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Accelerated Recursive Feature Elimination Based on Support Vector Machine for Key Variable Identification 被引量:4
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作者 毛勇 皮道映 +1 位作者 刘育明 孙优贤 《Chinese Journal of Chemical Engineering》 SCIE EI CAS CSCD 2006年第1期65-72,共8页
Key variable identification for classifications is related to many trouble-shooting problems in process indus-tries. Recursive feature elimination based on support vector machine (SVM-RFE) has been proposed recently i... Key variable identification for classifications is related to many trouble-shooting problems in process indus-tries. Recursive feature elimination based on support vector machine (SVM-RFE) has been proposed recently in applica-tion for feature selection in cancer diagnosis. In this paper, SVM-RFE is used to the key variable selection in fault diag-nosis, and an accelerated SVM-RFE procedure based on heuristic criterion is proposed. The data from Tennessee East-man process (TEP) simulator is used to evaluate the effectiveness of the key variable selection using accelerated SVM-RFE (A-SVM-RFE). A-SVM-RFE integrates computational rate and algorithm effectiveness into a consistent framework. It not only can correctly identify the key variables, but also has very good computational rate. In comparison with contribution charts combined with principal component aralysis (PCA) and other two SVM-RFE algorithms, A-SVM-RFE performs better. It is more fitting for industrial application. 展开更多
关键词 variable selection support vector machine recursive feature elimination fault diagnosis
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Parameters selection in gene selection using Gaussian kernel support vector machines by genetic algorithm 被引量:11
2
作者 毛勇 周晓波 +2 位作者 皮道映 孙优贤 WONG Stephen T.C. 《Journal of Zhejiang University-Science B(Biomedicine & Biotechnology)》 SCIE EI CAS CSCD 2005年第10期961-973,共13页
