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A mathematical model of a P53 oscillation network triggered by DNA damage 被引量:3
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作者 夏俊峰 贾亚 《Chinese Physics B》 SCIE EI CAS CSCD 2010年第4期112-116,共5页
Taking the interaction between a DNA damage repair module, an ATM module, and a P53--MDM2 oscillation module into account, this paper presents a mathematical model of a P53 oscillation network triggered by a DNA damag... Taking the interaction between a DNA damage repair module, an ATM module, and a P53--MDM2 oscillation module into account, this paper presents a mathematical model of a P53 oscillation network triggered by a DNA damage signal in individual cells. The effects of the DNA damage signal and the delay time of P53-induced MDM2 expression on the behaviours of the P53 oscillation network are studied. In the oscillatory state of the P53--MDM2 oscillator, it is found that the pulse number of P53--P oscillation increases with the increase of the initial DNA damage signal, whereas the amplitude and the period of P53--P oscillation are fixed for different initial DNA damage signals, and the period numbers of P53--P oscillations decrease with the increase of time delay of MDM2 expression induced by P53. These theoretical predictions are consistent with previous experimental results. The combined negative feedback of P53--MDM2 with the time delay of P53-induced MDM2 expression causes oscillation behaviour in the P53 network. 展开更多
关键词 p53 oscillation network DNA damage signal time delay kinetic model
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p53-Mdm2蛋白网络的最优控制策略:关于Nutlin-3药物研究
2
作者 李雪冬 徐国明 +1 位作者 刘楠 杨红丽 《内蒙古大学学报(自然科学版)》 2025年第2期137-148,共12页
抗癌基因p53在各类癌细胞中的频繁缺失是癌症发生的原因之一,所以恢复p53的药物越来越受到人们的关注。Nutlin-3作为Mdm2的抑制剂,能够削弱Mdm2对p53的抑制作用,稳定p53蛋白水平。基于p53-Mdm2回路和p53-ATM回路的数学模型,引入Nutlin-... 抗癌基因p53在各类癌细胞中的频繁缺失是癌症发生的原因之一,所以恢复p53的药物越来越受到人们的关注。Nutlin-3作为Mdm2的抑制剂,能够削弱Mdm2对p53的抑制作用,稳定p53蛋白水平。基于p53-Mdm2回路和p53-ATM回路的数学模型,引入Nutlin-3药物作为控制变量,首先讨论了最优控制的存在性,又利用庞特里亚金极小值原理得到最优控制的表达形式,最后通过数值模拟检验模型的合理性以及最优控制的有效性。数值模拟结果表明:加入药物控制后,Mdm2浓度出现明显的下降,p53浓度上升。此外,探究了系统添加药物后,药物结合率、细胞受到的刺激以及药物成本等参数对p53和Mdm2的影响。研究结果具有一定的现实意义,为临床治疗提供针对性的建议。 展开更多
