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基于靶向多拷贝基因sgRNA表达盒替换的一种通用反选择技术 被引量:2
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作者 蔡倩茹 王曼曼 +1 位作者 朱进妹 吴杰群 《生物工程学报》 北大核心 2025年第4期1649-1657,共9页
筛选标记作为基因编辑中的重要工具,其应用范围常因宿主遗传背景及代谢兼容性差异而呈现种属特异性限制。为了解决这一问题,本研究利用CRISPR/Cas9系统开发了一种通用性更强的反选择工具,设计引入sgRNA表达盒作为反选择标记,引导Cas9蛋... 筛选标记作为基因编辑中的重要工具,其应用范围常因宿主遗传背景及代谢兼容性差异而呈现种属特异性限制。为了解决这一问题,本研究利用CRISPR/Cas9系统开发了一种通用性更强的反选择工具,设计引入sgRNA表达盒作为反选择标记,引导Cas9蛋白靶向切割基因组DNA,对sgRNA表达盒替换的菌株进行筛选。该系统经过优化将sgRNA靶向多拷贝位点,增强了细胞致死率,从而将反选择效率提高到85.00%以上。这一反选择工具不受菌种的限制,应用范围更广,适用于多拷贝的质粒组装以及质粒编辑等各种场景。 展开更多
关键词 sgrna反选择 质粒编辑组装 Cas9靶向切割 无痕编辑
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棉花基因编辑标记基因GhOMT1和GhPGF高效sgRNA的筛选
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作者 郭浩猛 代培红 +3 位作者 张锦恩 张国帅 雷建峰 刘晓东 《棉花学报》 北大核心 2025年第2期153-164,共12页
【目的】筛选棉花类黄酮O-甲基转移酶编码基因GhOMT1和腺体形成相关基因GhPGF编辑的单链引导RNA(single guide RNA,sg RNA),为快速检测突变体植株奠定基础。【方法】基于Cas9蛋白超表达棉花材料Jin668,设计能够靶向敲除GhOMT1和Gh PGF... 【目的】筛选棉花类黄酮O-甲基转移酶编码基因GhOMT1和腺体形成相关基因GhPGF编辑的单链引导RNA(single guide RNA,sg RNA),为快速检测突变体植株奠定基础。【方法】基于Cas9蛋白超表达棉花材料Jin668,设计能够靶向敲除GhOMT1和Gh PGF基因的sg RNA。利用棉花叶皱缩病毒(cotton leaf crumple virus,CLCr V)载体介导的基因编辑、高通量突变追踪(high-throughput tracking of mutations,Hi-TOM)等技术,检测sg RNA的编辑效率和特异性。【结果】GhOMT1-sg RNA2和GhPGF-sg RNA可分别导致Gh OMT1和Gh PGF基因在靶位点处产生突变。Hi-TOM测序结果表明,转化GhOMT1-sg RNA2的15株棉花中有12株发生了突变,突变效率为80%;转化单株在A、D亚基因组上的编辑效率分别为7.90%~43.72%、9.60%~56.32%。Gh PGF-sg RNA的突变效率为80%,基因编辑效率为10.23%~30.27%。GhOMT1-sg RNA2的3个潜在脱靶位点均未发现脱靶现象;Gh PGF-sg RNA在基因组编码区无潜在脱靶位点。说明这2个sg RNA不仅可以靶向敲除靶基因,而且具有专一性。【结论】利用CLCr V介导的基因编辑系统筛选出1个能靶向敲除Gh OMT1的sg RNA和1个能靶向敲除GhPGF的sg RNA。 展开更多
关键词 棉花 标记基因 GhOMT1 GhPGF 棉花叶皱缩病毒 sg RNA 特异性
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利用TRV病毒载体在棉花中高效筛选CRISPR/Cas9介导的sgRNA
3
作者 李建平 刘志清 +8 位作者 王为然 王萌 周子馨 杨静 朱家辉 李耀华 宋武 阿里甫·艾尔西 孔杰 《新疆农业科学》 北大核心 2025年第6期1301-1307,共7页
【目的】设计基于TRV病毒载体介导的基因编辑sgRNA投递系统,快速检测sgRNA基因编辑效率,高效筛选靶标基因sgRNA。【方法】利用infusion反应将靶基因sgRNA组装至TRV病毒表达载体,在Cas9-OE转基因棉花叶片中瞬时表达,结合PCR和Sanger测序... 【目的】设计基于TRV病毒载体介导的基因编辑sgRNA投递系统,快速检测sgRNA基因编辑效率,高效筛选靶标基因sgRNA。【方法】利用infusion反应将靶基因sgRNA组装至TRV病毒表达载体,在Cas9-OE转基因棉花叶片中瞬时表达,结合PCR和Sanger测序验证sgRNA介导的靶基因突变效果。【结果】不同TRV载体介导的sgRNA投递系统,通过CLA1基因和GhCOR27基因sgRNA验证其编辑效率,突变率均达65%及以上,突变类型多为碱基缺失,少数为碱基插入或替换。棉花GhU6启动子驱动的投递系统编辑效率达80%以上,高于拟南芥AtU6启动子(60%~70%)。同时,组装了tRNA-gRNA-tRNA表达盒(PTG)的投递系统编辑效率略高于其它投递系统。【结论】四套TRV病毒介导的sgRNA投递系统能够在棉花中诱导基因编辑,在筛选验证sgRNA编辑效果方面均能发挥作用,其中TRV-GhU6::PTG-sgRNA投递系统在效率上更具有优势,作为应用于高通量高效筛选靶向基因sgRNA的工具具有更高的潜在应用价值。 展开更多
