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滇池浮游细菌群落组成的空间分布特征及其与环境因子的关系 被引量:29
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作者 吕明姬 汪杰 +1 位作者 范铮 黄艺 《环境科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第2期299-306,共8页
为探讨滇池湖体浮游细菌群落组成的空间分布特征,并找出影响浮游细菌群落组成分布的主要影响因子,通过16S rRNA末端限制性片段长度多态性(T-RFLP)分析手段研究了滇池湖体夏季由北向南9个采样点浮游细菌的群落结构.结果表明,9个采样点共... 为探讨滇池湖体浮游细菌群落组成的空间分布特征,并找出影响浮游细菌群落组成分布的主要影响因子,通过16S rRNA末端限制性片段长度多态性(T-RFLP)分析手段研究了滇池湖体夏季由北向南9个采样点浮游细菌的群落结构.结果表明,9个采样点共得到52个不同的片段(T-RFs),且每种片段至少代表一种细菌.各采样点浮游细菌群落的组成不同,并且优势菌也发生了变化,但9个采样点的Shannon-Weiner指数和均匀度指数都较低,说明滇池的生态环境已很脆弱.通过聚类(Cluster)和多维尺度(MDS)分析浮游细菌群落的空间分布发现,水质情况相似的采样点其浮游细菌群落组成也相似,并且可将9个采样点的浮游细菌群落组成分为4类.典型相应分析(CCA)结果表明,氨氮(NH4+-N)、总氮(TN)、硝氮(NO3-N)、叶绿素a(Chla)对浮游细菌的分布影响最大,其次为pH和温度. 展开更多
关键词 浮游细菌 16S rrna-t-rflp 空间差异 环境因子 滇池
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不同种植方式对亚热带红壤微生物多样性的影响 被引量:21
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作者 沈冰洁 祝贞科 +5 位作者 袁红朝 葛体达 王久荣 陈明利 吴晓芙 吴金水 《环境科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2015年第10期3839-3844,共6页
土壤微生物在推动土壤碳循环过程方面发挥着重要作用,然而种植方式的改变对土壤微生物多样性的影响机制还不十分清楚.本研究采集湖南省盘塘县长期定位试验站红壤稻田(PR)、旱地(UC)及水旱轮作(PR)这3种不同种植方式的土壤样品,采用末端... 土壤微生物在推动土壤碳循环过程方面发挥着重要作用,然而种植方式的改变对土壤微生物多样性的影响机制还不十分清楚.本研究采集湖南省盘塘县长期定位试验站红壤稻田(PR)、旱地(UC)及水旱轮作(PR)这3种不同种植方式的土壤样品,采用末端限制性酶切片段长度多态性分析(T-RFLP)技术和实时荧光定量(RT-PCR)技术分析了土壤细菌16S rRNA基因的多样性和丰度,研究种植方式改变对土壤微生物数量、群落结构及其多样性的影响.结果表明,3种种植方式的土壤细菌16S rRNA基因数量(以干土计)为2.5×109~1.5×1010拷贝·g-1,与PR相比,UP和UC处理16S rRNA基因丰度显著下降(P<0.05).同时,3种种植方式下土壤细菌的优势类群为变形菌(76、90和327 bp;相对丰度47%~53%)和绿弯菌(65 bp;相对丰度10%~12%).冗余分析表明种植方式改变了土壤理化性质,导致土壤细菌群落结构特征的显著变化,而土壤理化性质中有机碳和全氮含量是影响土壤细菌群落结构的主要因子.多样性指数分析(香农指数和均匀度指数)显示种植水稻的土壤细菌多样性最高,显著高于水旱轮作和旱地土壤.可见,种植方式的改变对土壤群落组成和数量造成了深刻的影响,而水稻种植是亚热带红壤可持续利用的一种有效方式,其更有利于土壤有机质的累积,土壤肥力及微生物多样性均较高. 展开更多
关键词 土壤微生物 种植方式 16S RRNA基因 群落结构 多样性 T-RFLP
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温度对厨余垃圾高温厌氧消化及微生物群落的影响 被引量:13
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作者 杨璐 张影 +3 位作者 汤岳琴 孙照勇 黄玉莲 木田建次 《应用与环境生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第4期704-711,共8页
