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COPD差异表达基因的生物信息学分析及在LUSC样本中的表达
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作者 刘艳玲 刘静 +3 位作者 童明琼 范娜 王晓玥 孙婉 《生物信息学》 2022年第4期294-302,共9页
为确定慢性阻塞性肺病(COPD)的分子标记物及COPD与肺鳞状细胞癌(LUSC)共存的差异表达基因,探寻COPD合并肺癌的预测因子,发现新的治疗靶点。本研究采用生物信息学方法,从GEO数据库中筛选3套基因芯片数据集,挖掘COPD患者小气道上皮细胞(SA... 为确定慢性阻塞性肺病(COPD)的分子标记物及COPD与肺鳞状细胞癌(LUSC)共存的差异表达基因,探寻COPD合并肺癌的预测因子,发现新的治疗靶点。本研究采用生物信息学方法,从GEO数据库中筛选3套基因芯片数据集,挖掘COPD患者小气道上皮细胞(SAEC)的差异表达基因(DEG)以及潜在的生物标记物,并通过基因本体(GO)、京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析预测DEGs的功能及参与的代谢途径。继而对DEGs构建PPI网络,使用Cytoscape软件筛选子模块和Hub基因,并将Hub基因通过TCGA数据库分析其在LUSC中的差异表达情况及差异基因间的相关性。结果共获得52个上调基因和24个下调基因,代谢通路主要集中在细胞色素P450对外源物质的代谢、化学致癌、花生四烯酸代谢及甲状腺激素合成四条途径上,通过Cytoscape软件从PPI网络中筛选得到2个功能模块和10个Hub基因,进一步验证发现其中5个基因在TCGA数据库中的LUSC样本中同样差异表达。由此推测SPP1、ALDH3A1、SPRR3、KRT6A和SPRR1B可能为COPD分子标记物及COPD与LUSC共存的DEGs,从而为研究COPD和LUSC的发病机制及二者潜在关系奠定良好的基础。 展开更多
关键词 COPD 差异表达基因 生物信息学分析 lusc
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Chromosomal passenger complex-cyclin/CDK axis correlated with poor lung cancer prognosis 被引量:1
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作者 Prerna Vats Sakshi Nirmal +1 位作者 Ashok Kumar Rajeev Nema 《Journal of Biomedical Research》 2025年第5期530-533,I0039-I0045,共11页
Dear Editor,Lung cancer is a major global health concern,with 2.2 million patients diagnosed in 2020.Non-small cell lung cancer(NSCLC)accounts for 80%of these cases,primarily comprising two subtypes:lung adenocarcinom... Dear Editor,Lung cancer is a major global health concern,with 2.2 million patients diagnosed in 2020.Non-small cell lung cancer(NSCLC)accounts for 80%of these cases,primarily comprising two subtypes:lung adenocarcinoma(LUAD)and squamous cell carcinoma(LUSC)[1].Researchers use immunohisto-chemistry,next-generation sequencing,and single-cell RNA sequencing to study genetic alterations,tumor heterogeneity,and tumor microenvironments,aiming to identify potential therapeutic options for specific NSCLC subtypes[2]. 展开更多
关键词 non small cell lung cancer lung adenocarcinoma poor prognosis squamous cell carcinoma lusc researchers chromosomal passenger complex cyclin cdk axis lung cancer squamous cell carcinoma
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免疫细胞介导的皮肌炎与肺癌之间的因果关系:一项中介孟德尔随机化研究
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作者 吴学婷 帅宗文 《临床个性化医学》 2025年第2期741-756,共16页
目的:通过双向两样本MR方法探讨皮肌炎(Dermatomyositis, DM)、免疫细胞与肺癌(Lung cancer, LC)之间的因果关系,验证免疫细胞在其中起到的中介作用。方法:使用双向双样本孟德尔随机化(Mendelian Randomization, MR)法分析DM与LC及其各... 目的:通过双向两样本MR方法探讨皮肌炎(Dermatomyositis, DM)、免疫细胞与肺癌(Lung cancer, LC)之间的因果关系,验证免疫细胞在其中起到的中介作用。方法:使用双向双样本孟德尔随机化(Mendelian Randomization, MR)法分析DM与LC及其各种亚型的因果关系,通过两步法MR探讨免疫细胞在DM与LC及各种亚型之间是否起到中介作用。使用MR-Egger截距法和MR-PRESSO法检查有无水平多效性,Cochran’s Q检查有无异质性。结果:根据MR分析结果,DM会增加患小细胞肺癌(Small cell lung cancer, SCLC)和肺腺癌(Lung adenocarcinoma, LUAD)的风险。38种免疫细胞表型与LC密切相关。其中,效应记忆CD8+ T细胞在CD8+ T细胞中所占的百分比、静息CD4调节性T细胞上CD25的表达水平、IgD− CD38+ B细胞的绝对计数、效应记忆CD8+ T细胞在T细胞中所占的百分比,以及CD33+ HLA-DR+ CD14低表达细胞上CD45的表达水平,都参与介导了DM与LUAD以及小细胞肺癌SCLC之间的因果关系。