近年来,随着新一代测序技术的发展,大量具有独特功能的非编码RNA及其生物学功能逐渐被证实,包括microRNA(miRNA)[1]、piwi相互作用RNA(piRNA)[2]、长链非编码RNA(lncRNA)[3]和环状RNA(circRNA)[4]等。其中,转运RNA衍生的小RNA(transfer ...近年来,随着新一代测序技术的发展,大量具有独特功能的非编码RNA及其生物学功能逐渐被证实,包括microRNA(miRNA)[1]、piwi相互作用RNA(piRNA)[2]、长链非编码RNA(lncRNA)[3]和环状RNA(circRNA)[4]等。其中,转运RNA衍生的小RNA(transfer RNA-derived small RNA,tsRNAs),一种由tRNA前体(pre-tRNA)或成熟tRNAs被特异性核酸酶切割而成的新型非编码小RNA,被证实广泛存在于原核和真核生物转录组中。展开更多
tRNA-derived small RNAs(tsRNAs),as a class of regulatory small noncoding RNA,have been implicated in a wide variety of human diseases.Large amounts of tsRNA–disease associations have been identified in recent years f...tRNA-derived small RNAs(tsRNAs),as a class of regulatory small noncoding RNA,have been implicated in a wide variety of human diseases.Large amounts of tsRNA–disease associations have been identified in recent years from accumulating studies.However,repositories for cataloging the detailed information on tsRNA–disease associations are scarce.In this study,we provide a tsRNADisease database by integrating experimentally and computationally supported tsRNA–disease associations from manual curation of literatures and other related resources.tsRNADisease contains 5571 manually curated associations between 4759 tsRNAs and 166 diseases with experimental evidence from 346 studies.In addition,it also contains 5013 predicted associations between 1297 tsRNAs and 111 diseases.tsRNADisease provides a user-friendly interface to browse,retrieve,and download data conveniently.This database can improve our understanding of tsRNA deregulation in diseases and serve as a valuable resource for investigating the mechanism of disease-related tsRNAs.tsRNADisease is freely available at http://www.compgenelab.info/tsRNADisease.展开更多
转运RNA衍生的小RNA(tRNA-derived small RNA,tsRNA)是由前体或成熟tRNA经特异性核酸内切酶切割产生的非编码小RNA,具有多种生物学功能。在妇科疾病领域,tsRNA被证实在卵巢癌、子宫内膜癌、子宫内膜异位症等疾病中差异表达,并与疾病的...转运RNA衍生的小RNA(tRNA-derived small RNA,tsRNA)是由前体或成熟tRNA经特异性核酸内切酶切割产生的非编码小RNA,具有多种生物学功能。在妇科疾病领域,tsRNA被证实在卵巢癌、子宫内膜癌、子宫内膜异位症等疾病中差异表达,并与疾病的发生、发展及预后密切相关。文章通过总结tsRNA在妇科疾病中的研究进展,旨在为其机制研究、早期诊断和精准治疗提供新思路。展开更多
转运RNA(transfer RNA,tRNA)衍生的小RNA(tRNA-derived small RNA,tsRNA)是一类新近发现的重要的非编码RNA分子。最近的研究表明,tsRNA在胃癌、结直肠癌等胃肠道肿瘤中表达水平发生显著变化。这种疾病相关的表达特征,使tsRNA有望成为这...转运RNA(transfer RNA,tRNA)衍生的小RNA(tRNA-derived small RNA,tsRNA)是一类新近发现的重要的非编码RNA分子。最近的研究表明,tsRNA在胃癌、结直肠癌等胃肠道肿瘤中表达水平发生显著变化。这种疾病相关的表达特征,使tsRNA有望成为这些疾病诊断和治疗的新型生物标志物。本文综述了tsRNA的来源、分类及其生物学功能,同时探讨tsRNA在胃癌、结直肠癌中的表达变化特点,为这些疾病的诊断和治疗提供了新思路。展开更多