In microarray-based cancer classification, gene selection is an important issue owing to the large number of variables and small number of samples as well as its non-linearity. It is difficult to get satisfying result... In microarray-based cancer classification, gene selection is an important issue owing to the large number of variables and small number of samples as well as its non-linearity. It is difficult to get satisfying results by using conventional linear sta- tistical methods. Recursive feature elimination based on support vector machine (SVM RFE) is an effective algorithm for gene selection and cancer classification, which are integrated into a consistent framework. In this paper, we propose a new method to select parameters of the aforementioned algorithm implemented with Gaussian kernel SVMs as better alternatives to the common practice of selecting the apparently best parameters by using a genetic algorithm to search for a couple of optimal parameter. Fast implementation issues for this method are also discussed for pragmatic reasons. The proposed method was tested on two repre- sentative hereditary breast cancer and acute leukaemia datasets. The experimental results indicate that the proposed method per- forms well in selecting genes and achieves high classification accuracies with these genes. 展开更多
关键词 Gene selection support vector machine (SVM) RECURSIVE feature elimination (RFE) GENETIC algorithm (GA) Parameter SELECTION
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纤维肌痛综合征生物标记物的筛选及免疫细胞浸润分析 被引量:1
3
作者 刘雅妮 杨静欢 +5 位作者 陆慧慧 易玉芳 李智翔 欧阳福 吴璟莉 魏兵 《中国组织工程研究》 CAS 北大核心 2025年第5期1091-1100,共10页
背景:纤维肌痛综合征作为常见风湿病,其发病与中枢敏化及免疫异常有关,但具体过程尚未阐明,缺乏特异性诊断标志物,不断探索该病的发病机制具有重要的临床意义。目的:基于加权基因共表达网络分析(WGCNA)等生物信息学方法和机器学习算法... 背景:纤维肌痛综合征作为常见风湿病,其发病与中枢敏化及免疫异常有关,但具体过程尚未阐明,缺乏特异性诊断标志物,不断探索该病的发病机制具有重要的临床意义。目的:基于加权基因共表达网络分析(WGCNA)等生物信息学方法和机器学习算法筛选纤维肌痛综合征潜在的诊断相关标志基因,并分析其免疫细胞浸润特征。方法:对来自基因表达综合数据库(GEO)的纤维肌痛综合征数据集转录谱进行差异分析和WGCNA分析,整合筛选出差异共表达基因,进一步采用机器学习套索回归(LASSO)算法、支持向量机递归特征消除(SVM-RFE)机器学习算法来识别核心生物标志物,并绘制受试者工作特征(ROC)曲线以评估诊断价值。最后,采用单样本基因集富集分析(ssGSEA)和基因集富集分析(GSEA)评估纤维肌痛综合征的免疫细胞浸润情况及通路富集。结果与结论:①对GSE67311数据集按照log2|(FC)|>0,P<0.05的条件进行差异分析后获得8个下调的差异表达基因;进行WGCNA分析后获得正相关性最高(r=0.22,P=0.04)的模块(MEdarkviolet)内含基因497个,负相关性最高(r=-0.41,P=6×10-5)的模块(MEsalmon2)内含基因19个;将差异表达基因与WGCNA的2个高相关性模块基因取交集,获得7个基因。②对上述7个基因进行LASSO回归算法筛选出4个基因,进行SVM-RFE机器学习算法筛选出5个基因,两者取交集后确定了3个核心基因,分别为重组1号染色体开放阅读框150蛋白(germinal center associated signaling and motility like,GCSAML)、整合素β8(Integrin beta-8,ITGB8)和羧肽酶A3(carboxypeptidase A3,CPA3);绘制3个核心基因的ROC曲线下面积分别为0.744,0.739,0.734,提示均具有很好的诊断价值,可作为纤维肌痛综合征的生物标志物。③免疫浸润分析结果显示,与对照组相比纤维肌痛综合征患者记忆B细胞、CD56 bright NK细胞和肥大细胞显著下调(P<0.05),且与上述3个生物标志物显著正相关(P<0.05)。④富集分析结果提示,纤维肌痛综合征的富集途径包括9条,主要与嗅觉传导、神经活性配体-受体相互作用及感染等通路密切相关。⑤上述结果显示,纤维肌痛综合征的发生发展与多基因参与、免疫调节异常及多个通路失调有关,但这些基因与免疫细胞之间的相互作用,以及它们与各通路之间的关系尚需进一步研究。 展开更多
