基于云计算的多类蛋白质折叠拟物预测方法

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作者 徐胜超 钟娉婷 《计算机与数字工程》 2025年第8期2216-2221,2277,共7页

研究基于云计算的多类蛋白质折叠拟物预测方法。通过在拟物算法内,引入变步长思想,设计变步长拟物算法;计算不同蛋白质折叠结构的总势能,以最小总势能对应的蛋白质折叠结构为预测结果;在云平台每个虚拟单元上,运行变步长拟物算法的串行... 研究基于云计算的多类蛋白质折叠拟物预测方法。通过在拟物算法内,引入变步长思想,设计变步长拟物算法;计算不同蛋白质折叠结构的总势能,以最小总势能对应的蛋白质折叠结构为预测结果;在云平台每个虚拟单元上,运行变步长拟物算法的串行程序,实现多类蛋白质折叠拟物预测。实验结果证明:该方法可有效预测不同类型蛋白质折叠结构,且预测的蛋白质折叠结构均符合真实的蛋白质特性;在不同工作机节点数量时,该方法预测多类蛋白质折叠结构的吞吐量均较大,说明多类蛋白质折叠寻找到总势能最小空间结构的概率大大增加,即预测精度较高。 展开更多

关键词 云计算 多类蛋白质 折叠结构 拟物算法 变步长 总势能

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条锈菌诱导的小麦MBF1转录辅激活因子基因的克隆及其特征分析 被引量：10

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作者 张毅 张岗 +3 位作者 董艳玲 郭军 黄丽丽 康振生 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第1期11-17,共7页

应用电子克隆和RT-PCR方法,从小麦叶片中分离出一个条锈菌诱导的编码MBF1基因的cDNA序列,暂被命名为TaMBF1a。TaMBF1a包含一个完整的429 bp的开放阅读框,编码142个氨基酸,具有MBF1保守结构域;小麦TaMBF1a氨基酸序列与水稻OsMBF1相似性达... 应用电子克隆和RT-PCR方法,从小麦叶片中分离出一个条锈菌诱导的编码MBF1基因的cDNA序列,暂被命名为TaMBF1a。TaMBF1a包含一个完整的429 bp的开放阅读框,编码142个氨基酸,具有MBF1保守结构域;小麦TaMBF1a氨基酸序列与水稻OsMBF1相似性达92%,与拟南芥AtMBF1a相似性达80%。TaMBF1a编码的蛋白可能是核蛋白,且该基因在小麦根、茎、叶组织中表达量基本一致。在小麦与条锈菌的亲和、非亲和互作中,TaMBF1a基因均受条锈菌诱导高水平表达,且非亲和组合表达量高于亲和组合。外源植物激素水杨酸、乙烯、脱落酸也可诱导该基因快速上调表达,表明TaMBF1a可能通过水杨酸、乙烯等信号途径参与小麦对条锈菌的防御反应。 展开更多

关键词 条锈菌 小麦 MBF1转录辅激活因子 电子克隆 基因表达

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番茄多蛋白桥梁因子基因LeMBF1的克隆及抗病性分析 被引量：7

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作者 唐平华 陈国平 +3 位作者 潘宇 张彦杰 张彬 胡宗利 《生命科学研究》 CAS CSCD 北大核心 2012年第2期138-143,148,共7页

