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基于16SrRNA测序技术探讨间歇性禁食对2型糖尿病大鼠肠道菌群的影响
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作者 李银芳 陈彦锋 +2 位作者 范文娟 金少举 王志勇 《四川生理科学杂志》 2025年第7期1417-1423,共7页
目的:探讨间歇性禁食(IntermittentFasting,IF)对2型糖尿病(Type2diabetesmellitus,T2DM)大鼠肠道菌群结构的影响。方法:雄性SD大鼠采用高脂饲料喂养8 w后,采用链脲佐菌素溶液(0.045 g·kg^(-1))腹腔注射建立T2DM模型。实验动物分... 目的:探讨间歇性禁食(IntermittentFasting,IF)对2型糖尿病(Type2diabetesmellitus,T2DM)大鼠肠道菌群结构的影响。方法:雄性SD大鼠采用高脂饲料喂养8 w后,采用链脲佐菌素溶液(0.045 g·kg^(-1))腹腔注射建立T2DM模型。实验动物分为正常对照组、T2DM组、IF-T2DM组(n=20)。IF-T2DM组采用“8+16”方式禁食4w。禁食结束后检测血清总胆固醇(TotalCholesterol,TC)、甘油三酯(Triglycerides,TG)、高密度脂蛋白胆固醇(High-Density Lipoprotein Cholesterol,HDL-C)、低密度脂蛋白胆固醇(Low-Density Lipoprotein Cholesterol,LDL-C)、丙氨酸氨基转移酶(AlanineAminotransferase,ALT)、天门冬氨酸氨基转移酶(AspartateAminotransferase,AST)、肌酐(Creatinine,Crea)、尿素氮(BloodUreaNitrogen,BUN)水平;采用苏木精-伊红(hematoxylineosin,HE)染色评估肝、肾组织的病理变化;收集各组大鼠新鲜粪便,采用16S rRNA测序技术进行菌群测序。结果:与对照组相比,T2DM组大鼠空腹血糖、血清TC、TG、LDL-C和肝功能指标显著升高(P<0.05),肾功能指标Crea和BUN也显著增加(P<0.05)。与T2DM组相比,IF-T2DM组大鼠血糖及代谢指标显著改善(P<0.05),肝脏和肾脏组织损伤减轻。16S rRNA测序结果显示,与对照组和IF-T2DM组相比,T2DM大鼠肠道菌群Alpha多样性指数以及组间Beta多样性存在显著性差异(P<0.05);菌群组成分析结果显示,在门水平上,T2DM大鼠肠道菌群以厚壁菌门(Firmicutes)为主,放线菌门(Actinobacteriota)含量增多,拟杆菌门(Bacteroidota)明显减少。属水平分析显示,T2DM组显著富集了葡萄球菌属(Staphylococcus)和棒状杆菌属(Corynebacterium)等潜在致病菌,而鼠杆菌属(Muribaculaceae)和普雷沃氏菌属(Prevotella)等有益菌的丰度降低。IF-T2DM组中仅乳杆菌属(Lactobacillus)的丰度显著增加,其余菌群组成与对照组基本一致。结论:IF对T2DM大鼠具有显著的代谢改善作用,能够有效降低血糖、改善脂代谢、保护肝肾功能,并调节肠道菌群组成。 展开更多
关键词 间歇性禁食 2型糖尿病 肠道菌群 16srrna测序 大鼠
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基于16SrRNA测序研究结直肠癌湿热瘀毒证舌苔微生态特征 被引量:1
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作者 徐思源 张钦畅 +7 位作者 耿雪尘 孙珍珍 倪明欣 惠逸帆 孙晓荷 方妍 李柳 程海波 《中国中西医结合杂志》 北大核心 2025年第1期32-41,共10页
目的探究结直肠癌患者湿热瘀毒证形成的生物学基础。方法筛选2021年11月—2022年11月100例结直肠癌患者及50名健康体检者,纳入41例结直肠癌湿热瘀毒证患者(SRYD组)、41例结直肠癌非湿热瘀毒证患者(FSRYD组)及40名健康人(Normal组)。采用... 目的探究结直肠癌患者湿热瘀毒证形成的生物学基础。方法筛选2021年11月—2022年11月100例结直肠癌患者及50名健康体检者,纳入41例结直肠癌湿热瘀毒证患者(SRYD组)、41例结直肠癌非湿热瘀毒证患者(FSRYD组)及40名健康人(Normal组)。采用16SrRNA测序技术,分析各组菌群的组成和多样性差异。结果SRYD组、FSRYD组和Normal组在丰富度和多样性上无显著差异。与FSRYD组和Normal组比较,在门水平上,SRYD组在厚壁菌门(Firmicutes)、放线菌门(Actinobacteriota)、迷踪菌门(Elusimicrobiota)、RCP2-54特异表达;在属水平上,SRYD组在罗尔斯通菌属(Ralstonia)、鞘鞍醇单胞菌属(Sphingomonas)、小杆菌属(Dialister)、棒状杆菌属(Corynebacterium)、罗氏菌属(Rothia)、臭杆菌属(Odoribacter)、链球菌属(Streptococcus)等特异表达。