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南瓜miR166基因家族的生物信息学分析
1
作者 李想 薄琳 +4 位作者 张煜滔 张佳玉 曲云 汪凯 郝爱平 《贵州农业科学》 2025年第8期83-89,共7页
【目的】探明南瓜miR166基因家族的结构功能,为明确cmo-miR166靶基因在南瓜生长发育过程中的作用提供理论基础。【方法】利用生物信息学方法对南瓜(Cucurbitamoschata)miR166进行序列比对分析、系统发育进化树构建、前体序列二级结构预... 【目的】探明南瓜miR166基因家族的结构功能,为明确cmo-miR166靶基因在南瓜生长发育过程中的作用提供理论基础。【方法】利用生物信息学方法对南瓜(Cucurbitamoschata)miR166进行序列比对分析、系统发育进化树构建、前体序列二级结构预测、组织表达分析和靶基因预测。【结果】南瓜com-miR166共有15个家族成员,成熟序列高度保守,前体序列在成熟序列区域保守,预测前体序列均能形成稳定的茎环结构。cmo-miR166在嫩芽中表达量较高,在预测的22个靶基因中,有18个靶基因(占81.8%)编码同源异型结构域-亮氨酸拉链蛋白(HD-Zip)。【结论】推测cmo-miR166家族成员参与调控南瓜嫩芽的生长发育过程。HD-Zip是cmo-miR166靶基因主要的编码产物,在南瓜生长发育、氧化损伤及逆境胁迫响应等过程中发挥重要作用。 展开更多
关键词 mir166 南瓜 靶基因预测 生物信息学
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小麦miR166基因家族鉴定及表达分析
2
作者 雷晓彤 徐渴 +3 位作者 孙若希 张树华 杨学举 赵勇 《中国科技论文在线精品论文》 2024年第1期41-49,共9页
miR166作为重要的转录后调节因子,在植物的生长发育和对逆境胁迫的反应中扮演着重要的角色。利用PmiREN、Ensembl Plants数据库、MEGA-X、DNAMAN软件以及RNAfold web server、WebLogo和psRNA Target在线网站对小麦miR166(Tae-miR166)基... miR166作为重要的转录后调节因子,在植物的生长发育和对逆境胁迫的反应中扮演着重要的角色。利用PmiREN、Ensembl Plants数据库、MEGA-X、DNAMAN软件以及RNAfold web server、WebLogo和psRNA Target在线网站对小麦miR166(Tae-miR166)基因家族的进化特性和表达模式进行分析。在PmiREN数据库中搜索到19个Tae-miR166基因家族成员,染色体定位发现Tae-miR166成员定位于14条染色体上。序列比对发现Tae-miR166的成熟体序列高度保守。进化分析结果表明,Tae-miR166基因家族成员分别处于4个进化分支。靶基因预测结果表明,Tae-miR166的靶基因包括Ⅲ类同源异型结构域亮氨酸拉链蛋白、β半乳糖苷酶和钙依赖性蛋白激酶等。转录组数据分析表明Tae-miR166家族19个成员在小麦6个组织中都有表达,在籽粒和穗中表达量最高。荧光定量PCR结果表明,Tae-miR166家族15个成员在镉、干旱和低温胁迫处理后的表达模式存在差异,说明Tae-miR166基因家族在植株抵御非生物胁迫时发挥着重要作用。本研究为进一步阐明Tae-miR166基因家族的功能提供了理论依据。 展开更多
关键词 农艺学 Tae-mir166 小麦 进化特征 靶基因
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龙眼miR166家族的分子进化特性及时空表达分析 被引量：9
3
作者 林玉玲 张清林 +4 位作者 曾友竞 陈晓慧 张梓浩 陈裕坤 赖钟雄 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第12期2285-2295,共11页