采用同源序列克隆法,从番茄中克隆了多蛋白桥梁因子基因LeMBF1,该基因包含一个完整的420 bp的开放阅读框,编码139个氨基酸,具有MBF1保守结构域.LeMBF1氨基酸序列与马铃薯StMBF1、烟草NtMBF1和葡萄VvMBF1的氨基酸序列相似度分别是99.3%、... 采用同源序列克隆法,从番茄中克隆了多蛋白桥梁因子基因LeMBF1,该基因包含一个完整的420 bp的开放阅读框,编码139个氨基酸,具有MBF1保守结构域.LeMBF1氨基酸序列与马铃薯StMBF1、烟草NtMBF1和葡萄VvMBF1的氨基酸序列相似度分别是99.3%、91.4%和84.2%.为了研究番茄多蛋白桥梁因子LeMBF1在植物抗病性中的作用,以LeMBF1超表达转基因番茄和野生型番茄为材料,对其进行接种病原细菌Pst.DC3000和尖孢镰刀菌Fusarium.oxysporum的生物胁迫实验.抗菌表型分析发现,LeMBF1超表达转基因番茄叶片上的菌斑数明显少于对照植株;实时定量PCR分析表明,LeMBF1超表达番茄植株中防卫基因PR1、PR6的表达水平明显增强.由此可见,LeMBF1可能通过激活部分PRs基因的表达提高了植物的抗病性. 展开更多

关键词 番茄 多蛋白桥梁因子 LeMBF1 抗病性

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138例慢性前列腺炎患者精浆锌元素和前列腺卵磷脂小体检测分析 被引量：1

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作者 姚艺雄 李凯英 区志刚 《检验医学与临床》 CAS 2009年第14期1161-1162,共2页

目的观察前列腺按摩液(EPS)卵磷脂小体和精浆锌元素的数值变化,研究二者的关系。方法测量183例慢性前列腺炎患者EPS中卵磷脂小体数值,以百分比表示,同期分离精浆,测定锌浓度,口服有机锌制剂(复合蛋白锌),1个月为1个疗程,再复查上述2项数... 目的观察前列腺按摩液(EPS)卵磷脂小体和精浆锌元素的数值变化,研究二者的关系。方法测量183例慢性前列腺炎患者EPS中卵磷脂小体数值,以百分比表示,同期分离精浆,测定锌浓度,口服有机锌制剂(复合蛋白锌),1个月为1个疗程,再复查上述2项数值,数据用SPSS软件包分析处理。结果183例患者口服复合蛋白锌后,显效72例,有效71例,无效40例,总有效率78.14%。服药前、后对比,差异有统计学意义(P<0.05)。结论精浆锌浓度与卵磷脂小体有正相关关系,补充锌元素可增加前列腺卵磷脂小体,进而可有效治疗慢性前列腺炎。 展开更多

关键词 慢性前列腺炎 锌制剂 复合蛋白锌 卵磷脂小体

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炎性体抗病毒信号通路与宫颈癌 被引量：2

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作者 罗远材 张玉华 《国际妇产科学杂志》 CAS 2015年第3期245-248,共4页

炎性体是存在于免疫活性细胞内的大分子、多蛋白复合体,能够感受细菌、病毒等外在病原体的刺激激活半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶1(caspase-1),促进白细胞介素1β(IL-1β)和IL-18前体的加工成熟,参与机体炎性反应与免疫应答,诱导一种特殊的细... 炎性体是存在于免疫活性细胞内的大分子、多蛋白复合体,能够感受细菌、病毒等外在病原体的刺激激活半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶1(caspase-1),促进白细胞介素1β(IL-1β)和IL-18前体的加工成熟,参与机体炎性反应与免疫应答,诱导一种特殊的细胞死亡,即细胞焦亡(pyroptosis)。细胞焦亡是一种不同于凋亡和坏死的程序性细胞死亡形式,其特点为细胞在死亡过程中发生渗透性崩解,释放大量的炎性细胞因子,对邻近细胞产生促炎效应,快速启动天然免疫,能够对抗肿瘤的形成。综述近年炎性体抗病毒信号通路与宫颈癌相关的研究进展。 展开更多

关键词 多蛋白复合物 宫颈肿瘤 乳头状瘤病毒科 半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶1 白细胞介素1Β 细胞焦亡

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NLRP3炎症小体与儿童自身炎症性疾病研究进展 被引量：3

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作者 李艳蝶 卢美萍 《浙江大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2017年第4期449-453,共5页

