structure of fuzzy clusters through conditional optimization.Extensive experiments on both synthetic and real-world datasets demonstrate the superior performance of the proposed framework compared to existing clustering algorithms.This framework has many potential applications,including dynamic community analysis of social networks,user profiling in recommendation systems,functional module identification in biological molecular networks,and financial risk control,offering a new paradigm for mining complex patterns in high-dimensional attributed graph data. 展开更多
关键词 attributed clustering Markov chain lumped random walk fuzzy clusters OPTIMIZATION
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WELL-POSEDNESS OF THE DISCRETE NONLINEAR SCHRODINGER EQUATIONS AND THE KLEIN-GORDON EQUATIONS
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作者 Yifei WU Zhibo YANG Qi ZHOU 《Acta Mathematica Scientia》 2025年第6期2447-2477,共31页
The primary objective of this paper is to investigate the well-posedness theories associated with the discrete nonlinear Schrodinger and Klein-Gordon equations.These theories encompass both local and global well-posed... The primary objective of this paper is to investigate the well-posedness theories associated with the discrete nonlinear Schrodinger and Klein-Gordon equations.These theories encompass both local and global well-posedness,as well as the existence of blowing-up solutions for large and irregular initial data.The main results presented in this paper can be summarized as follows:(1)Discrete Nonlinear Schrodinger Equation:Global well-posedness in l^(p) spaces for all1≤p≤∞,regardless of whether it is in the defocusing or focusing cases.(2)Discrete Klein-Gordon Equation:Local well-posedness in l^(p) spaces for all 1≤p≤∞.Furthermore,in the defocusing case,we establish global well-posedness in l^(p) spaces for any2≤p≤2σ+2(σ>0).In contrast,in the focusing case,we show that solutions with negative energy blow up within a finite time.These conclusions reveal the distinct dynamic behaviors exhibited by the solutions of the equations in discrete settings compared to their continuous setting.Additionally,they illuminate the significant role that discretization plays in preventing ill-posedness,and collapse for the nonlinear Schrodinger equation. 展开更多
关键词 discrete nonlinear Klein-Gordon equation discrete nonlinear Schrodinger equation WELL-POSEDNESS blow up l^(p)
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Homoclinic Solutions for a Class of Hamiltonian Systems with Small External Perturbations
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作者 Wenzhuang Zhu Chunhui Hu Shuguan Ji 《Communications in Mathematical Research》 2025年第2期148-172,共25页
This paper is concerned with the existence of nontrivial homoclinic solutions for a class of second order Hamiltonian systems with external forc-ing perturbations q+Aq+Vq(t,q)=f(t),where q=(q1,q2,..qN)∈R^(N),A is an ... This paper is concerned with the existence of nontrivial homoclinic solutions for a class of second order Hamiltonian systems with external forc-ing perturbations q+Aq+Vq(t,q)=f(t),where q=(q1,q2,..qN)∈R^(N),A is an antisymmetric constant N×N matrix,V(t,q)=-K(t,q)+W(t,q)with K,W ∈C^(1)(R,R^(N))and satisfying b1|q|^(2)≤K(t,q)≤b_(2)|q|^(2)for some positive constants b_(2)≥b_(1)>0 and external forcing term f∈C(R,R^(N))being small enough.Under some new weak superquadratic conditions for W,by using the mountain pass theorem,we obtain the existence of at least one nontrivial homoclinic solution. 展开更多
