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Utilizing Single-cell and Spatial RNA-seq databasE for Alzheimer’s Disease(ssREAD)in hypothesis-driven queries
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作者 Diana Acosta Cankun Wang +1 位作者 Qin Ma Hongjun Fu 《Neural Regeneration Research》 2026年第2期677-678,共2页
Alzheimer’s disease(AD)is the most common form of dementia.In addition to the lack of effective treatments,there are limitations in diagnostic capabilities.The complexity of AD itself,together with a variety of other... Alzheimer’s disease(AD)is the most common form of dementia.In addition to the lack of effective treatments,there are limitations in diagnostic capabilities.The complexity of AD itself,together with a variety of other diseases often observed in a patient’s history in addition to their AD diagnosis,make deciphering the molecular mechanisms that underlie AD,even more important.Large datasets of single-cell RNA sequencing,single-nucleus RNA-sequencing(snRNA-seq),and spatial transcriptomics(ST)have become essential in guiding and supporting new investigations into the cellular and regional susceptibility of AD.However,with unique technology,software,and larger databases emerging;a lack of integration of these data can contribute to ineffective use of valuable knowledge.Importantly,there was no specialized database that concentrates on ST in AD that offers comprehensive differential analyses under various conditions,such as sex-specific,region-specific,and comparisons between AD and control groups until the new Single-cell and Spatial RNA-seq databasE for Alzheimer’s Disease(ssREAD)database(Wang et al.,2024)was introduced to meet the scientific community’s growing demand for comprehensive,integrated,and accessible data analysis. 展开更多
关键词 sex specific alzheimer s disease ad deciphering molecular mechanisms spatial transcriptomics ssread spatial transcriptomics st Alzheimers disease single cell RNA seq
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基于BSA-seq和RNA-seq的西瓜裂刻叶候选基因挖掘
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作者 王志强 杜慧莹 +3 位作者 李程 郭松 田梅 于蓉 《中国农业大学学报》 北大核心 2025年第11期67-84,共18页