链球菌属(Streptococcus)可能作为结直肠癌湿热瘀毒证的潜在非侵入性生物标志物。基于LEfSe分析,发现厚壁菌门(p_Firmicutes)、放线菌门(p_Actinobacteriota)、链球菌科(f_Streptococcaceae)、链球菌属(g_Streptococcus)、放线菌纲(c_Actinobacteria)等是导致结直肠癌湿热瘀毒证患者舌苔变化的关键菌群。PICRUSt功能预测分析发现,SRYD组差异表达的功能主要富集的途径是磷酸转氨酶系统,缬氨酸、亮氨酸和异亮氨酸的降解,恶性肿瘤的中心碳代谢以及碳水化合物运输和代谢等方面。结论从舌苔菌群角度解读结直肠癌中医辨证分型具有一定的合理性。舌苔菌群的组成可以作为结直肠癌患者湿热瘀毒证的诊断指标。链球菌属(Streptococcus)可能作为结直肠癌湿热瘀毒证的潜在非侵入性生物靶标。 展开更多
关键词 结直肠癌 舌象 舌苔菌群 中医证型 16srrna测序 中西医结合
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人乳头瘤病毒阳性鳞状上皮内病变患者的阴道微生物16 SrRNA检测分析
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作者 高月月 顾丽霞 +3 位作者 杨梦霞 朱慧 冯海娇 陈书玲 《现代泌尿生殖肿瘤杂志》 2025年第5期314-319,共6页
目的分析人乳头瘤病毒(HPV)阳性的鳞状上皮内病变(SIL)者与无明显宫颈病变者阴道微生物菌群差异,探讨HPV对阴道微生物菌群变化的影响。方法收集2022年1月至2023年12月河北北方学院附属第一医院妇产科收治的SIL患者(SIL组)121例和经宫颈... 目的分析人乳头瘤病毒(HPV)阳性的鳞状上皮内病变(SIL)者与无明显宫颈病变者阴道微生物菌群差异,探讨HPV对阴道微生物菌群变化的影响。方法收集2022年1月至2023年12月河北北方学院附属第一医院妇产科收治的SIL患者(SIL组)121例和经宫颈液基薄层细胞学检查及阴道镜检查均正常的无明显宫颈病变者(对照组)107例。使用NovaSeq6000测序平台对微生物V4区进行16SrRNA基因测序,以97%的相似性阈值将样本序列划分为不同的操作分类单元(OTU)。使用主坐标分析(PCoA)和置换多元方差分析(Adonis检验)比较不同分组生物群落结构组成差异。计算不同分组者的Chao1指数和Shannon多样性指数差异。用MaAsLin分析(多元线性模型)计算不同组微生物群落间的差异丰度OTU。结果基于BrayCurtis距离的PCoA分析β多样性可见,是否发生SIL与阴道微生物群落结构的差异相关,但SIL仅解释了总变异的1.4%(R2=0.014,AdonisP=0.002)。SIL组的Chao1指数(Z=8.873,P<0.001)、香农指数(Z=2.041,P=0.041)均高于对照组。对照组HPV阳性者与SIL组阴道微生物群落组成的α、β多样性差异无统计学意义(AdonisP=0.085)。对照组HPV阳性者、对照组HPV阴性者和SIL组3组受试者的阴道微生物群落组成的α和β多样性存在差异,不同分组差异对微生物群落结构变异的解释度仅为1.3%(R2=0.013,AdonisP=0.002),对照组HPV阴性者的Chao1指数低于对照组HPV阳性者和SIL组(H=10.879,P=0.004),提示HPV感染状态是阴道微生物群落变化的主要驱动因素。使用MaAsLin分析和多重假设检验可见HPV感染与凝聚小短杆菌属和金黄短杆菌属相对丰度增加以及两种乳酸杆菌种的OTU减少之存相关性(均P<0.001)。结论阴道微生物群落多样性变化与HPV感染相关,而与是否存在SIL关系较弱。 展开更多
关键词 宫颈鳞状上皮内病变 微生物群 16srrna基因 乳头瘤病毒
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16SrRNA测序分析椎-基底动脉狭窄患者肠道菌群结构
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作者 杨乌兰 贺雯 《中国实用医药》 2025年第24期169-176,共8页
目的 通过16SrRNA测序技术分析椎-基底动脉狭窄患者肠道菌群结构特点以及代谢通路的差异,进而寻找预防椎-基底动脉狭窄潜在的生物学靶点。方法 将30例椎-基底动脉狭窄患者作为实验组,同时将30例健康人群纳入对照组。收集两组的粪便样本... 目的 通过16SrRNA测序技术分析椎-基底动脉狭窄患者肠道菌群结构特点以及代谢通路的差异,进而寻找预防椎-基底动脉狭窄潜在的生物学靶点。方法 将30例椎-基底动脉狭窄患者作为实验组,同时将30例健康人群纳入对照组。收集两组的粪便样本进行16SrRNA基因测序。分析两组肠道菌群数据。结果 ①Alpha多样性分析显示,两组在物种多样性和分布均匀度方面未见显著差异(P>0.05)。②Beta多样性分析显示,两组在肠道菌群结构上存在显著差异(P<0.05)。③火山图分析显示,与动脉粥样硬化和肠道黏膜屏障功能密切相关的代谢通路——P163-PWY(L-赖氨酸发酵为乙酸和丁酸的通路)在实验组中显著上调。结论 椎-基底动脉狭窄患者的肠道菌群结构发生了显著改变,患者的丁酸代谢途径被显著上调,调节肠道菌群结构的平衡以及P163-PWY代谢途径可能是椎-基底动脉狭窄潜在治疗靶点。 展开更多