目的:分析tsRNA-Arg-5-0022在口腔癌中的异常表达,对口腔癌细胞恶性增殖的影响及其潜在的分子机制。方法:通过tsRFun数据库分析头颈部鳞状细胞癌中差异表达的tsRNAs,并通过RT-PCR在口腔癌组织中进行验证;CCK8和克隆形成实验检测tsRNA-Ar...目的:分析tsRNA-Arg-5-0022在口腔癌中的异常表达,对口腔癌细胞恶性增殖的影响及其潜在的分子机制。方法:通过tsRFun数据库分析头颈部鳞状细胞癌中差异表达的tsRNAs,并通过RT-PCR在口腔癌组织中进行验证;CCK8和克隆形成实验检测tsRNA-Arg-5-0022对口腔癌细胞增殖能力的影响;OncotRF网站预测tsRNA-Arg-5-0022下游靶基因及潜在的结合位点;Western Blot检测tsRNA-Arg-5-0022对口腔癌细胞中DNA结合抑制因子4(inhibitor of DNA binding 4,ID4)表达水平的影响;双荧光素酶报告基因实验检测tsRNA-Arg-5-0022与ID4的3'UTR区的结合能力;UALCAN数据库分析ID4在头颈鳞癌中的表达水平,并通过RT-PCR在口腔癌组织中进行验证,分析其与tsRNA-Arg-5-0022表达水平的相关性;CCK8和克隆形成实验检测tsRNA-Arg-5-0022通过靶向抑制ID4对口腔癌细胞增殖能力的影响。结果:tsRFun数据库分析结果显示tsRNA-Arg-5-0022在头颈鳞癌中显著上调(P<0.05);RT-PCR结果显示tsRNA-Arg-5-0022在口腔癌中显著上调(P<0.05);tsRNA-Arg-5-0022抑制物能够显著抑制tsRNA-Arg-5-0022表达(P<0.05);tsRNA-Arg-5-0022抑制物能够显著抑制口腔癌细胞的增殖能力;OncotRF网站预测结果显示tsRNA-Arg-5-0022与ID4的3'UTR区存在结合位点;Western Blot检测结果显示tsRNA-Arg-5-0022抑制物能够显著升高口腔癌细胞中ID4表达水平(P<0.05);双荧光素酶报告基因检测结果显示,tsRNA-Arg-5-0022能够与ID4的3'UTR区结合;UALCAN数据库分析结果显示ID4在头颈鳞癌中表达水平下调(P<0.05);RT-PCR结果显示ID4在口腔癌中表达水平下调,且与tsRNA-Arg-5-0022表达水平呈负相关关系;CCK8和克隆形成实验结果显示tsRNA-Arg-5-0022能够通过靶向抑制ID4促进口腔癌细胞增殖。结论:tsRNA-Arg-5-0022在口腔癌中高表达,能够通过直接靶向ID4促进口腔癌细胞恶性增殖,是口腔癌潜在的分子标志物。展开更多
为了解拟南芥中Dicer-like蛋白对tRNA衍生的小RNA(tRNA-derived small RNAs,tsRNAs)的产生有何影响,对拟南芥野生型和不同Dicer-like(DCL)基因突变体进行tRNA-seq测序,并分析tsRNA和tRNA的表达量.结果显示,DCL4基因突变后tsRNA的表达量...为了解拟南芥中Dicer-like蛋白对tRNA衍生的小RNA(tRNA-derived small RNAs,tsRNAs)的产生有何影响,对拟南芥野生型和不同Dicer-like(DCL)基因突变体进行tRNA-seq测序,并分析tsRNA和tRNA的表达量.结果显示,DCL4基因突变后tsRNA的表达量明显降低,说明DCL4可能参与tsRNA的产生.拟南芥tRC1位点(Chr1:21268000-21310000)具有大量串联分布的tRNA序列,通过对RNA介导的甲基化(RdDM)途径相关基因CLSY1突变体中tRC1位点的24 nt siRNA和tsRNA进行分析,推断tRC1位点的tsRNA受RdDM途径负调控.综上,本研究鉴定到DCL4在tsRNA生成中的潜在作用,部分tsRNA的生成与RdDM途径有关.展开更多
目的分析近10年转运RNA源性小分子RNA(tsRNA)国内外研究热点及趋势。方法以2014年1月1日至2024年12月31日为时间段,tsRNA为关键词检索知网、万方、维普数据库及Web of Science数据库,采用CiteSpace及VOSviver软件进行可视化分析。结果ts...目的分析近10年转运RNA源性小分子RNA(tsRNA)国内外研究热点及趋势。方法以2014年1月1日至2024年12月31日为时间段,tsRNA为关键词检索知网、万方、维普数据库及Web of Science数据库,采用CiteSpace及VOSviver软件进行可视化分析。结果tsRNA发文量整体呈递增趋势,大部分文章都有基金资助,发文所属机构为中文75个,英文136个,中英文发文量最多的作者是张云芳和Chen Qi,最多的国家是中国,发文作者间存在合作关系,关键词热度最高的是精子、细胞增殖(cell proliferation)等。结论国内外对tsRNA的研究仍处于初步探索阶段,具体生物学机制和不同疾病中的作用仍需要进一步深入探究,未来的研究趋势可能是tsRNA在细胞组织间调控的生物学功能及疾病预后和治疗关系等方面。展开更多
