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培土清心颗粒治疗特应性皮炎的蛋白质组学研究 被引量:2
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作者 刘俊峰 张凯 +7 位作者 莫秀梅 王赛娅 晏烽根 叶思琪 贾金靖 张瑜 陈达灿 于晓波 《中药新药与临床药理》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期191-199,共9页
目的采用血清蛋白质组学方法探讨培土清心颗粒(白术、连翘、白茅根、太子参等)治疗特应性皮炎的作用靶点。方法选择特应性皮炎患者5例,以培土清心颗粒治疗12周,并以健康志愿者5例作为对照。对特应性皮炎患者治疗后的临床核心评价指标包... 目的采用血清蛋白质组学方法探讨培土清心颗粒(白术、连翘、白茅根、太子参等)治疗特应性皮炎的作用靶点。方法选择特应性皮炎患者5例,以培土清心颗粒治疗12周,并以健康志愿者5例作为对照。对特应性皮炎患者治疗后的临床核心评价指标包括病情严重程度评分(EASI、SCORAD)、瘙痒程度评分、患者自评(POEM)、生活质量指数等进行评估。采用数据非依赖采集质谱(DIA-MS)技术检测血清样本,并根据P<0.05、变化倍数(Fold Change)>1.2筛选出特应性皮炎患者与健康人群的血清差异蛋白,以及培土清心颗粒治疗前后特应性皮炎患者的血清差异蛋白。对差异蛋白进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析。结果(1)与治疗前比较,特应性皮炎患者治疗后的临床核心评价指标包括病情严重程度评分(EASI、SCORAD)、瘙痒程度评分、患者自评(POEM)、生活质量指数等均得到明显改善,差异均有统计学意义(P<0.05,P<0.01)。(2)健康对照组及特应性皮炎组共分析出28个差异性蛋白,其中12个蛋白表达水平上升,16个蛋白表达水平下降,包括ALAD(δ-氨基乙酰丙酸脱水酶)、LTA4H(白三烯A-4水解酶)、CA1(碳酸酐酶1)、F11(凝血因子XI)、LCP1(淋巴细胞胞浆蛋白1)等。主要涉及PI3K-AKT信号通路、脂质与动脉粥样硬化、ECM-受体相互作用、血小板活化、NF-κB信号通路、中性粒细胞外陷阱形成等信号通路。(3)特应性皮炎患者经培土清心颗粒治疗前后共分析出12个差异蛋白,其中8个蛋白表达水平上升,4个蛋白表达水平下降,包括ALAD、FGA(纤维蛋白原α链)、IGHV3-64D及IGHV3-38等。主要涉及脂质与动脉粥样硬化、补体途径、金黄色葡萄球菌感染、NF-κB信号通路、流体剪切应力与动脉粥样硬化等信号通路。(4)ALAD、FGA、IGHV3-64D等3个蛋白靶点在特应性皮炎患者中的表达显著下调,而在培土清心颗粒治疗后显著上调。结论差异表达蛋白ALAD、FGA、IGHV3-64D可能是培土清心颗粒治疗特应性皮炎的作用靶点,为进一步实验验证奠定了基础。 展开更多
关键词 特应性皮炎 培土清心颗粒 蛋白质组学 数据非依赖采集质谱 Δ-氨基乙酰丙酸脱水酶 纤维蛋白原α链 IGHV3-64D
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有机化学品非动物替代风险评估组学研究进展 被引量:1
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作者 孙翌 李媛 +2 位作者 龙奇 左涛 徐平 《生态毒理学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期162-172,共11页
暴露评估是有机化学品风险评估的关键环节。准确评估有机化学品对动物或人体的危害程度能够有效降低其潜在风险。化学品风险评估的传统方法主要基于动物实验,然而相对于复杂的体内实验,体外细胞毒性实验具有经济、快速、易于量化和可重... 暴露评估是有机化学品风险评估的关键环节。准确评估有机化学品对动物或人体的危害程度能够有效降低其潜在风险。化学品风险评估的传统方法主要基于动物实验,然而相对于复杂的体内实验,体外细胞毒性实验具有经济、快速、易于量化和可重复的优势。基于人类细胞或细胞系的高通量检测和筛选方法,更有利于表征化学品的毒性效应,满足有机化学品管控的需求。随着生命科学步入后基因组学时代,研究的视角更加广泛,借助于基因组、转录组、蛋白质组、代谢组等组学工具,能够从基因表达的时空分布、蛋白质结构和功能的特性、蛋白质翻译后修饰以及代谢物的动态变化视角为化学品暴露风险评估提供多维度信息。本文从组学角度出发,系统地对近年来国内外有机化学品风险评估的研究进展、组学的研究策略以及组学在有机化学品风险评估中的应用进行了综述和展望,提出组学的联合应用将更加系统全面地探究化学品毒性机制,为我国非动物替代有机化学品暴露风险评估提供技术指引和参考。 展开更多
