期刊文献+
共找到6篇文章
< 1 >
每页显示 20 50 100
基于读分割最优匹配的indels识别算法 被引量:1
1
作者 王春宇 潘俊 +3 位作者 郭茂祖 刘晓燕 刘扬 刘国军 《软件学报》 EI CSCD 北大核心 2017年第10期2640-2653,共14页
高通量测序技术的发展,极大地推动了基因组结构变异识别的研究.当前,该领域主要使用覆盖度、读分割或片段组装方法来识别变异,但目前的方法识别结果不够准确,敏感度高,对基因组结构变异的信息(如变异序列、变异坐标等)挖掘不充分.插入... 高通量测序技术的发展,极大地推动了基因组结构变异识别的研究.当前,该领域主要使用覆盖度、读分割或片段组装方法来识别变异,但目前的方法识别结果不够准确,敏感度高,对基因组结构变异的信息(如变异序列、变异坐标等)挖掘不充分.插入和删除类型的结构变异统称为indels,在基因组结构变异中最为常见.为此,针对indels的精确识别,提出了基于读分割和动态规划的最优序列匹配算法(optimal split-read matching algorithm,简称OSRM).OSRM算法能将异常读片段以最少的空位打断比对到参考序列上.首先,建立异常读片段与特定参考序列的匹配得分矩阵;然后,建立回溯路径矩阵;最后,用以变异特点设计的得分公式对每条路径进行最优匹配筛选,输出精确识别的indels坐标及序列.实验结果显示,该方法对小中型的indels有很高的识别性能.此外,与读分割法的经典算法Pindel进行了比较,证实OSRM算法在小中型的indels识别方面有更好的效果,可识别更复杂的情况. 展开更多
关键词 结构变异 拷贝数变异 动态规划 读分割 精确识别
在线阅读 下载PDF
基于隐马尔可夫模型的拷贝数变异检测算法研究 被引量:2
2
作者 林勇 刘湘琼 《计算机应用研究》 CSCD 北大核心 2017年第2期436-439,共4页
针对目前拷贝数变异检测存在的参数优化、额外信息利用不充分等问题,提出一种基于隐马尔可夫模型的拷贝数变异检测算法。首先对读数据与参考序列比对并存储匹配失效的数据,实现窗口读数据的计数和平滑校正;然后引入隐马尔可夫模型对读... 针对目前拷贝数变异检测存在的参数优化、额外信息利用不充分等问题,提出一种基于隐马尔可夫模型的拷贝数变异检测算法。首先对读数据与参考序列比对并存储匹配失效的数据,实现窗口读数据的计数和平滑校正;然后引入隐马尔可夫模型对读计数的异常信号进行检测,得出候选的拷贝数检测结果;最后采用基于匹配失效数据的裂读比对实现候选结果的过滤,从而提高检测性能。模拟和实验数据的拷贝数变异检测结果表明该算法具有较高的检测精度和覆盖度,优于现有常用的检测算法。 展开更多
关键词 拷贝数变异 变异检测 隐马尔可夫模型 裂读法
在线阅读 下载PDF
Establishment of a Functional Cell Line Expressing both Subunits of H1a and H2c of Human Hepatocyte Surface Molecule ASGPR
3
作者 胡斌 杨燕 +8 位作者 刘嘉 马智勇 黄红平 刘慎沛 余源 郝友华 王宝菊 陆蒙吉 杨东亮 《Journal of Huazhong University of Science and Technology(Medical Sciences)》 SCIE CAS 2010年第5期556-561,共6页
To better understand the effect of a new split variant of human asialoglycoprotein receptor (ASGPR H1b) on ASGPR ligands’ binding ability, we established a functional cell line which expresses ASGPR.The full lengths ... To better understand the effect of a new split variant of human asialoglycoprotein receptor (ASGPR H1b) on ASGPR ligands’ binding ability, we established a functional cell line which expresses ASGPR.The full lengths of ASGPRH1a and H2c fragments from human liver were amplified by reverse transcript PCR (RT-PCR) and inserted into eukaryotic expression vector pIRES2EFP, pCDNA3.1 (Zeo+) respectively.The recombinants were cotransfected into HeLa cells.After selection by using Neocin and Zeocin, a stably transfected cell line was established, which was designated 4-1-6.The transcription and expression of ASGPRH1a and H2c in 4-1-6 were confirmed by RT-PCR, Western blotting and immunofluorescence.The endocytosis function of the artificial "ASGPR" on the surface of 4-1-6 was tested by FACS.It was found that the cell line 4-1-6 could bind ASGPR natural ligand molecular asialo-orosomucoid (ASOR).After the eukaryotic plasmid H1b/pCDNA3.1 (neo) was transfected into cell line 4-1-6, H1b did not down-regulate the ligand binding ability of ASGPR.The eukaryotic expression plasmid H1b/pcDNA3.1 (neo) and H2c/pcDNA3.1 (neo) were co-transfected transiently into Hela cell.Neither single H1b nor H1b and H2c could bind ASOR.In conclusion, a functional cell line of human asialoglycoprotein receptor (ASGPR) which expresses both H1a and H2c stably was established.The new split variant H1b has no effect on ASGPR binding to ASOR.ASGPRH1b alone can’t bind to ASOR, it yet can’t form functional complex with ASGPRH2c. 展开更多
