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Sensitivity analysis for causal mediation analysis with Mendelian randomization
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作者 Zhiya Chen Yuxi Chen Hong Zhang 《中国科学技术大学学报》 CSCD 北大核心 2024年第12期22-32,49,I0004,I0008,I0009,共15页
Mendelian randomization(MR)is widely used in causal mediation analysis to control unmeasured confounding effects,which is valid under some strong assumptions.It is thus of great interest to assess the impact of violat... Mendelian randomization(MR)is widely used in causal mediation analysis to control unmeasured confounding effects,which is valid under some strong assumptions.It is thus of great interest to assess the impact of violations of these MR assumptions through sensitivity analysis.Sensitivity analyses have been conducted for simple MR-based causal average effect analyses,but they are not available for MR-based mediation analysis studies,and we aim to fill this gap in this paper.We propose to use two sensitivity parameters to quantify the effect due to the deviation of the IV assumptions.With these two sensitivity parameters,we derive consistent indirect causal effect estimators and establish their asymptotic propersties.Our theoretical results can be used in MR-based mediation analysis to study the impact of violations of MR as-sumptions.The finite sample performance of the proposed method is illustrated through simulation studies,sensitivity ana-lysis,and application to a real genome-wide association study. 展开更多
关键词 mendelian randomization mediation analysis sensitivity analysis summary data
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多组学拓展骨质疏松症的新治疗靶点:亚洲、欧洲项目组数据分析
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作者 陈勇喜 《中国组织工程研究》 北大核心 2026年第24期6382-6389,共8页