儿童自身炎症性疾病(AID)是难治性疾病之一,发病机制尚未完全明确。近年来大量研究表明,NLRP3炎症小体失调在儿童AID的发生、发展中具有重要作用。NLRP3炎症小体是细胞内的一种多蛋白复合物,它能激活半胱氨酸天冬氨酸特异蛋白酶1(caspas... 儿童自身炎症性疾病(AID)是难治性疾病之一,发病机制尚未完全明确。近年来大量研究表明,NLRP3炎症小体失调在儿童AID的发生、发展中具有重要作用。NLRP3炎症小体是细胞内的一种多蛋白复合物,它能激活半胱氨酸天冬氨酸特异蛋白酶1(caspase-1),进一步促进炎症因子IL-1β和IL-18的成熟和分泌,从而促进细胞凋亡,调节固有免疫应答。IL-1受体拮抗剂(Anakinra)和IL-1β单克隆抗体(Canakinumab)治疗儿童AID取得了较好的疗效。本文就NLRP3炎症小体在该类疾病发病机制中的研究进展作一综述。 展开更多

关键词 多蛋白复合物 自身免疫疾病 白细胞介素1Β 染色体障碍 综述

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复合蛋白锌治疗男性不育症的效果

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作者 王福经 王冬菊 孙玲 《齐鲁医学杂志》 2004年第5期425-426,共2页

①目的　探讨复合蛋白锌对男性不育症的治疗效果。②方法　对 30例男性不育症病人在病原治疗的基础上加用复合蛋白锌治疗 4个月。应用精液电子计算机自动分析系统检测治疗前后精液和精子的质量 ,并进行对比 ;采用PCR检测病人病原体复制... ①目的　探讨复合蛋白锌对男性不育症的治疗效果。②方法　对 30例男性不育症病人在病原治疗的基础上加用复合蛋白锌治疗 4个月。应用精液电子计算机自动分析系统检测治疗前后精液和精子的质量 ,并进行对比 ;采用PCR检测病人病原体复制拷贝数。③结果　治疗后精液性状、颜色改善 ,pH值较为理想 ;精液量、精子数、精子活率、精子活动力、运动精子数增加 ,畸形率明显减少 ,差异均有显著意义 (t =1.985～ 3.172 ,P <0 .0 1)。 展开更多

关键词 复合蛋白锌 不育 男性 药物疗法

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含人脂肪来源蛋白复合物的三维生物打印墨水的创面修复效应初探 被引量：3

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作者 张超 李曌 +7 位作者 宋薇 姚斌 恩和吉日嘎拉 张孟德 梁莉婷 姜玉峰 付小兵 黄沙 《中华烧伤杂志》 CAS CSCD 北大核心 2021年第11期1011-1023,共13页