关键词 有机化学品 体外风险评估 毒性测试 组学技术
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磷酸化蛋白质组学在三阴性乳腺癌诊治研究中的进展 被引量:1
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作者 史云蔚 左涛 徐平 《生物工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期321-336,共16页
三阴性乳腺癌是乳腺癌中恶性程度最高的亚型,其治疗仍以化疗为主,但容易出现耐药,且患者预后较差。随着蛋白质组学技术的发展,磷酸化蛋白质组学研究取得了长足的进步,并在肿瘤发生发展机制和诊治研究中得到了广泛的应用。同样,磷酸化蛋... 三阴性乳腺癌是乳腺癌中恶性程度最高的亚型,其治疗仍以化疗为主,但容易出现耐药,且患者预后较差。随着蛋白质组学技术的发展,磷酸化蛋白质组学研究取得了长足的进步,并在肿瘤发生发展机制和诊治研究中得到了广泛的应用。同样,磷酸化蛋白质组学在三阴性乳腺癌的发生发展、靶向治疗和耐药机制研究等方面也发挥着重要作用。本文主要对目前磷酸化蛋白质组学在三阴性乳腺癌中的研究进展进行综述,旨在为基于磷酸化蛋白质组学的三阴性乳腺癌发生发展机制和诊治研究提供指导和帮助。 展开更多
关键词 蛋白质组学 磷酸化蛋白质组学 三阴性乳腺癌
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微量样本泛素化蛋白质组学研究前处理方法优化
4
作者 梁明秀 邢美宁 +3 位作者 黄东莹 梁石芳 应万涛 高晓霞 《海南医学院学报》 CAS 北大核心 2024年第17期1321-1326,共6页
目的:对影响泛素化肽段富集的因素进行系统评估,以提升基于串联质谱的蛋白质组学方法检测微量样本泛素化修饰位点的能力,增加泛素化修饰鉴定覆盖度,进而为微量临床样本的泛素组学研究提供参考方法。方法:本研究中运用100μg HeLa全蛋白... 目的:对影响泛素化肽段富集的因素进行系统评估,以提升基于串联质谱的蛋白质组学方法检测微量样本泛素化修饰位点的能力,增加泛素化修饰鉴定覆盖度,进而为微量临床样本的泛素组学研究提供参考方法。方法:本研究中运用100μg HeLa全蛋白酶解肽段系统评估了在泛素化富集过程中不同抗体用量(9.375μg、15.625μg、31.25μg)、不同富集体积(300μL、600μL、1000μL)中鉴定泛素化肽段和位点的能力,以及对比冻干前加入二甲亚砜能否提升泛素化肽段鉴定能力。结果:不同富集条件对泛素化肽段的富集和鉴定效率有所不同。在不同的抗体输入量的评估中,使用15.625μg抗体珠能使富集效率达到57%且获得较理想的泛素化肽和位点鉴定量;在不同体积的对比中,使用600μL富集缓冲液能使单针检测出的泛素化肽段和位点超过10000且两次重复实验泛素化位点的定量相关系数达到0.95;冻干前加入二甲亚砜提高了疏水肽段的鉴定能力,使泛素化位点增加4.59%。结论:通过系统优化,对于100μg肽段的富集推荐使用15.625μg抗体量以及600μL富集体积,在样本冻干前加入二甲亚砜可以有效增加疏水性肽段的鉴定。 展开更多
关键词 泛素化 富集 DMSO LC-MS/MS
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酪氨酸磷酸化蛋白质组学技术研究进展及其在生物医学研究中的应用 被引量:4
5
作者 李凯旋 徐锋 徐平 《生物工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第1期100-111,共12页
