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鸡传染性喉气管炎弱毒株FJ19株的关键基因遗传演化分析及作为候选疫苗株的安全性、有效性评价
1
作者 王晨燕 张巍嘉 +4 位作者 柳珊 李亚杰 赵丽霞 刘云涛 侯博 《畜牧兽医学报》 北大核心 2026年第2期994-1007,共14页
本研究旨在分析鸡传染性喉气管炎病毒(ILTV)弱毒株FJ19株的部分关键抗原基因及毒力基因的遗传演化特点,评估FJ19株对SPF鸡的安全性和免疫原性,为ILTV FJ19株弱毒活疫苗的开发提供参考依据。通过将FJ19株进行多次尿囊腔途径接种适应后,... 本研究旨在分析鸡传染性喉气管炎病毒(ILTV)弱毒株FJ19株的部分关键抗原基因及毒力基因的遗传演化特点,评估FJ19株对SPF鸡的安全性和免疫原性,为ILTV FJ19株弱毒活疫苗的开发提供参考依据。通过将FJ19株进行多次尿囊腔途径接种适应后,对其关键抗原和毒力基因进行测序分析,点眼或口服接种14日龄SPF鸡观察其安全性,并且通过点眼或口服途径免疫14日龄SPF鸡21 d后用ILTV强毒株攻毒评价保护效果,测定免疫持续期等验证FJ19株作为弱毒活疫苗的潜力。结果显示:将FJ19株在10日龄SPF鸡胚以尿囊腔途径接种连续传代适应后,收获P0、P1、P2、P3代病毒液的EID50分别为10^(5.0)、10^(6.5)、10^(6.9)、10^(6.5)·mL^(-1)。核酸序列分析结果表明:FJ19株主要免疫原性基因gB-gC-gD-UL32和毒力相关基因gE-gI-TK-ICP4-gG-gH-gK-gL-gM-gN与弱毒株K317、Nobilis Laringovac®、LT Blen、Poulvac ILT®、Laryngo Vac和我国2009年分离株LJS09株、2012年分离株ck/CH/LHLJ/120305株、2019年分离强毒株WF03的亲缘关系较近。安全性试验显示,FJ19株以104.0EID50·羽-1的剂量(10羽份)点眼接种14日龄SPF鸡后有40%出现轻度眼炎症状,而口服接种SPF鸡未表现出明显的临床症状;当以104.0EID50·羽-1的剂量气管途径接种21日龄SPF鸡时有30%鸡出现一过性的呼吸道反应,未发生严重的ILTV感染典型症状。免疫后强毒攻毒结果显示,FJ19株以0.2羽份或1羽份的剂量点眼或口服途径免疫14日龄SPF鸡21d后,采用ILTV强毒株以104.0EID50·只-1的剂量气管攻毒后,所有免疫组的鸡均获得了至少90%的保护,未观察到明显的临床症状,而未免疫攻毒组至少有90%的鸡出现了严重的ILTV感染典型症状,FJ19株免疫后的免疫持续期至少可达6个月。ILTV FJ19株采用尿囊腔途径接种可获得高滴度病毒含量,其主要抗原基因和毒力基因与我国早期分离株和疫苗株相比未发生明显变异,通过动物试验证实点眼或口服该弱毒株对14日龄SPF鸡具有良好的安全性和免疫有效性,且免疫持续期可达6个月,通过口服接种不影响其安全性和免疫有效性。因此,ILTV弱毒株FJ19株不仅适应尿囊腔接种途径收获病毒,且具备良好的安全性和免疫有效性,还可适应口服接种途径进行免疫,是一株理想的具有潜力的弱毒疫苗候选毒株。 展开更多
关键词 传染性喉气管炎 弱毒株 遗传进化 安全性 有效性
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基于全基因组测序的青海省结核分枝杆菌耐药基因突变特征分析
2
作者 王朝才 钱骏 +4 位作者 刘巧 徐莉立 蒋明霞 晁秀珍 刘燕 《中国热带医学》 北大核心 2026年第3期350-358,共9页
目的揭示青海省结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis,Mtb)的群体结构、耐药特征及传播动态,为该地区高负担结核病精准防控提供分子流行病学依据。方法纳入2015—2024年间青海省194例结核病患者临床分离菌株,采用全基因组测序(whole... 目的揭示青海省结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis,Mtb)的群体结构、耐药特征及传播动态,为该地区高负担结核病精准防控提供分子流行病学依据。方法纳入2015—2024年间青海省194例结核病患者临床分离菌株,采用全基因组测序(whole genome sequencing,WGS)技术,通过核心基因组单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)分析,对菌株进行谱系分型、耐药基因突变检测,并构建系统发育树以评估遗传聚类和近期传播事件。结果青海省Mtb菌株总体耐药率为30.4%(59/194),其中单耐药、耐多药(multidrug-resistant tuberculosis,MDR-TB)和准广泛耐药(pre-extensively drug-resistant tuberculosis,Pre-XDR-TB)分别占21.6%、4.1%和0.5%,以链霉素耐药率最高(15.5%)。群体遗传结构分析显示,谱系2(L2)是绝对优势谱系(83.2%,159/191),其中L2.2.1亚谱系最为流行(66.5%)。WGS检测出启动子区突变、非同义突变(氨基酸改变)和同义突变(核苷酸改变),以rpsL、katG和rpoB基因突变为主。WGS耐药突变检测结果与临床治疗结局显著相关(P<0.05)。基于SNP遗传距离≤12的遗传聚类分析识别出16个传播簇,涵盖57株菌株,总聚类率为29.4%。多因素分析表明,Pre-XDR-TB菌株较敏感菌株更易形成传播簇(P<0.05),且2015—2017年的分离株成簇率显著高于2023—2024年。结论青海省Mtb流行以L2谱系克隆传播为主导,患者对常用抗结核药物耐药性高,突变类型多样。需重点关注菌株的近期传播特征,为制定“簇水平干预”精准防控策略提供依据。 展开更多