关键词 纤维肌痛综合征 生物信息学 机器学习 免疫浸润 加权基因共表达网络分析 套索回归 支持向量机递归特征消除算法 单样本基因集富集分析 基因集富集分析
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利用支持向量数据描述和递归特征消除的水下慢速小目标轨迹特征选择方法 被引量:3
4
作者 赖凯 刘雄厚 杨益新 《声学学报》 北大核心 2025年第2期475-485,共11页
针对水下慢速小目标已有跟踪轨迹特征性能不优、信息冗余而导致分类识别性能不佳的问题,提出了利用改进支持向量数据描述(ISVDD)和递归特征消除(RFE)的ISVDD-RFE轨迹特征选择方法。首先,所提方法选择单分类SVDD以适配小目标分类识别所... 针对水下慢速小目标已有跟踪轨迹特征性能不优、信息冗余而导致分类识别性能不佳的问题,提出了利用改进支持向量数据描述(ISVDD)和递归特征消除(RFE)的ISVDD-RFE轨迹特征选择方法。首先,所提方法选择单分类SVDD以适配小目标分类识别所面临的小样本、类不平衡问题,通过逐步递归消除实现小目标的轨迹特征优选;其次,为提升SVDD-RFE轨迹特征选择能力,从递归效率、相关性和稳健性三个方面改善递归过程;最后,为克服SVDD缺乏全局信息的固有缺陷,从特征区分性和特征态势两方面评估所选轨迹特征,提升整体分类识别性能。实测数据处理结果表明,采用所提方法进行轨迹特征选择后,蛙人目标的精确率从93.8%提升至94.9%,召回率从84.7%提升至91.1%;无人水下航行器目标的精确率从89.0%提升至94.7%,召回率从83.1%提升至85.2%;小目标平均分类准确率从87.7%提升至91.5%。在小样本、类不平衡条件下,所提方法具有优于传统方法的性能。 展开更多
关键词 水下慢速小目标 分类识别 轨迹特征 特征选择 支持向量数据描述 递归特征消除
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基于生物信息学与机器学习挖掘胰腺癌铁死亡相关的关键基因
5
作者 张赟 钱普东 王敏 《药物生物技术》 2025年第4期419-425,共7页
胰腺癌是一种高致死性的恶性肿瘤,具有发病隐匿、进展迅速的特点,目前仍缺乏能够显著延长患者生存期的有效治疗手段,因此,发掘并分析胰腺癌发生发展的特异性分子靶标具有重要临床意义。铁死亡是一种依赖于铁代谢、半胱氨酸代谢及脂质代... 胰腺癌是一种高致死性的恶性肿瘤,具有发病隐匿、进展迅速的特点,目前仍缺乏能够显著延长患者生存期的有效治疗手段,因此,发掘并分析胰腺癌发生发展的特异性分子靶标具有重要临床意义。铁死亡是一种依赖于铁代谢、半胱氨酸代谢及脂质代谢途径的细胞死亡形式,其调控涉及多个关键基因和代谢物。文章整合了UCSC和GTEx数据库中胰腺癌患者与健康人胰腺组织的基因表达数据,并利用R语言进行分析。通过筛选铁死亡相关标志基因并取交集,鉴定出29个差异表达基因(DEGs)。进一步采用随机森林算法和支持向量机递归特征消除(support vector machine recursive feature elimination, SVM-RFE)监督机器学习方法,从29个铁死亡相关DEGs中筛选出5个关键基因:CBS、CISD1、GPX4、GSS和NOX1。结合患者生存期与关键基因的表达水平分析,最终确定谷胱甘肽合成酶(GSS)为胰腺癌中与铁死亡相关的潜在生物标志物,为胰腺癌的诊断和治疗提供了新的靶点。 展开更多
关键词 机器学习 随机森林 支持向量机递归特征消除 胰腺癌 铁死亡 谷胱甘肽合成酶
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An Effective Intrusion Detection System Based on the FSA-BGRU Hybrid Model
6
作者 Deng Zaihui Li Zihang +2 位作者 Guo Jianzhong Gan Guangming Kong Dejin 《China Communications》 2025年第2期188-198,共11页