为了解miR166基因家族的分子进化特性及其在龙眼不同组织部位的表达规律,对龙眼miR166家族成员的成熟体和前体序列及其进化、前体二级结构预测、靶基因预测以及时空表达模式进行了分析。结果表明:龙眼miR166家族含有12条成熟体序列和7... 为了解miR166基因家族的分子进化特性及其在龙眼不同组织部位的表达规律,对龙眼miR166家族成员的成熟体和前体序列及其进化、前体二级结构预测、靶基因预测以及时空表达模式进行了分析。结果表明:龙眼miR166家族含有12条成熟体序列和7个前体序列(pre-miRNA)。Mfold预测显示pre-miR166家族7个成员的序列均能形成典型稳定的茎环二级结构,成熟序列的碱基保守性高,其他位置的则保守性减弱;它们的最小折叠自由能(ΔG)在–35.30~–83.30kal·mol^(-1)。系统发育进化树分析显示,龙眼pre-miR166家族与葡萄、碧桃的pre-miR166亲缘关系更为接近。靶基因预测显示,龙眼miR166基因家族靶基因包括同源异型域—亮氨酸拉链蛋白、三角状五肽重复结构蛋白、假定蛋白、DNA指导的RNA聚合酶Ⅲ亚单位RPC2、紫外线B受体等。实时荧光定量PCR显示,pre-miR166家族不同成员在龙眼生长发育进程中均有表达且表达模式不尽相同,提示其可能广泛参与龙眼各个器官的调控,且在功能上可能具有分工。 展开更多
关键词 龙眼 mir166家族 进化特性 实时荧光定量PCR
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玉米MIR166基因家族的进化与功能研究 被引量：6
4
作者 王艳芳 赵彦宏 +1 位作者 刘林德 周瑞莲 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第8期1345-1349,共5页
【目的】分析玉米MIR166基因家族的序列特征、分子进化及靶基因等,了解MIR166基因家族在玉米生长发育与逆境胁迫响应中的调控作用。【方法】运用生物信息学方法在mi RBase中搜索zma-MIR166基因家族的序列,用BLAST搜索工具进行基因定位;... 【目的】分析玉米MIR166基因家族的序列特征、分子进化及靶基因等,了解MIR166基因家族在玉米生长发育与逆境胁迫响应中的调控作用。【方法】运用生物信息学方法在mi RBase中搜索zma-MIR166基因家族的序列,用BLAST搜索工具进行基因定位;采用Clustal W2软件进行多序列比对,用MEGA 6.0构建zam-MIR166家族的系统发育进化树;利用ps RNATarget软件对zma-MIR166基因家族的靶基因进行预测。【结果】通过搜索,在玉米中找到14个zma-MIR166基因,并获得其对应的14个前体序列及由其产生的26个成熟mi RNA序列。zma-MIR166基因家族在产生成熟mi RNA的位置高度保守,其他位置则保守性减弱。基因定位结果发现,zma-MIR166基因家族的14个成员分布在染色体1、3、4、5、6、7等6条染色体上,其中以染色体1上zma-MIR166基因最多,共有5个。进化分析结果表明,14个zma-MIR166基因家族成员分别处于3个进化分支,而同处于一条染色体上的成员的亲缘关系较远。对zam-MIR166基因家族的靶基因进行预测,发现zma-MIR166基因家族靶基因功能涉及发育调控蛋白家族、胁迫相关蛋白、光系统I作用中心亚基、转座子插入位点等。【结论】zam-MIR166基因家族序列保守性较高,具有明显的家族特征与相似的功能,在玉米生长发育和胁迫响应等生物过程中发挥广泛而重要的调控作用。 展开更多
关键词 玉米 mir166 基因家族 分子进化 靶基因预测
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桑树miR166f的表达分析及双元超表达载体的构建 被引量：1
5
作者 李瑞雪 陈明 +2 位作者 章玉萍 张丽丽 汪泰初 《蚕业科学》 CAS CSCD 北大核心 2020年第3期265-275,共11页