关键词 结核分枝杆菌 全基因组测序 耐药 基因聚类 进化树
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江苏葫芦科作物上西瓜银斑驳病毒的侵染与分子鉴定
3
作者 杨柳 孙枫 +2 位作者 高晓晓 任春梅 季英华 《江苏农业学报》 北大核心 2026年第1期41-50,共10页
西瓜银斑驳病毒(Watermelon silver mottle virus,WSMoV)是正番茄斑萎病毒属(Orthotospovirus)的重要成员,由蓟马传播,可侵染葫芦科、茄科等多种作物。为明确江苏蔬菜作物上WSMoV的侵染情况、分子特征及传播来源,本研究于2023-2024年在... 西瓜银斑驳病毒(Watermelon silver mottle virus,WSMoV)是正番茄斑萎病毒属(Orthotospovirus)的重要成员,由蓟马传播,可侵染葫芦科、茄科等多种作物。为明确江苏蔬菜作物上WSMoV的侵染情况、分子特征及传播来源,本研究于2023-2024年在江苏省主要蔬菜产区采集218份疑似WSMoV感染的葫芦科作物样品,采用RT-PCR、克隆测序等技术进行病原鉴定,并将鉴定得到的WSMoV与美国国家生物信息中心数据库登录的WSMoV氨基酸序列和碱基序列进行相似性分析和系统进化树构建,分析江苏WSMoV的可能传播来源。结果表明,来自南京市江宁区、南通市海门区、徐州市贾汪区的10份黄瓜样品检测到WSMoV侵染,样品带毒率为4.59%。江苏3个地区WSMoV分离物N基因差异较大,相似度仅为91.91%。其中,徐州市贾汪区分离物(登录号PV177960)和南通市海门区分离物(登录号PV177961)序列一致,与分离物WSMoV-SJZ(登录号PQ073372)的相似度较高,并在系统进化树中聚为同一分支;而南京市江宁区分离物(登录号PV177962)与分离物THBC(登录号PQ310671)和分离物HNTG(OQ715365)相似度较高,并在系统进化树中聚为同一分支,说明感染江苏黄瓜的WSMoV可能来源于不同的地区。本研究首次报道了WSMoV在江苏蔬菜作物上的发生状况,对该病毒的传播、流行及防治策略制定具有重要意义。 展开更多
关键词 西瓜银斑驳病毒 发生 分布 分子鉴定 江苏分离物 系统进化分析
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基于形态学和DNA条形码的青藏高原东缘鼢鼠物种鉴定
4
作者 蔡振媛 孔虹颖 +8 位作者 何振邦 宋鹏飞 郭凡 李斌 梁程博 胡天石 徐波 林中原 张同作 《兽类学报》 北大核心 2026年第1期116-128,共13页
物种分类和鉴定是生物学研究的基石,综合分子生物学和经典分类学方法进行物种鉴定可提高结果可靠性。本研究采用传统形态学和线粒体细胞色素b基因(Cyt b)序列对青藏高原东缘青海省海东市平安区采集的74个鼢鼠样本进行物种鉴定。头骨形... 物种分类和鉴定是生物学研究的基石,综合分子生物学和经典分类学方法进行物种鉴定可提高结果可靠性。本研究采用传统形态学和线粒体细胞色素b基因(Cyt b)序列对青藏高原东缘青海省海东市平安区采集的74个鼢鼠样本进行物种鉴定。头骨形态鉴定结果显示,尾巴被稀疏短白毛的鼢鼠个体(Pac)为甘肃鼢鼠(Eospalax cansus),而尾巴被密毛的个体(Pab)为高原鼢鼠(Eospalax baileyi)。74个鼢鼠样本的Cyt b序列共定义了25个单倍型,结合GenBank中8种鼢鼠的Cyt b序列进行分析,在构建的系统发育树中,已知8种鼢鼠序列各自聚为1个单系群,平安区Pab的16个单倍型与已知高原鼢鼠聚为一支,Pac的8个单倍型与已知甘肃鼢鼠聚为一支。遗传距离结果显示,Pac与已知甘肃鼢鼠遗传距离小于与其他物种的遗传距离(P<0.001),Pab与已知高原鼢鼠的遗传距离小于与其他物种的遗传距离(P<0.001)。Cyt b基因分析和形态鉴定结果一致,Cyt b是鼢鼠鉴定的一个有效的DNA条形码基因。综合形态学和DNA条形码鉴定结果,平安区分布着2种鼢鼠:甘肃鼢鼠和高原鼢鼠。在地理分布上,甘肃鼢鼠主要分布在平安区北部邻近黄土高原海拔相对较低的区域,高原鼢鼠则分布在南部邻近青藏高原海拔相对较高的区域。本研究加深了对平安区鼢鼠物种组成和分布特征的了解,并为解决鼢鼠物种形态鉴定难的问题提供了DNA条形码解决方案。 展开更多
关键词 DNA条形码技术 鼢鼠 Cyt b 形态 系统发育 遗传距离
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鸭星状病毒1型信阳株全基因组扩增及遗传进化分析
5
作者 张敏 李迎晓 +5 位作者 张璐璐 何书海 曲哲会 秦东升 刘纪成 焦凤超 《中国畜牧兽医》 北大核心 2026年第2期959-972,共14页
