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葡萄科植物trnL、trnL-F和EST-SSR的分离及序列分析
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作者 邱璐 宋红 +3 位作者 包刘媛 何海艳 许留新 杨海艳 《昭通学院学报》 2025年第5期98-108,共11页
葡萄科植物trnL、trnL-F和EST-SSR分离及测序分析,用于评价三种DNA条形码对葡萄科植物亲缘关系分析的价值。提取11种葡萄科植物基因组DNA,通过PCR技术分离trnL、trnL-F和ESTSSR DNA序列,对测序结果进行同源系列比对。结果显示,trnL内含... 葡萄科植物trnL、trnL-F和EST-SSR分离及测序分析,用于评价三种DNA条形码对葡萄科植物亲缘关系分析的价值。提取11种葡萄科植物基因组DNA,通过PCR技术分离trnL、trnL-F和ESTSSR DNA序列,对测序结果进行同源系列比对。结果显示,trnL内含子序列长550~570 bp,trnL-F序列长945~955 bp,EST-SSR序列长为145~155 bp。系统树分析发现,trnL-F种间聚类结果优于EST-SSR及trnL,EST-SSR种内聚类结果优于trnL。在trnL-F系列聚类中,毛叶崖爬藤(Tetrastigma obtectum Planch.var.pilosum Gagnep)属单独聚为一类,葡萄属独自聚为一类,聚类结果较为合理。在EST-SSR系列聚类中,欧亚葡萄聚为一类,欧美葡萄聚为一类。在trnL系列中,葡萄科植物的聚类混乱。结论trnL-F结合EST-SSR作为DNA条形码可较好用于葡萄科植物亲缘关系分析和物种鉴定。 展开更多
关键词 葡萄科 trnl trnl-F EST-SSR DNA条形码 系统树 亲缘关系
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葡萄科植物trnL、trnL-F和EST-SSR的分离及序列分析
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作者 邱璐 宋红 +3 位作者 包刘媛 何海艳 许留新 杨海艳 《昭通学院学报》 2025年第5期98-108,共11页
葡萄科植物trnL、trnL-F和EST-SSR分离及测序分析,用于评价三种DNA条形码对葡萄科植物亲缘关系分析的价值。提取11种葡萄科植物基因组DNA,通过PCR技术分离trnL、trnL-F和ESTSSR DNA序列,对测序结果进行同源系列比对。结果显示,trnL内含... 葡萄科植物trnL、trnL-F和EST-SSR分离及测序分析,用于评价三种DNA条形码对葡萄科植物亲缘关系分析的价值。提取11种葡萄科植物基因组DNA,通过PCR技术分离trnL、trnL-F和ESTSSR DNA序列,对测序结果进行同源系列比对。结果显示,trnL内含子序列长550~570 bp,trnL-F序列长945~955 bp,EST-SSR序列长为145~155 bp。系统树分析发现,trnL-F种间聚类结果优于EST-SSR及trnL,EST-SSR种内聚类结果优于trnL。在trnL-F系列聚类中,毛叶崖爬藤(Tetrastigma obtectum Planch. var. pilosum Gagnep)属单独聚为一类,葡萄属独自聚为一类,聚类结果较为合理。在EST-SSR系列聚类中,欧亚葡萄聚为一类,欧美葡萄聚为一类。在trnL系列中,葡萄科植物的聚类混乱。结论 trnL-F结合EST-SSR作为DNA条形码可较好用于葡萄科植物亲缘关系分析和物种鉴定。 展开更多
关键词 葡萄科 trnl trnl-F EST-SSR DNA条形码 系统树 亲缘关系
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基于trnL基因扩增的DNA条形码技术鉴定蚕豆方法的建立
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作者 刘娜丽 郭春燕 许瑾 《分子植物育种》 北大核心 2025年第18期6127-6134,共8页
为建立一种基于DNA条形码技术的快速识别蚕豆方法,本研究首先根据DNA提取试剂盒操作说明对13种供试样进行DNA提取,接着用trnL基因扩增的引物和方法进行扩增,然后用ExoSAP-IT酶处理纯化PCR扩增产物,再对纯化后的产物进行测序,接下来进行... 为建立一种基于DNA条形码技术的快速识别蚕豆方法,本研究首先根据DNA提取试剂盒操作说明对13种供试样进行DNA提取,接着用trnL基因扩增的引物和方法进行扩增,然后用ExoSAP-IT酶处理纯化PCR扩增产物,再对纯化后的产物进行测序,接下来进行多序列比较,寻找蚕豆鉴定的特异性位点和序列,通过Primer Premier 5.0和网络版的Primer 3.0软件进行特异引物的设计,最后进行PCR特异片段扩增反应进行PCR产物检测。结果显示采用天根DNA提取试剂盒提取植物基因组DNA效果较好;trnL基因的扩增电泳条带清晰,条带大小均在500 bp左右;用特异引物P1、P2进行PCR扩增试验,只有蚕豆有198 bp大小的条带,其他材料无扩增,可以达到蚕豆分子鉴定的目的。本研究成功开发出基于DNA条形码技术,可鉴定出蚕豆的分子标记。 展开更多
