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基于RT-RAA和CRISPR/Cas12a的一管式玉米矮花叶病毒快速检测方法 被引量:1
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作者 侯雨萌 赵振兴 +4 位作者 王思元 董铮 胡中泽 周涛 张永江 《江苏农业学报》 北大核心 2025年第2期268-275,共8页
玉米矮花叶病毒(Maize dwarf mosaic virus,MDMV)是一种重要的检疫性病毒,严重影响玉米的生产。为了有效防治玉米矮花叶病,本研究基于反转录重组酶介导等温核酸扩增(RT-RAA)技术和CRISPR/Cas12a系统构建了一种MDMV快速检测方法,将所有... 玉米矮花叶病毒(Maize dwarf mosaic virus,MDMV)是一种重要的检疫性病毒,严重影响玉米的生产。为了有效防治玉米矮花叶病,本研究基于反转录重组酶介导等温核酸扩增(RT-RAA)技术和CRISPR/Cas12a系统构建了一种MDMV快速检测方法,将所有试剂集中在一个试管中进行反应,并通过侧向流动试纸条(LFD)检测反应结果。本研究筛选得到的最佳反应条件为,引物添加量2.8μL、FB报告分子浓度100 nmol/L、RT-RAA系统反应时间20 min、CRISPR/Cas12a系统反应时间20 min。本研究构建的基于RT-RAA和CRISPR/Cas12a的一管式玉米矮花叶病毒快速检测方法特异性强、灵敏度高,且所用试验材料方便携带和运输,适用于现场检测。 展开更多
关键词 玉米矮花叶病毒 反转录重组酶介导等温核酸扩增(RT-RAA)技术 CRISPR/Cas12a 侧向流动试纸条
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RT-RAA-CRISPR/Cas12a试纸条法快速检测苹果坏死花叶病毒方法的建立
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作者 王思元 侯雨萌 +4 位作者 董铮 赵振兴 王金国 周涛 张永江 《西南农业学报》 北大核心 2025年第5期920-926,共7页
【目的】苹果花叶病是苹果最重要的病害之一,苹果坏死花叶病毒(Apple necrotic mosaic virus, ApNMV)是引起我国苹果花叶病的主要病原物。针对苹果坏死花叶病毒建立快速、灵敏的检测技术,旨在实现该病毒的早期鉴定和防控。【方法】将反... 【目的】苹果花叶病是苹果最重要的病害之一,苹果坏死花叶病毒(Apple necrotic mosaic virus, ApNMV)是引起我国苹果花叶病的主要病原物。针对苹果坏死花叶病毒建立快速、灵敏的检测技术,旨在实现该病毒的早期鉴定和防控。【方法】将反转录重组酶等温扩增(Reverse transcription-recombinase aided amplification, RT-RAA)技术与CRISPR/Cas系统相结合,基于CRISPR/Cas12a系统的设计原则,设计特异性识别ApNMV RT-RAA扩增产物的crRNA,通过优化反应体系的报告分子浓度、反应温度和反应时间,获得最佳反应体系和反应条件,并利用侧流层析试纸条展示检测结果。【结果】RT-RAA-CRISPR/Cas12a检测方法的检测灵敏度是实时荧光定量RT-PCR方法的10倍,对苹果样品RNA的检测极限达到500 fg/μL,并且对其他常见苹果病毒没有交叉反应。使用该方法检测田间采集样品的阳性率高于普通RT-PCR和实时荧光定量RT-PCR方法。【结论】基于RT-RAA-CRISPR/Cas12a建立的苹果坏死花叶病毒试纸条检测方法具有强特异性、高灵敏度。本研究为苹果坏死花叶病毒的田间现场诊断提供了新手段。 展开更多
关键词 苹果坏死花叶病毒 反转录重组酶等温扩增 CRISPR/Cas12a 现场检测
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基于RT-RAA的苹果坏死花叶病毒快速检测方法的建立
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作者 侯雨萌 赵振兴 +4 位作者 王思元 董铮 胡中泽 周涛 张永江 《植物保护》 北大核心 2025年第4期314-319,共6页