裂刻叶是植物适应环境的重要特征,挖掘西瓜裂刻叶相关基因对西瓜育种、遗传改良及叶缘形态发育的分子调控机制研究具有重要意义。首先以西瓜裂刻叶自交系SW246(P_(1))与全缘叶自交系SW247(P_(2))为亲本,通过杂交构建六世代遗传群体(P_(1... 裂刻叶是植物适应环境的重要特征,挖掘西瓜裂刻叶相关基因对西瓜育种、遗传改良及叶缘形态发育的分子调控机制研究具有重要意义。首先以西瓜裂刻叶自交系SW246(P_(1))与全缘叶自交系SW247(P_(2))为亲本,通过杂交构建六世代遗传群体(P_(1)、P_(2)、F_(1)、F_(2)、BC_(1)P_(1)、BC_(1)P_(2));后采用BSA-seq进行基因定位,并结合转录组测序RNAseq数据进行关联分析,从而挖掘叶片裂刻关键调控基因。遗传分析结果表明:在后代群体中,F_(1)、BC_(1)P_(1)群体西瓜叶片均为裂刻叶,F_(2)群体裂刻叶和全缘叶的分离比符合3∶1的孟德尔分离比例,BC_(1)P_(2)群体裂刻叶和全缘叶分离比符合1∶1的理论比,说明裂刻叶和全缘叶性状符合单基因显性遗传模式,裂刻叶对全缘叶为显性。BSA-seq分析发现SNP和InDels关联交集位于4号染色体23164320—24976967 bp内,长度1.81 Mb,包含171个候选基因。其中在此区间亲本间存在非同义突变的SNP共22个,混池间存在非同义突变的SNP共16个;亲本间存在移码突变的InDel共3个,混池间存在移码突变的InDel共4个。联合BSA-seq与RNA-seq分析发现共有26个基因显著相关。此外,通过对BSA-seq和RNA-seq联合分析得到的4个候选基因及26个显著相关基因进行生物信息学分析、转录因子预测和基因注释,推测结果发现:1个编码PPR蛋白的基因(Cla97C04G076940),与HD-Zip、TCP、LOB、E2FDP、TIFY等转录因子相关;另有1个与IAA-氨基酸水解和E3泛素连接酶相关的基因,该基因可能在叶缘性状的调控过程中发挥关键作用。本研究可为进一步精细定位西瓜裂刻叶调控基因奠定基础。 展开更多
关键词 西瓜 裂刻叶 BSA-seq RNA-seq 候选基因
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基于Seq2Seq双向模型的水锤压力预测 被引量:1
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作者 吴罗长 刘振兴 +4 位作者 雷洁 颜建国 郭鹏程 孙帅辉 马晋阳 《振动与冲击》 北大核心 2025年第3期99-106,共8页
水锤计算对保障长距离输水工程管网系统安全稳定运行具有重要意义,但传统水锤数值方法存在模型复杂、计算量大的问题。为此,在自主开发的瞬态流试验平台上,通过支路快速关阀产生水锤,获取了不同流量和压力条件下的瞬态水锤压力。试验参... 水锤计算对保障长距离输水工程管网系统安全稳定运行具有重要意义,但传统水锤数值方法存在模型复杂、计算量大的问题。为此,在自主开发的瞬态流试验平台上,通过支路快速关阀产生水锤,获取了不同流量和压力条件下的瞬态水锤压力。试验参数范围为:体积流量15~55 m^(3)/h,压力150~450 kPa。采用集合经验模态分解方法对水锤信号进行滤波,并对水锤压力的变化规律进行了深入的研究分析。基于双向门控循环单元,建立了用于水锤压力预测的序列到序列(sequence-to-sequence,Seq2Seq)双向预测模型。结果表明,Seq2Seq双向预测模型能有效预测支路水锤,其预测数据决定系数在0.8以上,水锤特征参数预测准确率超过98%。该研究成果为水锤压力预测提供了一种新方法。 展开更多
关键词 水锤 瞬变流 seq2seq 经验模态分解
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综合scRNA-Seq和Bulk RNA-Seq技术建立与肝癌CD8^(+)T细胞相关的预后模型 被引量:1
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作者 刘洋 池晴佳 田菲菲 《西安交通大学学报(医学版)》 北大核心 2025年第1期169-177,共9页
目的 通过单细胞测序(scRNA-Seq)和Bulk转录组测序(Bulk RNA-Seq)技术鉴定出与肝癌CD8^(+)T细胞相关的生物标志物并建立预后模型。方法 从GEO数据库中下载肝癌的单细胞数据集,通过scRNA-Seq技术提取患者与对照组间CD8^(+)T细胞的差异表... 目的 通过单细胞测序(scRNA-Seq)和Bulk转录组测序(Bulk RNA-Seq)技术鉴定出与肝癌CD8^(+)T细胞相关的生物标志物并建立预后模型。方法 从GEO数据库中下载肝癌的单细胞数据集,通过scRNA-Seq技术提取患者与对照组间CD8^(+)T细胞的差异表达基因。从TCGA数据库中下载肝癌的基因表达谱数据及临床数据,使用CIBERSORT算法、WGCNA技术筛选出与CD8^(+)T细胞具有相关性的模块基因。将差异基因与模块基因取交集基因并进行GO、KEGG分析,应用单因素COX回归分析和LASSO算法建立预后模型。通过K-M曲线和ROC曲线对模型在内、外部数据集中的预测效果进行验证。根据风险评分的中位值划分高低风险组,对高低风险组间的浸润性免疫细胞分布情况和肿瘤突变情况进行分析。结果 构建出具有9个基因的预后模型,K-M曲线及ROC曲线表明模型在内、外部数据集中均具有良好的预测能力,在高低风险组中,浸润性免疫细胞的分布情况和基因突变情况均存在显著差异。结论 本研究结合scRNA-Seq和Bulk RNA-Seq技术利用生物信息学方法开发出了一种基于CD8^(+)T细胞的新型预后模型,为肝癌患者的预后改善和生存预测提供了可靠的理论依据。 展开更多