在酪氨酸磷酸化蛋白质组学的研究过程中,酪氨酸磷酸化位点的富集是最重要的一步。目前常用的富集方法是抗体亲和富集或SH2 superbinder富集。此外,通过质谱与生物信息学等技术,可实现大规模酪氨酸磷酸化位点的鉴定。对酪氨酸磷酸化蛋白... 在酪氨酸磷酸化蛋白质组学的研究过程中,酪氨酸磷酸化位点的富集是最重要的一步。目前常用的富集方法是抗体亲和富集或SH2 superbinder富集。此外,通过质谱与生物信息学等技术,可实现大规模酪氨酸磷酸化位点的鉴定。对酪氨酸磷酸化蛋白质组学进行深度覆盖研究,揭示癌症发生发展过程中失调的激酶,将有助于深入理解癌症的发生发展过程;且由于75%的致癌基因是酪氨酸激酶基因,酪氨酸激酶抑制剂作为抗癌药物受到了越来越多的关注。应用酪氨酸磷酸化蛋白质组学技术,可以鉴定与癌症等重大疾病相关的酪氨酸激酶,从而帮助找到酪氨酸激酶抑制剂。总之,酪氨酸磷酸化蛋白质组学技术可以在酪氨酸激酶鉴定、酪氨酸激酶抑制剂研究及酪氨酸磷酸化信号通路研究等生物医学领域中得到很好的应用。 展开更多
关键词 酪氨酸激酶 酪氨酸磷酸化 酪氨酸磷酸化肽段富集 精准医学
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糖基化修饰肽段富集材料与方法研究进展
6
作者 王爱超 赵丽娇 应万涛 《中国生物工程杂志》 北大核心 2025年第4期93-103,共11页
蛋白质糖基化是生物体内重要且异质性高的翻译后修饰之一,在细胞生长分化、信号传导和肿瘤免疫监视等生理和病理过程中发挥重要作用。异常的蛋白质糖基化与疾病的发生发展密切相关,许多糖蛋白可作为癌症早期诊断和预后监测的生物标志物... 蛋白质糖基化是生物体内重要且异质性高的翻译后修饰之一,在细胞生长分化、信号传导和肿瘤免疫监视等生理和病理过程中发挥重要作用。异常的蛋白质糖基化与疾病的发生发展密切相关,许多糖蛋白可作为癌症早期诊断和预后监测的生物标志物。基于质谱的糖蛋白质组学技术为全面分析蛋白质糖基化修饰提供了一种强有力的分析工具。在自下而上的糖蛋白质组学研究中,由于糖肽的相对丰度较低,往往需要进行糖肽的分离与富集。近年来,为了更加全面地解析蛋白质糖基化,研究人员根据不同富集机理发展了多种新材料与新方法,糖肽富集效率得到了显著提升,为糖蛋白质组学分析与发掘蛋白质糖基化相关疾病靶标和生物标志物提供了有力的技术支撑。对近年来糖肽富集方法的新进展进行整理和综述,并对其未来发展提出展望。 展开更多
关键词 蛋白质糖基化 糖蛋白 糖肽 分离富集
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胰蛋白酶镜像酶LysargiNase的开发及其在蛋白质组学研究中的应用 被引量:4
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作者 张俊令 彭雪辉 +1 位作者 王富强 徐平 《生物工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第5期741-748,共8页
蛋白质组学是系统鉴定、定量蛋白质及其翻译后修饰形式,并研究这些蛋白质生物学功能的学科。目前,基于质谱的鸟枪法蛋白质组学技术是蛋白质组学研究的主要手段之一,其技术流程是先将蛋白质组样品经位点特异性蛋白酶消化形成肽组,再进行... 蛋白质组学是系统鉴定、定量蛋白质及其翻译后修饰形式,并研究这些蛋白质生物学功能的学科。目前,基于质谱的鸟枪法蛋白质组学技术是蛋白质组学研究的主要手段之一,其技术流程是先将蛋白质组样品经位点特异性蛋白酶消化形成肽组,再进行高效液相色谱分离和质谱检测。而位点特异性蛋白酶对蛋白质样品的消化是质谱检测的前提和基础。随着蛋白质组学研究的深入,多种位点特异性蛋白酶被先后开发利用;而切割发生在相应氨基酸的N端,与传统的C端蛋白酶互为镜像的蛋白酶的鉴定、开发、特性研究和广泛使用更是为蛋白质组学研究提供了新的工具。文中对最近发现的胰蛋白酶的镜像酶——赖氨酸精氨酸N端蛋白酶(LysargiNase)的特点及其应用进行综述,为国内外学者更加广泛的使用创造条件。 展开更多
关键词 镜像酶 赖氨酸精氨酸N端蛋白酶 蛋白质组学 质谱
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定量蛋白质组学研究揭示知母可缓解2型糖尿病模型大鼠肝脏代谢异常 被引量:3
