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题名辣椒炭疽zf-C2H2基因家族的生物信息学分析
被引量：3
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作者
项孙寰
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机构
湖南农业大学植物保护学院
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出处
《农业技术与装备》
2020年第7期61-64,67,共5页
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文摘
C2H2型锌指(zinc finger, zf)蛋白具有识别与结合特异性DNA片段等功能,参与基因表达的调控。编码zf-C2H2蛋白的基因以基因家族的形式存在。本研究通过比对已开发的辣椒炭疽基因组数据查找到19个zf-C2H2基因家族成员,对其理化性质、亚细胞定位、系统进化、蛋白质的二级结构、蛋白质的三级结构、保守基序进行分析。通过理化性质分析,发现辣椒炭疽zf-C2H2蛋白多为碱性蛋白,氨基酸数目在386-985aa,蛋白质等电点在6.05-10.04,分子量在42002.8-109661.9KD,亚细胞定位表明zf-C2H2蛋白全部定位于细胞核中。根据系统进化关系可分为7个亚族,第4亚族和第7亚族基因的数量为2,其余的为3。通过对辣椒炭疽zf-C2H2蛋白的二级和三级结构分析,发现zf-C2H2蛋白主要以无规卷曲为主,各个成员的二级结构组成的排列顺序为无规卷曲>α-螺旋>延伸链>β-折叠。根据保守基序分析,发现辣椒炭疽zf-C2H2蛋白的序列共含有8个保守基序,其中motif1在19条序列中都存在。研究结果为后续辣椒炭疽zf-C2H2蛋白的深入分析提供一定的科学依据。
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关键词
辣椒炭疽
基因家族
zf-c2h2
生物信息学分析
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Keywords
Colletotrichum gloeosporioides
gene family
zf-c2h2
bioinformatics analysis
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分类号
S641.3
[农业科学—蔬菜学]
S435.621.22
[农业科学—农业昆虫与害虫防治]
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