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鸡传染性喉气管炎弱毒株FJ19株的关键基因遗传演化分析及作为候选疫苗株的安全性、有效性评价
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作者 王晨燕 张巍嘉 +4 位作者 柳珊 李亚杰 赵丽霞 刘云涛 侯博 《畜牧兽医学报》 北大核心 2026年第2期994-1007,共14页
本研究旨在分析鸡传染性喉气管炎病毒(ILTV)弱毒株FJ19株的部分关键抗原基因及毒力基因的遗传演化特点,评估FJ19株对SPF鸡的安全性和免疫原性,为ILTV FJ19株弱毒活疫苗的开发提供参考依据。通过将FJ19株进行多次尿囊腔途径接种适应后,... 本研究旨在分析鸡传染性喉气管炎病毒(ILTV)弱毒株FJ19株的部分关键抗原基因及毒力基因的遗传演化特点,评估FJ19株对SPF鸡的安全性和免疫原性,为ILTV FJ19株弱毒活疫苗的开发提供参考依据。通过将FJ19株进行多次尿囊腔途径接种适应后,对其关键抗原和毒力基因进行测序分析,点眼或口服接种14日龄SPF鸡观察其安全性,并且通过点眼或口服途径免疫14日龄SPF鸡21 d后用ILTV强毒株攻毒评价保护效果,测定免疫持续期等验证FJ19株作为弱毒活疫苗的潜力。结果显示:将FJ19株在10日龄SPF鸡胚以尿囊腔途径接种连续传代适应后,收获P0、P1、P2、P3代病毒液的EID50分别为10^(5.0)、10^(6.5)、10^(6.9)、10^(6.5)·mL^(-1)。核酸序列分析结果表明:FJ19株主要免疫原性基因gB-gC-gD-UL32和毒力相关基因gE-gI-TK-ICP4-gG-gH-gK-gL-gM-gN与弱毒株K317、Nobilis Laringovac®、LT Blen、Poulvac ILT®、Laryngo Vac和我国2009年分离株LJS09株、2012年分离株ck/CH/LHLJ/120305株、2019年分离强毒株WF03的亲缘关系较近。安全性试验显示,FJ19株以104.0EID50·羽-1的剂量(10羽份)点眼接种14日龄SPF鸡后有40%出现轻度眼炎症状,而口服接种SPF鸡未表现出明显的临床症状;当以104.0EID50·羽-1的剂量气管途径接种21日龄SPF鸡时有30%鸡出现一过性的呼吸道反应,未发生严重的ILTV感染典型症状。免疫后强毒攻毒结果显示,FJ19株以0.2羽份或1羽份的剂量点眼或口服途径免疫14日龄SPF鸡21d后,采用ILTV强毒株以104.0EID50·只-1的剂量气管攻毒后,所有免疫组的鸡均获得了至少90%的保护,未观察到明显的临床症状,而未免疫攻毒组至少有90%的鸡出现了严重的ILTV感染典型症状,FJ19株免疫后的免疫持续期至少可达6个月。ILTV FJ19株采用尿囊腔途径接种可获得高滴度病毒含量,其主要抗原基因和毒力基因与我国早期分离株和疫苗株相比未发生明显变异,通过动物试验证实点眼或口服该弱毒株对14日龄SPF鸡具有良好的安全性和免疫有效性,且免疫持续期可达6个月,通过口服接种不影响其安全性和免疫有效性。因此,ILTV弱毒株FJ19株不仅适应尿囊腔接种途径收获病毒,且具备良好的安全性和免疫有效性,还可适应口服接种途径进行免疫,是一株理想的具有潜力的弱毒疫苗候选毒株。 展开更多
关键词 传染性喉气管炎 弱毒株 遗传进化 安全性 有效性
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江苏葫芦科作物上西瓜银斑驳病毒的侵染与分子鉴定
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作者 杨柳 孙枫 +2 位作者 高晓晓 任春梅 季英华 《江苏农业学报》 北大核心 2026年第1期41-50,共10页
西瓜银斑驳病毒(Watermelon silver mottle virus,WSMoV)是正番茄斑萎病毒属(Orthotospovirus)的重要成员,由蓟马传播,可侵染葫芦科、茄科等多种作物。为明确江苏蔬菜作物上WSMoV的侵染情况、分子特征及传播来源,本研究于2023-2024年在... 西瓜银斑驳病毒(Watermelon silver mottle virus,WSMoV)是正番茄斑萎病毒属(Orthotospovirus)的重要成员,由蓟马传播,可侵染葫芦科、茄科等多种作物。为明确江苏蔬菜作物上WSMoV的侵染情况、分子特征及传播来源,本研究于2023-2024年在江苏省主要蔬菜产区采集218份疑似WSMoV感染的葫芦科作物样品,采用RT-PCR、克隆测序等技术进行病原鉴定,并将鉴定得到的WSMoV与美国国家生物信息中心数据库登录的WSMoV氨基酸序列和碱基序列进行相似性分析和系统进化树构建,分析江苏WSMoV的可能传播来源。结果表明,来自南京市江宁区、南通市海门区、徐州市贾汪区的10份黄瓜样品检测到WSMoV侵染,样品带毒率为4.59%。江苏3个地区WSMoV分离物N基因差异较大,相似度仅为91.91%。其中,徐州市贾汪区分离物(登录号PV177960)和南通市海门区分离物(登录号PV177961)序列一致,与分离物WSMoV-SJZ(登录号PQ073372)的相似度较高,并在系统进化树中聚为同一分支;而南京市江宁区分离物(登录号PV177962)与分离物THBC(登录号PQ310671)和分离物HNTG(OQ715365)相似度较高,并在系统进化树中聚为同一分支,说明感染江苏黄瓜的WSMoV可能来源于不同的地区。本研究首次报道了WSMoV在江苏蔬菜作物上的发生状况,对该病毒的传播、流行及防治策略制定具有重要意义。 展开更多
关键词 西瓜银斑驳病毒 发生 分布 分子鉴定 江苏分离物 系统进化分析