MicroRNA(miRNA)在生物生理生化进程、信号传导、细胞调亡、响应生物和非生物胁迫等方面发挥重要功能,本试验克隆桑树miR166f及其前体序列,分析其时空表达特性,并构建用于瞬时表达的miR166f双元超表达载体,为桑树miR166f抗旱功能机制的... MicroRNA(miRNA)在生物生理生化进程、信号传导、细胞调亡、响应生物和非生物胁迫等方面发挥重要功能,本试验克隆桑树miR166f及其前体序列,分析其时空表达特性,并构建用于瞬时表达的miR166f双元超表达载体,为桑树miR166f抗旱功能机制的进一步探究奠定基础。克隆获得了桑树miR166f及其前体序列,pre-miR166f长91 nt,miR166f长21 nt,miR166f在前体的3′臂上,pre-miR166f最小折叠自由能(MEF)为-217.14 kJ/mol,具有典型的植物miRNA前体二级结构特征;miR166f的5′端上游除了包含典型的具有转录起始功能的TATA-box和CAAT-box外,还含有多个胁迫响应顺式作用元件和一些激素响应元件;qRT-PCR分析表明miR166f在桑树不同组织中的相对表达量有较大差异,其中在茎中表达量最高,在木质部中表达量最低;miR166f在高盐和干旱胁迫处理条件下均上调表达,表明该基因参与了桑树的抗逆响应过程;成功构建了用于瞬时转化表达的miR166f的双元超表达载体pCAMBIA-35S-GUS-miR166f,为桑树miR166f抗逆功能机制的进一步探究奠定基础。 展开更多
关键词 桑树 mir166f 表达分析 双元超表达载体
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龙眼体胚发生早期miR166初级体的克隆与表达分析 被引量：5
6
作者 张清林 苏立遥 +9 位作者 厉雪 张舒婷 徐小萍 陈晓慧 王培育 李蓉 张梓浩 陈裕坤 赖钟雄 林玉玲 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第8期1501-1512,共12页
为了解龙眼miR166初级体基因Pri-miR166 S53结构特点及其前体和成熟体在龙眼体胚发生早期的表达模式,采用SMART^(TM) RACE试剂盒和PCR扩增技术克隆龙眼体胚早期miR166基因的初级体(Pri-miR166 S53),确认其转录起始位点,并预测其含有的潜... 为了解龙眼miR166初级体基因Pri-miR166 S53结构特点及其前体和成熟体在龙眼体胚发生早期的表达模式,采用SMART^(TM) RACE试剂盒和PCR扩增技术克隆龙眼体胚早期miR166基因的初级体(Pri-miR166 S53),确认其转录起始位点,并预测其含有的潜在ORF;利用龙眼基因组数据库提取其启动子序列,预测其含有的顺式作用元件;用实时荧光定量PCR对龙眼体胚发生早期及不同激素处理下的胚性愈伤组织中miR166基因的前体(Pre-miR166 S53)和成熟体(miR166a.2)表达模式进行分析。结果表明:获得长317 bp的Pri-miR166 S53基因初级体序列,对其进行翻译,得到一条长13个氨基酸序列的miPEP(MLCFVDALFLIST)。利用生物信息学软件分析Pri-miR166 S53基因的启动子序列发现,除了具有TATA/CAAT-box外,还含有生长素、脱落酸、乙烯、水杨酸、茉莉酸甲酯及spl、HSE等特异作用元件。实时荧光定量PCR分析表明,在2,4-D调控的龙眼体胚发生早期过程中,从胚性松散型愈伤组织发育到球形胚的过程中,Pri-miR166 S53基因的前体pre-miR166 S53和成熟体miR166a.2都表现为下调趋势;而在无2,4-D调控的龙眼体胚发生早期中,pre-miR166 S53和miR166a.2表达模式不同。此外,pre-miR166S53随ABA和乙烯处理浓度升高呈下调表达,而对不同浓度2,4-D处理无应答;miR166a.2随2,4-D、ABA处理浓度升高呈下调表达,而在乙烯处理下呈上调表达。上述研究结果提示miR166前体和成熟体在对外源激素应答的模式上并不呈简单线性相关,可能存在多层次、多方位的调控。 展开更多
