基于RT-RPA-微流控芯片的牛副流感病毒3型可视化快速检测方法

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作者 张铁男 侯梦媛 毛晓庆 《福建农业学报》 北大核心 2025年第3期245-252,共8页

【目的】采用逆转录重组酶聚合酶扩增(reverse transcription-recombinase polymerase amplification, RT-RPA)、磁捕获和微流控芯片相结合的技术,建立一种牛副流感病毒3型(bovine parainfluenza virus type 3, BPIV3)快速可视化分子检... 【目的】采用逆转录重组酶聚合酶扩增(reverse transcription-recombinase polymerase amplification, RT-RPA)、磁捕获和微流控芯片相结合的技术,建立一种牛副流感病毒3型(bovine parainfluenza virus type 3, BPIV3)快速可视化分子检测方法。【方法】根据BPIV3 gp3基因设计特异性引物和探针,以牛病毒性腹泻病毒(bovine viral diarrhea virus,BVDV)、牛腺病毒3型(bovineadenovirustype3,BADV3)、牛传染性鼻气管炎病毒(infectiousbovine rhinotracheitis virus, IBRV)为对照组,分析该方法的特异性。通过BPIV3标准菌(毒)株的RNA提取液进行10倍稀释确定该方法的灵敏度。收集56份疑似感染BPIV3急性期病牛的血清和鼻拭子样本,血清样本利用该方法检测,鼻拭子样本经过分离后,通过对比分析反转录PCR(reverse transcription-PCR, RT-PCR)检测法和该方法检测结果,以评估其应用价值。【结果】BPIV3标准菌(毒)株的RNA提取液RT-RPA扩增子大小为404 bp,对照组无扩增子,扩增子测序结果显示与BPIV3的高度保守区gp3基因(NC_002161.1)同源性为100%。对不同浓度BPIV3标准菌(毒)株的RNA提取液进行检测,结果显示本检测方法的最低检测限为2.26×10^(3) copies·μL^(-1)。对56份疑似感染BPIV3急性期病牛血清样本进行检测时,发现编号为SD0078、SD0114、SD0319、SD0601、SD0714和SD0755的牛均已感染了BPIV3,与RT-PCR和该方法对鼻拭子分离样本的检测结果一致。本检测方法从样本处理到获得检测结果全流程时长为92 min。【结论】本研究将RT-RPA、磁捕获和微流控芯片技术相结合,建立了一种BPIV3快速可视化分子检测的方法,具有良好的特异性、灵敏度和适用性。 展开更多

关键词 牛副流感病毒3 逆转录重组酶聚合酶扩增技术 磁捕获 微流控芯片技术

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牛病毒性腹泻病毒RT-RPA检测方法的建立 被引量：1

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作者 刘艺 王慧荣 +4 位作者 刘文俊 杨丽华 董春光 韩文儒 武守艳 《黑龙江畜牧兽医》 北大核心 2025年第7期102-106,共5页

为了建立一种方便快速、特异性强、灵敏度高的牛病毒性腹泻病毒(Bovine viral diarrhea virus, BVDV)的检测方法,试验以BVDV 5′UTR基因高度保守区为靶标,设计特异性引物,对反应时间、温度及引物浓度进行优化,建立了BVDV的逆转录重组酶... 为了建立一种方便快速、特异性强、灵敏度高的牛病毒性腹泻病毒(Bovine viral diarrhea virus, BVDV)的检测方法,试验以BVDV 5′UTR基因高度保守区为靶标,设计特异性引物,对反应时间、温度及引物浓度进行优化,建立了BVDV的逆转录重组酶聚合酶扩增(RT-RPA)检测方法,对该方法进行特异性、灵敏度及重复性检测,并采用该方法检测102份牛肛拭子样本的阳性率,分析与市售BVDV RT-PCR试剂盒的符合率。结果表明:该方法在37.5℃恒温反应15 min后通过琼脂糖凝胶电泳即可完成对病毒核酸的检测;与牛传染性鼻气管炎病毒(Infectious bovine rhinotracheitis virus, IBRV)、伪狂犬病病毒(Pseudorabies virus, PRV)、牛冠状病毒(Bovine corona virus, BCoV)、大肠杆菌、巴氏杆菌无交叉反应,特异性良好;最低检出限为3.0×10^(2) copies/μL;组间和组内重复性均良好;检测102份牛肛拭子样本的阳性率为10.8%,与市售BVDV RT-PCR试剂盒的符合率为99.0%。说明试验成功建立了特异性强、灵敏度高、重复性好的BVDV RT-RPA检测方法,该方法可用于临床样本的快速检测。 展开更多

关键词 牛病毒性腹泻病毒 牛病毒性腹泻 逆转录重组酶聚合酶扩增 检测方法 快速检测

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口蹄疫病毒real-time RT-RPA检测方法的建立与应用 被引量：11

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作者 杨洋 秦晓东 +3 位作者 宋一鸣 施冲旭 李彦敏 张志东 《黑龙江畜牧兽医》 CAS 北大核心 2017年第5期172-176,共5页