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基于形态学和DNA条形码的青藏高原东缘鼢鼠物种鉴定
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作者 蔡振媛 孔虹颖 +8 位作者 何振邦 宋鹏飞 郭凡 李斌 梁程博 胡天石 徐波 林中原 张同作 《兽类学报》 北大核心 2026年第1期116-128,共13页
物种分类和鉴定是生物学研究的基石,综合分子生物学和经典分类学方法进行物种鉴定可提高结果可靠性。本研究采用传统形态学和线粒体细胞色素b基因(Cyt b)序列对青藏高原东缘青海省海东市平安区采集的74个鼢鼠样本进行物种鉴定。头骨形... 物种分类和鉴定是生物学研究的基石,综合分子生物学和经典分类学方法进行物种鉴定可提高结果可靠性。本研究采用传统形态学和线粒体细胞色素b基因(Cyt b)序列对青藏高原东缘青海省海东市平安区采集的74个鼢鼠样本进行物种鉴定。头骨形态鉴定结果显示,尾巴被稀疏短白毛的鼢鼠个体(Pac)为甘肃鼢鼠(Eospalax cansus),而尾巴被密毛的个体(Pab)为高原鼢鼠(Eospalax baileyi)。74个鼢鼠样本的Cyt b序列共定义了25个单倍型,结合GenBank中8种鼢鼠的Cyt b序列进行分析,在构建的系统发育树中,已知8种鼢鼠序列各自聚为1个单系群,平安区Pab的16个单倍型与已知高原鼢鼠聚为一支,Pac的8个单倍型与已知甘肃鼢鼠聚为一支。遗传距离结果显示,Pac与已知甘肃鼢鼠遗传距离小于与其他物种的遗传距离(P<0.001),Pab与已知高原鼢鼠的遗传距离小于与其他物种的遗传距离(P<0.001)。Cyt b基因分析和形态鉴定结果一致,Cyt b是鼢鼠鉴定的一个有效的DNA条形码基因。综合形态学和DNA条形码鉴定结果,平安区分布着2种鼢鼠:甘肃鼢鼠和高原鼢鼠。在地理分布上,甘肃鼢鼠主要分布在平安区北部邻近黄土高原海拔相对较低的区域,高原鼢鼠则分布在南部邻近青藏高原海拔相对较高的区域。本研究加深了对平安区鼢鼠物种组成和分布特征的了解,并为解决鼢鼠物种形态鉴定难的问题提供了DNA条形码解决方案。 展开更多
关键词 DNA条形码技术 鼢鼠 Cyt b 形态 系统发育 遗传距离
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鸭星状病毒1型信阳株全基因组扩增及遗传进化分析
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作者 张敏 李迎晓 +5 位作者 张璐璐 何书海 曲哲会 秦东升 刘纪成 焦凤超 《中国畜牧兽医》 北大核心 2026年第2期959-972,共14页
【目的】了解信阳地区鸭星状病毒1型(Duck astrovirus type 1,DAstV1)流行株基因组的演化特征,为进一步研究信阳地区DAstV1的流行、遗传进化及致病特性提供参考依据。【方法】对某养殖场送检的病鸭进行禽腺病毒、禽星状病毒和鸭甲型肝... 【目的】了解信阳地区鸭星状病毒1型(Duck astrovirus type 1,DAstV1)流行株基因组的演化特征,为进一步研究信阳地区DAstV1的流行、遗传进化及致病特性提供参考依据。【方法】对某养殖场送检的病鸭进行禽腺病毒、禽星状病毒和鸭甲型肝炎病毒等12种常见病毒的PCR/RT-PCR筛查。采集病鸭肝脏组织,无菌处理后经卵黄囊途径接种10日龄SPF鸭胚,连续传代4次,并逐代收集尿囊液进行DAstV RT-PCR鉴定。对分离到的病毒进行全基因组测序,并对ORF1a、ORF1b和ORF2基因序列及其编码蛋白的氨基酸变异位点进行比对分析。【结果】送检病料筛查结果显示,禽星状病毒呈阳性。第1~4代鸭胚尿囊液中均呈DAstV1阳性,将该病毒命名为HN24XY06。第4代接种鸭胚全部死亡,死亡胚体发育不良且体表出血。HN24XY06基因组全长7 755 nt,包含ORF1a、ORF1b和ORF2 3个开放阅读框。序列比对和系统发育分析表明,HN24XY06属于DAstV1毒株,与山东分离株DAstV-SDZZ和DAstV-SDWF亲缘关系较近。ORF1a、ORF1b和ORF2蛋白的氨基酸序列分析显示,存在不同程度的突变,多发生在ORF1a编码的氨基酸序列中。【结论】本研究分离到了1株DAstV1,丰富了信阳地区DAstV1的分子流行病学资料,并为进一步研究DAstV1的致病机制奠定了基础。 展开更多
关键词 鸭星状病毒1型(DAstV1) 病毒分离与鉴定 全基因组扩增 遗传进化分析
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内蒙古番茄病毒的检测与鉴定
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作者 徐磊 刘燕 +5 位作者 孙平平 高婧 杨永青 石宇翔 李正男 张磊 《西南大学学报(自然科学版)》 北大核心 2026年第1期59-74,共16页
2021-2024年对内蒙古包头、巴彦淖尔、赤峰、鄂尔多斯、呼和浩特5个市辖番茄产区进行番茄病毒病病原种类的调查和鉴定,采集224份表现为斑驳、花叶、黄化、坏死等疑似病毒侵染的番茄叶片样品,运用RT-PCR技术分别检测苜蓿花叶病毒(alfalfa... 2021-2024年对内蒙古包头、巴彦淖尔、赤峰、鄂尔多斯、呼和浩特5个市辖番茄产区进行番茄病毒病病原种类的调查和鉴定,采集224份表现为斑驳、花叶、黄化、坏死等疑似病毒侵染的番茄叶片样品,运用RT-PCR技术分别检测苜蓿花叶病毒(alfalfa mosaic virus,AMV)、黄瓜花叶病毒(cucumber mosaic virus,CMV)、南方番茄病毒(southern tomato virus,STV)等25种RNA病毒,运用PCR技术检测番茄黄化曲叶病毒(tomato yellow leaf curl virus,TYLCV)和中国番木瓜曲叶病毒(papaya leaf curl China virus,PaLCuCNV)2种DNA病毒。