目的通过生物信息学方法分析参与高脂饮食损伤甲状腺功能的miRNA-mRNA调控网络,为早期干预脂毒性损伤甲状腺功能提供新的靶点。方法给予大鼠高脂饮食8周,建立甲状腺功能损伤大鼠模型,以正常饮食组为对照,Agilent芯片检测甲状腺miRNA和m...目的通过生物信息学方法分析参与高脂饮食损伤甲状腺功能的miRNA-mRNA调控网络,为早期干预脂毒性损伤甲状腺功能提供新的靶点。方法给予大鼠高脂饮食8周,建立甲状腺功能损伤大鼠模型,以正常饮食组为对照,Agilent芯片检测甲状腺miRNA和mRNA表达,RStudio的limma包筛选差异miRNA和mRNA。miRwalk预测差异miRNA调控的潜在下游靶基因,利用微生信网站将预测的靶基因和差异mRNA取交集,建立差异miRNA-差异mRNA网络。通过在线网站Metascape对交集mRNA进行基因本体论(gene ontology,GO)注释和京都基因和基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路分析。利用String在线网站进行蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)分析,使用Cytoscape可视化PPI网络,CytoNCA插件筛选枢纽基因。基于关键基因建立高脂饮食损伤甲状腺功能的潜在miRNA-mRNA网络。结果筛选出27个上调和6个下调miRNA,775个上调和543个下调mRNA,下调miRNA的靶点mRNA与芯片筛选的上调mRNA有301个重叠,上调miRNA的靶点mRNA与芯片筛选的下调mRNA有278个重叠,分别获得491和777个miRNA-mRNA对。GO和KEGG分析发现差异mRNA富集到与甲状腺激素合成和细胞增殖等相关通路。进一步筛选出Src、Pebp1、Il1b、Plcg1、Igf1、Ntrk2等10个枢纽基因,建立了包括miR-3473/Src、miR-339-3p/Igf1、miR-674-5p/Igf1、miR-339-3p/Ntrk2、miR-99b-3p/Ntrk2等的关键miRNA-mRNA调控对。结论miR-3473、Igf1和Ntrk2等可能作为核心miRNA和mRNA,参与调控高脂饮食损伤甲状腺功能。展开更多
目的探讨基于免疫相关microRNA-mRNA作用网络(immune-related miRNA-mRNA network,IRM-MN)的风险回归模型用于评估乳腺癌(breast cancer,BC)组织免疫细胞浸润水平及患者预后的潜力。方法从TCGA数据库(The Cancer Genome Atlas)和GEO数据...目的探讨基于免疫相关microRNA-mRNA作用网络(immune-related miRNA-mRNA network,IRM-MN)的风险回归模型用于评估乳腺癌(breast cancer,BC)组织免疫细胞浸润水平及患者预后的潜力。方法从TCGA数据库(The Cancer Genome Atlas)和GEO数据库(Gene Expression Omnibus DataSets)获取转录组数据与临床数据,通过差异分析、共表达分析和LASSO(Least Absolute Shrinkage and Selection Operator)回归分析筛选出差异表达的免疫相关miRNAs与mRNAs;通过COX回归分析筛选出与BC预后相关的、差异表达的免疫相关miRNAs与mRNAs并构建预后风险评分模型;使用Kaplan-Meier生存分析、ROC曲线、单/多因素独立预后分析和相关性分析评价模型的预测能力。结果共筛选出3个与预后相关的差异免疫相关miRNAs及5个与预后相关的差异免疫mRNAs,最终确定2个miRNAs(miR-21-5p和miR-141-3p)和1个mRNA(INHBA)用于构建风险模型。Kaplan-Meier生存分析表明高风险组BC患者预后较差(P<0.001)。ROC曲线结果显示,总体生存率曲线下面积(area under curve,AUC)值为0.893。单因素和多因素的独立预后分析结果显示,模型的风险评分可作为BC患者生存结局评估的独立预后因素(风险比:1.234,P<0.001)。此外,模型的风险评分与巨噬细胞免疫评分存在正相关性。结论本研究明确了与BC预后相关的特征性差异免疫相关miRNAs和mRNAs。基于IRM-MN作用网络构建的风险回归模型具有较高的预后预测及肿瘤免疫浸润评估价值。因此,该风险模型可为BC患者的预后评估及个性化治疗方案的改善提供可靠的参考。展开更多
