目的:基于生物信息学方法探讨弱精子症相关的microRNAs(miRNAs)和基因,为弱精子症的诊疗提供新的思路。方法:通过pubmed和web of science筛选文献确定与弱精子症相关的miRNAs,然后通过TargetScan数据库预测其靶基因。在基因表达综合数据...目的:基于生物信息学方法探讨弱精子症相关的microRNAs(miRNAs)和基因,为弱精子症的诊疗提供新的思路。方法:通过pubmed和web of science筛选文献确定与弱精子症相关的miRNAs,然后通过TargetScan数据库预测其靶基因。在基因表达综合数据库(GEO)中选择与弱精子症相关的数据集GSE92578,通过GEO_(2)R软件分析获取差异表达基因(DEGs)。对上述miRNAs的靶基因和分析获得的DEGs取交集,获取最终的DEGs。利用DAVID数据库对上述DEGs进行基因本体分析(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析。然后,基因STRING数据库进行蛋白互作(PPI)网络分析获得关键基因,再通过cytoscape软件及其插件cytoHubba获取节点基因。结果:通过文献共筛选出7个差异表达的miRNAs和84个差异表达基因。GO富集分析结果,差异基因参与的生物过程(BP)主要包括同源蛋白绑定,蛋白激酶绑定和蛋白质丝氨酸/苏氨酸激酶活动;细胞组成(CC)主要包括细胞质、细胞膜、溶酶体膜和顶体等;分子功能(MF)主要包括RNA聚合酶Ⅱ启动子的转录进行正向调节、蛋白质转移、细胞外基质组织和磷酸化作用的正向调节等。KEGG相关通路涉及PI3K-Akt信号通路、人类乳头瘤病毒感染通路、血小板激活和化学致癌-受体激活等通路。并通过cytoscape获得10个节点基因分别为AKT1、MAPK3、BRD4、DNMT3A、FURIN、LMNB2、COL5A2、COL5A3、COL11A1、COL27A1。结论:本研究获得的miRNAs、hub基因和相关通路,在弱精子症病理程中可能发挥着重要的作用,可为后续机制研究提供参考靶点。展开更多
文摘目的:基于生物信息学方法探讨弱精子症相关的microRNAs(miRNAs)和基因,为弱精子症的诊疗提供新的思路。方法:通过pubmed和web of science筛选文献确定与弱精子症相关的miRNAs,然后通过TargetScan数据库预测其靶基因。在基因表达综合数据库(GEO)中选择与弱精子症相关的数据集GSE92578,通过GEO_(2)R软件分析获取差异表达基因(DEGs)。对上述miRNAs的靶基因和分析获得的DEGs取交集,获取最终的DEGs。利用DAVID数据库对上述DEGs进行基因本体分析(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析。然后,基因STRING数据库进行蛋白互作(PPI)网络分析获得关键基因,再通过cytoscape软件及其插件cytoHubba获取节点基因。结果:通过文献共筛选出7个差异表达的miRNAs和84个差异表达基因。GO富集分析结果,差异基因参与的生物过程(BP)主要包括同源蛋白绑定,蛋白激酶绑定和蛋白质丝氨酸/苏氨酸激酶活动;细胞组成(CC)主要包括细胞质、细胞膜、溶酶体膜和顶体等;分子功能(MF)主要包括RNA聚合酶Ⅱ启动子的转录进行正向调节、蛋白质转移、细胞外基质组织和磷酸化作用的正向调节等。KEGG相关通路涉及PI3K-Akt信号通路、人类乳头瘤病毒感染通路、血小板激活和化学致癌-受体激活等通路。并通过cytoscape获得10个节点基因分别为AKT1、MAPK3、BRD4、DNMT3A、FURIN、LMNB2、COL5A2、COL5A3、COL11A1、COL27A1。结论:本研究获得的miRNAs、hub基因和相关通路,在弱精子症病理程中可能发挥着重要的作用,可为后续机制研究提供参考靶点。