检测为阳性的番茄样品克隆病毒部分基因组序列并进行系统发育、核苷酸序列一致性分析。结果显示:在内蒙古5个市辖番茄产区共鉴定到7种病毒(6种RNA病毒和1种DNA病毒),分别是AMV、CMV、STV、番茄斑驳花叶病毒(tomato mottle mosaic virus,ToMMV)、番茄花叶病毒(tomato mosaic virus,ToMV)、番茄斑萎病毒(tomato spotted wilt virus,TSWV)和TYLCV,病毒检出率为29.91%(67/224),其中ToMV的检出率最高,为20.54%(46/224),ToMMV、STV、CMV、TYLCV、TSWV次之,AMV的检出率最低,为0.45%(1/224)。发现12种复合侵染类型,总体复合侵染率为52.24%(35/67),ToMMV+ToMV(22.39%,15/67)为优势复合侵染类型。 展开更多
关键词 番茄 病毒病 分子鉴定 复合侵染 系统发育分析
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侵染云南草原龙胆的凤仙花坏死斑病毒鉴定
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作者 杨秀梅 张艺萍 +4 位作者 彭月 李金泽 黄望启 苏艳 王丽花 《园艺学报》 北大核心 2026年第1期275-284,共10页
在云南省昆明市呈贡区斗南镇进行花卉病害调查时,发现叶片表现坏死斑症状的草原龙胆植株。采集典型症状样品进行免疫试纸条检测,初步确定其病原为凤仙花坏死斑病毒(Impatiens necrotic spot virus,INSV)。利用电子显微镜观察发现直径为6... 在云南省昆明市呈贡区斗南镇进行花卉病害调查时,发现叶片表现坏死斑症状的草原龙胆植株。采集典型症状样品进行免疫试纸条检测,初步确定其病原为凤仙花坏死斑病毒(Impatiens necrotic spot virus,INSV)。利用电子显微镜观察发现直径为60~110 nm的球状病毒粒体,聚集于内质网膜内,叶绿体结构不完整,部分双层膜消失。为进一步明确病原,应用INSV的N、NSm和RdRp基因的特异性引物进行RT-PCR扩增、克隆和测序,分别获得长度为883、712和1201 bp目的基因片段。序列比对分析发现,INSV-草原龙胆云南分离物与INSV-蜘蛛兰云南分离物的N、NSm基因氨基酸序列相似性达100%,与INSV-紫娇花云南分离物的RdRp基因氨基酸序列相似性达99.7%。基于INSV的N、NSm和RdRp基因序列构建系统进化树,发现INSV云南分离物之间的亲缘关系较近。综合试纸条检测、病毒粒体形态观察与分类相关基因的序列比对分析结果,明确感染云南草原龙胆的病毒为INSV。 展开更多
关键词 草原龙胆 凤仙花坏死斑病毒 N基因 NSm基因 RdRp基因 系统进化树
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四川肉牛源疣状毛癣菌的分离鉴定、系统发育分析与药敏试验
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作者 王娅 李志国 +3 位作者 罗荣艳 刘瑞国 左之才 马晓平 《中国畜牧兽医》 北大核心 2026年第1期459-468,共10页
【目的】探究四川肉牛真菌性皮肤病的病原,为该病的防治提供参考。【方法】采集四川各地疑似皮肤癣病的患畜皮屑,用三点接种法将采集的样本接种于皮肤癣菌鉴别培养基,将分离得到的菌株经内部转录间隔区(ITS)序列扩增后通过NCBI数据库BL... 【目的】探究四川肉牛真菌性皮肤病的病原,为该病的防治提供参考。【方法】采集四川各地疑似皮肤癣病的患畜皮屑,用三点接种法将采集的样本接种于皮肤癣菌鉴别培养基,将分离得到的菌株经内部转录间隔区(ITS)序列扩增后通过NCBI数据库BLAST分析基因相似性并构建系统发育树,以10^(7) CFU/mL分离菌孢子悬液感染免疫抑制小鼠,观察临床症状和病理学特征,微量二倍稀释法探究分离菌耐药表型。【结果】从24个样本中分离到10株真菌(rntv01~rntv10)。PCR扩增结果显示,分离株均得到大小为681 bp的扩增片段;BLAST比对结果显示,分离株与疣状毛癣菌相似性为97%~100%;动物试验结果显示,免疫抑制小鼠感染该菌后皮肤出现被毛脱落、结痂、皮屑增多等症状,HE染色后观察到表皮角质层角化不全、炎性细胞增生,PAS染色后观察到大量菌丝侵染;药敏试验结果显示,除rntv10外,其余菌株对两性霉素B中介;分离菌对伊曲康唑敏感性不同,rntv09、rntv10敏感,rntv01、rntv04~rntv08中介,rntv02、rntv03耐药;rntv10对酮康唑敏感、对5-氟胞嘧啶中介,其余菌株均为耐药株;所有菌株对环吡酮胺中介,对氟康唑和特比萘芬耐药。【结论】四川肉牛真菌性皮肤病主要病原是疣状毛癣菌,该菌可引起小鼠皮肤的侵袭性感染,患病牛可用两性霉素B、伊曲康唑或环吡酮胺进行治疗。 展开更多
关键词 肉牛 疣状毛癣菌 分离鉴定 ITS序列 系统发育分析 药敏试验
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大练岛半自然林林下群落谱系结构及其影响因子
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作者 钱志军 许艳蓉 +5 位作者 周宏骏 欧婧瑶 王晓盈 黄运腾 何雅琴 邓传远 《中南林业科技大学学报》 北大核心 2026年第2期147-156,共10页