目的探讨糖尿病动脉粥样硬化关键基因及“陈气致病”科学内涵。方法糖尿病动脉粥样硬化模型小鼠与白血病病毒B株敏感(Friend Virus B NIH Jackson,FVB)小鼠各9只,采用GO和KEGG分析差异基因分子功能、生物过程、细胞成分及通路富集情况,...目的探讨糖尿病动脉粥样硬化关键基因及“陈气致病”科学内涵。方法糖尿病动脉粥样硬化模型小鼠与白血病病毒B株敏感(Friend Virus B NIH Jackson,FVB)小鼠各9只,采用GO和KEGG分析差异基因分子功能、生物过程、细胞成分及通路富集情况,采用免疫组化检测核苷酸结合寡聚化结构域样受体含pyrin结域蛋白3(NLR family pyrin domain containing 3,NLRP3)在海马、胃、心肌及主动脉组织中表达,构建miRNA-mRNA网络,采用实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,qRT-PCR)验证该网络。结果46个DEGs在模型小鼠主动脉组织中差异表达。GO表明DEGs生物过程主要集中于miRNA介导的翻译抑制、皮脂腺发育等方面,分子功能主要集中于内涵体、内体膜等方面,细胞成分主要集中于通道活性、磷脂酰肌醇-3-磷酸结合等方面。KEGG表明DEGs富集于白细胞经内皮细胞迁移过程、叉头转录因子(forkhead box class O,FoxO)信号通路等方面;免疫组化结果提示在主动脉组织中NLRP3含量最高;构建由46个mRNA及23个miRNA组成miRNA-mRNA调控网络,Miranda分析提示小鼠主动脉中miR-874-3p与NLRP3的3’端非编码区(non-coding region,UTR)存在互补结合位点,qPCR结果表明,模型小鼠主动脉组织中NLRP3水平显著升高,miR-874-3p水平显著降低。结论高糖环境中低表达的miR-874-3p对NLRP3的抑制减弱可能是糖尿病动脉粥样硬化炎症形成的重要机制及“陈气致病”的科学内涵。展开更多
为了解牛miR-2439-5p的生物学信息和初步探索其与宿主基因MRTFA(Myocardin related transcription factor A,心肌素相关转录因子A)是否存在互作功能,以及进一步了解牛miR-2439-5p的组织表达规律,利用物种间保守性分析、上游序列CpG岛分...为了解牛miR-2439-5p的生物学信息和初步探索其与宿主基因MRTFA(Myocardin related transcription factor A,心肌素相关转录因子A)是否存在互作功能,以及进一步了解牛miR-2439-5p的组织表达规律,利用物种间保守性分析、上游序列CpG岛分析、启动子预测、转录因子预测、靶基因预测、基因本体论富集分析和信号通路富集分析等生物信息学方法对miR-2439-5p进行"转录因子-miRNA-mRNA"调控网络预测,并进行组织表达谱分析。结果表明:1)miR-2439-5p是牛特异性miRNA、内含子miRNA和miRNA*(相对低表达miRNA);2)miR-2439-5p可能受C/EBPβ和RARα等转录因子调控,预测其共有621个靶基因,显著富集在AMPK信号通、mTOR信号通路和不饱和脂肪酸合成等信号通路;3)miR-2439-5p在28月龄郏县红牛的肾组织中相对高表达,与肌肉和背脂组织存在显著性差异(P<0.01);其在28月龄和牛的背脂组织中相对高表达,与肝和脾组织存在显著性差异(P<0.05);其在28月龄固原黄牛的各组织表达量无显著性差异(P>0.05)。综上,miR-2439-5p可能反馈调节宿主基因MRTFA,从而调控牛脂肪细胞分化,为进一步探究miR-2439-5p的功能和作用机制提供研究方向和理论依据。展开更多
文摘目的通过生物信息学方法分析参与高脂饮食损伤甲状腺功能的miRNA-mRNA调控网络,为早期干预脂毒性损伤甲状腺功能提供新的靶点。方法给予大鼠高脂饮食8周,建立甲状腺功能损伤大鼠模型,以正常饮食组为对照,Agilent芯片检测甲状腺miRNA和mRNA表达,RStudio的limma包筛选差异miRNA和mRNA。miRwalk预测差异miRNA调控的潜在下游靶基因,利用微生信网站将预测的靶基因和差异mRNA取交集,建立差异miRNA-差异mRNA网络。通过在线网站Metascape对交集mRNA进行基因本体论(gene ontology,GO)注释和京都基因和基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路分析。