关键词 肝癌 单细胞测序(scRNA-seq) Bulk转录组测序(Bulk RNA-seq) CD8^(+)T细胞 预后模型
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基于SLAF-Seq技术的辣椒抗炭疽病QTL定位分析及SSR分子标记开发 被引量:1
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作者 李怡斐 段敏杰 +3 位作者 黄任中 黄启中 王春萍 张世才 《南方农业学报》 北大核心 2025年第2期633-642,共10页
【目的】利用SLAF-Seq技术对辣椒抗炭疽病QTL进行定位分析,开发与炭疽病抗性QTL紧密连锁的分子标记,为辣椒抗炭疽病分子标记辅助选择育种提供理论参考。【方法】以抗病材料PPTC26-3-1-1-1-1-1和感病材料1287为亲本构建F2代群体,并采用SL... 【目的】利用SLAF-Seq技术对辣椒抗炭疽病QTL进行定位分析,开发与炭疽病抗性QTL紧密连锁的分子标记,为辣椒抗炭疽病分子标记辅助选择育种提供理论参考。【方法】以抗病材料PPTC26-3-1-1-1-1-1和感病材料1287为亲本构建F2代群体,并采用SLAF-Seq技术进行分子标记开发,构建高密图遗传连锁图谱。结合表型数据,利用复合区间作图法(CIM)对辣椒果实转色期的炭疽病抗性进行QTL分析。利用Microsatellite(MISA)在定位区间识别SSR位点。【结果】从亲本和子代样品共获得423351627条Reads,其中,来自PPTC26-3-1-1-1-1-1和1287分别为8130516和6621396条,F2代群体120个子代样品的平均Reads数量为34049987个。构建包含4671个SNP分子标记、分布于12个连锁群、总图距为1567.53 cM、平均图距为0.34 cM的辣椒高密度遗传图谱,检测到1个炭疽病抗性相关的QTL(CaR10.1),位于10号连锁群上187930592~189766111 bp物理区间内。共有23个基因定位在关联区域内,根据基因功能注释,其中1个基因编码假定晚疫病抗性蛋白同源物R1B-23异构体X2,1个基因编码PPR蛋白,可能与辣椒果实转色期炭疽病抗性相关。在关联到的QTL区间内开发出SSR分子标记T482,在F2代群体中的验证结果显示,T482引物在F2代群体单株中扩增结果与表型鉴定结果一致。F2代群体抗病和中抗单株中有53株具有抗病亲本的条带,有25株同时具有抗病亲本和感病亲本的条带;F2代群体感病单株中,有42株具有感病亲本的条带。【结论】构建高密度遗传连锁图谱,将辣椒果实转色期炭疽病抗性定位于10号连锁群,在关联区间开发出SSR分子标记T482,可初步鉴别辣椒果实转色期炭疽病抗性,同时结合针刺接种法鉴定,可提高鉴定的准确率。 展开更多
关键词 辣椒 SLAF-seq 遗传图谱 炭疽病 QTL SSR分子标记
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融合Seq2Seq与时序注意力机制的工艺质量预测 被引量:1
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作者 阴艳超 施成娟 +1 位作者 邹朝普 刘孝保 《机械科学与技术》 北大核心 2025年第3期453-464,共12页
针对流程工业生产过程整体工序繁多,工序间耦合严重,多维工艺数据间时序关系及其复杂等问题,提出一种融合Seq2Seq与时序注意力机制的高维多尺度工艺过程质量预测方法。在分析多工序工艺数据特点,以及运用Seq2Seq模型进行编码解码过程面... 针对流程工业生产过程整体工序繁多,工序间耦合严重,多维工艺数据间时序关系及其复杂等问题,提出一种融合Seq2Seq与时序注意力机制的高维多尺度工艺过程质量预测方法。在分析多工序工艺数据特点,以及运用Seq2Seq模型进行编码解码过程面临的难题的基础上,引入时序注意力机制来构造长距离变化的时域信息矩阵。设计卷积神经网络和BiLSTM作为编码组件,学习工艺过程时序数据的工艺参数关联性和双向时序关系等潜在深度特征,并结合时序注意力机制抽取关键信息,实现对工艺质量相关的工艺参数时序数据的非线性相关特征和时序依赖性的自适应地学习。最后,通过对制丝生产工艺过程质量的单输出和多输出预测实验,验证了所提算法的实用性和有效性,为多工序耦合的流程制造过程质量的精准预测提供了方法和实现途径。 展开更多
关键词 多工序时序耦合 工艺质量预测 seq2seq 时序注意力机制 自适应学习
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基于RNA-seq和PER-seq联合分析探究ZmHDZ6表达调控网络
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作者 方应浩 周波 +2 位作者 陈茹梅 杨文竹 秦慧民 《作物学报》 北大核心 2025年第4期958-968,共11页