关键词 最优控制 p53网络 数学模型 Nutlin-3
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胃腺癌ACRG分型的临床意义及基于活检病理组织学的p53表达预测模型的建立
3
作者 刘新宇 刘胤伯 +3 位作者 刘顺利 赵涵 宋瑶琳 邢晓明 《精准医学杂志》 2025年第3期237-242,共6页
目的探讨胃腺癌亚洲癌症研究组织(ACRG)分型的临床病理学意义,并构建胃腺癌p53蛋白表达预测模型。方法选择2015—2023年于青岛大学附属医院诊断为胃腺癌并接受手术的患者137例,收集患者的术后胃腺癌组织病理标本并进行免疫组织化学染色... 目的探讨胃腺癌亚洲癌症研究组织(ACRG)分型的临床病理学意义,并构建胃腺癌p53蛋白表达预测模型。方法选择2015—2023年于青岛大学附属医院诊断为胃腺癌并接受手术的患者137例,收集患者的术后胃腺癌组织病理标本并进行免疫组织化学染色,以评估患者的ACRG分型,根据ACRG分型将患者分组,比较各组患者的年龄、性别、手术方式,肿瘤的位置、分化程度、病理类型,化疗前的Borrmann分型、临床分期、肿瘤标志物水平,以及复发/转移情况等信息。收集所有患者的术前胃镜活检HE染色切片,将切片进行数字化扫描后随机分为训练集(109例)和验证集(28例)。采用以ResNet-18为骨干网络的SimCLR方法对训练集图像进行自监督学习及特征提取,随后将图像输入基于特征聚合的分类网络进行胃腺癌p53蛋白表达预测模型的建立,并在验证集中检验模型性能。绘制模型在训练集及验证集中的受试者工作特征(ROC)曲线,并计算曲线下面积(AUC)、准确度、灵敏度、特异度、阳性预测值及阴性预测值。结果胃腺癌患者的ACRG分型与临床分期显著相关(χ^(2)=13.049,P<0.05)。胃腺癌p53蛋白表达预测模型在训练集中的AUC、准确率、灵敏度、特异度、阳性预测值和阴性预测值分别为0.920、0.719、0.896、0.724、0.875、0.763,在验证集中上述指标分别为0.890、0.643、0.938、0.250、0.625、0.750。结论胃腺癌患者的ACRG分型与临床分期显著相关,胃腺癌p53蛋白表达预测模型有利于辅助术前对患者进行ACRG分型,从而更准确地指导该病的诊断和治疗。 展开更多
关键词 胃肿瘤 腺癌 ACRG分型 免疫组织化学 肿瘤抑制蛋白质p53 人工智能 神经网络 计算机
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双术汤通过P53/SLC7A11/GPX4通路诱导胃癌细胞铁死亡
4
作者 陈鑫源 吴成挺 +4 位作者 李瑞迪 潘雪芹 张耀丹 陶俊宇 林才志 《南方医科大学学报》 北大核心 2025年第7期1363-1371,共9页
目的 探讨双术汤调控胃癌铁死亡的机制。方法 基于网络药理学筛选双术汤与胃癌铁死亡的共同靶点,通过生物信息学分析(差异基因、HPA数据库、生存分析)及分子对接验证核心靶点。细胞实验分为对照组(未经任何干预的AGS细胞)、双术汤组(经... 目的 探讨双术汤调控胃癌铁死亡的机制。方法 基于网络药理学筛选双术汤与胃癌铁死亡的共同靶点,通过生物信息学分析(差异基因、HPA数据库、生存分析)及分子对接验证核心靶点。细胞实验分为对照组(未经任何干预的AGS细胞)、双术汤组(经双术汤含药血清干预的AGS细胞)、双术汤+铁死亡抑制剂组Fer-1(经双术汤含药血清和铁死亡抑制剂Fer-1共同干预的AGS细胞)、铁死亡抑制剂组(仅经Fer-1干预的AGS细胞)4组,检测细胞活力、铁死亡相关指标(活性氧、铁离子、谷胱甘肽)、P53/SLC7A11/GPX4表达水平及线粒体形态的改变。动物实验分为对照组(生理盐水灌胃)、双术汤组(双术汤灌胃)、双术汤+Fer-1组(双术汤灌胃+腹腔注射Fer-1)、Fer-1组(腹腔注射Fer-1),检测裸鼠肿瘤体积与质量、HE染色评估肿瘤病理情况,评估P53/SLC7A11/GPX4表达水平。结果 双术汤主要活性成分为槲皮素、汉黄芩素,与核心靶点P53结合紧密。