目的探讨肝细胞内质网应激相关的tRNA衍生性小RNA(tRNA derived small RNA,tsRNA)表达谱及其功能特征。方法将AML12细胞随机分为对照组和高脂组,采用棕榈酸刺激高脂组,建立肝细胞内质网应激模型。以RT-qPCR和Western blot法检测内质网...目的探讨肝细胞内质网应激相关的tRNA衍生性小RNA(tRNA derived small RNA,tsRNA)表达谱及其功能特征。方法将AML12细胞随机分为对照组和高脂组,采用棕榈酸刺激高脂组,建立肝细胞内质网应激模型。以RT-qPCR和Western blot法检测内质网应激标志蛋白GRP78和CHOP的表达,油红O染色法观察脂滴生成情况。通过高通量测序技术检测tsRNA表达谱并筛选出差异基因。利用生物信息学分析预测差异tsRNA的靶基因,并通过GO分析和KEGG分析研究差异tsRNA的潜在功能。结果与对照组比较,棕榈酸干预导致高脂组GRP78和CHOP表达在mRNA及蛋白水平均显著升高(P<0.05),脂肪变性显著加重。tsRNA测序得到38条差异tsRNA(倍数变化>2,P<0.05)。GO分析显示,差异tsRNA的靶基因主要调控类黄酮代谢、葡萄糖醛酸代谢和岩藻糖基化等功能。KEGG分析显示,差异tsRNA的靶基因在戊糖和葡萄糖醛酸酯的相互转化、淀粉和蔗糖代谢、cAMP及Rap1等肝细胞代谢相关的信号通路中高度富集。结论内质网应激可显著改变肝细胞的tsRNA表达谱,其功能可能与调控肝脏糖代谢及生物转化作用有关。展开更多
Transfer RNA-derived small RNAs(tsRNAs),a class of non-coding RNAs derived from precursor or mature tRNAs,are now recognized as critical regulators in response to cellular stress.tsRNAs exhibit differential expression...Transfer RNA-derived small RNAs(tsRNAs),a class of non-coding RNAs derived from precursor or mature tRNAs,are now recognized as critical regulators in response to cellular stress.tsRNAs exhibit differential expression during brain aging and in age-related neurodegenerative disorders such as Alzheimer’s disease(AD),suggesting their involvement in the molecular processes underlying neuronal aging and degeneration.This article summarizes recent advances in our understanding of tsRNA biogenesis,classification,and function,emphasizing their regulatory role in brain aging and AD pathology.We also highlight the diagnostic and therapeutic implications of tsRNAs and discuss future directions for exploring their mechanistic and clinical relevance.展开更多
文摘近年来,随着新一代测序技术的发展,大量具有独特功能的非编码RNA及其生物学功能逐渐被证实,包括microRNA(miRNA)[1]、piwi相互作用RNA(piRNA)[2]、长链非编码RNA(lncRNA)[3]和环状RNA(circRNA)[4]等。其中,转运RNA衍生的小RNA(transfer RNA-derived small RNA,tsRNAs),一种由tRNA前体(pre-tRNA)或成熟tRNAs被特异性核酸酶切割而成的新型非编码小RNA,被证实广泛存在于原核和真核生物转录组中。
基金supported by the National Natural Science Foundation of China(91959106)the Foundation of the Shanghai Municipal Education Commission(24RGZNC02)+4 种基金Shanghai Key Laboratory of Intelligent Information Processing,Fudan University(IIPL-2025-RD3-02)Key University Science Research Project of Anhui Province(2023AH030108)Climbing Peak Training Program for Innovative Technology team of Yijishan Hospital,Wannan Medical College(PF201904)Peak Training Program for Scientific Research of Yijishan Hospital,Wannan Medical College(GF2019G15)the talent project of the First Affiliated Hospital of Wannan Medical College(Yijishan Hospital of Wannan Medical College)(YR202422).