关键词 TRV 棉花 CRISPR/Cas9 sgrna 基因编辑
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番茄Slβ-Hex的分子特征及启动子sgRNA分析
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作者 张西英 刘江娜 +2 位作者 白云凤 李荣霞 张爱萍 《新疆农业科学》 北大核心 2025年第5期1131-1138,共8页
【目的】利用CRISPR-Cas基因编辑系统可对其进行定点突变调控番茄果实软化,为利用CRISPR-Cas系统突变失活番茄细胞壁糖苷水解酶基因β-Hex,抑制N-糖蛋白的降解和游离N-聚糖的产生,降低细胞壁水解软化程度,调控番茄果实过度软化的深入研... 【目的】利用CRISPR-Cas基因编辑系统可对其进行定点突变调控番茄果实软化,为利用CRISPR-Cas系统突变失活番茄细胞壁糖苷水解酶基因β-Hex,抑制N-糖蛋白的降解和游离N-聚糖的产生,降低细胞壁水解软化程度,调控番茄果实过度软化的深入研究奠定基础。【方法】利用生物在线工具,对Slβ-Hex多肽特性及保守结构域、基因组结构、数字表达谱、启动子顺式作用元件进行系统分析,根据CRISPR-Cas9靶点设计原则,设计筛选出适宜的sgRNAs,促进番茄基因编辑高效表达载体的构建。【结果】番茄Slβ-Hex基因位于番茄第1号染色体的互补链上,由2个外显子、1个内含子组成,编码575个氨基酸。Slβ-Hex主要在番茄的果实中表达,尤其在果皮中表达量较高。该启动子的正链分布7条sgRNA,负链分布20条sgRNA,其中的10条sgRNA含有16个顺式作用元件。【结论】通过选用高特异性sgRNA进行基因编辑,使其所含的顺式元件序列突变,抑制改变Slβ-Hex的表达。 展开更多
关键词 番茄 Slβ-Hex分子特征 启动子 顺式作用元件 sgrna
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CRISPR/Cas9系统中sgRNA设计与脱靶效应评估 被引量:23
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作者 谢胜松 张懿 +4 位作者 张利生 李广磊 赵长志 倪攀 赵书红 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2015年第11期1125-1136,共12页
基于CRISPR/Cas9系统介导的第三代基因组编辑技术,已成功应用于动物、植物和微生物等诸多物种的基因组改造。如何提高CRISPR/Cas9技术的基因组编辑效率和最大限度降低脱靶风险一直是本领域的研究热点,而使用高效且特异的sg RNA(Small gu... 基于CRISPR/Cas9系统介导的第三代基因组编辑技术,已成功应用于动物、植物和微生物等诸多物种的基因组改造。如何提高CRISPR/Cas9技术的基因组编辑效率和最大限度降低脱靶风险一直是本领域的研究热点,而使用高效且特异的sg RNA(Small guide RNA)是基因组改造成功的关键性因素之一。目前,已有多款针对CRISPR/Cas9技术的sg RNA设计和/或脱靶效应评估软件,但不同的软件各有优缺点。本文重点对16款sg RNA设计和脱靶效应评估在线和单机版软件的特点进行了阐述,通过制定38项评估指标对不同软件进行了比较分析,最后对11种用于检测基因组编辑效率和脱靶的实验方法,以及如何筛选高效且特异的sg RNA进行了归纳总结。 展开更多
关键词 CRISPR/Cas9系统 基因组编辑 sgrna 脱靶效应
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基于优化sgRNA系统提高海岛棉CRISPR/Cas9基因组编辑功效的研究 被引量:4
6
作者 李继洋 胡燕 +2 位作者 姚瑞 代培红 刘晓东 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第10期1522-1534,共13页
