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Comprehensive clinical and genetic architecture of familial amyotrophic lateral sclerosis in China:A 15-year cohort study with 302 families
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作者 Wei Zheng Lu Xu +6 位作者 Jinling Cai Jinwen Hou Lu Chen Nan Zhang Siyan Zhan Dongsheng Fan Ji He 《Neural Regeneration Research》 2026年第6期2573-2579,共7页
The growing recognition of the role of genetics in the development of amyotrophic lateral sclerosis is evident.However,there has yet to be a comprehensive analysis of the clinical characteristics and genetics of famil... The growing recognition of the role of genetics in the development of amyotrophic lateral sclerosis is evident.However,there has yet to be a comprehensive analysis of the clinical characteristics and genetics of familial amyotrophic lateral sclerosis in an Asian population.This study aimed to provide an in-depth analysis of the clinical features and genetic spectrum of familial amyotrophic lateral sclerosis over 15 years in a clinic-based cohort of patients from the Chinese mainland.Enrollment of 302 amyotrophic lateral sclerosis families from 28 provinces was undertaken from January 2008 to September 2023.A group-based trajectory model for disease progression based on amyotrophic lateral sclerosis Functional Rating Scale-Revised(ALSFRS-R)scores was validated using bootstrap internal validation in patients with familial amyotrophic lateral sclerosis,as well as patients with sporadic amyotrophic lateral sclerosis(matched at a 1:4 ratio,with replacement).DNA samples from 244 index patients were screened for variants in the pathogenic genes SOD1,FUS,TDP43,and C9ORF72,of which 146 were also subjected to genome-wide next-generation sequencing.Gene-level burden analysis was used to evaluate the distribution of rare variants in the cohort.We found that rapid dynamic disease progression was associated with an older age at onset,shorter diagnostic delay,lower body mass index,bulbar onset,and≥1 affected first-degree relative.Certain attributes,such as age at onset and time from onset to diagnosis,had comparable impacts on the clinical progression trajectories of both familial amyotrophic lateral sclerosis and sporadic amyotrophic lateral sclerosis.Harboring pathogenic/likely pathogenic variants in amyotrophic lateral sclerosis-causative genes reduced the age of onset of familial amyotrophic lateral sclerosis.Among the patients with familial amyotrophic lateral sclerosis,17.8%possessed≥2 pathogenic/likely pathogenic variants.Sequencing kernel association