双术汤能够抑制AGS细胞增殖,以高剂量浓度的抑制作用最明显(P<0.05);与对照组及双术汤+Fer-1组比较,双术汤组ROS和Fe2+均升高(P<0.05),P53蛋白及mRNA表达水平升高,SLC7A11、GPX4蛋白及基因水平降低(P<0.05);与双术汤组相比,Fer-1组ROS和Fe2+均降低(P<0.05),P53蛋白及mRNA表达水平降低(P<0.05),SLC7A11、GPX4蛋白、基因水平升高(P<0.05)。对照组线粒体形态正常,双术汤组线粒体皱缩、嵴模糊甚至消失、膜密度升高;双术汤+Fer-1组线粒体损伤程度较前减轻,Fer-1组线粒体形态与对照组相似。双术汤组肿瘤体积和质量低于对照组(P<0.05),肿瘤排列紊乱并出现坏死,而联合Fer-1后坏死减轻。与对照组相比,双术汤组P53蛋白及mRNA表达升高,SLC7A11和GPX4蛋白及基因表达降低(P<0.05);与双术汤组相比,双术汤+Fer-1组ROS和Fe2+水平降低(P<0.05),P53表达下降,SLC7A11和GPX4表达升高(P<0.05)。结论 双术汤能够抑制胃癌皮下移植瘤及胃癌细胞生长,其机制与P53/SLC7A11/GPX4轴诱导胃癌铁死亡有关。 展开更多
关键词 胃癌 网络药理学 生物信息学 分子对接 双术汤 铁死亡 p53/SLC7A11/GPX4通路
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p53基因网络的研究进展 被引量:32
5
作者 祝峙 《癌症》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2003年第5期547-551,共5页
肿瘤抑制基因p53与其上、下游功能相关基因组成了一个复杂的基因网络。p53基因位于人染色体17q13.1区带,编码的野生型p53蛋白包含N-末端的转录激活结构域、DNA结合结构域、四聚体化结构域和C-末端调节域。p73、p51、p63等基因由于在结... 肿瘤抑制基因p53与其上、下游功能相关基因组成了一个复杂的基因网络。p53基因位于人染色体17q13.1区带,编码的野生型p53蛋白包含N-末端的转录激活结构域、DNA结合结构域、四聚体化结构域和C-末端调节域。p73、p51、p63等基因由于在结构上与p53基因具有同源性,因而被归为p53基因家族。p53是联系不同遗传应急和细胞应答的中间环节,离子辐射、化疗药物及异常的细胞生长信号均能刺激p53基因表达。p53表达升高后,可通过p53-mdm2、p14ARF-mdm2环路对p53表达水平进行精确调节,p53功能的发挥还同时需要p33ING1b基因的协同作用。磷酸化和乙酰化是细胞内调节p53活性功能的主要途径。p53可以调控下游多种基因表达,其功能主要表现在阻滞细胞周期、促进细胞凋亡、维持基因组稳定性和抑制肿瘤血管生成四个方面。认识p53基因网络的功能将有助于理解p53及其相关基因间的具体作用机制。 展开更多
关键词 p53基因 研究进展 基因网络 基因表达调控
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清毒栓对宫颈癌SiHa细胞及PTEN-MDM2-p53网络环路的影响 被引量:1
6
作者 于妍妍 金哲 楼姣英 《中国中医药信息杂志》 CAS CSCD 2009年第6期33-35,共3页
目的从细胞生物学及分子生物学水平探讨清毒栓对宫颈癌SiHa细胞增殖抑制及对PTEN-MDM2-p53网络中各个蛋白表达的影响。方法以4%含药血清培养液作用于SiHa细胞,设立正常对照组、空白血清组、清毒栓组、保妇康栓组及干扰素组,通过MTT法检... 目的从细胞生物学及分子生物学水平探讨清毒栓对宫颈癌SiHa细胞增殖抑制及对PTEN-MDM2-p53网络中各个蛋白表达的影响。方法以4%含药血清培养液作用于SiHa细胞,设立正常对照组、空白血清组、清毒栓组、保妇康栓组及干扰素组,通过MTT法检测含药血清对细胞增殖抑制的影响;同时运用Westernblot法检测PTEN-MDM2-p53蛋白的表达情况。结果经含药血清培养液作用后各组细胞数量减少,其中以4%浓度含药血清作用72h时对细胞抑制作用最强,与空白血清组比较,差异有统计学意义(P<0.01);同时,含药血清可升高PTEN、P53抑癌蛋白的表达,降低癌蛋白MDM2的表达。结论清毒栓含药血清可能是通过调控PTEN-MDM2-P53网络环路而达到抑制肿瘤的目的。 展开更多
关键词 清毒栓 宫颈癌 SIHA细胞 PTEN-MDM2-p53网络
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多糖调控p53信号网络研究进展 被引量:1
7
作者 甄东 赵飞 宋慧 《中国细胞生物学学报》 CAS CSCD 2017年第9期1234-1242,共9页