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作者 门丽影 张涛 +5 位作者 武舒佳 马百平 董悦生 常蕾 张瑶 徐平 《生物工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第10期3888-3900,共13页
2型糖尿病(type 2 diabetes mellitus,T2DM)是一种在全球范围内广泛存在的代谢性疾病,不及时治疗可能会引发众多危及生命的并发症。肝脏代谢在糖尿病发生发展的过程中扮演着至关重要的角色。目前已有报道中药知母用于缓解胰岛素抵抗及... 2型糖尿病(type 2 diabetes mellitus,T2DM)是一种在全球范围内广泛存在的代谢性疾病,不及时治疗可能会引发众多危及生命的并发症。肝脏代谢在糖尿病发生发展的过程中扮演着至关重要的角色。目前已有报道中药知母用于缓解胰岛素抵抗及糖尿病,但其能否缓解糖尿病中肝脏代谢的异常仍有待深入研究。因此,提取了高脂饮食和化学药物链脲佐菌素(streptozotocin,STZ)诱导的2型糖尿病大鼠模型、知母提取物处理的2型糖尿病大鼠模型、高脂饮食大鼠模型以及正常饮食大鼠对照组的肝脏蛋白,通过基于质谱的定量蛋白质组学串联质量标签(tandem mass tag,TMT)标记技术获得定量蛋白质组数据。利用生物信息学软件对各组数据进行层次聚类分析及主成分分析,并以P<0.05,差异倍数(fold change)>1.5作为阈值标准进行火山图分析,发现知母提取物治疗组相较未治疗组与正常对照组更接近,表明肝脏组织定量蛋白质组数据能够反映知母提取物对2型糖尿病大鼠模型的治疗效果。筛选获得了表达水平与知母提取物治疗密切相关的关键蛋白簇。利用在线网站分析蛋白簇的GO功能与KEGG通路,发现知母缓解2型糖尿病模型大鼠肝脏脂肪酸代谢异常可能与关键蛋白Ndufa6和Prkar2b的表达水平回调有关。 展开更多
关键词 2型糖尿病 肝脏 知母 定量蛋白质组学 脂肪酸代谢
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蛋白质组学大数据研究进展 被引量:2
9
作者 刘祎 朱云平 《生命科学》 CSCD 北大核心 2023年第12期1561-1569,共9页
随着研究问题的深入和技术的发展,蛋白质组学研究逐渐迈向大数据时代。数据规模的扩大可以为研究人员发现更稳定可靠的结论提供坚实的基础,但也对数据的存储和分析等环节提出了更多的挑战。本文首先介绍了蛋白质组学数据的特点,然后主... 随着研究问题的深入和技术的发展,蛋白质组学研究逐渐迈向大数据时代。数据规模的扩大可以为研究人员发现更稳定可靠的结论提供坚实的基础,但也对数据的存储和分析等环节提出了更多的挑战。本文首先介绍了蛋白质组学数据的特点,然后主要从蛋白质组学大数据相关的数据库和分析方法两方面总结目前的研究进展,最后对该领域存在的挑战和机遇进行展望。 展开更多
关键词 蛋白质组学 大数据 数据库 算法 软件
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糖基化蛋白质组学:结构、功能和研究方法 被引量:13
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作者 张勇 沈丙权 +2 位作者 秦伟捷 钱小红 应万涛 《生命科学》 CSCD 北大核心 2018年第4期480-490,共11页
蛋白质糖基化修饰结构多样、分布广泛,以N-糖基化、O-Gal NAc糖基化和O-Glc NAc糖基化等不同修饰形式存在。糖修饰以各种方式广泛参与基本生物学过程,包括基因转录、蛋白质翻译、信号转导、细胞-细胞间以及宿主-病原体相互作用等。糖基... 蛋白质糖基化修饰结构多样、分布广泛,以N-糖基化、O-Gal NAc糖基化和O-Glc NAc糖基化等不同修饰形式存在。糖修饰以各种方式广泛参与基本生物学过程,包括基因转录、蛋白质翻译、信号转导、细胞-细胞间以及宿主-病原体相互作用等。糖基化修饰的异常变化与多种重要疾病的发生发展相关,包括免疫性疾病、肿瘤、先天性糖缺陷等。该文系统展示几种常见糖修饰的结构、参与的生理病理过程,以及最新的研究方法,尤其是糖修饰蛋白质或肽段的特异性富集方法和基于质谱的序列分析方法进展,以期丰富糖修饰蛋白质的研究手段,为糖蛋白质功能机制研究、疾病治疗靶标或候选标志物的发现提供新视角。 展开更多
关键词 糖基化修饰 亲和富集 质谱 肿瘤
