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基于分子对接技术筛选抗新型冠状病毒的中药活性成分 被引量:5
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作者 宋新强 张玉 +3 位作者 代二琴 余亚军 王磊 杜宏涛 《信阳师范学院学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2020年第2期210-219,共10页
运用ADME/T预测进行首轮筛选中药数据库TCMSP(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform)中的化学成分,然后分别以(刺突糖蛋白,Spike glycoprotein,简称S蛋白)和ACE2蛋白(血管紧张素转化酶2,A... 运用ADME/T预测进行首轮筛选中药数据库TCMSP(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform)中的化学成分,然后分别以(刺突糖蛋白,Spike glycoprotein,简称S蛋白)和ACE2蛋白(血管紧张素转化酶2,Angiotensin Converting Enzyme 2,ACE2)为靶点,采用YASARA和AutoDock VINA进行第二轮虚拟筛选,最后基于靶点与药物相互作用位点对候选药物分子进行相互作用分析.从TCMSP数据库中筛选出425个候选中药成分,以S蛋白为靶点,筛选出中药成分有12个,包含在青蒿、丹参、黄芩、半夏、甘草、柴胡等;以ACE2为靶点,筛选出中药成分有77个,包含在丹参、甘草、黄芩、麻黄、杏仁、柴胡等,并最终找到潜在的抑制剂分子鼠尾草酚酮和二氢丹参内酯. 展开更多
关键词 分子对接 新型冠状病毒 虚拟筛选 S蛋白 ACE2蛋白 中药
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基于梯度下降的脉冲神经元精确序列学习算法 被引量:2
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作者 杨静 赵欣 +1 位作者 徐彦 姜赢 《计算机工程与应用》 CSCD 北大核心 2018年第23期14-22,共9页
基于梯度下降的脉冲神经元有监督学习算法通过计算梯度最小化目标序列和实际输出序列间的误差使得神经元能激发出目标脉冲序列。然而该算法中的误差函数是基于实际输出脉冲序列和相对应的目标输出脉冲序列动态构建而成,导致算法在收敛... 基于梯度下降的脉冲神经元有监督学习算法通过计算梯度最小化目标序列和实际输出序列间的误差使得神经元能激发出目标脉冲序列。然而该算法中的误差函数是基于实际输出脉冲序列和相对应的目标输出脉冲序列动态构建而成,导致算法在收敛时可能出现实际输出序列的个数和期望输出个数不相等的情况。针对这一缺陷提出了一种改进的脉冲神经元梯度下降学习算法,算法在学习过程中检测目标序列脉冲个数和实际激发脉冲个数,并引入虚拟实际激发脉冲和期望激发脉冲构建误差函数以分别解决激发个数不足和激发个数多余的问题。实验结果证明该算法能有效地防止学习算法在输出脉冲个数不等的情况下提前结束,使得神经元能够精确地激发出目标脉冲序列。 展开更多
关键词 脉冲神经元 脉冲序列 精确学习 梯度下降 虚拟脉冲
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基于网络药理学及分子对接虚拟筛选疏风解毒胶囊治疗新冠病毒肺炎(COVID-19)活性成分研究 被引量:10
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作者 谢平 王晨情 +2 位作者 叶雅惠 沈金海 郝春莉 《药学研究》 CAS 2021年第9期590-597,604,共9页
目的筛选疏风解毒胶囊(SJC)治疗COVID-19的潜在活性成分。方法借助TCMSP、TCMID数据库检索SJC中活性成分及靶点,在GeneCards、OMIM数据库中收集COVID-19相关靶点,通过Cytoscape 3.8.0软件和STRING数据库建立“药材-活性成分-靶点”网络... 目的筛选疏风解毒胶囊(SJC)治疗COVID-19的潜在活性成分。方法借助TCMSP、TCMID数据库检索SJC中活性成分及靶点,在GeneCards、OMIM数据库中收集COVID-19相关靶点,通过Cytoscape 3.8.0软件和STRING数据库建立“药材-活性成分-靶点”网络,绘制靶标蛋白互作(PPI)网络,使用R语言对核心靶点进行GO功能富集分析及KEGG通路富集分析,运用Cytoscape 3.8.0软件建立“成分-靶点-共有通路”网络,预测其作用机制,将活性成分作为配体与新型冠状病毒(SARS-CoV-2)3CL水解酶、刺突糖蛋白(S蛋白)及受体血管紧张素转换酶Ⅱ(ACE2)进行分子对接。结果“药材-活性成分-靶点”网络包含8种药材,179个化合物和143个靶点,PPI网络得到疏风解毒胶囊治疗COVID-19的49个关键靶标蛋白;GO功能富集分析取得1330个条目(P<0.05),KEGG通路富集筛选得到142条信号通路(P<0.05),其中涉及人类巨细胞病毒感染,卡波西肉瘤相关疱疹病毒感染,白介素-17(IL-17)信号通路,肿瘤坏死因子(TNF)信号通路,辅助性T细胞17(Th17细胞)细胞分化和缺氧诱导因子1(HIF-1)信号通路等。荷包牡丹碱、新黄烷酮和青黛酮符合Lipinski类药五规则且结合能远小于目前所报道具有抗SARS-CoV-2的临床用药。结论SJC“多成分-多靶点-多通路”协同作用,影响与SARS-CoV-23CL水解酶、S蛋白和ACE2的结合,实现对COVID-19的治疗作用。 展开更多
关键词 网络药理学 分子对接 虚拟筛选 疏风解毒胶囊 新型冠状病毒肺炎 刺突糖蛋白
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