test analysis showed that the SOD1 rare variant burden(P=1.3e-15)was associated with a significant risk of familial amyotrophic lateral sclerosis.Our findings conclusively confirmed the clinical features and genetic spectrum of familial amyotrophic lateral sclerosis over 15 years in a clinical cohort from China,contributing to a deeper understanding of genotype-phenotype relationships in familial amyotrophic lateral sclerosis.This comprehensive evaluation of specific clinical characteristics,clinical prognosis,and genetic variants of amyotrophic lateral sclerosis based on detailed clinical and genetic information may lead to the development of genotype-specific treatment approaches. 展开更多
关键词 China COHORT EPIDEMIOLOGICAL familial amyotrophic lateral sclerosis gene-level burden analysis genetic GENOTYPE group-based trajectory model PATHOGENIC PHENOTYPE
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向日葵GH3基因家族鉴定及其在花发育中的功能分析
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作者 龙林茜 曾银萍 +6 位作者 王茜 邓玉萍 葛敏茜 陈彦灼 李鑫娟 杨军 邹建 《生物技术通报》 北大核心 2026年第1期125-138,共14页
【目的】探究向日葵(Helianthus annuus L.)HaGH3家族成员的理化特征和表达分析,以及其在向日葵花发育中的作用,为向日葵品种选育提供参考。【方法】基于向日葵基因组和转录组数据,利用生物信息学方法筛选鉴定HaGH3家族成员,并对蛋白理... 【目的】探究向日葵(Helianthus annuus L.)HaGH3家族成员的理化特征和表达分析,以及其在向日葵花发育中的作用,为向日葵品种选育提供参考。【方法】基于向日葵基因组和转录组数据,利用生物信息学方法筛选鉴定HaGH3家族成员,并对蛋白理化性质、染色体定位、系统进化关系、保守基序、顺式作用元件和组织表达特征等进行分析。利用RT-qPCR分析HaGH3家族成员在野生型向日葵及其花分生组织转变与花器官发生缺陷突变体cb1中St2‒St8时期的表达差异,并对其在St5和St6时期不同花器官中的表达情况进行分析。【结果】向日葵HaGH3基因家族包含19个成员(HaGH3.1‒HaGH3.19),分散分布在12条染色体上,分属于2个亚家族,同一亚家族的成员具有相同的蛋白保守结构域。转录组数据分析显示,HaGH3.1、HaGH3.2、HaGH3.3、HaGH3.4、HaGH3.5、HaGH3.8、HaGH3.11、HaGH3.12、HaGH3.13、HaGH3.14和HaGH3.18等11个基因在向日葵花发育特定时期高水平表达。基于RT-qPCR的表达分析,显示HaGH3.3、HaGH3.4、HaGH3.8、HaGH3.13和HaGH3.14在WT的St2时期表达水平达到峰值,且其表达水平在WT和cb1中存在显著差异;HaGH3.1、HaGH3.2、HaGH3.5、HaGH3.12和HaGH3.18在WT花发育后期(St5‒St6时期)高水平表达,且具有较强的花器官特异性。顺式作用元件分析显示,11个花发育相关HaGH3基因启动子区域内含有大量生长素和赤霉素响应元件和MIKC_MADS识别元件。进一步分析结果显示,HaGH3.8、HaGH3.14和HaGH3.18受到ARF介导的生长素信号调节,HaGH3.1和HaGH3.8受到MYB和bZIP等赤霉素信号相关转录因子的调控,HaGH3.2、HaGH3.8、HaGH3.13、HaGH3.14和HaGH3.18受到花同源异型转录因子MIKC_MADS的调控。【结论】向日葵HaGH3.1和HaGH3.3等11个成员在向日葵花生长发育的调控中发挥重要作用,其中HaGH3.1、HaGH3.2、HaGH3.8、HaGH3.13、HaGH3.14和HaGH3.18在调控花发育过程中,受到生长素或赤霉素信号相关转录因子以及MIKC_MADS成员的调控。 展开更多
关键词 向日葵 花发育 cb1突变体 GH3基因家族 表达水平 顺式作用元件 转录因子 转录调控
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香蕉MaMAPK家族全基因组鉴定及其低温胁迫响应表达分析
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作者 林蔚 韦幂 +2 位作者 常鹏艳 李跃森 吴水金 《核农学报》 北大核心 2026年第3期479-492,I0001,共15页