使用全混流反应器(CSTR),研究53℃和60℃条件下厨余垃圾的处理效果,同时利用T-RFLP(末端限制性片段长度多态性)以及16S rRNA基因克隆文库的方法,对微生物群落结构进行跟踪解析.结果表明,在温度为53℃、挥发性总固体(VTS)负荷为4 g L-1 ... 使用全混流反应器(CSTR),研究53℃和60℃条件下厨余垃圾的处理效果,同时利用T-RFLP(末端限制性片段长度多态性)以及16S rRNA基因克隆文库的方法,对微生物群落结构进行跟踪解析.结果表明,在温度为53℃、挥发性总固体(VTS)负荷为4 g L-1 d-1时,处理性能稳定,有机酸积累少,产气率约为900 mL/g VTS;当温度升高至60℃时,TOC和有机酸积累,产气率显著下降.微生物群落分析结果表明,当温度从53℃升高至60℃后,细菌群落从以发酵产酸菌群为主转变为以各类发酵菌和有机酸氧化菌为主,产甲烷菌群落中乙酸营养型产甲烷菌比例下降,而氢营养型产甲烷菌比例升高.运行温度从53℃升高至60℃后厌氧处理能力下降的主要原因是乙酸营养型产甲烷菌比例下降,乙酸的消耗需要通过乙酸氧化菌和氢营养型的产甲烷菌的协同作用,产甲烷速率降低,从而导致处理能力下降. 展开更多
关键词 厨余垃圾 高温厌氧消化 产甲烷微生物群落 T-RFLP分析 克隆文库分析
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营养注入后油藏微生物群落16S rRNA基因的T-RFLP对比分析 被引量:13
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作者 程海鹰 肖生科 +2 位作者 马光东 汪卫东 王修林 《石油勘探与开发》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2006年第3期356-359,373,共5页
为了监测油藏微生物群落动态,应用不依赖微生物培养与克隆的T-RFLP方法研究了模拟油藏环境中营养物的注入对油藏微生物群落结构的影响。以基因组总DNA为模板,用细菌和古菌的荧光标记引物对16S rRNA基因进行PCR扩增,扩增产物经限制性内切... 为了监测油藏微生物群落动态,应用不依赖微生物培养与克隆的T-RFLP方法研究了模拟油藏环境中营养物的注入对油藏微生物群落结构的影响。以基因组总DNA为模板,用细菌和古菌的荧光标记引物对16S rRNA基因进行PCR扩增,扩增产物经限制性内切酶RsaI和MspI消化,用毛细管凝胶电泳分离酶切产物后利用LIFD检测器精确检测T-RFs,以确定每个片断的长度和丰度。不同时期微生物群落的T-RFLP对比分析表明,营养物注入后,T-RF的数量与丰度都有显著提高,且不同时期呈现出不同的群落结构。在内源微生物驱油研究中,T-RFLP方法是跟踪油藏微生物群落动态和对比分析群落结构的有效方法。 展开更多
关键词 油藏 微生物群落 16S RRNA 分子技术 聚合酶链反应 T-RFLP 毛细管凝胶电泳
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利用12S rRNA基因的限制性酶切末端片段长度多态性鉴定动物种类 被引量:9
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作者 汪琦 张昕 +3 位作者 赵大贺 马海萍 陈广全 张惠媛 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2010年第2期214-219,共6页
目的:建立一种精确可靠的鉴定常见的10种动物(猪、狗、牛、山羊、绵羊、马、鸡、鼠、三文鱼和鹿)的方法。方法:利用12SrRNA基因的限制性酶切末端片段长度多态性(terminal restriction fragment length polymorphism,T-RFLP)鉴别动物种... 目的:建立一种精确可靠的鉴定常见的10种动物(猪、狗、牛、山羊、绵羊、马、鸡、鼠、三文鱼和鹿)的方法。方法:利用12SrRNA基因的限制性酶切末端片段长度多态性(terminal restriction fragment length polymorphism,T-RFLP)鉴别动物种类。将线粒体12S rRNA基因通过引物的5'端用FAM荧光标记,从基因组DNA中扩增450bp的目的片段。引物对1(下游引物FAM标记,上游引物不标记)扩增的PCR产物用限制性内切酶AluⅠ酶切。引物对2(上游引物FAM标记,下游引物不标记)扩增的PCR产物用限制性内切酶Tru9Ⅰ酶切。得到的酶切产物分别在遗传分析仪ABI3100上进行毛细管电泳,片段大小用Peak Scanner 1.0软件分析。结果:根据AluⅠ酶切图谱能够区分鸡、马、猪和三文鱼,而鹿和牛、山羊和绵羊、鼠和狗因酶切图谱相同无法分开。根据Tru9Ⅰ酶切图谱,能够进一步将鹿和牛、山羊和绵羊、鼠和狗分开。同一种动物不同个体的酶切图谱完全相同,结果具有可重复性。没有出现物种内多态的现象。大多数情况下,实际得到的末端片段长度与理论值非常接近,只存在2~5bp的差异。结论:该方法操作简单、结果精确,适用于鉴定动物种类。 展开更多
关键词 限制性酶切末端片段长度多态性T—RFLP 种类鉴定 12S RRNA
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利用T-RFLP技术对温榆河微生物群落结构研究 被引量:16