肿瘤抑制基因p53是目前研究最广泛和系统的抑癌基因之一。p53与其上、下游基因形成复杂的信号网络来发挥功能。p53基因的突变或缺失与多种人类恶性肿瘤的发生、发展密切相关,所以p53基因是目前多种抗肿瘤药物开发的靶点。多糖由于其低... 肿瘤抑制基因p53是目前研究最广泛和系统的抑癌基因之一。p53与其上、下游基因形成复杂的信号网络来发挥功能。p53基因的突变或缺失与多种人类恶性肿瘤的发生、发展密切相关,所以p53基因是目前多种抗肿瘤药物开发的靶点。多糖由于其低毒和抗肿瘤效果成为生物大分子抗肿瘤的研究热点。目前认为,多糖在体内外抗肿瘤机制有两方面:一是通过增强机体免疫力以抑制肿瘤增殖,另一则是激活胞内信号通路,调控肿瘤相关基因表达,诱导肿瘤细胞衰老、细胞周期阻滞与凋亡达到对肿瘤细胞的抑制作用。该文综述了近些年多糖通过调控p53信号网络来发挥其抗肿瘤及抗衰老等作用,为多糖的开发与利用提供参考依据。 展开更多
关键词 多糖 p53信号网络 调控 生物活性
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野生型p53诱导的磷酸酶1与肿瘤发生发展及耐药关系的研究进展 被引量:2
8
作者 杨臻 田晓琳 +1 位作者 王建英 许亚梅 《中国全科医学》 CAS CSCD 北大核心 2016年第5期605-610,共6页
野生型p53诱导的磷酸酶1(Wip1)属于丝氨酸/苏氨酸蛋白磷酸酶,是PP2C家族成员。Wip1基因是一种原癌基因,可协同其他癌基因及致癌信号通路促进肿瘤形成,在肿瘤的发生发展中发挥重要作用。本文从抑制DNA损伤应答、抑制INK4a/ARF信号通路及... 野生型p53诱导的磷酸酶1(Wip1)属于丝氨酸/苏氨酸蛋白磷酸酶,是PP2C家族成员。Wip1基因是一种原癌基因,可协同其他癌基因及致癌信号通路促进肿瘤形成,在肿瘤的发生发展中发挥重要作用。本文从抑制DNA损伤应答、抑制INK4a/ARF信号通路及调控肿瘤细胞侵袭、转移和凋亡相关蛋白表达等方面阐述Wip1基因促进肿瘤发生发展的机制,指出Wip1基因促进肿瘤发生发展过程涉及的相关信号转导分子,分析Wip1基因在肿瘤细胞化疗耐药、放疗抵抗中的作用。 展开更多
关键词 Wip1基因 肿瘤形成过程 基因 p53 DNA损伤 基因调控网络 抗药性 肿瘤
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DNA损伤下的P53基因调控网络建模与仿真 被引量:1
9
作者 齐金鹏 邵世煌 +1 位作者 谢锦丽 朱莹 《系统仿真学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2007年第14期3321-3323,3357,共4页
作为关键调控因子之一,P53在响应DNA损伤期间通过启动下游基因及其调控通路实现细胞周期捕获,促进病变细胞凋亡等系统功能。P53基因调控网络对于肿瘤形成与治疗研究都起到了积极的促进作用。旨在通过数学模型对单细胞内部响应外界干扰... 作为关键调控因子之一,P53在响应DNA损伤期间通过启动下游基因及其调控通路实现细胞周期捕获,促进病变细胞凋亡等系统功能。P53基因调控网络对于肿瘤形成与治疗研究都起到了积极的促进作用。旨在通过数学模型对单细胞内部响应外界干扰而产生的复杂调控机制进行研究,建立了DNA损伤下的P53基因调控网络动力学模型,利用微分方程方法分别实现了各子模块响应离子辐射的详细过程;通过Matlab7.0仿真平台实现了DNA损伤修复,ATM(ataxia telangiectasia mutated)激活以及P53-MDM2等模块间的动态调控过程;通过仿真结果简要分析了ATM激活时间阈值以及P53与MDM2(Mouse double minute two)基因响应离子辐射而产生的周期震荡等特性。 展开更多
关键词 p53 ATM MDM2 DNA损伤 离子辐射 基因调控网络 微分方程
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ARF对p53基因网络的调控作用
10
作者 樊庆端 王宝存 《上海工程技术大学学报》 CAS 2010年第4期375-378,共4页
p53蛋白和可变阅读框(ARF)蛋白是两肿瘤抑制因子,它们在抑制肿瘤发生和细胞衰老中都有重要的作用.首次利用MM方程描述了抑癌基因ARF对癌症和衰老研究中的核心反馈环p53-Mdm2的作用,进一步认识了ARF对p53基因调控网络的影响,并通过仿真... p53蛋白和可变阅读框(ARF)蛋白是两肿瘤抑制因子,它们在抑制肿瘤发生和细胞衰老中都有重要的作用.首次利用MM方程描述了抑癌基因ARF对癌症和衰老研究中的核心反馈环p53-Mdm2的作用,进一步认识了ARF对p53基因调控网络的影响,并通过仿真模拟说明了结果和基因网络调控的一致性. 展开更多