Intrusion detection systems play a vital role in cyberspace security.In this study,a network intrusion detection method based on the feature selection algorithm(FSA)and a deep learning model is developed using a fusio... Intrusion detection systems play a vital role in cyberspace security.In this study,a network intrusion detection method based on the feature selection algorithm(FSA)and a deep learning model is developed using a fusion of a recursive feature elimination(RFE)algorithm and a bidirectional gated recurrent unit(BGRU).Particularly,the RFE algorithm is employed to select features from high-dimensional data to reduce weak correlations between features and remove redundant features in the numerical feature space.Then,a neural network that combines the BGRU and multilayer perceptron(MLP)is adopted to extract deep intrusion behavior features.Finally,a support vector machine(SVM)classifier is used to classify intrusion behaviors.The proposed model is verified by experiments on the NSL-KDD dataset.The results indicate that the proposed model achieves a 90.25%accuracy and a 97.51%detection rate in binary classification and outperforms other machine learning and deep learning models in intrusion classification.The proposed method can provide new insight into network intrusion detection. 展开更多
关键词 bidirectional GRU feature selection intrusion detection system multilayer perceptron recursive feature elimination support vector machine
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基于SVM RFE的人脸特征选择方法 被引量:4
7
作者 李伟红 龚卫国 +2 位作者 陈伟民 梁毅雄 尹克重 《光电工程》 EI CAS CSCD 北大核心 2006年第5期113-117,共5页
提出一种新的基于SVMRFE(SupportVectorMachineRecursiveFeatureElimination)的人脸特征选择方法。该方法将权重矢量和半径/间隔作为SVMRFE的特征选择标准,采用缩放因子梯度算法优化特征搜索。基于该方法构建了一种实用、有效的人脸特... 提出一种新的基于SVMRFE(SupportVectorMachineRecursiveFeatureElimination)的人脸特征选择方法。该方法将权重矢量和半径/间隔作为SVMRFE的特征选择标准,采用缩放因子梯度算法优化特征搜索。基于该方法构建了一种实用、有效的人脸特征提取、选择及识别框架,并在UMIST人脸数据库上进行了验证实验。对特征选择前后的分类能力及速度进行了分析比较,结果表明,该方法是一种实用、有效的人脸特征选择方法,可以在特征维数为80左右时,达到94.62%的分类识别率。 展开更多
关键词 特征选择 人脸识别 支持向量机 SVM RFE
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基于SVM-RFE的钓鱼网页检测方法研究 被引量:3
8
作者 王婷 彭勇 +2 位作者 戴忠华 伊胜伟 韩兰胜 《华中科技大学学报(自然科学版)》 EI CAS CSCD 北大核心 2013年第S2期143-146,共4页