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作者 董萍 孙寓姣 +2 位作者 王红旗 陈利顶 张辉 《中国环境科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2011年第4期631-636,共6页
利用T-RFLP技术(综合运用PCR技术、DNA限制性酶切技术和DNA序列自动分析技术)对温榆河不同尺度、不同时期的微生物群落结构进行了研究.从微生物的种类数、物种丰度、优势菌落、群落结构稳定性等方面特征着手,找出其优势群落;利用两种多... 利用T-RFLP技术(综合运用PCR技术、DNA限制性酶切技术和DNA序列自动分析技术)对温榆河不同尺度、不同时期的微生物群落结构进行了研究.从微生物的种类数、物种丰度、优势菌落、群落结构稳定性等方面特征着手,找出其优势群落;利用两种多样性指数(香侬一威勒多样性指数、辛普森多样性指数)探讨各种微生物群落结构的多样性以及同一群落随时间而发生的变化;比较了微生物指标与水质指标COD之间的变化关系.结果表明,温榆河不同尺度、不同时期的微生物具有明显变化,说明季节性变化对水体中微生物群落产生了明显的影响;T-RF67bp、151bp、440bp、481bp、488bp所代表的微生物群落体现其为优势种群;T-RF为135bp、151bp、440bp的微生物群落对于外界反映最敏感,验证其有可能能作为环境变化的指示性生物;微生物指标与COD呈现明显的正相关. 展开更多
关键词 T-RFLP 微生态系统 群落结构 16SRRNA基因
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象山港网箱养殖区沉积物的古菌空间分布 被引量:8
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作者 陈明明 王少璞 +3 位作者 韦梦 何佳颖 郑邦旭 裘琼芬 《生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第14期4099-4106,共8页
对象山港网箱养殖区及其周边沉积物中古菌群落的空间分布进行研究,应用基于16S rRNA基因的T-RFLP(末端限制性片段多态性分析)技术分析象山港网箱养殖区及其周边不同深度沉积物中古菌的群落结构和多样性,并构建克隆文库进行系统发育学分... 对象山港网箱养殖区及其周边沉积物中古菌群落的空间分布进行研究,应用基于16S rRNA基因的T-RFLP(末端限制性片段多态性分析)技术分析象山港网箱养殖区及其周边不同深度沉积物中古菌的群落结构和多样性,并构建克隆文库进行系统发育学分析。测定沉积物各项理化因子,通过PCA和RDA分析了古菌群落分布及其与环境因子之间的关系。结果表明,泉古菌是港口沉积物中的优势古菌群,占古菌群落的50%以上。网箱养殖区沉积物的古菌群落结构较非养殖区简单,多样性降低。非养殖区古菌群落随深度呈现有规律的变化。营养盐类和pH是造成养殖区域古菌群落结构区别于非养殖区域的主要环境因素。 展开更多
关键词 16S RRNA基因 古菌 网箱养殖 T-RFLP 沉积物
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水稻分蘖期根系对根际细菌丰度和群落结构的影响 被引量:4
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作者 张振兴 张文钊 +2 位作者 杨会翠 陈春兰 魏文学 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2015年第12期2045-2052,共8页
通过水稻盆栽试验,以细菌16S rRNA基因为检测对象,采用实时荧光定量PCR(qPCR)和末端限制性片段长度多态性(T-RFLP)分子生物技术,探究了水稻根际与非根际土壤中细菌丰度和群落结构的差异。结果表明,水稻根系生长显著增加了根际土壤中的... 通过水稻盆栽试验,以细菌16S rRNA基因为检测对象,采用实时荧光定量PCR(qPCR)和末端限制性片段长度多态性(T-RFLP)分子生物技术,探究了水稻根际与非根际土壤中细菌丰度和群落结构的差异。结果表明,水稻根系生长显著增加了根际土壤中的细菌丰度,但根际土壤中的细菌群落多样性指数(H')和均匀度指数(E)降低。根际与非根际土壤中的细菌群落结构明显不同,根际土壤中含有相对丰度较高的优势细菌群落,但淹水和落干时的优势群落不同。水稻根系显著改变了根际土壤理化性质,淹水时NH+4-N和TC与细菌群落结构具有显著相关性,而落干后土壤水分和pH与细菌群落结构具有显著相关性。这表明,水稻根系生长对稻田土壤细菌数量和群落结构均可产生显著的影响,而水稻根系活动对土壤理化性质的改变可能是导致细菌群落差异的主要原因。因此,在水稻生长季,水稻根系活动和稻田土壤水分状况是影响细菌生态功能的重要因素。 展开更多
关键词 水稻(Oryza SATIVA L.) 根系 根际 细菌群落 16S RRNA基因 qPCR T-RFLP
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再生水补水对河道底泥细菌群落组成与功能的影响 被引量:21