目的探讨人脂肪来源蛋白复合物(ADPC)对人皮肤成纤维细胞(HSF)和人脐静脉内皮细胞(HUVEC)增殖和迁移能力的影响,以及含ADPC的三维生物打印墨水(Bioink)在裸鼠全层皮肤缺损创面中的修复效应。方法采用实验研究方法。收集解放军总医院2020... 目的探讨人脂肪来源蛋白复合物(ADPC)对人皮肤成纤维细胞(HSF)和人脐静脉内皮细胞(HUVEC)增殖和迁移能力的影响,以及含ADPC的三维生物打印墨水(Bioink)在裸鼠全层皮肤缺损创面中的修复效应。方法采用实验研究方法。收集解放军总医院2020年10月—2021年3月收治的3例行腹部皮瓣转移修补术的女性慢性创面患者(年龄29~34岁)的废弃皮下脂肪组织和同期收治的3名行腹部抽脂术的健康女性(年龄24~36岁)的废弃抽脂术脂肪组织,分别制备正常ADPC(nADPC)及抽脂术ADPC(lADPC)。采用二辛丁酸法测定2种ADPC的蛋白浓度,计算2种ADPC的提取效率,样本数均为3。取对数生长期HSF和HUVEC进行后续实验。取2种细胞均按随机数字表法(分组方法下同)分为磷酸盐缓冲液(PBS)对照组、4μg/mL nADPC组、20μg/mL nADPC组、100μg/mL nADPC组和200μg/mL nADPC组,每组5孔。PBS对照组细胞采用PBS培养,余4组分别采用含相应终质量浓度的nADPC培养。常规培养24 h,采用细胞计数试剂盒8法检测细胞增殖活力。取HSF和HUVEC,分为PBS对照组、单纯nADPC组、单纯lADPC组、单纯肿瘤坏死因子α(TNF-α)组、TNF-α+nADPC组、TNF-α+lADPC组。PBS对照组与单纯TNF-α组细胞分别加入PBS,单纯nADPC组、单纯lADPC组、TNF-α+nADPC组及TNF-α+lADPC组中分别加入终质量浓度100μg/mL的nADPC或lADPC,单纯TNF-α组、TNF-α+nADPC组及TNF-α+lADPC组再加入终质量浓度20 ng/mL的TNF-α。进行细胞划痕试验后计算划痕后24 h细胞迁移率(样本数为3),同前检测培养24 h细胞增殖活力(样本数为5)。取明胶-海藻酸钠复合Bioink(Bioink AG),制备含100μg/mL lADPC的Bioink AG(lADPC-Bioink AG),观察二者在室温下及冷凝后的形态和三维生物打印且交联后的形态,采用流变仪检测流变性能时记录低温成胶时间(样本数为3)。取20只8~10周龄雌性BALB/c-NU裸鼠,建立背部全层皮肤缺损创面模型后,分为常规换药组、单纯lADPC组、单纯Bioink AG组和lADPC-Bioink AG组,每组5只。常规换药组裸鼠创面仅覆盖水胶体敷料和常规换药,其余3组裸鼠创面另予相应lADPC、Bioink AG、lADPC-Bioink AG处理。从治疗0 d起,行大体观察,计算治疗2、6、10 d的创面愈合率。治疗10 d,采用苏木精-伊红染色行创面组织病理学观察。对数据行独立样本t检验、单因素方差分析、重复测量方差分析、SNK-q检验及LSD-t检验。结果lADPC的蛋白浓度、提取效率分别为(1.306±0.011)mg/mL、(11.1±1.5)%,明显低于nADPC的(2.039±0.042)mg/mL、(22.2±2.0)%(t=23.83、6.38,P<0.05或P<0.01)。培养24 h,与PBS对照组比较,100μg/mL nADPC组和200μg/mL nADPC组HSF(q=6.943、6.375,P<0.01)和HUVEC(q=6.301、6.496,P<0.01)增殖活力均明显下降;与100μg/mL nADPC组比较,200μg/mL nADPC组HSF和HUVEC增殖活力无明显变化(P>0.05)。划痕后24 h,与PBS对照组比较,单纯nADPC组、单纯lADPC组、单纯TNF-α组HSF和HUVEC迁移率均明显降低(q=5.642、6.645、11.480,4.772、6.298、10.420,P<0.05或P<0.01);与单纯nADPC组比较,单纯lADPC组HSF和HUVEC迁移率无明显变化(P>0.05);与单纯TNF-α组比较,TNF-α+nADPC组、TNF-α+lADPC组HSF迁移率无明显变化(P>0.05),HUVEC迁移率均明显升高(q=8.585、7.253,P<0.01);与TNF-α+nADPC组比较,TNF-α+lADPC组HSF和HUVEC迁移率无明显变化(P>0.05)。培养24 h,与PBS对照组比较,单纯nADPC组、单纯lADPC组、单纯TNF-α组HSF和HUVEC增殖活力均明显降低(q=5.803、5.371、9.136,11.580、9.493、13.510,P<0.05或P<0.01);与单纯nADPC组比较,单纯lADPC组HSF和HUVEC增殖活力均无明显变化(P>0.05);与单纯TNF-α组比较,TNF-α+nADPC组、TNF-α+lADPC组HSF(q=14.990、10.850,P<0.01)和HUVEC(q=7.066、8.942,P<0.01)增殖活力均明显升高;与TNF-α+nADPC组比较,TNF-α+lADPC组HSF和HUVEC增殖活力均无明显变化(P>0.05)。室温及冷凝状态下,lADPC-Bioink AG比Bioink AG外观稍显浑浊;三维生物打印且交联后lADPC-Bioink AG与Bioink AG形态类似。在10℃时,lADPC-Bioink AG的凝固时间为(76.6±0.4)s,明显慢于Bioink AG的(74.4±0.6)s(t=4.64,P<0.01)。治疗2 d,常规换药组裸鼠创面渗出较多,其余3组无明显渗出;治疗8 d,lADPC-Bioink AG组裸鼠残余创面面积最小,有明显上皮覆盖。治疗2 d,lADPC-Bioink AG组裸鼠创面愈合率明显高于单纯lADPC组(t=3.59,P<0.05),与常规换药组、单纯Bioink AG组相近(P>0.05);治疗6 d,lADPC-Bioink AG组裸鼠创面愈合率明显高于常规换药组、单纯lADPC组、单纯Bioink AG组(t=18.70、15.70、3.15,P<0.05或P<0.01);治疗10 d,lADPC-Bioink AG组裸鼠创面愈合率明显高于常规换药组、单纯lADPC组(t=12.51、4.84,P<0.01),与单纯Bioink AG组相近(P>0.05)。治疗10 d,lADPC-Bioink AG组裸鼠创面组织血管化程度适中,上皮化充分,愈合效果最好。结论抽脂术相关操作会降低ADPC蛋白浓度、提取效率等表征,但lADPC与nADPC具有相同的生物学作用,可在非炎症环境中抑制HSF与HUVEC的增殖与迁移能力,在炎症环境中提高HSF与HUVEC的增殖活力,同时提高HUVEC的迁移能力;将lADPC加入Bioink AG中后,不会明显影响Bioink AG的物理性质及打印性能,并可以提升裸鼠全层皮肤缺损创面的修复效果。 展开更多