【目的】探讨福建省平潭大练岛半自然林林下灌草层谱系结构的形成机制及其与环境因子和建群种的关系,揭示植物群落物种多样性的维持机制,为海岛植物生物多样性保护提供科学依据。【方法】在大练岛森林群落中设置18个乔木样方,调查其林... 【目的】探讨福建省平潭大练岛半自然林林下灌草层谱系结构的形成机制及其与环境因子和建群种的关系,揭示植物群落物种多样性的维持机制,为海岛植物生物多样性保护提供科学依据。【方法】在大练岛森林群落中设置18个乔木样方,调查其林下物种组成,构建群落谱系树并计算最近类群指数(NTI),结合气候、地形、土壤及建群种重要值数据,通过模型筛选和结构方程模型(SEM)解析影响谱系结构的关键因子及其作用路径。【结果】1)大练岛半自然林林下灌草层谱系结构以聚集为主,灌木层有14个样方表现为谱系聚集,草本层有15个样方表现为谱系聚集;2)木麻黄和台湾相思的重要值显著增加灌木层NTI指数,而海拔、干旱指数和距大陆距离通过影响建群种分布间接调控灌木层谱系结构;3)木麻黄和滨柃通过调节土壤碱解氮水平对草本层NTI产生显著间接影响,土壤养分(碱解氮、有效磷和速效钾)直接调控草本层谱系结构,其中碱解氮和有效磷对草本层NTI指数存在显著负效应,速效钾则表现出正效应。【结论】环境过滤是大练岛半自然林林下灌草层物种共存和生物多样性维持的重要机制。建群种(木麻黄和台湾相思)在灌木层谱系结构中起主导作用,而土壤养分和其他环境因子(如海拔、干旱指数、距海岸距离)通过直接或间接途径共同塑造了林下灌草层的谱系结构。未来研究需进一步结合功能性状验证谱系生态位保守性,并探讨人为干扰对群落构建的影响。 展开更多
关键词 半自然林 海岛植被 群落谱系结构 环境过滤
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两种凤蝶线粒体基因组特征比较及分子进化分析
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作者 彭树英 李俊兰 +3 位作者 金雨梦 李慧宇 刘菁娴 张旭 《淮北师范大学学报(自然科学版)》 2026年第1期35-41,共7页
为比较灰绒麝凤蝶(Byasa alcinous)和玉带美凤蝶(Papilio polytes)线粒体基因组特征的差异,并了解2种凤蝶与其他蝶类间的系统进化关系,文章对2种凤蝶线粒体基因组序列进行测定和分析。结果表明:灰绒麝凤蝶和玉带美凤蝶线粒体DNA全长分别... 为比较灰绒麝凤蝶(Byasa alcinous)和玉带美凤蝶(Papilio polytes)线粒体基因组特征的差异,并了解2种凤蝶与其他蝶类间的系统进化关系,文章对2种凤蝶线粒体基因组序列进行测定和分析。结果表明:灰绒麝凤蝶和玉带美凤蝶线粒体DNA全长分别为15266 bp和15260 bp,线粒体基因组成均表现出明显的AT偏好性,A+T含量分别为81.09%和80.25%。基于线粒体全基因组构建的NJ系统进化树表明,2种凤蝶均属于凤蝶亚科(Papilioninae)。研究丰富了蝶类线粒体基因组数据,为凤蝶科分子进化研究提供一定的基础数据。 展开更多
关键词 凤蝶科 灰绒麝凤蝶 玉带美凤蝶 线粒体基因组 进化分析
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一株新的魔芋软腐病致病菌的生物学特性及基因组分析
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作者 刘长命 张新悦 +3 位作者 杨昕萌 刘阳 李玥涵 汪可清 《生物技术通报》 北大核心 2026年第1期294-304,共11页
【目的】从魔芋球茎中首次分离到1株软腐病致病菌株(Raoultella ornithinolytica Q-8,登录号:CP173279),从全基因组层面对其进行序列分析和基因功能注释,为深入研究该菌株的致病机理和对其有效防治提供理论依据。【方法】利用3代全基因... 【目的】从魔芋球茎中首次分离到1株软腐病致病菌株(Raoultella ornithinolytica Q-8,登录号:CP173279),从全基因组层面对其进行序列分析和基因功能注释,为深入研究该菌株的致病机理和对其有效防治提供理论依据。【方法】利用3代全基因组测序技术,通过Canu、Prodigal、RepeatMasker等软件对基因组数据进行组装和基因预测,利用KEGG、PHI-base等12个数据库进行功能注释和对比分析,并根据基因组ORF序列利用FastTree2构建系统发育树。【结果】R.ornithinolytica Q-8基因组总长度为5.44 Mb,GC含量55.9%,含有4962个编码基因、6个假基因、11个基因岛、25个rRNA、129个其他ncRNA及16种不同类型的CRISPR系统。其中有4833个基因被注释到22个基因簇中,3126个基因被富集到114条代谢通路中,有1714个运输蛋白相关基因、18个抗生素耐药相关基因、1854个病原体宿主互作相关基因和1067个毒力因子相关基因。系统发育树分析结果表明,R.ornithinolytica Q-8与其他8株R.ornithinolytica聚在一大分支,而与已报道的2种魔芋软腐病病原菌P.carotovorum和D.chrysanthemi距离较远。【结论】R.ornithinolytica Q-8是1株新的魔芋软腐病致病菌,其基因组中存在多个抗生素耐药基因和病原菌宿主互作基因,这些基因可能在其致病中发挥着重要作用。 展开更多
关键词 花魔芋 软腐病 解鸟氨酸拉乌尔菌 进化树分析 全基因组分析
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马家柚线粒体基因组序列特征、密码子偏好性及系统发育分析
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作者 尹明华 柯子妍 +3 位作者 余璐 邱梦婷 周佳慧 徐文萱 《西北农林科技大学学报(自然科学版)》 北大核心 2026年第3期46-55,共10页