关键词 椎-基底动脉狭窄 肠道菌群 16srrna基因测序
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16SrRNA基因与16S-23SrRNA转录单元内间隔区序列分析及其在节旋藻和螺旋藻分类鉴定中的应用 被引量:7
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作者 茅云翔 杨官品 +1 位作者 张宝红 张学成 《高技术通讯》 EI CAS CSCD 2001年第6期12-18,共7页
测定了节旋藻属 3个品系和螺旋藻属 1个品系的全长 1 6SrRNA基因和 1 6S 2 3SrRNA转录单元内间隔区序列 (ITS) ,分析了已知的节旋藻、螺旋藻和相关品系的相应序列的同源性 ,构建了系统发生树 ,并评价了这两段DNA序列在节旋藻、螺旋藻种... 测定了节旋藻属 3个品系和螺旋藻属 1个品系的全长 1 6SrRNA基因和 1 6S 2 3SrRNA转录单元内间隔区序列 (ITS) ,分析了已知的节旋藻、螺旋藻和相关品系的相应序列的同源性 ,构建了系统发生树 ,并评价了这两段DNA序列在节旋藻、螺旋藻种属分类和种质鉴定中的意义。结果表明 :( 1 ) 1 6SrRNA基因序列和ITS序列均可用于节旋藻属和螺旋藻属的属间分类 ,以两序列为基础的系统学分析结果一致 ;( 2 )ITS序列变异程度高于 1 6SrDNA序列 ,适用于节旋藻和螺旋藻属内品系或种质鉴定 ;( 3)节旋藻属可明确界定 ,1 6SrRNA基因序列相似性大于 98% ,ITS序列相似性大于 88% ;( 4 )螺旋藻属某些品系间 1 6SrDNA序列和ITS序列相似性较低 ,与不同属间的序列相似性程度为同一水平。 展开更多
关键词 16srrna基因 16S-23srrna转录单元内间隔区 聚类分析 节旋藻属 螺旋藻属 鉴定 养殖 形态学分类
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基于12SrRNA和16SrRNA序列的龟鳖类系统进化特征研究 被引量:3
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作者 刘海情 刘楚吾 刘丽 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第11期1758-1764,共7页
【目的】研究龟鳖类的系统进化关系,为龟鳖类资源的保护和合理开发利用提供理论依据。【方法】采用PCR扩增和测序的方法,获得小鳄龟(Chelydra serpentina)的12S rRNA和16S rRNA序列,分别结合NCBI中其他龟鳖的同源性序列进行比对分析;基... 【目的】研究龟鳖类的系统进化关系,为龟鳖类资源的保护和合理开发利用提供理论依据。【方法】采用PCR扩增和测序的方法,获得小鳄龟(Chelydra serpentina)的12S rRNA和16S rRNA序列,分别结合NCBI中其他龟鳖的同源性序列进行比对分析;基于Kimura双参数模型计算龟鳖类种间、属间、科间的遗传距离;采用邻接(NJ)法、最大简约(MP)法和最大似然(ML)法构建分子系统进化树。【结果】经比对后得到394bp的12S rRNA一致序列和544bp的16SrRNA一致序列,二者合并得到938bp的联合序列。其中,可变位点327个,序列总变异率为34.9%,简约信息位点222个,单变异多态位点105个。T、C、A、G的平均含量分别为23.6%、24.1%、33.5%和18.7%,A+T含量为57.1%,G+C含量为42.8%。在327个可变位点中,转换数为61,颠换数为24,转换/颠换比率(R)为2.54。拟水龟属间的遗传距离为0.021~0.060,平均为0.467;淡水龟科8属之间的遗传距离为0.022~0.110,平均为0.0724;曲颈龟亚目7科(除平胸龟属外)间的遗传距离为0.071~0.123,平均为0.105。分子系统进化树显示,木纹龟属首先和陆龟科聚在一起,然后再与淡水龟科汇聚;中华花龟、大头乌龟与拟水龟属的成员相互镶嵌,聚成一支;鳄龟科、海龟科、棱皮龟科聚为一支;动胸龟科独成一支。【结论】应将龟亚科、淡水龟亚科提升为龟科、淡水龟科,并将大头乌龟、中华花龟并入拟水龟属,而平胸龟应从鳄龟科中分离出来,独立自成平胸龟科。 展开更多
关键词 龟鳖类 12srrna 16srrna Kimura双参数遗传距离 系统进化树
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线粒体DNA12SrRNA、16SrRNA研究进展 被引量:11
