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引物悬挂延伸PCR扩增白藜芦醇合酶cDNA 被引量：5
1
作者 刘蕾 尉亚辉 +2 位作者 荆西刚 郭芝光 张儒 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第3期436-440,共5页
为了得到葡萄白藜芦醇合酶 RS 基因的 c DNA,实验以葡萄叶片为材料 ,利用引物悬挂延伸 PCR法 ,以葡萄总 DNA为模板 ,先分别扩增得到编码白藜芦醇合酶的第一外显子和第二外显子的序列 ,再以这两个序列为模板 ,进行第二轮的 PCR,得到大小... 为了得到葡萄白藜芦醇合酶 RS 基因的 c DNA,实验以葡萄叶片为材料 ,利用引物悬挂延伸 PCR法 ,以葡萄总 DNA为模板 ,先分别扩增得到编码白藜芦醇合酶的第一外显子和第二外显子的序列 ,再以这两个序列为模板 ,进行第二轮的 PCR,得到大小与 RS基因大小相同的片段 ,经 PCR产物测序证明 ,两个外显子已经准确无误地拼接 ,此片段就是 RS基因 . 展开更多
关键词 白黎芦醇合酶基因 引物延伸PCR法 外显子 白藜芦醇合酶
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环状RNA概述及其在动物肌肉发育中的研究进展 被引量：3
2
作者 贺花 徐倩颖 +1 位作者 黄永震 姜艳芬 《黑龙江畜牧兽医》 CAS 北大核心 2020年第3期32-35,共4页
环状RNA是一种具有环状结构的非编码RNA,在转录过程中出现,由单链RNA分子通过共价结合形成环形。环状RNA在植物和动物机体中广泛分布,主要承担了与蛋白质结合、调控转录等生物功能,对动物的肌肉发育也有重要的调控作用。文章综述了环状... 环状RNA是一种具有环状结构的非编码RNA,在转录过程中出现,由单链RNA分子通过共价结合形成环形。环状RNA在植物和动物机体中广泛分布,主要承担了与蛋白质结合、调控转录等生物功能,对动物的肌肉发育也有重要的调控作用。文章综述了环状RNA的发现、合成与特征、检测方法及生物学功能,介绍了环状RNA在动物肌肉发育中的研究进展,展望了环状RNA的研究应用前景。 展开更多
关键词 环状RNA 内含子 外显子 基因表达 生物功能
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长爪沙鼠载脂蛋白E4外显子的克隆初报 被引量：2
3
作者 刘月环 石巧娟 +1 位作者 郭红刚 马伟峰 《实验动物与比较医学》 CAS 2008年第5期289-298,共10页
目的克隆并获得长爪沙鼠载脂蛋白ApoE基因E4外显子的序列。方法根据Genbank中的相关序列，用自行设计的引物，通过常规的RT-PCR方法，从长爪沙鼠肝脏中克隆及测序得到所需要的基因序列。结果长爪沙鼠载脂蛋白ApoE基因E4外显子长约987bp... 目的克隆并获得长爪沙鼠载脂蛋白ApoE基因E4外显子的序列。方法根据Genbank中的相关序列，用自行设计的引物，通过常规的RT-PCR方法，从长爪沙鼠肝脏中克隆及测序得到所需要的基因序列。结果长爪沙鼠载脂蛋白ApoE基因E4外显子长约987bp，经比较发现最终测序的结果与大小鼠ApoE基因的同源性达到了73％-74％，与人ApoE基因的同源性达到了62％，与猪、牛ApoE基因的同源性达到了60％以上，与非人灵长类ApoE基因的同源性达到了57％，用DNAstar进行编码氨基酸预测，基因共编码263个氨基酸，已向genbank提交，登录号码EU780067。结论利用基因进化的保守性通过PCR方法可以得到长爪沙鼠载脂蛋白E4基因的序列，本实验为筛选长爪沙鼠高脂血症模型的遗传多样性标记，为培育长爪沙鼠的血脂代谢新品系打下基础。 展开更多
关键词 载脂蛋白E基因外显子4 克隆 长爪沙鼠 高脂血症
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基于周期3临近特征的外显子预测方法
4
作者 陈功 刘晨晨 +3 位作者 朱锡芳 倪一 许清泉 窦晓鸣 《计量学报》 CSCD 北大核心 2017年第6期794-798,共5页
为提高基因编码序列(外显子)的预测精度,提出了一种周期3临近特征外显子预测方法。分别提取外显子和内含子的周期3临近功率谱聚类特征值作为模板特征,将未知外显子和内含子区间的DNA序列分帧移动,依此提取每帧特征并与模板特征实现不同... 为提高基因编码序列(外显子)的预测精度,提出了一种周期3临近特征外显子预测方法。分别提取外显子和内含子的周期3临近功率谱聚类特征值作为模板特征,将未知外显子和内含子区间的DNA序列分帧移动,依此提取每帧特征并与模板特征实现不同权重的欧氏距离的识别预测。通过改变基因序列不同特征值、特征值数、帧长、权重,将该算法与周期3功率谱特征预测法比较,实验结果表明,特定参数条件下该算法的预测精度优于周期3预测法。 展开更多