【目的】探明马家柚[Citrus maxima(L.)Osbeck cv.‘Majiayou’]线粒体基因组结构特征及系统发育关系。【方法】利用高通量测序技术对马家柚线粒体基因组进行测序,并利用生物信息学相关软件对该线粒体基因组进行组装、注释、图谱绘制以... 【目的】探明马家柚[Citrus maxima(L.)Osbeck cv.‘Majiayou’]线粒体基因组结构特征及系统发育关系。【方法】利用高通量测序技术对马家柚线粒体基因组进行测序,并利用生物信息学相关软件对该线粒体基因组进行组装、注释、图谱绘制以及序列特征分析,并基于线粒体基因组构建柑橘属5个物种的系统发育树。【结果】马家柚线粒体基因组大小为516383 bp,呈完整单环状结构,GC含量为45.15%;注释到65个基因,其中包括35个编码蛋白基因、27个tRNA基因和3个rRNA基因。马家柚线粒体基因组共鉴定出64个SSR(A/T单核苷酸重复占主导地位)和100个Longrepeat序列(51个正向重复和49个回文重复)。马家柚线粒体基因组的密码子偏性较弱,偏好以A、U结尾。马家柚线粒体基因组密码子使用偏好性受内部突变和自然选择的双重影响,其中自然选择对密码子使用偏好性的影响更大。马家柚线粒体基因组的最优密码子为22个(AAU、GAU、UGU、CAA、AAA、UUU、UAU、AUU、AUG、UAA、GGA、GGU、CCA、CCU、ACU、GUA、GUU、CGA、CGU、UUA、UCA和UCU),多以A、U结尾。马家柚线粒体基因组与甜橙线粒体基因组的共线性较高,两者的亲缘关系较近。马家柚有21个叶绿体基因片段转移到线粒体基因组,转移片段的总长度为12195 bp。【结论】探明了马家柚线粒体基因组序列特征和密码子偏好性;马家柚与甜橙的遗传关系最近。 展开更多
关键词 马家柚 柑橘属植物 线粒体基因组 密码子偏好性 系统发育分析
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2023-2025年北京地区儿童呼吸道合胞病毒感染的分子流行病学特征
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作者 黄娟 李启亮 +8 位作者 李飞 刘颖 朱云 黄陆慈 田晓怡 曹树辉 张伟 谢正德 陈祥鹏 《中华微生物学和免疫学杂志》 北大核心 2026年第1期58-66,共9页
目的分析2023—2025年北京地区急性呼吸道感染儿童中呼吸道合胞病毒(respiratory syncytial virus,RSV)分子流行病学特征。方法收集2023年1月—2025年6月首都医科大学附属北京儿童医院急性呼吸道感染门诊患者呼吸道样本及病例临床信息。... 目的分析2023—2025年北京地区急性呼吸道感染儿童中呼吸道合胞病毒(respiratory syncytial virus,RSV)分子流行病学特征。方法收集2023年1月—2025年6月首都医科大学附属北京儿童医院急性呼吸道感染门诊患者呼吸道样本及病例临床信息。对RSV阳性样本进行黏附糖蛋白(attachment glycoprotein,G)基因第二高变区测序并利用MEGA 11.0、NetNGlyc 1.0软件进行系统发育、位点变异及N-糖基化位点分析。统计学分析采用卡方检验。结果在儿童急性呼吸道感染送检病例样本中,RSV检出率为7.77%(5532/71214),2023年5月检出率最高(25.24%,179/709)。RSV阳性患儿男女比例为1∶1.38,≤5岁儿童占82.77%(4579/5532)。RSV阳性患儿比例在不同性别(χ^(2)=437.1,P<0.001)、年龄(χ^(2)=3290.3,P<0.001)和年份(χ^(2)=1466.0,P<0.001)之间差异有统计学意义。对RSV阳性样本进行测序分析,成功获得169条G基因第二高变区序列(58条RSV A亚型和111条RSV B亚型)。系统发育和遗传多样性分析发现,58条RSV A亚型流行株均属于ON1基因型,核苷酸(氨基酸)序列一致性为90.0%~99.7%(80.0%~99.0%),平均遗传距离为0.048;111条RSV B亚型流行株均属于BA9基因型,核苷酸(氨基酸)序列一致性为90.0%~99.6%(80.0%~99.0%),平均遗传距离为0.028。ON1和BA9基因型分别存在11和12个突变频率超过50%氨基酸位点,其中ON1基因型中L274P(96.55%)和BA9基因型中I279T/T288I/T310I(100.00%)突变频率最高。系统进化分析提示国内RSV流行株在2015—2017、2018—2022、2023—2025年分别聚集成簇,但在南北地域分布上未观察到显著差异。ON1基因型中有84.48%(49/58)发生318位N-糖基化位点缺失;BA9基因型中有1.80%(2/111)发生228位N-糖基化位点缺失,0.90%(1/111)发生294位N-糖基化位点缺失。结论RSV ON1和BA9基因型仍是北京地区流行的绝对优势基因型别,与国内南、北方其他地区呈现RSV共流行趋势。与参考株比较,RSV ON1和BA9基因型出现多个氨基酸位点变异且存在N-糖基化位点变化。RSV的不断进化,提示我们应持续加强RSV的检测及监测,以便及时获得新的流行及变异进化数据。 展开更多
关键词 呼吸道合胞病毒 遗传变异 分子流行病学 系统发育分析
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Critical re-assessment of species diversity of marketed wild edible mushroom‘dahongjun’
