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原核生物pre-tRNA 5'末端剪切酶的结构和功能研究
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作者 邵齐源 李洋洋 +1 位作者 张威振 甘建华 《复旦学报(自然科学版)》 北大核心 2025年第1期113-120,共8页
5'末端的剪切是pre-tRNA加工和成熟过程中非常重要的一个环节,由RNase P负责催化。不同于常规的RNase P,原核生物中存在一类protein-only RNase P(也称HARP),不需要依赖核酶就能对pre-tRNA的5'末端进行剪切。为了阐明HARP结合... 5'末端的剪切是pre-tRNA加工和成熟过程中非常重要的一个环节,由RNase P负责催化。不同于常规的RNase P,原核生物中存在一类protein-only RNase P(也称HARP),不需要依赖核酶就能对pre-tRNA的5'末端进行剪切。为了阐明HARP结合和剪切pre-tRNA的分子机制,我们表达和纯化了Thermocrinis ruber来源的HARP蛋白(TrHARP)。定点突变、分子筛和体外活性实验证实TrHARP具有pre-tRNA剪切活性,而且该活性受到蛋白聚合状态的影响。此外,我们还筛选获得了TrHARP蛋白质的晶体,采集了衍射数据并建立了初始的结构模型。尽管TrHARP与Aquifex aeolicus来源的HARP Aq_880的折叠方式类似,但TrHARP与Aq_880在结构中的聚合方式和相对方位存在显著的差异。分子筛以及负染电镜实验结果均显示pre-tRNA的引入会导致HARP结构的解聚,这为进一步阐明HARP结合和催化pre-tRNA的5'末端成熟的分子机制奠定了基础。 展开更多
关键词 protein-only RNase P pre-trna HARP 晶体结构 功能 蛋白表达
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基于mature-tRNA-Asp-GTC/ATF3-LPCAT3介导的铁死亡途径探讨绞股蓝皂苷L抗卵巢癌的分子机制 被引量:1
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作者 朱敬轩 赵佼 +4 位作者 王群 孙小扉 王嘉鑫 张宏达 宋囡 《中国实验方剂学杂志》 北大核心 2025年第11期107-117,共11页
目的:探讨mature-t RNA-Asp-GTC与pre-t RNA-Arg-TCT在卵巢癌(OC)细胞铁死亡表型中作用及绞股蓝皂苷L(Gyp-L)对OC细胞mature-t RNA-Asp-GTC与pre-t RNA-Arg-TCT的调控机制。方法:采用细胞增殖与活性检测法(CCK-8)检测人卵巢腺癌细胞(OVC... 目的:探讨mature-t RNA-Asp-GTC与pre-t RNA-Arg-TCT在卵巢癌(OC)细胞铁死亡表型中作用及绞股蓝皂苷L(Gyp-L)对OC细胞mature-t RNA-Asp-GTC与pre-t RNA-Arg-TCT的调控机制。方法:采用细胞增殖与活性检测法(CCK-8)检测人卵巢腺癌细胞(OVCAR3)增殖情况,计算顺铂(5、10、15、20、25、30μmol·L^(-1))、Gyp-L(25、50、75、100、125μmol·L^(-1))及在Gyp-L作用下顺铂的半数抑制浓度(IC50)以确定后续实验的干预浓度。细胞克隆实验与划痕实验反映OVCAR3细胞的增殖与迁移能力。PANDORA-seq小RNA测序检测Gyp-L干预后细胞差异表达的转运RNA衍生的小RNA(ts RNA),通过RNAhybrid软件查找ts RNA相应的靶基因。比色法或酶联免疫吸附测定法(ELISA)检测丙二醛(MDA)、谷胱甘肽(GSH)、脂质过氧化物(LPO)水平;Ferro Orange荧光探针检测Fe2+含量;DCFH-DA荧光探针检测活性氧(ROS)含量来共同反映OVCAR3细胞铁死亡的发生。将OVCAR3细胞分为空白组、50μmol·L^(-1)Gyp-L组、100μmol·L^(-1)Gyp-L组。实时荧光定量聚合酶链式反应(Real-timePCR)检测mature-t RNA-Asp-GTC、mature-t RNA-Leu-CAA、mature-mt_t RNA-Tyr-GTA_5_end、mature-t RNAVal-CAC、mature-mt_t RNA-Glu-TTC、pre-t RNA-Arg-TCT、mature-t RNA-Asn-GTT、羟甲基双烷合酶(HMBS)、Wnt、β-连环蛋白(β-catenin)、谷胱甘肽过氧化物酶4(GPX4)、Kelch样ECH关联蛋白1(KEAP1)、核转录因子红系2相关因子2(Nrf2)、活化转录因子3(ATF3)、胱氨酸/谷氨酸逆向转运蛋白(x CT)、溶血磷脂酰胆碱酰基转移酶(LPCAT3)、花生四烯酸15-脂氧合酶(ALOX15)基因表达;蛋白免疫印迹法(Western blot)检测HMBS、Wnt、β-catenin、GPX4、KEAP1、Nrf2、ATF3、x CT、LPCAT3、ALOX15蛋白表达。结果:50μmol·L^(-1)Gyp-L组、100μmol·L^(-1)Gyp-L组、顺铂组、50μmol·L^(-1)Gyp-L+顺铂组及100μmol·L^(-1)Gyp-L+顺铂组显著抑制OVCAR3细胞增殖与迁移(P<0.05)并加剧细胞铁死亡,发生体现为ROS、MDA、LPO、Fe2+含量增多及GSH含量明显降低(P<0.05)。与空白组比较,Gyp-L有效干扰OVCAR3细胞25种ts RNA的表达(P<0.05,|log2Fc|>1);Gyp-L干预后,pre-t RNA-Arg-TCT/HMBS/Wnt/β-catenin/GPX4、pre-t RNA-Arg-TCT/KEAP1/Nrf2/x CT、mature-t RNA-Asp-GTC/ATF3/KEAP1/Nrf2/x CT、mature-t RNA-Asp-GTC/LPCAT3/ALOX15轴表达均发生明显异常(P<0.05)。结论:pre-t RNA-Arg-TCT/HMBS/Wnt/β-catenin/GPX4、pre-t RNA-Arg-TCT/KEAP1/Nrf2/x CT、mature-t RNA-Asp-GTC/ATF3/KEAP1/Nrf2/x CT、maturet RNA-Asp-GTC/LPCAT3/ALOX15信号通路参与OC发生发展。Gyp-L主要通过mature-t RNA-Asp-GTC/ATF3/KEAP1/Nrf2/x CT、mature-t RNA-Asp-GTC/LPCAT3/ALOX15信号轴激活OVCAR3细胞铁死亡发生,从而抑制OC发生发展。 展开更多