低温是导致香蕉减产的主要自然灾害之一。为探究MaMAPK基因家族在香蕉低温下的表达模式,本研究通过系统发育树分析、基因结构、保守基序、染色体定位等生物信息学手段,基于巴西蕉基因组系统分析MaMAPK基因家族成员的基本特征,共鉴定出23... 低温是导致香蕉减产的主要自然灾害之一。为探究MaMAPK基因家族在香蕉低温下的表达模式,本研究通过系统发育树分析、基因结构、保守基序、染色体定位等生物信息学手段,基于巴西蕉基因组系统分析MaMAPK基因家族成员的基本特征,共鉴定出23个MaMAPK基因家族成员。根据系统发育关系分析,将MaMAPKs分为4个亚组。MaMAPKs的相对分子量介于40.67~70.16 kDa之间,氨基酸序列长度为351~678 aa。基因共线性分析表明,MaMAPK基因家族成员间具有较强的连锁关系,且都经过了纯化选择。利用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测MaMAPK家族基因在两个品种中的表达变化,最终筛选出12个差异表达的MaMAPK候选基因,组织表达结果显示,12个候选基因在巴西蕉/粉蕉中的组织分布差异大。序列比对结果显示,筛选出的12个候选基因均含有T(D/E)Y的MKK-MAPK磷酸化作用靶点,且含有多个胁迫相关启动子顺式作用元件。蛋白互作和分子对接预测结果显示,筛选的MaMAPK与MaMKK之间存在复杂的互作关系,其中与3个MaMKK2的互作最多,MaMKK-MaMAPK之间主要通过氢键互作结合,共有11种关键氨基酸残基参与了MaMKK-MaMAPK的互作,并在互作中发挥重要作用。本研究为进一步探究香蕉MAPK级联抗寒研究奠定了理论基础。 展开更多
关键词 香蕉 低温胁迫 MAPK基因家族 表达量
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我国典型淡水水域环境中喹诺酮类抗生素污染的研究进展 被引量:3
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作者 孟顺龙 李鸣霄 +5 位作者 陈曦 裘丽萍 徐慧敏 宋超 李丹丹 范立民 《农业环境科学学报》 北大核心 2025年第3期580-593,共14页
喹诺酮类抗生素(Quinolones,QNs)以其广谱抗菌特性被广泛应用于医疗、农业及养殖业。随着使用量的持续增加,QNs在多种环境介质中被频繁检出,已成为水域生态环境面临的长期且持续性风险因子。长期的QNs选择压力诱导抗生素抗性基因(Antibi... 喹诺酮类抗生素(Quinolones,QNs)以其广谱抗菌特性被广泛应用于医疗、农业及养殖业。随着使用量的持续增加,QNs在多种环境介质中被频繁检出,已成为水域生态环境面临的长期且持续性风险因子。长期的QNs选择压力诱导抗生素抗性基因(Antibiotic resistant genes,ARGs)的产生与积累,同时耐药细菌群体在水环境中不断迁移、扩散和增殖,进一步加剧了水域生态风险,其潜在危害远超QNs残留本身。QNs大量使用并经地表和地下径流最终进入水生生态系统,使水体和沉积物成为QNs及其ARGs的重要储存库,其对生态环境及公共健康构成的威胁日益严峻。本文综述了我国典型淡水水域中QNs的来源、迁移转化及赋存特征,探讨了QNs及其相关ARGs对生态环境的潜在风险,为进一步研究淡水水域中QNs及其ARGs的环境行为与风险评估提供理论依据。 展开更多
关键词 喹诺酮类抗生素 淡水水域 迁移转化 赋存水平 抗生素抗性基因
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2021—2023年北京市食源性蜡样芽胞杆菌污染水平及毒力基因分布
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作者 陆峥 崔霞 +3 位作者 王迪 张诣 段佳丽 赵榕 《卫生研究》 北大核心 2025年第4期626-630,共5页
目的了解北京市食源性蜡样芽胞杆菌污染水平及毒力基因的携带和分布情况。方法2021—2023年对北京市市售食品中蜡样芽胞杆菌污染水平进行计数分析,应用PCR方法对80株蜡样芽胞杆菌分离株进行10种毒力基因筛查,研究产生腹泻型和呕吐型毒... 目的了解北京市食源性蜡样芽胞杆菌污染水平及毒力基因的携带和分布情况。方法2021—2023年对北京市市售食品中蜡样芽胞杆菌污染水平进行计数分析,应用PCR方法对80株蜡样芽胞杆菌分离株进行10种毒力基因筛查,研究产生腹泻型和呕吐型毒素相关毒力基因的分布。结果805件食品总体污染水平10~5.7×10^(4) CFU/g,未检出>10^(5) CFU/g的样品,80株蜡样芽胞杆菌共有37种蜡样芽胞杆菌毒力基因携带模式。其中非溶血素基因携带率最高,达100%(80/80),溶血素BL基因携带率65%(52/80),有16株同时携带3个非溶血素基因和3个溶血素基因;ces基因携带率为15.0%。结论2021—2023年北京市蜡样芽胞杆菌食品污染水平相对较低,但普遍携带毒力基因。 展开更多
关键词 蜡样芽胞杆菌 食源性致病菌 污染水平 毒力基因 分布
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都篮文化基因图谱构建与设计研究
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作者 李东 张楚 +2 位作者 金燕 王硕 陈洁 《包装工程》 北大核心 2025年第20期391-401,共11页
目的基于文化基因理论,运用构建文化基因图谱的方式,可以将都篮的外在层、行为层及内在层的文化内涵进行全面、深刻的剖析,弥补当前研究仅停留在形态发展叙述上、研究较片面的不足。方法定性与定量研究相结合。以“文化结构三层次”理... 目的基于文化基因理论,运用构建文化基因图谱的方式,可以将都篮的外在层、行为层及内在层的文化内涵进行全面、深刻的剖析,弥补当前研究仅停留在形态发展叙述上、研究较片面的不足。方法定性与定量研究相结合。以“文化结构三层次”理论为切入点,从物质文化、行为文化、精神文化3个层次,通过图像分析法对都篮的文化因子进行提取与图谱构建。结合AHP层次分析法对文化因子进行重要度评价。结果根据都篮文化基因图谱,得到造型基因、寓意内涵基因、环境基因为都篮文化基因中的重要基因。通过复制、分解、重构、借代替换等方法进行当代都篮的创新设计实践。结论文化基因视角下都篮文化基因图谱的构建,有助于深入探究都篮特征与文化内涵,为传统器物的文化溯源和创新设计提供有效借鉴。 展开更多