关键词 可变阅读框蛋白 p53蛋白 基因调控网络 癌症
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抑癌因子p14-ARF对p53-MDM2网络的影响 被引量:2
11
作者 霍锐敏 李莎莎 +1 位作者 杨红丽 杨联贵 《内蒙古大学学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2023年第1期11-17,共7页
p53是一种重要的抑癌因子,可激活细胞周期阻滞、DNA损伤修复、衰老或凋亡,在细胞命运决定中起重要作用。用ATMp的表达水平代表DNA损伤强度,建立了由p14-ARF调控的p53-MDM2网络的数学模型。通过数值模拟,分析了ATMp和p14-ARF对p53-MDM2... p53是一种重要的抑癌因子,可激活细胞周期阻滞、DNA损伤修复、衰老或凋亡,在细胞命运决定中起重要作用。用ATMp的表达水平代表DNA损伤强度,建立了由p14-ARF调控的p53-MDM2网络的数学模型。通过数值模拟,分析了ATMp和p14-ARF对p53-MDM2通路的影响。研究表明,较低的ATMp水平会使p53p稳定在低稳态,适当的ATMp会激活p53-MDM2网络的振荡。此外,p53p的表达水平随着p14-ARF表达水平的升高呈现出低稳态,振荡和高稳态的动力学。 展开更多
关键词 p14-ARF p53-MDM2网络 分岔分析 数值模拟
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基于连续-离散扩展卡尔曼建模的p53-Mdm2调控关系研究 被引量:3
12
作者 姜莉 李玉榕 《中国生物医学工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第2期180-186,共7页
生物医学研究揭示,肿瘤抑制基因p53的表达水平与肿瘤的形成相关。p53相关的信号转导网络研究为揭示癌症、肿瘤的发病机制和寻找其治疗方法提供新思路,而p53和癌基因Mdm2的负反馈关系是该信号转导网络的核心部分。因此,研究p53-Mdm2的调... 生物医学研究揭示,肿瘤抑制基因p53的表达水平与肿瘤的形成相关。p53相关的信号转导网络研究为揭示癌症、肿瘤的发病机制和寻找其治疗方法提供新思路,而p53和癌基因Mdm2的负反馈关系是该信号转导网络的核心部分。因此,研究p53-Mdm2的调控关系意义重大。基于电离辐射后人类白血病细胞中测得的时间序列基因表达数据,利用连续-离散的扩展卡尔曼(EKF)算法,建立带有延迟特性的非线性动态连续随机生物网络模型,模拟电离辐射后的p53-Mdm2动态调控过程。同时,对所建立网络的准确性进行验证,可得模型的误差率为0.85%。结果表明:所提出的算法是收敛的,可以预测基因的表达水平,准确地模拟p53-Mdm2调控网络受到电离辐射后的衰减震荡响应过程,该过程和生物实验结果一致。所提出的算法为生物学实验建模提供一种有效的方法,并可以为网络系统动力学特性的研究提供条件。 展开更多
关键词 p53-Mdm2网络 连续-离散扩展卡尔曼(EKF)算法 时间序列数据 延迟
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基于网络药理学探讨苦参对人结肠癌细胞增殖及p53蛋白表达的影响机制 被引量:3
13
作者 张天泽 宋娟 +5 位作者 尹传华 杜楠 刘春杰 王利宁 李克明 张贺 《山东医药》 CAS 2022年第28期38-42,共5页
目的观察苦参碱对于人结肠癌细胞株HT-29增殖及p53蛋白表达的影响,探讨中药苦参治疗结肠癌的作用机制。方法选取人结肠癌细胞株HT-29,用IL-6处理造模后加不同浓度苦参碱干预,并设置空白对照组,检测IL-6处理模型组及不同浓度苦参碱干预各... 目的观察苦参碱对于人结肠癌细胞株HT-29增殖及p53蛋白表达的影响,探讨中药苦参治疗结肠癌的作用机制。方法选取人结肠癌细胞株HT-29,用IL-6处理造模后加不同浓度苦参碱干预,并设置空白对照组,检测IL-6处理模型组及不同浓度苦参碱干预各组HT-29细胞活力及p53蛋白表达情况。通过网络检索TCMSP、OMIM和Disgenet三个数据库得到苦参主要活性成分及对应疾病的靶点,运用String数据库及Cytoscape软件将苦参对结肠癌的潜在靶点构建PPI,将药物疾病共同基因导入Metasacpe数据平台进行GO和KEGG富集分析。结果人结肠癌细胞株HT-29模型组细胞活力较空白组增强,p53蛋白表达水平下降;经苦参碱干预后各组细胞活力明显降低,p53蛋白表达水平增高。通过网络检索数据库共检索出苦参的45个有效成分和22个潜在作用靶点,检索出的治疗通路主要有VEGF信号通路、癌症通路、晚期糖基化产物(AGE)-晚期糖基化终末产物受体(RAGE)信号通路等。结论苦参能抑制结肠癌细胞增殖,并提高抗肿瘤基因p53蛋白的表达;其机制为苦参中抗癌活性成分通过多种信号通路作用于p53、IL-6、AKT1、PTGS2等靶点,从而对结肠癌起到干预作用。 展开更多
