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转录组测序中核糖体RNA消减策略:研究进展与方法比较
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作者 李慧彤 刘丹 +8 位作者 高建帅 唐新月 张博源 蒋卉 范学政 张广智 丁家波 沈青春 熊涛 《中国畜牧兽医》 北大核心 2025年第11期5030-5039,共10页
转录组测序(RNA sequencing,RNA-Seq)技术是一种能从细胞内基因和调控元件的转录水平揭示各种复杂生物学现象的有力工具,在农业育种、品种资源、营养代谢及医学等领域的应用十分广泛。核糖体RNA(rRNA)占细胞总RNA的80%以上,若直接对样... 转录组测序(RNA sequencing,RNA-Seq)技术是一种能从细胞内基因和调控元件的转录水平揭示各种复杂生物学现象的有力工具,在农业育种、品种资源、营养代谢及医学等领域的应用十分广泛。核糖体RNA(rRNA)占细胞总RNA的80%以上,若直接对样品进行RNA-Seq建库测序,获得的测序数据超过90%来自rRNA,因此很难检测到各类低丰度RNA。rRNA消减技术能大大提高RNA-Seq技术的基因检测效率和敏感性,并能对低丰度非编码RNA进行定量检测,为揭示一些复杂的生物学机制提供更为精准的数据支持,而该技术在RNA-Seq建库中的作用常常没有得到应有的重视,导致部分测序数据不能反映样品的真实值。笔者对RNA-Seq中几种rRNA消减策略进行了概述,包括Olig dT磁珠捕获法、“拉出”法、RNase H选择性消减法和耐热双特异性核酸酶(DSN)选择性消减法,以及非随机引物反转录法、RNA阻断引物法等,并对各自的优劣势进行了比较,旨在为采用RNA-Seq技术的研究人员选择最合适的rRNA消减策略提供参考,为获得最接近样品真实值的研究数据提供支持和参考,以更好地服务于科学研究和技术创新。 展开更多
关键词 转录组测序 核糖体RNA 消减策略
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金钗石斛生物碱对小鼠肠道菌群的作用 被引量:1
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作者 徐云燕 刘杰 刘波 《合肥医科大学学报》 2025年第9期889-895,共7页
目的本研究探讨金钗石斛生物碱(DNLA)对正常小鼠肠道菌群的影响。方法昆明小鼠随机分为正常对照组(Control)、DNLA低剂量组(15 mg/kg)和DNLA高剂量组(30 mg/kg),连续给药7 d。提取结肠内容物DNA,进行16S rRNA测序,并通过RT-qPCR对肠菌... 目的本研究探讨金钗石斛生物碱(DNLA)对正常小鼠肠道菌群的影响。方法昆明小鼠随机分为正常对照组(Control)、DNLA低剂量组(15 mg/kg)和DNLA高剂量组(30 mg/kg),连续给药7 d。提取结肠内容物DNA,进行16S rRNA测序,并通过RT-qPCR对肠菌基因进行验证。结果与正常对照组相比,在门水平,高剂量DNLA增加了厚壁菌门/拟杆菌门的比例40%;在科水平,DNLA增加了梭菌科、脱卤菌科、肠杆菌科、气味杆菌科和链球菌科的丰度;在属水平,DNLA增加了普雷沃氏菌属丰度;在种/基因水平,DNLA增加了瘤胃球菌、普雷沃氏菌、经粘液真杆菌、脆弱拟杆菌的表达水平,减少了梭杆菌和球形梭菌表达水平(P<0.05)。结论DNLA在门、科、属/种层面及基因表达水平方面,对正常小鼠肠道菌群有一定的影响,提示DNLA可能通过肠菌-肠-脑轴或肠菌-肠-肝轴来产生有益的生物学活性。 展开更多
关键词 金钗石斛生物碱 小鼠 肠道菌群 16S rRNA测序 RT-QPCR
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Respiratory flora:The potential biomarker of radiation-induced pulmonary injury
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作者 Hongjuan Guo Lili Wang +4 位作者 Wei Zhu Xiaofei Qi Qi Zhang Yang Jiao Jianping Cao 《Radiation Medicine and Protection》 2022年第1期43-46,共4页
Radiation-induced pulmonary injury is a major dose-limiting toxicity that occurs due to thoracic radiotherapy.And the most widely used high-throughput technology,16S ribosomal RNA sequencing,is adopted for bacterial c... Radiation-induced pulmonary injury is a major dose-limiting toxicity that occurs due to thoracic radiotherapy.And the most widely used high-throughput technology,16S ribosomal RNA sequencing,is adopted for bacterial classification and identification of airway microbiome analysis.In this study,we provide novel insights into the composition pattern and predicted function of the lung microbiome in RIPI rats.Certain genus and species change in a dose-dependent manner,which might be capable of serving as novel bacterial biomarkers,as well as the potential targets for the future diagnosis or treatment of RIPI.In summary,our findings provide a vital reference for RIPI study,and will contribute to investigate the novel therapeutic or preventive management for RIPI. 展开更多
关键词 RIPI Mocrobiome 16S rrna-seq DOSE-DEPENDENT BIOMARKER
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