CRISPR/Cas9基因组编辑体系已经在多种作物中被建立,其最大的优势在于能简单高效定向创制突变体。然而,CRISPR/Cas9基因组编辑体系在实际操作过程中经常会出现没有编辑的情况,或者靶向编辑目的基因的同时也会引发不同程度的脱靶效应,这... CRISPR/Cas9基因组编辑体系已经在多种作物中被建立,其最大的优势在于能简单高效定向创制突变体。然而,CRISPR/Cas9基因组编辑体系在实际操作过程中经常会出现没有编辑的情况,或者靶向编辑目的基因的同时也会引发不同程度的脱靶效应,这对CRISPR/Cas9基因组编辑技术的运用带来不利影响。本研究基于前期在海岛棉体细胞中建立的CRISPR/Cas9基因组编辑体系,通过对构建Cas9不同密码子优化方式、不同PAM位点个数和不同靶位点数量的编辑载体,来分析比较编辑效率和脱靶效应的差异。结果表明,2种Cas9密码子不同优化方式的编辑载体产生的编辑效率和脱靶效应无显著差异;优化后的双PAM位点的编辑效率显著高于单PAM位点,且脱靶效率显著较低;大部分双靶序列编辑效率均高于单靶序列且脱靶效率较低。上述研究结果为今后优化CRISPR/Cas9介导的海岛棉基因组编辑体系奠定了重要的理论依据。 展开更多
关键词 棉花 CRISPR/Cas9 编辑效率 脱靶效率 sgrna类型
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高效切割Hipp11敲入位点的sgRNA设计及活性验证 被引量:6
7
作者 吴曦 周舒雅 +5 位作者 刘甦苏 谷文达 左琴 李保文 贺争鸣 范昌发 《实验动物科学》 2015年第5期26-30,共5页
目的设计并验证能够高效切割Hipp11位点的sgRNA,为在Hipp11位点定点敲入外源基因提供工作基础。方法使用预测软件对Hipp11位点的sgRNA进行预测并挑选脱靶效应较低的两个sgRNA。构建相应载体,通过CRISPR/Cas9活性检测试剂盒在体外检测sg... 目的设计并验证能够高效切割Hipp11位点的sgRNA,为在Hipp11位点定点敲入外源基因提供工作基础。方法使用预测软件对Hipp11位点的sgRNA进行预测并挑选脱靶效应较低的两个sgRNA。构建相应载体,通过CRISPR/Cas9活性检测试剂盒在体外检测sgRNA的活性。选取活性较高的sgRNA体外转录,与Cas9 m RNA一并注射受精卵。检测出生后小鼠Hipp11位点切割效率,计算出sgRNA的体内活性。结果两个sgRNA的体外活性分别为19.2%和51.7%,使用体外活性高的2号sgRNA显微注射获得8只新生小鼠,其中62.5%(5/8)的小鼠中检测到Hipp11位点周围发生碱基插入或缺失。结论获得一个能够引导高效切割的Hipp11位点通用型sgRNA,从而为基因CRISPR技术在Hipp11位点定点插入外源基因奠定基础。sgRNA体外活性能够预测sgRNA在体内的切割活性,表明体外活性验证是筛选高活性sgRNA的有效手段。 展开更多
关键词 基因定点插入 Hipp11位点 CRISPR/Cas9 sgrna 活性验证
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靶向番茄SlACS2基因CRISPR-Cas9sgRNA的设计和分析 被引量:2
8
作者 白云凤 张爱萍 +5 位作者 闫建俊 贺飞燕 张维锋 冯瑞云 刘江娜 张西英 《生物信息学》 2017年第1期7-15,共9页
番茄为呼吸跃变型果实,伴随呼吸跃变产生大量乙烯,即系统II乙烯,易使番茄果实过熟,导致腐烂变质。SlACS2是番茄系统II乙烯合成的限速酶,通过CRISPR-Cas9基因组编辑系统修饰该基因,调控系统Ⅱ乙烯过量表达,将迟滞番茄过熟。本研究基于RNA... 番茄为呼吸跃变型果实,伴随呼吸跃变产生大量乙烯,即系统II乙烯,易使番茄果实过熟,导致腐烂变质。SlACS2是番茄系统II乙烯合成的限速酶,通过CRISPR-Cas9基因组编辑系统修饰该基因,调控系统Ⅱ乙烯过量表达,将迟滞番茄过熟。本研究基于RNA-seq建立了SlACS2基因的数字表达谱,表明该基因呈果实特异性表达,在植株的根、茎、叶等部位不表达。SlACS2位于番茄1号染色体,含4个外显子和3个内含子。利用在线工具CRISPRdirect和CRISPR-P发现第1、2、3外显子分别具有18、9和11条sgRNA。其中,sgRNA1-14和sgRNA3-8及二者的近PAM的12 nt种子序列在番茄基因组是唯一序列,GC含量高于40%,不存在TTTT终止序列。BLAST结果表明,sgRNA1-14和sgRNA3-8与GenBank公布的8条SlACS2同源序列高度一致,位于该基因的保守区,而与SlACS4和SlACS6的同源序列存在多个SNP,预示这2条sgRNA可用于番茄不同品种SlACS2基因的靶向编辑,并可规避对SlACS家族其他同源基因的脱靶效应。 展开更多
关键词 番茄 ACC合成酶2 sgrna CRISPR-Cas9 基因组编辑
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靶向敲除棉花GhAGL16高效sgRNA的筛选
