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16SrDNA法测定新生儿出生后粪便中肠道菌群定植情况及临床意义
1
作者 戴煜 赵小苗 《蚌埠医科大学学报》 2025年第4期490-494,共5页
目的:探究16SrDNA法测定新生儿出生后粪便中肠道菌群定植情况及其临床意义。方法:选取30例新生儿作为研究对象,收集新生儿出生后10 min内、第3天、第5天和第7天大便,采用16SrDNA法测定肠道菌群,计算肠道菌群丰富度(DGGE条带数)、Shannon... 目的:探究16SrDNA法测定新生儿出生后粪便中肠道菌群定植情况及其临床意义。方法:选取30例新生儿作为研究对象,收集新生儿出生后10 min内、第3天、第5天和第7天大便,采用16SrDNA法测定肠道菌群,计算肠道菌群丰富度(DGGE条带数)、Shannon-Wiener指数,分析新生儿肠道菌群定植情况及其临床意义。结果:出生后10 min内DGGE条带数为4.18±1.69,Shannon-Wiener指数为0.92±0.26。新生儿出生后10 min、第3天、第5天和第7天的DGGE条带数、Shannon-Wiener指数逐渐升高(P<0.05~P<0.01);自然分娩新生儿出生后10 min内、出生后第3天、第5天肠道菌群DGGE条带数、Shannon-Wiener指数均低于剖宫产新生儿,足月产新生儿出生10 min内、出生后第3天、第5天肠道菌群DGGE条带数、Shannon-Wiener指数均低于早产新生儿,纯母乳新生儿出生后第3天、第5天、第7天肠道菌群DGGE条带数、Shannon-Wiener指数低于非纯母乳新生儿,差异均有统计学意义(P<0.05~P<0.01)。结论:新生儿出生后10 min内粪便中存在细菌,剖宫产、早产和喂养方式均会影响新生儿肠道菌群定植情况。 展开更多
关键词 新生儿 16srdna法 肠道菌群
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基于16SrDNA测序法分析大肠息肉患者肠道菌群的特征
2
作者 付新年 马驰 +4 位作者 王鑫鑫 马笑盈 罗江焰 郑盛 杨涓 《医学研究杂志》 2025年第5期93-98,165,共7页
目的分析大肠非腺瘤性息肉、普通腺瘤性息肉和进展期腺瘤性息肉患者肠道菌群变化及其差异。方法收集2022年9月~2023年12月就诊于大理大学第二附属医院消化内科大肠息肉患者及同期健康体检者的粪便样本,通过16SrDNA基因测序法对肠道菌群... 目的分析大肠非腺瘤性息肉、普通腺瘤性息肉和进展期腺瘤性息肉患者肠道菌群变化及其差异。方法收集2022年9月~2023年12月就诊于大理大学第二附属医院消化内科大肠息肉患者及同期健康体检者的粪便样本,通过16SrDNA基因测序法对肠道菌群测序数据进行分析。结果Alpha多样性指数分析结果显示,非腺瘤组、普通腺瘤组和进展期腺瘤组菌群多样性及丰度较健康对照组均有所下降(P均<0.05)。在门水平上,与健康组比较,非腺瘤组、普通腺瘤组和进展期腺瘤组变形菌门相对丰度升高,拟杆菌门相对丰度降低。进展期腺瘤组患者弯曲菌门相对丰度较非腺瘤组和普通腺瘤组显著低于健康对照组(P=0.005)。在属水平上,非腺瘤组、普通腺瘤组和进展期腺瘤组患者肠道大肠杆菌-志贺菌属和链球菌属相对丰度高于健康对照组,普拉粪杆菌属和琼脂杆菌属相对丰度低于健康组(P<0.05)。进展期腺瘤组患者肠道UBA1819菌属相对丰度高于非腺瘤组和普通腺瘤组(P=0.038)。结论大肠非腺瘤性息肉、普通腺瘤性息肉和进展期腺瘤性息肉患者肠道菌群多样性及丰度均下降,进展期腺瘤性息肉患者UBA1819菌属水平升高。 展开更多
关键词 大肠息肉 肠道菌群 16srdna测序 进展期腺瘤性息肉 UBA1819菌属
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安陆白花菜5S和45SrDNA染色体定位 被引量：3
3
作者 吴建桥 颜识涵 +2 位作者 肖明贵 彭颐 胡建刚 《湖北职业技术学院学报》 2011年第3期97-101,共5页