针对现有钓鱼网页检测方法存在的不足,基于后向选择算法,在信息获取、特征提取、分类器训练及检测疑似网络钓鱼网页等过程进行了优化.根据特征之间的相互关系划分等级空间,借助支持向量机回归特征消除的思想,提出了基于支持向量机的回... 针对现有钓鱼网页检测方法存在的不足,基于后向选择算法,在信息获取、特征提取、分类器训练及检测疑似网络钓鱼网页等过程进行了优化.根据特征之间的相互关系划分等级空间,借助支持向量机回归特征消除的思想,提出了基于支持向量机的回归特征消除(SVM-RFE)对钓鱼网页进行检测的思路,设计出一种改进的钓鱼网页检测方法.最后对比不同特征维度在漏报率、误报率、识别率方面的差异,分析检测的有效性.实验结果表明:实际应用中可通过该方法准确有效地选定最优特征. 展开更多
关键词 网络钓鱼检测 支持向量机 回归特征消除 特征选择 特征向量 钓鱼网页
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基于SVM-RFE-SFS的基因选择方法 被引量:11
9
作者 游伟 李树涛 谭明奎 《中国生物医学工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第1期93-99,共7页
基因微阵列数据通常包含大量与肿瘤分类无关的数据,会严重降低肿瘤诊断的准确率;基因微阵列数据还存在小样本、高维度的问题,也增加了肿瘤诊断的难度,所以必须对其进行基因选择。提出一种新的基于支持向量机(SVM)、联合递归特征去除(RFE... 基因微阵列数据通常包含大量与肿瘤分类无关的数据,会严重降低肿瘤诊断的准确率;基因微阵列数据还存在小样本、高维度的问题,也增加了肿瘤诊断的难度,所以必须对其进行基因选择。提出一种新的基于支持向量机(SVM)、联合递归特征去除(RFE)和序列前向选择(SFS)的基因选择方法。首先利用SVM计算每个基因的排序准则分数,再利用排序准则分数的一阶差分把基因划分为若干小组;对排序准则分数值最小的基因小组进行递归特征去除,消去噪声基因,同时对排序准则分数值最大的基因小组进行序列前向选择,选取有效信息基因。对白血病、结肠癌、乳腺癌基因微阵列数据的实验结果表明,所提出的方法运行效率高、分类性能好。 展开更多
关键词 基因选择 支持向量机 递归特征去除 序列前向选择
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SVM-RFE高光谱数据波段选择中核函数的研究 被引量:9
10
作者 张汉奎 黄波 俞乐 《遥感技术与应用》 CSCD 北大核心 2013年第5期747-752,共6页
基于支持向量机(SVM)的迭代特征删除(SVM—RFE)法用于高光谱数据波段选择时,常用的非线性核函数训练时间长,并且每删除一个波段均需要重新训练SVM,总体效率低。研究表明在SVM分类中非线性核函数并不一定优于线性核函数。对比分... 基于支持向量机(SVM)的迭代特征删除(SVM—RFE)法用于高光谱数据波段选择时,常用的非线性核函数训练时间长,并且每删除一个波段均需要重新训练SVM,总体效率低。研究表明在SVM分类中非线性核函数并不一定优于线性核函数。对比分析了两种核函数SVM在SVM—RFE中对分类结果的影响,并设计了两种提高SVM—RFE效率的策略:比率加速法和固定加速法。通过对AVIRIS高光谱数据实验得出:①SVM的分类精度随着冗余波段的增加而略微下降,即从分类精度上考虑SVM也需要特征选择;②相对于非线性核SVM—RFE,线性SVM—RFE选择出的最佳波段组合分类精度高1%~3%,训练时间极大减少;③两种效率优化策略均能提高特征选择效率,比率加速法在时间效率和分类精度上均优于固定加速法。 展开更多
关键词 支持向量机分类 Hughes现象 波段选择 迭代特征删除
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人脸特征选择中的SVM泛化误差估计 被引量:3
11
作者 李伟红 龚卫国 +1 位作者 杨利平 辜小花 《光学精密工程》 EI CAS CSCD 北大核心 2008年第8期1452-1458,共7页
为了研究在人脸特征选择中用支持向量机(SVM)泛化误差界作特征选择判据的有效性问题,结合过滤(Filter)和封装(Wrapper)模型构造了人脸特征选择及识别的新框架,将小波变换(WT)和核主元分析(KPCA)作为Filter模型,最小化SVM的VC维(VC)留一... 为了研究在人脸特征选择中用支持向量机(SVM)泛化误差界作特征选择判据的有效性问题,结合过滤(Filter)和封装(Wrapper)模型构造了人脸特征选择及识别的新框架,将小波变换(WT)和核主元分析(KPCA)作为Filter模型,最小化SVM的VC维(VC)留一法(LOO)误差界及支持向量span误差界作为Wrapper模型的特征选择判据;通过递归特征排除法(RFE)在UMIST人脸图像库上进行人脸特征选择及识别实验。实验结果表明:判据为VC维的LOO误差界和支持向量span误差界时,特征维数可以分别降低到80和70,而分类识别率仍然能达到94%以上,表明本文所提出的特征选择判据和特征搜索策略是解决人脸特征选择问题的一种有效方法。 展开更多
关键词 SVM泛化误差界 人脸特征选择 Filter模型 Wrapper模型 递归特征排除法
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改进的多类支持向量机递归特征消除在癌症多分类中的应用 被引量:10
12