为了建立口蹄疫病毒(FMDV)的快速检测方法,试验以FMDV 3D基因作为靶基因设计引物和探针,建立了一种新的实时荧光反转录重组酶聚合酶扩增(real-time RT-RPA)检测方法,该方法在40℃恒温条件下20 min内完成检测,并评估了该方法的特异性、... 为了建立口蹄疫病毒(FMDV)的快速检测方法,试验以FMDV 3D基因作为靶基因设计引物和探针,建立了一种新的实时荧光反转录重组酶聚合酶扩增(real-time RT-RPA)检测方法,该方法在40℃恒温条件下20 min内完成检测,并评估了该方法的特异性、敏感性和重复性。结果表明:该检测方法能特异性检测FMDV,敏感性为500拷贝/反应,而且具有很好的重复性。利用该方法对采集的临床样品进行检测,检测结果与RT-q PCR检测结果具有100%的符合率。说明real-time RT-RPA方法具有简单、快速、特异性强的优点,是一种潜在的FMDV快速检测方法。 展开更多

关键词 重组酶聚合酶扩增 实时荧光反转录重组酶聚合酶扩增 口蹄疫病毒(FMDV) 快速检测

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甘薯褪绿矮化病毒西非株系RT-RPA-LFD检测方法的建立与应用 被引量：3

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作者 王永江 乔奇 +4 位作者 王爽 赵付枚 田雨婷 张德胜 张振臣 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2024年第14期2781-2790,共10页

【目的】利用逆转录酶重组酶聚合酶扩增(reverse transcriptase recombinase polymerase amplification,RT-RPA)结合侧向流层析(lateral flow dipstick,LFD)试纸条技术,建立甘薯褪绿矮化病毒(sweet potato chlorotic stunt virus,SPCSV... 【目的】利用逆转录酶重组酶聚合酶扩增(reverse transcriptase recombinase polymerase amplification,RT-RPA)结合侧向流层析(lateral flow dipstick,LFD)试纸条技术,建立甘薯褪绿矮化病毒(sweet potato chlorotic stunt virus,SPCSV)西非株系(west African strain,WA)的RT-RPA-LFD检测方法。【方法】根据SPCSV-WA外壳蛋白基因和热激蛋白基因的保守序列设计并筛选扩增效果好、特异性强的引物和探针。然后对引物和探针的浓度、扩增体系、温度、反应时间等条件进行优化,建立SPCSV-WA的RT-RPA-LFD检测方法。利用该方法对SPCSV-EA、甘薯羽状斑驳病毒(sweet potato feathery mottle virus,SPFMV)、甘薯潜隐病毒(sweet potato latent virus,SPLV)、甘薯G病毒(sweet potato virus G,SPVG)等常见的甘薯病毒进行检测,验证方法的特异性;将感染SPCSV-WA甘薯叶片样品总RNA进行10倍梯度稀释,分别采用RT-PCR和RT-RPA-LFD进行检测,比较RT-PCR和RT-RPA-LFD方法的灵敏度;对采自田间的甘薯样品和试管苗样品进行RT-RPA、RT-RPA-LFD和RT-PCR检测,验证该方法的实用性。【结果】建立了SPCSV-WA的RT-RPA-LFD检测方法,最适引物为CSV357F/R,探针CSV-CP-Probe(47 bp),引物和探针工作浓度分别为0.2和0.06μmol·L^(-1),温度为42℃,时间5 min。该方法可对SPCSV-WA进行特异性检测,与甘薯上其他常见病毒无交叉反应。RT-RPA-LFD最低可检测到总RNA稀释至10^(-4)溶液,而RT-PCR最低检测到总RNA稀释至10^(-3)溶液,RT-RPA-LFD灵敏度是RT-PCR的10倍。田间采集的22份甘薯样品经RT-PCR、RT-RPA和RT-RPA-LFD检测,均检出11份阳性样品,3种方法检测结果一致。28份试管苗样品的检测结果表明,RT-PCR和RT-RPA-LFD检测结果一致,均检出5份阳性样品。【结论】建立了SPCSV-WA的RT-RPA-LFD检测方法,该方法具有快速、简便、特异、灵敏、可视的特点,既可用于甘薯脱毒试管苗样品的病毒检测,也适用于基层单位田间甘薯病毒样品的现场快速检测。 展开更多

关键词 甘薯褪绿矮化病毒西非株系 逆转录酶重组酶聚合酶扩增 侧向流层析 快速检测 甘薯

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菊花B病毒和番茄不孕病毒RT-RPA双重荧光实时检测体系的构建与性能评价 被引量：3

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作者 姜自红 刘文干 孙钦花 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第1期174-184,共11页