【目的】了解信阳地区鸭星状病毒1型(Duck astrovirus type 1,DAstV1)流行株基因组的演化特征,为进一步研究信阳地区DAstV1的流行、遗传进化及致病特性提供参考依据。【方法】对某养殖场送检的病鸭进行禽腺病毒、禽星状病毒和鸭甲型肝... 【目的】了解信阳地区鸭星状病毒1型(Duck astrovirus type 1,DAstV1)流行株基因组的演化特征,为进一步研究信阳地区DAstV1的流行、遗传进化及致病特性提供参考依据。【方法】对某养殖场送检的病鸭进行禽腺病毒、禽星状病毒和鸭甲型肝炎病毒等12种常见病毒的PCR/RT-PCR筛查。采集病鸭肝脏组织,无菌处理后经卵黄囊途径接种10日龄SPF鸭胚,连续传代4次,并逐代收集尿囊液进行DAstV RT-PCR鉴定。对分离到的病毒进行全基因组测序,并对ORF1a、ORF1b和ORF2基因序列及其编码蛋白的氨基酸变异位点进行比对分析。【结果】送检病料筛查结果显示,禽星状病毒呈阳性。第1~4代鸭胚尿囊液中均呈DAstV1阳性,将该病毒命名为HN24XY06。第4代接种鸭胚全部死亡,死亡胚体发育不良且体表出血。HN24XY06基因组全长7 755 nt,包含ORF1a、ORF1b和ORF2 3个开放阅读框。序列比对和系统发育分析表明,HN24XY06属于DAstV1毒株,与山东分离株DAstV-SDZZ和DAstV-SDWF亲缘关系较近。ORF1a、ORF1b和ORF2蛋白的氨基酸序列分析显示,存在不同程度的突变,多发生在ORF1a编码的氨基酸序列中。【结论】本研究分离到了1株DAstV1,丰富了信阳地区DAstV1的分子流行病学资料,并为进一步研究DAstV1的致病机制奠定了基础。 展开更多
关键词 鸭星状病毒1型(DAstV1) 病毒分离与鉴定 全基因组扩增 遗传进化分析
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内蒙古番茄病毒的检测与鉴定
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作者 徐磊 刘燕 +5 位作者 孙平平 高婧 杨永青 石宇翔 李正男 张磊 《西南大学学报(自然科学版)》 北大核心 2026年第1期59-74,共16页
2021-2024年对内蒙古包头、巴彦淖尔、赤峰、鄂尔多斯、呼和浩特5个市辖番茄产区进行番茄病毒病病原种类的调查和鉴定,采集224份表现为斑驳、花叶、黄化、坏死等疑似病毒侵染的番茄叶片样品,运用RT-PCR技术分别检测苜蓿花叶病毒(alfalfa... 2021-2024年对内蒙古包头、巴彦淖尔、赤峰、鄂尔多斯、呼和浩特5个市辖番茄产区进行番茄病毒病病原种类的调查和鉴定,采集224份表现为斑驳、花叶、黄化、坏死等疑似病毒侵染的番茄叶片样品,运用RT-PCR技术分别检测苜蓿花叶病毒(alfalfa mosaic virus,AMV)、黄瓜花叶病毒(cucumber mosaic virus,CMV)、南方番茄病毒(southern tomato virus,STV)等25种RNA病毒,运用PCR技术检测番茄黄化曲叶病毒(tomato yellow leaf curl virus,TYLCV)和中国番木瓜曲叶病毒(papaya leaf curl China virus,PaLCuCNV)2种DNA病毒。检测为阳性的番茄样品克隆病毒部分基因组序列并进行系统发育、核苷酸序列一致性分析。结果显示:在内蒙古5个市辖番茄产区共鉴定到7种病毒(6种RNA病毒和1种DNA病毒),分别是AMV、CMV、STV、番茄斑驳花叶病毒(tomato mottle mosaic virus,ToMMV)、番茄花叶病毒(tomato mosaic virus,ToMV)、番茄斑萎病毒(tomato spotted wilt virus,TSWV)和TYLCV,病毒检出率为29.91%(67/224),其中ToMV的检出率最高,为20.54%(46/224),ToMMV、STV、CMV、TYLCV、TSWV次之,AMV的检出率最低,为0.45%(1/224)。发现12种复合侵染类型,总体复合侵染率为52.24%(35/67),ToMMV+ToMV(22.39%,15/67)为优势复合侵染类型。 展开更多
关键词 番茄 病毒病 分子鉴定 复合侵染 系统发育分析
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侵染云南草原龙胆的凤仙花坏死斑病毒鉴定
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作者 杨秀梅 张艺萍 +4 位作者 彭月 李金泽 黄望启 苏艳 王丽花 《园艺学报》 北大核心 2026年第1期275-284,共10页