作者 黄晓娟 张莉 《计算机应用》 CSCD 北大核心 2015年第10期2798-2802,共5页
为处理癌症多分类问题,已经提出了多类支持向量机递归特征消除(MSVM-RFE)方法,但该方法考虑的是所有子分类器的权重融合,忽略了各子分类器自身挑选特征的能力。为提高多分类问题的识别率,提出了一种改进的多类支持向量机递归特征消除(MM... 为处理癌症多分类问题,已经提出了多类支持向量机递归特征消除(MSVM-RFE)方法,但该方法考虑的是所有子分类器的权重融合,忽略了各子分类器自身挑选特征的能力。为提高多分类问题的识别率,提出了一种改进的多类支持向量机递归特征消除(MMSVM-RFE)方法。所提方法利用一对多策略把多类问题化解为多个两类问题,每个两类问题均采用支持向量机递归特征消除来逐渐剔除掉冗余特征,得到一个特征子集;然后将得到的多个特征子集合并得到最终的特征子集;最后用SVM分类器对获得的特征子集进行建模。在3个基因数据集上的实验结果表明,改进的算法整体识别率提高了大约2%,单个类别的精度有大幅度提升甚至100%。与随机森林、k近邻分类器以及主成分分析(PCA)降维方法的比较均验证了所提算法的优势。 展开更多
关键词 支持向量机 特征选择 递归特征消除 癌症分类 基因数据
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ReliefF-SVM RFE组合式特征选择人脸识别 被引量:6
13
作者 孔英会 张少明 《计算机工程与应用》 CSCD 2013年第11期169-171,212,共4页
针对人脸识别中因特征个数较多对识别的实时性和准确性影响较大的问题,提出了ReliefF-SVM RFE组合式特征选择的人脸识别方法。利用离散余弦变换提取特征和ReliefF对人脸图像特征集做特征初选,降低特征维数空间,再用改进的SVM RFE(Suppor... 针对人脸识别中因特征个数较多对识别的实时性和准确性影响较大的问题,提出了ReliefF-SVM RFE组合式特征选择的人脸识别方法。利用离散余弦变换提取特征和ReliefF对人脸图像特征集做特征初选,降低特征维数空间,再用改进的SVM RFE(Support Vector Machine Recursive Feature Elimination)选择最优特征,解决了利用SVM RFE特征选择时因特征数多而算法需多次训练耗时长的问题。对训练得到的特征排序表采用交叉留一验证方法选取最优子集,再由SVM分类识别。在UMIST人脸库上实验证明,可以在特征数为52时,达到98.84%的识别率,识别时间仅需0.037s。 展开更多
关键词 人脸识别 支持向量机回归特征消除(SVM RFE) RELIEFF 离散余弦变换 特征选择
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基于机器学习方法的丙型肝炎病毒非结构蛋白5B聚合酶抑制剂活性预测(英文) 被引量:5
14
作者 吕巍 薛英 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2011年第6期1407-1416,共10页
在丙型肝炎病毒(HCV)的基因复制和蛋白质成熟的过程中,非结构蛋白5B(NS5B)作为RNA依赖的RNA聚合酶起到了重要的作用.抑制NS5B聚合酶可以阻止丙型肝炎病毒的RNA复制,因此成为一种治疗丙型肝炎的有效方法.通过计算机方法进行虚拟筛选和预... 在丙型肝炎病毒(HCV)的基因复制和蛋白质成熟的过程中,非结构蛋白5B(NS5B)作为RNA依赖的RNA聚合酶起到了重要的作用.抑制NS5B聚合酶可以阻止丙型肝炎病毒的RNA复制,因此成为一种治疗丙型肝炎的有效方法.通过计算机方法进行虚拟筛选和预测NS5B聚合酶抑制剂已经变得越来越重要.本文主要采用机器学习方法(支持向量机(SVM)、k-最近相邻法(k-NN)和C4.5决策树(C4.5DT))对已知的丙型肝炎病毒NS5B蛋白酶抑制剂与非抑制剂建立分类预测模型.1248个结构多样性化合物(552个NS5B抑制剂与696个非NS5B抑制剂)被用于测试分类预测系统,并用递归变量消除法选择与NS5B抑制剂相关的性质描述符以提高预测精度.独立验证集的总预测精度为84.1%-85.0%,NS5B抑制剂的预测精度为81.4%-91.7%,非NS5B抑制剂的预测精度为78.2%-87.2%.其中支持向量机给出最好的NS5B抑制剂预测精度(91.7%);C4.5决策树给出最好的非NS5B抑制剂预测精度(87.2%);k-最近相邻法给出最好的总预测精度(85.0%).研究表明机器学习方法可以有效预测未知数据集中潜在的NS5B抑制剂,并有助于发现与其相关的分子描述符. 展开更多
关键词 机器学习方法 分子描述符 递归变量消除法 支持向量机 丙型肝炎病毒
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基于多类支持向量机递归特征消除方法特征选择的原发性肝癌患者预后预测 被引量:7
15
作者 李琳 杨日东 +4 位作者 王哲 杨红梅 华赟鹏 周毅 张学良 《生物医学工程研究》 2019年第1期32-36,共5页