关键词 DNA条形码 蚕豆 trnl基因 DNA测序 分子鉴定
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基于trnL-trnF基因序列鉴别魔芋属核心种质资源
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作者 王孟 杨朝柱 +1 位作者 覃宇 赵青华 《安徽农业科学》 2025年第5期93-95,105,共4页
采用株芽魔芋(A.mueller)、甜魔芋(A.paeoniifolius‘Yellow’)、滇魔芋(A.yunnesis)、勐海魔芋(A.kachinensis)、攸乐魔芋(A.yuleon-sis)、梳毛魔芋(A.sinensis)、西盟(A.krausei)、A.asterostigmatus、白魔芋(A.albus)、花魔芋(A.konj... 采用株芽魔芋(A.mueller)、甜魔芋(A.paeoniifolius‘Yellow’)、滇魔芋(A.yunnesis)、勐海魔芋(A.kachinensis)、攸乐魔芋(A.yuleon-sis)、梳毛魔芋(A.sinensis)、西盟(A.krausei)、A.asterostigmatus、白魔芋(A.albus)、花魔芋(A.konjac)、杂交魔芋等24个魔芋属植物作为鉴别的种内、种间植物。利用叶绿体基因trnL-trnF对样本DNA进行PCR扩增,采用双向测序,测序结果使用BioEdit进行校对,其序列在NCBI比对,最后利用MEGA 8.0构建系统发育树。结果表明:24种魔芋属的DNA扩增效率为100%,在NCBI的最高一致性在96.31%~100%,均属于魔芋属。表明trnL-trnF引物通用性好,特异性高,其引物可用于鉴别物种,分析其亲缘关系,为研究魔芋杂交育种中亲本选配提供参考。 展开更多
关键词 魔芋 trnl-TRNF 系统进化树
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中国桫椤科植物叶绿体trnL内含子和trnL-trnF基因间隔区序列的系统发育分析 被引量:12
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作者 王艇 苏应娟 +3 位作者 郑博 李雪雁 陈国培 曾庆璐 《热带亚热带植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2003年第2期137-142,共6页
运用对PCR产物直接测序和克隆后测序的方法测定了蚌壳蕨科1种和桫椤科11种(其中桫椤分别测定19株,小羽桫椤测定2株)植物的叶绿体trnL基因内含子和trnL-trnF基因间隔区序列。12种植物相应的长度介于1004-1082之间,A+T平均含量60.9%,G+C... 运用对PCR产物直接测序和克隆后测序的方法测定了蚌壳蕨科1种和桫椤科11种(其中桫椤分别测定19株,小羽桫椤测定2株)植物的叶绿体trnL基因内含子和trnL-trnF基因间隔区序列。12种植物相应的长度介于1004-1082之间,A+T平均含量60.9%,G+C平均含量39.1%。计算了不同种间以及种内不同个体间序列的碱基差别(转换值/颠换值)和Kimura遗传距离。序列数据经排列后分别进行最简约法、最大似然法和邻接法分析,结果显示:(1)白桫椤、海南白桫椤和大羽桫椤构成的分支最早和该科内其余植物组成的另一分支分歧,而后者又进一步分为两个亚分支,分别和桫椤亚属、黑桫椤亚属对应,支持夏群的分类处理;(2)大桫椤—狭羽桫椤—毛轴桫椤—篦齿桫椤、大羽桫椤—白桫椤—海南白桫椤以及小羽桫椤—桫椤各自构成独立、自然的末端分支,再参照分支内植物间的遗传距离取值,建议将此3个末端分支依次归并为3种:大桫椤、白桫椤和桫椤;(3)白桫椤属在科内处于基部位置,桫椤属的桫椤亚属和黑桫椤亚属为衍生分支,赞同Tryon关于桫椤科进化和囊群盖起源的假说。 展开更多
关键词 桫椤科 trnl内含子 trnl-trnF基因间隔区 系统发育
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基于核糖体DNA的ITS序列和叶绿体trnT-trnL及trnL-trnF基因间区的菊花起源与中国菊属植物分子系统学研究(英文) 被引量:7
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作者 赵惠恩 汪小全 +1 位作者 陈俊愉 洪德元 《分子植物育种》 CAS CSCD 2003年第5期597-604,共8页