结论:我们的研究结果表明,DM患者并发LUAD和SCLC发生风险将显著增加。此外,我们发现五种免疫细胞性状(效应记忆CD8+ T细胞在CD8+ T细胞中所占的百分比、静息CD4调节性T细胞上CD25的表达水平、IgD− CD38+ B细胞的绝对计数、效应记忆CD8+ T细胞在T细胞中所占的百分比,以及CD33+ HLA-DR+ CD14低表达细胞上CD45的表达水平)在DM患者并发LC中的发病过程中起到重要作用。针对这些免疫细胞性状的深入研究将进一步明确DM导致LC风险升高的病理生理机制。Objective: To explore the causal relationships among dermatomyositis (DM), immune cells, and lung cancer (LC) through the bidirectional two-sample Mendelian randomization (MR) method, and to verify the mediating role of immune cells in this process. Methods: The bidirectional two-sample Mendelian randomization (MR) method was used to analyze the causal relationships between DM and LC as well as its various subtypes. The two-step MR method was applied to explore whether immune cells played a mediating role between DM and LC and its various subtypes. The MR-Egger intercept method and the MR-PRESSO method were used to check for horizontal pleiotropy, and Cochran’s Q test was used to check for heterogeneity. Results: According to the results of the MR analysis, DM increases the risk of developing small cell lung cancer (SCLC) and lung adenocarcinoma (LUAD). 38 immune cell characteristics were closely related to LC. Among them, the percentage of effector memory CD8+ T cells in CD8+ T cells, the expression level of CD25 on resting CD4 regulatory T cells, the absolute count of IgD− CD38+ B cells, the percentage of effector memory CD8+ T cells in T cells, and the expression level of CD45 on CD33+ HLA-DR+ CD14 low-expression cells all participated in mediating the causal relationships between DM and LUAD as well as SCLC. Conclusion: Our research results indicate that the risk of developing LUAD and SCLC in patients with DM will increase significantly. In addition, we found that five immune cell traits (the percentage of effector memory CD8+ T cells in CD8+ T cells, the expression level of CD25 on resting CD4 regulatory T cells, the absolute count of IgD− CD38+ B cells, the percentage of effector memory CD8+ T cells in T cells, and the expression level of CD45 on CD33+ HLA-DR+ CD14 low-expression cells) play an important role in the pathogenesis of LC in patients with DM. In-depth research on these immune cell traits will further clarify the pathophysiological mechanism by which DM leads to an increased risk of LC. 展开更多
关键词 孟德尔随机化(MR) 皮肌炎(DM) 肺癌(LC) 小细胞肺癌(SCLC) 肺腺癌(LUAD) 肺鳞状细胞癌(lusc) 免疫细胞
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氧化磷酸化信号参与肺鳞状细胞癌代谢调节
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作者 王亮 张善渊 +1 位作者 杨跃 马媛媛 《中国生物化学与分子生物学报》 北大核心 2025年第3期437-445,共9页
代谢重编程是癌症的重要特征之一,其中氧化磷酸化(oxidative phosphorylation,OXPHOS)代谢作为细胞获取能量的主要生化过程,对肿瘤发生和发展有着重要影响。本研究旨在探究肺鳞状细胞癌(lung squamous cell carcinoma,LUSC)的代谢特征... 代谢重编程是癌症的重要特征之一,其中氧化磷酸化(oxidative phosphorylation,OXPHOS)代谢作为细胞获取能量的主要生化过程,对肿瘤发生和发展有着重要影响。本研究旨在探究肺鳞状细胞癌(lung squamous cell carcinoma,LUSC)的代谢特征对肿瘤恶性特征的作用。通过分析基因表达谱数据库中LUSC、肺腺癌和正常肺组织的单细胞转录物组测序数据,发现OXPHOS信号通路以及ATP合成相关分子在LUSC组织中显著富集。基于OXPHOS信号强度评分,将LUSC分为OXPHOS high和OXPHOS low两组。生物信息学分析显示,126个转录因子在LUSC肿瘤组织和OXPHOS high组中均呈现高表达水平,其中肿瘤干细胞相关信号(例如SOX2、SOX9、POU2F1、CDX1、ARID3A、EZH2和KLF5等)在OXPHOS high细胞亚群中的表达水平明显增强(P<0.05)。使用OXPHO拮抗剂处理LUSC细胞后,H520和SKMES-1细胞的球体形成率这一重要的干性特征受到显著抑制(P<0.05)。对于LUSC单细胞转录物组细胞间通讯数据的分析表明,OXPHOS high发出及接受的信号强于OXPHOS low细胞亚群,且成纤维细胞对于OXPHOS high-LUSC细胞之间存在明显的交互作用。将LUSC细胞系H520和SKMES-1与人肺成纤维样细胞系共培养,肿瘤细胞球体形成率显著提高(P<0.05)。同时,共培养的H520和SKMES-1细胞的ATP、NADH活性酶和活性氧(ROS)水平也显著升高(P<0.05)。研究结果证实,OXPHOS通路是参与LUSC代谢的关键信号,与肿瘤干性细胞特性以及成纤维细胞相互作用信号调节相关,有望为肿瘤治疗提供新的策略。 展开更多