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作者 ZHANG Pei LI Yuwu +5 位作者 CAO Shuqin WANG Jing SU Kaimei LI Shuhong BUYCK Bart WANG Xianghua 《菌物学报》 北大核心 2026年第2期10-31,共22页
The informal term‘dahongjun’or‘big red mushroom’is a group of red-coloured russulas widely collected and consumed in southern China,originally mistakenly recognized as the European Russula vinosa.Russula griseocar... The informal term‘dahongjun’or‘big red mushroom’is a group of red-coloured russulas widely collected and consumed in southern China,originally mistakenly recognized as the European Russula vinosa.Russula griseocarnosa was described from China in 2009,and since then,it has become the only available scientific name for‘dahongjun’.Nevertheless,several lineages exist within this complex,and whether these lineages represent real species is still an open question.Sampling in major producing areas of‘dahongjun’and phylogenetic species recognition using multi-locus data were conducted.Besides R.griseocarnosa nine additional species were identified under the commercial name‘dahongjun’,including R.dhakuriana,R.quercina,R.purpureozonata,R.yanheensis and a new species sister to R.griseocarnosa here described as R.occulta.The others were undescribed species close to R.laricina,R.lepida,and R.purpureozonata respectively.Six evolutionary lineages within R.griseocarnosa were defined by genealogical concordance phylogenetic species recognition based on five-locus DNA data.Conflicts among different genealogies suggested that R.griseocarnosa is best considered as a single phylogenetic species,comprising several infraspecific taxa.Lower coverage whole genome sequencing of R.griseocarnosa holotype discovered that its three individuals belong to three different clades.Lectotypification was made using one of the three individuals.A new variety R.griseocarnosa var.ailaoshanensis is described to name one of the terminal clades that is mainly distributed in Ailao Mountains.This variety differs morphologically from the type variety in its nearly white context,bigger spores and more inflated hyphae in the pileipellis.The morphological and molecular data provided in this study are helpful to identify wild edible mushrooms of Russula subgen.Russula. 展开更多
关键词 China LECTOTYPE new species phylogenetic species recognition RUSSULA wild edible fungi
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新疆干旱荒漠区被孢霉菌株的筛选及其油脂组成分析
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作者 冯玉莲 唐琦勇 +5 位作者 朱静 马正海 张志东 李梅 李雪 江星彤 《食品与发酵工业》 北大核心 2026年第1期138-144,共7页