关键词 再生医学 组织工程 多蛋白复合物 三维生物打印墨水 创面修复

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蓝色非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳系统在多蛋白质复合体研究中的应用 被引量：2

9

作者 刘金凤 孙志贤 《军事医学科学院院刊》 CSCD 北大核心 2010年第2期191-194,共4页

多蛋白质复合体(MPCs)是蛋白质在体内发挥功能的重要形式之一。鉴定MPCs对于整体理解决定蛋白质功能和细胞行为的蛋白质-蛋白质相互作用网络具有至关重要的意义。鉴定MPCs的限制因素之一是MPCs的分离方法。蓝色非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳... 多蛋白质复合体(MPCs)是蛋白质在体内发挥功能的重要形式之一。鉴定MPCs对于整体理解决定蛋白质功能和细胞行为的蛋白质-蛋白质相互作用网络具有至关重要的意义。鉴定MPCs的限制因素之一是MPCs的分离方法。蓝色非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳(BN-PAGE)系统是研究这些复合体的强有效的工具。BN-PAGE系统是一种依赖于染料考马斯亮蓝(CBB)G-250给蛋白质加上负电荷的非变性蛋白分离方法,适用于分离相对分子质量10×103至10×106范围的MPCs。近年来,有关BN-PAGE系统用于哺乳动物细胞MPCs研究的报道有了很大的增长。本文重点对BN-PAGE系统的原理、发展及应用进行综述。 展开更多

关键词 蛋白质类 多蛋白质复合体 蓝色非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳 分离 原理 应用