玉米是需水量较大的作物,而干旱是制约玉米生产的主要因素。结合前期研究基础和相关研究进展,发现ZmHDZ6受干旱诱导强烈,且过表达植株表现出优良的抗旱性能。为探究玉米转录因子ZmHDZ6的下游调控机制,通过对ZmHDZ6过表达转基因玉米株系... 玉米是需水量较大的作物,而干旱是制约玉米生产的主要因素。结合前期研究基础和相关研究进展,发现ZmHDZ6受干旱诱导强烈,且过表达植株表现出优良的抗旱性能。为探究玉米转录因子ZmHDZ6的下游调控机制,通过对ZmHDZ6过表达转基因玉米株系进行RNA-seq测序,对自交系B73原生质体进行PER-seq(protoplast transient expression-based RNA-sequencing)测序,并进行联合分析。结果显示,2种测序策略得到的差异表达基因(DEGs)呈现一致性,功能主要集中在参与氧化还原反应等GO富集分析条目。KEGG分析显示功能都富集在苯并噁唑嗪酮类化合物代谢途径上。此外,基于RNA-seq的DEGs在氨基酸和核苷酸代谢途径富集,而基于PER-seq的DEGs还富集在核糖体生物发生代谢途径。因此,推测ZmHDZ6可能通过调控与氧化还原相关基因和苯并噁唑嗪酮类化合物的代谢进而增强玉米抗旱性。通过进一步在129个Co-DEGs(Common DEGs)的启动子序列扫描HDZIP I家族的DNA结合基序(motif),将潜在靶基因缩减至16个,其中8个基因的功能与玉米抗逆紧密相关。本研究利用转录组学数据分析了ZmHDZ6基因的下游表达调控网络,为进一步解析抗旱机制提供了参考。 展开更多
关键词 RNA-seq PER-seq 转录因子 ZmHDZ6 靶基因 MOTIF
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基于BSA-seq和RNA-seq挖掘桃单果质量性状候选基因
8
作者 别航灵 杜嘉怡 +3 位作者 陈昌文 方伟超 王力荣 曹珂 《果树学报》 北大核心 2025年第9期1945-1957,共13页
【目的】单果质量是果树作物长期以来重要的育种目标之一,挖掘桃单果质量性状候选基因,为选育深受消费者喜爱的桃新品种提供理论和方法支撑。【方法】以大果型桃品种中油桃13号和小果型桃品种郑2007-4-28为亲本,构建F1分离群体,采用极... 【目的】单果质量是果树作物长期以来重要的育种目标之一,挖掘桃单果质量性状候选基因,为选育深受消费者喜爱的桃新品种提供理论和方法支撑。【方法】以大果型桃品种中油桃13号和小果型桃品种郑2007-4-28为亲本,构建F1分离群体,采用极端性状混池(BSA)重测序(BSA-seq)方法定位单果质量性状位点,并结合转录组测序(RNAseq)数据进行联合分析,挖掘桃单果质量性状的关键候选基因。同时,结合实时荧光定量(qRT-PCR)和异源过表达番茄的方法对基因进行功能验证。【结果】采用delta SNP-index、欧氏距离算法(ED)和G’value进行BSA-seq分析,将桃单果质量性状定位在6号染色体2191165~3794466 bp处,定位区间共1.6 Mb,包含261个基因。RNA-seq数据表明,261个基因中的189个在桃果实发育时期有表达,其表达模式可分为4类。其中,有38个基因在大果型和小果型果实发育过程中均表现出前期高表达后期低表达的趋势。根据基因功能注释和前期的基因型数据分析,选择Prupe.6G029300进行异源稳定转化,发现过表达番茄植株果实小于野生型。【结论】将桃单果质量性状定位于6号染色体2191165~3794466 bp处,定位区间内38个基因在桃果实发育过程中表现出前期高后期低的表达趋势,对其中的关键候选基因Prupe.6G029300进行过表达导致番茄单果质量降低,表明Prupe.6G029300可能参与桃果实发育调控。 展开更多
关键词 BSA-seq RNA-seq 单果质量
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基于BSA-seq定位野生大豆籽粒蛋白含量QTL
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作者 袁翠平 孙国金 +7 位作者 齐广勋 刘晓冬 董岭超 王玉民 王英男 赵洪锟 杨佳慧 董英山 《中国油料作物学报》 北大核心 2025年第4期904-911,共8页
野生大豆具有较高的籽粒蛋白含量,发掘和利用其蛋白含量基因对于高蛋白种质创制和品种培育具有重要价值。以绥农14/ZYD01015杂交组合衍生的RIL群体为材料,开展野生大豆ZYD01015的蛋白含量基因定位研究。RIL群体籽粒蛋白含量具有较大的... 野生大豆具有较高的籽粒蛋白含量,发掘和利用其蛋白含量基因对于高蛋白种质创制和品种培育具有重要价值。以绥农14/ZYD01015杂交组合衍生的RIL群体为材料,开展野生大豆ZYD01015的蛋白含量基因定位研究。RIL群体籽粒蛋白含量具有较大的遗传变异,且符合正态分布;对2020年和2021年RIL群体分别构建了高蛋白含量池和低蛋白含量池,采用BSA-seq(bulked segregant analysis sequencing,BSA-seq)技术进行了关联分析,在大豆20号染色体(Chr20)关联到1个区间(Chr20:3100000~33360000)。根据区间多态性Indel标记信息开发了12个分子标记,进行了蛋白含量QTL定位,鉴定出1个蛋白含量QTL位点qPRO-20,位于分子标记WS185和WS205之间,即Chr20:20071086~23798747区段,可解释14.00%(2020年)和13.26%(2021年)的遗传变异。QTL两侧分子标记WS185和WS205,其等位变异间蛋白含量均差异显著(P<0.01),可用于分子标记辅助筛选,能够从与ZYD01015相同等位基因型的材料中,筛选到蛋白含量在45%以上种质的概率达62.7%以上。 展开更多