关键词 Homoclinic solution Hamiltonian system mountain pass theorem critical point
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基于序列和局部信息熵的蛋白质折叠速率预测模型 被引量:3
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作者 高建召 胡刚 +1 位作者 王奎 沈世镒 《工程数学学报》 CSCD 北大核心 2010年第6期959-966,共8页
正确预测蛋白质折叠速率对理解蛋白质的折叠机制非常重要。本文从AAindex数据库中的531种残基物理化学性质、序列长度信息和局部结构信息熵中筛选特征,从而提出了一个基于蛋白质序列信息的线性回归模型。针对三种折叠机制two-state,mult... 正确预测蛋白质折叠速率对理解蛋白质的折叠机制非常重要。本文从AAindex数据库中的531种残基物理化学性质、序列长度信息和局部结构信息熵中筛选特征,从而提出了一个基于蛋白质序列信息的线性回归模型。针对三种折叠机制two-state,multi-state和mixed-state,用Jackknife验证模型,预测的折叠速率和实验验证的折叠速率相关系数分别为0.790,0.829和0.778。本文结果表明四阶局部结构信息熵和折叠速率有很高的负相关性;蛋白质的长度和蛋白质的折叠速率成反比关系;螺旋的含量会加快蛋白质的折叠过程。对two-state蛋白质β折叠的含量会减慢蛋白质的折叠过程;和其他模型相比,我们提出的线性回归模型具有输入参数少,计算简单,平均绝对误差小的优点。 展开更多
关键词 蛋白质折叠速率 基因序列的预测方法 局部结构信息熵 线性回归
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利用蛋白质的二面角序列对蛋白质结构比对 被引量:2
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作者 高建召 胡刚 +1 位作者 王奎 崔家峰 《计算机工程与应用》 CSCD 北大核心 2009年第32期5-8,221,共5页
蛋白质结构比对对理解蛋白质功能和进化关系非常重要。提出一种基于蛋白质残基的二面角的结构比对算法。通过动态时间规整算法比对二面角序列,来比较蛋白质的结构,拟合两蛋白结构距离的分布后,利用p-value来评价比对的好坏。主要结果有... 蛋白质结构比对对理解蛋白质功能和进化关系非常重要。提出一种基于蛋白质残基的二面角的结构比对算法。通过动态时间规整算法比对二面角序列,来比较蛋白质的结构,拟合两蛋白结构距离的分布后,利用p-value来评价比对的好坏。主要结果有:利用动态时间规整算法计算得出的结构距离是一个很好的蛋白质结构相似性度量;结构距离服从参数为μ=94.7697,σ=41.5837,ξ=0.1925的广义的极值分布;和其他结构比对算法相比,该算法比CTSS的搜索结果要好。 展开更多
关键词 蛋白质结构比对 广义极值分布 二面角序列 动态时间规整 p—value
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氨基酸在蛋白质空间结构中的深度倾向性因子 被引量:4
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作者 沈世镒 胡刚 张华 《生物数学学报》 CSCD 北大核心 2007年第2期305-310,共6页
用统计和几何方法给出了氨基酸在蛋白质空间结构中的深度计算,并利用PDB数据库得到了不同氨基酸在蛋白质中的深度倾向性因子,并得到了这些倾向性因子与氨基酸的物理、化学综合特性的相关性质.
关键词 蛋白质空间结构 统计理论中的深度分析 氨基酸在蛋白质中的深度倾向性因子
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由一般拓扑度量空间所产生的Alignment空间 被引量:5
8
作者 卢国祥 沈世镒 《工程数学学报》 CSCD 北大核心 2008年第6期1097-1101,共5页
Alignment空间是一个在广义误差下定义的度量空间。在以往的信息处理问题中,一般只讨论离散状态下的序列比对Alignment问题,并由此产生一种新的非线性度量空间-Alignment空间。本文将离散状态下的Alignment空间推广到一般情况,得到了由... Alignment空间是一个在广义误差下定义的度量空间。在以往的信息处理问题中,一般只讨论离散状态下的序列比对Alignment问题,并由此产生一种新的非线性度量空间-Alignment空间。本文将离散状态下的Alignment空间推广到一般情况,得到了由一般拓扑度量空间所产生的Alignment空间仍然是度量空间,并证明了Alignment距离与Levenshtein距离的等价性。 展开更多
关键词 由度量空间产生的Alignment空间 度量空间的基本定理 Alignment距离 Levenshtein距离
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蛋白质二级结构的条件隐Markov性及其预测问题 被引量:4
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作者 沈世镒 阮吉寿 《工程数学学报》 CSCD 北大核心 2003年第3期117-124,共8页
蛋白质二级结构预测问题自1957年首次被提出迄今已有40多年了,从知道的文献中可以得出如下信息:在统计意义之下,蛋白质序列中氨基酸之间的相互作用较弱,所以,统计方法中所依赖的独立性假设虽然不是从物理背景中得来的,但的确有其合理性... 蛋白质二级结构预测问题自1957年首次被提出迄今已有40多年了,从知道的文献中可以得出如下信息:在统计意义之下,蛋白质序列中氨基酸之间的相互作用较弱,所以,统计方法中所依赖的独立性假设虽然不是从物理背景中得来的,但的确有其合理性和方便之处;交互信息准则优于均方误差准则;信息和统计的思想和方法在预测二级结构中不可低估;加入蛋白质的一级结构之外的信息可帮助提高二级结构预测的精度;而直接从一级结构出发无附加信息的情况下预测二级结构,现存在的预测方法的预测精度仍然无较大突破;预测精度和所使用的蛋白质样本序列在总体样本中的覆盖率,是评估各种预测方法的有效性的两个重要指标。本文作者建立了一个集蛋白质一、二级结构为一体联合结构模型,并将上述信息囊括在其中。由该模型首先得到蛋白质一、二级结构的信息与统计特性,然后利用这些特性分别对蛋白质一、二级结构中各种变量的信息传递关系及隐Markov性进行定量分析和确切地统计描述。最后给出直接从一级结构出发预测二级结构的几个原则。 展开更多
关键词 蛋白质一、二级结构的联合结构模型 三肽链 二级结构预测精度和覆盖率 隐Markov性
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蛋白质空间形态特征分析与计算方法 被引量:2
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作者 沈世镒 胡刚 张华 《工程数学学报》 CSCD 北大核心 2006年第2期225-234,共10页
本文的主要目的是把空间多面体、超图与深度这三个概念综合起来,作为描述与分析空间质点系形态的基本工具。在此基础上,我们针对蛋白质空间形态中的二种重要特征: “空洞”与“口袋”,用小球滚动法给出它们的计算方法。
关键词 空间多面体 超图 质点系的形态分析与小球滚动法
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一般罚分(或得分)矩阵下的SPA算法 被引量:1
11
作者 沈世镒 张拓 王奎 《应用数学》 CSCD 北大核心 2007年第3期627-632,共6页
本文在一般罚分(或得分)矩阵条件下推广SPA(Super Pairwise Alignment)算法,该算法是一种次优算法,与Smith-Waterman算法比较,计算速度有明显改进(计算复杂度随序列长度线性增长).