安陆白花菜是湖北地方性经济作物,市场价值和药用价值都较高,本研究采用荧光原位杂交技术,对5SrDNA和45SrDNA在安陆白花菜有丝分裂中期染色体上的物理位置进行了定位分析。结果显示5SrDNA杂交信号1对,位于第11号染色体上长臂;45S杂交信... 安陆白花菜是湖北地方性经济作物,市场价值和药用价值都较高,本研究采用荧光原位杂交技术,对5SrDNA和45SrDNA在安陆白花菜有丝分裂中期染色体上的物理位置进行了定位分析。结果显示5SrDNA杂交信号1对,位于第11号染色体上长臂;45S杂交信号1对,位于第16号染色体上长臂。安陆白花菜的染色体数目为34条,染色体基数17,2A核型,核型公式为K(2n)=34=14m(2SAT)+20sm(2SAT),其中第11、16号染色体长臂末端带有随体,平均臂比1.733,最长染色体/最短染色体1.478,臂比大于2的比率29.41,核型不对称系数62.73,染色体相对长度组成为2L+12M2+20M1。 展开更多
关键词 安陆白花菜 5srdna 45srdna FISH 染色体 核型分析
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蒜芥茄染色体5 SrDNA、18 SrDNA和端粒序列位点检测及其核型分析 被引量：1
4
作者 程捷 龚亚菊 +5 位作者 杜光辉 蔚亚楠 黎志彬 鲍锐 桂敏 吴丽艳 《种子》 北大核心 2022年第7期16-20,26,共6页
本研究以蒜芥茄为试验材料,取其根尖进行染色体制片,基于端粒保守重复序列、5 SrDNA和18 SrDNA为探针进行荧光原位杂交,观察探针在染色体上标记的位置和信号的强弱,应用染色体核型分析软件进行图像采集和染色体长度的测量分析。结果表明... 本研究以蒜芥茄为试验材料,取其根尖进行染色体制片,基于端粒保守重复序列、5 SrDNA和18 SrDNA为探针进行荧光原位杂交,观察探针在染色体上标记的位置和信号的强弱,应用染色体核型分析软件进行图像采集和染色体长度的测量分析。结果表明,蒜芥茄的核型公式为2 n=2 x=24=24 m(2 SAT),染色体上各有一对5 SrDNA、18 SrDNA位点,端粒序列(TTTAGGG)位于染色体的两端。蒜芥茄为二倍体,染色体臂比值在1.05~1.48之间,为中部着丝粒染色体(m),最长染色体与最短染色体之比为1.42,核型不对称系数为54.73%,属于较原始的1 A型。 展开更多
关键词 蒜芥茄 核型分析 端粒保守重复序列 5 srdna 18 srdna
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赤潮叉角藻18SrDNA和ITS区序列测定与分析 被引量：33
5
作者 庄丽 陈月琴 +1 位作者 李钦亮 屈良鹄 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2001年第2期148-154,共7页
采用PCR及克隆测序的方法 ,对 1 998年引发渤海赤潮的叉角藻 1 8SrRNA基因及rDNAITS区 (InternalTranscribedSpacerRegions)进行了序列测定与分析。并通过因特网从国际分子生物学数据库中获取甲藻另外 1 5个种的 1 8SrDNA序列 ,以Tetrah... 采用PCR及克隆测序的方法 ,对 1 998年引发渤海赤潮的叉角藻 1 8SrRNA基因及rDNAITS区 (InternalTranscribedSpacerRegions)进行了序列测定与分析。并通过因特网从国际分子生物学数据库中获取甲藻另外 1 5个种的 1 8SrDNA序列 ,以Tetrahymenacorlissi作为外类群 ,分别采用Neighbor Joining和Fitch方法构建了甲藻较为一致和可靠的进化树图 ,探讨具有高度多样性和在分类上争议较多的甲藻各类群之间的形态与分子进化关系。结果表明 ,Prorocentrum(有 2个简单的壳板 )出现得较早 ,而大多数多甲藻目 (覆盖着多个壳板 )、裸甲藻目 (大多数不具壳板 )和膝沟藻目的成员较晚出现。另外 ,对叉角藻ITS区的分析表明 ,ITS区为高变区 ,是良好的分子标记 。 展开更多