关键词 卵巢癌 绞股蓝皂苷L mature-tRNA-Asp-GTC pre-trna-Arg-TCT 铁死亡
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非编码RNA与RNA组学研究现状及发展态势 被引量:1
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作者 冷方伟 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2010年第10期1051-1053,共3页
人类基因组计划的完成(2001年)宣告了后基因组时代的到来,也掀起新一轮的RNA研究热潮.作为后基因组时代的科学前沿,RNA组学近年来成为生命科学领域的研究热点,各种新型ncRNA的发现,让人们对遗传信息表达调控网络有了新的认识.结合RNA领... 人类基因组计划的完成(2001年)宣告了后基因组时代的到来,也掀起新一轮的RNA研究热潮.作为后基因组时代的科学前沿,RNA组学近年来成为生命科学领域的研究热点,各种新型ncRNA的发现,让人们对遗传信息表达调控网络有了新的认识.结合RNA领域的最新研究进展,《中国科学C辑:生命科学》(Science in China Series C-Life Sciences)2009年第3期的8篇述评,从动植物小分子非编码RNA、miRNA与细胞分化发育、miRNA与肿瘤发生及诊断治疗的靶点、核酶的结构与功能、遗传印记起源、miRNA基因簇的进化等多个方面进行了综述,展现了ncRNA领域的研究现状和发展前景. 展开更多
关键词 NCRNA RNA组学 miRNA RNAI 核酶 TRNA mRNA剪接
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粟酒裂殖酵母tRNA前体3′末端加工酶Trz1p功能的研究
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作者 苏文陈 赵振 +1 位作者 冯振华 黄鹰 《安徽农业科学》 CAS 北大核心 2009年第26期12430-12432,共3页
[目的]研究粟酒裂殖酵母tRNA前体3′末端加工酶Trz1p在体内的功能,为以后进一步探索Trz1p的功能奠定基础。[方法]构建Trz1+的表达载体pREP82x-trz1-5 flag,通过醋酸锂转化法将pREP82x-trz1-5 flag转入yYH1菌株和Trz1+的缺失菌株ySS0319... [目的]研究粟酒裂殖酵母tRNA前体3′末端加工酶Trz1p在体内的功能,为以后进一步探索Trz1p的功能奠定基础。[方法]构建Trz1+的表达载体pREP82x-trz1-5 flag,通过醋酸锂转化法将pREP82x-trz1-5 flag转入yYH1菌株和Trz1+的缺失菌株ySS0319中,并进行随机孢子分析。[结果]Trz1p C-端添加5FLAG仍能促进tRNA前体3′末端的加工成熟,但Trz1-5flag不能救活Trz1+的缺失菌株。[结论]粟酒裂殖酵母Trz1p具有tRNA前体3′末端加工功能。 展开更多
关键词 粟酒裂殖酵母 tRNA前体3’末端加工 Trz1p
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Exon structure requirements for yeast tRNA ligase
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作者 刘建华 金由辛 王德宝 《Science China(Life Sciences)》 SCIE CAS 1997年第6期665-669,共5页
Different nucleotides were introduced into nucleotides 32, 37 and 38 of yeast tRNAphe precursors via oligonucleotide directed mutations. Pre-tRNAs were prepared using T7-transcription in vitro and spliced with the pur... Different nucleotides were introduced into nucleotides 32, 37 and 38 of yeast tRNAphe precursors via oligonucleotide directed mutations. Pre-tRNAs were prepared using T7-transcription in vitro and spliced with the purified yeast tRNA endonuclease and tRNA ligase. It is demonstrated that tRNA ligase activities will be inhibited by the 5’-double-stranded end of 3’-halves. 展开更多
关键词 pre-trnas SPLICING TRNA ENDONUCLEASE TRNA ligase.
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