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6种药用菊花性状比较及亳菊psbA-trnH序列鉴别
1
作者 刘凯 赵梦茹 +4 位作者 申亚楠 高俊山 李大辉 周修腾 周雪娟 《安徽农业科学》 2026年第1期95-99,共5页
[目的]收集6种药用菊花样品,通过性状比较、DNA条形码技术分析6种药用菊花psbA-trnH序列,从性状及分子水平上鉴别亳菊与其他药用菊花。[方法]收集亳菊、大马牙、贡菊、怀黄菊、祁菊、杭白菊鲜花及其叶片样品,通过比较花朵和叶片的特点,... [目的]收集6种药用菊花样品,通过性状比较、DNA条形码技术分析6种药用菊花psbA-trnH序列,从性状及分子水平上鉴别亳菊与其他药用菊花。[方法]收集亳菊、大马牙、贡菊、怀黄菊、祁菊、杭白菊鲜花及其叶片样品,通过比较花朵和叶片的特点,区分不同药用菊花的性状;收集的花朵和叶片样本,采用试剂盒法提取DNA,扩增psbA-trnH序列并进行Sanger测序,使用DNAMAN 8.0进行序列比对分析,利用MEGA 11.0进行进化树构建,对比亳菊与其他药用菊花psbA-trnH序列的差异。[结果]不同药用菊花的花、叶具有自身品种显著特点,花冠大小、舌状花形状、花朵颜色、叶片形状等均有显著差异,鲜花可以显著区分,但菊花干燥缩水后,亳菊、祁菊、贡菊、怀黄菊外形相似,干花很难区分;比对6种药用菊花的psbA-trnH序列,结果显示亳菊在443 bp长度范围内存在3个变异位点,分别位于235 bp位点(C-T)、288 bp位点(A-T)、336 bp位点(A-G);NJ树显示亳菊能单独聚到一类,可与其他药用菊花区分。[结论]psbA-trnH序列可以鉴别亳菊与大马牙、贡菊、怀黄菊、祁菊、杭白菊。 展开更多
关键词 亳菊 药用菊花 psbA-trnh序列 物种鉴别 DNA条形码技术
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基于叶状枝形态学特征和trnH-psbA序列的15份天门冬属种质资源鉴定 被引量：1
2
作者 王辉 FARDOUS Mohammad Safiul Azam +5 位作者 MUHAMMAD Idrees 江心雨 钱干瑞 龙海林 李雪芹 王芊芊 《草业科学》 北大核心 2025年第4期1024-1035,共12页
以采自西南地区的15份天门冬属(Asparagus)植物为试材,开展基于叶状枝形态学特征和叶绿体trnH-psbA序列的综合分析,为该属种质资源鉴定及遗传多样性分析提供理论依据。形态学结果表明,15份样本间的15个形态学特征有一定相关性,主成分分... 以采自西南地区的15份天门冬属(Asparagus)植物为试材,开展基于叶状枝形态学特征和叶绿体trnH-psbA序列的综合分析,为该属种质资源鉴定及遗传多样性分析提供理论依据。形态学结果表明,15份样本间的15个形态学特征有一定相关性,主成分分析将所有形态特征值转化为4个主成分(特征值>1),累计贡献率81.42%,其中,主成分1反映叶状枝粗细,主成分2反映保卫细胞大小,主成分3、4反映表皮细胞大小。在主成分分析的基础上进行聚类分析,在遗传距离阈值12.5处将供试材料聚为3大类群:类群Ⅰ包含样本数11种,占参试材料的73.33%,特征表现为叶状枝直线型,多数形态特征值介于类群Ⅱ、Ⅲ之间;类群Ⅱ3种,特征表现为叶状枝新月形、数量少、宽度值大;类群Ⅲ包含1个样本,占参试材料的6.67%,特征表现为叶状枝针状,数量多,长度和宽度值小,气孔小而少,表皮细胞短而多。trnH-psbA序列测序结果进一步表明,15份样本的trnH-psbA序列全长约750 bp,对位排列后共有691个位点,其中保守位点591个,变异位点124个,简约信息位点55个,单突变位点41个,种间遗传差异大;进化树显示15份天门冬属物种均处于独立分支,除大理天门冬外,其余种均能利用trnH-psbA序列条形码对其进行区分。研究结果为进一步开展天门冬属植物种质资源保护和开发利用提供了必要的理论和实践基础。 展开更多
关键词 天门冬属 叶状枝 形态学特征 trnh-psbA序列 主成分分析 聚类分析 鉴定
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基于psbA-trnH序列的苗药金果榄及其混伪品分子鉴定
3
作者 刘安莉 杜雪梅 +5 位作者 罗君 于佳 李云超 万明香 谭荣 李玲 《现代中药研究与实践》 2025年第6期7-13,共7页