关键词 叉角藻 18srdna ITS区 形态演化 分子进化 赤潮 浮游植物
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1997粤东海域棕囊藻赤潮原因种18SrDNA基因分析 被引量：11
6
作者 王宁 陈月琴 +2 位作者 屈良鹄 吕颂辉 齐雨藻 《中山大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2000年第1期127-128,共2页
近年来,随着沿海城市工农业的高速发展,大量含有氮、磷等营养元素的污水排入大海,导致海水富营养化的加剧,有毒藻类赤潮分布范围及出现频率明显增加.1997年7～12月我国东南沿海水面首次发生大规模的棕囊藻类(Ｐｈａｅｏｃｙｓｔｉｓ)有... 近年来,随着沿海城市工农业的高速发展,大量含有氮、磷等营养元素的污水排入大海,导致海水富营养化的加剧,有毒藻类赤潮分布范围及出现频率明显增加.1997年7～12月我国东南沿海水面首次发生大规模的棕囊藻类(Ｐｈａｅｏｃｙｓｔｉｓ)有毒赤潮,其持续时间长,危害大,给水产... 展开更多
关键词 赤潮 棕囊藻 18srdna 基因分析 海水 富营养化
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检测藻类16SrDNA特异性片段在溺死诊断中的应用 被引量：14
7
作者 李鹏 徐曲毅 +6 位作者 陈玲 刘超 赵建 王玉仲 余政梁 胡孙林 王慧君 《南方医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第8期1215-1218,共4页
目的建立藻类16Sr DNA特异性片段扩增方法,探讨其在溺死诊断中的应用价值。方法 35只实验兔随机分组:生前入水组(溺死组)15只,死后入水组(空气栓塞致死后入水)15只,对照组(空气栓塞死后不作处理)5只;微波消解-真空抽滤-电镜扫描法检测过... 目的建立藻类16Sr DNA特异性片段扩增方法,探讨其在溺死诊断中的应用价值。方法 35只实验兔随机分组:生前入水组(溺死组)15只,死后入水组(空气栓塞致死后入水)15只,对照组(空气栓塞死后不作处理)5只;微波消解-真空抽滤-电镜扫描法检测过的20例水中尸体肝脏样本20份(硅藻阳性14份,阴性6份)。7种已知藻(直链藻、菱形藻、针杆藻、舟形藻,铜绿微囊藻,小环藻,小球藻)作为对照。提取组织样本及藻类DNA,扩增产物银染显带。结果生前入水组肺、肝、肾检出率分别为100%,86%,86%;死后入水组肺、肝、肾检出率分别为13%,0%,0%。对照组肺、肝、肾藻类未检出。生前入水组与死后入水组各种脏器中藻类检出率差异显著(P<0.05)。20份经微波消解-真空抽滤-电镜扫描法检测的水中尸体肝脏样本中,使用本方法15份样本结果为阳性(包括1份硅藻阴性样本)。7种藻类DNA扩增结果为阳性。结论本文所建立的PCR法检测藻类16Sr DNA灵敏度高,可对多种溺死藻类同时检测,有较好的应用前景。 展开更多
关键词 法医病理学 溺死 16srdna 藻类检验
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应用变性梯度凝胶电泳和16SrDNA序列分析对山羊瘤胃细菌多样性的研究 被引量：53
8
作者 姚文 朱伟云 +3 位作者 韩正康 Antoon D L Akkermans Barbara Williams Seerp Tamminga 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2004年第9期1374-1378,共5页