利用String在线网站进行蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)分析,使用Cytoscape可视化PPI网络,CytoNCA插件筛选枢纽基因。基于关键基因建立高脂饮食损伤甲状腺功能的潜在miRNA-mRNA网络。结果筛选出27个上调和6个下调miRNA,775个上调和543个下调mRNA,下调miRNA的靶点mRNA与芯片筛选的上调mRNA有301个重叠,上调miRNA的靶点mRNA与芯片筛选的下调mRNA有278个重叠,分别获得491和777个miRNA-mRNA对。GO和KEGG分析发现差异mRNA富集到与甲状腺激素合成和细胞增殖等相关通路。进一步筛选出Src、Pebp1、Il1b、Plcg1、Igf1、Ntrk2等10个枢纽基因,建立了包括miR-3473/Src、miR-339-3p/Igf1、miR-674-5p/Igf1、miR-339-3p/Ntrk2、miR-99b-3p/Ntrk2等的关键miRNA-mRNA调控对。结论miR-3473、Igf1和Ntrk2等可能作为核心miRNA和mRNA,参与调控高脂饮食损伤甲状腺功能。
文摘目的探讨基于免疫相关microRNA-mRNA作用网络(immune-related miRNA-mRNA network,IRM-MN)的风险回归模型用于评估乳腺癌(breast cancer,BC)组织免疫细胞浸润水平及患者预后的潜力。方法从TCGA数据库(The Cancer Genome Atlas)和GEO数据库(Gene Expression Omnibus DataSets)获取转录组数据与临床数据,通过差异分析、共表达分析和LASSO(Least Absolute Shrinkage and Selection Operator)回归分析筛选出差异表达的免疫相关miRNAs与mRNAs;通过COX回归分析筛选出与BC预后相关的、差异表达的免疫相关miRNAs与mRNAs并构建预后风险评分模型;使用Kaplan-Meier生存分析、ROC曲线、单/多因素独立预后分析和相关性分析评价模型的预测能力。结果共筛选出3个与预后相关的差异免疫相关miRNAs及5个与预后相关的差异免疫mRNAs,最终确定2个miRNAs(miR-21-5p和miR-141-3p)和1个mRNA(INHBA)用于构建风险模型。Kaplan-Meier生存分析表明高风险组BC患者预后较差(P<0.001)。ROC曲线结果显示,总体生存率曲线下面积(area under curve,AUC)值为0.893。单因素和多因素的独立预后分析结果显示,模型的风险评分可作为BC患者生存结局评估的独立预后因素(风险比:1.234,P<0.001)。此外,模型的风险评分与巨噬细胞免疫评分存在正相关性。结论本研究明确了与BC预后相关的特征性差异免疫相关miRNAs和mRNAs。基于IRM-MN作用网络构建的风险回归模型具有较高的预后预测及肿瘤免疫浸润评估价值。因此,该风险模型可为BC患者的预后评估及个性化治疗方案的改善提供可靠的参考。
文摘为了解牛miR-2439-5p的生物学信息和初步探索其与宿主基因MRTFA(Myocardin related transcription factor A,心肌素相关转录因子A)是否存在互作功能,以及进一步了解牛miR-2439-5p的组织表达规律,利用物种间保守性分析、上游序列CpG岛分析、启动子预测、转录因子预测、靶基因预测、基因本体论富集分析和信号通路富集分析等生物信息学方法对miR-2439-5p进行"转录因子-miRNA-mRNA"调控网络预测,并进行组织表达谱分析。结果表明:1)miR-2439-5p是牛特异性miRNA、内含子miRNA和miRNA*(相对低表达miRNA);2)miR-2439-5p可能受C/EBPβ和RARα等转录因子调控,预测其共有621个靶基因,显著富集在AMPK信号通、mTOR信号通路和不饱和脂肪酸合成等信号通路;3)miR-2439-5p在28月龄郏县红牛的肾组织中相对高表达,与肌肉和背脂组织存在显著性差异(P<0.01);其在28月龄和牛的背脂组织中相对高表达,与肝和脾组织存在显著性差异(P<0.05);其在28月龄固原黄牛的各组织表达量无显著性差异(P>0.05)。综上,miR-2439-5p可能反馈调节宿主基因MRTFA,从而调控牛脂肪细胞分化,为进一步探究miR-2439-5p的功能和作用机制提供研究方向和理论依据。