Several sequences were applied to resolve phylogenetic relationships within Dendranthema and clarify the origin of garden chrysanthemums including sequences of nrDNA ITS, trnT-trnL and trnL-trnF intergenic spacer regi... Several sequences were applied to resolve phylogenetic relationships within Dendranthema and clarify the origin of garden chrysanthemums including sequences of nrDNA ITS, trnT-trnL and trnL-trnF intergenic spacer regions in cpDNA. The relationships among the species are so close that the three sequences could only provide limited information. From the evidence presented, we suggest that: ① D.rhmobifolium be the chloroplast donor of D.vestitum (HN) with the resembling morphology and the same trnT/L IGS sequence. ② D.vestitum, a putative ancestor, may be not the chloroplast donor of garden chrysanthemums. D.lavand-ulifolium might be the chloroplast donor of the type population of D.indicum (HN) or the direct chloroplast donor of the ancient garden chrysanthemum cultivar. ③ D.zawaskii might be not the ancestor of garden chrysanthemums. 展开更多
关键词 核糖体DNA ITS序列 叶绿体 trnT-trnl基因 trnl—trnF基因 菊花 中国菊属植物 分子系统学
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trnL内含子及trnL-trnF间隔区序列在木兰科系统发育研究中的应用 被引量:22
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作者 王亚玲 张寿洲 崔铁成 《西北植物学报》 CAS CSCD 2003年第2期247-252,共6页
通过木兰科29个种的trnL基因内含子的525个碱基序列及21个种的trnL-trnF基因间隔区的370个碱基序列测定和分析,构建的严格一致性材建议:①含笑属为相对一致的单系类群;②玉兰亚属的几个种形成一个单系类群,与木兰亚属的几个种无共衍位点... 通过木兰科29个种的trnL基因内含子的525个碱基序列及21个种的trnL-trnF基因间隔区的370个碱基序列测定和分析,构建的严格一致性材建议:①含笑属为相对一致的单系类群;②玉兰亚属的几个种形成一个单系类群,与木兰亚属的几个种无共衍位点;③木莲属为一个相对保守的类群,种间碱基差异很小。碱基位点差异分析表明:含笑和野含笑的trnL基因序列具2个位点的差异,结合形态学特征考虑,不支持David把两个种合并的处理;杂交鹅掌揪的trnL-trnF序列相对鹅掌楸有3个位点的变异和一个简单重复序列的插入;鹅掌楸的trnL-trnF序列与GenBank(AF040679)中已注册的序列有3个位点的差异。两个严格一致性树的CI值高达0.978和0.913,说明trnL内含子和trnL-trnF间隔区序列的平行演化在木兰科这几个属间发生频率非常低,只适于木兰科高等级的(属以上)的系统研究。 展开更多
关键词 木兰科 系统分类 trnl内含子 trnl-trnF间隔区
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基于叶绿体基因trnL-trnF、trnH-psbA和trnT-trnL序列的甘薯种质遗传多样性分析 被引量:7
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作者 王崇 焦春海 +5 位作者 杨新笋 张文英 雷剑 柴沙沙 王连军 田小海 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第6期1536-1544,共9页