关键词 都篮 基因图谱 文化结构三层次 AHP层次分析法
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重组ATRN对山羊脂肪细胞中cAMP水平的效应
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作者 孙晓燕 宋昱龙 +6 位作者 王高富 王林杰 蒋婧 李杰 陈灿灿 吕士鹏 任航行 《中国草食动物科学》 北大核心 2025年第5期104-109,共6页
本研究旨在探索重组吸引素(Attractin,ATRN)对体外培养的山羊脂肪中环磷酸腺苷(Cyclic adenosine monophosphate,cAMP)含量的影响。利用逆转录聚合酶链反应法(Reverse transcription-polymerase chain reaction,RT-PCR)克隆山羊ATRN基... 本研究旨在探索重组吸引素(Attractin,ATRN)对体外培养的山羊脂肪中环磷酸腺苷(Cyclic adenosine monophosphate,cAMP)含量的影响。利用逆转录聚合酶链反应法(Reverse transcription-polymerase chain reaction,RT-PCR)克隆山羊ATRN基因序列,并合成ATRN重组蛋白。向体外培养山羊脂肪细胞中添加重组ATRN和重组Agouti信号蛋白(Agouti signaling protein,ASIP),收取第8天成熟的脂肪细胞,检测cAMP含量。结果表明,本实验成功克隆了山羊ATRN基因编码区的片段,长811 bp;合成了包含EGF功能结构域的重组蛋白ATRN,包含70个氨基酸;单独添加ASIP或ATRN均显著下调了山羊脂肪细胞中cAMP的表达量,共添加ATRN和ASIP进一步极显著下调了cAMP含量。综上,ATRN可能协同ASIP,通过影响cAMP信号,进而调节了山羊脂肪细胞中的能量代谢或脂质代谢。 展开更多
关键词 山羊 ATRN基因 重组ATRN 脂肪细胞 CAMP水平
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ABO血型系统的分子生物学研究进展 被引量:2
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作者 宋文倩 周世航 《临床血液学杂志》 2025年第2期157-160,共4页
ABO血型系统作为输血医学、器官移植和法医学等领域中至关重要的血型系统之一,一直备受关注。文章介绍了ABO血型抗原的生化合成机制,包括前体物质H抗原、A、B和O抗原的合成过程;详细描述了ABO基因编码区的等位基因突变,并阐述了这些突... ABO血型系统作为输血医学、器官移植和法医学等领域中至关重要的血型系统之一,一直备受关注。文章介绍了ABO血型抗原的生化合成机制,包括前体物质H抗原、A、B和O抗原的合成过程;详细描述了ABO基因编码区的等位基因突变,并阐述了这些突变对糖基转移酶功能的影响;讨论了ABO基因非编码区转录水平的调控,以及转录因子与启动子和增强子的相互作用;还涉及了ABO基因蛋白水平的研究,包括糖基转移酶的结构和功能。总之,文章总结了ABO血型系统的基础知识及相关研究进展,认为对ABO血型系统的研究需要跨越血清学水平,深入了解基因编码区突变、转录调控、翻译和蛋白表达等方面,以促进临床研究和治疗的发展。 展开更多
关键词 ABO血型系统 血型抗原 基因突变 转录调控 蛋白水平
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向日葵EPF基因家族鉴定及参与花发育的功能分析 被引量:1
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作者 陈静 葛敏茜 +4 位作者 陈彦灼 曾银萍 邹建 杨军 刘金平 《东北农业大学学报》 北大核心 2025年第1期1-11,共11页
植物表皮模式因子EPF是一类广泛参与植物生长发育调节的分泌肽,其家族成员在向日葵(Helianthus annuus L.)花发育调控中的功能尚不清楚。基于基因组和转录组数据库,在向日葵中鉴定得到10个EPF家族基因,分属于4个亚家族。结果表明:其中,H... 植物表皮模式因子EPF是一类广泛参与植物生长发育调节的分泌肽,其家族成员在向日葵(Helianthus annuus L.)花发育调控中的功能尚不清楚。基于基因组和转录组数据库,在向日葵中鉴定得到10个EPF家族基因,分属于4个亚家族。结果表明:其中,HaEPF1、HaEPF3、HaEPF4、HaEPF7、HaEPF9在向日葵花发育早期(St2、St3、St4)特异性高表达,而HaEPF5、HaEPF8、HaEPF10在花发育中后期(St5、St6、St7)特异性高表达。进一步分析发现,HaEPF1、HaEPF4、HaEPF7在野生型向日葵(WT)花分生组织转变和花器官发生(St2)过程中高表达,并随着花器官发育其表达水平逐渐降低。然而,10个EPF家族基因在向日葵花分生组织转变与花器官分化缺陷突变体Crazy Broccoli 1(cb1)中类花序结构发育过程中始终维持较为稳定的高表达水平,并与WT分生组织转变与花器官发生时期的表达水平相似。结果表明:HaEPF1、HaEPF4、HaEPF7可能在向日葵花分生组织转变和花器官发生过程中发挥作用;启动子顺式作用元件分析发现,HaEPF1、HaEPF4、HaEPF7在调控向日葵花分生组织转变和花器官发生过程中可能依赖于生长素、赤霉素、脱落酸信号。HaEPF1、HaEPF4、HaEPF7表达水平的精确调节对于向日葵花器官发生至关重要,持续异常地高表达,可能是导致cb1突变体出现花器官发育缺陷的重要原因之一。 展开更多