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作者 邸琰茗 王广煊 +1 位作者 黄兴如 郭逍宇 《环境科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2017年第2期743-751,共9页
以北京市永定河麻峪湿地再生水补水河段河道底泥细菌群落为研究对象,联合限制性片段长度多态性(T-RFLP)技术,16S rRNA基因克隆文库技术和实时荧光定量q PCR技术,分析再生水补水口上游、补水口及补水口下游这3个断面的细菌群落组成与功... 以北京市永定河麻峪湿地再生水补水河段河道底泥细菌群落为研究对象,联合限制性片段长度多态性(T-RFLP)技术,16S rRNA基因克隆文库技术和实时荧光定量q PCR技术,分析再生水补水口上游、补水口及补水口下游这3个断面的细菌群落组成与功能特征差异,尝试解释再生水补水对河道底泥细菌群落组成和功能特征的影响.结果表明,再生水中高浓度的碳氮磷含量是导致补水口细菌群落多样性显著升高和群落组成最为丰富的直接原因,人工湿地对碳氮磷浓度有较高的去除效率,净化后底泥细菌群落逐步恢复,表现出上下游相似的细菌群落多样性和结构组成;补水口处细菌群落的优势类群是变形菌门中β-Proteobacteria和δ-Proteobacteria,亚优势类群是Planctomycetes和Actinobacteria,而ε-Proteobacteria、Chloroflexi、Spirochaetes是补水口处的独有类群;氮碳磷循环是再生水补水河道底泥主要的生物地化循环过程,克隆文库中补水口以毛单胞菌属(Comamonas sp.)为优势类群的45.9%的克隆子与氮循环相关,其相对丰度高于上下游(27.7%和23.4%),以溶杆菌属(Lysobacter sp.)为优势类群的17.9%的克隆子与碳循环密切相关,其相对丰度高于上下游(14.4%和12.9%);再生水中携带的痕量病原菌和抗生素等,在一定程度上改变了河道底泥细菌群落碳氮循环的转换方式,表现为补水口处固氮作用主要是红环菌属(Rhodocyclus sp.)通过光合作用实现,上下游以对植物具有促生作用的伯克氏菌属(Burkholderia sp.)为代表进行共生固氮.该研究结果为再生水补水河道人工湿地修复研究提供理论依据. 展开更多
关键词 再生水 城市河道 16S RRNA 克隆文库 细菌组成 功能基因
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我国北方潮土玉米不同生长时期古菌群落结构和丰度的变化 被引量:1
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作者 王晶 王蕊 +5 位作者 朱珂 修伟明 赵建宁 杨殿林 李刚 田秀平 《玉米科学》 CAS CSCD 北大核心 2017年第6期153-160,共8页
采用16S rRNA基因末端限制性片段长度多态性分析(T-RFLP)和实时荧光定量PCR技术,研究玉米不同生长时期土壤古菌群落组成和丰度的变化。结果表明,不同生长时期,根际土和非根际土古菌优势种群无显著变化,古菌群落组成无明显分离。乳熟期... 采用16S rRNA基因末端限制性片段长度多态性分析(T-RFLP)和实时荧光定量PCR技术,研究玉米不同生长时期土壤古菌群落组成和丰度的变化。结果表明,不同生长时期,根际土和非根际土古菌优势种群无显著变化,古菌群落组成无明显分离。乳熟期和完熟期古菌Shannon指数显著高于拔节期和抽雄期(P<0.05),根际土抽雄期古菌Evenness指数显著低于其他生长时期(P<0.05),非根际土不同生长时期Evenness指数差异不显著(P>0.05)。土壤古菌16S rRNA基因丰度随生长时期的推进呈先升高后降低的趋势,乳熟期最高,拔节期最低,乳熟期显著高于拔节期和完熟期(P<0.05),与抽雄期差异不显著(P>0.05)。同一生长时期根际土和非根际土间无显著差异(P>0.05)。 展开更多
关键词 玉米 16S RRNA基因 T-RFLP qPCR 群落结构 丰度
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现代分子生物学技术在抗生素污水处理应用中的研究进展
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作者 陈静 陆敏燕 +3 位作者 苏静静 闫宏 蒋亚梅 温洪宇 《黑龙江农业科学》 2016年第12期141-145,共5页
为进一步优化抗生素污水中微生物的检测,介绍了实时荧光定量PCR技术、DGGE/TGGE技术、16S rRNA基因序列比较、T-RFLP技术、高通量测序技术在抗生素污水处理中的应用。分析了这些技术在研究抗生素污水处理发展中的优点及不足,并讨论了一... 为进一步优化抗生素污水中微生物的检测,介绍了实时荧光定量PCR技术、DGGE/TGGE技术、16S rRNA基因序列比较、T-RFLP技术、高通量测序技术在抗生素污水处理中的应用。分析了这些技术在研究抗生素污水处理发展中的优点及不足,并讨论了一些技术未来的发展前景。 展开更多