关键词 野生大豆 蛋白含量 QTL定位 BSA-seq
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基于Conv-Seq2Seq模型的含弹性资源电力系统日前调度方法
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作者 谭琦 孙晨皓 +2 位作者 唐昊 王正风 方道宏 《控制与决策》 北大核心 2025年第5期1651-1659,共9页
针对新能源大规模并网带来的消纳问题,提出一种考虑源荷双侧弹性资源的日前调度方法.首先,对深度调峰机组、可平移负荷和可削减负荷的弹性调节能力进行分析,建立含弹性资源的电力系统调度模型;然后,提出一种基于Conv-Seq2Seq (convoluti... 针对新能源大规模并网带来的消纳问题,提出一种考虑源荷双侧弹性资源的日前调度方法.首先,对深度调峰机组、可平移负荷和可削减负荷的弹性调节能力进行分析,建立含弹性资源的电力系统调度模型;然后,提出一种基于Conv-Seq2Seq (convolutional sequence to sequence)模型的日前调度方法,使用多层卷积神经网络作为编码器对负荷预测数据等信息进行提取,改进深度学习网络信息提取的能力和速度,并使用门控循环单元作为解码器对编码器提取的信息进行解码,以输出调度计划;最后,通过辅助决策修正来确保调度计划的安全性.基于改进的IEEE39节点算例验证所提出方法的有效性和正确性. 展开更多
关键词 新能源消纳 深度调峰 柔性负荷 日前调度 深度学习 seq2seq
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基于RNA-Seq技术探讨生(麸炒)白术对大鼠基因表达的差异性分析
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作者 陈忠新 刘石磊 +4 位作者 康宇红 肖智杰 段卓然 常梓睿 翟春梅 《中医药信息》 2025年第1期25-34,共10页
目的:考察麸炒白术及生白术对实验大鼠肝脏转录组学的影响,从机体转录组角度筛选差异基因,探求白术炮制后对大鼠生物学效应的表达差异。方法:SD大鼠随机分为空白组、生白术组和麸炒组,每组3只。生白术组按照7.0 g/kg灌胃生品白术提取液... 目的:考察麸炒白术及生白术对实验大鼠肝脏转录组学的影响,从机体转录组角度筛选差异基因,探求白术炮制后对大鼠生物学效应的表达差异。方法:SD大鼠随机分为空白组、生白术组和麸炒组,每组3只。生白术组按照7.0 g/kg灌胃生品白术提取液,麸炒组按照6.0 g/kg灌胃麸炒白术提取液,空白组给予同体积生理盐水,连续给药21 d。给药结束后取大鼠肝脏,采用RNA-Seq全基因转录组法分析差异基因的表达。结果:生白术可上调Cyp7b1、Btg2 Pc3、Enpp2、Hao2等功能基因的表达,下调Ppplr3c、Car12功能基因的表达;麸炒白术可上调Cyp7b1、Enpp2、Hao2、Cy3a18、Cyp2c11等9个功能基因的表达,下调Aacs Hmgcs 1、Hmgcs1 Aacs、Alpl、Per3等7个功能基因的表达,生白术与麸炒白术均能上调Cyp7b1、Enpp2、Hao2等3个功能基因的表达,体现在促进类固醇激素合成、醚脂代谢、维持脂质平衡、增加机体代谢水平等生物功能。麸炒白术组与生白术组差异基因筛选结果表明,白术经过麸炒后对大鼠肝脏组织的基因表达同样存在特征性差异表达,麸炒白术组与生白术组相比,上调Car12、Arntl、Cldn1等3个功能基因,下调Rpl8、LOC等2个功能基因,麸炒白术可促进氮代谢、促进昼夜节律、增加机体免疫监视、提高免疫应答、对抗炎症等生物学功能。结论:研究表明生白术及麸炒白术均对大鼠肝脏组织的基因表达产生较为明显的影响,主要体现在对调控脂肪代谢、蛋白质代谢、类固醇合成、不饱和脂肪酸合成、糖原合成等多个功能基因的调控作用。 展开更多
关键词 白术 炮制 RNA-seq 差异基因
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基于YOLOv5和改进Seq2Seq的变电站码表识别
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作者 汤震宇 杨特蕾 代小翔 《电脑与信息技术》 2025年第5期33-38,共6页