本研究通过特征选择的方法,分析肝癌患者术前临床信息,提高患者的预后模型的准确性。基于多类支持向量机递归特征消除(recursive feature elimination based on multiple support vector machine,MSVM-RFE)方法对进行过肝切除手术的原... 本研究通过特征选择的方法,分析肝癌患者术前临床信息,提高患者的预后模型的准确性。基于多类支持向量机递归特征消除(recursive feature elimination based on multiple support vector machine,MSVM-RFE)方法对进行过肝切除手术的原发性肝癌患者的临床变量进行重要特征排序,使用5折交叉验证的支持向量机确定最优特征子集,构造原发性肝癌患者术后的1年、3年无瘤生存和总体生存的列线图。通过与临床医生沟通,确认特征排序结果为合理的。患者3年无瘤生存风险和总生存风险的列线图的一致性指数分别为0.701和0.706。使用多类支持向量机递归特征消除方法后的预测模型准确率有所提高,列线图在临床实践中能够提供患者生存风险信息,简单清晰的反映患者的生存风险。 展开更多
关键词 特征选择 多类支持向量机递归特征消除方法 列线图 预后预测 原发性肝癌
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基于机器学习方法的激素敏感脂肪酶抑制剂活性预测(英文) 被引量:4
16
作者 吕巍 薛英 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2010年第2期471-477,共7页
脂肪组织中,激素敏感脂肪酶(HSL)被认为是调节脂肪酸代谢的关键限速酶.HSL在糖尿病的发病过程中起重要作用,抑制HSL活性有助于糖尿病的治疗,因此探索新颖的HSL抑制剂成为当前研究的热门.在激素敏感脂肪酶的作用机制和三维结构缺乏的情况... 脂肪组织中,激素敏感脂肪酶(HSL)被认为是调节脂肪酸代谢的关键限速酶.HSL在糖尿病的发病过程中起重要作用,抑制HSL活性有助于糖尿病的治疗,因此探索新颖的HSL抑制剂成为当前研究的热门.在激素敏感脂肪酶的作用机制和三维结构缺乏的情况下,需要发展预测HSL抑制剂的方法.本文采用几种机器学习方法(支持向量机(SVM)、k-最近相邻法(k-NN)和C4.5决策树(C4.5DT))对已知的HSL抑制剂与非抑制剂建立分类预测模型.252个结构多样性化合物(123个HSL抑制剂与129个HSL非抑制剂)被用于测试分类预测系统,并用递归变量消除法选择与HSL抑制剂相关的性质描述符以提高预测精度.本研究对独立验证集的总预测精度为75.0%-80.0%,HSL抑制剂的预测精度为85.7%-90.5%,非HSL抑制剂的预测精度为63.2%-68.4%.支持向量机方法给出最好的总预测精度(80.0%).本研究表明支持向量机等机器学习方法可以有效预测未知数据集中潜在的HSL抑制剂,并有助于发现与其相关的分子描述符. 展开更多
关键词 支持向量机激 素敏感脂肪酶 机器学习方法 分子描述符 递归变量消除法
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属性约简结合GWO-SVC的乳腺恶性肿瘤数据诊断研究 被引量:6
17
作者 周孟然 卞凯 +4 位作者 刘卫勇 陈焱焱 胡锋 来文豪 闫鹏程 《计算机应用与软件》 北大核心 2019年第8期155-159,234,共6页
乳腺癌是最常见的恶性肿瘤之一,也是仅次于肺癌死亡的第二大凶手。乳腺恶性肿瘤的准确迅速诊断对于癌症的治疗有着重要的意义。模式识别机器学习算法用于乳腺肿瘤的辨识可有效弥补传统诊断方法辨识精度的不足。提出一种支持向量机递归... 乳腺癌是最常见的恶性肿瘤之一,也是仅次于肺癌死亡的第二大凶手。乳腺恶性肿瘤的准确迅速诊断对于癌症的治疗有着重要的意义。模式识别机器学习算法用于乳腺肿瘤的辨识可有效弥补传统诊断方法辨识精度的不足。提出一种支持向量机递归特征消去(Support Vector Machine Recursive Feature Elimination,SVM-RFE)与灰狼优化支持向量分类(Grey Wolf Optimal Support Vector Classification,GWO-SVC)的组合算法。用SVM-RFE对乳腺肿瘤数据的30条属性进行约简,将属性约简后得到的18条属性数据用于GWO-SVC学习建模,发现训练集分类准确率高达99.33%,测试集分类准确率高达99.11%,耗时只需2.12s。通过对比不同的智能算法分类结果表明,该方法具有较高的辨识精度与泛化能力。 展开更多
关键词 灰狼优化 递归特征消去 支持向量分类 乳腺恶性肿瘤 模式识别
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基于SVM-RFE算法的凋亡蛋白亚细胞定位预测 被引量:4
18
作者 刘太岗 王春华 《计算机工程与应用》 CSCD 北大核心 2017年第10期155-159,共5页