被孢霉(Mortierella)广泛存在于自然界中,可以产生大量的功能性油脂和多不饱和脂肪酸,具有较高的经济价值。为了深入挖掘干旱荒漠地区Mortierella资源,对托克逊干旱地区进行土壤样品采集,采用梯度稀释法分离纯化Mortierella菌株,利用IT... 被孢霉(Mortierella)广泛存在于自然界中,可以产生大量的功能性油脂和多不饱和脂肪酸,具有较高的经济价值。为了深入挖掘干旱荒漠地区Mortierella资源,对托克逊干旱地区进行土壤样品采集,采用梯度稀释法分离纯化Mortierella菌株,利用ITS基因序列比对初步明确菌株的分类定位并进一步测定菌株的抗逆、产酶及产油特性。实验共分离获得3株Mortierella,经ITS基因序列比对归属于Mortierella属的2个种,菌株2-1-4和10-1-F1与最为邻近的模式菌株Mortierella antarctica CBS 609.70 T同源性为94.69%,菌株3-2与Mortierella globalpina KUMCC 20-0009 T的同源性为95.87%。相似度<99%,初步确定为Mortierella属的潜在新种。3株菌均可在4~35℃生长,具有较好的耐盐碱性,并可以产生淀粉酶和脂肪酶。菌株脂肪酸含量及成分分析发现,不同培养基对菌株产油量具有显著影响。利用产油培养基发酵,菌株2-1-4产油量最高,可达1.33 g/L。该菌油脂主要以软脂酸、花生四烯酸和油酸为主,分别占总油脂的17.71%、9.94%和32.58%。该研究获得3株Mortierella菌株潜在新种,具有较强的抗逆特性和产油潜力,为进一步挖掘和利用相关Mortierella资源提供了研究基础和科学依据。 展开更多
关键词 被孢霉属 新种 形态学特征 系统发育分析 产油评估
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美花卷瓣兰与长花石豆兰的叶绿体基因组比较和系统发育分析
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作者 邹婉霞 欧阳勤森 +2 位作者 田海娟 郝静静 卓书斌 《热带作物学报》 北大核心 2026年第2期336-349,共14页
为明确石豆兰属植物叶绿体基因组的结构特征与系统发育关系,本研究对美花卷瓣兰(Bulbophyllum rothschildianum)和长花石豆兰(Bulbophyllum longissimum)的叶绿体基因组进行测序、组装与注释,并与已发表的4种石豆兰属植物叶绿体基因组... 为明确石豆兰属植物叶绿体基因组的结构特征与系统发育关系,本研究对美花卷瓣兰(Bulbophyllum rothschildianum)和长花石豆兰(Bulbophyllum longissimum)的叶绿体基因组进行测序、组装与注释,并与已发表的4种石豆兰属植物叶绿体基因组数据开展密码子偏好、重复序列及序列变异比较分析。结果显示:美花卷瓣兰和长花石豆兰的叶绿体基因组分别为148447、151095 bp,均呈典型环状四分体结构,分别包含126、129个功能基因;亮氨酸密码子偏好性最强,以A/U结尾密码子占比较高;SSR以单核苷酸重复(A/T类型)为主,长重复序列多为回文重复;变异区域集中于非编码区和部分编码基因(如matK、ycf1等),IR/SC边界存在扩张收缩差异;系统发育分析表明,32个石豆兰属物种在系统树上形成高支持率的进化分支,并呈现出亚洲类群与中南美洲类群2个地理分支的明显分化,其中美花卷瓣兰与长花石豆兰在亚洲类群内聚为一支,亲缘关系较近。本研究为石豆兰属植物的资源开发、遗传保护和系统发育研究提供分子依据。 展开更多
关键词 美花卷瓣兰 长花石豆兰 叶绿体基因组 比较基因组学 系统发育分析
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尖鳍鮈线粒体全基因组的测定及鮈亚科系统发育分析
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作者 吴冰倩 张丽 +8 位作者 夏深圳 杨圆圆 马玉兰 李志恒 柳方 杨钰盟 朱海林 岳城 郝翠兰 《水生生物学报》 北大核心 2026年第1期83-93,共11页
为了解尖鳍鮈(Gobio acutipinnatus)线粒体基因组特征及其在鮈亚科(Gobioninae)中的系统发育地位,本研究测定了尖鳍鮈的线粒体全基因组,分析了其线粒体基因组结构特征,并基于13个蛋白编码基因的核苷酸序列数据,构建了鮈亚科分子系统发... 为了解尖鳍鮈(Gobio acutipinnatus)线粒体基因组特征及其在鮈亚科(Gobioninae)中的系统发育地位,本研究测定了尖鳍鮈的线粒体全基因组,分析了其线粒体基因组结构特征,并基于13个蛋白编码基因的核苷酸序列数据,构建了鮈亚科分子系统发育树。结果表明,尖鳍鮈线粒体基因组全长为16608 bp,由13个蛋白质编码基因、2个rRNA基因、22个tRNA基因、1个非编码区及1个OL区组成;碱基组成显示AT偏好性(A+T含量54.90%);其中蛋白编码基因nad6及8个tRNA基因(trnQ、trnA、trnN、trnC、trnY、trnS2、trnE和trnP)位于轻链,其余28个基因均位于重链;在22个tRNA基因中,仅trnS1的二级结构缺失DHU臂,其余tRNA均形成典型三叶草型二级结构,共检测到57个非标准G-U错配。基于13个蛋白编码基因构建系统发育树显示:蛇鮈属(Saurogobio)嵌入在鮈属内部,并与中鮈属(Mesogobio)和刺鮈属(Acanthogobio)形成一个分支。尖鳍鮈(Gobio acutipinnatus)与Gobio occitaniae、犬首鮈(Gobio cynocephalus)、Gobio lozanoi、大头鮈(Gobio macrocephalus)、高体鮈(Gobio soldatovi)、鮈(Gobio gobio)等鮈属物种聚为一支。本研究阐明了尖鳍鮈完整的线粒体基因组的结构特征,明确了其系统发育位置,为理解该物种在鮈属及鮈亚科中的分类关系提供了关键分子证据。 展开更多