在云南省昆明市呈贡区斗南镇进行花卉病害调查时,发现叶片表现坏死斑症状的草原龙胆植株。采集典型症状样品进行免疫试纸条检测,初步确定其病原为凤仙花坏死斑病毒(Impatiens necrotic spot virus,INSV)。利用电子显微镜观察发现直径为6... 在云南省昆明市呈贡区斗南镇进行花卉病害调查时,发现叶片表现坏死斑症状的草原龙胆植株。采集典型症状样品进行免疫试纸条检测,初步确定其病原为凤仙花坏死斑病毒(Impatiens necrotic spot virus,INSV)。利用电子显微镜观察发现直径为60~110 nm的球状病毒粒体,聚集于内质网膜内,叶绿体结构不完整,部分双层膜消失。为进一步明确病原,应用INSV的N、NSm和RdRp基因的特异性引物进行RT-PCR扩增、克隆和测序,分别获得长度为883、712和1201 bp目的基因片段。序列比对分析发现,INSV-草原龙胆云南分离物与INSV-蜘蛛兰云南分离物的N、NSm基因氨基酸序列相似性达100%,与INSV-紫娇花云南分离物的RdRp基因氨基酸序列相似性达99.7%。基于INSV的N、NSm和RdRp基因序列构建系统进化树,发现INSV云南分离物之间的亲缘关系较近。综合试纸条检测、病毒粒体形态观察与分类相关基因的序列比对分析结果,明确感染云南草原龙胆的病毒为INSV。 展开更多
关键词 草原龙胆 凤仙花坏死斑病毒 N基因 NSm基因 RdRp基因 系统进化树
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四川肉牛源疣状毛癣菌的分离鉴定、系统发育分析与药敏试验
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作者 王娅 李志国 +3 位作者 罗荣艳 刘瑞国 左之才 马晓平 《中国畜牧兽医》 北大核心 2026年第1期459-468,共10页
【目的】探究四川肉牛真菌性皮肤病的病原,为该病的防治提供参考。【方法】采集四川各地疑似皮肤癣病的患畜皮屑,用三点接种法将采集的样本接种于皮肤癣菌鉴别培养基,将分离得到的菌株经内部转录间隔区(ITS)序列扩增后通过NCBI数据库BL... 【目的】探究四川肉牛真菌性皮肤病的病原,为该病的防治提供参考。【方法】采集四川各地疑似皮肤癣病的患畜皮屑,用三点接种法将采集的样本接种于皮肤癣菌鉴别培养基,将分离得到的菌株经内部转录间隔区(ITS)序列扩增后通过NCBI数据库BLAST分析基因相似性并构建系统发育树,以10^(7) CFU/mL分离菌孢子悬液感染免疫抑制小鼠,观察临床症状和病理学特征,微量二倍稀释法探究分离菌耐药表型。【结果】从24个样本中分离到10株真菌(rntv01~rntv10)。PCR扩增结果显示,分离株均得到大小为681 bp的扩增片段;BLAST比对结果显示,分离株与疣状毛癣菌相似性为97%~100%;动物试验结果显示,免疫抑制小鼠感染该菌后皮肤出现被毛脱落、结痂、皮屑增多等症状,HE染色后观察到表皮角质层角化不全、炎性细胞增生,PAS染色后观察到大量菌丝侵染;药敏试验结果显示,除rntv10外,其余菌株对两性霉素B中介;分离菌对伊曲康唑敏感性不同,rntv09、rntv10敏感,rntv01、rntv04~rntv08中介,rntv02、rntv03耐药;rntv10对酮康唑敏感、对5-氟胞嘧啶中介,其余菌株均为耐药株;所有菌株对环吡酮胺中介,对氟康唑和特比萘芬耐药。【结论】四川肉牛真菌性皮肤病主要病原是疣状毛癣菌,该菌可引起小鼠皮肤的侵袭性感染,患病牛可用两性霉素B、伊曲康唑或环吡酮胺进行治疗。 展开更多
关键词 肉牛 疣状毛癣菌 分离鉴定 ITS序列 系统发育分析 药敏试验
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大练岛半自然林林下群落谱系结构及其影响因子
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作者 钱志军 许艳蓉 +5 位作者 周宏骏 欧婧瑶 王晓盈 黄运腾 何雅琴 邓传远 《中南林业科技大学学报》 北大核心 2026年第2期147-156,共10页
【目的】探讨福建省平潭大练岛半自然林林下灌草层谱系结构的形成机制及其与环境因子和建群种的关系,揭示植物群落物种多样性的维持机制,为海岛植物生物多样性保护提供科学依据。【方法】在大练岛森林群落中设置18个乔木样方,调查其林... 【目的】探讨福建省平潭大练岛半自然林林下灌草层谱系结构的形成机制及其与环境因子和建群种的关系,揭示植物群落物种多样性的维持机制,为海岛植物生物多样性保护提供科学依据。【方法】在大练岛森林群落中设置18个乔木样方,调查其林下物种组成,构建群落谱系树并计算最近类群指数(NTI),结合气候、地形、土壤及建群种重要值数据,通过模型筛选和结构方程模型(SEM)解析影响谱系结构的关键因子及其作用路径。【结果】1)大练岛半自然林林下灌草层谱系结构以聚集为主,灌木层有14个样方表现为谱系聚集,草本层有15个样方表现为谱系聚集;2)木麻黄和台湾相思的重要值显著增加灌木层NTI指数,而海拔、干旱指数和距大陆距离通过影响建群种分布间接调控灌木层谱系结构;3)木麻黄和滨柃通过调节土壤碱解氮水平对草本层NTI产生显著间接影响,土壤养分(碱解氮、有效磷和速效钾)直接调控草本层谱系结构,其中碱解氮和有效磷对草本层NTI指数存在显著负效应,速效钾则表现出正效应。【结论】环境过滤是大练岛半自然林林下灌草层物种共存和生物多样性维持的重要机制。建群种(木麻黄和台湾相思)在灌木层谱系结构中起主导作用,而土壤养分和其他环境因子(如海拔、干旱指数、距海岸距离)通过直接或间接途径共同塑造了林下灌草层的谱系结构。未来研究需进一步结合功能性状验证谱系生态位保守性,并探讨人为干扰对群落构建的影响。 展开更多
关键词 半自然林 海岛植被 群落谱系结构 环境过滤