关键词 向日葵 EPF基因 表达水平 CB1 花分生组织转变 花器官发生
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低温胁迫对玉米幼苗光合性能、抗氧化酶系统及相关基因表达的影响 被引量:2
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作者 毛桃桃 赵小强 +1 位作者 柏小栋 余斌 《中国农业科技导报(中英文)》 北大核心 2025年第5期49-60,共12页
为探究玉米幼苗对低温胁迫的响应机制,以低温敏感型GS2264和耐低温型LY2030玉米幼苗为试材,在10(低温)和22℃(对照)处理7 d后测定其幼苗生长、叶片活性氧、渗透调节、抗氧化酶活性、光合性能的变化及抗氧化酶相关基因的表达特征。结果表... 为探究玉米幼苗对低温胁迫的响应机制,以低温敏感型GS2264和耐低温型LY2030玉米幼苗为试材,在10(低温)和22℃(对照)处理7 d后测定其幼苗生长、叶片活性氧、渗透调节、抗氧化酶活性、光合性能的变化及抗氧化酶相关基因的表达特征。结果表明,低温胁迫显著抑制玉米幼苗的生长发育。与常温对照相比,低温胁迫下玉米幼苗的苗长、根长、苗鲜重、根鲜重及根冠比分别下降22.98%、31.70%、32.27%、37.40%和7.83%;净光合速率、气孔导度、蒸腾速率、Rubisco活性、水分利用效率、光系统Ⅱ的最大光能转化效率及光系统Ⅱ的潜在光化学活性分别下降42.88%、27.09%、15.23%、59.38%、29.78%、31.90%和32.88%;胞间CO_(2)浓度升高50.84%;玉米幼苗体内O_(2)^(·-)产生率和H_(2)O_(2)、脯氨酸、丙二醛含分别显著升高67.27%和119.55%、154.04%、55.19%;超氧化物歧化酶、过氧化物酶、过氧化氢酶、抗坏血酸过氧化物酶活性增强46.66%、96.53%、158.44%、4.34%,而谷胱甘肽还原酶活性下降3.34%。相关性分析和主成分分析结果表明,22个性状间的关系较为复杂。进一步分析发现,低温胁迫处理下8个抗氧化酶相关基因显著上调表达,因此,这8个基因可作为玉米抗寒性改良的重要候选基因。以上研究结果为低温胁迫下系统揭示玉米幼苗的抗寒响应机制及抗寒种质改良奠定了基础。 展开更多
关键词 玉米幼苗 低温胁迫 光合性能 活性氧 抗氧化酶 基因表达水平
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肺小结节中医易患体质与SHOX2/RASSF1A/PTGER4基因甲基化的相关性研究 被引量:1
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作者 曹仁爽 王彬 +2 位作者 来薛 李珊 高峰 《中国中医药信息杂志》 2025年第8期146-152,共7页
目的探讨肺小结节患者的中医易患体质与SHOX2/RASSF1A/PTGER4基因甲基化水平阳性风险相关的影响因素。方法采用横断面研究方法,纳入2024年5-12月中国中医科学院望京医院呼吸科165例肺小结节患者,对患者的一般病史、结节影像报告、肺癌... 目的探讨肺小结节患者的中医易患体质与SHOX2/RASSF1A/PTGER4基因甲基化水平阳性风险相关的影响因素。方法采用横断面研究方法,纳入2024年5-12月中国中医科学院望京医院呼吸科165例肺小结节患者,对患者的一般病史、结节影像报告、肺癌基因甲基化水平和中医体质判定等临床资料进行整理和统计。在单因素相关分析探讨各变量与肺癌基因甲基化阳性风险相关性基础上,采用二元Logistic回归模型进行独立危险因素分析。结果单因素相关性分析显示,年龄、性别、中医易患体质分数、肺小结节直径、右肺上叶与SHOX2/RASSF1A/PTGER4基因甲基化阳性相关(P=0.03、P=0.02、P=0.01、P<0.01、P=0.03);二元Logistic回归分析显示,阳虚质、气虚质、气郁质和痰湿质4种肺小结节易患体质评分与SHOX2/RASSF1A/PTGER4基因甲基化阳性风险呈显著正相关,相较阳虚质,痰湿质和气郁质肺小结节患者基因甲基化阳性风险更高(P=0.04、P=0.02)。结论高龄、男性及中医易患体质与肺癌基因甲基化阳性风险具有相关性,其中痰湿质和气郁质是独立危险因素。 展开更多
关键词 肺小结节 SHOX2/RASSF1A/PTGER4基因甲基化水平 中医易患体质 独立危险因素分析 前瞻性横断面研究
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载脂蛋白AA5基因多态性与新疆地区冠心病及血脂水平的相关性研究 被引量:1
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作者 哈力沙·艾日肯江 秦婕婷 +3 位作者 阿利亚·恰瓦尔 高颖 沙吉旦·阿不都热衣木 尚静 《中国心血管病研究》 2025年第1期52-57,共6页
目的分析载脂蛋白A5(ApoA5)基因rs662799位点基因型与冠心病(CHD)及血脂水平的相关性。方法回顾性分析新疆医科大学第一附属医院2019年1月至2021年1月住院的CHD患者976例为CHD组,并选择907例非CHD患者为对照组,两组平均年龄为(56.11... 目的分析载脂蛋白A5(ApoA5)基因rs662799位点基因型与冠心病(CHD)及血脂水平的相关性。方法回顾性分析新疆医科大学第一附属医院2019年1月至2021年1月住院的CHD患者976例为CHD组,并选择907例非CHD患者为对照组,两组平均年龄为(56.11±10.28)岁和(55.70±9.21)岁,采用SNPscanTM高通量基因分型技术检测所纳入研究对象基因多态性,并检测血脂水平。