自动抄表(Automatic Meter Reading,AMR)在变电站电表读数中具有重要的应用价值。近年来,深度学习图像识别技术在AMR领域取得了显著进展。然而,现有方法大多依赖于计数器检测、分割和识别的3阶段流程,存在复杂性和效率方面的问题。为提... 自动抄表(Automatic Meter Reading,AMR)在变电站电表读数中具有重要的应用价值。近年来,深度学习图像识别技术在AMR领域取得了显著进展。然而,现有方法大多依赖于计数器检测、分割和识别的3阶段流程,存在复杂性和效率方面的问题。为提升AMR的准确性与效率,首次将序列到序列(Sequence-to-Sequence,Seq2Seq)架构引入该任务,结合YOLOv5进行计数器检测,并利用Seq2Seq架构直接识别计数器,省略了传统流程中的计数器分割步骤。此外,还提出改进注意力机制的Seq2Seq架构,以优化信息传递与特征对齐。在UFPR-AMR公开数据集上的实验表明,改进方法的准确率达到了92.5%,比原方法提升了1.25%,这一结果验证了所提出的方法在AMR任务中的有效性。 展开更多
关键词 自动抄表 YOLOv5 seq2seq 图像识别 深度学习
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基于BSA-seq和RNA-seq技术挖掘黄瓜白粉病抗性基因
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作者 秦垒 张巧英 +3 位作者 孙雷 石昊颖 檀海斌 石学萍 《华北农学报》 北大核心 2025年第2期153-160,共8页
黄瓜白粉病是危害黄瓜生产的主要病害之一,制约了黄瓜的安全生产。定位黄瓜抗白粉病相关基因,有助于理解黄瓜对白粉病抗性的遗传规律和分子机制,也为抗病育种提供了多样化的基因资源。以黄瓜抗病自交系QK和感病自交系QG为亲本,构建了QK&... 黄瓜白粉病是危害黄瓜生产的主要病害之一,制约了黄瓜的安全生产。定位黄瓜抗白粉病相关基因,有助于理解黄瓜对白粉病抗性的遗传规律和分子机制,也为抗病育种提供了多样化的基因资源。以黄瓜抗病自交系QK和感病自交系QG为亲本,构建了QK×QG的F_(1)、F_(2)群体。采用极端性状混池重测序(BSA-seq)的方法对黄瓜白粉病抗性基因进行初步定位,结合转录组数据和基因注释信息对抗病表型关联区间进行缩短,发掘序列变异,筛选关键基因。人工接种结果显示:F_(1)植株全部表现感病,说明白粉病杭性可能由隐性基因控制;F_(2)群体表现出从抗病到感病的连续正态分布。利用BSA-seq、SNP-Index方法和QTG-seq法,分析结果的交集为5号染色体的19—21 Mb区段,该区段共有77个注释基因在样本间存在SNP差异,其中非同义突变共有33个。转录组测序(RNA-seq)结果显示,感病材料中共有309个上调基因,697个下调基因。在5号染色体的候选区段内有13个基因的表达量在接病后差异显著,基于差异表达基因和BSA分析结果将该区段内的候选基因缩减为3个,其中仅LOC101207011基因内检测到SNP突变。候选基因LOC101207011是由第656位的Val突变为了Leu,实时荧光PCR也验证该基因与黄瓜抗白粉病具有连锁关系。 展开更多
关键词 黄瓜 BSA-seq RNA-seq 白粉病 定位
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基于LSTM-Seq2Seq模型的燃煤机组再热蒸汽温度多步预测
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作者 张超 柳宁 +1 位作者 原珂 计宝 《工业控制计算机》 2025年第11期41-43,共3页
再热器出口蒸汽温度是影响燃煤机组安全、高效、经济运行的重要过程参数,对其进行前向多步预测有助于实现对异常情况的提前预警,及变负荷工况下再热蒸汽温度的稳定性控制调节。为实现精准的再热汽温多步预测,采用LSTM-Seq2Seq模型架构... 再热器出口蒸汽温度是影响燃煤机组安全、高效、经济运行的重要过程参数,对其进行前向多步预测有助于实现对异常情况的提前预警,及变负荷工况下再热蒸汽温度的稳定性控制调节。为实现精准的再热汽温多步预测,采用LSTM-Seq2Seq模型架构建立了某燃煤机组的再热汽温多步预测模型,并优化了模型结构超参数,包括编码器和解码器LSTM层数、隐藏层节点数等。LSTM-Seq2Seq模型在测试集上的前向9步(3分钟)预测的平均MAE和R2分别为0.275℃和0.997。相较于目前广泛应用的LSTM和LSSVM预测方法,LSTM-Seq2Seq模型在再热汽温前向多步预测方面具有更高的多步预测精度。 展开更多
关键词 再热蒸汽温度 LSTM-seq2seq模型 XGBoost特征筛选 多步预测
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基于GWAS和BSA-seq挖掘辣椒果实中辣椒红色素含量的QTL区间及候选基因 被引量:1
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作者 班国梁 曹亚从 +8 位作者 张正海 于海龙 吴华茂 李戎轩 赵红 张伟丽 聂智星 宋红霞 王立浩 《中国蔬菜》 北大核心 2025年第1期37-45,共9页