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作者 宋洁 张小芳 +1 位作者 刁雪淘 金梅 《安徽农学通报》 2008年第9期42-43,37,共3页
动物线粒体DNA是共价闭合的环状双链DNA,在真核生物具有高保守性,使其成为了研究物种进化的一种常用的标记,并为线粒体起源提供了有价值的线索。通过动物线粒体DNA从分子水平上研究类群的系统关系,获得种群遗传多态性的资料及建立种群... 动物线粒体DNA是共价闭合的环状双链DNA,在真核生物具有高保守性,使其成为了研究物种进化的一种常用的标记,并为线粒体起源提供了有价值的线索。通过动物线粒体DNA从分子水平上研究类群的系统关系,获得种群遗传多态性的资料及建立种群遗传标记,对类群系统关系研究有重要意义。 展开更多
关键词 线粒体DNA 12srrna 16srrna 遗传育种
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COX1、12SrRNA、16SrRNA基因复合扩增种属鉴定研究 被引量:6
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作者 蒙晓平 白晓军 +6 位作者 梅燕 曹锡梅 张潮 成振 荆丽红 郭大玮 张更谦 《中国法医学杂志》 CSCD 2015年第6期560-562,566,共4页
目的利用线粒体的特点构建一种特异性好、灵敏度高、稳定性好、操作简便,适用于法医学种属鉴定的复合扩增体系。方法查找Gene bank上常见动物mt DNA序列,用序列比对软件,对人和动物序列进行分析,选出COX1、12SrRNA、16SrRNA区域。使用pr... 目的利用线粒体的特点构建一种特异性好、灵敏度高、稳定性好、操作简便,适用于法医学种属鉴定的复合扩增体系。方法查找Gene bank上常见动物mt DNA序列,用序列比对软件,对人和动物序列进行分析,选出COX1、12SrRNA、16SrRNA区域。使用primer5和primer3(online)设计引物,COX1的引物有人类特异性,12SrRNA和16SrRNA的引物作为内参对照可以匹配人和大部分常见动物。收集人和恒河猴,猪、牛、羊、兔、鲈鱼、鲍鱼、鸭、鸡、狗、鼠11种动物的肌肉或血液样本,用Chelex-100法提取DNA,复合扩增COX1、12SrRNA、16SrRNA基因片段,琼脂糖凝胶电泳分离扩增产物。结果人的样本出现三条带,分别为COX1、12SrRNA、16SrRNA的扩增产物,大小分别为202、231、395bp;11种动物出现两条带,分别为12SrRNA和16SrRNA的扩增产物,大小分别在230、395bp左右。复合扩增体系灵敏度为2.5pg,而特异性引物COX-1的灵敏度为10-8pg。结论该复合扩增体系可以明确区分人与动物,灵敏度高,可应用法医学中的种属鉴定。 展开更多
关键词 法医物证学 种属鉴定 线粒体DNA COX1 12srrna 16srrna
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从12SrRNA基因序列探讨8种鳄类的系统学关系 被引量:17
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作者 吴孝兵 王义权 +4 位作者 周开亚 童宗中 聂继山 王朝林 谢万树 《动物学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2001年第5期522-527,共6页
测得扬子鳄 (Alligatorsinensis)和暹罗鳄 (Crocodylussiamensis)的mtDNA 12SrRNA基因片段的部分序列 ,与GenBank中的 2种鳄及文献中 4种鳄的 12SrRNA基因相应片段 ,经比对后构建系统树。其结果显示 ,现存鳄类为单系起源 ,可划分为 3个... 测得扬子鳄 (Alligatorsinensis)和暹罗鳄 (Crocodylussiamensis)的mtDNA 12SrRNA基因片段的部分序列 ,与GenBank中的 2种鳄及文献中 4种鳄的 12SrRNA基因相应片段 ,经比对后构建系统树。其结果显示 ,现存鳄类为单系起源 ,可划分为 3个科 ,即 :鳄科、食鱼鳄科和假食鱼鳄科。食鱼鳄与假食鱼鳄亲缘关系较近 ,支持将假食鱼鳄作为食鱼鳄科的一个属 ,与以形态学为基础的研究结果不同。在钝吻鳄科中 ,扬子鳄与凯门鳄亲缘关系较远 ,而与密西西比鳄的亲缘关系虽较近 ,但它们的确存在很多差异 ,两者 12SrRNA基因序列差异达12 12 % ,碱基的颠换数为 9。在基于碱基转换和颠换的NJ系统树及仅基于碱基颠换的NJ系统树中 ,前者支持扬子鳄与密河鳄间的亲缘关系较近 ,而后者支持扬子鳄与凯门鳄间的亲缘关系较近 ,说明扬子鳄与密河鳄间亲缘关系是值得研究的问题。因本文仅根据 12SrRNA基因部分序列来进行分析的 。 展开更多
关键词 鳄类 12srrna基因 DNA序列 分子进化 系统学
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中国对虾线粒体16SrRNA基因序列分析(英文) 被引量:26