9
作者 雷建峰 尤扬子 +5 位作者 张锦恩 代培红 于莉 杜正阳 李月 刘晓东 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2024年第6期1023-1033,共11页
【目的】AGL16是棉花MADS-box基因家族中一个重要的转录负调控因子,在抵御干旱和盐胁迫过程中发挥着重要作用。利用病毒介导的基因编辑技术(virus-induced gene editing,VIGE)筛选靶向敲除棉花GhAGL16的sgRNAs,并验证这些sgRNAs的特异性... 【目的】AGL16是棉花MADS-box基因家族中一个重要的转录负调控因子,在抵御干旱和盐胁迫过程中发挥着重要作用。利用病毒介导的基因编辑技术(virus-induced gene editing,VIGE)筛选靶向敲除棉花GhAGL16的sgRNAs,并验证这些sgRNAs的特异性,为定向创制棉花agl16突变体奠定重要基础。【方法】根据在棉花YZ-1中A亚组和D亚组上实际克隆GhAGL16的基因组序列,预测了3个能靶向敲除GhAGL16的sgRNAs;基于棉花叶皱缩病毒(cotton leaf crumple virus,CLCrV)介导的VIGE系统,构建3个CLCrV-AtU6-26::GhAGL16-sgRNAs表达载体;利用qPCR检测Cas9超表达(Cas9 over-expression,Cas9-OE)植株中Cas9的表达量,确定Cas9是否稳定遗传表达;将3个CLCrV-AtU6-26::GhAGL16-sgRNAs表达载体分别转化Cas9-OE棉花子叶,并通过PCR/RE方法检测3个靶点的突变情况;利用生物信息学方法分析3个GhAGL16-sgRNAs的二级结构;对突变植株进行Hi-TOM高通量测序,明确基因编辑效率。同时,对转化GhAGL16-sgRNA2的突变植株进行脱靶率鉴定,检测基因编辑的特异性。【结果】成功构建了3个能同时靶向敲除GhAGL16-A亚组和GhAGL16-D亚组序列的sgRNAs。对不同Cas9-OE植株中Cas9表达量检测结果表明,Cas9在不同Cas9-OE棉株中稳定表达。用3个CLCrV-AtU6-26::GhAGL16-sgRNAs表达载体转化Cas9-OE棉花子叶,PCR/RE突变检测结果表明,GhAGL16-sgRNA2可有效用于GhAGL16的靶向敲除,在棉花A亚组和D亚组靶位点上出现了不同碱基缺失的突变类型,而GhAGL16-sgRNA1和GhAGL16-sgRNA3是2个无效sgRNA。3个GhAGL16-sgRNAs的二级结构分析结果表明,GhAGL16-sgRNA1和GhAGL16-sgRNA3可能存在引导序列容易与其他序列发生配对并且不易解链的现象,干扰了引导序列对目标位点的识别,导致sgRNA无效。进一步量化GhAGL16-sgRNA2对GhAGL16的编辑效率,对每一株转化CLCrV-AtU6-26::GhAGL16-sgRNA2的Cas9-OE植株突变检测结果表明,在转化的9株Cas9-OE植株中有6株发生了突变,突变效率为66.67%。此外,Hi-TOM高通量测序结果表明,GhAGL16-sgRNA2对GhAGL16的编辑效率为13.69%—54.42%。脱靶率鉴定结果表明,预测的4个潜在脱靶位点都没有发现脱靶现象,说明GhAGL16-sgRNA2不仅具有高效的基因编辑效率,而且具有专一的基因编辑特异性。【结论】利用CLCrV介导的VIGE系统转化Cas9-OE棉花筛选获得1个能高效敲除GhAGL16的sgRNA,为定向创制棉花agl16突变体提供了理想的sgRNA。 展开更多
关键词 棉花 GhAGL16 sgrna 突变体 VIGE 脱靶
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快速构建多重sgRNA载体利用CRISPR/Cas9技术敲除拟南芥IAA2基因 被引量:12
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作者 刘丁源 邱婷 +3 位作者 丁晓辉 李苗苗 朱睦元 王君晖 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2016年第8期756-764,共9页
IAA2(Indole Acetic Acid 2)是拟南芥Aux/IAA生长素响应基因大家族中的一员,目前还没有它的突变体的报道,阻碍了对其功能和作用机制的深入研究。在CRISPR/Cas9基因组编辑技术中,1个sgRNA只能靶向基因的1个位点,有时基因敲除的效率并不... IAA2(Indole Acetic Acid 2)是拟南芥Aux/IAA生长素响应基因大家族中的一员,目前还没有它的突变体的报道,阻碍了对其功能和作用机制的深入研究。在CRISPR/Cas9基因组编辑技术中,1个sgRNA只能靶向基因的1个位点,有时基因敲除的效率并不高。为了提高敲除效率,本文在Golden-Gate克隆技术的基础上,通过两轮PCR扩增,将每3个sgRNA串联到同1个入门载体中,再将入门载体与含Cas9表达框的目标载体LR反应,获得最终的表达载体。结果表明,设计的6个sgRNA有4个发挥了作用,产生了碱基插入突变和大片段缺失突变等多种可遗传的突变。与单个sgRNA相比,多重sgRNA的基因敲除效率高、种系突变多;与其他构建多重sgRNA载体的方法相比,本方法具有快速、高效等优点。本文所得到的5个突变体为后续的IAA2功能研究提供了良好的材料。 展开更多