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基于发生学视角的传统商贸聚落历史景观时空演化研究——以江西省丰城市白马寨为例
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作者 段亚鹏 翟彦玲 +2 位作者 晏亮清 陈晓华 钟乐 《中国园林》 北大核心 2026年第3期60-67,共8页
从发生学视角对传统聚落历史景观空间演化过程进行研究,有助于从不断更新的动态构建过程和景观叠合形成的共时态特征双重维度解析传统聚落历史景观空间特色,并进一步厘清影响传统聚落历史景观空间演化的机制。以江西省丰城市白马寨为例... 从发生学视角对传统聚落历史景观空间演化过程进行研究,有助于从不断更新的动态构建过程和景观叠合形成的共时态特征双重维度解析传统聚落历史景观空间特色,并进一步厘清影响传统聚落历史景观空间演化的机制。以江西省丰城市白马寨为例,将其历史环境的建构视为动态过程,从商业贸易入手,构建聚落历史景观“时间演进”与“空间叠合”模型,结果表明:1)白马寨聚落的演化过程经历了迁址开基时期的龙脉开端、两侧分立,明万历年间的屋宇横列、一字排开,清光绪年间的梳式布局、分区明显及近代时期的分化整合、分区模糊4个阶段;2)聚落历史景观空间格局呈现圈层式叠合布局,且具有“圈层性”+“秩序性”的景观空间体系、“中心+组团”的宗法文化景观空间、“村堡式”+“排式”的组合形态等特色;3)历史景观空间的演化呈现出内生式、嵌入式和介推式多重机制叠合的结果。白马寨历史景观演化研究有利于充分认识商贸型聚落的价值特色,进一步深化传统聚落景观理论研究体系。 展开更多
关键词 风景园林 商贸型聚落 历史景观 时空演化 发生学 机制
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两种凤蝶线粒体基因组特征比较及分子进化分析
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作者 彭树英 李俊兰 +3 位作者 金雨梦 李慧宇 刘菁娴 张旭 《淮北师范大学学报(自然科学版)》 2026年第1期35-41,共7页
为比较灰绒麝凤蝶(Byasa alcinous)和玉带美凤蝶(Papilio polytes)线粒体基因组特征的差异,并了解2种凤蝶与其他蝶类间的系统进化关系,文章对2种凤蝶线粒体基因组序列进行测定和分析。结果表明:灰绒麝凤蝶和玉带美凤蝶线粒体DNA全长分别... 为比较灰绒麝凤蝶(Byasa alcinous)和玉带美凤蝶(Papilio polytes)线粒体基因组特征的差异,并了解2种凤蝶与其他蝶类间的系统进化关系,文章对2种凤蝶线粒体基因组序列进行测定和分析。结果表明:灰绒麝凤蝶和玉带美凤蝶线粒体DNA全长分别为15266 bp和15260 bp,线粒体基因组成均表现出明显的AT偏好性,A+T含量分别为81.09%和80.25%。基于线粒体全基因组构建的NJ系统进化树表明,2种凤蝶均属于凤蝶亚科(Papilioninae)。研究丰富了蝶类线粒体基因组数据,为凤蝶科分子进化研究提供一定的基础数据。 展开更多
关键词 凤蝶科 灰绒麝凤蝶 玉带美凤蝶 线粒体基因组 进化分析
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佛山市南海区恙虫病东方体基因型与流行病学特征分析
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作者 罗琳 苏彦 +2 位作者 李鹏宾 柯志攀 张彦丽 《分子诊断与治疗杂志》 2026年第3期511-514,518,共5页
目的分析佛山市南海区恙虫病东方体(Ot)的基因分型与流行病学特征,为防控恙虫病(TD)提供科学依据。方法收集2018年3月至2019年2月佛山市南海区的TD临床诊断病人全血,利用巢式聚合酶链式反应检测Ot 56kDa型特异性抗原(TSA)基因,借助生物... 目的分析佛山市南海区恙虫病东方体(Ot)的基因分型与流行病学特征,为防控恙虫病(TD)提供科学依据。方法收集2018年3月至2019年2月佛山市南海区的TD临床诊断病人全血,利用巢式聚合酶链式反应检测Ot 56kDa型特异性抗原(TSA)基因,借助生物信息学软件构建进化树,进行遗传进化分析并完成序列分析和同源性比较。结果此次研究共收集临床诊断TD病人标本95份,检测阳性55份,阳性率57.89%,Ot基因型别分别为Karp型25株、TA763型14株、Gilliam型14株和Kato型2株,分别占比45.45%、25.45%、25.45%和3.64%。南海区TD的发病年龄多集中在60~69岁,职业以农民居多,夏季为高发期,狮山镇和里水镇为高发镇街。同源性和系统进化分析结果显示,其传播来源可能与云南、中国台湾地区、日本、越南等有关。结论首次证明佛山地区存在Karp型、TA763型、Gilliam型和Kato型四种型别的Ot,其流行型别具有多样性,来源复杂,以Karp型为主要流行型。开展更多分子流行病学研究将有助于防控。 展开更多
关键词 恙虫病东方体 56 kDa型特异性抗原基因 流行病学 基因分型 系统进化分析
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青钱柳叶片叶绿体基因组结构特征与系统发育分析