辣椒红色素是目前全球销量最大的纯天然可食用色素,培育高辣椒红色素品种为辣椒产业重要任务。通过对255份一年生栽培种辣椒核心种质的辣椒红素含量进行全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS),在第1、2、3、5、6、8、9... 辣椒红色素是目前全球销量最大的纯天然可食用色素,培育高辣椒红色素品种为辣椒产业重要任务。通过对255份一年生栽培种辣椒核心种质的辣椒红素含量进行全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS),在第1、2、3、5、6、8、9、10、11和12号染色体均关联到与辣椒红素含量显著相关的区间,关联区间内共包括93个基因,根据功能注释和转录表达数据预测了3个影响辣椒果实中辣椒红素含量的候选基因。通过对高辣椒红色素材料Pep-340、低辣椒红色素材料Pep-276构建的F2群体进行混合分组分析法-测序(bulked segregant analysis-sequencing,BSA-seq)分析,在第1、3、5和10号染色体定位到与辣椒红色素含量相关区间,其中第3和5号染色体上的定位区间与GWAS分析中的显著相关区间相近或重合;利用这两个区间的In Del分子标记,进行遗传连锁分析,将调控辣椒红色素含量基因定位在3号染色体的q CC3.1,物理位置为22.8~25.9 Mb,其中含有99个基因,根据功能注释和转录组分析,预测了4个影响辣椒果实中辣椒红色素含量的候选基因Capana03g001314、Capana03g001325、Capana03g001334和Capana03g001387。研究结果为调控辣椒中辣椒红色素含量基因精细定位及分子标记辅助选择育种奠定基础。 展开更多
关键词 辣椒 辣椒红色素 GWAS BSA-seq QTL
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比较CMA技术和CNV-seq在胎儿染色体异常产前诊断中的应用价值
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作者 董辉 刘少英 尹志存 《中国优生与遗传杂志》 2025年第9期2023-2027,共5页
目的比较染色体微阵列分析(CMA)技术和基因组拷贝数变异测序(CNV-seq)在胎儿染色体异常产前诊断中的应用价值。方法选择2023年7月至2024年12月到邯郸市妇幼保健院进行产前诊断的1418例孕妇的羊水标本,均行CMA技术检查、CNV-seq检查,比... 目的比较染色体微阵列分析(CMA)技术和基因组拷贝数变异测序(CNV-seq)在胎儿染色体异常产前诊断中的应用价值。方法选择2023年7月至2024年12月到邯郸市妇幼保健院进行产前诊断的1418例孕妇的羊水标本,均行CMA技术检查、CNV-seq检查,比较分析CMA、CNV-seq的检查结果。结果1418例样本采用CMA、CNV-seq分别检测,CMA、CNV-seq检测成功率100%。其中,采用CMA检出胎儿染色体异常189例(13.33%),采用CNV-seq检出胎儿染色体异常174例(12.27%)。CNV-seq不能检测到女性三倍体(69,XXX)和杂合性缺失。CMA、CNV-seq的染色体非整倍体异常结果完全一致。CMA、CNV-seq均能够检出染色体结构异常,但拷贝数异常范围略有不同。CMA、CNV-seq均能够检出嵌合体,检出结果略有不同。结论CMA技术和CNV-seq应用于胎儿染色体异常产前诊断中均有重要的临床应用价值。其中,CMA技术在检查染色体非整倍体异常方面和CNV-seq相当,但在检测三倍体、结构异常(微缺失/微重复)、嵌合体、杂合性缺失方面优于CNV-seq,因此,CMA技术可作为胎儿染色体异常产前诊断的首选技术,CNV-seq则可作为辅助诊断技术在临床胎儿染色体异常产前诊断中进行推广应用。未来也应规范应用CMA技术、CNV-seq,并探索联合应用CMA技术、CNV-seq的叠加检测效益。 展开更多
关键词 染色体微阵列分析(CMA)技术 基因组拷贝数变异测序(CNV-seq) 胎儿 染色体异常 产前诊断
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基于RNA-seq的冰草EST-SSR标记开发及验证 被引量:1
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作者 杨东升 李冉 +4 位作者 宝格日乐 王海伟 卢倩倩 郝水源 刘建华 《麦类作物学报》 北大核心 2025年第7期891-901,共11页
冰草是小麦抗逆遗传改良的重要近缘植物,开发冰草基因组分子标记对于加快冰草的遗传育种效率和利用具有重要意义。本研究基于转录组测序(RNA-seq)技术,对2个冰草材料的幼嫩根、茎、叶片及结实期的花穗、种子进行生物信息学分析,开发高... 冰草是小麦抗逆遗传改良的重要近缘植物,开发冰草基因组分子标记对于加快冰草的遗传育种效率和利用具有重要意义。本研究基于转录组测序(RNA-seq)技术,对2个冰草材料的幼嫩根、茎、叶片及结实期的花穗、种子进行生物信息学分析,开发高多态性的EST-SSR标记并进行验证。结果表明,共获得23491793条高质量序列,其碱其长7.03 Gb,GC含量56.44%,Q30为93.04%。共获得33993条Unigene,总长度为29309958 bp。将所获Unigene与9大功能数据库进行比对,共有25614条Unigene获得功能注释,其中Nr数据库共注释24557条,GO数据库注释到66193条Unigene,按功能分为3个大类和42个亚类;共14412条Unigene注释到KEGG数据库的136条代谢通路;有11321条Unigene在KOG数据库获得注释,归属为25个功能类别;共预测到大于100 bp的CDS有7288条,SSR位点2443个,其中三碱基重复1439个,占总数的58.90%;获得EST-SSR多态性引物42对,从中随机选择10对在冰草的30个F_(2)代分离单株进行有效性验证,平均多态性比率为48.33%。以上结果说明利用RNA-seq技术大量开发的EST-SSR引物,可高效地应用于四倍体冰草产量、品质性状相关的标记开发、优异新种质指纹图谱构建及精准分子标记辅助育种。 展开更多
