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短柄白黄侧耳CCMSSC04611基因组特异性分析
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作者 吴泽银 黄晨阳 +2 位作者 赵梦然 张利姣 姚方杰 《生物技术通报》 北大核心 2025年第5期320-332,共13页
【目的】白黄侧耳菌株CCMSSC 04611菌柄短粗,质地硬,菌盖颜色深,但其菌柄短的分子机制尚不清楚,对其进行全基因组测序组装,并与长柄白黄侧耳基因组进行比较,分析其基因组构成、遗传变异及短柄形成的原因。【方法】提取白黄侧耳CCMSSC 04... 【目的】白黄侧耳菌株CCMSSC 04611菌柄短粗,质地硬,菌盖颜色深,但其菌柄短的分子机制尚不清楚,对其进行全基因组测序组装,并与长柄白黄侧耳基因组进行比较,分析其基因组构成、遗传变异及短柄形成的原因。【方法】提取白黄侧耳CCMSSC 04611的基因组DNA,通过对其形态特征及利用二代Illumina测序平台和三代pacbio测序平台进行基因组测序、组装和注释分析,比较其与长柄白黄侧耳基因组的差异。【结果】CCMSSC 04611二代测序获得原始测序数据为8.3 Gb,过滤掉低质量序列后约为8.29 Gb纯净数据,三代测序和组装获得7.42 Gb原始数据,过滤掉低质量序列后约为7.416 Gb纯净数据,基因组GC含量为50.85%,gap数量为0;二代和三代测序联合组装后,共获得23个1 kb以上的contig,总长度为34635218 bp。用二代测序数据回比率和BUSCO评估对基因组组装质量进行评价,证实基因组组装结果比较可靠。预测获得的编码基因功能注释显示,共9999个基因被注释,其中GO和KEGG数据库中分别注释到6331和3052个基因。与白黄侧耳CCMSSC 00406基因组比较,两者共有基因家族数量占比均达到98.33%以上;共有功能基因数占比高于83.97%;CCMSSC 04611中特有基因家族数量为124个,特有功能基因数为1618个,并且这些基因富集在细胞组分、催化活性、转录因子、蛋白质合成、MAPK信号转导等生物学过程中。【结论】利用Illumina测序平台和pacbio revio测序平台测序获得高质量的CCMSSC 04611基因组参考数据,发现其与长柄白黄侧耳CCMSSC 00406基因组存在特有差异基因,为进一步研究CCMSSC 04611的短柄形成的分子机制奠定了理论基础。 展开更多
关键词 白黄侧耳 全基因组测序 功能注释 菌柄长度 比较基因组分析
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