关键词 肺鳞状细胞癌 代谢 氧化磷酸化 肿瘤干细胞
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YTHDF1、YTHDF2在肺鳞癌中的表达与临床病理特征的关系
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作者 白天晶 蔡丽婷 +1 位作者 闫普方信 王凤云 《包头医学院学报》 2025年第11期29-35,共7页
目的:利用生物信息学和免疫组化方法分析YTHDF1和YTHDF2在肺鳞癌(lung squamous cell carcinoma,LUSC)组织中的表达水平及临床意义。方法:利用TCGA数据库对LUSC中YTHDF1和YTHDF2的表达和相关性进行分析。通过基因集富集分析(gene set en... 目的:利用生物信息学和免疫组化方法分析YTHDF1和YTHDF2在肺鳞癌(lung squamous cell carcinoma,LUSC)组织中的表达水平及临床意义。方法:利用TCGA数据库对LUSC中YTHDF1和YTHDF2的表达和相关性进行分析。通过基因集富集分析(gene set enrichment analysis,GSEA)揭示YTHDF1和YTHDF2可能涉及的生物学功能和信号通路。最后采用免疫组化方法证实YTHDF1和YTHDF2在LUSC组织样本中的表达,探讨YTHDF1和YTHDF2表达水平与病理特征的关系,并用统计学方法分析其与PD-L1的相关性。结果:(1)YTHDF1和YTHDF2在LUSC组织中均高于癌旁组织(P<0.05);(2)YTHDF1与T分期、肿瘤分期存在相关性(P<0.05);(3)年龄是影响LUSC患者总生存期(over all survival,OS)的独立危险因素,YTHDF1表达量与T分期是影响疾病特异生存期(disease specific survival,DSS)的独立危险因素;(4)YTHDF1和YTHDF2高表达LUSC患者的基因富集主要在治疗靶点上通路上;在低表达YTHDF1和YTHDF2组中,基因富集在免疫活性相关方面。(5)YTHDF2与PD-L1表达呈正相关(P<0.05)。结论:YTHDF1和YTHDF2的表达水平可能影响LUSC免疫微环境,同时也提示了其可能是LUSC免疫治疗的潜在靶点和生物标志物。 展开更多
关键词 YTHDF1 YTHDF2 PD-L1 肺鳞癌 免疫细胞
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基于TCGA数据库肺鳞癌衰老相关基因预后模型的建立与验证
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作者 何雨霖 周韶璋 +1 位作者 黄启昌 郭田 《现代生物医学进展》 2025年第17期2729-2739,共11页
目的:探讨衰老相关基因(ARGs)在肺鳞癌(LUSC)预后中的作用并构建新的预测模型。方法:整合TCGA的LUSC转录组数据、临床信息及Aging Atlas的ARGs,通过差异分析、生存分析筛选关键基因构建预后模型,评估模型性能并进行临床分组验证,开展GSE... 目的:探讨衰老相关基因(ARGs)在肺鳞癌(LUSC)预后中的作用并构建新的预测模型。方法:整合TCGA的LUSC转录组数据、临床信息及Aging Atlas的ARGs,通过差异分析、生存分析筛选关键基因构建预后模型,评估模型性能并进行临床分组验证,开展GSEA通路富集及免疫微环境分析。结果:筛选出ERFFI1、MDH1、SENP2、SNAI1、TP63构建模型。高、低风险组生存差异显著(P<0.001),1/3/5年AUC为0.610/0.668/0.665。风险评分为独立预后因子(HR=11.261,95%CI:3.654-34.701,P<0.001),在早期(I-II期,P=0.022)及晚期(III-IV期,P=0.004)均有效。GSEA显示高风险组显著富集阿尔茨海默病(P=0.003)、细胞黏附(P=0.008)等通路。SNAI1与巨噬细胞M1/M2浸润正相关(r=0.45,P<0.001),MDH1与12种免疫细胞相关(|r|>0.3,P<0.05),风险评分与CD8+T细胞(r=0.38)、M2巨噬细胞(r=0.32)浸润相关(均P<0.001)。23个免疫检查点(如TNFRSF14、CD200R1)在组间差异表达且与生存相关(P<0.05)。高风险组TIDE评分更高(P<0.001),提示免疫抑制增强。结论:该模型为LUSC预后评估提供新途径,但需临床实践进一步验证。 展开更多
关键词 肺鳞癌 衰老相关基因 预后模型 生物信息学分析 免疫细胞浸润
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肺鳞癌中视黄酸诱导基因样受体家族的分子特征研究
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作者 黄钰茜 郑德华 +4 位作者 林荟 王一凡 何丽倩 王涛 李孔宁 《生物信息学》 2025年第3期192-198,共7页