文摘tRNA-derived small RNAs(tsRNAs),as a class of regulatory small noncoding RNA,have been implicated in a wide variety of human diseases.Large amounts of tsRNA–disease associations have been identified in recent years from accumulating studies.However,repositories for cataloging the detailed information on tsRNA–disease associations are scarce.In this study,we provide a tsRNADisease database by integrating experimentally and computationally supported tsRNA–disease associations from manual curation of literatures and other related resources.tsRNADisease contains 5571 manually curated associations between 4759 tsRNAs and 166 diseases with experimental evidence from 346 studies.In addition,it also contains 5013 predicted associations between 1297 tsRNAs and 111 diseases.tsRNADisease provides a user-friendly interface to browse,retrieve,and download data conveniently.This database can improve our understanding of tsRNA deregulation in diseases and serve as a valuable resource for investigating the mechanism of disease-related tsRNAs.tsRNADisease is freely available at http://www.compgenelab.info/tsRNADisease.
文摘转运RNA衍生的小RNA(tRNA-derived small RNA,tsRNA)是由前体或成熟tRNA经特异性核酸内切酶切割产生的非编码小RNA,具有多种生物学功能。在妇科疾病领域,tsRNA被证实在卵巢癌、子宫内膜癌、子宫内膜异位症等疾病中差异表达,并与疾病的发生、发展及预后密切相关。文章通过总结tsRNA在妇科疾病中的研究进展,旨在为其机制研究、早期诊断和精准治疗提供新思路。
文摘转运RNA(transfer RNA,tRNA)衍生的小RNA(tRNA-derived small RNA,tsRNA)是一类新近发现的重要的非编码RNA分子。最近的研究表明,tsRNA在胃癌、结直肠癌等胃肠道肿瘤中表达水平发生显著变化。这种疾病相关的表达特征,使tsRNA有望成为这些疾病诊断和治疗的新型生物标志物。本文综述了tsRNA的来源、分类及其生物学功能,同时探讨tsRNA在胃癌、结直肠癌中的表达变化特点,为这些疾病的诊断和治疗提供了新思路。
文摘目的:分析tsRNA-Arg-5-0022在口腔癌中的异常表达,对口腔癌细胞恶性增殖的影响及其潜在的分子机制。方法:通过tsRFun数据库分析头颈部鳞状细胞癌中差异表达的tsRNAs,并通过RT-PCR在口腔癌组织中进行验证;CCK8和克隆形成实验检测tsRNA-Arg-5-0022对口腔癌细胞增殖能力的影响;OncotRF网站预测tsRNA-Arg-5-0022下游靶基因及潜在的结合位点;Western Blot检测tsRNA-Arg-5-0022对口腔癌细胞中DNA结合抑制因子4(inhibitor of DNA binding 4,ID4)表达水平的影响;双荧光素酶报告基因实验检测tsRNA-Arg-5-0022与ID4的3'UTR区的结合能力;UALCAN数据库分析ID4在头颈鳞癌中的表达水平,并通过RT-PCR在口腔癌组织中进行验证,分析其与tsRNA-Arg-5-0022表达水平的相关性;CCK8和克隆形成实验检测tsRNA-Arg-5-0022通过靶向抑制ID4对口腔癌细胞增殖能力的影响。结果:tsRFun数据库分析结果显示tsRNA-Arg-5-0022在头颈鳞癌中显著上调(P<0.05);RT-PCR结果显示tsRNA-Arg-5-0022在口腔癌中显著上调(P<0.05);tsRNA-Arg-5-0022抑制物能够显著抑制tsRNA-Arg-5-0022表达(P<0.05);tsRNA-Arg-5-0022抑制物能够显著抑制口腔癌细胞的增殖能力;OncotRF网站预测结果显示tsRNA-Arg-5-0022与ID4的3'UTR区存在结合位点;Western Blot检测结果显示tsRNA-Arg-5-0022抑制物能够显著升高口腔癌细胞中ID4表达水平(P<0.05);双荧光素酶报告基因检测结果显示,tsRNA-Arg-5-0022能够与ID4的3'UTR区结合;UALCAN数据库分析结果显示ID4在头颈鳞癌中表达水平下调(P<0.05);RT-PCR结果显示ID4在口腔癌中表达水平下调,且与tsRNA-Arg-5-0022表达水平呈负相关关系;CCK8和克隆形成实验结果显示tsRNA-Arg-5-0022能够通过靶向抑制ID4促进口腔癌细胞增殖。结论:tsRNA-Arg-5-0022在口腔癌中高表达,能够通过直接靶向ID4促进口腔癌细胞恶性增殖,是口腔癌潜在的分子标志物。
文摘为了解拟南芥中Dicer-like蛋白对tRNA衍生的小RNA(tRNA-derived small RNAs,tsRNAs)的产生有何影响,对拟南芥野生型和不同Dicer-like(DCL)基因突变体进行tRNA-seq测序,并分析tsRNA和tRNA的表达量.结果显示,DCL4基因突变后tsRNA的表达量明显降低,说明DCL4可能参与tsRNA的产生.拟南芥tRC1位点(Chr1:21268000-21310000)具有大量串联分布的tRNA序列,通过对RNA介导的甲基化(RdDM)途径相关基因CLSY1突变体中tRC1位点的24 nt siRNA和tsRNA进行分析,推断tRC1位点的tsRNA受RdDM途径负调控.综上,本研究鉴定到DCL4在tsRNA生成中的潜在作用,部分tsRNA的生成与RdDM途径有关.