苹果是我国重要的园艺作物,具有较高的经济地位。病毒是引起苹果病害的重要因素,苹果坏死花叶病毒(apple necrotic mosaic virus,ApNMV)是引起苹果坏死和花叶症状的病原之一。为了有效预防ApNMV的侵染,本研究基于反转录重组酶介导恒温扩... 苹果是我国重要的园艺作物,具有较高的经济地位。病毒是引起苹果病害的重要因素,苹果坏死花叶病毒(apple necrotic mosaic virus,ApNMV)是引起苹果坏死和花叶症状的病原之一。为了有效预防ApNMV的侵染,本研究基于反转录重组酶介导恒温扩增(reverse transcription-recombinase aided amplification,RT-RAA)技术,建立ApNMV的快速检测方法。根据ApNMV外壳蛋白编码基因的保守序列设计4对RAA引物,筛选最佳引物序列,并进行反应体系的优化。结果表明,RAA的最佳反应条件为:引物终浓度0.8μmol/L,反应温度42℃,反应时间20 min。该方法能够特异性检测ApNMV。对携带ApNMV样品的RNA进行检测,RT-RAA检测体系的检测极限为5 pg/μL,普通RT-PCR检测体系的检测极限为50 pg/μL,RT-RAA检测体系灵敏度是普通RT-PCR体系的10倍。该检测方法具有快速、简便、灵敏度高等优点。 展开更多
关键词 苹果坏死花叶病毒(ApNMV) 反转录重组酶介导恒温扩增 快速检测
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重组酶介导的等温扩增法检测H7N9禽流感病毒 被引量:9
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作者 赵康辰 崔仑标 +6 位作者 葛以跃 陈银 朱小娟 刘宾 史智扬 朱凤才 周明浩 《江苏预防医学》 CAS 2016年第5期524-526,530,共4页
目的建立H7N9禽流感病毒一步法逆转录重组酶介导的等温扩增的检测方法(RT-RAA)。方法根据H7N9禽流感病毒HA片段和NA片段的保守区序列分别设计引物、探针,建立RT-RAA方法,研究其特异性、敏感性,并与Realtime RT-PCR方法进行比较。结果成... 目的建立H7N9禽流感病毒一步法逆转录重组酶介导的等温扩增的检测方法(RT-RAA)。方法根据H7N9禽流感病毒HA片段和NA片段的保守区序列分别设计引物、探针,建立RT-RAA方法,研究其特异性、敏感性,并与Realtime RT-PCR方法进行比较。结果成功建立了H7N9禽流感病毒RT-RAA检测方法,H7反应体系和N9反应体系的最低检出限分别为10copy/μL和100copy/μL,且与其他呼吸道病原无交叉反应。H7N9RT-RAA体系检测结果与Real-time RT-PCR一致性较高,Kappa检验u系数为0.933。结论建立的RT-RAA检测方法具有快速、特异及灵敏的特点,为H7N9禽流感病毒的快速检测提供了新的分子工具。 展开更多
关键词 H7N9禽流感病毒 逆转录-重组酶介导的等温扩增技术 快速检测
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RT-RAA联合CRISPR/Cas12a快速检测新型冠状病毒方法的建立与评价 被引量:2
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作者 章太婵 车玉传 +5 位作者 梁雪雁 韦华贵 范向平 黄承仕 林敏 陈江涛 《临床检验杂志》 CAS 2024年第4期246-251,共6页
目的建立一种基于反转录酶-重组酶介导等温核酸扩增技术(RT-RAA)联合簇状规则间隔的短回文重复序列(CRISPR)/Cas12a系统的快速检测新型冠状病毒(SARS-CoV-2)的方法,并对其进行评价。方法根据NCBI数据库中SARS-CoV-2的核衣壳(N)基因设计R... 目的建立一种基于反转录酶-重组酶介导等温核酸扩增技术(RT-RAA)联合簇状规则间隔的短回文重复序列(CRISPR)/Cas12a系统的快速检测新型冠状病毒(SARS-CoV-2)的方法,并对其进行评价。方法根据NCBI数据库中SARS-CoV-2的核衣壳(N)基因设计RT-RAA引物和CRISPR来源RNA(crRNA),优化检测体系中乙酸镁(MgAc)用量、RT-RAA反应温度和时间以及LbCas12a反应温度。以100~106 copies/μL重组质粒和其他呼吸道病原体分别评估该方法灵敏度和特异性。采用RT-RAA-CRISPR/Cas12a法和RT-PCR法对70份临床标本进行平行检测,比较两种方法的符合率。结果优化后的RT-RAA-CRISPR/Cas12a检测方法可在37℃条件下50 min内完成SARS-CoV-2检测。荧光法检测灵敏度为10 copies/μL,侧流层析法为1×102 copies/μL。该方法能特异检测SARS-CoV-2,与其他呼吸道病原体无交叉反应。RT-RAA-CRISPR/Cas12a法检测70份临床标本的结果与RT-PCR法完全一致,符合率为100%。结论建立的RT-RAA-CRISPR/Cas12a法检测SARS-CoV-2快速、经济、灵敏度高、特异性强,无需昂贵仪器设备,可由经验不足的人员操作,为临床快速诊断和现场大规模筛查SARS-CoV-2提供了新的思路和方法。 展开更多