关键词 龙眼 mir166初级体 启动子 实时荧光定量PCR 表达特性
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响应内生真菌侵染的地黄miR166家族鉴定及胁迫下的表达分析
7
作者 朱畇昊 许姣 +2 位作者 张梦佳 董诚明 时博 《中国实验方剂学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第2期133-140,共8页
目的:为了鉴定地黄miR166基因家族的成员,明确其家族成员在逆境下的响应模式。方法:采用高通量测序技术获得小RNA数据库,筛选地黄miR166家族成员,利用RNAfold分析其前体结构,DNAMAN和MEGA分别进行保守性和进化性分析;采用TargetFinder... 目的:为了鉴定地黄miR166基因家族的成员,明确其家族成员在逆境下的响应模式。方法:采用高通量测序技术获得小RNA数据库,筛选地黄miR166家族成员,利用RNAfold分析其前体结构,DNAMAN和MEGA分别进行保守性和进化性分析;采用TargetFinder软件预测地黄miR166家族成员的靶基因;实时荧光定量聚合酶链式反应(Real-time PCR)分析其家族成员在响应非生物胁迫中的表达模式。结果:鉴定到5条miR166,前体都具有完整的茎环结构;序列比对结果显示前体和成熟体保守性均较高;预测到48个miR166的靶基因,主要注释到HD-ZIPⅢ家族转录因子;表达特性分析表明,地黄经过内生真菌侵染后,miR160均呈上调表达,在非生物胁迫下其家族成员的表达情况不同,其中rgl-miR166b-5p在旱涝处理组及高低温处理中表达量分别都较空白组显著下调,与在内生真菌侵染下表达模式相反。结论:该研究结果初步明确了地黄miR166家族在响应生物胁迫和非生物胁迫下的表达模式,为地黄今后育种改良及相关研究提供理论依据。 展开更多
关键词 地黄 mir166 实时荧光定量聚合酶链式反应(Real-time PCR) 胁迫 表达
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MIR166基因家族在陆生植物中的进化模式分析(英文) 被引量：7
8
作者 赵旭耀 陈斯云 +3 位作者 赵磊 张雪梅 马朋飞 郭振华 《植物分类与资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第3期331-341,共11页
MicroRNA(miRNA)是一类广泛存在于真核生物中的具有转录后水平调控功能的内源非编码小分子RNA。在植物中,miRNA通过对靶基因的剪切或沉默来实现对植物生命活动的调控,它是基因表达调控网络的重要组成部分。miR165/166(miR166)是陆生植... MicroRNA(miRNA)是一类广泛存在于真核生物中的具有转录后水平调控功能的内源非编码小分子RNA。在植物中,miRNA通过对靶基因的剪切或沉默来实现对植物生命活动的调控,它是基因表达调控网络的重要组成部分。miR165/166(miR166)是陆生植物中最为古老的MIRNA家族之一,它通过对3型同源异域型-亮氨酸拉链(HD-ZIP III)等靶标的调控,在植物的众多发育时期起着关键的调控作用。本文分析了MIR166基因在陆生植物中的进化关系,并对MIR166在基部陆生植物小立碗藓(Physcomitrella patens)中的复制及进化进行了研究。此外,HD-ZIP III蛋白是植物中重要的一类转录因子,miR166对HD-ZIP III基因的调控作用在陆地植物保守的存在,本文对HD-ZIP III基因和miR166在进化中的相互作用进行了初步的探讨。 展开更多
关键词 mir166 MIRNA基因进化 基因重复 HD—ZIP Ⅲ转录因子