关键词 一般罚分(或得分)矩阵 SPA算法 线性复杂度
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生物序列的语义分析与第二密码规则的探索(续)
12
作者 沈世镒 余涛 +1 位作者 开波 阮吉寿 《工程数学学报》 CSCD 北大核心 2004年第6期862-870,共9页
本文继续讨论蛋白质一级结构序列的语义结构,利用组合分析与图论方法讨论 Swiss - Prot 数据 库的组合结构,给出 Swiss - Prot 数据库中蛋白质一级结构序列的关键词与核心词的定义、搜索 算法与特性参数。并由此给出蛋白质一级结... 本文继续讨论蛋白质一级结构序列的语义结构,利用组合分析与图论方法讨论 Swiss - Prot 数据 库的组合结构,给出 Swiss - Prot 数据库中蛋白质一级结构序列的关键词与核心词的定义、搜索 算法与特性参数。并由此给出蛋白质一级结构序列的核心词词典,并由此讨论数据库的复杂性问题、同源蛋白质的分类、预测与比对等问题。 展开更多
关键词 生物序列结构的语义分析 第二密码规则 蛋白质一级序列结构数据库的组合图论分析 非线性复杂与核心词词典
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多重序列突变网络系统分析与应用
13
作者 沈世镒 胡刚 +1 位作者 王奎 董骝焕 《工程数学学报》 CSCD 北大核心 2006年第4期632-640,共9页
为分析多重生物序列的突变结构,首先是要作它们的多重比对,在多重比对基础上可作出各序列的系统树与最小距离树,在最小距离树中如果把它们的弧用突变模结构来表示,那么我们称由此所产生的数学模型为多重序列突变网络系统(以下简称突变网... 为分析多重生物序列的突变结构,首先是要作它们的多重比对,在多重比对基础上可作出各序列的系统树与最小距离树,在最小距离树中如果把它们的弧用突变模结构来表示,那么我们称由此所产生的数学模型为多重序列突变网络系统(以下简称突变网络),突变网络分析的主要问题是如何确定各种不同类型突变的相互关系问题,一种最简单关系是二个突变的突变区域互不重叠,我们称之为正交化。因此突变网络分析的一个重要目的是对突变网络作正交化的简化,本文给出了突变网络正交化的基本定理,并以SARS病毒基因组为例,说明它们的突变网络系统模型与正交化运算,并由此得到SARS病毒从早期传播到爆发的基因突变过程的确定。 展开更多
关键词 多重序列突变网络系统 突变网络的正交化理论 SARS序列分析
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原核生物基因组的CDS与ORF序列的几点分析
14
作者 沈世镒 高建召 +1 位作者 胡刚 王奎 《生物数学学报》 CSCD 北大核心 2009年第1期33-39,共7页
基因组的开放阅读框(ORF)是基因识别与基因组分析的基础,有多种软件包给出了它们的生成算法,但结果与指标并不统一.本文给出了po-MORF的定义与它的生成算法,证明了由基因组所确定的po-MORF集合的存在与唯一性,并由该生成算法可以得到全... 基因组的开放阅读框(ORF)是基因识别与基因组分析的基础,有多种软件包给出了它们的生成算法,但结果与指标并不统一.本文给出了po-MORF的定义与它的生成算法,证明了由基因组所确定的po-MORF集合的存在与唯一性,并由该生成算法可以得到全部po-MORF序列.我们还比较了若干原核生物基因组中所有CDS与po-MORF序列的相互关系,并讨论了关于基因识别中的有关问题. 展开更多
关键词 基因组的p_0-MORF序列 MORF生成算法 CDS与ORF序列集合的相互关系
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李三系与Laurent多项式代数F[t,t^(-1)]
15
作者 史毅茜 孟道骥 《数学年刊(A辑)》 CSCD 北大核心 2005年第5期651-658,共8页
本文通过讨论Laurent多项式代数及其导子代数的对合自同构确定了一类具体的无限维单李三系, 并且提供了一种利用Novikov代数上自然的李代数结构来构造李三系的方法.
