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基于miCLIP-seq和Nanopore sequencing多组学数据探究线粒体RNA m^(6)A修饰及其调控特征
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作者 魏川川 任志军 +1 位作者 郭文冰 陈文芳 《中国生物工程杂志》 北大核心 2025年第4期1-14,共14页
目的:m^(6)A修饰是细胞内最普遍存在的RNA修饰,然而目前线粒体是否存在m^(6)A修饰并不清楚,基于miCLIP-seq和Nanopore sequencing多组学数据探究线粒体RNA m^(6)A修饰及其调控特征。方法:通过建立新的计算方法,对现有的大量miCLIP-seq... 目的:m^(6)A修饰是细胞内最普遍存在的RNA修饰,然而目前线粒体是否存在m^(6)A修饰并不清楚,基于miCLIP-seq和Nanopore sequencing多组学数据探究线粒体RNA m^(6)A修饰及其调控特征。方法:通过建立新的计算方法,对现有的大量miCLIP-seq数据以及第三代纳米孔直接RNA测序数据进行整合分析,同时利用SELECT单位点m^(6)A检测技术结合生化实验分离线粒体,预测和鉴定线粒体RNA上潜在m^(6)A位点。结果:多样本miCLIP-seq数据鉴定得到520个高可信的线粒体m^(6)A修饰位点;Epinano和xPore算法从Nanopore sequencing数据中预测得到377个线粒体RNA m^(6)A修饰位点;多样本多组学数据分析结果以及SELECT m^(6)A验证实验的结果显示,与基因组编码RNA一样,线粒体RNA同样存在m^(6)A修饰;与基因组RNA不同,线粒体RNA m^(6)A修饰倾向于发生在HHACH基序。结论:线粒体编码RNA能够发生m^(6)A修饰,并且具有和基因组RNA不同的修饰调控特征,为进一步理解线粒体维持功能稳态的机理以及细胞内m^(6)A修饰的催化机理和功能提供了新的视角。 展开更多
关键词 线粒体 m^(6)A修饰 miclip-seq 纳米孔测序
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