通过转录组分析刻画肺鳞癌中视黄酸诱导基因样受体(Retinoic acid-inducible gene-like receptor,RLRs)家族的表达模式,结合PPI网络(Protein-Protein interaction network,PPI)和共表达分析筛选RLRs家族关键互作基因,探究RLRs家族基因... 通过转录组分析刻画肺鳞癌中视黄酸诱导基因样受体(Retinoic acid-inducible gene-like receptor,RLRs)家族的表达模式,结合PPI网络(Protein-Protein interaction network,PPI)和共表达分析筛选RLRs家族关键互作基因,探究RLRs家族基因表达与免疫分子和免疫细胞浸润的相关性,基于非小细胞肺癌免疫治疗数据探讨RLRs对于免疫耐受的影响,助力肺鳞癌免疫调控机制的研究。对下载的肺鳞癌mRNA表达数据,通过秩和检验方法探索RLRs家族成员在肺鳞癌中的表达差异,刻画其在不同癌症阶段的表达模式。进一步计算RLRs家族成员与互作基因的皮尔森相关性,识别显著互作基因进行富集分析。结合免疫调控和免疫细胞浸润数据,分析肺鳞癌中RLRs家族成员与三种免疫调节剂以及免疫细胞浸润的相关性。最后利用TIDE方法评估RLRs基因家族对于肺鳞癌患者免疫治疗受益性的影响,并通过COX回归验证RLRs家族成员的基因表达和肺鳞癌免疫治疗预后的关系。秩和检验发现RLRs家族成员在肺鳞癌的癌症患者中表达下调,且DHX58在肺鳞癌不同阶段随着分期表达下降。功能富集结果表明RLRs基因家族成员主要参与抗病毒的防御反应等生物学过程。免疫调控分析显示RLRs家族成员与MHC分子,免疫抑制剂,免疫刺激剂显著正相关,并且与B细胞、CD8+T细胞、CD4+T细胞、巨噬细胞、中性粒细胞的浸润均呈现正相关。RLRs基因能够影响肺鳞癌患者对于免疫治疗的受益程度,并且DDX58的高表达水平与免疫治疗患者较好预后相关。本研究揭示了RLRs家族成员在肺鳞癌中的表达失调,RLRs家族与肿瘤免疫微环境以及免疫治疗相关,DDX58有成为肺鳞癌预后分子标志物的潜力。 展开更多
关键词 肺鳞癌 RLRs家族 免疫治疗 预后分析
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DARS2在非小细胞肺癌中的表达及其对细胞增殖和迁移的影响 被引量:2
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作者 艾尼瓦尔·肉孜 韩林晓 +4 位作者 吴圆圆 朱文思 刘静 刘尽国 周建 《复旦学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2023年第3期390-397,共8页
目的探究线粒体天冬氨酰-tRNA合成酶2(aspartyl-tRNA synthetase 2,mitochondrial,DARS2)在非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)中的表达及生物学意义。方法采用多种数据库分析DARS2在NSCLC的两种亚型肺腺癌(lung adenocarc... 目的探究线粒体天冬氨酰-tRNA合成酶2(aspartyl-tRNA synthetase 2,mitochondrial,DARS2)在非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)中的表达及生物学意义。方法采用多种数据库分析DARS2在NSCLC的两种亚型肺腺癌(lung adenocarcinoma,LUAD)和肺鳞癌(lung squamous cellcarcinoma,LUSC)中的表达水平、预后价值、临床病理分期相关性、突变及甲基化水平和富集通路。通过划痕实验和CCK-8实验进一步分析DARS2对NSCLC细胞增殖和迁移能力的影响。结果通过GEPIA、GEO及HPA数据库分析发现,DARS2 mRNA和蛋白质表达水平在LUAD与LUSC中均显著上调,并与LUAD病理分期呈正相关。生存分析结果表明,DARS2过表达可显著缩短LUAD患者生存期。cBioPortal分析结果显示,DARS2在LUAD与LUSC中变异率分别为16%和18%。UALCAN数据库甲基化分析结果显示,DARS2启动子区域甲基化水平在LUAD中显著降低,而在LUSC中显著升高。Metascape数据库富集分析结果显示,与DARS2相关的基因在LUAD和LUSC中均主要在细胞周期通路高度富集。划痕实验和CCK-8实验结果显示,敲低DARS2能显著抑制H1299细胞增殖和迁移能力。结论DARS2在LUAD与LUSC中均过表达,其可能以参与调控细胞周期通路方式促进NSCLC细胞增殖和迁移。 展开更多
关键词 肺腺癌(LUAD) 肺鳞癌(lusc) 天冬氨酰-tRNA合成酶2(DARS2) 增殖 迁移 细胞周期
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High expression of PD-L1 mainly occurs in non-small cell lung cancer patients with squamous cell carcinoma or poor differentiation 被引量:2
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作者 LU LIU BIN XIE +5 位作者 WEI ZHU QIUYAN HE JIANHUA ZHOU SHUANG LIU YONGGUANG TAO DESHENG XIAO 《Oncology Research》 SCIE 2023年第3期275-286,共12页
Background:Lung cancer is one of the most lethal cancers worldwide,but studies have shown that the higher the expression of programmed cell death protein 1 ligand 1(PD-L1)in non-small cell lung cancer(NSCLC),the more ... Background:Lung cancer is one of the most lethal cancers worldwide,but studies have shown that the higher the expression of programmed cell death protein 1 ligand 1(PD-L1)in non-small cell lung cancer(NSCLC),the more likely it will benefit from anti-PD-L1 immunotherapy.The purpose of our study was to collect and analyze abundant clinical samples in order to provide evidence for clinicians and patients who might consider anti-PD-L1 immunotherapy while jointly formulating treatment plans.Methods:On the one hand,we obtained cases from The Cancer Genome Atlas(TCGA)database,including 498 lung squamous cell cancer(LUSC)patients and 515 lung adenocarcinoma(LUAD)patients.We studied the lung caner driver gene in LUSC and LUAD.On