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人肝细胞脂筏区蛋白质组学研究揭示肝活素新机制
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作者 乔倩 刘贤 +4 位作者 陈慧 翟华立 葛志强 杨晓明 于淼 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第9期1071-1079,共9页
肝活素(hepassocin, HPS)是一种重要的肝细胞活性因子,主要表达于肝组织,少量表达于胰腺。目前研究表明,肝活素通过非受体酪氨酸激酶(Src proto-oncogene, non-receptor tyrosine kinase, Src)/表皮生长因子受体(epithelial growth fact... 肝活素(hepassocin, HPS)是一种重要的肝细胞活性因子,主要表达于肝组织,少量表达于胰腺。目前研究表明,肝活素通过非受体酪氨酸激酶(Src proto-oncogene, non-receptor tyrosine kinase, Src)/表皮生长因子受体(epithelial growth factor receptor, EGFR)/细胞外调节蛋白激酶(extracellular regulated protein kinases, ERK)途径诱导L02细胞增殖,小窝蛋白1(caveolin 1, CAV1)在肝活素刺激下调节L02细胞G1/S期细胞周期行进。但肝活素诱导细胞增殖的分子机制仍不明确。Src、EGFR和CAV1均定位在脂筏中。因此推测,肝活素可能通过脂筏发挥作用。本研究首先验证了一种快速有效的分离脂筏区蛋白质提取方法。基于此方法提取脂筏区蛋白质,以磷酸酪氨酸单克隆抗体(p-Tyr)进行免疫共沉淀分析,通过对人肝细胞脂筏区蛋白质组学研究和分析后,聚焦于信号传导与转录活化因子3(signal transducers and activators of transcription 3, STAT3)通路。Western印迹和间接免疫荧光结果表明,肝活素刺激可显著活化STAT3通路,促进STAT3入核,上调其下游靶基因MYD88天然免疫信号转导适配器(innate immune signal transduction adaptor, MYD88),蛋白酶体20亚基β8(proteasome 20S subunit beta 8, PSMB8), TRIM21 (tripartite motif containing 21)和内质网氨基肽酶1(endoplasmic reticulum aminopeptidase 1, ERAP1)(^****P<0.0001,^***P<0.001,^**P<0.01,^*P<0.05)的表达。分别抑制p-EGFR和Src后,肝活素对STAT3的活化作用消失。阻断STAT3通路明显抑制肝活素的促肝细胞增殖功能(^P<0.05)。综上所述,肝活素刺激可活化STAT3通路。本研究为肝活素的功能和作用机制提供新的线索。 展开更多
关键词 肝活素 脂筏 信号传导与转录活化因子3通路
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基于SH2超亲体的微量样品酪氨酸磷酸化蛋白质组学技术研究进展及应用 被引量:5
12
作者 门丽影 徐锋 徐平 《生物工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第7期2334-2341,共8页
酪氨酸磷酸化是生物体内一种重要的蛋白质磷酸化修饰类型,参与细胞信号转导、细胞迁移、凋亡等众多的生命活动过程。在磷酸化蛋白质组学研究中,由于酪氨酸磷酸化蛋白丰度低且有时起始样品量有限,传统的磷酸化蛋白质组富集方法用于酪氨... 酪氨酸磷酸化是生物体内一种重要的蛋白质磷酸化修饰类型,参与细胞信号转导、细胞迁移、凋亡等众多的生命活动过程。在磷酸化蛋白质组学研究中,由于酪氨酸磷酸化蛋白丰度低且有时起始样品量有限,传统的磷酸化蛋白质组富集方法用于酪氨酸磷酸化肽富集效率较低。微量样品的制备技术以及SH2超亲体的引入正在改变酪氨酸磷酸化蛋白质组研究的现状,现对此进行综述。 展开更多
关键词 酪氨酸磷酸化 SH2超亲体 微量样品 膜蛋白 富集技术