【目的】利用叶绿体基因组(cpDNA)的间隔区序列(trnL-trnF、trnH-psbA和trnT-trnL)对甘薯种质进行遗传多样性分析,为其种质保护及开发利用提供理论依据。【方法】以从我国12个省份收集的52份甘薯种质为材料,从10个cpDNA间隔区序列的引... 【目的】利用叶绿体基因组(cpDNA)的间隔区序列(trnL-trnF、trnH-psbA和trnT-trnL)对甘薯种质进行遗传多样性分析,为其种质保护及开发利用提供理论依据。【方法】以从我国12个省份收集的52份甘薯种质为材料,从10个cpDNA间隔区序列的引物中筛选出能扩增单一、清晰明亮且稳定的序列引物,利用其PCR扩增筛选出间隔区序列,并进行测序及序列拼接。利用DnaSP 5.0进行序列特征分析,采用MEGA X计算52份甘薯种质材料的遗传距离,并构建系统发育进化树。【结果】筛选获得7对扩增结果较理想的引物,其PCR扩增产物经测序分析,共获得3个有效标记(trnL-trnF、trnH-psbA和trnT-trnL)。三者的拼接序列长度为2239 bp,共有7个变异位点,2个单一突变位点,5个简约信息位点,11个插入/缺失位点。在52份甘薯种质材料中,trnL-trnF、trnH-psbA和trnT-trnL序列的变异位点数量(Vs)分别为1、1和5个,单倍型数目(H)分别为2、4和5个,拼接序列的单倍型数目为10个;核苷酸多样性(π)和单倍型多样性(Hd)最高的序列分别为trnT-trnL(π=0.00052)和trnH-psbA(Hd=0.535)。trnL-trnF、trnH-psbA和trnT-trnL序列的Tajima’s D、Fu and Li’s D*和Fu and Li’s F*均无显著差异(P>0.05),符合中性进化模式。基于拼接序列构建的系统发育进化树显示,52份甘薯种质材料的遗传距离为0~1.1848,平均遗传距离0.1018,其分为五大类,其中第Ⅰ类~Ⅳ类仅含有少量种质,其余41份种质归为第Ⅴ类。【结论】52份甘薯种质材料的遗传变异较为丰富,但种质材料间的遗传多样性低,与cpDNA特性和甘薯遗传背景狭窄有关。基于trnL-trnF、trnH-psbA和trnT-trnL的拼接序列更能准确分析甘薯种质的遗传多样性,且有效划分不同类群,为甘薯集团育种提供候选材料。 展开更多
关键词 甘薯 叶绿体基因组(cpDNA) trnl-TRNF TRNH-PSBA trnT-trnl 遗传多样性 系统发育进化树
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根据cpDNA trnL-F非编码区序列变异分析黑桫椤海南和广东种群的遗传结构与系统地理 被引量:10
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作者 苏应娟 王艇 +4 位作者 郑博 江宇 欧阳蒲月 陈国培 王伯荪 《生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2004年第5期914-919,共6页
以黑桫椤分布在海南和广东 9个种群为材料 ,通过 PCR产物直接测序和克隆后再测序的方法测定了叶绿体 DNA(cp DNA) trn L- F非编码区序列。序列长度介于 10 17bp至 10 2 1bp;碱基组成 A+T含量较高 ,百分比值为 6 0 .4 3%~ 6 2 .2 6 %。... 以黑桫椤分布在海南和广东 9个种群为材料 ,通过 PCR产物直接测序和克隆后再测序的方法测定了叶绿体 DNA(cp DNA) trn L- F非编码区序列。序列长度介于 10 17bp至 10 2 1bp;碱基组成 A+T含量较高 ,百分比值为 6 0 .4 3%~ 6 2 .2 6 %。根据序列的核苷酸变异共鉴定出 15个单倍型。黑桫椤具高水平单倍型多样性 (h=0 .880 )和较高水平核苷酸多样性 (Dij=0 .0 0 342 ) ,其悠长的进化历史可能增加了遗传变异在谱系内的积累。单倍型最小生成网图和邻接树、种群间分化度 (FST=0 .12 6 4 5 )和基因流 (N m=3.4 9)、AMOVA分析 (地区间遗传变异占 11.91% ,p>0 .0 5 )以及 DNA歧义度结果一致显示 ,黑桫椤分布在海南和广东的种群彼此间不存在遗传分化。黑桫椤单倍型的系统发育地理式样具“星状”特征 ,提示种群在历史上曾经发生过扩张 。 展开更多
关键词 黑桫椤 CPDNA trnl—F非编码区 单倍型 遗传结构 地理分化
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石蒜属叶绿体trnL-F序列的变异与系统聚类分析 被引量:11
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作者 袁菊红 孙视 +3 位作者 彭峰 冯煦 郑玉红 夏冰 《中国中药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2008年第13期1523-1527,共5页