关键词 新型冠状病毒 重组酶介导等温扩增 CRISPR/Cas12a 侧流层析 快速检测
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基于CRISPR/Cas12a-RT-RAA的猪繁殖与呼吸综合征病毒快速检测方法的建立 被引量:4
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作者 于晶雪 韦珊珊 +9 位作者 覃绍敏 吴健敏 杨丽华 陈凤莲 许力士 秦树英 华俊 韦珏 方芳 刘金凤 《中国畜牧兽医》 CAS CSCD 北大核心 2024年第8期3237-3246,共10页
[目的]本研究将CRISPR/Cas12a系统与反转录重组酶介导等温核酸扩增技术(RT-RAA)结合,拟建立一种基于CRISPR/Cas12a-RT-RAA的猪繁殖与呼吸综合征病毒(Porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)快速检测方法。[方法]... [目的]本研究将CRISPR/Cas12a系统与反转录重组酶介导等温核酸扩增技术(RT-RAA)结合,拟建立一种基于CRISPR/Cas12a-RT-RAA的猪繁殖与呼吸综合征病毒(Porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)快速检测方法。[方法]分析不同基因型PRRSV全基因组序列,在3′-UTR端保守区设计重组酶介导等温核酸扩增技术(RAA)引物、crRNA及DNA报告底物分子,筛选RT-RAA最佳引物对。表达纯化AsCas12a蛋白,并以质粒为标准品,经RT-RAA扩增后,将产物加入CRISPR/Cas12a系统,建立PRRSV的CRISPR/Cas12a-RT-RAA检测方法,分别以PRRSV、猪圆环病毒2型(PCV2)、猪流行性腹泻病毒(PEDV)、猪瘟病毒(CSFV)、猪伪狂犬病病毒(PRV)核酸为模板验证建立方法的特异性,以不同浓度的pMD18T-PRRSV为模板验证建立方法的敏感性。以5.62×10^(6)、5.62×10^(3)、5.62拷贝数/μL的质粒为模板进行重复性试验,最后进行临床效果评价,将所建立的方法与实时荧光定量逆转录PCR方法进行比较。[结果]本研究成功表达并纯化获得具有良好剪切活性的AsCas12a蛋白,蛋白分子质量大小为196 ku;所建立的CRISPR/Cas12a-RT-RAA方法的检测下限可达5.62拷贝/μL;该方法具有良好的特异性,可特异性检测出PRRSV,不能检出其他猪病病毒PCV2、PEDV、CSFV和PRV,并具有良好的重复性。应用该方法对121份猪组织样品进行检测,与实时荧光定量逆转录PCR的阳性符合率为93.75%,阴性符合率为99.05%,总符合率为99.17%。[结论]本研究成功建立基于CRISPR/Cas12a-RT-RAA的PRRSV快速检测方法,该方法特异性强、灵敏性高、重复性好且不依赖复杂设备,可在现场和基层实验室使用。 展开更多
关键词 猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV) 反转录重组酶介导等温核酸扩增技术(RT-RAA) CRISPR/Cas12系统
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新型冠状病毒SARS-CoV-2的快速核酸检测技术 被引量:5
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作者 夏永胜 朱红年 +2 位作者 沈小俊 郑慧 林瑛 《生命的化学》 CAS 2022年第3期502-512,共11页