目的利用DNA条形码技术对苗药金果榄原植物青牛胆及其混伪品进行分子鉴定,评价psbAtrnH序列鉴定金果榄的能力。方法采用试剂盒法提取青牛胆及其近缘品种、易混品种的总DNA,PCR扩增其psbA-trnH序列并进行双向测序,利用CodonCode Aligner... 目的利用DNA条形码技术对苗药金果榄原植物青牛胆及其混伪品进行分子鉴定,评价psbAtrnH序列鉴定金果榄的能力。方法采用试剂盒法提取青牛胆及其近缘品种、易混品种的总DNA,PCR扩增其psbA-trnH序列并进行双向测序,利用CodonCode Aligner软件拼接,Clustal X 2.1对序列进行多重比对,GeneDoc中生成多重序列比对图,利用MEGA 11计算并分析种内和种间遗传变异以及构建系统发育树。结果共分析出9个物种36条psbA-trnH序列(实验获取序列青牛胆4条、易混品种3条,另从NCBI下载相关序列27条),实验获取序列扩增和测序成功率均为100%,引物通用性较好;青牛胆与该属其它植物序列之间存在大量的插入、缺失、转换和颠换现象;最大种内遗传距离0.2045大于最小种间遗传距离0.1353,但其种内平均距离为0.0851远小于种间平均距离为0.4205;Barcoding gap中其种间、种内遗传距离存在一定程度重叠,但重叠部分较小且分布趋势明显。构建的NJ系统发育树中能有效将青牛胆与研究中其它物种聚类区分开。结论psbA-trnH序列可作为鉴别金果榄及其混伪品的有效辅助手段。 展开更多
关键词 金果榄 青牛胆 PSBA-trnh DNA条形码技术 分子鉴定
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基于ITS2和psbA-trnH序列鉴别五味子和华中五味子 被引量：3
4
作者 杨楚楚 任广喜 +6 位作者 齐玉鑫 徐庆一 田俊强 程豪杰 陈晓洲 姜丹 刘春生 《中国现代中药》 2025年第1期43-51,共9页
目的:基于核内转录间隔区2(ITS2)和psbA-trnH序列,运用DNA条形码技术对五味子和华中五味子进行序列比对分析,建立快速、准确的分子鉴定方法,筛选最佳DNA条形码序列用于鉴别五味子和华中五味子真伪。方法:以五味子和华中五味子为材料,利... 目的:基于核内转录间隔区2(ITS2)和psbA-trnH序列,运用DNA条形码技术对五味子和华中五味子进行序列比对分析,建立快速、准确的分子鉴定方法,筛选最佳DNA条形码序列用于鉴别五味子和华中五味子真伪。方法:以五味子和华中五味子为材料,利用DNA提取试剂盒,分别提取五味子和华中五味子的总DNA,对ITS2序列和psbA-trnH序列进行聚合酶链式反应扩增及测序分析,使用DNAMAN 6.0软件统计其片段长度及变异位点个数,使用MEGA 5.0软件对数据进行分析比对,计算Kimura 2-parameter遗传距离,通过数据库预测二级结构,并利用邻接法建立系统发育树进行分析。结果:五味子和华中五味子ITS2序列片段长度为231 bp,鉴别位点为腺嘌呤(A)-胸腺嘧啶(T)、鸟嘌呤(G)-T、T-A;在psbA-trnH序列中,存在7个稳定的鉴别位点,分别为GA、T-G、胞嘧啶(C)-A、T-A、缺失-T、A-T、G-T,五味子和华中五味子ITS2序列二级结构存在明显差异,能将两者进行区分。结论:ITS2和psbA-trnH条形码均可以用于区分五味子和华中五味子,但psbA-trnH条形码种内遗传更稳定,种间鉴别位点更多,研究为五味子和华中五味子的快速、准确鉴定和用药安全提供科学依据。 展开更多
关键词 五味子 华中五味子 DNA条形码 内转录间隔区2序列 叶绿体基因间隔区序列
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基于ITS2和psbA-trnH序列对细小种子类药材车前子的鉴定比较 被引量：23
5
作者 宋明 张雅琴 +6 位作者 林韵涵 凃媛 马孝熙 孙伟 向丽 焦文静 刘霞 《中国中药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2014年第12期2227-2232,共6页