菊花B病毒(Chrysanthemum virus B, CVB)和番茄不孕病毒(Tomato aspermy virus, TAV)是危害菊花的2种主要优势病毒。为构建一种同步检测CVB和TAV逆转录重组酶聚合酶恒温核酸扩增(Reverse transcriptionrecombinase polymerase amplifica... 菊花B病毒(Chrysanthemum virus B, CVB)和番茄不孕病毒(Tomato aspermy virus, TAV)是危害菊花的2种主要优势病毒。为构建一种同步检测CVB和TAV逆转录重组酶聚合酶恒温核酸扩增(Reverse transcriptionrecombinase polymerase amplification, RT-RPA)双重荧光实时检测方法,本研究以CVB和TAV编码外壳蛋白(coat protein, CP)基因保守区域作为靶标设计RIA引物和探针,CVB和TAV探针的5’端分别标记FAM和VIC荧光素,通过对商业化的RT-RPA试剂筛选,引物探针的组合筛选,扩增体系的优化和扩增条件的摸索试验,构建了一种可同时用于CVB和TAV检测的RT-RPA双重荧光实时检测方法。并对该体系进行优化,优化后RT-RPA双重荧光扩增体系中CVB和TAV的最优引物浓度为400 nmol/L,最优探针浓度分别为100 nmol/L和120 nmol/L;最适反应温度为39℃,最适反应时间为15 min。在此扩增体系和条件下,对CVB和TAV的检测敏感性均为1拷贝/μL;对烟草花叶病毒、黄瓜花叶病毒、马铃薯Y病毒、马铃薯X病毒、菊花矮化类病毒和褪绿斑驳类病毒核酸检测结果为阴性,对菊花B病毒、番茄不孕病毒核酸检测结果为阳性;对1.0×10^(4)拷贝/μL和10拷贝/μL的高、低两种浓度的质粒平行检测10次,检测荧光出现阳性扩增拐点所需的时间T变异系数均小于5%,重复性好。采用RTRPA和RT-qPCR方法同步对实验室留存的有症状的100株菊花进行核酸提取并检测,检出6例CVB病毒株和4例TAV病毒株,总符合率100%。因此,本研究建立了一种能同时检测CVB和TAV的快速、灵敏的RT-RPA双重荧光实时检测方法。 展开更多

关键词 菊花B病毒 番茄不孕病毒 逆转录重组酶聚合酶恒温扩增(rt-rpa) 双重荧光实时检测

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病毒性出血败血症病毒实时荧光RT-RPA恒温检测方法的建立 被引量：6

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作者 陈雨 郑晓聪 +7 位作者 温智清 贾鹏 孙洁 毛明光 田城城 黄倩君 秦智锋 刘荭 《中国兽医科学》 CAS CSCD 北大核心 2020年第4期417-422,共6页

为建立一种简单、快速的病毒性出血败血症病毒(VHSV)检测方法,本研究通过比较分析VHSV N基因的保守序列,设计了多对引物和一条探针。经过筛选优化,建立了实时荧光RT-RPA检测方法。该方法在39℃恒温反应20 min即可快速、特异性地检测出VH... 为建立一种简单、快速的病毒性出血败血症病毒(VHSV)检测方法,本研究通过比较分析VHSV N基因的保守序列,设计了多对引物和一条探针。经过筛选优化,建立了实时荧光RT-RPA检测方法。该方法在39℃恒温反应20 min即可快速、特异性地检测出VHSV,与其他水生动物病毒不发生交叉反应,该方法检测限为1.83×10^3PFU/mL,利用本研究方法对30份鲑鳟鱼临床样品以及9份鱼类疫病病原样品进行检测,检测结果与荧光定量PCR方法结果一致。上述结果表明,本研究建立的检测方法操作简单,反应灵敏,结果可靠,仪器依赖性低,适用于现场对VHSV快速检测。 展开更多

关键词 病毒性出血败血症病毒 逆转录重组酶聚合酶扩增技术 现场检测 快速检测

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鹿流行性出血热病毒实时荧光RT-RPA检测方法的建立 被引量：5

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作者 林彦星 花群俊 +7 位作者 史卫军 黄超华 曹琛福 张彩虹 阮周曦 曾少灵 杨俊兴 花群义 《中国兽医科学》 CAS CSCD 北大核心 2019年第12期1492-1498,共7页

为建立一种快速检测鹿流行性出血热病毒(EHDV)的实时荧光RT-RPA检测方法,本研究根据EHDV保守的非结构蛋白NS1基因(segment 5)设计特异性引物和探针,建立了敏感、快速的EHDV核酸实时荧光RT-RPA检测方法。结果显示,该方法特异性强,能准确... 为建立一种快速检测鹿流行性出血热病毒(EHDV)的实时荧光RT-RPA检测方法,本研究根据EHDV保守的非结构蛋白NS1基因(segment 5)设计特异性引物和探针,建立了敏感、快速的EHDV核酸实时荧光RT-RPA检测方法。结果显示,该方法特异性强,能准确检测EHDV核酸,与蓝舌病病毒(BTV)、牛病毒性腹泻病毒(BVDV)、口蹄疫病毒(FMDV)等病原核酸无交叉反应;敏感性高,本试验中最低可检测到8×10~1copies/μL;检测时间短,仅需15 min;重复性好。采用所建立方法对115份样品进行检测,结果与OIE推荐的实时荧光RT-PCR法检测结果相同。上述结果表明,本研究建立的实时荧光RT-RPA快速检测法操作简便,可用于基层实验室快速检测。 展开更多

关键词 鹿流行性出血热病毒 rt-rpa 快速检测

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犬瘟热病毒实时荧光RT-RPA检测方法的建立及应用 被引量：5

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作者 张启龙 傅彩霞 +6 位作者 张玮 高晓龙 王林 程敏姮 郑雪莹 刘海莹 周德刚 《动物医学进展》 北大核心 2020年第11期19-23,共5页