关键词 计量学 外显子 周期3 权重 欧氏距离
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海甘蓝硫甙合成关键酶S-GT基因两种表达载体的构建
5
作者 李长春 王志华 +1 位作者 乔富兴 熊燃 《孝感学院学报》 2009年第3期10-14,共5页
Thiohydroximate S-glucosylt ransferase(S-GT)是硫甙生物合成的一个关键酶。根据发表的甘蓝型油菜S-GT基因cDNA序列设计引物,以海甘蓝总DNA为模板进行PCR扩增,获得S-GT基因全长,构建了海甘蓝S-GT基因的植物双元表达载体pCambia2300sn-... Thiohydroximate S-glucosylt ransferase(S-GT)是硫甙生物合成的一个关键酶。根据发表的甘蓝型油菜S-GT基因cDNA序列设计引物,以海甘蓝总DNA为模板进行PCR扩增,获得S-GT基因全长,构建了海甘蓝S-GT基因的植物双元表达载体pCambia2300sn-Ca SGT。用PCR的方法对CaSGT基因的外显子进行了拼接,将得到的序列正向插入到了大肠杆菌表达载体pET-32b(+)中,得到重组质粒pET-32b(+)-CaS-GT,为进一步研究CaSGT的生物学特性打下基础。 展开更多
关键词 海甘蓝 硫甙 thiohy droximate S-glucosylt ransferase 外显子拼接 表达载体构建
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鸡H-FABP基因外显子2的PCR-SSCP分析 被引量：5
6
作者 杨霞 瞿浩 +3 位作者 舒鼎铭 杨纯芬 刘益平 朱庆 《四川农业大学学报》 CSCD 2006年第2期214-217,221,共5页
实验选用4个地方品种：清远麻鸡、惠阳三黄胡须鸡、封开杏花鸡、广西霞烟鸡以及3个近年培育的品系：岭南黄快大Ⅱ号配套系、矮小鸡E4专门化品系、AA配套系为材料（每个品种或品系各取5个个体，共35个个体）。采用PCR一鲫结合DNA测序技... 实验选用4个地方品种：清远麻鸡、惠阳三黄胡须鸡、封开杏花鸡、广西霞烟鸡以及3个近年培育的品系：岭南黄快大Ⅱ号配套系、矮小鸡E4专门化品系、AA配套系为材料（每个品种或品系各取5个个体，共35个个体）。采用PCR一鲫结合DNA测序技术。对H—FABP（心脏型脂肪酸结合蛋白）基因第2外显子区进行了单核苷酸多态性（SNP）分析。结果表明：在第一内含子区含有丰富的SNP、位点：580bp（T→G）、595bp（A→C）、610bp（C→-）、617bp（A→G）、622bp（A→T）、625bp（A→-）、627bp（A→C）、629bp（A→C）、631bp（A→C）、677bp（G→A）和1个双碱基突变586-587bp（TG→CA）；在第二外显子区发现了一个非SNP位点785bp（C＋T）；这表明在外显子2上本实验所选品种的序列之间没有差异，但与GenBank上登录号为AY648562的序列相比存在变异。此外在第二内含子区也发现了一个非SNP位点：1018bp（C＋T）。这为进一步分析H—FABP基因的遗传变异及其与内质性状的相关性以及将该分子标记应用于育种计划奠定一定的理论基础。 展开更多
关键词 鸡 H—FABP基因 外显子2 PCR—SSCP
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谷子基因组中SSR的偏态分布 被引量：2
7
作者 高建明 邱丽娜 桂枝 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2024年第2期19-26,共8页
为了研究谷子基因组中SSR的分布偏好,采用生物信息学方法搜索和分析了谷子基因组中SSR在基因座5′侧翼区、3′侧翼区、外显子区和内含子区的分布规律。结果发现,随着5′侧翼区与起始密码子间距离的增加,SSR在5′侧翼区的频率与其基因组... 为了研究谷子基因组中SSR的分布偏好,采用生物信息学方法搜索和分析了谷子基因组中SSR在基因座5′侧翼区、3′侧翼区、外显子区和内含子区的分布规律。结果发现,随着5′侧翼区与起始密码子间距离的增加,SSR在5′侧翼区的频率与其基因组频率的比值(相对频率)逐渐下降,在1~700 bp区域内相对频率远大于1.50,而在3′侧翼区、外显子区和内含子区中SSR的相对频率均接近1.00。进一步分析发现,随着5′侧翼区与起始密码子间距离的增加,不同单一SSR类型的相对频率的变化趋势各不相同,总体上,包括CCG、AG、AGG、AGGG、ACC和AGC在内的这6个SSR类型在5′侧翼区的频率和相对频率均较高,其中,AG在5′侧翼区相对频率大于1.5的区域最大(1~1 800 bp),而在CCG的区域最小(1~200 bp)。在外显子区,CCG、AGG、AGC、ACG和ACC这5个高C/G含量的三碱基SSR类型具有较高的频率和相对频率。综上,SSR在基因座5′侧翼区1~700 bp内特异性出现,其中,包括CCG、AG、AGG、AGGG、ACC和AGC在内的6个SSR类型为主要的特异性分布类型;而在基因座3′侧翼区、外显子区和内含子区中,SSR的分布与整个基因组无明显差别,但在外显子区,CCG、AGG、AGC、ACG和ACC这5个SSR类型具有明显的分布特异性。 展开更多