结果与正常对照组相比,CHD组患者的高血压史(49.3%)、糖尿病史(22.9%)、吸烟史构成比(44.9%)、甘油三酯(TG)(2.04±1.63)mmol/L、血清总胆固醇(TC)(4.46±1.29)mmol/L、低密度脂蛋白胆固醇(LDL-C)(2.84±1.01)mmol/L指标水平更高,高密度脂蛋白胆固醇(HDL-C)(0.99±0.29)mmol/L水平更低,差异均具有统计学意义(均P<0.05)。在CHD组中,rs662799 AG(31.9%,42.5%)和GG(5.9%,8.5%)基因型HDL-C水平明显降低,TG水平明显升高。多因素Logistic回归分析结果显示,CHD组rs662799 GG、GA基因型携带者TG的水平比AA基因型携带者高(OR=0.167,0.184),差异均具有统计学意义(P<0.05)。rs662799 GG基因型携带者HDL-C的水平比GA、AA基因型携带者低(OR=4.027,4.038),差异不具有统计学意义(P>0.05)。结论ApoA5 rs662799影响血脂水平,但与CHD发生发展无明显相关性。 展开更多
关键词 冠心病 载脂蛋白A5 血脂水平 基因多态性
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鸡肌肉发育相关miR-133c-3p靶基因筛选与鉴定
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作者 朱师良 陈家磊 +12 位作者 彭涵 熊霞 胡陈明 杨礼 宋小燕 夏波 余春林 邱莫寒 张增荣 杜龙环 汪江先 熊柱翔 杨朝武 《中国农业大学学报》 北大核心 2025年第8期120-131,共12页
旨在研究鸡不同组织及骨骼肌卫星细胞中miR-133c-3p的表达情况,并利用生物信息学分析筛选其在胸肌中影响肌肉生长发育的关键靶基因。本研究利用在线网站预测鸡miR-133c-3p靶基因,进行GO和KEGG富集分析并构建蛋白-蛋白互作网络;利用在线... 旨在研究鸡不同组织及骨骼肌卫星细胞中miR-133c-3p的表达情况,并利用生物信息学分析筛选其在胸肌中影响肌肉生长发育的关键靶基因。本研究利用在线网站预测鸡miR-133c-3p靶基因,进行GO和KEGG富集分析并构建蛋白-蛋白互作网络;利用在线公共数据库,分析胸肌相对于其他组织的miR-133c-3p表达量及筛选潜在靶基因,并通过双荧光素酶报告基因试验进行靶标验证。结果表明:1)预测获得103个靶基因;功能富集分析显示靶基因参与多种高分子化合物的合成与转运过程;并显著富集到肌动蛋白细胞骨架调控、mTOR等多条肌肉生长发育相关信号通路。2)PPI网络共筛选到5个Hub基因。3)miR-133c-3p仅在胸肌和心脏中表达,在胸肌中的表达量极显著高于心脏(P<0.01),且在卫星细胞增殖分化期间其表达水平呈先下降后上升的规律。4)共筛选到SGK1、MYH9、KLF7和NFAT54个靶基因。5)双荧光素酶报告基因检测发现miR-133c-3p与NFAT5存在靶标关系。综上,鸡miR-133c-3p在胸肌中可通过靶向NFAT5间接调控肌肉生长发育。本研究为解析鸡miR-133c-3p的功能及其分子机制提供了参考和依据。 展开更多
关键词 miR-133c-3p 生物信息学 基因表达量 肌肉生长发育 靶标验证
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灵芝漆酶基因家族的克隆及其在不同发育阶段的表达分析 被引量:1
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作者 刘冬梅 刁文彤 +2 位作者 孙雪言 亓希武 梁呈元 《微生物学杂志》 北大核心 2025年第1期34-42,共9页
为了明确漆酶基因在灵芝生长发育过程中的作用,克隆了灵芝的15个漆酶基因,并对其进行了生物信息学分析,采用qRT-PCR检测了15个漆酶基因在灵芝不同发育阶段的表达水平。结果表明这些漆酶基因的核苷酸序列长度在1814~2570个碱基对之间,含... 为了明确漆酶基因在灵芝生长发育过程中的作用,克隆了灵芝的15个漆酶基因,并对其进行了生物信息学分析,采用qRT-PCR检测了15个漆酶基因在灵芝不同发育阶段的表达水平。结果表明这些漆酶基因的核苷酸序列长度在1814~2570个碱基对之间,含有4~12个内含子,编码517~628个氨基酸;除Glac14外,其余漆酶基因均含有信号肽;15个漆酶的二级结构均以无规则卷曲和延伸链为主;所有灵芝漆酶均含有Cu-oxidase、Cu-oxidase_2和Cu-oxidase_3保守结构域;Gllac1、Gllac8和Gllac10在菌丝阶段高表达,表明它们在营养生长阶段发挥重要作用;Gllac2、Gllac4、Gllac5、Gllac6、Gllac7、Gllac9、Gllac12和Gllac13在成熟子实体阶段高表达,表明它们可能与子实体的分化和成熟有关;Gllac3、Gllac11、Gllac14和Gllac15在整个发育阶段均有表达,但差异不显著,表明它们可能在灵芝整个发育阶段均发挥作用。本研究为进一步阐明漆酶基因在灵芝生长发育阶段的作用及开发应用漆酶提供参考。 展开更多
关键词 灵芝 漆酶 基因克隆 子实体发育 表达水平
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食蟹猴FABP4基因表达水平检测方法的建立
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作者 王陈芸 杨汝佳 +6 位作者 李咏洁 龙维虎 李哲丽 叶尤松 杨万静 李明昊 唐东红 《中国比较医学杂志》 北大核心 2025年第12期76-84,共9页