目的:分析比较石蒜属和近缘属植物中国水仙trnL基因的部分序列和trnL-trnF间隔区的完整序列,为石蒜属物种鉴别和种间亲缘关系分析提供分子佐证。方法:采用PCR产物直接双向测序法,用Clustal X 1.81,MEGA 2.0软件进行序列分析,采用最大简... 目的:分析比较石蒜属和近缘属植物中国水仙trnL基因的部分序列和trnL-trnF间隔区的完整序列,为石蒜属物种鉴别和种间亲缘关系分析提供分子佐证。方法:采用PCR产物直接双向测序法,用Clustal X 1.81,MEGA 2.0软件进行序列分析,采用最大简约法(maximum parsimony,MP)构建系统发育树。结果:所测物种的序列全长在905~1036 bp,经排序后,两端切平,得到886 bp的整齐序列,所测物种的核苷酸变异位点14个,信息位点10个,主要在trnL内含子区,这些位点可用于区分石蒜属物种;4个碱基"ATAT"缺失/插入是区别石蒜属与其近缘植物水仙的显著特征。重建的系统发育树表明:供试的石蒜属物种聚成3类,除稻草石蒜、忽地笑、香石蒜的系统位置有所不同之外,与经典分类结果基本相符。水仙属2个种形成1个单系类群,表明属间trnL-F序列差异明显。结论:分子系统树支持安徽石蒜是长筒石蒜的变种或杂交种观点,换锦花可能是玫瑰石蒜、红蓝石蒜的杂交母本。石蒜属种间trnL-F序列存在一定变异,是物种鉴别的有效分子标记。 展开更多
关键词 石蒜属 trnl—F序列 序列变异 分子鉴别 系统树
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基于trnL内含子序列的桑属植物分子系统学初探 被引量:10
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作者 汪伟 王兴科 +6 位作者 朱昱苹 汪生鹏 张林 潘一乐 沈兴家 杨永华 赵卫国 《蚕业科学》 CAS CSCD 北大核心 2008年第2期298-301,共4页
用PCR产物直接测序法对12份桑种质、1份无花果和1份构树的亮氨酸转运RNA基因(trnL)内含子序列进行了测定。tmL序列长度变异范围为534~561bp,平均核苷酸组成为0.39100(A)、0.27114(T)、0.17679(C)、0.16086(G),平均A+... 用PCR产物直接测序法对12份桑种质、1份无花果和1份构树的亮氨酸转运RNA基因(trnL)内含子序列进行了测定。tmL序列长度变异范围为534~561bp,平均核苷酸组成为0.39100(A)、0.27114(T)、0.17679(C)、0.16086(G),平均A+T含量为0.66214,说明该序列富含A/T。利用PHYLIP软件构建其最大简约数(maximum likelihood,DNAML)分子系统发育树,聚类结果表明桑属所有材料聚为一类,进一步证明桑属为单系,为探明桑属植物的亲缘关系提供了新的分子生物学证据。 展开更多
关键词 桑属植物 叶绿体DNA 亮氨酸转运RNA基因(trnl)内含子 系统学分析
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利用trnL-F序列分析杨属树种的系统发育关系 被引量:8
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作者 卫尊征 郭丽琴 +3 位作者 张金凤 李百炼 张德强 郭华 《北京林业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第2期27-33,共7页
对杨属4个派17个主要栽培树种及杂种共26个雌雄单株进行了叶绿体trnL-F间隔区序列的PCR扩增、回收和纯化,并分别克隆到pGEM-T载体中进行序列测定。结果表明:在杨树中基因trnL-F间隔区序列的长度为771~811bp,G+C含量为30.6%~31.9%;排... 对杨属4个派17个主要栽培树种及杂种共26个雌雄单株进行了叶绿体trnL-F间隔区序列的PCR扩增、回收和纯化,并分别克隆到pGEM-T载体中进行序列测定。结果表明:在杨树中基因trnL-F间隔区序列的长度为771~811bp,G+C含量为30.6%~31.9%;排序后的比对长度为857个位点,其中46个为变异位点,33个为系统发育的信息位点。以嵩柳和极地柳为外类群,分别用邻接法和UPGMA方法构建了杨属主要栽培树种的系统发育进化树。系统进化分析显示:1)白杨派能聚类形成一个单独分支,而黑杨派亚支与青杨、胡杨派亚支聚类形成另外一个主要的分支,其中胡杨派和青杨派不能区分开;2)青杨派的藏川杨独立于杨属其他种形成一个单独分支,而冬瓜杨却与白杨派聚类在一起;3)白杨派为单系起源,黑杨派和青杨派为多系起源,胡杨派可能也是多系起源。研究结果在分子水平上为杨属树种的起源和系统进化研究提供了证据,具有重要的理论意义和潜在的实践价值。 展开更多
关键词 杨属 trnl—F序列 系统发育
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基于ITS序列和trnL-F序列探讨小叶锦鸡儿、中间锦鸡儿和柠条锦鸡儿的种间关系 被引量:31
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作者 侯鑫 刘俊娥 +1 位作者 赵一之 赵利清 《植物分类学报》 SCIE CSCD 北大核心 2006年第2期126-134,共9页