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外泌体蛋白质组学在肝癌发生发展和治疗研究中的应用进展 被引量:4
13
作者 赵丽萍 徐锋 +1 位作者 张亚莉 徐平 《生物工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第10期1992-2000,共9页
肝细胞癌(Hepatocellular carcinoma,HCC)是最常见的五大恶性肿瘤之一。据世界卫生组织(World health organization,WHO)最新统计,肝癌发病率位居全球第八,死亡率位居全球第三,严重影响人们的生命健康。外泌体(Exosomes)是磷脂双分子层... 肝细胞癌(Hepatocellular carcinoma,HCC)是最常见的五大恶性肿瘤之一。据世界卫生组织(World health organization,WHO)最新统计,肝癌发病率位居全球第八,死亡率位居全球第三,严重影响人们的生命健康。外泌体(Exosomes)是磷脂双分子层包被的细胞外囊泡,携带来自母细胞的蛋白质、核酸等活性物质,可实现细胞间的物质交换和信息交流,参与协调体内的生理病理过程。近年来外泌体与肝癌相关性的研究引起了广泛关注,大量研究表明外泌体蛋白在肝癌的发生发展、诊断治疗和预后方面发挥至关重要的作用。现就外泌体的组成与功能、外泌体蛋白在肝癌的作用进行简要综述。 展开更多
关键词 肝癌 外泌体蛋白 蛋白质组学 分子标志物 诊断 治疗
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人体特征的头发代谢组学及蛋白质组学研究进展 被引量:4
14
作者 吴晓淋 徐平 +1 位作者 张亚莉 张振鹏 《生物工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第10期3638-3647,共10页
人类头发是以角蛋白和角蛋白相关蛋白为主要成分的天然纤维,是一种可表征一定时间内机体状态的良好生物学样本。头发易采集、低成本、易于运输和存储等优点使其在毒品、酒精及兴奋剂等的检测中具有独特优势。蛋白质组学是一种在整体水... 人类头发是以角蛋白和角蛋白相关蛋白为主要成分的天然纤维,是一种可表征一定时间内机体状态的良好生物学样本。头发易采集、低成本、易于运输和存储等优点使其在毒品、酒精及兴奋剂等的检测中具有独特优势。蛋白质组学是一种在整体水平上研究蛋白表达和调控的新兴技术,在生命科学领域应用广泛。蛋白质组学技术可用于不同人群头发蛋白组成及动态变化研究,在寻找疾病标志物、区分个人特质等方面具有巨大潜力。本文从头发的结构及组成、心理压力下头发的变化以及头发蛋白质组学分析技术的研究进展进行了全面综述,对理解头发蛋白质组学表征人体特征以及指导相关研究具有重要意义。 展开更多
关键词 头发 蛋白质组学 代谢组学 角蛋白 压力表征
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重组抗RANKL人源化单克隆抗体在食蟹猴体内的药动学研究
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作者 王梦佳 董立厚 +2 位作者 欧伦 王变珍 葛志强 《中国药学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2021年第5期399-405,共7页
目的建立并验证自主开发的酶联免疫吸附分析法(ELISA),检测食蟹猴血清中重组抗核因子κB受体活化因子配体(RANKL)人源化单克隆抗体(受试品,T)的浓度,以研究受试品在食蟹猴体内的药动学(PK)特征,为受试品潜在的生物类似药药效和毒理研究... 目的建立并验证自主开发的酶联免疫吸附分析法(ELISA),检测食蟹猴血清中重组抗核因子κB受体活化因子配体(RANKL)人源化单克隆抗体(受试品,T)的浓度,以研究受试品在食蟹猴体内的药动学(PK)特征,为受试品潜在的生物类似药药效和毒理研究,以及临床给药方案的设计和优化提供依据。方法选取健康食蟹猴32只,分为4组,分别为0.5、3、18 mg·kg^(-1)皮下注射给药组和3 mg·kg^(-1)静脉注射给药组,对采集样品中的受试品浓度采用验证的ELISA进行检测,检测的血药浓度导入WinNonLin^(■)v6.4(Pharsight公司)对药动学参数进行计算。