关键词 CRISPR/Cas9 多重sgrna串联 基因组编辑 IAA2基因
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靶向miRNA前体不同类型sgRNA的丰度及特异性评估 被引量:1
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作者 刘海龙 谌阳 +7 位作者 高杨 周玲 韩晓松 赵长志 杨高娟 陈毅龙 杨慧 谢胜松 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2018年第7期567-577,共11页
CRISPR/Cas技术能高效进行基因组定点编辑,但不同细菌来源或人工改造的Cas9以及Cpf1等核酸酶识别的PAM(protospacer adjacent motif)有差异,因此不同的基因编辑核酸酶可能采用不同类型的sgRNAs(small guide RNAs)。Micro RNAs(miRNAs)... CRISPR/Cas技术能高效进行基因组定点编辑,但不同细菌来源或人工改造的Cas9以及Cpf1等核酸酶识别的PAM(protospacer adjacent motif)有差异,因此不同的基因编辑核酸酶可能采用不同类型的sgRNAs(small guide RNAs)。Micro RNAs(miRNAs)是一类调控性的小分子非编码RNAs,为了研究miRNA前体中是否可能存在特异性高的sgRNAs靶点,本文利用本课题组前期开发的生物信息学软件CRISPR-offinder,对靶向28 645条miRNA前体的11种不同类型sgRNA的丰度及特异性进行了分析,并利用CRISPR/Cas9慢病毒技术构建了猪miR-302/367基因簇敲除细胞系,对构建的猪miRNA敲除细胞系的效率进行了检测。结果表明,每个miRNA前体中平均存在约8种不同类型sgRNA的靶点;通过评估靶向猪miRNA前体sgRNA的脱靶效应,发现其中特异性高的sgRNA仅占18.2%;通过CRISPR/Cas9慢病毒技术成功构建了猪miR-302/367基因簇敲除细胞系,发现通过该技术构建miRNA敲除细胞系的效率为40%。本研究为利用CRISPR/Cas技术靶向敲除miRNA提供了重要资源。 展开更多
关键词 MIRNA CRISPR/Cas9 sgrna 敲除
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优化sgRNA序列提高斑马鱼CRISPR/Cas9系统的突变效率 被引量:1
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作者 吕双娟 舒林娟 +4 位作者 林啟研 李思颖 李丹宁 肖越 莫显明 《四川动物》 北大核心 2021年第6期622-631,共10页
CRISPR/Cas9系统介导的定点突变已经在多种模式生物中实现,其中提高sgRNA的编辑效率是关键性因素。通过分析斑马鱼Danio rerio sgRNA序列特征,优化现有sgRNA设计原则,提高了CRISPR/Cas9系统在斑马鱼中的切割效率。根据现有的sgRNA设计原... CRISPR/Cas9系统介导的定点突变已经在多种模式生物中实现,其中提高sgRNA的编辑效率是关键性因素。通过分析斑马鱼Danio rerio sgRNA序列特征,优化现有sgRNA设计原则,提高了CRISPR/Cas9系统在斑马鱼中的切割效率。根据现有的sgRNA设计原则,利用软件CHOPCHOP和Benchling对斑马鱼内35个基因设计157个sgRNAs并分析其序列特征对基因突变效率的影响。结果表明,CRISPR/Cas9系统对斑马鱼产生高效靶向突变的sgRNA序列具有明显的碱基偏好性。当靶点序列和靶点种子序列的GC含量为50%~60%、紧邻靶点3’端的前间区序列邻近基序可变碱基为C、Cas9蛋白复合体的切割位点碱基对为AC时,靶点序列具有较高的切割效率。同时,对6个已发表数据集的959个sgRNAs的序列特征进行重新分析,得到了类似的结果。优化的sgRNA设计原则,能显著提高靶基因的突变效率。 展开更多
关键词 CRISPR/Cas9系统 基因敲除 sgrna设计 优化 斑马鱼
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利用双重sgRNAs构建miR-223全基因敲除小鼠 被引量:1
13