获取凋亡蛋白亚细胞定位的信息对揭示细胞程序性死亡的机制和注解蛋白质功能都具有非常重要的意义。鉴于实验方法确定亚细胞定位不仅费时费力而且代价过高,开发快速有效的计算方法预测亚细胞定位已成为生物信息学领域的重要研究内容之... 获取凋亡蛋白亚细胞定位的信息对揭示细胞程序性死亡的机制和注解蛋白质功能都具有非常重要的意义。鉴于实验方法确定亚细胞定位不仅费时费力而且代价过高,开发快速有效的计算方法预测亚细胞定位已成为生物信息学领域的重要研究内容之一。首先基于位置特异性得分矩阵提取氨基酸组分、二肽组分和自协方差变量等特征构建蛋白质序列的特征表示模型,然后采用递归特征消除法进行特征选择,最后选用支持向量机分类器在两个常用数据集上进行夹克刀检验。实验结果表明,该方法优于大多数已报道的预测方法,从而证明了其有效性。 展开更多
关键词 位置特异性得分矩阵 自协方差变换 支持向量机 递归特征消除 夹克刀检验
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矿产预测中的成矿因子选择方法:以滇东南金矿预测为例 被引量:1
19
作者 俞乐 柏坚 张汉奎 《浙江大学学报(理学版)》 CAS CSCD 北大核心 2011年第3期348-353,共6页
由于矿产地质信息的复杂性和不确定性,难以建立精确的数学模型来确定矿产资源的分布状况.非线性分析建模技术,如人工神经网络(Artificial Neural Network,ANN)、支持向量机(Support Vector Machine,SVM)等,给矿产预测工作提供了新的途径... 由于矿产地质信息的复杂性和不确定性,难以建立精确的数学模型来确定矿产资源的分布状况.非线性分析建模技术,如人工神经网络(Artificial Neural Network,ANN)、支持向量机(Support Vector Machine,SVM)等,给矿产预测工作提供了新的途径.这类方法在处理数据时可以避免数据分析和建模的困难,即不须理解各种成矿因子与矿床(点)之间的相互关系,只须选择已知的矿床(点)和非矿产(点),进行"黑箱"学习.虽然经过合理的训练,这类方法能够得到较高的预测精度,但由于其分类过程的非线性特性,难以获得容易理解的分类规则,提供成矿因子的知识.本文采用基于SVM的迭代特征消去(Recursive Feature Elimination,RFE)技术(SVM-RFE),即在SVM模型的训练过程中,采用RFE特征选择方法,从所有输入的成矿因子中选择出对矿床(点)能正确预测的重要因子,以提供对输入模型的成矿因子的客观评价.通过对滇东南地区金矿预测的实践表明,采用SVM-RFE技术从原始10类成矿因子中自动选择6类进行预测的精度从68.42%提高到94.74%,并且得到该区域进行矿产预测的成矿因子重要性依次是:Au异常、As异常、侵入岩、下三叠统与中三叠统之间的平行不整合面、上二叠统与三叠系的平行不整合面、断裂交汇点密度、石炭系和下二叠统间的平行不整合面、中上泥盆统和石炭系间的平行不整合面、Sb异常和Hg异常,从中选取前6类成矿因子进行SVM训练得到的预测精度最高.这一结论可为在该区域进行矿产预测的资料选取,以及对成矿因子的理解提供支持. 展开更多
关键词 特征选择 支持向量机 迭代特征消去 金矿 滇东南
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MR影像体素形态学的阿尔茨海默病自动分类方法 被引量:4
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作者 郭圣文 池敏越 +5 位作者 岑桂英 匡翠立 牛传筱 赖春任 吴效明 The Alzheimer's Disease Neuroimaging Initiative (ADNI) 《东南大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2015年第2期260-265,共6页
为了确定轻度认知功能障碍(MCI)与阿尔茨海默病(AD)患者发生萎缩的重要脑区,实现正常老年人(NC)对照组、MCI与AD三组人群的分类,选择了178名被试的脑部MR影像,利用体素形态学与方差分析方法,考察NC,MCI与AD三组人群的MR影像中灰质体积差... 为了确定轻度认知功能障碍(MCI)与阿尔茨海默病(AD)患者发生萎缩的重要脑区,实现正常老年人(NC)对照组、MCI与AD三组人群的分类,选择了178名被试的脑部MR影像,利用体素形态学与方差分析方法,考察NC,MCI与AD三组人群的MR影像中灰质体积差异;然后,采用递归特征消去法对特征进行降维;最后,利用线性支持向量机对这3种人群进行分类.实验结果表明,MCI组与NC组、MCI组与AD组、AD组与NC组的平均分类准确率分别为(90.2±1.3)%,(74.7±0.9)%,100%.对分类产生重要影响的脑区包括海马、海马旁回、杏仁核、梭状回和嗅皮层等.所提方法不仅能有效揭示NC,MCI,AD三组人群的脑灰质差异,阐明MCI患者与AD患者脑区发生萎缩的过程与特性,而且能准确区分这3组人群,具有显著的临床应用价值. 展开更多
关键词 阿尔茨海默病 轻度认知功能障碍 体素形态学 支持向量机 递归特征消除
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