结果自主建立的ELISA法定量范围为31.3~2000 ng·mL^(-1),批内、批间精密度和准确度在3.3%~11.6%和-14.4%~14.8%内,该方法符合法规要求的准确度、精密度、特异性、灵敏度、稀释线性、钩状效应、选择性、平行性和稳定性。食蟹猴皮下注射0.5、3、18 mg·kg^(-1)和静脉注射3 mg·kg^(-1)受试品后,分别于24~72、10~72、24~168和0.0833~4 h达峰;达峰浓度(ρ_(max))分别为(7.57±0.872)、(37.9±6.72)、(250±35.5)和(87.2±13.8)μg·mL^(-1);暴露水平(AUC0-t)分别为(1630±496)、(8810±3800)、(94700±34900)和(12000±4370)μg·h·mL^(-1);皮下注射3 mg·kg^(-1)受试品的绝对生物利用度为73.4%。结论自主建立的ELISA法,可用于支持受试品的药动学研究;药动学研究结果表明,食蟹猴皮下注射0.5~18 mg·kg^(-1)受试品后,在给药剂量范围内呈线性药动学特征。 展开更多
关键词 核因子κB受体活化因子配体(RANKL) 抗RANKL单克隆抗体 食蟹猴 药动学 酶联免疫吸附分析
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泛素化修饰组学技术及其在疾病研究中的应用
16
作者 董继林 李衍常 徐平 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第3期320-331,共12页
泛素化修饰作为真核细胞内主要的蛋白质翻译后修饰之一,通过泛素-蛋白酶体系统(UPS)介导了细胞内的蛋白质特异性降解,同时广泛参与并调控细胞内基因转录、信号传导、DNA损伤与修复、细胞周期调控、应激反应甚至个体的免疫应答等几乎所... 泛素化修饰作为真核细胞内主要的蛋白质翻译后修饰之一,通过泛素-蛋白酶体系统(UPS)介导了细胞内的蛋白质特异性降解,同时广泛参与并调控细胞内基因转录、信号传导、DNA损伤与修复、细胞周期调控、应激反应甚至个体的免疫应答等几乎所有的生命活动过程。泛素-蛋白酶体系统的精确调控构成了稳定而复杂的泛素化信号网络,而其失调通常会造成癌症、神经退行性疾病、代谢性疾病等多种疾病的发生发展。近年来,基于质谱(MS)的蛋白质组学逐渐成熟,并极大促进了泛素化修饰研究的深度与广度。依托于泛素化蛋白质/肽段富集技术的发展以及高通量、高覆盖度和高灵敏度的质谱检测技术平台,蛋白质泛素化修饰组学也得以快速发展,并逐渐应用于人类生理、病理状态的泛素化蛋白质组研究和疾病发生发展的机制探索。本文主要综述了泛素化修饰组学研究中的泛素化蛋白质/肽段富集方法、质谱鉴定技术、定量标记技术和数据处理方法,同时对泛素化修饰组学技术在疾病研究中的应用也进行了系统分析,理清了当前存在的问题与挑战,为泛素化修饰蛋白质的发现与鉴定提供参考,为相关疾病治疗靶点的筛选和药物研发提供思路。 展开更多
关键词 泛素化 泛素化修饰组学 泛素化蛋白质/肽段富集 质谱鉴定技术 疾病
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基于蛋白质基因组学发现的新编码序列在疾病中的研究进展
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作者 蒙书红 张瑶 徐平 《生命科学》 CSCD 北大核心 2021年第2期223-230,共8页
非编码序列在不同物种全基因组中占了很大的比例,在人类基因组中高达98%以上。近年来,越来越多的研究发现,新编码序列不仅参与调控发育、分化、增殖与凋亡等生命活动,而且在疾病的发生发展等过程中也扮演了重要的角色。现对基于蛋白质... 非编码序列在不同物种全基因组中占了很大的比例,在人类基因组中高达98%以上。近年来,越来越多的研究发现,新编码序列不仅参与调控发育、分化、增殖与凋亡等生命活动,而且在疾病的发生发展等过程中也扮演了重要的角色。现对基于蛋白质基因组学发现的新编码序列在疾病中的鉴定及应用进行综述,有望为疾病预测、分型、诊断、治疗、疗效判断及预后的新型生物标志物和潜在治疗靶点研究提供丰富源泉。 展开更多
关键词 非编码序列 蛋白质基因组学 新编码序列 疾病