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作者 尹明华 康海燕 +4 位作者 钟可情 吴利鹃 胡烈新 吴春发 龚水飞 《浙江农业学报》 北大核心 2026年第2期284-300,共17页
为探究青钱柳[Cyclocarya paliurus(Batal.) Iljinskaja]叶绿体基因组的结构特征与系统进化关系,本研究以江西省上饶市广信区青钱柳叶片为材料,通过高通量测序获得其叶绿体基因组序列,利用生物信息学方法分析其序列特征、密码子使用偏... 为探究青钱柳[Cyclocarya paliurus(Batal.) Iljinskaja]叶绿体基因组的结构特征与系统进化关系,本研究以江西省上饶市广信区青钱柳叶片为材料,通过高通量测序获得其叶绿体基因组序列,利用生物信息学方法分析其序列特征、密码子使用偏好性与系统发育关系。结果显示,上饶市广信区青钱柳叶绿体基因组全长为160 992 bp,平均GC含量为37.48%;共注释到133个基因,包括88个蛋白质编码基因、37个tRNA基因和8个rRNA基因;鉴定到84个简单重复序列(SSR),以A/T重复为主;52个长重复序列,以正向重复和回文重复为主。与15个近缘种比较显示,青钱柳叶绿体基因组在LSC-IRB边界(JLB)、SSC-IRB边界(JSB)、SSC-IRA边界(JSA)和LSC-IRA边界(JLA)4个边界区域的基因类型与排列顺序基本一致,边界扩张与收缩程度差异不明显;在LSC和SSC共鉴定出10个高变异区域,分别为matK_rps16、rps16_trnQ-UUG、psbK_psbI、trnS-GCU_trnG-GCC、trnT-GGU_psbD、ndhC_trnV-UAC、trnV-UAC、rpl22、ycf1和rps15_ycf1。青钱柳叶绿体基因组密码子整体偏好性较弱,主要受自然选择影响;共鉴定出15个最优密码子:AAU、GAA、CAU、AAA、AUU、AUG、GGA、GGU、CCU、ACA、GUA、GUU、CGU、UUG和AGU,多数以U或A结尾。系统发育分析表明,上饶市广信区青钱柳与南京青钱柳二倍体(MW531677,Cyclocarya paliurus isolate 2nPA)聚为一支,亲缘关系较近。本研究结果可为青钱柳遗传多样性研究、分子育种和物种鉴定提供理论依据。 展开更多
关键词 青钱柳 叶绿体基因组 序列特征 密码子偏好性 系统发育分析
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一株新的魔芋软腐病致病菌的生物学特性及基因组分析
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作者 刘长命 张新悦 +3 位作者 杨昕萌 刘阳 李玥涵 汪可清 《生物技术通报》 北大核心 2026年第1期294-304,共11页
【目的】从魔芋球茎中首次分离到1株软腐病致病菌株(Raoultella ornithinolytica Q-8,登录号:CP173279),从全基因组层面对其进行序列分析和基因功能注释,为深入研究该菌株的致病机理和对其有效防治提供理论依据。【方法】利用3代全基因... 【目的】从魔芋球茎中首次分离到1株软腐病致病菌株(Raoultella ornithinolytica Q-8,登录号:CP173279),从全基因组层面对其进行序列分析和基因功能注释,为深入研究该菌株的致病机理和对其有效防治提供理论依据。【方法】利用3代全基因组测序技术,通过Canu、Prodigal、RepeatMasker等软件对基因组数据进行组装和基因预测,利用KEGG、PHI-base等12个数据库进行功能注释和对比分析,并根据基因组ORF序列利用FastTree2构建系统发育树。【结果】R.ornithinolytica Q-8基因组总长度为5.44 Mb,GC含量55.9%,含有4962个编码基因、6个假基因、11个基因岛、25个rRNA、129个其他ncRNA及16种不同类型的CRISPR系统。其中有4833个基因被注释到22个基因簇中,3126个基因被富集到114条代谢通路中,有1714个运输蛋白相关基因、18个抗生素耐药相关基因、1854个病原体宿主互作相关基因和1067个毒力因子相关基因。系统发育树分析结果表明,R.ornithinolytica Q-8与其他8株R.ornithinolytica聚在一大分支,而与已报道的2种魔芋软腐病病原菌P.carotovorum和D.chrysanthemi距离较远。【结论】R.ornithinolytica Q-8是1株新的魔芋软腐病致病菌,其基因组中存在多个抗生素耐药基因和病原菌宿主互作基因,这些基因可能在其致病中发挥着重要作用。 展开更多
关键词 花魔芋 软腐病 解鸟氨酸拉乌尔菌 进化树分析 全基因组分析
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马家柚线粒体基因组序列特征、密码子偏好性及系统发育分析
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作者 尹明华 柯子妍 +3 位作者 余璐 邱梦婷 周佳慧 徐文萱 《西北农林科技大学学报(自然科学版)》 北大核心 2026年第3期46-55,共10页