为考察ITS2序列和psbA-trnH序列对车前子药材及其常见混伪品的鉴定能力,该研究对车前子2个基原物种及7种混伪品共71份样本进行了研究。采用MEGA 5.1对获得的ITS2和psbA-trnH进行序列比对,计算种内和种间kimura2-parameter(K2P)遗传距离... 为考察ITS2序列和psbA-trnH序列对车前子药材及其常见混伪品的鉴定能力,该研究对车前子2个基原物种及7种混伪品共71份样本进行了研究。采用MEGA 5.1对获得的ITS2和psbA-trnH进行序列比对,计算种内和种间kimura2-parameter(K2P)遗传距离,并构建系统发育树。结果显示,车前和平车前的ITS2序列长度分别为199,200 bp;两者的ITS2序列种内最大K2P遗传距离均小于与混伪品的最小种间K2P遗传距离;基于ITS2序列构建的NJ树中,车前、平车前及其混伪品都表现出良好单系性,都能相互明显区分。表明ITS2序列能将车前子药材与混伪品进行很好的区分。车前和平车前的psbA-trnH序列长度均为340 bp,两者的psbA-trnH序列种内最大K2P遗传距离小于与混伪品的最小种间K2P遗传距离;基于psbA-trnH序列构建的NJ树结果显示,除大车前外,车前子药材与其余混伪品可以明显区分。因此,ITS2序列作为DNA条形码,车前子及其混伪品具有良好的鉴别能力,对保障车前子用药安全具有重要意义。 展开更多
关键词 车前子 混伪品 DNA条形码 ITS2 psbA—trnh
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枫斗类石斛cpDNA psbA-trnH的序列分析与鉴别 被引量：38
6
作者 邵世光 韩丽 +3 位作者 马艳红 沈洁 张伟超 丁小余 《药学学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第10期1173-1178,共6页
本研究对常见枫斗类石斛cpDNA的psbA-trnH区进行了测序,利用MEGA4.0对该区序列进行了比较分析。结果显示:15种常见的枫斗类石斛的psbA-trnH序列长度为721～767bp,变异位点42个,简约信息位点11个。以Kimura-2参数计算遗传距离,常见枫斗... 本研究对常见枫斗类石斛cpDNA的psbA-trnH区进行了测序,利用MEGA4.0对该区序列进行了比较分析。结果显示:15种常见的枫斗类石斛的psbA-trnH序列长度为721～767bp,变异位点42个,简约信息位点11个。以Kimura-2参数计算遗传距离,常见枫斗类石斛的种间遗传距离为0.0013～0.0183,平均遗传距离为0.0148。不同石斛种间均存在序列差异,全序列中共出现6处indels,导致种间片段长度差异较大;暂未发现所检测的枫斗类石斛居群间在psbA-trnH区的序列存在差异。利用枫斗类石斛psbA-trnH序列数据库及遗传分析软件,通过对待检种的psbA-trnH序列的测定,成功鉴别了待检种。cpDNA的psbA-trnH区可作为枫斗类石斛分子鉴别的候选标记。 展开更多
关键词 石斛属 枫斗类石斛 PSBA-trnh 分子鉴别
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基于psbA-trnH分析的何首乌野生居群遗传多样性 被引量：10
7
作者 白明明 孙小芹 +2 位作者 郭建林 李密密 杭悦宇 《植物资源与环境学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第2期36-44,共9页
对产自不同省区的何首乌〔Fallopia multiflora(Thunb.)Harald.〕17个野生居群85个单株的psbA-trnH序列进行了扩增和分析,在此基础上分析了居群间的遗传多样性,并采用NJ法对85个单株进行了聚类分析。结果表明:供试85个单株的psbA-trnH... 对产自不同省区的何首乌〔Fallopia multiflora(Thunb.)Harald.〕17个野生居群85个单株的psbA-trnH序列进行了扩增和分析,在此基础上分析了居群间的遗传多样性,并采用NJ法对85个单株进行了聚类分析。结果表明:供试85个单株的psbA-trnH序列长度为384 bp;其中,变异位点为167 bp,简约信息位点为53 bp,分别占序列总长度的43.5%和13.8%。变异类型主要为碱基缺失和替换;变异位点主要集中在235～281 bp区域,根据位点变异情况可将17个居群大体分为3类。各居群间的遗传距离为0.000～0.172,其中,贵州居群与其他16个居群间的遗传距离为0.167～0.172,而其他16个居群间的遗传距离为0.000～0.017。