文摘目的分析近10年转运RNA源性小分子RNA(tsRNA)国内外研究热点及趋势。方法以2014年1月1日至2024年12月31日为时间段,tsRNA为关键词检索知网、万方、维普数据库及Web of Science数据库,采用CiteSpace及VOSviver软件进行可视化分析。结果tsRNA发文量整体呈递增趋势,大部分文章都有基金资助,发文所属机构为中文75个,英文136个,中英文发文量最多的作者是张云芳和Chen Qi,最多的国家是中国,发文作者间存在合作关系,关键词热度最高的是精子、细胞增殖(cell proliferation)等。结论国内外对tsRNA的研究仍处于初步探索阶段,具体生物学机制和不同疾病中的作用仍需要进一步深入探究,未来的研究趋势可能是tsRNA在细胞组织间调控的生物学功能及疾病预后和治疗关系等方面。
文摘目的探讨肝细胞内质网应激相关的tRNA衍生性小RNA(tRNA derived small RNA,tsRNA)表达谱及其功能特征。方法将AML12细胞随机分为对照组和高脂组,采用棕榈酸刺激高脂组,建立肝细胞内质网应激模型。以RT-qPCR和Western blot法检测内质网应激标志蛋白GRP78和CHOP的表达,油红O染色法观察脂滴生成情况。通过高通量测序技术检测tsRNA表达谱并筛选出差异基因。利用生物信息学分析预测差异tsRNA的靶基因,并通过GO分析和KEGG分析研究差异tsRNA的潜在功能。结果与对照组比较,棕榈酸干预导致高脂组GRP78和CHOP表达在mRNA及蛋白水平均显著升高(P<0.05),脂肪变性显著加重。tsRNA测序得到38条差异tsRNA(倍数变化>2,P<0.05)。GO分析显示,差异tsRNA的靶基因主要调控类黄酮代谢、葡萄糖醛酸代谢和岩藻糖基化等功能。KEGG分析显示,差异tsRNA的靶基因在戊糖和葡萄糖醛酸酯的相互转化、淀粉和蔗糖代谢、cAMP及Rap1等肝细胞代谢相关的信号通路中高度富集。结论内质网应激可显著改变肝细胞的tsRNA表达谱,其功能可能与调控肝脏糖代谢及生物转化作用有关。
基金supported by National Natural Science Foundation of China(32121002,82330045,82125009)Shenzhen Medical Research Fund(B2502008)+6 种基金National Key R&D Program of China(2021YFA0804900)Major Natural Science Research Project of Anhui Province(2025AHGXZK20237)Changping Laboratory(2025B-07-13)Plans for Major Provincial Science&Technology Projects(202303a07020004)Major Frontier Research Project of the University of Science and Technology of China(LS9100000002)Hefei National Research Center for Physical Sciences at the Microscale(KF2025006)Hefei Comprehensive National Science Center Hefei Brain Project,Wannan Medical College Doctoral Research Initiation Fund(X600100192).
文摘Transfer RNA-derived small RNAs(tsRNAs),a class of non-coding RNAs derived from precursor or mature tRNAs,are now recognized as critical regulators in response to cellular stress.tsRNAs exhibit differential expression during brain aging and in age-related neurodegenerative disorders such as Alzheimer’s disease(AD),suggesting their involvement in the molecular processes underlying neuronal aging and degeneration.This article summarizes recent advances in our understanding of tsRNA biogenesis,classification,and function,emphasizing their regulatory role in brain aging and AD pathology.We also highlight the diagnostic and therapeutic implications of tsRNAs and discuss future directions for exploring their mechanistic and clinical relevance.