【目的】探明马家柚[Citrus maxima(L.)Osbeck cv.‘Majiayou’]线粒体基因组结构特征及系统发育关系。【方法】利用高通量测序技术对马家柚线粒体基因组进行测序,并利用生物信息学相关软件对该线粒体基因组进行组装、注释、图谱绘制以... 【目的】探明马家柚[Citrus maxima(L.)Osbeck cv.‘Majiayou’]线粒体基因组结构特征及系统发育关系。【方法】利用高通量测序技术对马家柚线粒体基因组进行测序,并利用生物信息学相关软件对该线粒体基因组进行组装、注释、图谱绘制以及序列特征分析,并基于线粒体基因组构建柑橘属5个物种的系统发育树。【结果】马家柚线粒体基因组大小为516383 bp,呈完整单环状结构,GC含量为45.15%;注释到65个基因,其中包括35个编码蛋白基因、27个tRNA基因和3个rRNA基因。马家柚线粒体基因组共鉴定出64个SSR(A/T单核苷酸重复占主导地位)和100个Longrepeat序列(51个正向重复和49个回文重复)。马家柚线粒体基因组的密码子偏性较弱,偏好以A、U结尾。马家柚线粒体基因组密码子使用偏好性受内部突变和自然选择的双重影响,其中自然选择对密码子使用偏好性的影响更大。马家柚线粒体基因组的最优密码子为22个(AAU、GAU、UGU、CAA、AAA、UUU、UAU、AUU、AUG、UAA、GGA、GGU、CCA、CCU、ACU、GUA、GUU、CGA、CGU、UUA、UCA和UCU),多以A、U结尾。马家柚线粒体基因组与甜橙线粒体基因组的共线性较高,两者的亲缘关系较近。马家柚有21个叶绿体基因片段转移到线粒体基因组,转移片段的总长度为12195 bp。【结论】探明了马家柚线粒体基因组序列特征和密码子偏好性;马家柚与甜橙的遗传关系最近。 展开更多
关键词 马家柚 柑橘属植物 线粒体基因组 密码子偏好性 系统发育分析
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基于全基因组重测序的“松粳”系列水稻品种及其亲本的遗传关系分析
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作者 王荣升 李坤 +4 位作者 张微 陶永庆 刘会 刘玉明 牟凤臣 《沈阳农业大学学报》 北大核心 2026年第2期21-28,共8页
[目的]对已育成优异品种的遗传多样性分析能够更加深入地了解品种选育过程及品种间的遗传差异,为指导分子育种实践提供更多具有参考价值的多样性数据和育种策略支持。[方法]通过全基因组重测序技术分析了黑龙江省第一积温区“松粳”系... [目的]对已育成优异品种的遗传多样性分析能够更加深入地了解品种选育过程及品种间的遗传差异,为指导分子育种实践提供更多具有参考价值的多样性数据和育种策略支持。[方法]通过全基因组重测序技术分析了黑龙江省第一积温区“松粳”系列优异水稻品种及其关联的优异亲本或衍生品种,利用单核苷酸多样性数据构建了系统发育树并计算了遗传距离。[结果]群体测序共获得SNP位点2 908 684个,InDel位点685 321个。品种间SNP差异分析显示五优稻A与东农V4、松粳13号、吉粳88号及五优稻4号之间,SNP差异均大于60万个,但松粳6号与五优稻3号间仅有125 603个SNP。进化树结果显示五优稻4号、松粳22聚为一个类群,五优稻1号与松98-131、松粳8号、松粳9号及松粳16号聚为一个类群,具有较近的亲缘关系。遗传距离分析表明五优稻A与其他品种间的遗传距离较远,其中与松粳13号的遗传距离最远为0.219 1。五优稻3号与松粳6号遗传距离最近,仅为0.002 6。[结论]差异分析或聚类分析可以检测个体的亲缘关系远近,制定育种计划时应优先考虑亲缘关系较远的亲本进行杂交组配,以获得更多样性的分离后代,从而选育出优异新品种。 展开更多
关键词 水稻 重测序 遗传多样性 系统发育树 遗传距离
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一株新G8P[11]型牛轮状病毒的分离鉴定与全基因组遗传进化分析
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作者 苏雪繁 毛立 +8 位作者 王祎祺 周文豪 陶然 朱雪蛟 郭容利 张雪寒 李彬 周金柱 贡嘎 《畜牧兽医学报》 北大核心 2026年第3期1581-1594,共14页
本研究的目的是分离鉴定G8P[11]型牛-牦牛源A群牛轮状病毒,并分析其基因组的遗传进化特征。检测江苏泗洪一奶牛场腹泻犊牛粪样中的6种腹泻相关病毒,分离轮状病毒(RV)阳性株并通过RT-PCR、IFA、dsRNA-PAGE和电镜鉴定,测定生长曲线及细胞... 本研究的目的是分离鉴定G8P[11]型牛-牦牛源A群牛轮状病毒,并分析其基因组的遗传进化特征。检测江苏泗洪一奶牛场腹泻犊牛粪样中的6种腹泻相关病毒,分离轮状病毒(RV)阳性株并通过RT-PCR、IFA、dsRNA-PAGE和电镜鉴定,测定生长曲线及细胞嗜性,评估跨种传播潜力。同时,对分离株进行全基因组测序后构建系统进化树,确定其G/P基因型。结果表明,成功分离出一株牛轮状病毒,病毒接种MA104细胞出现典型轮状病毒病变;病毒能够与VP6特异性单克隆抗体发生反应,病毒基因组电泳图谱为4∶2∶3∶2;病毒粒子呈典型车轮状、粒径约70 nm,并将其命名为JSSH2024株。一步生长曲线表明,该毒株接种MA104细胞18 h后滴度达峰值(10^(5.75)TCID_(50)·mL^(-1))。跨种感染试验证实其可在MA104、IPEC-J2、HT-29及HCT-8细胞中增殖。全基因组分析显示其基因型为G8-P[11]-I2-R2-C2-M2-A13-N2-T6-E2-H3,其中8个基因片段与牛源毒株亲缘性近,3个片段与牦牛源毒株相近,提示其为牛-牦牛重配株。本研究首次在国内报道G8P[11]型牛-牦牛重配BoRV,为牛轮状病毒流行病学监测及疫苗研发提供了重要依据。 展开更多