关键词 结肠肿瘤 苦参 细胞增殖 p53蛋白 网络药理学
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Wip1和MiR-192对p53振荡动力学的影响 被引量:1
14
作者 张君婧 杨红丽 刘楠 《内蒙古大学学报(自然科学版)》 CAS 2024年第2期122-131,共10页
细胞应激触发动态的p53响应,包括与细胞命运紧密相关的振荡。通过构建包括p53-Mdm2负反馈回路、耦合ATM-p53-Wip1负反馈回路和p53-miR-192-Mdm2正反馈回路的数学模型,描述了MCF-7细胞中的p53振荡产生的机制,探究了Wip1和miR-192对p53振... 细胞应激触发动态的p53响应,包括与细胞命运紧密相关的振荡。通过构建包括p53-Mdm2负反馈回路、耦合ATM-p53-Wip1负反馈回路和p53-miR-192-Mdm2正反馈回路的数学模型,描述了MCF-7细胞中的p53振荡产生的机制,探究了Wip1和miR-192对p53振荡的影响。利用数值模拟和分岔分析获得了单个细胞的结果,表明p53振荡的产生需要Wip1和miR-192的共同参与;Wip1介导的负反馈回路对p53振荡的产生是必不可少的。此外,通过设置随机参数集,获得了细胞群中的结果,展现了细胞之间振荡特性的显著变异性;miR-192介导的正反馈回路对于增强p53响应系统的性能稳健性至关重要。研究结果与实验结论高度吻合,对理解p53振荡动力学行为有一定意义。 展开更多
关键词 振荡 p53网络 数学模型
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基于拟比对CNN方法的人类p53癌症基因二级数据库构建及分析 被引量:2
15
作者 王丹丹 李晨鸿 +2 位作者 徐海阳 蔡蓉 朱平 《食品与生物技术学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期15-20,共6页
以NCBI维护的一级数据库为数据源建立人类癌症p53核苷酸序列二级数据库,该数据库设计主要包括4个方面:癌症信息、p53序列信息、样本信息和参考文献信息。以XML格式为中间格式保存一级数据库数据,并通过解析提交到二级数据库,初步实现数... 以NCBI维护的一级数据库为数据源建立人类癌症p53核苷酸序列二级数据库,该数据库设计主要包括4个方面:癌症信息、p53序列信息、样本信息和参考文献信息。以XML格式为中间格式保存一级数据库数据,并通过解析提交到二级数据库,初步实现数据的检索、链接和统计分析等功能。本文提出一种拟比对CNN方法对p53癌症基因序列进行比对分析,通过改善传统CNN相似度评估公式,增强两序列全局比对相似度的敏感性和可靠性。结果表明,将改进的序列比对算法应用于乳腺癌和非小细胞肺癌p53外显子基因序列比对,发现外显子5突变后序列比对结果存在较大差异,可以作为区别这两种癌症的参考。此外,通过将一级数据库以XML形式转化成二级数据库,实现了网络数据与本地数据的动态交换。 展开更多
关键词 二级数据库 癌症 p53基因序列 细胞神经网络 序列比对
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单细胞中P53和Mdm2蛋白活性的不同振动行为研究
16
作者 杨莉荣 袁芳 《安徽农业科学》 CAS 北大核心 2008年第11期4386-4387,共2页
综述了p53基因及Mdm2基因的生物学特征,介绍了P53-Mdm2网络。
关键词 p53基因 MDM2基因 p53-Mdm2网络 自动调节
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头颈部鳞状细胞癌中与p53突变相关基因的鉴定
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作者 李倩云 陈冬 +2 位作者 黄子瑞 吴超颖 贾芳 《现代肿瘤医学》 CAS 2020年第17期2968-2973,共6页