the other hand,PD-L1 expression was detected in lung cancer tissues of 1,008 NSCLC patients with immunohistochemistry staining(IHC),and we studied the correlation between PD-L1 protein expression and clinicopathological characteristics.Results:PD-L1 expression was higher in LUSC than in LUAD at the mRNA level.In univariate analysis,PD-L1 expression at the protein level was higher in patients who were males,were LUSC,were smokers,had a tumor diameter>3 cm,had poor differentiation,or had stages Ⅲ-Ⅳ disease.In multivariate analysis,PD-L1 expression was higher in patients who were LUSC or in poor differentiation.Conclusion:In term of protein level,PD-L1 expression was higher in NSCLC patients who were LUSC or in poor differentiation.We recommend that PD-L1 IHC detection can be routinely performed in such populations that are likely to benefit most from PD-L1 immunotherapy. 展开更多
关键词 NSCLC PD-L1 IMMUNOTHERAPY lusc LUAD
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miR-101-5p通过靶向ATAD2抑制肺鳞癌细胞的侵袭 被引量:1
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作者 刘浩杰 王德才 李树斌 《西安交通大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期228-236,共9页
目的 探讨微小RNA-101-5p(miR-101-5p)影响肺鳞癌(lung squamous cell carcinoma,LUSC)细胞增殖、侵袭的分子机制。方法 从癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库下载肺鳞癌TCGA-LUSC的miRNA成熟体表达数据和总RNA的测序... 目的 探讨微小RNA-101-5p(miR-101-5p)影响肺鳞癌(lung squamous cell carcinoma,LUSC)细胞增殖、侵袭的分子机制。方法 从癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库下载肺鳞癌TCGA-LUSC的miRNA成熟体表达数据和总RNA的测序数据,鉴定差异表达基因;分析富集于ATAD2的信号通路。培养LUSC细胞,qRT-PCR检测细胞中miR-101-5p和ATAD2的mRNA表达,MTT实验、克隆形成实验和侵袭实验检测miR-101-5p对LUSC细胞增殖和侵袭的影响,流式细胞术检测ATAD2对LUSC细胞周期的影响,Western blotting检测ATAD2蛋白的表达。双荧光素酶实验验证miR-101-5p能否与ATAD2靶向结合,最后通过LUSC细胞共转染oe-ATAD2和miR-101-5p模拟物(mimic),检测细胞增殖、克隆、侵袭能力的变化,进一步探究miR-101-5p能否通过ATAD2调节LUSC细胞的生物学功能。结果 miR-101-5p在LUSC组织及培养LUSC细胞中显著下调。过表达miR-101-5p的LUSC增殖和侵袭能力显著抑制。其下游调控靶基因ATAD2在LUSC中显著上调,且miR-101-5p和ATAD2表达呈负相关,单基因富集分析(GSEA)结果显示ATAD2显著富集于细胞周期信号通路。双荧光素酶实验结果显示,miR-101-5p靶向结合ATAD2,并通过MTT和侵袭实验发现miR-101-5p通过靶向结合ATAD2调控LUSC细胞的增殖和侵袭。结论 miR-101-5p在LUSC中低表达,miR-101-5p通过靶向抑制ATAD2降低LUSC细胞的增殖、侵袭。 展开更多
关键词 微小RNA-101-5p(miR-101-5p) ATP酶家族AAA域(ATAD2) 肺鳞癌(lusc) 增殖 侵袭
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Identification of tumor-suppressor genes in lung squamous cell carcinoma through integrated bioinformatics analyses 被引量:1
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作者 HENG LI YOUMING LEI +1 位作者 GAOFENG LI YUNCHAO HUANG 《Oncology Research》 SCIE 2024年第1期187-197,共11页
Lung cancer is a prevalent malignancy,and fatalities of the disease exceed 400,000 cases worldwide.Lung squamous cell carcinoma(LUSC)has been recognized as the most common pathological form of lung cancer.The comprehe... Lung cancer is a prevalent malignancy,and fatalities of the disease exceed 400,000 cases worldwide.Lung squamous cell carcinoma(LUSC)has been recognized as the most common pathological form of lung cancer.The comprehensive understanding of molecular features related to LUSC progression has great significance in LUSC