以取自3头安装有永久性瘤胃瘘管的土种山羊的瘤胃内容物为材料,经过DNA抽提和PCR扩增,扩增产物利用变性梯度凝胶电泳技术(DGGE,一种DNA指纹技术)分析瘤胃细菌在两种日粮条件下的多样性.同时利用基因序列分析技术,分析了16个在DGGE胶上... 以取自3头安装有永久性瘤胃瘘管的土种山羊的瘤胃内容物为材料,经过DNA抽提和PCR扩增,扩增产物利用变性梯度凝胶电泳技术(DGGE,一种DNA指纹技术)分析瘤胃细菌在两种日粮条件下的多样性.同时利用基因序列分析技术,分析了16个在DGGE胶上有匹配带的克隆的16S rDNA序列,并与现有的数据库进行了比较.结果表明,饲喂基础日粮时3头山羊瘤胃内容物的DGGE图谱有一定的相似性(43%～55%);饲料中添加大豆黄酮一定程度上影响了瘤胃细菌的组成,DGGE 谱带变化程度分别为 1 号 36% 、2 号 46% 、3 号 30%。基因序列分析表明,DGGE图谱中优势条带的16S rDNA基因序列中有5个基因序列与基因数据库登录的相关序列的相似性大于97%,8个基因序列的相似性在90%～96%,余下的低于90%。相似性大于97%的5个克隆中,只有1个被鉴定为Prevotella sp .,其余 4 个都属于未被鉴定的瘤胃细菌。 展开更多
关键词 变性梯度凝胶电泳 16srdna序列分析 山羊 瘤胃细菌 多样性
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16SrDNA同源性所揭示的双歧杆菌与有关细菌的亲缘关系 被引量：20
9
作者 东秀珠 沈德龙 辛玉华 《生物多样性》 CAS CSCD 2000年第2期146-152,共7页
本研究测定了低GC含量的双歧杆菌 (Bifidobacteriuminopinatum )和新种B .thermaci dophilum的 16SrDNA全序列 ,在同另外 19个双歧杆菌及 8个相关细菌的 16SrDNA同源性分析的基础上构建了系统发育树。结果表明 :除低GC含量的B .inopina... 本研究测定了低GC含量的双歧杆菌 (Bifidobacteriuminopinatum )和新种B .thermaci dophilum的 16SrDNA全序列 ,在同另外 19个双歧杆菌及 8个相关细菌的 16SrDNA同源性分析的基础上构建了系统发育树。结果表明 :除低GC含量的B .inopinatum外 ,所有双歧杆菌的种在 16SrDNA序列相似性≥ 92 %的水平上聚类为一个簇群。尽管B .inopinatum与其它种的双歧杆菌的相似性只有87%～ 89% ,但它仍与双歧杆菌的关系最密切 ,而并未显示出与GC含量相近属的特殊亲缘关系。本研究结果未显示出在革兰氏阳性细菌分支中 ,由低GC到高GC含量的细菌种群的系统演化模式。此外 ,研究结果提示在细菌系统发育研究中 ,由 16SrDNA序列和基因组DNA同源性产生的矛盾需借助于其它保守的生物大分子来澄清。 展开更多
关键词 双歧杆菌 16srdna同源性 系统发育 亲缘关系
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Phaeocystis globosa核糖体大亚基(28SrDNA)的序列分析与分类学意义 被引量：7
10
作者 杨泽民 章群 +3 位作者 谢数涛 吕颂辉 韩博平 陈丽芬 《海洋环境科学》 CAS CSCD 北大核心 2004年第3期4-8,共5页
对一株Phaeocystisglobosa的28SrDNA基因序列测定,共得到碱基大小为1795bp的两个序列片段,其中序列一的长度为970bp,序列二的长度为825bp。将Ph.globosa与Ph.antarctica和Prymnesiumpatelliferum同源序列进行对比,发现Ph.globosa与Ph.an... 对一株Phaeocystisglobosa的28SrDNA基因序列测定,共得到碱基大小为1795bp的两个序列片段,其中序列一的长度为970bp,序列二的长度为825bp。将Ph.globosa与Ph.antarctica和Prymnesiumpatelliferum同源序列进行对比,发现Ph.globosa与Ph.antarctica仅在序列二中有一个碱基插入/缺失,同源性为99.99%,而与Pr.patelliferum相比,有7处插入/缺失,碱基总变异率为6.13%;研究发现序列一中有一个比较明显的高度保守区和两个高变区;序列二中有两个比较明显的高变区、一个保守区和一个高度保守区。对28SrDNA基因RNA二级结构分析发现,DNA序列保守区在RNA二级结构上也非常保守,与DNA序列分析结果一致,都证明28SrDNA基因只适用于种以上水平的分类研究,不宜用于种间和种下水平的研究。 展开更多