为建立犬瘟热病毒(CDV)临床快速检测方法,针对CDV保守N基因依据重组酶聚合酶等温扩增(RPA)引物设计原理进行RPA引物探针设计,通过反应条件优化、敏感性试验、特异性试验和临床样品检测,建立了CDV实时荧光RT-RPA检测方法。结果显示,反应... 为建立犬瘟热病毒(CDV)临床快速检测方法,针对CDV保守N基因依据重组酶聚合酶等温扩增(RPA)引物设计原理进行RPA引物探针设计,通过反应条件优化、敏感性试验、特异性试验和临床样品检测,建立了CDV实时荧光RT-RPA检测方法。结果显示,反应体系中M-MLV反转录酶最适浓度为4 U/μL,所建CDV实时荧光RT-RPA检测方法特异性较好,敏感性最低可检测到5.68×102 copies/μL,高于国标RT-PCR(GB/T 27532-2011)检测方法。建立的CDV实时荧光RT-RPA检测方法具有较高的敏感性和特异性、操作简便、20 min内判定结果,可用于临床犬瘟热快速诊断,对犬瘟热的防控具有重要意义。 展开更多

关键词 犬瘟热病毒 实时荧光 反转录-重组酶聚合酶等温扩增 检测

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西尼罗河病毒RT-RPA检测方法的建立及初步应用 被引量：5

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作者 吴江 林彦星 +8 位作者 贾鹏 黄超华 史卫军 曹琛福 曾少灵 孙洁 阮周曦 林永涛 花群义 《中国兽医杂志》 CAS 北大核心 2021年第2期35-37,41,I0002,I0003,共6页

为建立快速特异的西尼罗河病毒(WNV)检测方法,本研究根据WNV基因保守区域基因序列,采用Primer Explorer Version 4设计特异性的重组酶聚合酶扩增(RPA)引物和探针。经过引物筛选和条件优化,建立了在39℃恒温条件下15 min内即可完成的实... 为建立快速特异的西尼罗河病毒(WNV)检测方法,本研究根据WNV基因保守区域基因序列,采用Primer Explorer Version 4设计特异性的重组酶聚合酶扩增(RPA)引物和探针。经过引物筛选和条件优化,建立了在39℃恒温条件下15 min内即可完成的实时荧光RT-RPA方法。本方法能特异性检测出WNV,且与蓝舌病毒(BTV)、猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)、猪瘟病毒(CSFV)、猪乙型脑炎病毒(JEV)、牛病毒性腹泻病毒(BVDV)核酸检测没有交叉反应。本方法灵敏性强,最小检出量为5.25×10^(2)拷贝/μL。采用创建的RT-RPA方法检测72份牛或猪的临床样品,结果与实时荧光定量PCR方法相符。说明本试验创建的WNV RT-RPA方法操作简便、灵敏度和特异性高,适用于WNV监测、基层实验室或出入境口岸对WNV的现场快速检测。 展开更多

关键词 西尼罗河病毒 逆转录重组酶聚合酶扩增 等温扩增

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NoV GⅡ.2亚型RT-RPA-CRISPR/Cas12a检测方法的建立

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作者 樊成 曾昊 +6 位作者 卢星月 康婕 雷兰兰 刘静 郑玉红 钱卫东 王婷 《中国动物检疫》 CAS 2024年第8期90-97,共8页

近年来,一种新的诺如病毒GⅡ.2亚型(norovirus GⅡ.2,NoV GⅡ.2)通过牡蛎等生食海鲜感染人群,引发急性胃肠炎,并在全球广泛传播。为实现NoV感染的现场诊断和快速疫情响应,亟需建立快速便捷的NoV GⅡ.2亚型核酸检测方法。本研究通过设计... 近年来,一种新的诺如病毒GⅡ.2亚型(norovirus GⅡ.2,NoV GⅡ.2)通过牡蛎等生食海鲜感染人群,引发急性胃肠炎,并在全球广泛传播。为实现NoV感染的现场诊断和快速疫情响应,亟需建立快速便捷的NoV GⅡ.2亚型核酸检测方法。本研究通过设计引物、crRNA,经优化反应条件后,建立了NoV GⅡ.2亚型RTRPA-CRISPR/Cas12a检测方法。结果显示:利用引物NoV-GⅡ.2-F1B和NoV-GⅡ.2-R1对NoV GⅡ.2标准RNA进行RT-RPA扩增,结合crRNA1介导的CRISPR/Cas12a报告体系,能在40 min内完成NoV GⅡ.2核酸检测;该方法检测灵敏度为10 copies/μL,且与轮状病毒、腺病毒、星形病毒、人副肠孤病毒、博卡病毒和札如病毒无交叉反应;应用该方法和qRT-PCR法,分别对30份临床模拟样本进行检测,发现总符合率达96.67%。结果表明,本研究建立的NoV GⅡ.2亚型RT-RPA-CRISPR/Cas12a检测方法无需依赖昂贵设备,具有灵敏度高、特异性强、操作便捷快速等特点,为NoV GⅡ.2感染的现场检测和防控提供了新方法。 展开更多

关键词 NoV GⅡ.2亚型 反转录重组酶聚合酶扩增 CRISPR/Cas12a系统 快速检测

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兜兰DEFICIENS(DEF)-和GLOBOSA(GLO)-like基因的克隆及表达分析 被引量：11

11

作者 李冬梅 吕复兵 +3 位作者 朱根发 操君喜 李伟锋 孙映波 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第2期215-224,共10页