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免疫共沉淀技术的应用研究 被引量：7

10

作者 樊同涛 樊小农 +2 位作者 麻聪聪 王晓光 常女子 《中华针灸电子杂志》 2014年第4期13-16,共4页

免疫共沉淀技术是研究蛋白质.蛋白质之间相互作用的重要方法之一,可以确定在生理状态下细胞内相互作用的蛋白质。在蛋白复合物的研究中,不仅可以用于验证其存在,还可以发现新的蛋白复合物。近来,中医药科研工作者应用此技术来揭示中医... 免疫共沉淀技术是研究蛋白质.蛋白质之间相互作用的重要方法之一,可以确定在生理状态下细胞内相互作用的蛋白质。在蛋白复合物的研究中,不仅可以用于验证其存在,还可以发现新的蛋白复合物。近来,中医药科研工作者应用此技术来揭示中医药的作用机制,取得了一些成绩。就近几年免疫共沉淀技术的应用研究做文献综述。 展开更多

关键词 分子生物学 多蛋白复合物 热休克蛋白质类 免疫共沉淀

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紫杉醇化疗后卵巢上皮性癌组织中COP9、JAK2、HSP、NADH基因表达的变化及其意义 被引量：1

11

作者 李红霞 《中华妇产科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2008年第7期528-532,共5页

目的探讨卵巢上皮性癌（卵巢癌）紫杉醇化疗后癌组织中COP9、JAK2、HSP、NADH基因表达的变化及其意义。方法采用RT-PCR技术及实时定量PCR技术检测54份卵巢癌组织中JAK2、HSP、NADH和COP9基因的表达，并分析其临床意义。其中，接受紫杉... 目的探讨卵巢上皮性癌（卵巢癌）紫杉醇化疗后癌组织中COP9、JAK2、HSP、NADH基因表达的变化及其意义。方法采用RT-PCR技术及实时定量PCR技术检测54份卵巢癌组织中JAK2、HSP、NADH和COP9基因的表达，并分析其临床意义。其中，接受紫杉醇化疗者33份（接受2—4、6—10个疗程化疗者分别为15、18份），未接受化疗者21份；病理分级：G1-G2 24份，G3，30份；病理类型：浆液性囊腺癌26份，黏液性囊腺癌21份，子宫内膜样腺癌7份；手术病理分期：Ⅲ期49份，Ⅳ期5份。结果RT-PCR技术检测显示，COP9基因过度表达率化疗者为39％，明显低于未化疗者的95％（P〈0．01）；而JAK2、HSP、NADH基因过度表达率化疗者分别为91％、97％及94％，明显高于未化疗者的29％、48％及43％（P〈0．05）。除JAK2基因过度表达率在不同病理分级的癌组织中比较，差异有统计学意义（P〈0．01）外，其他基因在不同病理分级、病理类型、手术病理分期及不同疗程化疗者间比较，差异均无统计学意义（P〉0．05）。进一步行实时定量PCR技术检测显示，化疗者COP9、JAK2、HSP和NADH基因的拷贝数分别为568、7653、5766和3200，未化疗者分别为1886、3094、3341和1522，两者分别比较，差异均有统计学意义（P〈0．05）。除COP9基因的拷贝数在不同疗程化疗患者的癌组织中比较，差异无统计学意义（P〉0．05）外，其他基因在不同疗程化疗、病理分级的癌组织中比较，差异均有统计学意义（P〈0．05）；上述4个基因拷贝数在不同病理类型间比较，差异均无统计学意义（P〉0．05）。Ⅳ期患者癌组织中HSP、NADH基因拷贝数明显高于Ⅲ期（P值分别为〈0．01、〈0．05）；但COP9及JAK2基因拷贝数在两者间比较，差异无统计学意义（P〉0．05）。JAK2、HSP、NADH基因表达3者间均呈明显正相关关系（r=0．56、0．44、0．57，P均〈0．01）；COP9与JAK2基因表达呈明显负相关关系（r=-0．48，P〈0．01），但与HSP、NADH基因表达无明显相关性（r=-0．18、-0．06，P均〉0．05）。结论COP9基因表达的下调和JAK2、HSP、NADH基因表达的上调可能与卵巢癌紫杉醇化疗耐药有一定的关系。 展开更多

关键词 卵巢肿瘤 紫杉酚 抗药性 肿瘤 肽水解酶类 多蛋白复合物 蛋白质酪氨酸激酶 热休克蛋白质类 聚合酶链反应

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