2020年,严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)疫情全球爆发,疫情的持续给全球的经济和人类公共健康带来巨大的损失和危害,因此开发快速、准确的检测技术非常重要。基于聚合酶链式反应(PCR)的方法——逆转录实时荧光定量PCR反应(RT-q... 2020年,严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)疫情全球爆发,疫情的持续给全球的经济和人类公共健康带来巨大的损失和危害,因此开发快速、准确的检测技术非常重要。基于聚合酶链式反应(PCR)的方法——逆转录实时荧光定量PCR反应(RT-qPCR)是使用最广泛的检测SARS-CoV-2RNA的方法。然而,RT-qPCR依赖于昂贵的仪器设备和训练有素的实验人员,且需数小时完成。与RT-qPCR检测相比,即时检测(POCT)具有简单、快速、经济、资源需求低等优点。该文综述了逆转录环介导等温扩增(RT-LAMP)和逆转录重组酶辅助等温扩增(RT-RAA)等基于非PCR的技术,这些都被认为是快速且简单的核酸检测方法;同时还讨论了CRISPR/Cas技术在POCT诊断方面的潜力,包括基于Cas13的SHERLOCK、基于Cas12a、Cas12b或Cas14的DETECTR、STOPCovid和HOLMOS技术。这些非常规的分子诊断方法可提高新型冠状病毒肺炎(COVID-19)诊断的准确性和灵敏度,且可在更短的时间内提供结果,在大规模筛查及遏制SARS-CoV-2的传播方面发挥了重要作用,在临床分子诊断领域具有广阔的应用前景,为体外诊断行业未来快速诊断试剂盒的研发提供方向。 展开更多
关键词 严重急性呼吸综合征冠状病毒2 CRISPR/Cas系统 逆转录环介导等温扩增 逆转录重组酶辅助等温扩增
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双重荧光逆转录-聚合酶链式反应与荧光逆转录-重组酶介导等温扩增快速检测食源性GⅠ型、GⅡ型诺如病毒 被引量:1
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作者 邓迎春 郭旭光 +3 位作者 牛会敏 任宝红 韩小改 郭瑞 《食品安全质量检测学报》 CAS 2024年第12期151-157,共7页
目的建立双重荧光逆转录-聚合酶链式反应(reverse transcription polymerase chain reaction,RT-PCR)与荧光逆转录-重组酶介导等温扩增(reverse transcription recombinase-aided amplification,RT-RAA)快速有效地检测食品中食源性GⅠ型... 目的建立双重荧光逆转录-聚合酶链式反应(reverse transcription polymerase chain reaction,RT-PCR)与荧光逆转录-重组酶介导等温扩增(reverse transcription recombinase-aided amplification,RT-RAA)快速有效地检测食品中食源性GⅠ型和GⅡ型诺如病毒的方法。方法根据GⅠ型、GⅡ型诺如病毒基因组保守序列设计引探,经过一系列引探浓度筛选,建立了双重荧光RT-PCR和恒温荧光RT-RAA两种检测方法,分别从敏感性、特异性、稳定性、重复性等方面进行了比较研究;同时将这两种方法应用于实际临床样本检测中,并与GB4789.42—2016《食品安全国家标准食品微生物学检验诺如病毒检验》进行比对验证。结果建立的两种方法特异性良好,敏感性均可达10 copies/μL;双重荧光RT-PCR方法质粒梯度变异系数(coefficient of variation,CV)值在0.1%~1.5%区间,恒温荧光RT-RAA方法CV值在1.0%~10.0%区间,稳定性和重复性显示双重荧光RT-PCR优于恒温荧光RT-RAA检测方法;31份诺如病毒阳性食品核酸样本均能检出,且50份食品盲样检测结果与国标一致。结论本研究成功建立了双重荧光RT-PCR与恒温荧光RT-RAA快速检测食源性GⅠ型、GⅡ型诺如病毒方法,两种方法各有优缺点,双重荧光RT-PCR稳定性和重复性好,恒温荧光RT-RAA检测时间短,仅20 min就能完成扩增,可根据不同需求选择一种或两种作为食源性GⅠ型、GⅡ型诺如病毒的检测方法。 展开更多
关键词 荧光逆转录-聚合酶链式反应 恒温荧光逆转录-重组酶介导等温扩增 GⅠ型诺如病毒 GⅡ型诺如病毒
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重组酶介导恒温扩增快速检测人鼻病毒的方法学研究 被引量:2
