目的通过生物信息学方法分析参与高脂饮食损伤甲状腺功能的miRNA-mRNA调控网络,为早期干预脂毒性损伤甲状腺功能提供新的靶点。方法给予大鼠高脂饮食8周,建立甲状腺功能损伤大鼠模型,以正常饮食组为对照,Agilent芯片检测甲状腺miRNA和m...目的通过生物信息学方法分析参与高脂饮食损伤甲状腺功能的miRNA-mRNA调控网络,为早期干预脂毒性损伤甲状腺功能提供新的靶点。方法给予大鼠高脂饮食8周,建立甲状腺功能损伤大鼠模型,以正常饮食组为对照,Agilent芯片检测甲状腺miRNA和mRNA表达,RStudio的limma包筛选差异miRNA和mRNA。miRwalk预测差异miRNA调控的潜在下游靶基因,利用微生信网站将预测的靶基因和差异mRNA取交集,建立差异miRNA-差异mRNA网络。通过在线网站Metascape对交集mRNA进行基因本体论(gene ontology,GO)注释和京都基因和基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路分析。利用String在线网站进行蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)分析,使用Cytoscape可视化PPI网络,CytoNCA插件筛选枢纽基因。基于关键基因建立高脂饮食损伤甲状腺功能的潜在miRNA-mRNA网络。结果筛选出27个上调和6个下调miRNA,775个上调和543个下调mRNA,下调miRNA的靶点mRNA与芯片筛选的上调mRNA有301个重叠,上调miRNA的靶点mRNA与芯片筛选的下调mRNA有278个重叠,分别获得491和777个miRNA-mRNA对。GO和KEGG分析发现差异mRNA富集到与甲状腺激素合成和细胞增殖等相关通路。进一步筛选出Src、Pebp1、Il1b、Plcg1、Igf1、Ntrk2等10个枢纽基因,建立了包括miR-3473/Src、miR-339-3p/Igf1、miR-674-5p/Igf1、miR-339-3p/Ntrk2、miR-99b-3p/Ntrk2等的关键miRNA-mRNA调控对。结论miR-3473、Igf1和Ntrk2等可能作为核心miRNA和mRNA,参与调控高脂饮食损伤甲状腺功能。展开更多
为了解牛miR-2439-5p的生物学信息和初步探索其与宿主基因MRTFA(Myocardin related transcription factor A,心肌素相关转录因子A)是否存在互作功能,以及进一步了解牛miR-2439-5p的组织表达规律,利用物种间保守性分析、上游序列CpG岛分...为了解牛miR-2439-5p的生物学信息和初步探索其与宿主基因MRTFA(Myocardin related transcription factor A,心肌素相关转录因子A)是否存在互作功能,以及进一步了解牛miR-2439-5p的组织表达规律,利用物种间保守性分析、上游序列CpG岛分析、启动子预测、转录因子预测、靶基因预测、基因本体论富集分析和信号通路富集分析等生物信息学方法对miR-2439-5p进行"转录因子-miRNA-mRNA"调控网络预测,并进行组织表达谱分析。结果表明:1)miR-2439-5p是牛特异性miRNA、内含子miRNA和miRNA*(相对低表达miRNA);2)miR-2439-5p可能受C/EBPβ和RARα等转录因子调控,预测其共有621个靶基因,显著富集在AMPK信号通、mTOR信号通路和不饱和脂肪酸合成等信号通路;3)miR-2439-5p在28月龄郏县红牛的肾组织中相对高表达,与肌肉和背脂组织存在显著性差异(P<0.01);其在28月龄和牛的背脂组织中相对高表达,与肝和脾组织存在显著性差异(P<0.05);其在28月龄固原黄牛的各组织表达量无显著性差异(P>0.05)。综上,miR-2439-5p可能反馈调节宿主基因MRTFA,从而调控牛脂肪细胞分化,为进一步探究miR-2439-5p的功能和作用机制提供研究方向和理论依据。展开更多
文摘目的通过生物信息学方法分析参与高脂饮食损伤甲状腺功能的miRNA-mRNA调控网络,为早期干预脂毒性损伤甲状腺功能提供新的靶点。方法给予大鼠高脂饮食8周,建立甲状腺功能损伤大鼠模型,以正常饮食组为对照,Agilent芯片检测甲状腺miRNA和mRNA表达,RStudio的limma包筛选差异miRNA和mRNA。miRwalk预测差异miRNA调控的潜在下游靶基因,利用微生信网站将预测的靶基因和差异mRNA取交集,建立差异miRNA-差异mRNA网络。通过在线网站Metascape对交集mRNA进行基因本体论(gene ontology,GO)注释和京都基因和基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路分析。利用String在线网站进行蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)分析,使用Cytoscape可视化PPI网络,CytoNCA插件筛选枢纽基因。基于关键基因建立高脂饮食损伤甲状腺功能的潜在miRNA-mRNA网络。结果筛选出27个上调和6个下调miRNA,775个上调和543个下调mRNA,下调miRNA的靶点mRNA与芯片筛选的上调mRNA有301个重叠,上调miRNA的靶点mRNA与芯片筛选的下调mRNA有278个重叠,分别获得491和777个miRNA-mRNA对。GO和KEGG分析发现差异mRNA富集到与甲状腺激素合成和细胞增殖等相关通路。进一步筛选出Src、Pebp1、Il1b、Plcg1、Igf1、Ntrk2等10个枢纽基因,建立了包括miR-3473/Src、miR-339-3p/Igf1、miR-674-5p/Igf1、miR-339-3p/Ntrk2、miR-99b-3p/Ntrk2等的关键miRNA-mRNA调控对。结论miR-3473、Igf1和Ntrk2等可能作为核心miRNA和mRNA,参与调控高脂饮食损伤甲状腺功能。
文摘为了解牛miR-2439-5p的生物学信息和初步探索其与宿主基因MRTFA(Myocardin related transcription factor A,心肌素相关转录因子A)是否存在互作功能,以及进一步了解牛miR-2439-5p的组织表达规律,利用物种间保守性分析、上游序列CpG岛分析、启动子预测、转录因子预测、靶基因预测、基因本体论富集分析和信号通路富集分析等生物信息学方法对miR-2439-5p进行"转录因子-miRNA-mRNA"调控网络预测,并进行组织表达谱分析。结果表明:1)miR-2439-5p是牛特异性miRNA、内含子miRNA和miRNA*(相对低表达miRNA);2)miR-2439-5p可能受C/EBPβ和RARα等转录因子调控,预测其共有621个靶基因,显著富集在AMPK信号通、mTOR信号通路和不饱和脂肪酸合成等信号通路;3)miR-2439-5p在28月龄郏县红牛的肾组织中相对高表达,与肌肉和背脂组织存在显著性差异(P<0.01);其在28月龄和牛的背脂组织中相对高表达,与肝和脾组织存在显著性差异(P<0.05);其在28月龄固原黄牛的各组织表达量无显著性差异(P>0.05)。综上,miR-2439-5p可能反馈调节宿主基因MRTFA,从而调控牛脂肪细胞分化,为进一步探究miR-2439-5p的功能和作用机制提供研究方向和理论依据。