17个居群间的核苷酸多样性指数(Pi)、遗传分化系数(Nst)和基因流(Nm)分别为0.028 56、0.918 68和0.04;除贵州居群外其他16个居群的Pi、Nst和Nm分别为0.015 68、0.837 19和0.10;贵州居群与其周边省区(四川、云南、广西、湖南和湖北)居群的Pi、Nst和Nm分别为0.047 99、0.937 62和0.03。在NJ系统树上,17个居群可聚为4支,且大部分居群的供试单株聚在同一分支中;仅贵州居群单独聚为一支,与序列分析的划分结果基本一致。由研究结果可见:野生何首乌居群总遗传变异的91.868%来自居群间,8.132%来自居群内,居群间的基因交流较少;除贵州居群外其余16个居群的整体遗传多样性水平偏低,说明何首乌居群整体多样性水平在很大程度上受贵州居群的影响。 展开更多
关键词 何首乌 居群 psbA—trnh序列 遗传多样性 NJ系统树
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基于叶绿体psbA-trnH基因间区序列鉴定肉苁蓉属植物(英文) 被引量：27
8
作者 韩建萍 宋经元 +6 位作者 刘昶 陈君 钱俊 朱英杰 石林春 姚辉 陈士林 《药学学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第1期126-130,共5页
肉苁蓉的干燥肉质茎是常用中药材, 药典收录基源植物有管花肉苁蓉和荒漠肉苁蓉两种, 但是市场上经常会与黄花列当、草苁蓉、盐生肉苁蓉及沙苁蓉等混用。本文对不同类群肉苁蓉及混淆品的叶绿体 psbA-trnH基因间区进行 PCR 扩增并测序, ... 肉苁蓉的干燥肉质茎是常用中药材, 药典收录基源植物有管花肉苁蓉和荒漠肉苁蓉两种, 但是市场上经常会与黄花列当、草苁蓉、盐生肉苁蓉及沙苁蓉等混用。本文对不同类群肉苁蓉及混淆品的叶绿体 psbA-trnH基因间区进行 PCR 扩增并测序, 获得了该区间的完整序列, 用 K-2P 法建立了系统进化树, 聚类结果与形态分类相符。所得结果显示, psbA-trnH 片段序列在肉苁蓉及混淆品种间存在丰富的变异, 肉苁蓉属各种的种间遗传距离从 0.077% 到 0.743%, 种内遗传距离从 0% 到 0.007%, 种内和种间存在明显的"barcoding gap"。肉苁蓉属各种与黄花列当的遗传距离为 0.979% 至 1.149%, 与草苁蓉的遗传距离为 1.066% 至 1.224%。研究结果表明psbA-trnH 基因间区可以作为条形码来鉴定肉苁蓉及其混淆品。 展开更多
关键词 psbA-trnh基因间区 肉苁蓉 鉴定
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ITS2和psbA-trnH序列鉴别马鞭草科药用植物 被引量：16
9
作者 陈倩 刘义梅 +2 位作者 刘震 陈士林 陈科力 《中国中药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2012年第8期1107-1113,共7页
目的:评价几条热点DNA条形码候选序列对马鞭草科药用植物的鉴别能力。方法:选择psbA-trnH,rbcL,matK,ITS2和ITS序列进行评价,使用各序列的通用引物进行扩增和测序,用扩增及测序成功率,种内种间差异,barcod-ing gap,基于BLAST 1和Nearest... 目的:评价几条热点DNA条形码候选序列对马鞭草科药用植物的鉴别能力。方法:选择psbA-trnH,rbcL,matK,ITS2和ITS序列进行评价,使用各序列的通用引物进行扩增和测序,用扩增及测序成功率,种内种间差异,barcod-ing gap,基于BLAST 1和Nearest Distance方法的鉴定成功率等指标来评价各序列的鉴定能力。结果:对马鞭草科32个种55个样本的序列分析发现,matK的扩增成功率太低,未纳入后续分析;ITS,ITS2,psbA-trnH以及rbcL的扩增及测序成功率分别为83.6%,83.6%,96.4%,98.2%,其鉴定成功率除rbcL为77.8%,75.9%外都为100%,但ITS2序列的种间,种内差异,barcoding gap较psbA-trnH,ITS有明显优势。ITS2序列进一步纳入网上163个样品的数据后其鉴定成功率依然可以达到89.5%,87.6%。结论:考虑到psbA-trnH较高的测序成功率,ITS2和psbA-trnH是适合马鞭草科植物鉴别的一个较好DNA条形码序列组合。 展开更多
关键词 DNA条形码 ITS2 ITS RBCL PSBA-trnh 马鞭草科