以‘同色兜兰’品种为材料,采用RT-PCR和RACE技术获得了DEFICIENS(DEF)-和GLOBOSA(GLO)-like基因的cDNA全长,命名为PcDEF和PcGLO,并用半定量RT-PCR和实时PCR研究了PcDEF和PcGLO在花芽发育过程和不同组织部位的表达特性。结果表明,PcDEF... 以‘同色兜兰’品种为材料,采用RT-PCR和RACE技术获得了DEFICIENS(DEF)-和GLOBOSA(GLO)-like基因的cDNA全长,命名为PcDEF和PcGLO,并用半定量RT-PCR和实时PCR研究了PcDEF和PcGLO在花芽发育过程和不同组织部位的表达特性。结果表明,PcDEF和PcGLO的全长cDNA分别为1 039bp和934bp,分别编码224和210个氨基酸;蛋白比对表明,PcDEF和PcGLO蛋白都具有典型MADS-box蛋白的MADS和K结构域;蛋白同源性分析显示,PcDEF和PcGLO与已登录的其它兰科植物的DEF/AP3和GLO/PI蛋白的相似性分别在75%～96%和87%～98%;系统进化树分析表明,PcDEF和PcGLO分别属于B类MADS-box蛋白家族的AP3和PI亚家族。表达分析显示,PcDEF和PcGLO在花芽发育中均有表达,PcDEF在成熟花、唇瓣和花瓣中的表达量高,在蕊柱、萼片、苞叶和根中次之,在花茎和叶中较低,在子房中几乎不表达;PcGLO在各组织中均有不同丰度的表达。 展开更多

关键词 兜兰 MADS-BOX基因 DEFICIENS基因 GLOBOSA基因 RACE 进化分析 RT-PCR

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重组酶聚合酶扩增技术在人偏肺病毒快速诊断的方法建立与临床评价 被引量：3

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作者 唐娟 刘文毅 刘霄 《医学理论与实践》 2021年第5期729-731,741,共4页

目的:研究重组酶聚合酶扩增技术在人偏肺病毒(hMPV)快速诊断的方法建立与临床价值。方法:将2017年1月—2019年12月医院收治的急性呼吸道感染患儿200例纳入研究。分离获取hMPV阳性病毒株,检索Genbank数据库,检索hMPV株基因序列,采用生物... 目的:研究重组酶聚合酶扩增技术在人偏肺病毒(hMPV)快速诊断的方法建立与临床价值。方法:将2017年1月—2019年12月医院收治的急性呼吸道感染患儿200例纳入研究。分离获取hMPV阳性病毒株,检索Genbank数据库,检索hMPV株基因序列,采用生物信息学软件通过靶向特定区域,对hMPV的N基因和L基因2个位点进行检测,并设计引物及荧光探针,使用病毒株和阴性对照品对基于重组酶聚合酶扩增技术快速检测hMPV的方法进行性能评估。同时,对所有受试者均进行直接荧光免疫法检测。以逆转录—聚合酶反应(RT-PCR)检测结果为金标准,对比不同检测方式诊断hMPV的效能。此外,分析hMPV感染患者合并其他病毒感染情况。结果:以RT-PCR检测结果为金标准,重组酶聚合酶扩增技术诊断hMPV的灵敏度、特异度、准确度均明显高于直接荧光免疫法检测(均P<0.05)。hMPV感染患者合并其他病毒感染发生率为26.83%,其中主要涵盖冠状病毒9.76%、呼吸道合胞病毒7.32%、流感病毒4.88%等。结论:重组酶聚合酶扩增技术在hMPV快速诊断中的应用效果较佳,可获得较为理想的灵敏度、特异度以及准确度,有望成为替代传统PCR的有效检测方式,值得临床推广应用。 展开更多

关键词 人偏肺病毒 重组酶聚合酶扩增 逆转录—聚合酶反应 诊断效能

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基于RT-RAPID和CRISPR-Cas12a的诺如病毒GⅡ.6亚型核酸检测方法的建立

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作者 冉红志 樊成 +4 位作者 王雪飞 刘静 康婕 钱卫东 王婷 《动物医学进展》 北大核心 2023年第9期44-50,共7页

为建立一种特异性强、灵敏度高且简单方便的诺如病毒GⅡ.6核酸快速检测方法,下载诺如病毒GⅡ.6基因组序列,用Mega7.0对基因组进行比对分析获得高度保守序列;基于保守序列设计诺如病毒GⅡ.6的反转录重组酶和聚合酶等温检测(RT-RAPID)技... 为建立一种特异性强、灵敏度高且简单方便的诺如病毒GⅡ.6核酸快速检测方法,下载诺如病毒GⅡ.6基因组序列,用Mega7.0对基因组进行比对分析获得高度保守序列;基于保守序列设计诺如病毒GⅡ.6的反转录重组酶和聚合酶等温检测(RT-RAPID)技术扩增引物、荧光探针、crRNA和报告分子;优化RT-RAPID的反应引物、反应温度和反应时间及Cas12a检测用的crRNA,并分析RT-RAPID-Cas12a方法的特异性和灵敏度。基于RT-RAPID荧光法和RT-RAPID-Cas12a荧光法的诺如病毒GⅡ.6亚型核酸快速检测方法能在1 h内完成检测并得出结果,灵敏度分别为10 copies/μL和0.5 copies/μL,且两个方法均与诺如病毒GⅡ.17型、鼻病毒、偏肺病毒和博卡病毒无交叉反应。2个检测方法与RT-qPCR阳性样本一致率均为90%,阴性样本一致率均为100%。论文建立的基于RT-RAPID和Cas12a的诺如病毒GⅡ.6核酸快速检测方法均可高效快速地检测出诺如病毒GⅡ.6,具有灵敏度高、特异性强、操作便捷且快速等特点。 展开更多