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组蛋白修饰在卵母细胞发育中功能和调控机制的研究进展 被引量:1
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作者 刘琳琳 杜鸿斌 +4 位作者 孙梦莹 丁悦 鞠吉雨 赵春玲 田春艳 《生命科学》 CSCD 北大核心 2021年第6期709-717,共9页
组蛋白修饰作为表观遗传调控网络的重要组成部分,其主要的修饰类型包括乙酰化、甲基化、磷酸化等,在卵母细胞减数分裂过程中呈现动态变化。在卵母细胞发育过程中,表观遗传调控因子涉及的乙酰化、甲基化维持、磷酸化和组蛋白置换调控着... 组蛋白修饰作为表观遗传调控网络的重要组成部分,其主要的修饰类型包括乙酰化、甲基化、磷酸化等,在卵母细胞减数分裂过程中呈现动态变化。在卵母细胞发育过程中,表观遗传调控因子涉及的乙酰化、甲基化维持、磷酸化和组蛋白置换调控着卵母细胞减数分裂过程中基因的表达、纺锤体的组装、染色体的排列和基因组的稳定性,确保了卵母细胞减数分裂的正常进行和卵母细胞的正常发育。该文对卵母细胞发育过程中组蛋白修饰的变化、功能和调控机制的研究进展进行综述。 展开更多
关键词 卵母细胞 减数分裂 表观遗传调控 组蛋白修饰
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基于质谱的蛋白质生物标志物发现中的特征选择与机器学习方法研究进展 被引量:5
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作者 徐开琨 韩明飞 +2 位作者 黄传玺 常乘 朱云平 《生物工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第9期1619-1632,共14页
随着质谱技术的进步以及生物信息学与统计学算法的发展,以疾病研究为主要目的之一的人类蛋白质组计划正快速推进。蛋白质生物标志物在疾病早期诊断和临床治疗等方面有着非常重要的意义,其发现策略和方法的研究已成为一个重要的热点领域... 随着质谱技术的进步以及生物信息学与统计学算法的发展,以疾病研究为主要目的之一的人类蛋白质组计划正快速推进。蛋白质生物标志物在疾病早期诊断和临床治疗等方面有着非常重要的意义,其发现策略和方法的研究已成为一个重要的热点领域。特征选择与机器学习对于解决蛋白质组数据'高维度'及'稀疏性'问题有较好的效果,因而逐渐被广泛地应用于发现蛋白质生物标志物的研究中。文中主要阐述蛋白质生物标志物的发现策略以及其中特征选择与机器学习方法的原理、应用实例和适用范围,并讨论深度学习方法在本领域的应用前景及局限性,以期为相关研究提供参考。 展开更多
关键词 质谱 蛋白质组学 生物标志物 机器学习 特征选择 深度学习
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神经网络自编码器算法在癌症信息学研究中的应用 被引量:1
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作者 李晓 马洁 +1 位作者 贺福初 朱云平 《生物工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第7期2393-2404,共12页
癌症已经被广泛认为是高度异质性的疾病,癌症的早期诊断、分型和预后已成为癌症研究的关注重点。在大数据时代,对海量癌症生物医学数据进行高效的数据挖掘是生物信息学面临的重要挑战。自编码器(Autoencoder)作为神经网络的一种典型模型... 癌症已经被广泛认为是高度异质性的疾病,癌症的早期诊断、分型和预后已成为癌症研究的关注重点。在大数据时代,对海量癌症生物医学数据进行高效的数据挖掘是生物信息学面临的重要挑战。自编码器(Autoencoder)作为神经网络的一种典型模型,能够通过无监督的方式高效地学习输入数据的特征,进而对生物数据进行整合与挖掘。文中首先介绍了自编码器模型结构并阐述其工作流程,之后结合多种类型的生物医学数据总结自编码器在癌症信息学研究领域的进展,并展望其发展趋势及应用方向。 展开更多
关键词 自编码器 癌症 神经网络 特征提取
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