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蕨类药材石韦及其混伪品的psbA-trnH序列鉴定 被引量：13
10
作者 张雅琴 石钺 +5 位作者 宋明 林韵涵 马孝熙 孙伟 向丽 刘霞 《中国中药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2014年第12期2222-2226,共5页
为考察psbA-trnH序列鉴定蕨类药材的可行性,该研究以蕨类药材石韦及其混伪品作为研究对象,对其106份样品提取基因组DNA,通过聚合酶链式反应(PCR)扩增其叶绿体psbA-trnH序列,并采用Mega6.0软件进行多序列比对,计算种内及种间K2P遗传距离... 为考察psbA-trnH序列鉴定蕨类药材的可行性,该研究以蕨类药材石韦及其混伪品作为研究对象,对其106份样品提取基因组DNA,通过聚合酶链式反应(PCR)扩增其叶绿体psbA-trnH序列,并采用Mega6.0软件进行多序列比对,计算种内及种间K2P遗传距离,采用最大似然法(ML)构建系统聚类树。结果表明:石韦药材3个基原植物的psbA-trnH序列种内最大遗传距离均小于其与混伪品的种间最小遗传距离;ML树显示石韦药材可与其混伪品明显分开;psbA-trnH序列可作为蕨类药材的DNA条形码,能准确、稳定鉴定蕨类药材石韦及其混伪品。 展开更多
关键词 石韦 DNA条形码 psbA-trnh序列 混伪品 蕨类
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叶绿体psbA-trnH序列鉴定药食同源肉桂类药材 被引量：12
11
作者 杨培 周红 +3 位作者 马双姣 孙伟 李永华 姚辉 《中国药学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2015年第17期1496-1499,共4页
目的基于叶绿体psbA-trn H序列对肉桂类药材进行鉴定研究,促进规范用药,保障食品安全规范。方法对8种肉桂类药材psbA-trnH序列进行扩增和测序,应用MEGA 5.0分析其种内种间K2P遗传距离,并构建系统进化树。结果肉桂psb A-trnH序列长度368 ... 目的基于叶绿体psbA-trn H序列对肉桂类药材进行鉴定研究,促进规范用药,保障食品安全规范。方法对8种肉桂类药材psbA-trnH序列进行扩增和测序,应用MEGA 5.0分析其种内种间K2P遗传距离,并构建系统进化树。结果肉桂psb A-trnH序列长度368 bp,种内序列高度保守,肉桂与其近缘物种种间变异位点多,种间K2P遗传距离明显大于种内K2P遗传距离,NJ树显示肉桂能与近缘物种完全区分开。结论基于psbA-trnH序列的DNA条形码技术能够准确鉴定肉桂及其相关近缘种。 展开更多
关键词 肉桂 樟属 PSBA-trnh 鉴定 DNA条形码
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中国石蒜属种间关系的trnH-psbA序列分析 被引量：13
12
作者 全妙华 欧立军 +2 位作者 佘朝文 陈东明 叶威 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第8期1589-1594,共6页
利用叶绿体基因trnH-psbA序列对石蒜属16种（含1变种）的种间关系进行了分析。结果表明：所测物种的序列全长在546~641bp,GC含量为35.86%~36.41%,其核苷酸变异位点14个,信息位点5个,这些位点可以区分石蒜属物种;供试材料聚为3类,除中国... 利用叶绿体基因trnH-psbA序列对石蒜属16种（含1变种）的种间关系进行了分析。结果表明：所测物种的序列全长在546~641bp,GC含量为35.86%~36.41%,其核苷酸变异位点14个,信息位点5个,这些位点可以区分石蒜属物种;供试材料聚为3类,除中国石蒜、忽地笑和玫瑰石蒜的系统位置有所不同外,与经典分类基本一致。叶绿体基因trnH-psbA序列可以有效地鉴别石蒜属物种及分类,是一种有效分子标记。 展开更多
关键词 石蒜属 trnh-psbA序列 序列变异 种间关系 中国
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巴戟天及其伪品的psbA-trnH序列鉴定 被引量：8
13
作者 姬生国 王东 +1 位作者 张春荣 张宏意 《广东药学院学报》 CAS 2011年第3期253-255,共3页