关键词 诺如病毒GⅡ.6亚型 反转录重组酶聚合酶扩增 规律间隔成簇短回文重复序列的/相关蛋白12a 核酸检测

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人DC-STAMP真核表达载体的构建及鉴定

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作者 曾志勇 陈君敏 《福建医科大学学报》 2012年第1期31-35,共5页

目的构建和鉴定人DC-STAMP基因的真核表达载体,并分析在293T细胞中的表达情况。方法通过反转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)技术从人破骨细胞体外扩增DC-STAMP的cDNA片段,连接入真核表达载体pEGFP-N1-FLAG后转入293T细胞中,Western blot进... 目的构建和鉴定人DC-STAMP基因的真核表达载体,并分析在293T细胞中的表达情况。方法通过反转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)技术从人破骨细胞体外扩增DC-STAMP的cDNA片段,连接入真核表达载体pEGFP-N1-FLAG后转入293T细胞中,Western blot进行表达鉴定。结果成功扩增出人DC-STAMP全长,构建了重组质粒pEGFP-DC-STAMP-FLAG,并在其转染的293T细胞检测到融合蛋白的表达。结论成功构建了DC-STAMP融合基因表达载体pEGFP-DC-STAMP-FLAG。 展开更多

关键词 基因 基因扩增 破骨细胞 真核细胞 遗传载体 载体蛋白质类 重组 遗传 逆转录-聚合酶链反应

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人谷胱甘肽硫转移酶的克隆表达及活性鉴定 被引量：1

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作者 柴晓鹃 胡海红 +1 位作者 余露山 曾苏 《浙江大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2014年第2期168-174,共7页

目的：克隆表达人谷胱甘肽硫转移酶GSTA1、GSTT1和GSTP1，用于研究化合物的代谢途径。方法：采用反转录PCR得到人谷胱甘肽硫转移酶GSTA1、GSTT1和GSTP1基因全长cDNA。将测序正确的cDNA连接到pET-28 a阳性表达载体上并在大肠杆菌BL21（ ... 目的：克隆表达人谷胱甘肽硫转移酶GSTA1、GSTT1和GSTP1，用于研究化合物的代谢途径。方法：采用反转录PCR得到人谷胱甘肽硫转移酶GSTA1、GSTT1和GSTP1基因全长cDNA。将测序正确的cDNA连接到pET-28 a阳性表达载体上并在大肠杆菌BL21（ DE3）中稳定表达。利用亲和色谱纯化表达得到重组酶，以2，4-二硝基氯苯为底物，测定340 nm波长处吸收度的变化，检测酶活性。结果：PCR产物与克隆载体pMD19-T连接后的质粒测序结果表明，目的基因的cDNA序列完全正确。表达质粒在大肠杆菌BL21（ DE3）中获得良好的可溶性表达，经镍离子亲和柱纯化后目的蛋白较纯，具有较好的催化活性。所表达的 hGSTA1、hGSTT1和hGSTP1酶比活性分别为17．55、0．02、18．75μmol· min-1· mg-1蛋白。结论：成功构建了人谷胱甘肽硫转移酶GSTA1、GSTT1和GSTP1的原核表达系统，得到的重组酶可用于药物代谢研究。 展开更多

关键词 谷胱甘肽转移酶 生物合成 克隆 分子 基因表达 色谱法 亲和 基因扩增 质粒 逆转录聚合酶链反应

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RT-RAA联合CRISPR/Cas12a快速检测新型冠状病毒方法的建立与评价 被引量：2

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作者 章太婵 车玉传 +5 位作者 梁雪雁 韦华贵 范向平 黄承仕 林敏 陈江涛 《临床检验杂志》 CAS 2024年第4期246-251,共6页

目的建立一种基于反转录酶-重组酶介导等温核酸扩增技术(RT-RAA)联合簇状规则间隔的短回文重复序列(CRISPR)/Cas12a系统的快速检测新型冠状病毒(SARS-CoV-2)的方法,并对其进行评价。方法根据NCBI数据库中SARS-CoV-2的核衣壳(N)基因设计R... 目的建立一种基于反转录酶-重组酶介导等温核酸扩增技术(RT-RAA)联合簇状规则间隔的短回文重复序列(CRISPR)/Cas12a系统的快速检测新型冠状病毒(SARS-CoV-2)的方法,并对其进行评价。方法根据NCBI数据库中SARS-CoV-2的核衣壳(N)基因设计RT-RAA引物和CRISPR来源RNA(crRNA),优化检测体系中乙酸镁(MgAc)用量、RT-RAA反应温度和时间以及LbCas12a反应温度。以100~106 copies/μL重组质粒和其他呼吸道病原体分别评估该方法灵敏度和特异性。采用RT-RAA-CRISPR/Cas12a法和RT-PCR法对70份临床标本进行平行检测,比较两种方法的符合率。结果优化后的RT-RAA-CRISPR/Cas12a检测方法可在37℃条件下50 min内完成SARS-CoV-2检测。荧光法检测灵敏度为10 copies/μL,侧流层析法为1×102 copies/μL。该方法能特异检测SARS-CoV-2,与其他呼吸道病原体无交叉反应。RT-RAA-CRISPR/Cas12a法检测70份临床标本的结果与RT-PCR法完全一致,符合率为100%。结论建立的RT-RAA-CRISPR/Cas12a法检测SARS-CoV-2快速、经济、灵敏度高、特异性强,无需昂贵仪器设备,可由经验不足的人员操作,为临床快速诊断和现场大规模筛查SARS-CoV-2提供了新的思路和方法。 展开更多