prognosis assessment and clinical management.In this study,we aim to identify a panel of signature genes closely associated with LUSC,which can provide novel insights into the progression of LUSC.Gene expression profiles were retrieved from public resources including gene expression omnibus(GEO)and the cancer genome atlas(TCGA)database.Differentially expressed genes(DEGs)between LUSC specimens and normal lung tissues were identified by bioinformatics analyses.A total of 66 DEGs were identified based on two cohorts of data.CytoHubba plugin of Cytoscape software was utilized for the further analyses of the top 10 candidate hub genes including OGN,ABI3BP,MAMDC2,FGF7,FAM107A,SPARCL1,DCN,COL14A1,and MFAP4 and CHRDL1,which showed significant downregulation in LUSC.Two LUSC cell lines were used to validate the functions of CHRDL1 and FAM107A through overexpression experiment.Together,our data revealed novel candidate tumor-suppressor genes in LUSC,suggesting previously unappreciated mechanisms in the progression of LUSC. 展开更多
关键词 lusc DEGs WGCNA PPI network TUMOR-SUPPRESSOR
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FGD5 as a novel prognostic biomarker and its association with immune infiltrates in lung adenocarcinoma
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作者 ZHONGXIANG TANG LILI WANG +2 位作者 GUOJUN WU LING QIN YURONG TAN 《BIOCELL》 SCIE 2023年第11期2503-2516,共14页
Background:Non-small cell lung cancer(NSCLC)has a poor prognosis with a low 5-year survival rate.Lung adenocarcinoma(LUAD)accounts for 50%.Facio-genital dysplasia-5(FGD5),a member of a subfamily of Rho GTPGDP exchange... Background:Non-small cell lung cancer(NSCLC)has a poor prognosis with a low 5-year survival rate.Lung adenocarcinoma(LUAD)accounts for 50%.Facio-genital dysplasia-5(FGD5),a member of a subfamily of Rho GTPGDP exchange factors,may be a good molecular biomarker for diagnosis and prognosis.Objective:To explore the clinical application of FGD5,the study was designed to investigate the prognosis value of FGD5 expression and its correlation with immune infiltrates in LUAD patients.Methods:Through the Wilcoxon signed-rank test and logistic regression,the correlation between clinical characteristics and FGD5 expression was analyzed.Kaplan-Meier plotter analysis,Cox regression,and a receiver operating characteristic(ROC)curve were constructed to evaluate the influence of FGD5 on prognosis.The function of FGD5 in lung cancer was analyzed using Gene set enrichment analysis(GSEA)and Single Sample Gene Set Enrichment Analysis(ssGSEA).Results:Compared to normal tissues,FGD5 was downregulated in LUAD.FGD5 may be a potential diagnostic and prognostic biomarker of lung cancer for its association with improved overall survival(OS),progression-free interval(PFI),and disease-specific survival(DSS)in LUAD.Results of functional analysis suggested that FGD5 was involved in the immune response for its association with immune infiltration.Conclusion:FGD5 may be a significant molecular biomarker for diagnosis and prognosis,presenting as an independent prognostic risk factor for LUAD. 展开更多