关键词 冰草 RNA-seq 生物信息学分析 EST-SSR标记开发 验证
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基于遗传算法优化Seq2Seq模型的建筑空调电能预测研究 被引量:2
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作者 李鹏 肖辉 +2 位作者 李秀花 赵恒 邵頲 《电气应用》 2025年第2期30-35,共6页
介绍了一种建筑空调电能预测方法。空调电能占建筑总能耗的50%以上,空调电能的预测有利于可再生能源的安装容量预测和电力系统的负荷预测。采用遗传算法自适应搜索Seq2Seq模型的最优超参数,由此生成输出序列。通过与已有常见预测方法进... 介绍了一种建筑空调电能预测方法。空调电能占建筑总能耗的50%以上,空调电能的预测有利于可再生能源的安装容量预测和电力系统的负荷预测。采用遗传算法自适应搜索Seq2Seq模型的最优超参数,由此生成输出序列。通过与已有常见预测方法进行对比,证实了GA-Seq2Seq模型在MAE、RMSE 2和R等指标中表现优异。此外,还研究了GA-Seq2Seq模型的超参数和分类标签设置效果。 展开更多
关键词 遗传算法 seq2seq模型 空调电能 能耗预测
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基于改进Seq2Seq的船舶轨迹预测模型 被引量:1
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作者 唐家乐 段兴锋 姚鹏 《上海海事大学学报》 北大核心 2025年第2期18-22,共5页
针对传统循环神经网络(recurrent neural network,RNN)模型收敛速度慢、精度低,导致海上船舶预测轨迹与真实轨迹之间差别较大的问题,构建由RNN组成的Seq2Seq(sequence to sequence)模型。引入注意力机制和卷积神经网络(convolutional ne... 针对传统循环神经网络(recurrent neural network,RNN)模型收敛速度慢、精度低,导致海上船舶预测轨迹与真实轨迹之间差别较大的问题,构建由RNN组成的Seq2Seq(sequence to sequence)模型。引入注意力机制和卷积神经网络(convolutional neural network,CNN)对模型进行改进,加强对数据特征的提取能力,加快模型收敛速度并提高轨迹预测精度。实验结果显示:与传统RNN模型相比,Seq2Seq模型的均方误差、均方根误差和平均绝对误差分别降低81.41%、12.67%和62.43%;与Seq2Seq模型相比,改进Seq2Seq模型的均方误差、均方根误差和平均绝对误差分别降低42.87%、69.27%和45.79%。 展开更多
关键词 船舶轨迹预测 seq2seq(sequence to sequence) 注意力机制 卷积神经网络(CNN) 循环神经网络(RNN)
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基于改进Seq2Seq模型的华东地区PM2.5预测 被引量:1
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作者 陈善龙 李毅 +2 位作者 牛丹 胡译文 臧增亮 《大气与环境光学学报》 2025年第1期82-94,共13页
PM2.5数据是一种时间序列数据,具有较强的时序性与非线性特征。传统的时间序列模型算法有长短期记忆人工神经网络(LSTM)、循环神经网络(RNN)、编码器-解码器神经网络(Seq2Seq)等方法。本文提出一种基于Seq2Seq网络并融合注意力机制的PM... PM2.5数据是一种时间序列数据,具有较强的时序性与非线性特征。传统的时间序列模型算法有长短期记忆人工神经网络(LSTM)、循环神经网络(RNN)、编码器-解码器神经网络(Seq2Seq)等方法。本文提出一种基于Seq2Seq网络并融合注意力机制的PM2.5预测算法(Seq2Seq+Attention),其中Seq2Seq的cell单元为LSTM,能充分提取输入的有效特征信息,增强网络的学习能力和预测效果。利用2019年1月至2021年8月华东地区10个城市的PM2.5数据进行了预测试验,试验对比了LSTM、Seq2Seq和Seq2Seq+Attention3种方法在24h内的PM2.5数值预报准确度。研究结果表明,Seq2Seq+Attention方法在预测效果上优于其他方法,且24h的预测评分也高于其他方法。 展开更多
关键词 PM2.5预测 seq2seq 注意力机制 深度学习 时间序列
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