背景:随着中国老龄化进程的加快,骨质疏松症患者也逐渐增多,而全基因组关联研究和单细胞转录测序的发展使得研究者们可通过将各组学研究数据相结合以发现更多与骨质疏松症相关的基因。目的:通过整合亚洲、欧洲人群的全基因组关联研究和... 背景:随着中国老龄化进程的加快,骨质疏松症患者也逐渐增多,而全基因组关联研究和单细胞转录测序的发展使得研究者们可通过将各组学研究数据相结合以发现更多与骨质疏松症相关的基因。目的:通过整合亚洲、欧洲人群的全基因组关联研究和转录组学,基于汇总统计数据的孟德尔随机化拓展骨质疏松症新的治疗靶点。方法:通过整合来自多个组织(血液、肌肉-骨骼)的顺式表达数量性状位点和蛋白质数量性状位点数据集(基因-组织表达项目组V.8选取了人类血液与骨骼-肌肉两种组织的表达数量性状位点数据集,基因-组织表达项目组是研究基因表达在不同组织/器官中变异及其与遗传调控关系的大型国际合作项目)及骨质疏松症全基因组关联研究数据(FinnGen数据库2021年发布的关于欧洲人种骨质疏松症的全基因组关联研究数据,FinnGen是芬兰的一个大型基因组研究项目);从日本生物银行数据库获取的2020年发布关于东亚人群的大规模全基因组关联研究,是日本主导的大规模人群队列研究项目,使用基于汇总统计数据的孟德尔随机化方法来鉴定骨质疏松症的相关基因,并使用共定位分析、单细胞测序及富集分析对已鉴定出的相关基因做进一步分析。所有数据均来自于已发表的研究或公开可用的数据,均已提供伦理审批书和知情同意书。结果与结论:①基于汇总统计数据的孟德尔随机化分析一共确定了64个(去除重复基因后)与骨质疏松症显著相关的基因,其中人类白细胞抗原(HLA)等位基因HLA-DQA1、HLA-DQA2、HLA-DQB1、HLA-DQB2和HLA-DRB5在2个结局数据集中得到了相互验证,具有显著相关性;②进一步的共定位分析表明,HLA-DQA2、HLA-DQB1具有共定位的证据(后验概率PPH4>0.8);③蛋白质数量性状位点分析结果表明,血浆中高水平的HLA-DQA2与骨质疏松症风险降低相关;④在单细胞测序分析方面,在骨质疏松症的免疫微环境中,树突状细胞、B细胞、巨噬细胞和中性粒细胞丰度较其他细胞群明显升高;⑤富集分析结果表明,鉴定出的基因在组织相容性复合物Ⅱ分子抗原呈递途径富集;⑥此次研究通过生物信息学结合亚洲、欧洲人群的全基因组关联数据,初步确定了几个以前尚未报道过的与骨质疏松症相关的基因,研究者们可在临床试验中进一步探索上述基因作为骨质疏松症新的治疗途径的潜力。 展开更多
关键词 全基因组关联研究 单细胞测序 骨质疏松症 基于汇总数据的孟德尔随机化
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DYRK2:基于东亚和欧洲人群揭示类风湿关节炎合并骨质疏松症的治疗新靶点
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作者 吴治林 何秦 +4 位作者 王枰稀 石现 袁松 张骏 王浩 《中国组织工程研究》 北大核心 2026年第6期1569-1579,共11页
背景:研究表明,类风湿关节炎与骨质疏松症呈正相关趋势,但因果关系和相关机制仍未得到证实。随着计算机科学和生命科学的交叉融合,基于全基因组关联研究数据和转录组测序数据进行孟德尔随机化和生信分析,可以评估两疾病间的因果关系、... 背景:研究表明,类风湿关节炎与骨质疏松症呈正相关趋势,但因果关系和相关机制仍未得到证实。随着计算机科学和生命科学的交叉融合,基于全基因组关联研究数据和转录组测序数据进行孟德尔随机化和生信分析,可以评估两疾病间的因果关系、探索相关机制以及挖掘治疗靶点,这将利于类风湿关节炎合并骨质疏松症的精准治疗。目的:采用双样本孟德尔随机化分析类风湿关节炎和骨质疏松症间的因果关系,同时基于汇总数据的孟德尔随机化分析和生信分析挖掘潜在共病靶点和靶向药物,旨在为类风湿关节炎合并骨质疏松症的机制探索和精准治疗提供理论依据。方法:①从基于亚洲人群和欧洲人群的GWAS Catalog、IEU Open GWAS、FinnGen以及eQTLGen数据库下载类风湿关节炎、骨质疏松症和顺式表达数量性状位点的全基因组关联研究数据,用于双样本孟德尔随机化和基于汇总数据的孟德尔随机化分析。②从GEO数据库下载类风湿关节炎的转录组测序数据(GSE93272和GSE15573),用于生物信息学分析。③以逆方差加权法作为主要分析方法,进行类风湿关节炎和骨质疏松症之间的正向和反向双样本孟德尔随机化分析,并用MR Egger法、简单模式法、加权中位数法和加权模式法对结果加以佐证。④基于汇总数据的孟德尔随机化分析鉴定与类风湿关节炎和骨质疏松症相关的基因,并基于交叉分析挖掘出类风湿关节炎和骨质疏松症共病靶点。同时,基于生信分析和细胞实验验证共病靶点的生物学功能。⑤此外,基于DYRK2构建类风湿关节炎风险预测诺莫图,通过受试者特征曲线、矫正曲线和决策曲线验证预测性能。最后,基于Enrichr数据库挖掘靶点潜在药物并进行分子对接。结果与结论:①正向孟德尔随机化分析结果显示,除外GCST90044540和GCST90086118无统计学意义,其他所有结果均表明类风湿关节炎和骨质疏松症间存在显著因果关系,并且呈正相关。②反向孟德尔随机化分析结果提示,骨质疏松症和类风湿关节炎间未见显著因果关系。③基于汇总数据的孟德尔随机化分析共鉴定出412和344个与类风湿关节炎和骨质疏松症正相关的基因,421和347个负相关基因。基于交叉分析得到26个共病基因。其中,DYRK2是潜在治疗靶点,后续生信分析和细胞实验证实DYRK2在类风湿关节炎和骨质疏松症的进展过程中发挥重要作用。④此外,构建的诺莫图具有出色的预测性能。最后,挖掘出4个DYRK2的潜在靶向药物(Undecanoic Acid、Metyrapone、JNJ-38877605和ACA),分子对接也证明具有可靠的靶向能力。⑤总之,基于亚洲人群和欧洲人群的全基因组关联研究数据证明了类风湿关节炎和骨质疏松症在遗传学层面存在着因果关系,DYRK2是潜在治疗靶点,有4种小分子是潜在靶向药物。 展开更多
