目的:探讨在骨髓增生异常综合征(MDS)中TP53基因不同突变状态(野生型/突变型)对地西他滨(DAC)耐药性的影响,并筛选耐药相关调控基因。方法:选用2种TP53状态差异的MDS细胞:M-07e:野生型;SKM-1:突变型,用递增浓度(0、0.5、1、5和10μmol/L...目的:探讨在骨髓增生异常综合征(MDS)中TP53基因不同突变状态(野生型/突变型)对地西他滨(DAC)耐药性的影响,并筛选耐药相关调控基因。方法:选用2种TP53状态差异的MDS细胞:M-07e:野生型;SKM-1:突变型,用递增浓度(0、0.5、1、5和10μmol/L)的地西他滨干预0-72 h后,采用CCK-8法检测细胞活力。通过RNA-Seq转录组测序和甲基化组学分析,筛选与耐药相关的关键基因。结果:CCK-8实验结果显示DAC对M-07e和SKM-1细胞活力的抑制作用呈时间和剂量依赖性(SKM-1耐药性最强,IC_(50)=5μmol/L vs M-07e IC_(50)=0.5μmol/L,P<0.01)。基因表达分析结果显示,M-07e细胞经DAC处理后共鉴定到662个上调基因和452个下调基因;SKM-1细胞经DAC处理后共发现515个上调基因和73个下调基因。蛋白质组学检测显示:DAC处理的M-07e细胞中共鉴定117个上调蛋白和136个下调蛋白;DAC处理的SKM-1细胞中发现91个上调蛋白和46个下调蛋白。通过整合分析上调基因和蛋白表达谱,共筛选出181个候选基因。甲基化组学分析发现884个低甲基化基因中存在高敏感位点和高CpG密度区域,其中与上述181个候选基因存在交集的共31个基因,GO功能富集分析表明这31个基因主要参与细胞分化正调控、结合过程负调控以及细胞组分组织负调控等生物学过程。结论:TP53突变通过表观遗传重编程介导DAC耐药,靶向这些基因可能改善TP53突变型MDS的预后。展开更多
文摘目的:探讨在骨髓增生异常综合征(MDS)中TP53基因不同突变状态(野生型/突变型)对地西他滨(DAC)耐药性的影响,并筛选耐药相关调控基因。方法:选用2种TP53状态差异的MDS细胞:M-07e:野生型;SKM-1:突变型,用递增浓度(0、0.5、1、5和10μmol/L)的地西他滨干预0-72 h后,采用CCK-8法检测细胞活力。通过RNA-Seq转录组测序和甲基化组学分析,筛选与耐药相关的关键基因。结果:CCK-8实验结果显示DAC对M-07e和SKM-1细胞活力的抑制作用呈时间和剂量依赖性(SKM-1耐药性最强,IC_(50)=5μmol/L vs M-07e IC_(50)=0.5μmol/L,P<0.01)。基因表达分析结果显示,M-07e细胞经DAC处理后共鉴定到662个上调基因和452个下调基因;SKM-1细胞经DAC处理后共发现515个上调基因和73个下调基因。蛋白质组学检测显示:DAC处理的M-07e细胞中共鉴定117个上调蛋白和136个下调蛋白;DAC处理的SKM-1细胞中发现91个上调蛋白和46个下调蛋白。通过整合分析上调基因和蛋白表达谱,共筛选出181个候选基因。甲基化组学分析发现884个低甲基化基因中存在高敏感位点和高CpG密度区域,其中与上述181个候选基因存在交集的共31个基因,GO功能富集分析表明这31个基因主要参与细胞分化正调控、结合过程负调控以及细胞组分组织负调控等生物学过程。结论:TP53突变通过表观遗传重编程介导DAC耐药,靶向这些基因可能改善TP53突变型MDS的预后。