关键词 球形棕囊藻 南极棕囊藻 定鞭藻 28srdna RNA 二级结构
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基于16SrDNA序列的中国沿海短蛸种群遗传结构 被引量：7
11
作者 吕振明 李焕 +2 位作者 吴常文 樊甄姣 张建设 《中国水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2011年第1期29-37,共9页
采用线粒体基因测序技术,对中国沿海7个短蛸(Octopus ocellatus)群体的遗传结构和变异进行分析,以探讨种群扩散潜力对遗传结构的影响。共测定了100个短蛸样本的485 bp的16S rDNA序列,经UPGMA聚类分析表明,中国沿海的短蛸群体存在着明显... 采用线粒体基因测序技术,对中国沿海7个短蛸(Octopus ocellatus)群体的遗传结构和变异进行分析,以探讨种群扩散潜力对遗传结构的影响。共测定了100个短蛸样本的485 bp的16S rDNA序列,经UPGMA聚类分析表明,中国沿海的短蛸群体存在着明显的种群结构。7个群体明显地分化为两大类群:一个类群由北方沿海的大连、烟台、青岛、连云港群体组成,另一个类群由南方沿海的上海、舟山和广东群体组成;两类群间存在14个固定核苷酸碱基的替换。两类群间的遗传分化系数FST和基因流Nm分别达0.878和0.069,并达到显著分化水平(P<0.05)。AMOVA检验表明,两类群间的差异有87.76%存在于群体间,而仅有12.24%存在于群体内。两类群间的净遗传距离为0.019,表明可能为中度的种内群体间分化水平。依据分子钟理论推断,两类群的分化时间约为晚更新世冰期。两类群的分化可能与短蛸缺乏浮游幼体生活史和无长距离迁移习性有关,基因流与地理距离间的相关性符合脚踏石模型,进一步证实了这一点。同时短蛸群体的这种分化格局还可能与晚更新世以来中国沿海海平面的反复升降和长江口淡水的阻隔有关。 展开更多
关键词 短蛸 16srdna 种群遗传结构
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竹丛枝植原体16SrDNA片段克隆与序列分析 被引量：10
12
作者 蔡红 张华明 +1 位作者 陈海如 秦洋 《植物保护》 CAS CSCD 北大核心 2005年第2期38-40,共3页
利用植原体16SrRNA基因序列设计合成的引物,对表现丛枝的竹子植株总DNA进行直接PCR及巢式PCR扩增,得到长1.2kb的目的片段。将此片段与pGEMTEasy载体连接并转化到大肠杆菌DH5α感受态细胞中。通过酶切、PCR鉴定,对筛选得到的重组阳性克... 利用植原体16SrRNA基因序列设计合成的引物,对表现丛枝的竹子植株总DNA进行直接PCR及巢式PCR扩增,得到长1.2kb的目的片段。将此片段与pGEMTEasy载体连接并转化到大肠杆菌DH5α感受态细胞中。通过酶切、PCR鉴定,对筛选得到的重组阳性克隆进行核酸序列测定及同源性比较分析,结果表明其与植原体16SrⅠ组中的西方翠菊黄化植原体(SAY)同源率为99%。依据16SrDNA序列建立了竹子丛枝病植原体株系的系统进化树。对云南竹子丛枝病植原体株系分类鉴定与已报道的结果相似。 展开更多
关键词 分子生物学 竹子丛枝病 植原体 16srdna
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一株高产脂肪酶产生菌16SrDNA的序列分析 被引量：5
13
作者 孙新城 马淑玲 +2 位作者 张玲丽 张浩 景建洲 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第9期1269-1272,共4页