目的利用叶绿体基因psbA-trnH间区序列探讨巴戟天及其常见伪品大果巴戟、樟叶巴戟、羊角藤、虎刺的分子鉴定方法。方法分别提取巴戟天及其伪品植物的总DNA,经PCR扩增纯化后,测序,利用Clustal X和MEGA3.1软件对序列进行分析。结果各样品p... 目的利用叶绿体基因psbA-trnH间区序列探讨巴戟天及其常见伪品大果巴戟、樟叶巴戟、羊角藤、虎刺的分子鉴定方法。方法分别提取巴戟天及其伪品植物的总DNA,经PCR扩增纯化后,测序,利用Clustal X和MEGA3.1软件对序列进行分析。结果各样品psbA-trnH序列长度为306 bp,巴戟天及其伪品之间存在多个特异性信息位点。结论 psbA-trnH序列可作为巴戟天分子鉴定的依据。 展开更多
关键词 巴戟天 伪品 psbA—trnh序列 鉴定
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利用核ITS序列和叶绿体psbA-trnH序列探讨野扁桃和矮扁桃分类学关系 被引量：4
14
作者 邱蓉 程中平 +1 位作者 王章利 辛海平 《果树学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第3期387-392,共6页
研究旨在通过植物学性状和分子生物学分析确认扁桃类植物中野扁桃和矮扁桃是否同物异名或是不同的2个种。从出版的专著和发表的文献中查找野扁桃和矮扁桃的植物学特征,对2者的描述进行对比,并以新疆塔城的野扁桃为实验材料,扩增其细胞核... 研究旨在通过植物学性状和分子生物学分析确认扁桃类植物中野扁桃和矮扁桃是否同物异名或是不同的2个种。从出版的专著和发表的文献中查找野扁桃和矮扁桃的植物学特征,对2者的描述进行对比,并以新疆塔城的野扁桃为实验材料,扩增其细胞核ITS序列和叶绿体psbA-trnH序列,与GeneBank中下载的矮扁桃的ITS和psbA-trnH序列进行比对。结果表明,野扁桃和矮扁桃的植物学特征描述基本一致,psbA-trnH序列100%相似,并且在以ITS序列对扁桃亚属所有物种进行构树时以100%的自展值聚在一起。对2者的主要植物学特征和分子生物学的核质基因序列综合分析,认为野扁桃和矮扁桃是一个种。 展开更多
关键词 野扁桃 矮扁桃 植物学性状 ITS psbA—trnh
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基于叶绿体基因rbcL和psbA-trnH间区探讨石杉科植物系统关系(英文) 被引量：12
15
作者 姬生国 霍克克 +1 位作者 王峻 潘胜利 《植物分类学报》 CSCD 北大核心 2008年第2期213-219,共7页
关于石杉科Huperziaceae植物的分类,一直存在一些争议。在旧的分类体系中石杉科植物被包含在一个混合的石松科Lycopodiaceae和多谱系的石松属Lycopodium中。本文利用叶绿体rbcL基因和psbA-trnH基因间区序列探讨石杉科植物的系统位置及... 关于石杉科Huperziaceae植物的分类,一直存在一些争议。在旧的分类体系中石杉科植物被包含在一个混合的石松科Lycopodiaceae和多谱系的石松属Lycopodium中。本文利用叶绿体rbcL基因和psbA-trnH基因间区序列探讨石杉科植物的系统位置及石杉科内部的分类关系,用最大简约法和邻接法对自测序列结合由GenBank下载的rbcL及psbA-trnH基因间区序列进行系统发育分析。结果显示,石杉科与Phylloglossum属关系较近,与石松科关系较疏远。在石杉科中热带石杉属Huperzia植物和马尾杉属Phlegmariurus植物的关系要比它们与其他石杉属植物更近。所以,我们的rbcL基因数据不支持秦仁昌关于石杉科分为石杉属和马尾杉属的分类处理。但是,因为我们的psbA-trnH序列没有包括热带种类,对石杉属植物和马尾杉属植物的关系无验证。因此需要更多的样品和序列数据进一步探讨石杉科的演化关系。 展开更多
关键词 石杉科 系统发育 PSBA-trnh RBCL基因
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不同地理居群破布叶的psbA-trnH和ITS2序列及其聚类分析 被引量：9
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作者 林爽 吴海燕 +1 位作者 张宏意 李坤平 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2017年第7期1403-1408,共6页
