目的研究大连市2023—2024年分离的18株布鲁氏菌基因组特征,为布鲁氏菌分子溯源、毒力基因分析以及耐药机制的研究提供数据支持。方法对大连市2023—2024年分离自患者的18株布鲁氏菌进行生化鉴定和全基因组测序,利用基因组分析软件对全...目的研究大连市2023—2024年分离的18株布鲁氏菌基因组特征,为布鲁氏菌分子溯源、毒力基因分析以及耐药机制的研究提供数据支持。方法对大连市2023—2024年分离自患者的18株布鲁氏菌进行生化鉴定和全基因组测序,利用基因组分析软件对全基因组数据进行质控和基因组组装,同时从NCBI下载布鲁氏菌基因组序列,对组装基因组开展多位点序列分型(MLST)、全基因组单核苷酸多态性分析(whole-genome Single Nucleotide Polymorphism,wgSNP)、毒力基因和耐药基因分析。结果MLST分型结果:18株布鲁氏菌均为羊种布鲁氏菌ST8型。wgSNP结果:18株本地菌株和其他22株菌株被分为40个SNP型,所有菌株间均存在SNP差异,总SNP数为20590。通过系统发育分析,40株菌被分为3个主进化分支,2株本地菌株与呼和浩特、河北分离的菌株亲缘关系较近,位于主进化分支1上;4株本地菌株与通辽分离的菌株亲缘关系较近,位于主进化分支2上;其余12株本地菌株与其他19株菌株亲缘关系较近,均位于主进化分支3上,12株本地菌株与2株北京分离株、2株呼伦贝尔分离株位于主进化分支3的亚分支3b上,其他种的布鲁氏菌参考株均位于主进化分支3的亚分支3a上。DL230017BRU与DL231021BRU、DL240794BRU与DL240723BRU之间的SNP数均为2。18株菌株均有LPS、T4SS等13种毒力基因和adeF、Brucella suis mprF两种耐药基因。结论没有足够的流行病学信息支持这18株菌株为同一来源,且部分菌株与国内其他地区分离的菌株亲缘关系较近,但这些菌株具有潜在的致病性和耐药性,有必要开展连续监测,为布鲁氏菌病防控提供依据。展开更多
目的分析辽宁省肉类食物中小肠结肠炎耶尔森菌病原学特征。方法对从肉类食品中分离的小肠结肠炎耶尔森菌进行病原生物学分析、多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)试验及耐药性检测分析。结果2024年从肉类食品中共检出40株...目的分析辽宁省肉类食物中小肠结肠炎耶尔森菌病原学特征。方法对从肉类食品中分离的小肠结肠炎耶尔森菌进行病原生物学分析、多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)试验及耐药性检测分析。结果2024年从肉类食品中共检出40株,血清型鉴定出O:8、O:3、O:53种,以O:8型为主;生物型为1A型和3型;毒力基因检测可分为4种型别,主要型别为I型携带foxA;脉冲场凝胶电泳(pluse field gel eletrophoresis,PFGE)分为10组为A~J,A组占比高;MLST共分为26个型别,其中有10个新型,STN16和STN11位于核心位置向四周发散;药物敏感试验对萘啶酸耐药率最高,其次为链霉素,再次为环丙沙星和氨苄西林耐药。结论2024年辽宁省肉类食品中分离的小肠结肠炎耶尔森菌血清型为3种,生物型非常集中,毒力基因以I型为主,序列分型(sequence type,ST)基因型呈多样性发散分布,多重抗生素耐药模式,应重点加强对猪、牛、鸡等肉类食品的监管。展开更多
文摘目的研究大连市2023—2024年分离的18株布鲁氏菌基因组特征,为布鲁氏菌分子溯源、毒力基因分析以及耐药机制的研究提供数据支持。方法对大连市2023—2024年分离自患者的18株布鲁氏菌进行生化鉴定和全基因组测序,利用基因组分析软件对全基因组数据进行质控和基因组组装,同时从NCBI下载布鲁氏菌基因组序列,对组装基因组开展多位点序列分型(MLST)、全基因组单核苷酸多态性分析(whole-genome Single Nucleotide Polymorphism,wgSNP)、毒力基因和耐药基因分析。结果MLST分型结果:18株布鲁氏菌均为羊种布鲁氏菌ST8型。wgSNP结果:18株本地菌株和其他22株菌株被分为40个SNP型,所有菌株间均存在SNP差异,总SNP数为20590。通过系统发育分析,40株菌被分为3个主进化分支,2株本地菌株与呼和浩特、河北分离的菌株亲缘关系较近,位于主进化分支1上;4株本地菌株与通辽分离的菌株亲缘关系较近,位于主进化分支2上;其余12株本地菌株与其他19株菌株亲缘关系较近,均位于主进化分支3上,12株本地菌株与2株北京分离株、2株呼伦贝尔分离株位于主进化分支3的亚分支3b上,其他种的布鲁氏菌参考株均位于主进化分支3的亚分支3a上。DL230017BRU与DL231021BRU、DL240794BRU与DL240723BRU之间的SNP数均为2。18株菌株均有LPS、T4SS等13种毒力基因和adeF、Brucella suis mprF两种耐药基因。结论没有足够的流行病学信息支持这18株菌株为同一来源,且部分菌株与国内其他地区分离的菌株亲缘关系较近,但这些菌株具有潜在的致病性和耐药性,有必要开展连续监测,为布鲁氏菌病防控提供依据。
文摘目的分析辽宁省肉类食物中小肠结肠炎耶尔森菌病原学特征。方法对从肉类食品中分离的小肠结肠炎耶尔森菌进行病原生物学分析、多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)试验及耐药性检测分析。结果2024年从肉类食品中共检出40株,血清型鉴定出O:8、O:3、O:53种,以O:8型为主;生物型为1A型和3型;毒力基因检测可分为4种型别,主要型别为I型携带foxA;脉冲场凝胶电泳(pluse field gel eletrophoresis,PFGE)分为10组为A~J,A组占比高;MLST共分为26个型别,其中有10个新型,STN16和STN11位于核心位置向四周发散;药物敏感试验对萘啶酸耐药率最高,其次为链霉素,再次为环丙沙星和氨苄西林耐药。结论2024年辽宁省肉类食品中分离的小肠结肠炎耶尔森菌血清型为3种,生物型非常集中,毒力基因以I型为主,序列分型(sequence type,ST)基因型呈多样性发散分布,多重抗生素耐药模式,应重点加强对猪、牛、鸡等肉类食品的监管。