【目的】对分离获得的高产脂肪酶菌株进行鉴定,为其改造和更好利用奠定基础。【方法】对从食堂下水道中分离获得的一株高效产脂肪酶细菌(JLП-4)进行培养,提取其基因组DNA。设计16SrDNA通用引物,扩增16SrDNA基因片段,并连接到pUC19-T载... 【目的】对分离获得的高产脂肪酶菌株进行鉴定,为其改造和更好利用奠定基础。【方法】对从食堂下水道中分离获得的一株高效产脂肪酶细菌(JLП-4)进行培养,提取其基因组DNA。设计16SrDNA通用引物,扩增16SrDNA基因片段,并连接到pUC19-T载体上,转化大肠杆菌DH5X,经PCR鉴定的阳性克隆摇菌培养后测序。【结果】提取获得较高质量的基因组DNA,扩增获得新分离菌株16SrDNA基因片段,长度为1528bp,BLAST相似性比对分析结果表明,其与伯克霍尔德氏菌16SrDNA序列相似性达97%,是一株与伯克霍尔德氏菌最近的革兰氏阴性菌。【结论】初步将高产脂肪酶细菌JLП-4鉴定为唐菖蒲伯克霍尔德菌。 展开更多
关键词 脂肪酶 细菌 16srdna 序列分析
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MALDI-TOF MS与16SrDNA方法对肠杆菌科微生物鉴定比较分析 被引量：15
14
作者 魏超 代晓航 +2 位作者 郭灵安 刘炜 赵欢 《质谱学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2018年第2期209-215,共7页
为了研究基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)法鉴定肠杆菌科微生物及其对微生物系统分类学相关分析的准确性,采用MALDI-TOF MS对金桔表面分离的10种肠杆菌科微生物进行蛋白质图谱收集,通过比对图谱特征峰实现微生物的鉴定... 为了研究基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)法鉴定肠杆菌科微生物及其对微生物系统分类学相关分析的准确性,采用MALDI-TOF MS对金桔表面分离的10种肠杆菌科微生物进行蛋白质图谱收集,通过比对图谱特征峰实现微生物的鉴定与系统进化学分析;同时对10种微生物进行16SrDNA提取与测序,得到分子生物化学水平鉴定,并采用邻近连接法对16SrDNA序列做系统进化树分析。结果表明:MALDI-TOF MS与16SrDNA测序对10种肠杆菌科微生物鉴定结果中,克雷伯菌属2株菌鉴定种级有偏差,其他8种一致;MALDI-TOF MS与16SrDNA测得的数据都可计算微生物相关性,从而得到微生物系统发育树,两株系统发育树中同属级微生物归类的亲缘位置与方向一致,但不同属肠杆菌科微生物的亲缘距离与位置差异较大。MALDI-TOF MS法鉴定农产品表面微生物具有快速、准确的特点,但准确建立系统发育相关性还需要扩大数据库和优化算法。 展开更多
关键词 基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS) 16srdna 肠杆菌科微生物 系统进化
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秦巴山区桑黄18SrDNA的序列与亲缘关系分析 被引量：5
15
作者 雷萍 吴亚召 +2 位作者 张文隽 张月娟 李叶昕 《西北大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2012年第4期620-622,共3页
目的以采自秦巴山区的3个不同桑黄菌株作为研究材料,进行18SrDNA区段克隆测序和序列特征比较,进行亲缘关系分析。方法对18SrDNA序列进行核酸序列数据库GenBank同源性检索比对,将从GenBank检索获得的11个最相似物种的18SrDNA序列连同3个... 目的以采自秦巴山区的3个不同桑黄菌株作为研究材料,进行18SrDNA区段克隆测序和序列特征比较,进行亲缘关系分析。方法对18SrDNA序列进行核酸序列数据库GenBank同源性检索比对,将从GenBank检索获得的11个最相似物种的18SrDNA序列连同3个不同桑黄菌株的18SrDNA序列一起用于系统发育分析。结果 3个桑黄菌株的18SrDNA序列长度为桦桑1294bp,桑-s1337bp,桑转1289bp。结论其中2个桑黄菌株桑-s和桦桑与鲍氏针层孔菌(Inonotus baumii)聚在一起,相似性分别为99.8%和99.9%。 展开更多