关键词 类风湿关节炎 骨质疏松症 孟德尔随机化 基于汇总数据的孟德尔随机化 共病基因 DYRK2
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Epstein-Barr病毒与强直性脊柱炎互作:基于UK Biobank与FinnGen数据库的分析
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作者 刘恩旭 孙钰 +3 位作者 段嘉豪 杨雷 蒋浩波 杨少锋 《中国组织工程研究》 北大核心 2026年第17期4542-4547,共6页
背景:Epstein-Barr病毒(EBV)作为一种人类疱疹病毒,在人群中广泛存在。既往观察性研究提示EBV感染与强直性脊柱炎相关,但传统方法因混杂因素和反向因果偏倚无法明确因果关联。阐明EBV与强直性脊柱炎的因果关联,不仅有助于揭示强直性脊... 背景:Epstein-Barr病毒(EBV)作为一种人类疱疹病毒,在人群中广泛存在。既往观察性研究提示EBV感染与强直性脊柱炎相关,但传统方法因混杂因素和反向因果偏倚无法明确因果关联。阐明EBV与强直性脊柱炎的因果关联,不仅有助于揭示强直性脊柱炎的免疫致病机制,也为靶向EBV的预防策略提供理论依据。目的:通过双向孟德尔随机化分析,探讨EBV感染与强直性脊柱炎之间的双向因果关系。方法:基于欧洲人群的全基因组关联研究汇总数据,采用双向双样本孟德尔随机化分析,结合广义汇总数据孟德尔随机化与传统方法(逆方差加权、MR-Egger、加权中位数),探讨EBV感染与强直性脊柱炎的双向因果关系。EBV抗体(EA-D、EBNA-1、VCA p18、ZEBRA)数据来源于UK Biobank数据库,强直性脊柱炎数据来自FinnGen数据库。工具变量筛选遵循全基因组显著性(P<5×10^(-6))、排除连锁不平衡及混杂相关单核苷酸多态性(吸烟、类风湿关节炎、银屑病)。统计检验采用Bonferroni校正(显著性阈值P=6.3×10^(-3)),并通过异质性(Cochran’s Q)、多效性(MR-Egger截距、MR-PRESSO)及稳健性(留一法)分析验证结果的可靠性。广义汇总数据孟德尔随机化方法进一步通过HEIDI-outlier检验(P<0.01)剔除多效性单核苷酸多态性,确保因果推断的准确性。结果与结论:①双向孟德尔随机化分析显示,EBV感染显著增加强直性脊柱炎发病风险:EBNA-1抗体水平升高与强直性脊柱炎风险呈正相关(OR=1.41,95%CI:1.14-1.76,P=0.002),而ZEBRA抗体效应更强(OR=1.56,95%CI:1.31-1.85,P=5.4×10^(-7)),提示EBV潜伏期(EBNA-1)与裂解期(ZEBRA)感染均可能通过交叉免疫反应驱动强直性脊柱炎发生;②反向因果分析显示,强直性脊柱炎与EBV裂解期标志物EA-D抗体呈负相关(OR=0.96,95%CI:0.94-0.98,P=3.25×10^(-4)),表明强直性脊柱炎患者免疫状态可能抑制EBV再激活;③所有结果通过异质性、多效性及稳健性检验,无潜在偏倚;④此研究基于国际数据库和欧洲人群数据,首次证实EBV感染是强直性脊柱炎的独立因果风险因素。尽管人群遗传背景存在差异,但欧洲人群的发现为解析强直性脊柱炎的共性免疫机制提供了关键线索。因此,未来需结合中国本土队列验证结果,探索EBV与中国人群强直性脊柱炎的分子互作特征。此外,广义汇总数据孟德尔随机化方法的应用为利用公共全基因组关联研究数据开展因果推断提供了范例,可推动中国研究者高效挖掘疾病风险因素,助力精准医学发展。 展开更多
关键词 强直性脊柱炎 EPSTEIN-BARR病毒 抗体 因果关系 广义汇总数据孟德尔随机化 异质性依赖工具检验 工程化组织构建
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基于网络药理学、SMR及分子对接探讨昆仙胶囊治疗强直性脊柱炎的作用机制 被引量:1
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作者 廖威权 李禹莹 +3 位作者 李志岭 郭盈澳 谢静静 张剑勇 《中药新药与临床药理》 北大核心 2025年第3期405-415,共11页