10
作者 高天翔 李健 +1 位作者 王清印 刘进贤 《中国水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2003年第5期359-364,共6页
中国对虾(Fenneropenaeuschinensis)是我国海洋渔业重要的经济虾种之一。本研究以相应引物对野生群体和人工培育第1代、第4代、第5代、第6代群体(CP1、CP4、CP5、CP6)的各2个个体的线粒体16SrRNA基因片段进行了PCR扩增和序列测定分析。... 中国对虾(Fenneropenaeuschinensis)是我国海洋渔业重要的经济虾种之一。本研究以相应引物对野生群体和人工培育第1代、第4代、第5代、第6代群体(CP1、CP4、CP5、CP6)的各2个个体的线粒体16SrRNA基因片段进行了PCR扩增和序列测定分析。分析结果表明,测得的16SrRNA基因片段长为520bp,10个中国对虾个体间无碱基差异,其A、T、G、C含量分别为171bp(32.88%)、176bp(33.85%)、104bp(20.00%)、69bp(13.27%),AT含量明显高于GC含量。利用其中长度为413bp的同源序列,以环斑鼓虾(Alpheusarmillatus)为外群探讨了对虾科(Penaeidae)中的对虾属、美对虾属、明对虾属、囊对虾属和滨对虾属5个属(Penaeus,Farfantepenaeus,Fenneropenaeus,Marsupenaeus,Litopenaeus)12种对虾间的系统关系。以NJ法构建的分子系统树显示可将以上12种虾类分为两个大群:中国对虾和斑节对虾先聚到一起后与日本对虾聚成一大群;美对虾属、滨对虾属个体各聚成1支后聚成一大群,最后与中国对虾等聚到一起。同时可见,小褐美对虾(F.subtilis)与保罗美对虾(F.paulensis)、南方滨对虾(L.schmitti)与白滨对虾(L.setiferus)种间的亲缘关系较近。 展开更多
关键词 中国对虾 线粒体 16srrna 基因 序列分析 亲缘关系 野生群体 人工培育 对虾科
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新生儿聋病基因GJB2、SLC26A4、线粒体12SrRNA的分子流行病学研究 被引量:29
11
作者 张东红 邱海涛 +4 位作者 马秀岚 兰兰 丁海娜 韩东一 王秋菊 《中国医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第8期649-651,共3页
目的通过对新生儿进行聋病易感基因筛查,探讨新生儿中聋病易感基因的分子流行病学特点,为制定防聋治聋策略提供依据。方法以659例新生儿作为研究对象,在新生儿生后3d,采集点滴微量足跟血进行线粒体12SrRNA基因、GJB2基因、SLC26A4基因... 目的通过对新生儿进行聋病易感基因筛查,探讨新生儿中聋病易感基因的分子流行病学特点,为制定防聋治聋策略提供依据。方法以659例新生儿作为研究对象,在新生儿生后3d,采集点滴微量足跟血进行线粒体12SrRNA基因、GJB2基因、SLC26A4基因的聚合酶链扩增反应(PCR),通过酶切反应或直接测序方法对3种基因突变进行筛查。对耳聋基因突变的新生儿进行流行病学特点分析。结果 659例新生儿中GJB2基因235delC杂合突变7例,致病突变的携带率为1.06%;SLC26A4基因IVS7-2A>G杂合突变3例,致病突变的携带率为0.46%,3项基因总突变率1.52%;携带突变基因的新生儿男性占2.01%,女性占0.96%;满族新生儿携带率最高,为1.82%,汉族为1.57%。结论 659例新生儿中耳聋易感基因突变率为1.52%,有男性多于女性、满族多于汉族的趋势。在新生儿中开展聋病易感基因筛查,早期发现遗传性耳聋高危人群,是降低耳聋发病率。 展开更多
关键词 新生儿 基因筛查 线粒体12srrna GJB2基因 SLC26A4基因
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新疆部分地区鼠类无形体和埃立克体的调查及16srRNA序列分析 被引量:16
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作者 赵庆亮 黄林 +5 位作者 杨霞 孟庆龄 李蕊 陈鹏博 段晓东 盛金良 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第8期743-747,共5页