关键词 实时荧光定量PCR DGGE/TGGE 16S RRNA基因序列 T-RFLP 高通量测序
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Effect of reclaimed water effluent on bacterial community structure in the Typha angustifolia L. rhizosphere soil of urbanized riverside wetland, China 被引量:2
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作者 Xingru Huang Wei Xiong +1 位作者 Wei Liu Xiaoyu Guo 《Journal of Environmental Sciences》 SCIE EI CAS CSCD 2017年第5期58-68,共11页
In order to evaluate the impact of reclaimed water on the ecology of bacterial communities in the Typha angustifolia L. rhizosphere soil, bacterial community structure was investigated using a combination of terminal ... In order to evaluate the impact of reclaimed water on the ecology of bacterial communities in the Typha angustifolia L. rhizosphere soil, bacterial community structure was investigated using a combination of terminal restriction fragment length polymorphism and 16S rRNA gene clone library. The results revealed significant spatial variation of bacterial communities along the river from upstream and downstream. For example, a higher relative abundance of γ-Proteobacteria, Firmicutes, Chloroflexi and a lower proportion of β-Proteobacteria and ε-Proteobacteria was detected at the downstream site compared to the upstream site. Additionally, with an increase of the reclaimed water interference intensity, the rhizosphere bacterial community showed a decrease in taxon richness, evenness and diversity. The relative abundance of bacteria closely related to the resistant of heavy-metal was markedly increased, while the bacteria related for carbon/nitrogen/phosphorus/sulfur cycling wasn't strikingly changed. Besides that, the pathogenic bacteria markedly increased in the downstream rhizosphere soil since reclaimed water supplement, while the possible plant growth-promoting rhizobacteria obviously reduced in the downstream sediment. Together these data suggest cause and effect between reclaimed water input into the wetland, shift in bacterial communities through habitat change, and alteration of capacity for biogeochemical cycling of contaminants. 展开更多
关键词 Reclaimed water T-RFLP 16S rRNA gene clone library Bacterial community structure
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