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Mapmaker3.0和作图软件使用 被引量：9
1
作者 王竹林 杨睿 +2 位作者 杨兴圣 刘曙东 胡甘 《实验室研究与探索》 CAS 北大核心 2012年第11期62-65,共4页
构建各种生物体的遗传连锁图谱成为分子遗传学和作物育种领域QTL定位的热点。Mapmaker3.0是当前普遍用于遗传连锁距离计算的软件。Mapmaker3.0的使用首先要准备标记数据文件,然后用Sequence命令输入欲分析的标记座位,接着键入Group命令... 构建各种生物体的遗传连锁图谱成为分子遗传学和作物育种领域QTL定位的热点。Mapmaker3.0是当前普遍用于遗传连锁距离计算的软件。Mapmaker3.0的使用首先要准备标记数据文件,然后用Sequence命令输入欲分析的标记座位,接着键入Group命令指导程序将Sequence中的标记分为不同的连锁群,接下来,程序在一个连锁群内部决定最有可能的标记排列次序,计算一个连锁群中所有的标记每一个可能的次序最大似然图谱,比较这些图谱的可能性并找出最合适图谱,这部分工作用Compare命令完成,再用sequence和map命令得到标记之间的连锁数据。之后,将这些数据按Genemap或MapDraw分析软件所要求的数据格式输入,通过对这2个软件的正确使用,就可得到需要的遗传连锁图谱图形文件。 展开更多
关键词 Mapmaker3 0 Genemap MapDraw 遗传连锁图谱 连锁距离
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关于Mapmaker/Exp遗传作图中标记分群和排序操作技术的讨论 被引量：14
2
作者 邢光南 赵团结 盖钧镒 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第2期217-223,共7页
Mapmaker/Exp(3.0)是国内外广泛使用的遗传连锁数据分析软件,在分子标记数量大时(多于500个)往往出现所绘制连锁图谱图距偏大的现象。本文从标记分群和标记排序两个遗传作图环节分析原因并概括出以下两个实施要点:(1)标记分群不应强求同... Mapmaker/Exp(3.0)是国内外广泛使用的遗传连锁数据分析软件,在分子标记数量大时(多于500个)往往出现所绘制连锁图谱图距偏大的现象。本文从标记分群和标记排序两个遗传作图环节分析原因并概括出以下两个实施要点:(1)标记分群不应强求同一LOD值,对特殊的连锁群可试用不同LOD值;(2)在标记排序时,一次order命令后用ripple命令反复梳理有时并不能获得最佳排列顺序,而应多次使用order,每次order后用ripple反复梳理,经反复比较才能得出最佳排列顺序,必要时还须结合人工调整。通过大豆遗传作图实例比较了软件推荐思路2的通常用法和作者建议的新用法所构建的遗传图谱及相应QTL定位的差异,认为新用法具有更好的效果。 展开更多
关键词 Mapmaker/Exp(3.0) 遗传连锁图谱 作图技术 标记分群 标记排序
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应用于家蚕F2代分离群体的两种连锁作图方法的作图效果比较 被引量：2
3
作者 段雪梅 徐海明 +3 位作者 徐世清 牛艳山 蔡明文 司马杨虎 《蚕业科学》 CAS CSCD 北大核心 2008年第1期128-131,共4页
构建精细的家蚕分子连锁图谱需要合适的作图方法。应用Mapmaker/EXP3.0和F2lnkgsilk两种作图方法,对家蚕F2代91个个体为分离群体的300个AFLP标记和69个个体为分离群体的470个RAPD标记数据进行了比较分析。用F2lnkgsilk作图方法分析得到... 构建精细的家蚕分子连锁图谱需要合适的作图方法。应用Mapmaker/EXP3.0和F2lnkgsilk两种作图方法,对家蚕F2代91个个体为分离群体的300个AFLP标记和69个个体为分离群体的470个RAPD标记数据进行了比较分析。用F2lnkgsilk作图方法分析得到的分群数与Mapmaker/EXP3.0作图方法相比有所增加,而总的图距却显著增加,平均图距也有较大的增加,但产生的二联体数基本相同。就单个连锁群而言,两种作图分析方法的连锁标记及其数目80%以上相同,但是标记间的排列顺序70%以上有差异;用F2lnkgsilk作图方法分析得到的单个连锁群的总图距和平均图距也相应增大。 展开更多
关键词 家蚕 分子连锁图谱 Mapmaker/EXP3.0作图法 F21nkgsilk作图法
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利用混合分离分析法和Mapmaker/Exp软件定位互作基因的策略 被引量：5
4
作者 吴为人 黄碧光 《科学通报》 EI CAS CSCD 北大核心 2006年第18期2134-2138,共5页
质量性状通常受单个基因控制,但有时也受两个甚至更多基因的控制,这种现象称为基因互作.用混合分离分析(bulkedsegregantanalysis,BSA)快速寻找连锁分子标记,然后用Mapmaker/Exp软件构建局域连锁图,已成为定位单个主基因的常用方法.但... 质量性状通常受单个基因控制,但有时也受两个甚至更多基因的控制,这种现象称为基因互作.用混合分离分析(bulkedsegregantanalysis,BSA)快速寻找连锁分子标记,然后用Mapmaker/Exp软件构建局域连锁图,已成为定位单个主基因的常用方法.但由于基因互作的遗传模式与单基因差异很大,因此针对单基因定位的方法和软件不能简单地应用于互作基因的定位.目前还没有提出快速筛选与互作基因连锁的分子标记的实验方法以及同时分析多个分子标记与互作基因间连锁关系的统计方法和相应的计算机软件.为解决这个问题,本研究提出利用BSA和Mapmaker/Exp定位互作基因的策略.结果表明,除个别情况需要用到F3代之外,绝大多数互作基因都可以直接在F2代用“BSA+Mapmaker/Exp”的策略进行定位.由于BSA和Mapmaker/Exp已广泛应用于基因定位研究,为许多学者所熟悉,因此,本研究提出的策略具有很好的实用性. 展开更多
关键词 基因互作 基因定位 BSA Mapmaker/Exp
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