目的调查新疆部分地区鼠类携带无形体和埃立克体的状况。方法对新疆博乐、石河子、乌鲁木齐3个地区捕获的鼠类(沙鼠、褐家鼠、田鼠)401份,采集肺脏、脾脏提取总DNA,通过巢式PCR扩增无形体和埃立克体16SrRNA片段并与GenBank中相应基因序... 目的调查新疆部分地区鼠类携带无形体和埃立克体的状况。方法对新疆博乐、石河子、乌鲁木齐3个地区捕获的鼠类(沙鼠、褐家鼠、田鼠)401份,采集肺脏、脾脏提取总DNA,通过巢式PCR扩增无形体和埃立克体16SrRNA片段并与GenBank中相应基因序列进行比对分析。结果在沙鼠样本中扩增到无形体和埃立克体16SrRNA片段,而在其它两种鼠类未扩增到目的片段,扩增片段经测序、比对后确定为Anaplasma phagocytophilum和Erhlichia chaffeenisis。在312份沙鼠检测样本中,检出无形体17份,占5.45%;埃立克体48份,占15.38%;无形体和埃立克体均检出12份,占3.84%。结论新疆地区存在无形体和埃立克体病原,其主要存在与荒漠和半荒漠地带生存的沙鼠中,新疆存在这两种病原的自然疫源地,而且两种病原可以共同存在于同一宿主动物。 展开更多
关键词 无形体 埃立克体 鼠类 16srrna
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中国对虾16SrRNA基因序列多态性的研究 被引量:40
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作者 邱高峰 常林瑞 +2 位作者 徐巧婷 方雄英 楼允东 《Zoological Research》 CAS CSCD 2000年第1期35-40,共6页
利用PCR技术扩增获得中国对虾 (Penaeuschinensis)线粒体DNA的 16SrRNA基因片段 ,通过测定该基因片段的序列 ,分析了取自我国烟台、长岛、青岛近海和宁波养殖的 17只中国对虾遗传多态性。结果发现 ,不同地理种群存在丰富的DNA序列多态性... 利用PCR技术扩增获得中国对虾 (Penaeuschinensis)线粒体DNA的 16SrRNA基因片段 ,通过测定该基因片段的序列 ,分析了取自我国烟台、长岛、青岛近海和宁波养殖的 17只中国对虾遗传多态性。结果发现 ,不同地理种群存在丰富的DNA序列多态性 ,17只个体具有 17种基因型 ,在扩增的长为 5 2 3bp的基因片段中 ,共检测到 3 7个多态性核苷酸位点 ( 7 0 7% )。UPGMA法构建的分子系统树表明不同地理种群中国对虾存在一定程度的遗传分化 ,长岛群体与烟台群体遗传关系较近 ,宁波群体次之 ,青岛群体为相对独立的一支。 展开更多
关键词 中国对虾 线粒体DNA 16srrna DNA序列 多态性
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肺炎支原体23SrRNA基因突变及其所致肺炎的临床分析 被引量:16
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作者 韩晓华 路素坤 +3 位作者 李书秀 刘立云 陈宁 李书琴 《中国医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第2期162-165,171,共5页
目的了解肺炎支原体23SrRNA基因突变现状,提高对肺炎支原体大环内酯类抗生素耐药基因突变所致肺炎的临床认识和诊治水平。方法对2009年5月至2009年10月我院住院的肺炎支原体肺炎患儿咽试子标本,应用巢式PCR扩增23SrRNA基因并进行电泳检... 目的了解肺炎支原体23SrRNA基因突变现状,提高对肺炎支原体大环内酯类抗生素耐药基因突变所致肺炎的临床认识和诊治水平。方法对2009年5月至2009年10月我院住院的肺炎支原体肺炎患儿咽试子标本,应用巢式PCR扩增23SrRNA基因并进行电泳检测及DNA测序分析,筛选突变株;并进行总结和分析临床特点。结果应用巢式PCR扩增23SrRNA测出基因序列45例,均存在大环内酯类抗生素耐药基因突变。且变异基因位点均为2063位A→G的点突变,其中2例为2063位点A/G双峰;临床特点表现为91.1%患儿持续性发热伴咳嗽,以中、高度热为主。68.9%外周血白细胞总数正常;45例患儿肺部影像资料显示,双肺炎症14例,大叶性肺炎7例,伴胸腔积液6例。20例有肺外合并症;45例应用红霉素静注治疗有效率91.1%。结论肺炎支原体大环内酯类抗生素作用位点之一23SrRNA 2063普遍存在突变,其所致肺炎的临床表现无特异性;应用大环内酯类抗生素治疗91.1%有效,肺炎支原体此位点突变与其在体内是否耐药尚需进一步研究。 展开更多
关键词 肺炎支原体肺炎 23srrna基因突变 临床表现 耐药性
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中国沿海鳓不同地理群体16SrRNA基因的遗传变异分析 被引量:10
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作者 吕振明 许逸天 +2 位作者 吴常文 樊甄姣 张建设 《中国水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2010年第3期463-470,共8页