关键词 FGD5 LUAD NSCLC lusc BIOINFORMATICS PROGNOSIS
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香叶基香叶基焦磷酸合成酶在肺鳞状细胞癌中的表达及临床意义
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作者 王鑫 王晓霞 +5 位作者 李彦庆 郑永鑫 乌杰 任猛 贾向东 许天祥 《上海交通大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期312-324,共13页
目的·利用生物信息学和免疫组织化学法探究在肺鳞状细胞癌(lung squamous cell carcinoma,LUSC)组织中香叶基香叶基焦磷酸合成酶(geranylgeranyl diphosphate synthase 1,GGPS1)的表达及其临床意义。方法·首先从UCSC Xena平... 目的·利用生物信息学和免疫组织化学法探究在肺鳞状细胞癌(lung squamous cell carcinoma,LUSC)组织中香叶基香叶基焦磷酸合成酶(geranylgeranyl diphosphate synthase 1,GGPS1)的表达及其临床意义。方法·首先从UCSC Xena平台下载LUSC组织与配对正常组织的转录组数据,使用R语言进行数据标准化和差异表达分析,并利用UALCAN数据库进行验证;采用UALCAN和LinkedOmics数据库分析LUSC患者中GGPS1表达与临床病理特征关系;利用Kaplan-Meier Plotter数据库探究LUSC患者GGPS1表达对预后的影响。应用最小绝对收缩和选择算子(least absolute shrinkage and selection operator,LASSO)回归分析筛选基因相关系数及风险评分。通过列线图和校正曲线评价GGPS1对LUSC的诊断价值。采用STRING、GeneMANIA数据库构建GGPS1蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络。运用R语言挑选与GGPS1相关差异基因,并进行基因本体论(Gene Ontology,GO)和京都基因和基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)富集分析。采用免疫组织化学法检测LUSC患者GGPS1表达情况,并分析其与临床病理特征和预后的相关性。结果·通过TIMER2.0数据库检索到GGPS1在多数肿瘤中表达均升高,且在LUSC中呈高表达。UCSC Xena、UALCAN数据库中GGPS1在LUSC的表达高于癌旁组织(均P<0.05)。UALCAN和LinkedOmics数据库发现GGPS1在指标分期较晚患者中的表达水平更高,且Kaplan-Meier Plotter数据库显示LUSC患者GGPS1高表达总生存期(overall survival,OS)较短(P<0.05)。基于LASSO回归评估LUSC患者有较好的风险预测效能。构建LUSC患者的个体化预测模型具有最佳预测准确度。GO、KEGG结果显示,GGPS1相关基因主要与蛋白质代谢、调节脂质和胆固醇代谢过程、尼古丁成瘾、磷脂酰肌醇3激酶(phosphatidylinositol3-kinase,PI3K)/蛋白激酶B(protein kinase B,AKT)/哺乳动物雷帕霉素靶蛋白(mammalian target of rapamycin,mTOR)、过氧化物酶体增殖物激活受体(peroxisome proliferatoractivated receptors,PPAR)信号通路等有关。GGPS1的代谢功能可能促进肿瘤发生。免疫组化结果提示GGPS1主要定位于细胞质中,且LUSC组织中表达高于癌旁组织(P<0.05),GGPS1高表达与LUSC患者肿瘤大小、淋巴结转移和TNM分期有关(均P<0.05),且GGPS1表达高的患者OS明显短于低表达者(P=0.000)。多因素Cox回归分析提示GGPS1可作为LUSC的独立预后因素。结论·相较于正常肺组织,GGPS1在LUSC中表达显著升高,尤其在肿瘤体积较大、淋巴结转移阳性及晚期的患者中表达升高更明显;且GGPS1过表达是LUSC患者预后差的独立预测因子。GGPS1有望成为新的LUSC诊治和预防的分子靶点。 展开更多
关键词 香叶基香叶基焦磷酸合成酶 肺鳞状细胞癌 生物信息学 免疫组织化学 临床意义
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肺腺癌和肺鳞癌中mRNA可变剪接特征的比较
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作者 陈梦竹 王秀杰 夏立新 《深圳大学学报(理工版)》 EI CAS CSCD 北大核心 2017年第1期33-45,共13页
利用SUPPA(a super-fast pipeline for alternative splicing)软件分析癌症基因组数据库癌基因组图谱中肺腺癌和肺鳞癌样本的RNA-Seq数据,发现在鉴定的7种主要可变剪接转录本中外显子跳跃转录本发生频率最高.通过癌组织与癌旁组织的比较... 利用SUPPA(a super-fast pipeline for alternative splicing)软件分析癌症基因组数据库癌基因组图谱中肺腺癌和肺鳞癌样本的RNA-Seq数据,发现在鉴定的7种主要可变剪接转录本中外显子跳跃转录本发生频率最高.通过癌组织与癌旁组织的比较,系统地鉴定了肺腺癌和肺鳞癌中差异表达的可变剪接转录本,发现约60%的差异可变剪接转录本是两种肺癌亚型所共有的.功能富集分析表明,癌组织特异的可变剪接转录本主要富集在细胞周期调控、脱氧核糖核酸代谢和核糖核酸代谢等生物过程中,而癌旁组织特异的可变剪接转录本则主要富集在囊泡介导转运、多肽转运和脂质转运等生物过程中.通过肺癌驱动基因可变剪接转录本的比较分析,鉴定了两种肺癌亚型共有或特有的可能具有癌驱动功能的可变剪接转录本. 展开更多
关键词 生物信息学 肺腺癌 肺鳞癌 可变剪接 外显子跳跃 可变起始外显子
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基于生物信息学技术分析肺鳞癌预后风险模型及中药预测研究 被引量:3
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作者 崔逸爽 刘雪静 +3 位作者 洪紫谦 田亚萍 郑璇 孙国贵 《中华中医药学刊》 CAS 北大核心 2023年第10期64-69,I0014-I0018,共11页