中间锦鸡儿CaraganadavazamciiSancz.的分类处理一直存在争议,它与小叶锦鸡儿C.microphyllaLam.和柠条锦鸡儿C.korshinskiiKom.的关系尚不清楚。该种被处理为一个独立的种或后两个种的变种。本文利用ITS序列和叶绿体trnL-F序列,综合形... 中间锦鸡儿CaraganadavazamciiSancz.的分类处理一直存在争议,它与小叶锦鸡儿C.microphyllaLam.和柠条锦鸡儿C.korshinskiiKom.的关系尚不清楚。该种被处理为一个独立的种或后两个种的变种。本文利用ITS序列和叶绿体trnL-F序列,综合形态和地理分布,探讨了中间锦鸡儿的起源及与另外两个种的种间关系。结果显示,中间锦鸡儿的trnL-F序列与小叶锦鸡儿完全一致,而与柠条锦鸡儿有明显差异。中间锦鸡儿的ITS序列高度纯合,不支持该种可能是杂交起源的假设。相反,另外两个种的ITS序列均出现多个位点杂合,克隆后均得到2种不同的序列。中间锦鸡儿的ITS序列与小叶锦鸡儿2种序列中的1种完全一致。该结果表明,中间锦鸡儿可能作为亲本之一参与了小叶锦鸡儿的杂交起源,或者基因流是造成这两个种形态相似的主要原因。中间锦鸡儿与柠条锦鸡儿形态上的相似可能是趋同进化的表现。 展开更多
关键词 小叶锦鸡儿 中间锦鸡儿 柠条锦鸡儿 ITS序列 trnl-F序列
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桑属ITS、trnL-F、rps16序列与进化分析 被引量:19
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作者 陈仁芳 张泽 +3 位作者 唐洲 余茂德 徐立 王茜玲 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2011年第8期1553-1561,共9页
【目的】分析桑属ITS、trnL-F、rps16序列,探讨系统学价值。【方法】67份桑资源,经DNA提取、PCR扩增、测序,测序结果用软件拼接、比对,并从GenBank下载桑属ITS、trnL-F、rps16序列进行同源性分析,计算其长度、G+C(或A+T)含量、变异位点... 【目的】分析桑属ITS、trnL-F、rps16序列,探讨系统学价值。【方法】67份桑资源,经DNA提取、PCR扩增、测序,测序结果用软件拼接、比对,并从GenBank下载桑属ITS、trnL-F、rps16序列进行同源性分析,计算其长度、G+C(或A+T)含量、变异位点、信息位点,将3个序列合并,以构树、柘树为外类群,采用MP法分析进化关系。【结果】桑ITS(包括5.8S)基本序列长度为576 bp,变异范围为576—590 bp,G+C含量为59.55%—62.25%,40个信息位点;trnL-F(包括tRNA-Leu内含子)基本序列长度为923 bp,变异范围为920—924 bp,A+T含量为65.87%—66.31%,23个信息位点;rps16内含子基本序列长度为929 bp,变异范围为923—929 bp,A+T含量为67.28%—67.49%,17个信息位点。3个序列的最适碱基进化模型分别为(GTR+G)、(GTR)和(GTR+G),可能的分支概率—混合卡方概率值分别为0.000001、0.027175和0.000222,3个片段合并最适碱基进化模型为(GTR+G),基于模型用MP法分析,在2 538个位点中,有80个信息位点。分支图结果表明,首先将黑桑(M.nigra)分出,其它桑种分成2支,第一支包括长穗桑、瑞穗桑、蒙桑、鬼桑、鸡桑、山桑、白桑和广东桑,第二支包括华桑、奶桑和川桑。【结论】桑属trnL-F和rps16序列信息位点有限,单独研究桑属系统学,价值不大,与ITS序列合并研究,则能增加分支图的信息位点,使分支图更近于似然。基于ITS、trnL-F、rps16序列MP分支图,新疆黑桑为最原始类型,乌克兰等栽培种为进化类型。 展开更多
关键词 桑属 ITS、trnl-F、rps16序列 MP分析法 进化关系
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5种苍术属药用植物的trnL-F序列测定及种间遗传关系分析 被引量:23
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作者 葛燕芬 杭悦宇 +1 位作者 夏冰 韦阳连 《植物资源与环境学报》 CAS CSCD 2007年第2期12-16,共5页
采用PCR技术对5种苍术属(Atractylodes DC.)药用植物的trnL-F序列进行测定及比较分析。结果表明,扩增获得的序列长886-902bp,经排序并两端切平后,序列长816bp,G+C含量为34.4%;当空位始终做缺失处理时,产物有5个变异位点。利... 采用PCR技术对5种苍术属(Atractylodes DC.)药用植物的trnL-F序列进行测定及比较分析。结果表明,扩增获得的序列长886-902bp,经排序并两端切平后,序列长816bp,G+C含量为34.4%;当空位始终做缺失处理时,产物有5个变异位点。利用trnL-F序列可准确鉴别出朝鲜苍术[A.koreana(Nakai)Kitam.]、北苍术[A.chinensis(DC.)Koidz.]和白术(A.macrocephala Koidz.);而茅苍术[A.lancea(Thunb.)DC.]与关苍术(A.japonica Koidz.ex Kitam.)的tmL-F序列则完全一致,相互之间无法区分。采用邻接法和UPGMA法得到的5种苍术属药用植物的分子系统树有一定的差异,表明这5种苍术属药用植物的物种分化不完全,序列进化不一致。 展开更多