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蕹菜耐受长时间高温后的miRNA分析 被引量：10
9
作者 王杏茹 李文静 +4 位作者 陈冰星 刘涛 尚维 赖钟雄 郭容芳 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期486-498,共13页
miRNA是广泛存在于真核生物体内的一类长度为20～24 nt的小分子非编码RNA,在植物生长发育和逆境适应过程中发挥重要作用。蕹菜(Ipomoea aquatica)可以耐受长时间高温,而其miRNA还未被鉴定,其在耐受长时间高温后的作用还未知。以蕹菜耐... miRNA是广泛存在于真核生物体内的一类长度为20～24 nt的小分子非编码RNA,在植物生长发育和逆境适应过程中发挥重要作用。蕹菜(Ipomoea aquatica)可以耐受长时间高温,而其miRNA还未被鉴定,其在耐受长时间高温后的作用还未知。以蕹菜耐热性强的品种‘泰国三叉’和耐热性差的品种‘柳叶’为材料,经42℃高温处理15d后分别构建两个高质量sRNA库,经检测两个库中碱基质量值大于或等于30的序列数量均超过17.3Mb,且‘泰国三叉’中24nt的序列数量远远高于‘柳叶’。与蕹菜转录组比对分析后,分别得到1 363 258和1 629 209条序列,两个库共有的序列仅有1 047 133条(11.36%),说明耐热性不同的蕹菜中s RNA有很大差别。共鉴定出蕹菜中存在71个miRNA,其中差异表达的有22个,通过TargetFinder预测其靶基因,共得到233个靶基因。进一步以耐热性强的品种‘本地三叉’和耐热性弱的品种‘竹叶’为材料研究其在长时间高温后miR160、miR166、miR172、miR393和miR3627前体的差异表达量,结果表明,高温后两品种中pre-miR160-2的表达都显著上调,但是不耐热的‘竹叶’中上调的倍数更多;mi R166在耐热性强的‘本地三叉’中表达量下降,在耐热性较差的‘竹叶’中表达量显著上升;miR172可以被长时间高温诱导,但在耐热性不同的两个品种蕹菜中并没有差异;miR3627的表达量在耐热蕹菜‘本地三叉’中下降,在不耐热蕹菜‘竹叶’中没有明显变化。miRNA前体表达模式的差异说明其在蕹菜耐受长时间高温过程中的作用机制不同。 展开更多
关键词 蕹菜 长时间高温 miR160 mir166 miR393
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芸薹属物种(B.napus,B.rapa,B.oleracea)PHB基因的生物信息学分析 被引量：2
10
作者 王晗 闫敏 +2 位作者 许晔 王仁雷 刘少华 《分子植物育种》 CAS 北大核心 2021年第13期4232-4241,共10页
HD-ZIPⅢ基因家族参与植物胚胎发生、分生组织形成、叶极性建立和维管组织分化等过程。本研究利用生物信息学方法,对HD-ZIPⅢ成员之一PHABULOSA(PHB)进行鉴定,在甘蓝型油菜、白菜和甘蓝中共获得7个PHB成员,并对其核苷酸和氨基酸序列的... HD-ZIPⅢ基因家族参与植物胚胎发生、分生组织形成、叶极性建立和维管组织分化等过程。本研究利用生物信息学方法,对HD-ZIPⅢ成员之一PHABULOSA(PHB)进行鉴定,在甘蓝型油菜、白菜和甘蓝中共获得7个PHB成员,并对其核苷酸和氨基酸序列的基本特征、结构域、保守基序、基因结构和系统进化关系进行了分析。结果表明,这些PHB蛋白编码不稳定的亲水性蛋白,所有成员均含有Homeobox、bZIP、START和MEKHLA保守结构域,PHB位点在三个物种间的进化符合禹氏三角理论。序列分析及测序结果显示白菜的两个PHB基因在miR165、miR166结合位点处存在一个碱基差异。本研究为进一步揭示芸薹属物种PHB基因功能提供了依据。 展开更多
关键词 芸薹属 PHB miR165 mir166 生物信息学
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