为阐述过度捕捞后中国现存鳓(Ilisha elongata)资源的种质状况,采用16SrRNA基因测序技术对青岛、舟山、厦门和广州4个鳓地理群体的种群结构及遗传变异进行研究。通过对4个鳓群体共45个个体的线粒体16SrRNA基因进行测序,获得1个长度为65... 为阐述过度捕捞后中国现存鳓(Ilisha elongata)资源的种质状况,采用16SrRNA基因测序技术对青岛、舟山、厦门和广州4个鳓地理群体的种群结构及遗传变异进行研究。通过对4个鳓群体共45个个体的线粒体16SrRNA基因进行测序,获得1个长度为657bp的同源序列。45个个体中共检测到32个多态位点,多态位点比例达4.88%,其中插入或缺失位点10个;45个个体中检测出20个单倍型,单倍型多样性指数(H)达0.812,核苷酸多样性指数(Pi)达0.0031,平均核苷酸差异数(K)达2.016。结果表明,中国现存鳓种群仍具较高的遗传多样性水平。对4个群体的遗传结构进行检测表明,青岛群体与其他3个群体间存在显著的遗传分化,两个类群间存在1个固定位点的核苷酸差异,分化系数(Fst)达0.3852(P<0.01),基因流(Nm)为0.7980;而舟山、厦门和广州这3群体内部则无显著遗传分化(P>0.01);AMOVA检测显示,69.48%的遗传差异存在于群体内部,而30.52%的遗传差异存在于群体间;聚类分析结果和单倍型网络关系图也证实上述鳓群体的地理分化。推测青岛群体的分化可能与晚更新世以来频繁的海平面变化有关。 展开更多
关键词 16srrna基因 遗传变异
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3个不同群体罗氏沼虾线粒体16SrRNA基因序列分析及遗传差异 被引量:11
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作者 蒋钦杨 杨学明 +3 位作者 郭亚芬 蒋和生 兰干球 莫毅 《水产科学》 CAS 北大核心 2005年第10期28-31,共4页
利用PCR技术扩增获得罗氏沼虾线粒体16SrRNA基因的部分片段,通过序列测定和用限制性内切酶MboI、AluI和TaqI分别对上述PCR产物进行限制性片段长度多态分析(RFLP),分析了取自缅甸引进种子代、广西养殖群体及江苏养殖群体3个不同群体罗氏... 利用PCR技术扩增获得罗氏沼虾线粒体16SrRNA基因的部分片段,通过序列测定和用限制性内切酶MboI、AluI和TaqI分别对上述PCR产物进行限制性片段长度多态分析(RFLP),分析了取自缅甸引进种子代、广西养殖群体及江苏养殖群体3个不同群体罗氏沼虾的遗传差异。结果表明:在3个群体间序列同源性对比无变异,PCR-RFLP未发现有片段多态性,3个群体间不存在遗传结构差异。可能表明这3个群体的罗氏沼虾起源同一个种群,且分化较低。 展开更多
关键词 罗氏沼虾 线粒体16srrna PCR—RFLP 遗传差异
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我国北方蜱中人粒细胞埃立克体16SrRNA基因的检测 被引量:38
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作者 高东旗 曹务春 +2 位作者 赵秋敏 张习坦 方立群 《寄生虫与医学昆虫学报》 CAS 2000年第2期103-108,共6页
本文应用人粒细胞埃立克体病 ( HGE)的病原体的 1 6S r RNA基因序列的特异引物对采自我国北方地区的一些蜱标本进行扩增 ,首次从内蒙古大兴安岭采集的全沟硬蜱、森林革蜱和嗜群血蜱 ,以及从新疆精河采集的全沟硬蜱和草原革蜱中扩增出该... 本文应用人粒细胞埃立克体病 ( HGE)的病原体的 1 6S r RNA基因序列的特异引物对采自我国北方地区的一些蜱标本进行扩增 ,首次从内蒙古大兴安岭采集的全沟硬蜱、森林革蜱和嗜群血蜱 ,以及从新疆精河采集的全沟硬蜱和草原革蜱中扩增出该病原体的 1 6S r RNA基因片段。所测出的 967bp序列与美国 HGE株 ( Gen Bank U0 2 52 1 )的同源性为 1 0 0 % 展开更多
关键词 人粒细胞埃立克体 16srrna基因
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16SrRNA基因检测在老年糖尿病烧伤脓毒血症诊治中的价值 被引量:10
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作者 刘向荣 李明华 +2 位作者 朴春丽 米佳 刘扬扬 《中国老年学杂志》 CAS 北大核心 2017年第5期1113-1115,共3页