关键词 苍术属 叶绿体基因组 trnl-F 遗传关系 分子鉴别
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基于核ITS与叶绿体trnL-F序列分析12种紫金牛属植物的种间关系与变异 被引量:11
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作者 徐玲玲 李同建 +2 位作者 张美云 易官美 廖亮 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第10期1531-1537,共7页
对江西紫金牛属12种植物17个样本及外类群柳叶密花树的核ITS序列和叶绿体trnL-F序列进行最大简约法(MP)和邻接法(NJ)分析,两种方法得到的系统发育树基本一致。基于trnL-F序列所建立的系统发育树将19个样本聚类成6个分支,而基于ITS序列... 对江西紫金牛属12种植物17个样本及外类群柳叶密花树的核ITS序列和叶绿体trnL-F序列进行最大简约法(MP)和邻接法(NJ)分析,两种方法得到的系统发育树基本一致。基于trnL-F序列所建立的系统发育树将19个样本聚类成6个分支,而基于ITS序列建立的系统发育树将18个样本聚类成2个分支,说明紫金牛属并不是一个单系类群。基于ITS序列建立的系统发育树将腋序组(Ⅰ)和锯齿组(Ⅲ)聚在一起,说明这两个组有较近的关系,而圆齿组(Ⅱ)稍远。基于ITS序列所建立的系统树将4个紫金牛样本聚类成2支,说明紫金牛的群体中至少存在两个核基因组类型,根据染色体数、ITS序列和trnL-F序列综合分析,推测紫金牛很可能是异源四倍体。 展开更多
关键词 紫金牛属 ITS序列 trnl-F序列 种间关系
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基于ITS和trnL-F序列碱基差异的繁缕及其近缘种的亲缘关系分析 被引量:17
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作者 赵海光 周建建 +3 位作者 曹珊珊 郑玉红 单宇 夏冰 《植物资源与环境学报》 CAS CSCD 2009年第1期1-5,共5页
应用PCR产物直接测序法分析了繁缕〔Stellaria media(L.)Villars〕及其近缘种和鹅肠菜〔Myosoton aquaticum(L.)Moench〕的ITS和trnL-F序列的碱基差异,并以孩儿参〔Pseudostellaria heterophylla(Miq.)Pax〕为外类群构建N-J系统树... 应用PCR产物直接测序法分析了繁缕〔Stellaria media(L.)Villars〕及其近缘种和鹅肠菜〔Myosoton aquaticum(L.)Moench〕的ITS和trnL-F序列的碱基差异,并以孩儿参〔Pseudostellaria heterophylla(Miq.)Pax〕为外类群构建N-J系统树,分析了这些种类的种间亲缘关系。结果表明,供试的繁缕属(Stellaria L.)种类及鹅肠菜的ITS和trnL-F序列长度分别为521-784和788-951 bp,各有变异位点77和59个,其中信息位点分别为18和11个,种间碱基差异百分率分别为6.5%和3.1%。ITS的碱基组成为A22.1%、T20.9%、G28.5%和C28.5%,G+C含量57.0%;trnL-F的碱基组成为A 35.9%、T33.7%、G 15.7%和C 14.8%,G+C含量30.5%。繁缕、雀舌草(S.alsine Grimm)和箐姑草(S.vestita Kurz)的ITS和trnL-F序列一致;鹅肠菜的ITS序列中有4个位点与前述种类不同,但trnL-F序列则相同;中国繁缕(S.chinensis Regel)的ITS和trnL-F序列与孩儿参较相似。在N-J系统树中,鹅肠菜与繁缕、雀舌草和箐姑草聚为一支,表明它们的亲缘关系相对较近,支持将鹅肠菜重新归入繁缕属的分类处理。研究结果显示,ITS和trnL-F序列分析均可用于繁缕及其近缘种的鉴别,且ITS是更为适宜的分子标记。 展开更多
关键词 繁缕 近缘种 ITS trnl-F 种间关系
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滇南桫椤的系统位置:来自叶绿体trnL内含子和DNAtrnL-F间隔区序列的证据 被引量:9
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作者 李春香 陆树刚 杨群 《云南植物研究》 CSCD 北大核心 2004年第5期519-523,共5页