目的:探讨在头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)中与p53突变相关的潜在关键基因。方法:从GEO数据库中下载芯片数据GSE107591,用R语言加权重基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)包构建基因共表达网络并划分模... 目的:探讨在头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)中与p53突变相关的潜在关键基因。方法:从GEO数据库中下载芯片数据GSE107591,用R语言加权重基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)包构建基因共表达网络并划分模块。选择与p53变异相关的基因模块进行GO分析和KEGG通路分析,并结合cytoscape筛选中枢基因。结果:基因共表达网络包括7个模块。其中蓝色(blue)模块与p53变异呈正相关,GO富集分析结果为细胞外基质组织等,KEGG通路为ECM受体相互作用等。蓝色模块的中枢基因为TPX2,CCNB2和DLGAP5。绿松石(turquoise)模块与p53变异呈负相关,GO富集分析结果为转录、DNA模板化等,KEGG通路为细胞黏附分子等。绿松石模块的中枢基因包括VWA3A,ARMC4,CFAP46和C11orf88(并列第三)。结论:通过WGCNA的方法能够从转录组数据中挖掘到头颈部鳞状细胞癌中与p53变异相关的重要基因,为疾病研究提供新的候选基因和分子机制。 展开更多
关键词 头颈部鳞状细胞癌 p53变异 WGCNA 共表达网络 模块 中枢基因
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紫堇灵治疗急性髓系白血病:潜在机制的网络药理学分析和实验验证
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作者 周武 张静馨 +5 位作者 刘远程 胡承龙 王斯奇 许建霞 黄海 韦四喜 《中国组织工程研究》 北大核心 2026年第16期4088-4104,共17页
背景:研究提示紫堇灵具有抗食管鳞状细胞癌、三阴性乳腺癌等肿瘤药理活性;然而,在治疗急性髓系白血病中的药理作用及其分子机制尚未被系统研究。目的:探讨紫堇灵对急性髓系白血病的治疗作用及潜在分子机制。方法:体外培养人急性髓系白... 背景:研究提示紫堇灵具有抗食管鳞状细胞癌、三阴性乳腺癌等肿瘤药理活性;然而,在治疗急性髓系白血病中的药理作用及其分子机制尚未被系统研究。目的:探讨紫堇灵对急性髓系白血病的治疗作用及潜在分子机制。方法:体外培养人急性髓系白血病细胞株Kasumi-1与MOLM-13,分别加入不同浓度(4,6,8μmol/L)紫堇灵处理,同时以二甲基亚砜作为对照,培养24,48,72 h,使用CCK-8法检测细胞活力,流式细胞术评估紫堇灵的药理活性。利用网络药理学预测紫堇灵抗急性髓系白血病的靶点基因;通过GO与KEGG分析揭示其潜在机制;构建蛋白质相互作用网络并结合临床相关性分析筛选核心靶点;使用分子对接与分子动力学模拟评估其与核心靶点的结合能力;qRT-PCR与Western blot验证其分子机制。结果与结论:①紫堇灵可抑制急性髓系白血病细胞增殖,诱导其凋亡,并引发G2/M期细胞周期阻滞。②网络药理学筛选出紫堇灵与急性髓系白血病相关的交集靶点基因102个。③GO和KEGG分析表明,紫堇灵通过调节蛋白磷酸化、诱导细胞凋亡及靶向磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B信号通路等机制治疗急性髓系白血病。④蛋白质相互作用网络与临床相关性分析筛选出视黄酸受体β、过氧化物合酶2、鼠双微体基因2和丝裂原激活蛋白激酶14为核心靶点,分子对接与分子动力学模拟显示紫堇灵与这些核心靶点具有强相互作用。⑤qRT-PCR和Western blot结果显示,紫堇灵通过抑制磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B通路激活及促进鼠双微体基因2蛋白降解激活p53转录功能来发挥抗急性髓系白血病作用。⑥此项研究揭示了紫堇灵在体外抗急性髓系白血病中的药理学作用及潜在机制,为天然化合物在急性髓系白血病中的应用提供更多理论依据。 展开更多
关键词 紫堇灵 急性髓系白血病 网络药理学 PI3K/AKT通路 p53信号 分子对接 分子动力学模拟 细胞凋亡 细胞周期阻滞
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基于网络药理学和动物实验研究复元益肾方治疗阿尔茨海默病机制