关键词 新型冠状病毒 重组酶介导等温扩增 CRISPR/Cas12a 侧流层析 快速检测

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四重逆转录重组酶聚合酶等温扩增技术快速联检四种难鉴别蚊媒病毒的效果观察 被引量：1

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作者 韩明月 林源吉 +5 位作者 吴新新 魏晨星 董学妍 王晓明 万海同 余道军 《浙江医学》 CAS 2022年第10期1042-1049,共8页

目的建立针对登革病毒(DENV)、黄热病毒(YFV)、基孔肯雅病毒(CHIKV)、寨卡病毒(ZIKV)的四重逆转录重组酶聚合酶扩增(RT-RPA)技术,用于同时快速检测上述4种病毒。方法通过正交设计建立检测4种蚊媒病毒(DENV、YFV、CHIKV、ZIKV)的四重RT-... 目的建立针对登革病毒(DENV)、黄热病毒(YFV)、基孔肯雅病毒(CHIKV)、寨卡病毒(ZIKV)的四重逆转录重组酶聚合酶扩增(RT-RPA)技术,用于同时快速检测上述4种病毒。方法通过正交设计建立检测4种蚊媒病毒(DENV、YFV、CHIKV、ZIKV)的四重RT-RPA反应体系。通过质粒标准品、体外转录RNA和临床血清验证单重RT-RPA和四重RT-RPA的检测灵敏度、特异度、重复性和临床应用符合率。结果单重RT-RPA对DENV、YFV、CHIKV、ZIKV质粒DNA的检出限分别为1×10^(2)、1×10^(2)、1×10^(2)、<1×10^(2) Copies/ml,对DENV、YFV、CHIKV和ZIKV体外合成RNA的检出限分别为1×10^(2)、1×10^(2)、1×10^(2)、1×10^(2) Copies/ml,四重RT-RPA对DENV、YFV、CHIKV和ZIKV质粒DNA的检出限分别为1×10^(2)、1×10^(2)、1×10^(2)、1×10^(2) Copies/ml,对体外合成RNA的检出限分别为5×10^(2)、5×10^(2)、5×10^(2)、5×10^(2) Copies/ml。本研究建立的单重及四重RT-RPA反应体系与其他常见病毒不存在交叉反应,RT-RPA法测定的阈值时间值(TT)的变异系数为1.76%~5.96%。四重RT-RPA法对不同病毒体外转录RNA检出率不同,DENV、YFV和CHIKV为100.00%,ZIKV为83.33%。单重RT-RPA、四重RT-RPA、RT-PCR对DENV临床样本的检出率无统计学差异(P>0.05)。结论本研究建立的针对DENV、YFV、CHIKV和ZIKV的单重RT-RPA和四重RT-RPA检测方法特异度好、灵敏度高、重复性好,对蚊媒传染病的早期诊断及鉴别诊断具有重要作用,同时也为其他新发再发传染病的快速诊断方法建立提供研究方向。 展开更多

关键词 四重逆转录重组酶聚合酶扩增 蚊媒传染病 登革病毒 黄热病毒 基孔肯雅病毒 寨卡病毒

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双重荧光逆转录-聚合酶链式反应与荧光逆转录-重组酶介导等温扩增快速检测食源性GⅠ型、GⅡ型诺如病毒 被引量：1

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作者 邓迎春 郭旭光 +3 位作者 牛会敏 任宝红 韩小改 郭瑞 《食品安全质量检测学报》 CAS 2024年第12期151-157,共7页

目的建立双重荧光逆转录-聚合酶链式反应(reverse transcription polymerase chain reaction,RT-PCR)与荧光逆转录-重组酶介导等温扩增(reverse transcription recombinase-aided amplification,RT-RAA)快速有效地检测食品中食源性GⅠ型... 目的建立双重荧光逆转录-聚合酶链式反应(reverse transcription polymerase chain reaction,RT-PCR)与荧光逆转录-重组酶介导等温扩增(reverse transcription recombinase-aided amplification,RT-RAA)快速有效地检测食品中食源性GⅠ型和GⅡ型诺如病毒的方法。方法根据GⅠ型、GⅡ型诺如病毒基因组保守序列设计引探,经过一系列引探浓度筛选,建立了双重荧光RT-PCR和恒温荧光RT-RAA两种检测方法,分别从敏感性、特异性、稳定性、重复性等方面进行了比较研究;同时将这两种方法应用于实际临床样本检测中,并与GB4789.42—2016《食品安全国家标准食品微生物学检验诺如病毒检验》进行比对验证。结果建立的两种方法特异性良好,敏感性均可达10 copies/μL;双重荧光RT-PCR方法质粒梯度变异系数(coefficient of variation,CV)值在0.1%~1.5%区间,恒温荧光RT-RAA方法CV值在1.0%~10.0%区间,稳定性和重复性显示双重荧光RT-PCR优于恒温荧光RT-RAA检测方法;31份诺如病毒阳性食品核酸样本均能检出,且50份食品盲样检测结果与国标一致。结论本研究成功建立了双重荧光RT-PCR与恒温荧光RT-RAA快速检测食源性GⅠ型、GⅡ型诺如病毒方法,两种方法各有优缺点,双重荧光RT-PCR稳定性和重复性好,恒温荧光RT-RAA检测时间短,仅20 min就能完成扩增,可根据不同需求选择一种或两种作为食源性GⅠ型、GⅡ型诺如病毒的检测方法。 展开更多