目的探讨破布叶Microcos paniculata不同地理居群间的DNA序列变异与地理分布的关系,为其种质资源评价和基原植物的分子鉴定提供参考。方法对破布叶14个居群14份个体样品以改良的3×CTAB法提取基因组DNA,选择特异的引物扩增ITS2和psb... 目的探讨破布叶Microcos paniculata不同地理居群间的DNA序列变异与地理分布的关系,为其种质资源评价和基原植物的分子鉴定提供参考。方法对破布叶14个居群14份个体样品以改良的3×CTAB法提取基因组DNA,选择特异的引物扩增ITS2和psb A-trnH序列;PCR扩增产物直接双向测序分析。DNAMAN 8.0软件处理测序数据,MEGA6.0软件计算K2P遗传距离,运用NJ法构建系统聚类树。结果破布叶14个居群的ITS2序列均为462 bp,共检测到14个变异位点,居群间遗传距离0.000 0~0.019 8。除云南景洪居群样本的psb A-trnH序列存在8 bp缺失外,其他13个居群样本的psb A-trnH序列均长387 bp,无变异,居群间遗传距离为0.000 0。结论不同地理居群破布叶的psb A-trnH较ITS2更为保守,二者PCR扩增引物特异性好,扩增效率和测序成功率高,对其药材及基原植物的分子鉴定可采用psb A-trnH为主,ITS2序列为辅的DNA条形码技术。 展开更多
关键词 破布叶 PSB A-trnh ITS2 DNA条形码 分子鉴定
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基于叶绿体psbA-trnH基因间区序列鉴定山东丹参为新种 被引量：12
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作者 李晓娟 韩建萍 +5 位作者 李建秀 陈晓辰 张龙霏 李佳 顾正位 张永清 《药学学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第8期1338-1344,共7页
为从分子水平鉴定山东丹参(Salvia shandongensis)及其近缘物种,本研究采用psbA-trnH序列对山东丹参、丹参(S.miltiorrhiza)和白花丹参(S.miltiorrhiza f.alba)共计33份材料进行了PCR扩增并测序,获得了该间隔区的完整序列。采用CodonCod... 为从分子水平鉴定山东丹参(Salvia shandongensis)及其近缘物种,本研究采用psbA-trnH序列对山东丹参、丹参(S.miltiorrhiza)和白花丹参(S.miltiorrhiza f.alba)共计33份材料进行了PCR扩增并测序,获得了该间隔区的完整序列。采用CodonCodeAligner进行序列拼接,应用MEGA5.0计算山东丹参及其近缘种的种内、种间的K2P距离,构建UPGMA树。结果显示,山东丹参psbA-trnH序列长度约为391 bp,丹参和白花丹参psbA-trnH序列长度约为386 bp,psbA-trnH序列在山东丹参及其近缘种种间存在丰富的变异,山东丹参种内平均K2P遗传距离为0,丹参和白花丹参种内平均K2P遗传距离分别为0.002和0.001,山东丹参与丹参种间遗传距离为0.034～0.04,与白花丹参种间遗传距离为0.005～0.008,山东丹参种内平均K2P遗传距离均远远小于丹参和白花丹参种间平均K2P遗传距离;聚类结果显示山东丹参与丹参、白花丹参(变型)可明显区分,这与形态分类特征相符。本研究首次从分子水平确立了山东丹参在植物分类学上的地位,揭示了山东丹参与近缘种之间的亲缘关系,为山东丹参药用植物新资源的开发提供DNA遗传分子鉴定的科学依据。研究结果表明psbA-trnH基因间区可作为条形码来鉴定山东丹参及其近缘种。 展开更多
关键词 psbA-trnh基因间区 山东丹参 丹参 白花丹参 DNA分子鉴定
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滇重楼的psbA-trnH条形码分子鉴定研究 被引量：16
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作者 刘涛 赵英良 +5 位作者 杨莹 王玲 李玛 王欣林 周博 杨生超 《天然产物研究与开发》 CAS CSCD 北大核心 2015年第5期758-762,共5页