关键词 李三系 李代数 Laurent多项式代数
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参数估计对检测简单线性曲线控制图的性能影响分析
16
作者 么彩莲 李忠华 +1 位作者 周茂袁 张久军 《数理统计与管理》 CSSCI 北大核心 2023年第1期1-13,共13页
关于简单线性曲线的在线监测方法多数假定受控参数是已知的,或者假定有足够多的历史样本来估计未知参数。Mahmoud[1]分析了参数估计对三种监测简单线性曲线方法的影响,但其部分模拟结果有一定差错。本文主要目的是研究参数估计对Zhang等... 关于简单线性曲线的在线监测方法多数假定受控参数是已知的,或者假定有足够多的历史样本来估计未知参数。Mahmoud[1]分析了参数估计对三种监测简单线性曲线方法的影响,但其部分模拟结果有一定差错。本文主要目的是研究参数估计对Zhang等[2]提出的基于似然比检验的监测简单线性曲线控制图的性能影响,并对Mahmoud[1]中的模拟方法进行纠正,同时对四种方法进行比较。模拟结果表明,若使用参数已知时的控制限,而历史样本数据较少时,控制图的性能会受到严重影响。 展开更多
关键词 简单线性曲线 参数估计 平均运行长度 统计过程控制
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扩张配对设计的最优构造
17
作者 马海南 陈雪平 《高校应用数学学报(A辑)》 北大核心 2019年第4期402-408,共7页
在一般情形下讨论了扩张配对设计(Augmented Pairs Designs)的最优选择问题,给出了配对扩张设计对应信息矩阵行列式的上下界,在此基础上研究了相应的D最优设计,并给出了一类D最优配对扩张设计的构造方法.
关键词 试验设计 响应曲面设计 D-效率 正交表
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生物序列的语义分析与第二密码规则的探索
18
作者 沈世镒 《工程数学学报》 CSCD 北大核心 2004年第5期665-674,679,共11页
生物序列(如DNA、RNA与蛋白质一级结构序列等)都是由一系列小分子团(如核苷酸、氨基酸等)排列组成,如把这些小分子团作为符号单元,那么这些生物序列就是生物序列就是生物学的语言文字,对这些语言文字的结构分析为生物序列的语义分析。... 生物序列(如DNA、RNA与蛋白质一级结构序列等)都是由一系列小分子团(如核苷酸、氨基酸等)排列组成,如把这些小分子团作为符号单元,那么这些生物序列就是生物序列就是生物学的语言文字,对这些语言文字的结构分析为生物序列的语义分析。生物序列语义分析的内容包括词法与语法的分析,它们是在分子水平基础上的生物语言分析,有关的变化规则我们称之为生物序列中的第二密码规则。本文以Swiss-Prot数据库为基础,利用频率统计、组合分析与信息的度量关系等数学工具,分析蛋白质一级结构序列中的词法规则,给出了关于蛋白质一级结构序列的几种稳定性的度量指标及其相应的稳定性理论,并探讨了它们在蛋白质演变与蛋白质工程中可能产生的应用。 展开更多
关键词 生物序列结构的语义分析 第二密码规则 蛋白质~级序列结构数据库的信息、统计分析 稳定性度量与原理
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不可忽略的无响应缺失下的协变量选择
19
作者 邵军 王磊 《应用概率统计》 CSCD 北大核心 2024年第2期287-297,共11页
本文旨在建立一个存在不可忽略的无响应缺失时高维协变量向量的协变量选择方法.由于有不可忽略的缺失响应数据,必须建立一种新的协变量选择方法来删除既与响应变量也与缺失机制无关的协变量.一旦冗余协变量被删除,现有的缺失机制估计和... 本文旨在建立一个存在不可忽略的无响应缺失时高维协变量向量的协变量选择方法.由于有不可忽略的缺失响应数据,必须建立一种新的协变量选择方法来删除既与响应变量也与缺失机制无关的协变量.一旦冗余协变量被删除,现有的缺失机制估计和其他基于逆缺失机制加权的分析方法可以被应用.我们提供了一些模拟结果来展示我们方法的有效性. 展开更多
关键词 构造的响应变量 高维 非随机丢失 缺失机制 半参数方法
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低能电子碰撞Ar(e ,3e)双电离实验(英文)
20
作者 贾昌春 A.Lahmam-Bennani +3 位作者 A.Duguet L.Avaldi M.Lecas C.Dal Cappello 《原子核物理评论》 CAS CSCD 北大核心 2002年第z1期20-22,共3页
通过Ar(e,3e)五重微分截面 3维图的理论与实验比较发现 ,在低能电子入射的情况下 。
关键词 (e 3e) 双电离 五重微分截面
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