为了探讨滇南桫椤Alsophilaaustroyunnanensis的系统位置 ,我们对该植物与中华桫椤Alsophilacostularis的叶绿体DNAtrnL内含子和trnL F间隔区序列进行PCR扩增和序列测定。滇南桫椤的trnL内含子、trnL F间隔区序列的长度分别为 5 70bp ,3... 为了探讨滇南桫椤Alsophilaaustroyunnanensis的系统位置 ,我们对该植物与中华桫椤Alsophilacostularis的叶绿体DNAtrnL内含子和trnL F间隔区序列进行PCR扩增和序列测定。滇南桫椤的trnL内含子、trnL F间隔区序列的长度分别为 5 70bp ,36 2bp ;中华桫椤的trnL内含子、trnL F间隔区序列的长度分别为 5 72bp ,36 1bp。结合已经发表的其他桫椤科植物的相应序列进行系统发育分析 ,用简约法和邻接法构建的系统发育树基本一致。结果表明 :1)所分析的桫椤科植物构成一个单系群 ;2 )滇南桫椤与Gymnosphaerapodophylla、Gymnosphaerapectinata、Gymnosphaerapseudogigantea、Gymnosphaeratinganensis、Gymnosphaeragigantea关系较近 ,聚成一支系 ;3)中华桫椤与Cyatheatsangii、Alsophilaspinulosa关系较近 ,聚成一支系。本文系统发育分析的结果支持将滇南桫椤归入黑桫椤属Gymnosphaera。 展开更多
关键词 滇南桫椤 叶绿体 trnl内含子 系统发育 植物
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岩蕨科、球盖蕨科的系统位置:叶绿体DNAtrnL-F区序列证据 被引量:3
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作者 王玛丽 刘红梅 +2 位作者 陆树刚 刘占林 陈之端 《植物研究》 CAS CSCD 北大核心 2008年第2期175-178,共4页
岩蕨科(Woodsiaceae)和球盖蕨科(Peranemaceae)历来被多数学者认为是亲缘关系密切的两个科,它们的系统位置一直存在争议,两科曾被放入三叉蕨科(Aspidiaceae)、碗蕨科(Dennstaedtiaceae)、鳞毛蕨亚科(Dryopteridoidaae)及鳞毛蕨科(Dryopt... 岩蕨科(Woodsiaceae)和球盖蕨科(Peranemaceae)历来被多数学者认为是亲缘关系密切的两个科,它们的系统位置一直存在争议,两科曾被放入三叉蕨科(Aspidiaceae)、碗蕨科(Dennstaedtiaceae)、鳞毛蕨亚科(Dryopteridoidaae)及鳞毛蕨科(Dryopteriaceae)蹄盖蕨亚科(Athy-rioideae)中。根据岩蕨科1种、球盖蕨科3种、蹄盖蕨科8种、鳞毛蕨科2种及1种外类群假大羽铁角蕨(Asplenium pseudolaserpitiifolium)的cpDNA基因trnL-F区序列建立的系统树,结果显示,岩蕨科和球盖蕨科的亲缘关系较远,岩蕨科与蹄盖蕨科有密切的亲缘关系,球盖蕨科与鳞毛蕨科亲缘关系较近,岩蕨科和球盖蕨科是处于不同进化线上的植物。秦仁昌(1978)和Pichi-Sermolii(1977)的系统将二者分别作为独立的科是合适的。 展开更多
关键词 岩蕨科 球盖蕨科 trnl—F序列 系统位置
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不同地理种群巴山榧树及近缘种叶绿体trnL-trnF序列的分析 被引量:15
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作者 马俊 陈发波 +2 位作者 周先容 汪建华 宋晓宏 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2014年第5期1053-1058,共6页
本文运用PCR产物直接测序法对巴山榧树10个地理种群的trnL-trnF序列进行了测定,并调用GenBank中6个近缘种的trnL-trnF序列,选用MEGA 4.1软件对巴山榧树不同地理种群及近缘种间的trnL-trnF序列进行分析。结果表明,巴山榧树10个地理种群... 本文运用PCR产物直接测序法对巴山榧树10个地理种群的trnL-trnF序列进行了测定,并调用GenBank中6个近缘种的trnL-trnF序列,选用MEGA 4.1软件对巴山榧树不同地理种群及近缘种间的trnL-trnF序列进行分析。结果表明,巴山榧树10个地理种群间的遗传分化程度较低,只有34个变异位点,1个信息位点;7个近缘种间的遗传分化较显著,有75个变异位点,30个信息位点。聚类分析将巴山榧树10个地理种群与6个近缘种聚为2个分支,巴山榧树、云南榧和日本榧树聚为一支,榧树、长叶榧树、佛罗里达榧和加州榧聚为另一个分支。trnL-trnF序列系统树不支持将榧树属分为皱乳榧组和榧树组;赞同将云南榧并入巴山榧树,或作为巴山榧树的变种处理;不支持将巴山榧树和云南榧合并在榧树下作为变种的处理意见。 展开更多
关键词 巴山榧树 地理种群 近缘种 trnl-trnF序列 遗传分化
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