目的 基于基因表达综合数据库(gene expression omnibus, GEO)和癌症基因组图谱数据库(the cancer genome atlas, TCGA)筛选肺鳞癌(lung squamous cell carcinoma, LUSC)预后相关基因,建立早期预后风险模型,探讨LUSC的发病机制,预测治疗... 目的 基于基因表达综合数据库(gene expression omnibus, GEO)和癌症基因组图谱数据库(the cancer genome atlas, TCGA)筛选肺鳞癌(lung squamous cell carcinoma, LUSC)预后相关基因,建立早期预后风险模型,探讨LUSC的发病机制,预测治疗LUSC的潜在中药。方法 使用计数数据差异分析的DESeq2包(DESeq2 package for differential analysis of count data, DESeq2)来筛选TCGA和GEO数据中的差异基因,使用单因素Cox、多因素Cox回归分析构建预后风险模型,按照风险评分中位值将肺鳞癌患者分为高低风险两组进行风险模型与生存预后、临床Ⅰ期和淋巴结转移的相关分析,将核心基因与医学本体信息检索平台相互映射,筛选治疗LUSC的中药,并对筛选出的基因进行细胞系验证。结果 多因素Cox回归最终得到8个候选基因[1个长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA):GS1-124K5.4;7个蛋白:CWC25(CWC25剪接体相关蛋白同源物,CWC25 spliceosome-associated protein homolog),EEPD1(核酸内切酶/外切核酸酶/磷酸酶家族结构域1,endonuclease/exonuclease/phosphatase family domain containing),TTCC7(微管蛋白酪氨酸连接酶样家族成员7, tubulin tyrosine ligase-like family member 7),IFT88 (鞭毛运输蛋白88, Intraflagellar transport 88),LMF2(脂肪酶成熟因子2重组蛋白,Recombinant lipase maturation factor 2),SPECC1(具有calponin同源性和螺旋结构域1的精子抗原,Sperm antigen with calponin homology and coiled-coil domains 1),EVR3-1(编码细胞质核糖体蛋白)],按照此模型的风险评分中位值将患者分为高低风险组后,此模型可作为预后、临床Ⅰ期和淋巴结转移相关的风险模型,其生物作用主要富集在AMPK信号通路、Rap1信号通路、癌症信号通路等。筛选治疗LUSC的潜在中药有黄芩、黄柏、肉豆蔻、红豆杉、虎杖、石竹、前胡、补骨脂、秦皮等。并且发现此模型中的蛋白在大部分LUSC细胞系中低表达。结论 研究建立的预后风险模型对预测临床I期LUSC患者的预后和LUSC患者淋巴结转移具有一定的临床价值,并促进了对LUSC发病机制的理解,为LUSC的新药研发提供了新靶标。 展开更多
关键词 肺鳞癌 lncRNA 靶基因 基因表达综合数据库 癌症基因组图谱数据库
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Differences between lung adenocarcinoma and lung squamous cell carcinoma: Driver genes, therapeutic targets, and clinical efficacy 被引量:1
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作者 Yue Shen Jie-Qi Chen Xiang-Ping Li 《Genes & Diseases》 2025年第3期297-318,共22页
With the rapid advancements in second-generation gene sequencing technologies,a growing number of driver genes and associated therapeutic targets have been unveiled for lung adenocarcinoma(LUAD)and lung squamous cell ... With the rapid advancements in second-generation gene sequencing technologies,a growing number of driver genes and associated therapeutic targets have been unveiled for lung adenocarcinoma(LUAD)and lung squamous cell carcinoma(LUSC).While they are clinically classified as non-small cell lung cancer(NSCLC),they display distinct genomic features and substantial variations in clinical efficacy,underscoring the need for particular attention.Hence,this review provides a comprehensive overview of the latest advancements in driver genes,epigenetic targets,chemotherapy,targeted therapy,and immunotherapy for LUAD and LUSC.Additionally,it delves into the distinctions in signaling pathways and pivotal facets of clinical management specific to these two categories of lung cancer.Moreover,we furnish pertinent details regarding clinical trials pertaining to driver genes and epigenetics,thus establishing a theoretical foundation for the realization of precision treatments for LUAD and LUSC. 展开更多
关键词 Clinical efficacy Gene mutations Lung adenocarcinoma(LUAD) Lung squamous cell carcinoma(lusc) Therapeutic targets
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