作者 赵宣 王晓亚 +7 位作者 刘莉 刘佩娟 辛智倩 师长宏 张彩勤 白冰 黄勇 张海 《中国比较医学杂志》 CAS 北大核心 2019年第6期27-31,共5页
目的 利用双重sgRNAs构建miR-223全基因敲除小鼠。方法 针对miR-223基因设计双重sgRNAs,将体外转录的sgRNAs和Cas9 mRNA共同显微注射入C57BL/6小鼠受精卵细胞。小鼠出生后取其基因组DNA进行PCR扩增和测序以鉴定基因型,同时取小鼠肝脏研... 目的 利用双重sgRNAs构建miR-223全基因敲除小鼠。方法 针对miR-223基因设计双重sgRNAs,将体外转录的sgRNAs和Cas9 mRNA共同显微注射入C57BL/6小鼠受精卵细胞。小鼠出生后取其基因组DNA进行PCR扩增和测序以鉴定基因型,同时取小鼠肝脏研磨后提取总RNA,通过real-time PCR分析miR-223在肝脏中的表达。结果 设计了miR-223基因双重sgRNAs并对其进行了体外转录,纯化后显微注射小鼠受精卵细胞获得miR-223基因突变小鼠。测序结果表明突变小鼠有3种基因型,一种为6 bp的缺失突变,但未对miR-223序列产生影响;另外两种为162 bp和168 bp的缺失突变,完全删除miR-223前体和成熟区序列。与野生型相比,这两种小鼠肝组织中几乎不能检测到miR-223的表达。结论 设计双重sgRNAs并应用CRISPR/Cas9技术成功构建miR-223全基因敲除小鼠。 展开更多
关键词 双重sgrnas CRISPR/Cas9 miR-223 基因敲除小鼠
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Cas9/sgRNA递送技术及其研究进展 被引量:3
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作者 胡暄 王松 +2 位作者 于璐 张晓鹏 陈薇 《生物工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第11期3880-3889,共10页
在与CRISPR/Cas9基因编辑技术相关的临床应用中,Cas9/sgRNA的递送是决定基因编辑治疗效果的关键技术之一。无需转录和翻译过程的Cas9蛋白/sgRNA复合物直接递送形式可能能够提供更高的特异性和安全性。文中通过对Cas9/sgRNA递送技术的研... 在与CRISPR/Cas9基因编辑技术相关的临床应用中,Cas9/sgRNA的递送是决定基因编辑治疗效果的关键技术之一。无需转录和翻译过程的Cas9蛋白/sgRNA复合物直接递送形式可能能够提供更高的特异性和安全性。文中通过对Cas9/sgRNA递送技术的研究现状及其在基因相关疾病治疗中的进展进行简要综述,为新型药物载体的设计和基因治疗的临床应用提供新思路。 展开更多
关键词 Cas9/sg RNA递送 纳米载体 基因编辑 基因治疗
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基于CRISPR/Cas9构建基因编辑小鼠sgRNA有效性验证研究
15
作者 许文豪 周婉 +5 位作者 臧敦安 巩雪洁 刘庆华 于孟飞 薛璐 彭勇波 《湖北农业科学》 2018年第24期156-159,共4页
以小鼠S100A9基因为例,设计针对该基因的sgRNA,体外转录后与Cas9 mRNA通过显微注射入受精卵,选取囊胚期的胚胎,单枚独立进行基因型分析,并综合得出编辑效率。结果表明,显微注射113枚受精卵,其中28枚成功发育到囊胚期,其中有5枚囊胚在特... 以小鼠S100A9基因为例,设计针对该基因的sgRNA,体外转录后与Cas9 mRNA通过显微注射入受精卵,选取囊胚期的胚胎,单枚独立进行基因型分析,并综合得出编辑效率。结果表明,显微注射113枚受精卵,其中28枚成功发育到囊胚期,其中有5枚囊胚在特定位点产生了基因突变,总编辑效率为18%。该方法操作简单,可快速对sgRNA活性进行体内验证,并为后续基因编辑小鼠的制备提供基础。 展开更多
关键词 CRISPR/Cas9 小鼠 sgrna有效性 囊胚
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基于核酶的自剪切sgRNA及其在基因编辑中的应用 被引量:4
16
作者 单策 李中瀚 《四川大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期345-350,共6页