关键词 谷子 SSR 分布偏好 5′侧翼区 外显子区
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粳稻基因组SSR偏好性分布研究 被引量：1
8
作者 高建明 桂枝 +1 位作者 施利利 赵飞 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2024年第5期936-943,共8页
【目的】旨在分析简单重复序列(Simple sequence repeat, SSR)在粳稻(Oryza sativa ssp japonica)基因组中的分布偏好性。【方法】采用生物信息学的方法搜索和分析粳稻全基因组中SSR在基因座5′侧翼区、3′侧翼区、外显子区和内含子区... 【目的】旨在分析简单重复序列(Simple sequence repeat, SSR)在粳稻(Oryza sativa ssp japonica)基因组中的分布偏好性。【方法】采用生物信息学的方法搜索和分析粳稻全基因组中SSR在基因座5′侧翼区、3′侧翼区、外显子区和内含子区的分布规律。【结果】随着5′侧翼区距起始密码子距离的增加,SSR的相对频率(某一区域的频率与基因组频率的比值)逐渐下降,且在1~500 bp区域内大于1.50;在外显子区和3′侧翼区,SSR的相对频率略大于1.00,而内含子区SSR的相对频率明显小于1.00。进一步分析发现,在5′侧翼区,CCG、AGG和AG 3类SSR的频率最高,其相对频率分别在1~200、1~400、1~600 bp区间内大于1.50;在3′侧翼区,A、ATCG、AAG和AATT 4类SSR表现出较高的频率和较高的相对频率,但它们的相对频率大于1.50的区域并不相同;外显子区的SSR大多数为三碱基类型,其中,CCG、AGG、ACG、AGC和ACC 5种高C/G含量的SSR类型在外显子区的频率和相对频率均较高;在内含子区,A具有较高的频率和相对频率。【结论】SSR在基因座5′侧翼区大约1~500 bp范围内特异性出现,CCG、AGG和AG为主要的3个特异性分布SSR类型;外显子区和3′侧翼区的SSR频率与基因组频率接近,前者的SSR类型以C/G含量较高的三碱基类型,即CCG、AGG、ACG、AGC和ACC为主,后者以A、ATCG、AAG和AATT为主;而内含子区较少出现SSR,但A为主要的特异性分布类型。本研究可为更好地理解SSR的功能和开发水稻SSR分子标记提供参考。 展开更多
关键词 微卫星 水稻 分布偏好 5′侧翼区 外显子区
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CAP59荚膜相关基因最大外显子序列用于新生隐球菌分型的探讨
9
作者 郭秀军 廖万清 任大明 《中华微生物学和免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2004年第10期812-815,共4页
目的　探讨CAP5 9基因最大外显子序列对新生隐球菌进行分型的可行性。方法　根据CAP5 9基因最大外显子序列设计 1对引物 ,对新生隐球菌 5个血清型菌株进行PCR扩增和测序 ,用GenBank数据库分析序列的差别 ,Phylip3.6a3软件处理数据并绘... 目的　探讨CAP5 9基因最大外显子序列对新生隐球菌进行分型的可行性。方法　根据CAP5 9基因最大外显子序列设计 1对引物 ,对新生隐球菌 5个血清型菌株进行PCR扩增和测序 ,用GenBank数据库分析序列的差别 ,Phylip3.6a3软件处理数据并绘制种系进化树 ,选择一定数量的新生隐球菌临床分离株和其他致病真菌进行临床验证。结果　新生隐球菌不同血清型菌株的CAP5 9最大外显子序列存在差别 ,临床验证显示CAP5 9基因最大外显子对受试菌株分型结果与免疫学分型结果全部符合。结论　以所设计引物扩增的基因可以作为新生隐球菌分型和检测的分子生物学工具。 展开更多
关键词 新生隐球菌 分型 外显子 CAP 相关基因 荚膜 临床验证 进化树 测序 PCR扩增
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