目的建立食蟹猴FABP4基因mRNA表达水平检测方法。方法根据脂肪FABP4基因mRNA序列设计实时荧光定量PCR(RT-qPCR)引物6对;活体采集食蟹猴脂肪组织;提取组织总RNA,并逆转录为cDNA;采用所设计的6对引物进行RT-qPCR检测,根据扩增曲线、熔解峰... 目的建立食蟹猴FABP4基因mRNA表达水平检测方法。方法根据脂肪FABP4基因mRNA序列设计实时荧光定量PCR(RT-qPCR)引物6对;活体采集食蟹猴脂肪组织;提取组织总RNA,并逆转录为cDNA;采用所设计的6对引物进行RT-qPCR检测,根据扩增曲线、熔解峰,挑选出检测最灵敏、无非特异性扩增的引物;以10~0、10-1、10-2、10-3、10-4倍稀释cDNA,构建基因表达的标准曲线;设置食蟹猴青年组和老年组两个组别,验证食蟹猴脂肪FABP4基因表达的RT-qPCR检测方法。结果筛选出了检测灵敏度最高的一对引物,建立了食蟹猴脂肪组织FABP4基因表达水平RT-qPCR检测方法;老年组食蟹脂肪FABP4基因相对表达量高于青年组。结论成功建立了检测食蟹猴FABP4基因转录水平的RT-qPCR方法。 展开更多
关键词 FABP4 定量逆转录PCR 食蟹猴 衰老 基因表达水平
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向日葵CHS基因家族鉴定及其在花瓣着色进程中的表达
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作者 葛敏茜 陈静 +5 位作者 曾银萍 陈彦灼 龙林茜 李鑫娟 杨军 邹建 《东北农业大学学报》 北大核心 2025年第5期23-33,44,共12页
查尔酮合酶(CHS)作为催化花青素前体物质合成关键酶,在植物花青素合成与积累及花色形成调控中发挥重要作用,但其在向日葵(Helianthus annuus L.)花瓣着色调控中的作用尚不明确。依据实验室向日葵转录组数据,应用生物信息学分析方法,筛... 查尔酮合酶(CHS)作为催化花青素前体物质合成关键酶,在植物花青素合成与积累及花色形成调控中发挥重要作用,但其在向日葵(Helianthus annuus L.)花瓣着色调控中的作用尚不明确。依据实验室向日葵转录组数据,应用生物信息学分析方法,筛选向日葵CHS基因家庭成员,分析向日葵CHS基因功能。结果表明:在向日葵中鉴定得到12个CHS基因候选成员,并发现它们属于ClassⅢ亚家族,与拟南芥、茄子、芒果中花青素合成及器官着色相关的CHS基因高度同源,说明这些向日葵CHS基因可能也具有相似功能。通过对黄色、紫红色向日葵进一步分析发现,向日葵CHS基因HaCHS1、HaCHS7、HaCHS8和HaCHS11表达水平变化规律与其花瓣中花青素积累水平变化高度一致,在紫红色向日葵着色花瓣中的表达水平远高于黄色向日葵,且随着紫红色向日葵花瓣花青素质量分数增加及花瓣着色加深而逐渐升高。推测HaCHS1、HaCHS7、HaCHS8和HaCHS11,可能参与紫红色向日葵花青素合成与积累,调节其花瓣着色进程。启动子顺式作用元件分析结果表明,HaCHS1、HaCHS7、HaCHS8和HaCHS11在介导紫红色向日葵花瓣花青素合成及花瓣着色过程中,可能受MYB、bHLH、ERF、AP2和WRKY等转录因子调控。紫红色向日葵花瓣中,HaCHS1、HaCHS7、HaCHS8和HaCHS11高水平表达,可能促进花青素的合成与积累,导致紫色花瓣着色,并呈现紫红色。 展开更多
关键词 向日葵 CHS基因 表达水平 花青素 花瓣着色
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不同锌水平下GFabV对‘阳光玫瑰’葡萄光合效率及光合相关基因表达的影响
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作者 张向昆 李佳莹 +4 位作者 乔如梦 何静蕾 王莉 师校欣 杜国强 《中国农业科学》 北大核心 2025年第24期5190-5200,共11页
【目的】研究不同锌水平下GFabV对‘阳光玫瑰’葡萄光合特性的影响,通过分析光合作用相关基因相对表达差异,阐明GFabV影响叶片光合效率的分子机理。【方法】以携带GFabV‘阳光玫瑰’葡萄为试材、以无病毒苗为对照分别进行霍格兰营养液... 【目的】研究不同锌水平下GFabV对‘阳光玫瑰’葡萄光合特性的影响,通过分析光合作用相关基因相对表达差异,阐明GFabV影响叶片光合效率的分子机理。【方法】以携带GFabV‘阳光玫瑰’葡萄为试材、以无病毒苗为对照分别进行霍格兰营养液锌充足(0.22 mg·L^(-1))和锌缺乏(0)处理。随后观察叶片症状表现;测定叶片锌含量、GFabV表达量、叶片光合参数、叶绿素荧光参数和叶绿素含量;筛选与光合作用相关的差异表达基因,并对关键基因表达水平进行验证。【结果】在锌缺乏条件下,带GFabV和无病毒植株锌含量分别为1.79和9.59 mg·kg^(-1);锌充足条件下含量分别为18.84和23.16 mg·kg^(-1)。锌缺乏时带GFabV植株叶片表现皱缩小叶、轻微褪绿症状,GFabV表达量显著高于锌充足处理;锌充足时带GFabV植株叶片未表现症状;锌缺乏时无病毒植株叶片表现轻微褪绿症状。与锌充足条件下无病毒植株相比,带GFabV植株、锌缺乏无病毒植株叶片的叶绿素a、叶绿素b、叶绿素a+b、PSII最大光化学效率(Fv/Fm)和PSII实际光化学效率(ΦPSII)均显著下降,以锌缺乏时带GFabV植株叶片叶绿素(a、b、a+b)含量、Fv/Fm、ΦPSII最低,分别为1.22、0.35、1.57 mg·g^(-1)、0.40和0.04;带GFabV植株、锌缺乏下无病毒植株叶片净光合速率(Pn)、蒸腾速率(Tr)和气孔导度(Gs)均显著下降,以锌缺乏时带GFabV植株下降幅度最大,分别降至锌充足无病毒处理植株的16.27%、20.08%和21.99%。转录组测序和RT-qPCR结果表明,与锌充足下无病毒植株相比,带GFabV植株在锌缺乏时叶片PsbP、petC、PSBO和psaD表达量分别降至41.50%、54.81%、41.04%和44.45%;在锌充足时叶片ATPD、SEND33、psbA表达量显著降低;无病毒植株在锌缺乏时叶片PPD4、psbA表达量显著降低。与锌充足下带GFabV植株相比,在锌缺乏下带GFabV植株叶片PsbP、PSBO和psaD表达量分别降至55.03%、43.26%和53.36%。【结论】携带GFabV‘阳光玫瑰’葡萄叶片在锌缺乏条件下叶绿素含量显著降低,GFabV表达量升高,叶片出现皱缩小叶、轻微褪绿症状。GFabV通过下调叶片中PsbP、PSBO和psaD等光合相关基因表达,导致光合参数、叶绿素荧光参数显著下降影响叶片光合效率。 展开更多