为减少在CRISPR/Cas9基因编缉系统中,sgRNA通常由Ⅲ型启动子持续转录产生,Ⅲ型启动子不易控制,sgRNA持续表达又容易产生细胞毒性这一缺陷,本文拟建立由Ⅱ型启动子转录,并由内含子中释放sgRNA的方法.我们在sgRNA的两端设计了三种"核... 为减少在CRISPR/Cas9基因编缉系统中,sgRNA通常由Ⅲ型启动子持续转录产生,Ⅲ型启动子不易控制,sgRNA持续表达又容易产生细胞毒性这一缺陷,本文拟建立由Ⅱ型启动子转录,并由内含子中释放sgRNA的方法.我们在sgRNA的两端设计了三种"核酶-sgRNA-核酶"的组合,通过核酶的自剪切作用实现sgRNA的释放.实验结果表明,HHRz-sgRNA-HDVRz的设计能够正确的从内含子中释放sgRNA,并且该sgRNA在构建的copGFP敲除模型中能够实现有效的基因编辑.这一发现证明在哺乳动物细胞中利用Ⅱ型启动子,在核酶和内含子剪切的协助下可以实现sgRNA的表达,这为Cas9和sgRNA整合在一个Ⅱ型启动子之下实现组织特异性和药物诱导性表达提供了基础. 展开更多
关键词 CRISPR/Cas9系统 内含子 核酶 sgrna
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番茄红素合成调控基因SISGR1的分子特征及sgRNA分析 被引量:3
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作者 刘江娜 张西英 +3 位作者 李荣霞 张小伟 白云凤 张爱萍 《西北农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第8期1017-1024,共8页
旨在明确番茄SISGR1基因的分子特征及其sgRNA的分布,为利用CRISPR/Cas9技术对SISGR1及其上游启动子序列进行定点突变或片段删除、调控SISGR1的表达为提高番茄果实的番茄红素含量提供技术支持。利用Blast分析番茄红素合成调控基因SlSGR1... 旨在明确番茄SISGR1基因的分子特征及其sgRNA的分布,为利用CRISPR/Cas9技术对SISGR1及其上游启动子序列进行定点突变或片段删除、调控SISGR1的表达为提高番茄果实的番茄红素含量提供技术支持。利用Blast分析番茄红素合成调控基因SlSGR1的分子特征,结果表明SISGR1基因位于番茄第8号染色体,含4个外显子和3个内含子,编码区长度为819nt,编码272aa,其中48~200aa为典型的staygreensuperfamily保守结构域。基于对RNA-seq建立的SISGR1数字表达谱分析表明,SISGR1呈果实特异性表达,在植株的根、茎、叶等部位不表达。利用在线工具CRISPRdirect分析表明,SlSGR1外显子区域含有PAM为NGG的sgRNA有64条,其中1条为番茄全基因组上唯一邻近PAM12nt特异性最高的种子序列,预示该sgRNA可用于番茄不同品种SISGR1基因的靶向编辑并可有效避免脱靶效应。对SISGR1上游1500bp启动子序列分析表明,该序列含有2条番茄全基因组上特异性较好的唯一sgRNA序列,7条分别含有不同顺式元件的sgRNA,意味着选用这些sgRNA进行基因编辑,可使所含的启动子元件序列发生突变致使功能变化,以提高番茄红素含量。 展开更多
关键词 番茄 SISGR1 分子特征 启动子 sgrna
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基于CRISPR/Cas9对兔SMN基因外显子1上sgRNA的效率分析
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作者 吴利颜 覃朝彬 +6 位作者 任红贺 韩璐 杨燕燕 张宇 李志鹏 刘庆友 崔奎青 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2022年第5期935-945,共11页
脊髓性肌萎缩症(spinal muscular atrophy, SMA)的致病基因是运动神经元存活(survival of motor neuron,SMN)基因。本研究旨在利用CRISPR/Cas9系统对兔(Oryctolagus cuniculus)SMN基因外显子1上设计的4条sgRNA进行效率分析。采用生物信... 脊髓性肌萎缩症(spinal muscular atrophy, SMA)的致病基因是运动神经元存活(survival of motor neuron,SMN)基因。本研究旨在利用CRISPR/Cas9系统对兔(Oryctolagus cuniculus)SMN基因外显子1上设计的4条sgRNA进行效率分析。采用生物信息学分析SMN基因的cDNA序列,通过PCR技术克隆出其cDNA序列;针对SMN基因外显子1设计4条sgRNA,分别为sgRNA1-1、sgRNA1-2、sgRNA1-3、sgRNA1-4;构建基因敲除载体pX459-sgRNA和双荧光报告载体RGS-sgRNA,共转染至293 T细胞中,24 h后观察荧光基因表达情况,并通过流式细胞仪分析4个sgRNA效率。结果表明,SMN基因CDS区核苷酸序列保守性较高(约80%),cDNA长为888 bp,编码295个氨基酸;荧光检测和流式细胞仪分析可知,外显子1上sgRNA的切割效率由高到低分别为sgRNA1-2 (57.1%)、sgRNA1-3 (42.0%)、sgRNA1-1 (33.5%)、sgRNA1-4 (0.1%)。CRISPR/Cas9基因编辑技术可高效编辑兔子的SMN基因,为构建兔SMA疾病模型奠定基础。 展开更多