关键词 ASGPR eukaryotic expression vector function cell line split variant
在线阅读 下载PDF
重力波波包在时变背景场中传播的数值研究
4
作者 黄开明 张绍东 《空间科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第1期35-42,共8页
采用二阶算子分裂格式对高斯型重力波波包在时变背景温场和时变背景风场中的非线性传播过程分别进行了数值模拟和分析.研究表明,时变背景场对波包空间结构演变影响不明显,各物理量的偏振关系与线性理论偏振关系较一致;在时变背景温场... 采用二阶算子分裂格式对高斯型重力波波包在时变背景温场和时变背景风场中的非线性传播过程分别进行了数值模拟和分析.研究表明,时变背景场对波包空间结构演变影响不明显,各物理量的偏振关系与线性理论偏振关系较一致;在时变背景温场中传播,水平群速度和垂直群速度的变化趋势与线性理论结果相反,波频率的变化也与线性理论色散方程计算结果有一定的差别,这表明了线性重力波理论的局限性;在时变背景风场中传播,波频率的变化比时变背景温场中更显著.传播路径与在稳恒背景场中比较,更接近线性理论计算出的路径. 展开更多
关键词 重力波波包 算子分裂格式 时变背景场
在线阅读 下载PDF
拷贝数变异检测算法优化研究
5
作者 林勇 NGUVE GILEAD NGUVE 《软件》 2019年第3期13-17,共5页
拷贝数变异与多种复杂疾病密切相关,具有重要的研究意义。本文利用基于测序数据的拷贝数变异检测过程中丢弃的不匹配读数据,采用裂读法和单端匹配法对已有检测算法的结果进行过滤优化。模拟和实验数据检测结果表明,本文方法优化后能得... 拷贝数变异与多种复杂疾病密切相关,具有重要的研究意义。本文利用基于测序数据的拷贝数变异检测过程中丢弃的不匹配读数据,采用裂读法和单端匹配法对已有检测算法的结果进行过滤优化。模拟和实验数据检测结果表明,本文方法优化后能得到了更高的检测性能。 展开更多
关键词 拷贝数变异检测 算法优化 裂读法 配对末端读数
在线阅读 下载PDF
Exergy and exergoeconomic analyses for integration of aromatics separation with aromatics upgrading 被引量:2
6
作者 Dan Zhang Minbo Yang Xiao Feng 《Frontiers of Chemical Science and Engineering》 SCIE EI CSCD 2023年第2期183-193,共11页
Methanol to aromatics produces multiple products,resulting in a limited selectivity of xylene.Aromatics upgrading is an effective way to produce more valuable xylene product,and different feed ratios generate discrepa... Methanol to aromatics produces multiple products,resulting in a limited selectivity of xylene.Aromatics upgrading is an effective way to produce more valuable xylene product,and different feed ratios generate discrepant product distributions.This work integrates the aromatics separation with toluene disproportionation,transalkylation of toluene and trimethylbenzene,and isomerization of xylene and trimethylbenzene.Exergy and exergoeconomic analyses are conducted to give insights in the splitting ratios of benzene,toluene and heavy aromatics for aromatics upgrading.First,a detailed simulation model is developed in Aspen HYSYS.Then,300 splitting ratio sets of benzene and toluene for conversion are studied to investigate the process performances.The results indicate that there are different preferences for the splitting ratios of benzene and toluene in terms of exergy and exergoeconomic performances.The process generates lower total exergy destruction when the splitting ratio of toluene varies between 0.07 and 0.18,and that of benzene fluctuates between 0.55 and 0.6.Nevertheless,the process presents lower total product unit cost with the splitting ratio of toluene less than 0.18 and that of benzene fluctuating between 0.44 and 0.89.Besides,it is found that distillation is the biggest contributor to the total exergy destruction,accounting for 94.97%. 展开更多
关键词 aromatics separation and upgrading variant splitting ratios total exergy destruction total product unit cost
原文传递
上一页 1 下一页 到第
使用帮助 返回顶部