目的基于网络药理学、SMR及分子对接分析昆仙胶囊治疗强直性脊柱炎的作用机制。方法通过TCMSP、BATMAN-TCM、SwissTargetPrediction数据库收集昆仙胶囊的活性成分及作用靶点;检索GeneCards、OMIM、DrugBank、DisGeNet及TTD数据库获得强... 目的基于网络药理学、SMR及分子对接分析昆仙胶囊治疗强直性脊柱炎的作用机制。方法通过TCMSP、BATMAN-TCM、SwissTargetPrediction数据库收集昆仙胶囊的活性成分及作用靶点;检索GeneCards、OMIM、DrugBank、DisGeNet及TTD数据库获得强直性脊柱炎的相关靶点,使用Venny 2.1.0绘制韦恩图,得到昆仙胶囊治疗强直性脊柱炎的潜在作用靶点;利用Cytoscape 3.7.1构建“昆仙胶囊-活性成分-作用靶点-强直性脊柱炎”网络,根据拓扑参数筛选关键活性成分;将昆仙胶囊治疗强直性脊柱炎的潜在作用靶点上传至STRING平台构建蛋白互作网络,并导入Cytoscape 3.7.1筛选核心靶点;以核心靶点的表达数量性状位点(eQTL)作为工具变量、强直性脊柱炎为结局,使用基于汇总数据的孟德尔随机化分析(SMR)评估核心靶点表达水平与强直性脊柱炎发病风险的因果关系,探索强直性脊柱炎治疗的新靶点;使用Metascape进行GO及KEGG通路富集分析;使用AutoDockTools 1.5.7及QuickVina-W软件进行分子对接,并使用PyMOL 2.6.0软件进行可视化。结果昆仙胶囊治疗强直性脊柱炎的活性成分共179种,关键活性成分包括槲皮素(quercetin)、山柰酚(kaempferol)、胆固醇(CLR)、β-谷甾醇(beta-sitosterol)、甘草素(DFV)等;核心靶点包括TNF、IL1B、GAPDH、STAT3、EGFR等;SMR分析提示TNF、JAK2、ABHD16A与强直性脊柱炎显著关联,但TNF存在连锁效应;GO富集结果涉及炎症反应、细胞对氮化合物的反应、外源性刺激反应等,KEGG富集分析主要涉及Th17细胞分化、趋化因子信号通路、PI3K/Akt等信号通路;分子对接显示,核心靶点与关键活性成分对接活性良好。结论昆仙胶囊可能通过其所含的槲皮素、山柰酚、胆固醇、β-谷甾醇、甘草素等关键活性成分,作用于TNF、IL1B、GAPDH、STAT3、EGFR等核心靶点,调控Th17细胞分化、趋化因子、PI3K/Akt等信号通路治疗强直性脊柱炎,JAK2、ABHD16A基因表达水平与强直性脊柱炎发病风险存在因果关联,ABHD16A可能是强直性脊柱炎的潜在治疗靶点。 展开更多
关键词 昆仙胶囊 强直性脊柱炎 网络药理学 孟德尔随机化分析 分子对接
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结直肠腺癌发病相关基因的识别:基于汇总数据的孟德尔随机化法
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作者 白耀文 黑志军 +5 位作者 杨海龙 尹少军 马锋超 胡军红 张志永 夏坤锟 《郑州大学学报(医学版)》 北大核心 2025年第3期348-352,共5页
目的:基于汇总数据的孟德尔随机化(SMR)法识别结直肠腺癌(COAD)发病相关基因。方法:结合GWAS数据、来自不同研究的表达量性状基因座(eQTL)和DNA甲基化性状基因座(mQTL)数据采用SMR法识别COAD发病相关基因,通过单细胞RNA测序分析验证;整... 目的:基于汇总数据的孟德尔随机化(SMR)法识别结直肠腺癌(COAD)发病相关基因。方法:结合GWAS数据、来自不同研究的表达量性状基因座(eQTL)和DNA甲基化性状基因座(mQTL)数据采用SMR法识别COAD发病相关基因,通过单细胞RNA测序分析验证;整合多组学证据结果,明确关键基因和次要基因。结果:SMR分析筛选出6个与COAD发病风险显著相关的基因,包括ATF1、COLCA2、COLCA1、C11orf53,以及LINC01270(RP11-290F20.1)和LINC01271(RP11-290F20.2)。单细胞RNA测序分析证实COLCA1、COLCA2、C11orf53和LINC01270(RP11-290F20.1)的效应。ATF1被认定为关键基因,COLCA1、COLCA2、C11orf53、LINC01270(RP11-290F20.1)和LINC01271(RP11-290F20.2)被认定为次要基因。结论:识别出COAD发病相关基因。 展开更多
关键词 结直肠腺癌 基于汇总数据的孟德尔随机化法 候选基因识别
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Mendelian randomization and pleiotropy analysis 被引量:3