为探讨滇重楼药材鉴定新方法,本研究通过对重楼样品提取基因组DNA,PCR扩增叶绿体psb A-trn H序列并进行双向测序,所得序列经Codon Code Aligner拼接后,采用MEGA5.0软件进行序列比对,计算种内和种间遗传距离(K2P),构建邻接数(neighbor-jo... 为探讨滇重楼药材鉴定新方法,本研究通过对重楼样品提取基因组DNA,PCR扩增叶绿体psb A-trn H序列并进行双向测序,所得序列经Codon Code Aligner拼接后,采用MEGA5.0软件进行序列比对,计算种内和种间遗传距离(K2P),构建邻接数(neighbor-joining tree)进行结果分析。研究表明,叶绿体psb A-trn H片段在滇重楼种内变异较小,平均K2P遗传距离为0.007,而滇重楼与其它重楼种间平均K2P遗传距离为0.025,滇重楼种间最大K2P遗传距离明显小于滇重楼与重楼属其它种内的最小K2P遗传距离。中药材DNA条形码鉴定系统比对和NJ树鉴定结果均表明psb A-trn H序列可区分滇重楼及其同属物种,且具有较好的稳定性和准确性,为保障临床安全用药提供了新的技术手段。 展开更多
关键词 滇重楼 DNA条形码 PSBA-trnh 分子鉴定
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青海栽培黄管秦艽的叶绿体DNA psbA-trnH核苷酸变异和遗传分析 被引量：15
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作者 张得钧 高庆波 +1 位作者 李福安 李永平 《安徽农业科学》 CAS 北大核心 2011年第25期15215-15217,共3页
[目的]研究青海栽培黄管秦艽（Gentiana officinalis H.Smith）的遗传多样性,对黄管秦艽遗传分化进行分析,为其品种选育提供建议。[方法]应用叶绿体DNApsbA-trnH序列对青海地区栽培黄管秦艽6个居群进行遗传多样性分析。[结果]共发现10... [目的]研究青海栽培黄管秦艽（Gentiana officinalis H.Smith）的遗传多样性,对黄管秦艽遗传分化进行分析,为其品种选育提供建议。[方法]应用叶绿体DNApsbA-trnH序列对青海地区栽培黄管秦艽6个居群进行遗传多样性分析。[结果]共发现10种不同的单倍型,通过单倍型序列间比对,发现了7个变异位点,黄管秦艽具有较高的遗传多样性（h=0.771）,单倍型多态性水平（h）为0.563~0.857,核苷酸多态性水平（π）为0.002 43~0.006 31。居群遗传分化系数Gst为0.196 0,基因流Nm值为2.05,80.40%遗传变异主要存在于居群内。[结论]青海栽培黄管秦艽的种质遗传多样性较高,有利于培育高品质的药材。 展开更多
关键词 黄管秦艽 叶绿体DNA PSBA-trnh 遗传变异
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基于psbA-trnH序列对穿龙薯蓣及同属物种的鉴别研究 被引量：7
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作者 赵容 邵飞 +1 位作者 尹海波 康廷国 《中国中药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2018年第5期938-944,共7页
利用psbA-trrtH序列建立一种能快速精准，将穿龙薯蓣区别于其他同属物种的方法。该实验收集全国17个不同产区，共144份穿龙薯蓣样本，从GenBank上下载的23份薯蓣属其他植物的psbA-trnH序列，使用DNAMAN8．0软件对测序后所得到的峰图进... 利用psbA-trrtH序列建立一种能快速精准，将穿龙薯蓣区别于其他同属物种的方法。该实验收集全国17个不同产区，共144份穿龙薯蓣样本，从GenBank上下载的23份薯蓣属其他植物的psbA-trnH序列，使用DNAMAN8．0软件对测序后所得到的峰图进行拼接和校对，使用MEGA6．0软件对序列进行分析比对。结果表明：穿龙薯蓣与毛胶薯蓣亲缘关系最近，与盾叶薯蓣亲缘关系最远，使用psbA-trnH序列作为DNA条形码能有效区分穿龙薯蓣与薯蓣属中的其他植物。 展开更多
关键词 psbA-trnh序列 穿龙薯蓣 薯蓣属
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