关键词 线粒体基因组 基因测序 系统发育分析 尖鳍鮈
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四川美姑大风顶自然保护区森林群落谱系结构特征
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作者 潘婷 憨宏艳 +5 位作者 刘小娟 贾孟兴 曲比石布 龚亿华 张军 甘小洪 《生态学杂志》 北大核心 2026年第2期521-529,共9页
通过研究群落谱系结构,可以从进化和生态的角度探究群落构建成因。基于四川美姑大风顶自然保护区4个不同地势的小型样地调查数据,构建物种间的系统发育树,分析不同空间和不同径级尺度群落谱系结构。研究发现,4个小型样地净谱系亲缘关系... 通过研究群落谱系结构,可以从进化和生态的角度探究群落构建成因。基于四川美姑大风顶自然保护区4个不同地势的小型样地调查数据,构建物种间的系统发育树,分析不同空间和不同径级尺度群落谱系结构。研究发现,4个小型样地净谱系亲缘关系指数(NRI)均小于0,群落谱系发散,其发散程度随空间尺度的增大而增加,但随径级尺度增加呈现先减少后增加再减少趋势。小径级在小空间尺度表现为生境过滤主导的谱系聚集(NRI>0);大径级表现为由竞争排斥主导的谱系发散(NRI<0),其发散程度随径级和空间尺度增加而增大。结果表明,生态位理论介导的竞争排斥在四川美姑大风顶自然保护区森林群落构建发挥重要作用。 展开更多
关键词 森林群落 谱系发散 空间尺度 径级
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古尔班通古特沙漠植物多样性与生产力的关系及其驱动因素
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作者 梁月佳 曾勇 +3 位作者 古力米拉·努尔买买提 施枫芝 王鹏 程欣雨 《生态学报》 北大核心 2026年第1期555-567,共13页
在全球生物多样性丧失的背景下,生物多样性与生产力关系的研究,现已成为生态学与保护生物学研究的核心问题。以古尔班通古特沙漠的植物群落为对象,基于2018年与2023年采集的9个大样地中90个样方的调查数据,通过线性回归、Pearson相关分... 在全球生物多样性丧失的背景下,生物多样性与生产力关系的研究,现已成为生态学与保护生物学研究的核心问题。以古尔班通古特沙漠的植物群落为对象,基于2018年与2023年采集的9个大样地中90个样方的调查数据,通过线性回归、Pearson相关分析、随机森林模型以及结构方程模型等方法,研究物种多样性、系统发育多样性与生产力之间的相互关系,并探讨影响生产力-多样性关系的驱动因素。结果表明:(1)物种多样性、系统发育多样性与生产力之间有显著的正相关关系,体现了生态位互补假说在植物多样性与生产力联系中具有重要作用;(2)土壤含水量、土壤全氮和年均降水量这三个环境因子均与物种多样性、系统发育多样性和生产力显著正相关;(3)在流动沙丘、半固定沙丘、固定沙丘这三个微生境中土壤含水量是影响群落生产力最主要的非生物因素;(4)结构方程模型结果显示,土壤含水量对生产力既有直接效应也有间接效应,年均降水量与土壤全氮对生产力有间接效应,主要通过影响物种多样性或系统发育多样性来间接影响生产力。因此,土壤含水量、土壤全氮和年均降水量是古尔班通古特沙漠生产力-多样性关系的主要驱动因素,生境过滤主导了群落构建。研究将为荒漠生态系统功能的恢复与生物多样性的保护提供科学依据。 展开更多
关键词 荒漠生态系统 生产力 物种多样性 系统发育多样性 环境因子
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梨树枝枯病病原菌鉴定与生防细菌筛选
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作者 朱桐 武崇高 +2 位作者 逯昕明 刘雪峰 刁桂萍 《果树学报》 北大核心 2026年第2期356-367,共12页
【目的】明确引起哈尔滨梨树枝枯病的病原菌种类,筛选高效的生防菌株。【方法】利用单孢分离法分离纯化病原菌,依据柯赫氏法则对该病害开展致病性试验,通过形态学观察与ITS+LSU+Tef-1α三基因系统发育学分析鉴定病原菌;利用组织分离法... 【目的】明确引起哈尔滨梨树枝枯病的病原菌种类,筛选高效的生防菌株。【方法】利用单孢分离法分离纯化病原菌,依据柯赫氏法则对该病害开展致病性试验,通过形态学观察与ITS+LSU+Tef-1α三基因系统发育学分析鉴定病原菌;利用组织分离法与平板对峙法筛选高效生防细菌,并结合形态学与生理生化特征以及16S rRNA+gyrB二基因系统发育学分析进行菌种鉴定。【结果】LA-1纯菌株可以使梨树枝条表现出枝枯症状,LA-1形态学特征与Aplosporella ginkgonis相似,系统发育树显示LA-1与A.ginkgonis模式菌株聚为一簇;从梨树枝条中分离出的生防细菌B10对病原菌LA-1具有良好的抑制作用。经鉴定,该菌株为贝莱斯芽孢杆菌(Bacillus velezensis),其产生的抑菌物质热稳定性较高,可以抑制多种林木枝干病原菌生长。【结论】梨树枝枯病的病原菌为A.ginkgonis菌株LA-1,贝莱斯芽孢杆菌B10对LA-1具有良好的治疗效果。 展开更多
关键词 枝枯病 系统发育分析 新发病害 生防细菌
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