关键词 ‘阳光玫瑰’葡萄 葡萄蚕豆萎蔫病毒 锌缺乏 基因表达量 光合特性 光合相关基因
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铵硝配比对娃娃菜硫苷合成与代谢的影响
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作者 郭金泽 毛莉莉 +3 位作者 杨姣姣 王雪花 郁继华 胡琳莉 《西北农业学报》 北大核心 2025年第12期2252-2262,共11页
旨在明确不同铵硝配比对娃娃菜硫苷合成与代谢的影响,为高硫苷含量的娃娃菜种植提供氮肥管理策略。采用水培的方法,设置5个铵硝配比处理(0∶10、3∶7、5∶5、7∶3和10∶0,总氮浓度为5 mmol/L),测定娃娃菜硫苷组分、氨基酸组分、硫苷合... 旨在明确不同铵硝配比对娃娃菜硫苷合成与代谢的影响,为高硫苷含量的娃娃菜种植提供氮肥管理策略。采用水培的方法,设置5个铵硝配比处理(0∶10、3∶7、5∶5、7∶3和10∶0,总氮浓度为5 mmol/L),测定娃娃菜硫苷组分、氨基酸组分、硫苷合成前体物质、黑芥子酶活性及硫苷合成和代谢关键基因表达量,研究氮素形态配比对娃娃菜硫苷合成与代谢的影响。铵硝比在7∶3处理时,总氨基酸含量最高,随着铵态氮浓度的增加,硫苷合成前体氨基酸含量也增加,促进了硫苷的合成。与铵硝配比(0∶10)处理相比,10∶0处理上调BrCYP83A1和BrCYP83B1基因相对表达量,促进了硫苷的合成。在铵硝比7∶3处理时,黑芥子酶活性最低,同时较铵硝配比10∶0相比,7∶3处理下调了BrESM基因的相对表达量,减少了硫苷的降解,进而增加了植物体内硫苷的积累。增加营养液中铵态氮的含量可以促进硫苷的合成,减少硫苷的降解,有利于提高娃娃菜硫苷含量的积累。 展开更多
关键词 铵硝配比 娃娃菜 硫苷 基因表达量
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木薯转录因子WOX家族鉴定及其对嫁接的影响
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作者 朱传尊 薛茂富 +1 位作者 蔡煜琦 陈松笔 《分子植物育种》 北大核心 2025年第4期1123-1131,共9页
WOX(WUSCHEL-related homeobox)转录因子广泛地参与到对植物的生长和发育过程的调节,在植物的生长发育中起到非常重要的作用。但其关于木薯的嫁接效应,目前还鲜见报道。本研究采用生物信息学方法鉴定出木薯WOX基因家族的18个成员,亚细... WOX(WUSCHEL-related homeobox)转录因子广泛地参与到对植物的生长和发育过程的调节,在植物的生长发育中起到非常重要的作用。但其关于木薯的嫁接效应,目前还鲜见报道。本研究采用生物信息学方法鉴定出木薯WOX基因家族的18个成员,亚细胞定位表明其成员全部位于细胞核。对木薯、拟南芥、西红柿WOX进行系统发生进化树分析,发现WOX基因家族可分为WUS分支、中间进化支和古老进化支。多重序列比对显示木薯WOX基因家族分为4个保守结构域。以木薯‘华南9号’和‘华南102’互为接穗和砧木,交互嫁接,通过RT-qPCR检测木薯嫁接植株叶片中18个MeWOXs基因的表达水平,结果显示在第1年的嫁接植株中,大部分MeWOXs基因均表达,但随着嫁接时间的延长,MeWOXs基因的表达数量逐渐减少,只有MeWOX1、MeWOX4、MeWOX7和MeWOX12在持续表达,其中,MeWOX7表达水平最高,推测它们在嫁接愈合过程中起重要作用。本研究结果为木薯成功嫁接提供理论依据。 展开更多
关键词 木薯 嫁接 MeWOX基因家族 表达水平
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刺芹侧耳苯丙氨酸解氨酶基因表达和酶活性与菌盖颜色相关性
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作者 聂梦涵 陈莉莉 +2 位作者 罗莉媛 张拓 谢宝贵 《食用菌学报》 北大核心 2025年第3期28-37,共10页
对刺芹侧耳(Pleurotus eryngii)菌株Pe0100苯丙氨酸解氨酶(phenylalanine ammonia-lyase,PAL)序列进行分析,对PAL基因在菌丝、原基、幼菇、伸长、成熟5个时期的表达量进行分析,并对其在幼菇、伸长、成熟3个时期的菌盖和菌柄表达差异进... 对刺芹侧耳(Pleurotus eryngii)菌株Pe0100苯丙氨酸解氨酶(phenylalanine ammonia-lyase,PAL)序列进行分析,对PAL基因在菌丝、原基、幼菇、伸长、成熟5个时期的表达量进行分析,并对其在幼菇、伸长、成熟3个时期的菌盖和菌柄表达差异进行分析,构建过表达载体Pe-PAL1转化刺芹侧耳菌株Pe0100,分别对野生型菌株和过表达菌株的表型进行观察;对过表达菌株成熟期菌盖表皮组织PAL酶活性与基因表达量进行相关性分析。结果表明:Pe0100基因组中有2个苯丙氨酸解氨酶编码基因PePAL1、PePAL2;与菌柄相比,PePAL1在幼菇、伸长、成熟3个时期的菌盖中表达量较高;PePAL2在菌丝期表达量最高。共获得4个过表达菌株OE#3、OE#10、OE#16、OE#18,其菌盖表皮均产生深褐色条纹状色素沉着,且成熟期菌盖PePAL1基因表达量与酶活性正相关。研究结果为刺芹侧耳品种选育提供参考。 展开更多
关键词 过表达 基因表达量 菌盖 菌柄
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