关键词 荧光逆转录-聚合酶链式反应 恒温荧光逆转录-重组酶介导等温扩增 GⅠ型诺如病毒 GⅡ型诺如病毒

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重组酶介导恒温扩增快速检测人鼻病毒的方法学研究 被引量：2

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作者 陈淑丹 张小平 +3 位作者 李杰 朱璇 郑伟 郭利川 《中国卫生检验杂志》 CAS 2020年第19期2305-2307,共3页

目的采用反转录重组酶介导核酸扩增技术(reverse transcriptase recombinase aided amplification,RT-RAA)建立检测人鼻病毒的快速方法。方法根据NCBI基因库中人鼻病毒保守序列设计引物及探针,将人鼻病毒RNA反转录为cDNA,然后使用反转录... 目的采用反转录重组酶介导核酸扩增技术(reverse transcriptase recombinase aided amplification,RT-RAA)建立检测人鼻病毒的快速方法。方法根据NCBI基因库中人鼻病毒保守序列设计引物及探针,将人鼻病毒RNA反转录为cDNA,然后使用反转录酶,以cDNA作模板,扩增检测人鼻病毒核酸序列。研究采用构建带有人鼻病毒核酸序列的质粒,检测不同浓度的质粒分析该方法的灵敏度,采用已知样本检测方法的特异性。结果设计的人鼻病毒特异性引物和探针,能有效扩增出相应病毒的核酸,而与其他病毒无交叉反应。该反应条件为39℃恒温,扩增结果用时30 min,最低扩增拷贝数为100拷贝。结论建立的RT-RAA检测人鼻病毒方法灵敏度和特异性高,反应快速、操作简单,适用于人鼻病毒的快速检测。 展开更多

关键词 人鼻病毒 反转录重组酶介导核酸扩增技术 分子检测

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四种亨尼帕病毒RT-RPA/RAA检测方法的建立

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作者 何文君 郭源源 +5 位作者 张盛 杨梦婕 张靖 雷雯雯 宋娟 武桂珍 《中华实验和临床病毒学杂志》 2025年第4期502-509,共8页

目的建立快速准确鉴别尼帕病毒(Nipah virus,NiV)、琅琊病毒(Langya virus,LayV)、墨江病毒(Mojiang virus,MoJV)和雪松病毒(Cedar virus,CedV)的双重实时荧光逆转录重组酶聚合酶扩增/重组酶辅助扩增(reverse transcription-recombinase... 目的建立快速准确鉴别尼帕病毒(Nipah virus,NiV)、琅琊病毒(Langya virus,LayV)、墨江病毒(Mojiang virus,MoJV)和雪松病毒(Cedar virus,CedV)的双重实时荧光逆转录重组酶聚合酶扩增/重组酶辅助扩增(reverse transcription-recombinase polymerase amplification/recombinase-aided amplification,RT-RPA/RAA)检测方法。方法针对NiV和LayV的L基因保守区域以及MoJV和CedV的N基因保守区域,设计特异性引物和探针,并将四种病毒分为两组(A组包括NiV和LayV,B组包括MojV和CedV)进行双重检测。通过比较不同引物对组合(F1/R1、F1/R2、F2/R1、F2/R2)的扩增效率,筛选最佳引物和探针组合;对反应温度、引物与探针浓度进行优化建立双重实时荧光RT-RPA/RAA检测体系,对体系的特异性、灵敏度、稳定性进行验证,最后使用临床样本验证方法的检测效果。结果筛选的引物对(NiV引物对F2/R1、LayV引物对F1/R1、MojV引物对F2/R2以及CedV引物对F2/R2)在与相应探针结合时均展现出最佳的扩增效果。最佳退火温度为39℃;最低检测限为101~102拷贝/μl。该方法能够有效区分目标病毒与其他非靶标病毒,重复实验表明该方法稳定性好(R 2>0.90)。此外,通过对NiV马来西亚株核酸和2种临床样本的检测,检测结果与多重qRT-PCR(Quantitative reverse transcription polymerase chain reaction)方法一致。结论本研究建立的双重实时荧光RT-RPA/RAA检测方法能够快速准确地鉴别和区分NiV、LayV、MoJV和CedV四种重要的亨尼帕病毒,具有操作简便、反应快速、特异性强、稳定性好等特点,为病毒的现场快速诊断、疫情监测和防控提供了有效的分子检测工具。 展开更多

关键词 尼帕病毒 琅琊病毒 墨江病毒 雪松病毒 重组酶聚合酶扩增 重组酶辅助扩增

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