关键词 桑黄 18srdna 序列分析 相似性
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东黄海沙海蜇与口冠水母分类关系的辨析-基于核糖体18 SrDNA基因序列 被引量：6
16
作者 刘敏 马凌波 +2 位作者 凌建忠 李建生 程家骅 《海洋渔业》 CSCD 北大核心 2011年第2期131-137,共7页
近年在东黄海形成大规模暴发的大型水母沙海蜇(Nemopilema nomurai)在大量文献中常被等同于口冠水母(Stomolophus meleagris)的同物异名,为澄清沙海蜇与口冠水母之间一直混淆不清的分类关系,现首次从分子遗传学水平进行辨析,采用聚合酶... 近年在东黄海形成大规模暴发的大型水母沙海蜇(Nemopilema nomurai)在大量文献中常被等同于口冠水母(Stomolophus meleagris)的同物异名,为澄清沙海蜇与口冠水母之间一直混淆不清的分类关系,现首次从分子遗传学水平进行辨析,采用聚合酶链式反应(PCR)技术对东黄海沙海蜇的18SrDNA(核糖体18 SrRNA的编码基因)进行扩增,PCR产物经纯化后进行测序,结果经比对拼接校正后,获得沙海蜇的18 SrDNA片段序列,长度为1 758 bp;碱基T、C、A、G平均组成分别为27.2%、20.1%、26.6%和26.2%,其A+T含量(53.8%)与G+C含量(46.2%)差别不大,AT/GC为1.16。利用18SrDNA序列构建的NJ系统发育树表明,东黄海野生沙海蜇与越前水母的亲缘关系很近,与海蜇的亲缘关系较远,与口冠水母的关系更远,首次从分子水平提供证据支持东黄海暴发性大型水母沙海蜇与口冠水母为不同物种。 展开更多
关键词 沙海蜇 口冠水母 18srdna 系统发育 分类关系
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大豆食心虫28SrDNA基因的克隆及表达分析 被引量：5
17
作者 李冬梅 孟凡立 +3 位作者 王志坤 臧振源 孙晶 李文滨 《东北农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第7期13-17,共5页
文章克隆并分析鳞翅目大豆食心虫(Leguminivora glycinivorellaMatsumurav)28S核糖体RNA基因(28SrDNA)全序列。系统进化树分析表明,大豆食心虫28SrDNA与其他鳞翅目昆虫的28SrDNA同源性较高。利用荧光定量PCR对28SrDNA在大豆食心虫不同... 文章克隆并分析鳞翅目大豆食心虫(Leguminivora glycinivorellaMatsumurav)28S核糖体RNA基因(28SrDNA)全序列。系统进化树分析表明,大豆食心虫28SrDNA与其他鳞翅目昆虫的28SrDNA同源性较高。利用荧光定量PCR对28SrDNA在大豆食心虫不同生育时期和幼虫不同组织的表达量进行分析。结果表明,28SrDNA基因在成虫期表达量最高,卵中表达量最低;在幼虫脂肪体和睾丸的表达量最高,中肠和卵巢的表达量最低。为进一步干扰大豆食心虫28SrDNA基因表达,将28SrDNA序列片段亚克隆到RNAi载体L4440中,经PCR和酶切鉴定证明,成功构建表达大豆食心虫28SrDNA dsRNA的RNAi载体L4440-28SrDNA。 展开更多
关键词 大豆食心虫 28srdna 基因克隆 RNA干扰
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假臭草丛枝病植原体16SrDNA检测与PCR-RFLP分析 被引量：10
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作者 王真辉 陈秋波 +2 位作者 郭志立 叶岸青 张浩 《热带作物学报》 CSCD 2007年第4期51-56,共6页