目的探讨16S核糖体RNA(16SrRNA)基因检测对于老年糖尿病患者烧伤脓毒血症耐药性检测的临床价值。方法收集老年糖尿病烧伤患者可疑脓毒血症患者41例外周静脉血标本共45份,将每份标本分别进行血常规、C反应蛋白(CRP)、白细胞介素(IL)-6、... 目的探讨16S核糖体RNA(16SrRNA)基因检测对于老年糖尿病患者烧伤脓毒血症耐药性检测的临床价值。方法收集老年糖尿病烧伤患者可疑脓毒血症患者41例外周静脉血标本共45份,将每份标本分别进行血常规、C反应蛋白(CRP)、白细胞介素(IL)-6、-10、肿瘤坏死因子(TNF)-α、空腹血糖(FPG)、糖化血红蛋白(Hb A1c)、血液培养以及16SrRNA基因检测,比较两种检测方法对细菌病原体检测的阳性率,以PCR及血培养阴性、阳性患者血常规、TNF-α、IL-6、CRP、FPG、餐后2 h血糖(2 h PG)、Hb A1c的相关性。结果采用PCR和血培养检测阳性率和操作时间,组间比较差异有统计学意义(P<0.05)。16SrRNA基因检测及血培养方法阳性及阴性标本患者白细胞计数(WBC)、CRP、IL-6、TNF-α水平比较差异有统计学意义(P<0.05),且阳性患者明显高于阴性患者,16SrRNA基因检测及血培养方法阳性及阴性标本患者FPG、2 h PG比较差异有统计学意义(P<0.05),但Hb A1c组间比较无统计学意义(P>0.05)。两种检测方法分离病原菌以革兰阴性菌为主,革兰阳性菌低于革兰阴性菌,但是行血培养阴性患者中有部分患者PCR检测阳性。结论老年糖尿病烧伤患者应早期行血常规、TNF-α、IL-6、CRP检测、监测FPG、2 h PG变化,一旦有潜在脓毒症风险,行16SrRNA基因PCR检测,判断细菌特征,早期给予抗感染对症治疗。16SrRNA基因PCR检测应用于老年糖尿病烧伤脓毒症患者细菌感染特异性、快速性、敏感性均较高,操作时间短,不受临床应用抗生素的影响。 展开更多
关键词 16srrna 糖尿病 烧伤
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山东莱洲湾湿地长角血蜱无形体16SrRNA检测分析 被引量:10
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作者 于强 刘庆辉 +6 位作者 鞠中斌 胡永平 刘光辉 臧建辉 王誓闻 陈创夫 张丽娟 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第4期323-326,共4页
目的调查山东莱洲湾湿地优势硬蜱——长角血蜱(Haemaphysalis longicornis)人粒细胞无形体病原携带及分子流行病学特征。方法 2010年5月至10月,对莱洲市第一人民医院ICU及感染科收治的26名无形体确诊病例及6名可疑病例家居环境采集游离... 目的调查山东莱洲湾湿地优势硬蜱——长角血蜱(Haemaphysalis longicornis)人粒细胞无形体病原携带及分子流行病学特征。方法 2010年5月至10月,对莱洲市第一人民医院ICU及感染科收治的26名无形体确诊病例及6名可疑病例家居环境采集游离蜱114只,家畜山羊、牛及狗体表寄生硬蜱456只,分类鉴定后分组研磨提取DNA,巢氏PCR扩增无形体16SrRNA基因并测序及序列分析。结果 69组样本PCR扩增阳性率为43.5%。序列进化分析显示无形体病原主要分3个基因群,T1优势群占检出序列的60%,该群与我国安徽无形体院内感染患者及山东沂源地区发热患者检出序列归为一类。这一群在我国周边国家日本、韩国及德国野生动物及媒介蜱中均有检出。结论东北亚环西太平洋鸟类迁徒的重要"中转站"及越冬、栖息和繁殖地—莱洲湾湿地长角血蜱存在较高无形体病原体携带率,加强当地临床发热病人无形体鉴别诊断并采取必要防控措施具有重要临床及公共卫生意义。 展开更多
关键词 无形体 长角血蜱 16srrna 遗传变异 山东莱洲湾
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慢性肝脏疾病患者肝组织中螺杆菌相关基因16SrRNA的检测 被引量:9
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作者 陈仁 陈小苹 +2 位作者 林秋雄 林炳亮 曹会娟 《南方医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第1期131-132,136,共3页
目的对慢性肝脏疾病患者肝组织中螺杆菌(Hp)基因16SrRNA进行检测,了解慢性肝脏疾病患者肝组织中Hp感染状况,进一步揭示Hp感染与慢性肝脏疾病的关系。方法(1)收集肝穿活检和手术治疗肝脏组织标本,其中正常人、慢性肝炎、肝硬化、肝癌患... 目的对慢性肝脏疾病患者肝组织中螺杆菌(Hp)基因16SrRNA进行检测,了解慢性肝脏疾病患者肝组织中Hp感染状况,进一步揭示Hp感染与慢性肝脏疾病的关系。方法(1)收集肝穿活检和手术治疗肝脏组织标本,其中正常人、慢性肝炎、肝硬化、肝癌患者肝组织各30例,经病理证实。(2)应用PCR扩增Hp16SrRNA基因及测定序列。结果肝组织16SrRNA基因PCR扩增产物经1%琼脂糖凝胶电泳,于紫外检测仪下均可见16SrRNA基因阳性扩增带为109bp;18例原发性肝癌标本检出Hp16SrRNA基因,阳性率60.0%;14例肝硬化标本检出检出Hp16SrRNA基因,阳性率47%;正常人、慢性肝炎组均无检出检出Hp16SrRNA基因。肝组织螺杆菌16SrRNA测序对比分析,与Hp16SrRNA片段的基因有98.8%同源性。结论慢性肝脏疾病患者肝组织中存在Hp,Hp感染与肝癌可能存在相关性。 展开更多
关键词 幽门螺杆菌 慢性肝炎 肝硬化 肝肿瘤 16srrna
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