关键词 轮状病毒 牛 基因型 全基因组 遗传进化
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云南省玉溪市鼠类感染巴尔通体调查及系统进化分析
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作者 陈萌 吴思蕾 +7 位作者 曹波 李方 严光宏 杨娟 程鹏 浦恩念 高子厚 蒋雪莹 《中国热带医学》 北大核心 2026年第3期389-394,400,共7页
目的初步了解云南省玉溪市鼠类中巴尔通体的感染情况,为玉溪市巴尔通体的综合防控提供科学依据。方法2024年在玉溪市8个县(市、区)区进行样本采集,利用荧光聚合酶链反应(polymerase chain reaction,PCR)方法确定样本巴尔通体是否阳性;选... 目的初步了解云南省玉溪市鼠类中巴尔通体的感染情况,为玉溪市巴尔通体的综合防控提供科学依据。方法2024年在玉溪市8个县(市、区)区进行样本采集,利用荧光聚合酶链反应(polymerase chain reaction,PCR)方法确定样本巴尔通体是否阳性;选取Ct值小于30的样本,运用PCR方法扩增rpoB基因片段;通过Sanger测序测定扩增的rpoB基因片段序列,进行相似度比对并采用邻接法构建系统进化树,对测定序列进行系统进化分析。结果共采集到215只鼠类的脏器组织样本215份,分别来自2属5种啮齿动物,褐家鼠为优势种(74.42%,160/215)。这些动物组织样本中巴尔通体总体阳性率为30.23%(65/215);其中,小家鼠样本阳性率为30.00%(3/10),黄胸鼠样本阳性率为26.19%(11/42),褐家鼠样本阳性率为31.25%(50/160),小家鼠、黄胸鼠、褐家鼠阳性率的差异无统计学意义(χ^(2)=0.404,P>0.05)。8个县(市、区)均检测出巴尔通体阳性,不同地区阳性率差异有统计学意义(χ^(2)=23.088,P<0.01),华宁县阳性率最高,为60.00%(18/30),澄江市阳性率最低,为13.33%(6/45)。对选取的19份Ct值小于30的阳性样本进行rpoB基因扩增并测定,经序列比对分析,共检测出4种巴尔通体,分别是特利波契巴尔通体(Bartonella tribocorum)10株,伊丽莎白巴尔通体(Bartonella elizabathae)2株,菲西巴尔通体(Bartonella phoceensis)1株,未定种巴尔通体6株。结论玉溪市鼠类中至少存在4种巴尔通体,其中特利波契巴尔通体为主要流行菌种。 展开更多
关键词 巴尔通体 猫抓病 鼠类 RPOB基因 系统进化分析
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一株猪源盖塔病毒的全基因组序列与遗传演化分析
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作者 向昭颖 周磊 +6 位作者 盖新娜 张永宁 郭鑫 高鹏 周琼琼 韩军 杨汉春 《畜牧兽医学报》 北大核心 2026年第3期1559-1570,共12页
盖塔病毒(GETV)是一种虫媒病毒,可导致妊娠母猪繁殖障碍、仔猪神经症状,严重者发生死亡,对养猪生产造成威胁。本研究旨在分析一株从发病猪场死亡仔猪分离的GETV的全基因组序列及其演化特征。采用宏转录组学测序分析死亡仔猪脑和肺组织... 盖塔病毒(GETV)是一种虫媒病毒,可导致妊娠母猪繁殖障碍、仔猪神经症状,严重者发生死亡,对养猪生产造成威胁。本研究旨在分析一株从发病猪场死亡仔猪分离的GETV的全基因组序列及其演化特征。采用宏转录组学测序分析死亡仔猪脑和肺组织样本中的病原;用Vero CCL81细胞分离GETV,经细胞病变(CPE)观察、蚀斑纯化、RT-PCR检测、IFA鉴定与透射电镜观察鉴定分离毒株;采用Sanger法测定分离毒株的全基因组序列。结果表明,病料组织中所含致病病原为GETV,分离毒株命名为NM2022;不包含poly(A)尾,其基因组全长为11689 nt;分离毒株归属于GETV演化分支的三群(GroupⅢ),与GenBank数据库中的135株GETV的核苷酸相似性为93.98%~99.86%;其E2蛋白氨基酸序列与猪源HNzmd-XP2、JS201809-2毒株及蚊源NMDK1813-1毒株等21株毒株高度保守,仅380位的氨基酸由丝氨酸突变为丙氨酸。研究结果为深入研究GETV的遗传演化规律和致病机制奠定了基础。 展开更多
关键词 盖塔病毒 分离与鉴定 全基因组序列测定 遗传演化分析
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