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作者 陈淑丹 张小平 +3 位作者 李杰 朱璇 郑伟 郭利川 《中国卫生检验杂志》 CAS 2020年第19期2305-2307,共3页
目的采用反转录重组酶介导核酸扩增技术(reverse transcriptase recombinase aided amplification,RT-RAA)建立检测人鼻病毒的快速方法。方法根据NCBI基因库中人鼻病毒保守序列设计引物及探针,将人鼻病毒RNA反转录为cDNA,然后使用反转录... 目的采用反转录重组酶介导核酸扩增技术(reverse transcriptase recombinase aided amplification,RT-RAA)建立检测人鼻病毒的快速方法。方法根据NCBI基因库中人鼻病毒保守序列设计引物及探针,将人鼻病毒RNA反转录为cDNA,然后使用反转录酶,以cDNA作模板,扩增检测人鼻病毒核酸序列。研究采用构建带有人鼻病毒核酸序列的质粒,检测不同浓度的质粒分析该方法的灵敏度,采用已知样本检测方法的特异性。结果设计的人鼻病毒特异性引物和探针,能有效扩增出相应病毒的核酸,而与其他病毒无交叉反应。该反应条件为39℃恒温,扩增结果用时30 min,最低扩增拷贝数为100拷贝。结论建立的RT-RAA检测人鼻病毒方法灵敏度和特异性高,反应快速、操作简单,适用于人鼻病毒的快速检测。 展开更多
关键词 人鼻病毒 反转录重组酶介导核酸扩增技术 分子检测
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四种亨尼帕病毒RT-RPA/RAA检测方法的建立
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作者 何文君 郭源源 +5 位作者 张盛 杨梦婕 张靖 雷雯雯 宋娟 武桂珍 《中华实验和临床病毒学杂志》 2025年第4期502-509,共8页
目的建立快速准确鉴别尼帕病毒(Nipah virus,NiV)、琅琊病毒(Langya virus,LayV)、墨江病毒(Mojiang virus,MoJV)和雪松病毒(Cedar virus,CedV)的双重实时荧光逆转录重组酶聚合酶扩增/重组酶辅助扩增(reverse transcription-recombinase... 目的建立快速准确鉴别尼帕病毒(Nipah virus,NiV)、琅琊病毒(Langya virus,LayV)、墨江病毒(Mojiang virus,MoJV)和雪松病毒(Cedar virus,CedV)的双重实时荧光逆转录重组酶聚合酶扩增/重组酶辅助扩增(reverse transcription-recombinase polymerase amplification/recombinase-aided amplification,RT-RPA/RAA)检测方法。方法针对NiV和LayV的L基因保守区域以及MoJV和CedV的N基因保守区域,设计特异性引物和探针,并将四种病毒分为两组(A组包括NiV和LayV,B组包括MojV和CedV)进行双重检测。通过比较不同引物对组合(F1/R1、F1/R2、F2/R1、F2/R2)的扩增效率,筛选最佳引物和探针组合;对反应温度、引物与探针浓度进行优化建立双重实时荧光RT-RPA/RAA检测体系,对体系的特异性、灵敏度、稳定性进行验证,最后使用临床样本验证方法的检测效果。结果筛选的引物对(NiV引物对F2/R1、LayV引物对F1/R1、MojV引物对F2/R2以及CedV引物对F2/R2)在与相应探针结合时均展现出最佳的扩增效果。最佳退火温度为39℃;最低检测限为101~102拷贝/μl。该方法能够有效区分目标病毒与其他非靶标病毒,重复实验表明该方法稳定性好(R 2>0.90)。此外,通过对NiV马来西亚株核酸和2种临床样本的检测,检测结果与多重qRT-PCR(Quantitative reverse transcription polymerase chain reaction)方法一致。结论本研究建立的双重实时荧光RT-RPA/RAA检测方法能够快速准确地鉴别和区分NiV、LayV、MoJV和CedV四种重要的亨尼帕病毒,具有操作简便、反应快速、特异性强、稳定性好等特点,为病毒的现场快速诊断、疫情监测和防控提供了有效的分子检测工具。 展开更多
关键词 尼帕病毒 琅琊病毒 墨江病毒 雪松病毒 重组酶聚合酶扩增 重组酶辅助扩增
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基于CRISPR/Cas12a系统的人副流感病毒1-4型核酸等温检测方法的建立 被引量:2