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作者 杜若飞 马慧芬 +3 位作者 王自闯 贾亚泉 张振强 宋军营 《世界中医药》 北大核心 2025年第10期1661-1671,共11页
目的:基于网络药理学结合动物实验探讨复元益肾方治疗阿尔茨海默病(AD)的作用机制。方法:动物实验通过水迷宫评价携带5个转基因突变的转基因小鼠(5×FAD)小鼠学习功能,苏木精-伊红(HE)染色、免疫组织化学检测脑组织病理,透射电镜观... 目的:基于网络药理学结合动物实验探讨复元益肾方治疗阿尔茨海默病(AD)的作用机制。方法:动物实验通过水迷宫评价携带5个转基因突变的转基因小鼠(5×FAD)小鼠学习功能,苏木精-伊红(HE)染色、免疫组织化学检测脑组织病理,透射电镜观察神经元超微结构。用超高效液相色谱-四极杆-轨道阱高分辨质谱联用技术(LC-MS)表征复元益肾方化学成分,筛选其与AD共有靶点,构建京都基因和基因组百科全书(KEGG)、基因本体(GO)富集分析。蛋白质印迹法(WB)检测哺乳动物雷帕霉素靶蛋白(p-mTOR/mTOR)、低氧诱导因子-1α(HIF-1α)、己糖激酶2(HK2)、抑癌基因P53蛋白表达情况。结果:与模型组比较,复元益肾方组可明显缩短逃避潜伏期(P<0.05),增加穿越平台次数(P<0.01)和目标象限时间(P<0.01),明显下调海马区和皮质区β-淀粉样蛋白(Aβ)表达(P<0.01),增加神经元数量,减少Aβ斑块沉积,改善神经元和小胶质细胞胞质形态。复元益肾方经LC-MS检测得到145种成分,与AD共有靶点320个;GO富集分析得到2 832条生物过程、152条细胞组分、293条分子功能;KEGG富集分析得到198条信号通路,涉及HIF-1α通路、P53通路、mTOR通路等。WB结果显示,与模型组比较,复元益肾方组p-mTOR/mTOR、HIF-1α、HK2、P53蛋白表达显著降低。结论:复元益肾方减少Aβ斑块沉积,改善神经元损伤和小胶质细胞形态,发挥治疗AD作用,其机制可能与调控p-mTOR/mTOR、HIF-1α、HK2、P53等蛋白表达有关。 展开更多
关键词 阿尔茨海默病 复元益肾方 网络药理学 小胶质细胞 低氧诱导因子-1Α 抑癌基因53 哺乳动物雷帕霉素靶蛋白 己糖激酶2
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基于网络药理学预测胡桃醌抗黑色素瘤的作用机制及实验验证
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作者 张锦瑞 张娟 苗明三 《世界中医药》 北大核心 2025年第11期1836-1842,共7页
目的:通过网络药理学和实验验证探讨胡桃醌潜在抗黑色素瘤的作用机制。方法:通过比较毒理基因组学数据库(CTD)、疗效药靶数据库(TTD)、人类孟德尔遗传病数据库(OMIM)、GeneCards、DisGeNET数据库,分别筛选出胡桃醌和黑色素瘤的作用靶点... 目的:通过网络药理学和实验验证探讨胡桃醌潜在抗黑色素瘤的作用机制。方法:通过比较毒理基因组学数据库(CTD)、疗效药靶数据库(TTD)、人类孟德尔遗传病数据库(OMIM)、GeneCards、DisGeNET数据库,分别筛选出胡桃醌和黑色素瘤的作用靶点。基于STRING数据库对交集靶点进行分析,通过Cytoscape建立蛋白互作网络。利用Metascape平台分析基因本体(GO)富集和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集。进行细胞实验,验证胡桃醌对B16F10细胞的细胞活力、细胞侵袭能力、细胞上清液炎症介质白细胞介素-1β(IL-1β)、白细胞介素-6(IL-6)和肿瘤坏死因子-α(TNF-α)水平及肿瘤蛋白p53(p53)表达水平的影响。结果:筛选出交集靶37个;得到核心靶点基因前3位为肿瘤蛋白p53、胱天蛋白酶3(CASP3)、TNF;KEGG通路富集分析表明与癌症通路等信号通路密切相关;GO富集分析生物过程涉及异种生物刺激反应等。细胞实验结果显示,胡桃醌能够通过抑制B16F10细胞增殖及侵袭,抑制细胞炎症介质表达,上调p53及Phospho-p53(p-p53)蛋白表达。结论:胡桃醌治疗黑色素瘤具有多靶点、多通路作用的特点,为进一步研究其侵袭转移作用机制提供科学依据和实验支撑。 展开更多
关键词 胡桃醌 黑色素瘤 网络药理 实验验证 炎症介质 p53 p-p53 肿瘤坏死因子
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