采用PCR技术对假臭草丛枝病原进行分子检测及巢式PCR扩增,得到1189bp的植原体16SrDNA片段,将该片段进行限制性片段长度多态性(RFLP)分析,并将与已知的植原体序列共同构建系统发育树,试图明确其与已知植物原体种类的关系,为进一步研究打... 采用PCR技术对假臭草丛枝病原进行分子检测及巢式PCR扩增,得到1189bp的植原体16SrDNA片段,将该片段进行限制性片段长度多态性(RFLP)分析,并将与已知的植原体序列共同构建系统发育树,试图明确其与已知植物原体种类的关系,为进一步研究打下遗传基础。结果显示出所检测假臭草病株样品感染同种类型的植原体。直接PCR产物纯化后直接测序,序列显示出与16SrII组植原体有较高的同源性,假臭草丛枝病与植原体16SrII组中的花生丛枝病、番薯丛枝病和中国木豆丛枝病同源率最高,达到98.5%,因此可以认为假臭草丛枝病植原体属于16SrII组,即花生丛枝病组(PnWB)。 展开更多
关键词 假臭草 丛枝病 16srdna 植原体 限制性片段长度多态性
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耐热脂肪酶产生菌FS1403的分离筛选和16SrDNA基因序列的分析 被引量：7
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作者 吴伟斌 施碧红 +3 位作者 温建新 罗秀珍 施巧琴 吴松刚 《药物生物技术》 CAS CSCD 2008年第1期6-10,共5页
从菲律宾火山口土样中分离、筛选获得一株产脂肪酶的耐热菌FS1403，对该菌脂肪酶的酶学性质初步研究表明：酶的最适作用温度为55℃，60℃处理1h保持70％酶活性，为中度耐热脂肪酶。酶的最适pH值为8．0，在pH7～pH10的条件下酶活都比较... 从菲律宾火山口土样中分离、筛选获得一株产脂肪酶的耐热菌FS1403，对该菌脂肪酶的酶学性质初步研究表明：酶的最适作用温度为55℃，60℃处理1h保持70％酶活性，为中度耐热脂肪酶。酶的最适pH值为8．0，在pH7～pH10的条件下酶活都比较稳定。采用细菌16SrDNA通用引物，PCR扩增、克隆并分析了该菌的16SrDNA基因序列，同源性和系统发育学分析表明菌株FS1403与Bacillus subtilis具有最紧密亲缘关系。 展开更多
关键词 脂肪酶 耐热菌 16srdna序列分析
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广东茄科雷尔氏菌16SrDNA序列分析 被引量：7
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作者 佘小漫 何自福 +1 位作者 虞皓 李华平 《华南农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第4期24-28,共5页
应用PCR方法,获得了分离自广东番茄、茄子、辣椒、烟草、空心菜、沙姜、姜、马铃薯、花生、菊花、桑树和藿香共12种作物21个茄科雷尔氏菌菌株的16S rDNA.序列测定及比较结果表明,21个广东茄科雷尔氏菌菌株16SrDNA近全长序列均为1 528 bp... 应用PCR方法,获得了分离自广东番茄、茄子、辣椒、烟草、空心菜、沙姜、姜、马铃薯、花生、菊花、桑树和藿香共12种作物21个茄科雷尔氏菌菌株的16S rDNA.序列测定及比较结果表明,21个广东茄科雷尔氏菌菌株16SrDNA近全长序列均为1 528 bp,序列间同源率99.2%-100%;各菌株的16S rDNA序列间只有1-12个不等的碱基差异,其中20个菌株的458-460位及474位的碱基是ACT和T,而菌株HZ-1则是TTC和A,说明广东茄科雷尔氏菌的16S rDNA序列十分保守.系统进化分析结果显示,仅菌株HZ-1聚类于茄科雷尔氏菌2 a亚组中,其余20个菌株均聚类于茄科雷尔氏菌区组1中. 展开更多
关键词 茄科雷尔氏菌 16srdna 序列分析
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