关键词 CRISPR/Cas9 SMN基因 基因克隆 sgrna效率验证
原文传递
基于CRISPR/Cas9技术构建多重sgRNA实现在人原代T细胞中敲除ADRB2基因 被引量:2
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作者 孙毓 刘丹 +1 位作者 施明 郑骏年 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第5期1682-1690,共9页
目的:利用CRISPR/Cas9技术,通过多重sgRNA策略,实现在人原代T细胞中ADRB2基因的快速、高效敲除。方法:针对ADRB2基因5’端组成性外显子设计6条sgRNA,通过与pGL3-U6-sgRNA-PGK-Puro载体连接,构建6个单一sgRNA表达载体,分别与Cas9表达载... 目的:利用CRISPR/Cas9技术,通过多重sgRNA策略,实现在人原代T细胞中ADRB2基因的快速、高效敲除。方法:针对ADRB2基因5’端组成性外显子设计6条sgRNA,通过与pGL3-U6-sgRNA-PGK-Puro载体连接,构建6个单一sgRNA表达载体,分别与Cas9表达载体瞬时转染HEK-293T细胞;通过T7EN I酶切检测其介导的切割效率,筛选出4条高活性的配对sgRNA。继而将4条sgRNA有序串联克隆至pGL3-U6-sgRNA-ccdB-EF1α-Puro载体,构建成靶向ADRB2基因的多重sgRNA表达载体。瞬时转染HEK-293T细胞后,经T7EN I酶切和TA克隆测序明确其对ADRB2基因的修饰效率及方式。通过电穿孔技术将多重sgRNA质粒与Cas9质粒导入人原代T细胞。运用流式细胞术(FCM)检测该方法对靶蛋白β2肾上腺素能受体(β2 adrenergic receptor,β2-AR)的敲除效率。结果:T7EN I酶切和TA克隆测序分析的结果均表明,与单一sgRNA相比,多重sgRNA策略可获得更丰富的突变类型和更高的基因编辑效率。突变模式除了碱基的缺失、插入,还有大片段DNA缺失、倒位。随机送检的10个TA克隆全部发生了基因修饰,突变效率高达100%,且均出现了提前终止密码子。FCM检测发现,对照组中β2-AR阳性T细胞比例为43.09%,但转染多重sgRNA/Cas9后β2-AR的阳性表达率下降至25.61%。结论:本研究初步建立了在人原代T细胞中敲除β2-AR的技术方法,且该方法简便、可操作性强。本研究为进一步深入探索β2-AR在人T细胞抗肿瘤免疫中的作用奠定了技术基础。 展开更多
关键词 基因编辑 CRISPR/Cas9 多重sgrna 原代T细胞 ADRB2
原文传递
番茄SlLCY-B2及其启动子的分子特征和sgRNA分析 被引量:1
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作者 刘江娜 张西英 +3 位作者 李荣霞 张小伟 白云凤 张爱萍 《新疆农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2023年第6期1460-1465,共6页
【目的】番茄红素合成后会在β-番茄红素环化酶SlLCY-B(lycopene-β-cyclase)催化下进入代谢途径,抑制SlLCY-B2的表达可增加番茄红素的积累。对番茄红素代谢调控基因SlLCY-B1的分子特征及sgRNA进行系统分析,为利用CRISPR/Cas9技术对SlLC... 【目的】番茄红素合成后会在β-番茄红素环化酶SlLCY-B(lycopene-β-cyclase)催化下进入代谢途径,抑制SlLCY-B2的表达可增加番茄红素的积累。对番茄红素代谢调控基因SlLCY-B1的分子特征及sgRNA进行系统分析,为利用CRISPR/Cas9技术对SlLCY-B2及其上游启动子序列进行定点突变或片段删除、调控SlLCY-B2的表达以减少代谢的途径,提高番茄果实的番茄红素含量。【方法】利用生物在线工具,对SlLCY-B2多肽特性及保守结构域、基因组结构、数字表达谱、启动子顺式作用元件进行系统分析,根据CRISPR-Cas9靶点设计原则,设计筛选出适宜的sgRNA。【结果】SlLCY-B2位于番茄6号染色体,编码498个氨基酸,gDNA不含内含子,呈果实特异性表达。SlLCY-B2分布145条sgRNA,其中21条有高特异性。SlLCY-B2上游-1500 bp启动子序列分布15个顺式作用元件和112条sgRNA。【结论】对SlLCY-B2和其启动子区进行基因编辑,可调控SlLCY-B2的表达,将提高番茄红素含量。 展开更多
关键词 番茄 SlLCY-B2 分子特征 启动子 顺式元件 sgrna
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