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作者 Xiaofeng Zhu 《Quantitative Biology》 CSCD 2021年第2期122-132,共11页
Background:Mendelian randomization(MR)analysis has become popular in inferring and estimating the causality of an exposure on an outcome due to the success of genome wide association studies.Many statistical approache... Background:Mendelian randomization(MR)analysis has become popular in inferring and estimating the causality of an exposure on an outcome due to the success of genome wide association studies.Many statistical approaches have been developed and each of these methods require specific assumptions.Results:In this article,we review the pros and cons of these methods.We use an example of high-density lipoprotein cholesterol on coronary artery disease to illuminate the challenges in Mendelian randomization investigation.Conclusion:The current available MR approaches allow us to study causality among risk factors and outcomes.However,novel approaches are desirable for overcoming multiple source confounding of risk factors and an outcome in MR analysis. 展开更多
关键词 mendelian randomization CAUSALITY summary statistics CONFOUNDING instrumental variable
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寻找腹主动脉瘤的潜在治疗靶点:基于汇总数据的孟德尔随机化及基因表达综合数据库的研究
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作者 郭宇杰 《实用医技杂志》 2025年第9期663-669,I0001,共8页
目的 通过基于汇总数据的孟德尔随机化(SMR)研究,探究可能参与腹主动脉瘤(AAA)发生发展的致病性遗传位点,从而为该疾病的治疗提供新的诊疗思路。方法 本研究采用SMR方法筛选与AAA密切相关的遗传位点,随后将这些位点与从基因表达综合数据... 目的 通过基于汇总数据的孟德尔随机化(SMR)研究,探究可能参与腹主动脉瘤(AAA)发生发展的致病性遗传位点,从而为该疾病的治疗提供新的诊疗思路。方法 本研究采用SMR方法筛选与AAA密切相关的遗传位点,随后将这些位点与从基因表达综合数据库(GEO)中获取的差异表达基因进行比对,最终确定核心基因。将核心基因与AAA的全基因组数据进行SMR分析,以进一步证实核心基因的有效性。最后,对核心基因进行基因集富集分析(GSEA),以深入了解其病理生理机制。结果 通过SMR分析筛选出7个与AAA密切相关的基因。将这些基因与GEO数据库中的差异表达基因整合分析后,最终确定核心基因为纤溶酶原激活物,尿激酶受体基因(PLAUR)。后续SMR检验进一步证实该基因与AAA的关联性及其促进疾病发展的作用[OR值(95%CI)=1.45(1.01,2.07),P=0.043]。GSEA分析提示,该基因可能通过溶酶体通路发挥作用。结论 本SMR研究提示PLAUR与AAA之间存在潜在因果关联。 展开更多
关键词 主动脉瘤 孟德尔随机化 汇总数据 尿激酶受体基因
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