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作者 张政涛 游丽斌 翁育伟 《中华实验和临床病毒学杂志》 CAS CSCD 2023年第5期524-529,共6页
目的建立一种基于反转录重组酶介导的等温扩增(reverse transcription recombinase-aid amplification,RT-RAA)联合CRISPR/Cas12a反应的人副流感病毒(human parainfluenza virus,HPIV)核酸检测方法。方法根据HPIV核衣壳蛋白(nucleocapsi... 目的建立一种基于反转录重组酶介导的等温扩增(reverse transcription recombinase-aid amplification,RT-RAA)联合CRISPR/Cas12a反应的人副流感病毒(human parainfluenza virus,HPIV)核酸检测方法。方法根据HPIV核衣壳蛋白(nucleocapsid protein,N)基因保守区序列,设计RT-RAA所需型特异性引物及crRNA(CRISPR RNA,crRNA),应用Cas12a切割荧光标记探针产生的荧光强度筛选高敏感性HPIV1-4型特异性crRNA并优化crRNA、Cas12a和探针浓度。利用体外转录RNA及临床样本,评价RT-RAA联合CRISPR/Cas12a检测方法的检测下限及特异性。结果从设计的crRNA中筛选出高敏感性的HPIV1-4型特异性crRNA,并建立基于荧光强度测量的RT-RAA联合CRISPR/Cas12a的HPIV核酸检测方法,该方法对各型HPIV的检测下限均可达到10拷贝/反应。采用该方法检测8种其他呼吸道病毒感染的临床样本,均未显示有交叉反应。结论建立的HPIV 1-4型荧光法CRISPR核酸检测方法快速、特异,且可无需专业核酸检测设备。 展开更多
关键词 人副流感病毒 反转录重组酶介导的等温扩增 CRISPR Cas12a
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基于CRISPR/Cas13a的马尔堡病毒核酸检测方法的建立 被引量:2
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作者 闫阔诚 李浩 +4 位作者 白萱洋 韩尧 石大伟 贾雷立 孙岩松 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第8期3073-3085,共13页
【目的】建立一种基于成簇的规律间隔短回文重复序列及其相关蛋白13a(clustered regularly interspaced short palindromic repeats/associated protein 13a,CRISPR/Cas13a),针对马尔堡病毒核酸的快速检测方法。【方法】根据马尔堡病毒... 【目的】建立一种基于成簇的规律间隔短回文重复序列及其相关蛋白13a(clustered regularly interspaced short palindromic repeats/associated protein 13a,CRISPR/Cas13a),针对马尔堡病毒核酸的快速检测方法。【方法】根据马尔堡病毒核蛋白(nucleoprotein,NP)基因保守区序列设计合成特异性的逆转录酶重组酶介导链替换核酸扩增(reverse transcription recombinase aided amplification,RT-RAA)引物及CRISPR RNA(crRNA),利用RT-RAA等温扩增技术对靶序列进行扩增,通过CRISPR/Cas13a系统检测扩增产物,并结合消线法(easy-readout and sensitive enhanced,ERASE)侧流层析试纸进行结果判读。最后利用国家标准品对建立的新方法的灵敏度和特异性进行评估。【结果】筛选出一组针对马尔堡病毒NP基因的高效扩增引物和crRNA,建立了用于马尔堡病毒检测的CRISPR-ERASE方法,可在1 h内检测出浓度为1 copy/μL目标核酸,并与其他多种病原体无交叉反应。【结论】本研究基于CRISPR/Cas13a建立了一种快速、简便、高灵敏度和高特异性的马尔堡病毒核酸检测方法。 展开更多
关键词 马尔堡病毒 CRISPR/Cas13a 核酸检测 逆转录酶重组酶介导链替换核酸扩增(RT-RAA)
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